进境澳大利亚大麦上葡萄茎枯病菌的检疫鉴定

自进境澳大利亚大麦样品上,采用常规平板分离法获得1株疑似葡萄茎枯病菌菌株74919。通过形态学特征观察、β-tubulin和actin序列比对分析以及致病性测定,对该菌株进行了种类鉴定。结果表明:菌株74919在PDA培养基上生长良好,可产生大量分生孢子器和厚垣孢子;基于β-tubulin和actin序列构建的系统发育树中,菌株74919和其他葡萄茎枯病菌相关序列划分在同一分支;菌株74919接种大麦叶片,在接种部位引起叶斑症状。根据上述实验结果,将菌株74919鉴定为葡萄茎枯病菌(Didymella glomerata),这是我国口岸首次从进境澳大利亚大麦中截获葡萄茎枯病菌。     

基于DNA序列分析的葡萄茎枯病菌检疫鉴定

葡萄茎枯病菌是我国进境植物检疫性有害生物,目前口岸对葡萄茎枯病菌的检疫鉴定主要依靠形态学观察,然而单纯利用形态学难以对其进行准确鉴定,需与分子生物学方法相结合。为找出有效分子标记,本研究以宁波口岸截获鉴定的41株葡萄茎枯病菌分离株和收集自ATCC和CBS的2株葡萄茎枯病菌为研究对象,对上述菌株进行形态学观察,ITS、actin和β-tubulin基因序列测定,同时采用序列分析手段考察上述基因片段在葡萄茎枯病菌鉴定区分上的应用价值。研究结果表明葡萄茎枯病菌形态变异较大,ITS无法有效区分葡萄茎枯病菌,actin和β-tubulin基因片段能够将葡萄茎枯病菌从近似种中准确划分出来,利用3个基因片段联合建树区分能力较强。     

进境油菜籽中黑胫病菌和茎基溃疡病菌的检测

为准确鉴定从进境澳大利亚油菜籽样品中分离的真菌分离物,利用形态学特征、PCR检测、序列分析以及致病性测试等方法对分离物6382-43和6382-51进行了鉴定试验。结果表明,分离物6382-43的形态特征和油菜茎基溃疡病菌Leptosphaeria maculans相似,菌丝生长较慢,菌落边缘不规则,不产生色素。油菜茎基溃疡病菌特异性引物LmacF/LmacR检测为PCR阳性;ITS区序列和油菜茎基溃疡病菌的序列相似性为99.8%;接种幼嫩油菜子叶产生油菜茎基溃疡病的典型症状。分离物6382-51的形态特征和油菜黑胫病菌L.biglobosa相似,菌丝生长较快,菌落边缘规则,产生色素;油菜黑胫病菌特异性引物LbigF/LmacR检测为PCR阳性;ITS区序列和油菜黑胫病菌的序列相似性为100%;接种幼嫩油菜子叶产生油菜黑胫病的典型症状。根据分离物的形态特征、PCR检测结果、序列分析以及致病性测试结果,将进境澳大利亚油菜籽样品中的真菌分离物6382-43和6382-51分别鉴定为油菜茎基溃疡病菌Leptosphaeria maculans和油菜黑胫病菌L.biglobosa。     

进境哈萨克斯坦油葵中向日葵黑茎病菌的检疫鉴定

依据出入境检验检疫行业标准SN/T 3174-2012,对新疆口岸进境的哈萨克斯坦油葵中的向日葵黑茎病菌进行检疫鉴定。挑取油葵样品中的可疑病种子和植株残体作为实验材料,分别提取其DNA,用向日葵黑茎病菌特异性检测引物LEPB/LEPF对挑取的样品进行PCR检测初筛,初筛结果阳性者,进行病原分离培养。对分离获得的阳性纯培养菌株的菌落、孢子形态进行观察,PCR检测及致病性测定,最终确定其为向日葵黑茎病菌。本研究从进境哈萨克斯坦油葵中分离到检疫性病原菌,新疆周边口岸应进一步加强疫情监测与调查。     

