利用SSR标记对陕西地方桑树品种的遗传多样性分析

应用SSR分子标记技术分析了55份陕西地方桑树种质资源的遗传多样性,结果表明,28对SSR引物在55份桑树品种中共扩增出261条带,多态性比率为100%;55份桑树品种间的遗传相似系数变异范围为0.6398~0.9655,平均遗传相似系数为0.8027。采用UPGMA法对55份桑树品种的遗传关系进行聚类分析,供试材料被分成3个大类。结果显示,供试桑树种质材料的亲缘关系与地理分布不存在关联。     

柳枝稷种质遗传多样性的SSR分析

利用从本试验32对引物中筛选得到的7对稳定可靠的SSR标记引物,对10份柳枝稷种质材料进行遗传多样性的SSR分析。结果表明：不同种质材料在7个位点的PIC值在0.669～0.881之间,遗传相似系数在0.385 4～0.905 7范围内波动。依据遗传距离和引物,应用非加权组平均法（UPGMA）对材料进行聚类分析,其中引物5211_B07的聚类结果和遗传距离的聚类结果相同：5个登记品种材料和野生种质材料No.2聚为一类,种质间遗传关系较近;其他4份野生种质聚为另一大类。     

基于叶绿体matK基因序列的两份安康野生桑遗传特征分析

对陕西省安康市黄石滩、八仙镇2份野生桑叶绿体基因组进行PCR扩增,获得matK编码基因及其侧翼序列,扩增长度为1 715 bp,ORF长度为1 518 bp,2份序列仅存在1处单碱基差异。利用matK序列分析7份桑树(Morus alba L.)之间的遗传多样性,结果表明,不同品种桑树matK序列相似度较高,仅存在6个单位点碱基差异,定义3种单倍体,单倍型多样度为0.714,核苷酸多样度为0.001 32,平均核苷酸差异为2.000。遗传距离分析表明,八仙镇桑树与印度桑(M. indica)、鲁桑(M. multicaulis)的遗传距离最近,黄石滩桑树与蒙桑(M. mongolica)、华桑(M. cathayana)的遗传距离最近。聚类分析将7份桑树聚为1支,且桑树品种之间的进化支长要明显短于其他科属之间的长度,表明桑树品种间的遗传多样性较低,经历较少进化事件。     

湖南甘薯品种遗传多样性的SSR分析

利用SSR分子标记对来自湖南31份甘薯品种进行遗传多样性分析,探讨了湖南甘薯地方品种与育成品种之间的遗传多样性.结果表明:12对SSR引物扩增出74个等位基因位点,平均每对引物获得6个等位基因位点.湖南甘薯育成品种间遗传距离为0.272 7～0.894 7,平均0.511 5;湖南甘薯地方品种间遗传距离为0.288 1...     

桑树种质资源SSR标记的遗传多样性分析

利用简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分子标记技术分析了172个桑树品种(系)的遗传多样性,结果表明,10对SSR引物在172份材料中共检测出了67个等位变异,平均每对引物检测到6.7个等位变异,其中多态性标记为66个,多态性比率为98.51%。利用种间的遗传相似性系数进行聚类分析,可将5个种分为三类,白桑、鲁桑、广东桑可聚为一类,山桑、瑞穗桑各为一类。其中白桑与鲁桑的亲缘关系最近,相似性系数为0.9935,山桑和瑞穗桑的亲缘关系最远,相似性系数为0.6866,这一结果与桑树形态学的分类结果大体一致。     

粳稻品种(系)SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用47对SSR引物所检测出的114个等位基因位点对江苏省大面积种植的48份粳稻品种(系)进行了遗传相似性分析,在47对具有多态的SSR引物中选择其中17对多态性好、带型清晰的SSR引物构建48份粳稻品种(系)的指纹图谱。结果显示,17对SSR引物构建的指纹图谱可以将48份粳稻品种(系)逐一区分开来。48份粳稻品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.65~0.98。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.69处,可将48个粳稻品种(系)分为3类,绝大多数品种(系)都聚为第三类群,说明江苏省大面积种植的粳稻品种(系)的遗传基础相对比较狭窄。     