基于TaqMan MGB探针的葡萄茎枯病菌实时荧光PCR检测方法

 葡萄茎枯病菌是我国进境植物检疫性有害生物。带菌植物材料是病害传播的重要载体,准确、灵敏、快速的检测方法是严格执行口岸检疫措施及研究病害防控措施的有力工具。根据葡萄茎枯病菌及其近似种的细胞骨架蛋白(Actin)基因序列差异,设计并合成1对引物和1条特异性TaqMan-MGB探针,建立了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR检测方法。通过对反应体系的优化,确定了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR最佳反应条件:引物终浓度为0.6 μmol·L^-1,探针终浓度为0.6 μmol·L^-1。灵敏度试验结果显示,最低检测限为总DNA含量20 pg(20 μL反应体系)。此方法快速灵敏,整个反应1 h即可完成,检测过程完全闭管,无需PCR产物后续处理,为快速检测葡萄茎枯病菌提供了重要参考。该方法用于口岸疑似菌株检测,可成功检测出葡萄茎枯病菌。本研究建立的基于TaqMan MGB探针的荧光定量PCR检测方法为葡萄茎枯病菌的早期快速检测监测提供了有力工具。     

基于TaqMan MGB探针的葡萄茎枯病菌实时荧光PCR检测方法

 葡萄茎枯病菌是我国进境植物检疫性有害生物。带菌植物材料是病害传播的重要载体,准确、灵敏、快速的检测方法是严格执行口岸检疫措施及研究病害防控措施的有力工具。根据葡萄茎枯病菌及其近似种的细胞骨架蛋白(Actin)基因序列差异,设计并合成1对引物和1条特异性TaqMan-MGB探针,建立了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR检测方法。通过对反应体系的优化,确定了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR最佳反应条件:引物终浓度为0.6 μmol·L^-1,探针终浓度为0.6 μmol·L^-1。灵敏度试验结果显示,最低检测限为总DNA含量20 pg(20 μL反应体系)。此方法快速灵敏,整个反应1 h即可完成,检测过程完全闭管,无需PCR产物后续处理,为快速检测葡萄茎枯病菌提供了重要参考。该方法用于口岸疑似菌株检测,可成功检测出葡萄茎枯病菌。本研究建立的基于TaqMan MGB探针的荧光定量PCR检测方法为葡萄茎枯病菌的早期快速检测监测提供了有力工具。     

不同引物PCR检测向日葵黑茎病菌的灵敏度比较及应用

为准确快速筛查进境油葵种子中携带的向日葵黑茎病菌Plenodomus lindquistii,采用常规PCR方法比较了3对向日葵黑茎病菌PCR检测引物320FOR/320RVE、LEPB/LEPF和LLF/LLR的灵敏度,对哈萨克斯坦进境120批油葵种子样品进行PCR检测,并对检测为阳性的样品进行产物序列测定及病原菌分离。结果显示,引物320FOR/320RVE的检测灵敏度最高,可达10-5ng/μL,引物LEPB/LEPF和LLF/LLR分别为10-4ng/μL和10-3ng/μL。利用引物320FOR/320RVE、LEPB/LEPF和LLF/LLR对120批进境油葵种子样品进行检测,阳性检出率分别为65%、50%和45%,阳性检出率高低与引物的检测灵敏度相一致。阳性样品扩增的产物序列与Gen Bank中向日葵黑茎病菌的序列同源性最高;分离的病原菌菌落为乳白色至灰白色,分生孢子器黑褐色、球形并产生透明状分生孢子液,分生孢子单胞、无色、肾型、两端有油球,与已报道的向日葵黑茎病菌的病原特征描述一致,初步鉴定哈萨克斯坦进境油葵种子中存在向日葵黑茎病菌。     

进境美国大豆中大豆茎褐腐病菌的截获

 从进境的美国大豆豆秆样品中分离到2株疑似大豆茎褐腐病菌Phialophora gregata的分离物247-8和8300-5,2株分离物在PGM培养基上菌落圆形,边缘规则,白色至暗褐色,表面隆起,粗糙,轮纹状。分生孢子卵形至椭圆形,无色,平滑,单胞,平均大小4.3 μm×1.9 μm。分生孢子梗具有瓶梗状结构,无色,无隔膜或有隔膜,大小(5~16)μm×(2~3) μm,呈桶型或长颈瓶型。特异性引物BSRIGS1/2、BSR1/2和Pgl/4分别扩增分离物247-8的DNA得到预期1 022 bp、483 bp和499 bp的产物;分离物8300-5的DNA经PCR扩增分别得到834 bp、483 bp和499 bp的预期条带。2株分离物的ITS区序列完全一致,与GenBank中大豆茎褐腐病菌(登录号AB190396、DQ459387、DQ459386和AF132804)的序列相似性为100%。人工接种大豆幼嫩植株茎基部均产生大豆茎褐腐病菌的典型症状。根据分离物形态特征、PCR检测、序列分析以及致病性测试结果,将进境美国大豆样品中的分离物247-8和8300-5鉴定为大豆茎褐腐病菌P. gregata。     

洋葱腐烂病菌PCR检测方法的建立

为了快速准确检测洋葱腐烂病菌（Burkholderia gladioli pv. alliicola，简称Bga），根据GenBank中Bga与相关种的序列差异设计特异引物BG5/BG7和探针Bga-P，建立了Bga常规PCR和荧光PCR检测方法。测试结果表明，引物和探针对供试的11株Bga菌株表现为阳性反应，其他64株供试菌株和空白对照均为阴性。常规PCR和荧光PCR方法的检测灵敏度分别为24 pg和240 fg菌体DNA。美国、法国、意大利等国进境的80批次洋葱种子样品的检测结果显示，这两种方法的阳性检出率分别为7.5%和12.5%。选取阳性样品进行病菌分离，成功从2批次法国进境洋葱种子中分离到目的菌。本文建立的洋葱腐烂病菌PCR检测方法可为口岸检测部门提供更高效、灵敏和特异的检测手段。     

水稻内生细菌的分离及其拮抗性与潜在致病性测定

从江苏省扬州、南通、常州和徐州等地水稻根、茎和种子分离获得内生细菌736个菌株,其中对稻瘟病菌、稻恶苗病菌、稻纹枯病菌和稻白叶枯病菌拮抗的菌株分别占20.7%、5.4%、3.1%和1.1%,且主要来自根和茎,并有24个和3个菌株分别对2种和3种病菌有拮抗活性。对稻瘟病菌和稻恶苗病菌拮抗的内生细菌转管培养20代后,多数菌株拮抗活性稳定,对其他两种病菌拮抗的菌株转管培养后则拮抗能力大都显著下降或丧失。经形态和生理生化鉴定,高拮抗菌株G87(对稻瘟病菌、稻恶苗病菌、稻白叶枯病菌拮抗)和J215(对稻瘟病菌、稻恶苗病菌拮抗)为枯草芽孢杆菌。针刺和剪叶接种试验表明,大多数水稻内生细菌不致病,少数(3.4%~4.8%)在人工接种条件下可有致病能力或潜在致病性。     

黄瓜枯萎病菌拮抗菌的筛选、鉴定和防效测定

为获得对黄瓜枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. cucumerinum(FOC)具有拮抗作用的生防菌株,采用稀释涂布平板和平板生长对峙法从健康黄瓜根际土壤中分离、筛选对FOC具有强拮抗能力的拮抗细菌,并从形态学观察、生理生化特性、全细胞脂肪酸分析及16S rRNA和gyr B基因序列相似性对拮抗能力最强的菌株进行鉴定,同时测定拮抗菌无菌过滤发酵液对FOC菌丝生长、孢子萌发的抑制作用,并评价其发酵液对盆栽和大田黄瓜枯萎病的防治效果。研究结果显示,从健康黄瓜根际土壤中分离获得23株对FOC具有拮抗作用的细菌,其中菌株FJ17-4对FOC抑菌作用最强,鉴定为贝莱斯芽胞杆菌Bacillus velezensis。FJ17-4抑制FOC引起菌丝畸形、扭曲、膨胀、皱缩、缠绕等异常现象。10%无菌过滤液对FOC菌丝生长和孢子萌发的抑制率分别为70.96%和85.40%。50倍发酵液、菌体悬浮液和无菌过滤液盆栽防治效果分别为70.20%、58.87%和47.80%,大田防治效果分别为69.53%、58.46%和36.12%。综上,FJ17-4能有效抑制FOC,对黄瓜枯萎病具有显...     