贵州糯玉米地方品种的SSR遗传多样性分析

为糯玉米种质扩增改良提供依据,利用15对糯玉米核心引物,采用SSR标记技术,对贵州糯玉米品种种质资源的遗传多样性进行了分析。结果表明:15对核心引物在36份糯玉米材料中共检测出205个等位基因,平均每对引物检测出13.66个,每个位点的SSR多态信息量(PIC)平均为0.87;36个糯玉米品种间平均遗传相似性系数为0.64±0.072,变异系数为11.30%;聚类分析与主坐标分析结果一致,36份糯玉米材料共划分为3个类群。     

小麦抗蚜品种的遗传多样性SSR标记分析

分析小麦抗蚜品种(系)的遗传多样性,为进一步培育和推广抗蚜品种提供依据。在田间对956份小麦品种(系)损失率鉴定结果的基础上,取47份年度间鉴定抗性结果较为一致的材料,按损失率大小,由小到大排列起来,利用筛选的18对多态性SSR标记检测了参试材料的遗传多态性。结果表明,18对SSR标记在47份不同抗性品种中检测到99个等位基因,能够将所有品种区分开来,每对引物可以检测到1~10个等位基因,平均为5.21个。47个小麦品种间的相对遗传距离在0.33~0.94之间,平均为0.65。高抗品种间相对遗传距离平均为0.59(0.39~0.77);中抗品种间的相对遗传距离平均为0.62(0.39~0.83);感虫品种间的相对遗传距离平均为0.62(0.37~0.83);高感品种间的相对遗传距离平均为0.64(0.37~0.84)。SSR标记聚类分析在相对遗传距离为0.67处将供试材料分为7大类群。选育和推广抗虫品种时尽可能选择聚类图中亲缘关系较远的材料。抗虫品种‘临远95-5322’单独聚为一类,同其余品种具有较远的亲缘关系,可作为新的抗源用于抗虫育种。     

小麦抗麦红吸浆虫品种的遗传多样性分析

为了更深入地揭示小麦抗麦红吸浆虫品种(系)的遗传多样性,在田间虫圃对1562份小麦品种(系)损失率鉴定结果的基础上,取47份年度间鉴定抗性结果较为一致的材料,按损失率大小,由小到大排列起来,利用19对多态性SSR标记检测了参试材料的遗传多态性。结果表明,19对SSR标记在47份不同抗性品种中检测到104个等位基因,能够将所有品种区分开来,每对引物可以检测到3～8个等位基因,平均5.47个。47个小麦品种间的遗传距离从0.40～0.95不等,平均为0.71。高抗品种间遗传距离平均为0.66(0.40～0.95);中抗品种间的遗传距离平均为0.69(0.46～0.90);感虫品种间的遗传距离平均为0.69(0.53～0.95);高感品种间的遗传距离平均为0.68(0.41～0.90)。SSR标记聚类分析在遗传距离为0.74处将供试材料分为6大类群。抗虫品种晋麦65号单独聚为一类,同其余品种具有较远的亲缘关系,可作为新的抗源用于抗虫育种,并在吸浆虫发生地块推广种植。     

用SSR标记分析高油栽培大豆品种的遗传多样性

利用47 对SSR 引物对我国56份高油栽培大豆的遗传多样性进行分析.结果表明: 47对SSR引物在上述品种中共检测到289个等位变异,平均6.15个;引物遗传多样性指数在0.223 9～0.858 7,平均0.667 9;品种间遗传相似系数变异在0.117～0.926,说明高油大豆中存在丰富的遗传变异.利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析结果可将56份材料分为6个类群, 其类群分布表现出一定的地域相关性.     

基于SSR小豆新品种(系)DNA指纹图谱构建及亲缘分类初探

为寻求鉴定小豆品种基因型的新途径,对不同地区来源的37个新品种(系)和12个品种资源进行了SSR分析。利用7对SSR引物扩增出的22个多态位点,对供试品种(系)进行了区分,初步构建出供试品种(系)DNA指纹图谱。聚类分析表明,当截值取0.37时,49个小豆材料可划分为7个类群。37个育成品种(系)全部聚在同一类群内,遗传差异相对较小;在育成品种类群内,可划分为8个具有不同特征的亚类群,聚类结果与品种(系)的系谱来源相吻合。地方品种资源内的遗传多样性较高,与育成品种间遗传距离较远。     

新疆小麦地方品种遗传多样性的SSR分析

为了评价新疆小麦地方品种的遗传多样性,利用42对SSR引物对75份新疆小麦地方品种进行遗传多样性分析。结果表明：在75份地方品种中42个SSR位点共检测到317个等位变异,等位变异变化范围为2~15个,平均7.55个;多态性信息指数(PIC值)变化范围为0.169~0.905,平均0.696。基因组的平均等位变异是D＞B＞A,遗传多样性指数为B＞D＞A。聚类分析表明75份供试新疆小麦材料可划分为3大类8亚类,聚类结果与材料的生态型密切相关,冬小麦地方品种和春小麦地方品种分别归属不同的类或亚类,春小麦地方品种的遗传多样性高于冬小麦地方品种,同时也反映了一定的地域特性。总之,新疆小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

101份贵州玉米地方种质的SSR遗传多样性分析

为了分析101份贵州玉米地方种质的遗传多样性及其之间的遗传关系,利用微卫星分子标记(SSR)技术,从220对SSR引物中筛选出23对差异比较明显的SSR引物进行PCR扩增,共检测出252个等位基因变异,变幅为7～21个,平均为11个。每个位点的多态性信息量(PIC值)分布范围为0.753～0.945,平均为0.857。遗传相异系数变幅在0.722～0.905之间,平均值为0.812。以遗传相异系数0.80为界进行聚类分析,可将材料划分为5个大群,其中来自册亨县的大黄早单独划分在第一类群,与其他4个类群的遗传距离较远。利用SSR进行玉米亲缘关系分析,为贵州地方种质资源系统研究和今后玉米育种提供了理论依据。     

中国湖桑地方品种遗传多样性分析

[目的]探讨中国湖桑地方品种的遗传多样性。[方法]采用ISSR分子标记技术,对141个湖桑品种的遗传多样性进行分析,并根据ISSR标记遗传相似系数,按UPGMA法对141份湖桑地方品种进行聚类分析。[结果]共扩增出90个条带,其中多态性条带57条,多态性比率63.33%。141份湖桑的遗传相似系数变异范围为0.633 3~1.000 0,平均遗传相似系数为0.483 4,表明不同湖桑品种间的遗传多样性存在差异。但聚类分析结果与传统的形态学和农艺学性状的分类结果不完全一致。[结论]4个亚类清楚地代表了141份湖桑的遗传关系,并为桑树品种的优化和种质资源的保护提供了理论依据。     

ISSR Analysis on Genetic Diversity of Local Varieties of Chinese Hu mulberry（Morus L.）

[Objective] The aim was to study on the genetic diversity of local varieties of Chinese Hu mulberry （Morus L.）. [Method] The genetic diversity of 141 copies of Hu mulberry varieties was analyzed by ISSR molecular markers. [Result] 12 ISSR primers had amplified a total of 90 amplified,of which 57 bands were polymorphic,and the polymorphic rate was 63.33%. The genetic similarity coefficients of 141 Hu mulberry germplasm resources varied from 0.633 3 to 1.000 0 with the average of 0.483 35,indicating that there was difference on genetic diversity among different varieties of Hu mulberries. A dendrogram of all 141 Hu mulberry varieties based on the genetic similarity coefficients using ISSR molecular markers was generated by UPGMA cluster method. Clustering of the 141 Hu mulberry varieties did not correspond with the conventional classification involving differences in style,leaf,branch,fruit and other morphological or agronomical characters. [Conclusion] Four subgroups clearly represented the genetic relationships in the 141 accessions which were benefit for the variety improvement and germplasm resource conservation.     

谷子种质资源遗传多样性研究

利用谷子基因组序列开发出SSR引物205对,其中171对可以稳定扩增出目的条带,149对有多态性。利用30个多态性SSR标记对41份谷子种质资源进行遗传多样性分析,共检测出291个等位变异,平均每个位点9.7个。谷子地方品种基因多样性指数平均为0.7907,育成品种基因多样性指数平均为0.7571。对41个谷子品种进行聚类,在遗传相似系数为0.164时聚为6组,与生态型基本一致。     

桑树二倍体及其人工诱导同源四倍体遗传差异的RAPD分析

【目的】从DNA分子水平分析不同桑树二倍体及其人工诱导同源四倍体的遗传差异,为进一步探讨桑树多倍体诱变遗传规律提供理论依据。【方法】利用RAPD分子标记技术,对8个桑树二倍体品种与经秋水仙碱化学诱变获得的同源四倍体进行RAPD多态性和聚类分析。【结果】不同桑树品系二倍体间及与其人工诱导的同源四倍体间的RAPD多态性均存在明显差异。农桑8号和湖桑199号的二倍体及其同源四倍体间的扩增条带完全一致,诱导未产生变异;湖桑32号的二倍体及其同源四倍体的RAPD多态性最高,达到20.41%,桐乡青、璜桑37号、湖桑197号、国桑20号和育71-1的二倍体及其同源四倍体的RAPD多态性由高到低依次分别为9.09%、6.06%、5.45%、5.17%和3.17%。不同桑树品系间可以分为2大类,其中湖桑32号和桐乡青聚为一大类。【结论】不同桑树品系二倍体经秋水仙碱诱变后产生的遗传差异较大。     

作物分子身份证构建软件ID analysis的编制

【目的】以作物品种或资源的SSR分子标记为基础数据,应用Visual Basic6.0开发作物分子身份证构建配套软件ID analysis,快速准确地筛选引物组合并高效鉴定品种。【方法】作物分子身份证理论由陈庆山提出,其原理是利用SSR标记在材料中的多态性特点,将多个标记进行排列组合,快速有效地区分品种资源的算法--逐步扩增法。通过对40份黑龙江省大豆品种的40对引物数据进行分子身份证构建,阐述该软件的详细操作过程。【结果】利用Visual Basic6.0编程软件设计人机交互界面,通过编程实现核心算法,开发ID analysis软件,软件集成全库构建、部分构建、ID判定、数据合并等功能。其中,全库构建是软件的核心功能,通过全库构建可以快速分析区分材料的最少标记;部分构建可以选择部分目标材料进行区分;ID判定可以在分子身份证数据库构建完成的前提下,对未知材料进行SSR分析,根据获得的分子身份证数据来确定材料是哪个品种或近似品种;数据合并功能可以将多次试验数据整合成一个数据集。利用软件全库构建功能对范例数据进行分析得到以下结果：①在40对引物对40个大豆品种的分子身份证构建中,共有13个引物由于缺失过多,不符合标准被剔除,剔除引物为：Sat_111、Sat_218、Satt231、Satt685、Satt514、Satt551、Satt077、Satt358、Satt424、Satt100、Satt838、Satt893和Satt891。②共有6个引物由于与其他引物相似系数过高,不符合标准被剔除,剔除引物为：Satt253、Satt192、Satt417、Sat_229、Satt127和Satt496。③在分析的40个品种中,共有5个品种具有7个特异等位基因,分别为引物Satt516在材料东农36中显示特异条带3;引物Satt253在材料东农36中显示特异条带1;引物Sat_229在材料嫩丰17中显示特异条带1;引物Satt192在材料东农42中显示特异条带3;引物Satt206在材料北丰19中显示特异条带1;引物Satt244在材料北丰19中显示特异条带4;引物Satt363在材料黑河14中显示特异条带1,因此,可以通过这些特异等位基因直接确定需要鉴定的品种。④仅需7对引物便可将40份大豆品种完全区分开,引物组合为：Satt398、Satt380、Satt453、Satt288、Satt244、Sat_092和Satt206。【结论】编制了用于作物分子身份证构建的软件ID analysis,软件界面友好、使用简便、高效、灵活。实现单个软件完成作物分子身份证的构建,达到了对资源品种鉴定的目的。随着技术的发展和毛细管电泳的应用,开发全自动分子身份证分析系统甚至开发基于分子身份证理论的快速资源鉴定仪将成为可能。     

中粳水稻品种资源的遗传多样性Ⅱ.黄淮稻区近期育成品种的SSR多样性比较

采用42个SSR标记,分析了136份中国黄淮稻区近期育成的中粳水稻品种(系)的遗传差异,发现有33个标记具有多态性,多态性位点共检测到106个等位基因,每个位点2.0~7.0个,平均3.2个。供试品种的基因多样性指数(He)平均值为0.249,变幅为0.171~0.426,遗传多样性较低。供试品种(系)籼粳分化程度(TDj)值的分布范围为0.629~0.945,籼粳分化比较彻底,粳稻基因成份高。UPGMA聚类结果表明,利用SSR分子标记可将供试136个粳稻品种(系)与对照籼稻品种分开,粳稻群在遗传距离为0.43处分为2个类群,并可进一步分为多个亚群,聚类结果一定程度上反映了品种(系)间的亲缘关系。