从福建分离的广东赛葵曲叶病毒的分子特征

 从中国福建省表现曲叶和脉突症状的赛葵上分离到病毒分离物FJ1~FJ6。利用菜豆金色花叶病毒属病毒的特异性简并引物PA/PB,在所有6个分离物中都分离到了约500bp长度的病毒部分DNA片段。这些DNA片段与已报道的广东赛葵曲叶病毒(Malvastrum leaf curl Guangdong virus,MLCuGdV)的核苷酸序列同源性高达90%-93%。随机挑选FJ3分离物进行全基因组DNA的克隆测序。结果表明,FJ3 DNA全长2765个核苷酸,具有典型的双生病毒科病毒的基因组结构特征,与MLCuGdV的同源性为92.9%,表明FJ3是MLCuGdV的一个分离物。系统进化分析表明,除了MLCuGdV,FJ3与其它赛葵上分离到的双生病毒的亲缘关系都较远,而与分离自中国南方番木瓜上的双生病毒聚成簇,有较近的亲缘关系。进一步比较分析各蛋白编码的氨基酸序列发现,FJ3可能是一个种间重组分子,它可能是由中国番木瓜曲叶病毒或广东番木瓜曲叶病毒和另外的未知病毒重组产生的。     

Phoma–Didymella complex on hybrid arctic bramble with wilting symptoms

Pycnidia containing conidia characteristic of Phoma spp. and pseudothecia containing ascospores characteristic of Didymella applanata were isolated from edges of expanding stem lesions and dead stems of wilted cultivated hybrid arctic bramble plants ( Rubus arcticus nothossp. stellarcticus ) in Sweden in 1998 and 1999. The fungi were morphologically similar when grown on culture media, but some differences in growth rate were observed. They were also similar to the reference isolates of D. applanata (anamorph Phoma argillacea ). However, they were different from an isolate of Phoma sp. (HPP 38) isolated from cultivated arctic bramble ( R. arcticus ssp. arcticus ) in Finland in 1980, and from reference isolates of Phoma glomerata isolated from other hosts. Multivariate analysis of growth rate data and conidial dimensions measured in vitro indicated that the fungi isolated from hybrid arctic bramble in Sweden were not distinguishable from D. applanata , but were clearly distinct from P. glomerata and P. exigua. Furthermore, they had identical ITS1 and ITS2 sequences, and were placed in a phylogenetic clade very closely related to the clade that contained isolates of D. applanata isolated from raspberry ( Rubus idaeus ). In contrast, isolate HPP 38 from Finland was placed in a clade with P. exigua. These data indicate that the Swedish isolates infecting arctic bramble belong to a strain of D. applanata that differs from the isolate infecting raspberry only by two common nucleotide substitutions in ITS2. Fungi of the Phoma–Didymella complex on wild and cultivated arctic bramble (a total of 291 plants showing symptoms sampled from 37 sites) were detected by a PCR-based assay and found to be common in northern Sweden, but rare, albeit widely distributed, in Finland.     

葡萄卷叶伴随病毒2号和3号辽宁分离物部分基因组的序列分析

 将采自辽宁兴城地区在生长期间具典型卷叶病症状的金星无核(Venus Seedless)葡萄品种休眠枝条,用RT-PCR检测4种葡萄卷叶伴随病毒(Grapevine leafroll-associated viruses,GLRaVs),扩增得到了葡萄卷叶伴随病毒2号(GLRaV-2)和葡萄卷叶伴随病毒3号(GLRaV-3)两种病毒的主要外壳蛋白(major coat protein,CP)基因的完整序列(GenBank登录号分别为FJ786017和FJ786016)。这表明该葡萄植株受到了GLRaV-2和GLRaV-3辽宁分离物(GLRaV-2-LN和GLRaV-3-LN)的复合侵染。根据检测结果,克隆了GLRaV-2-LN基因组3'端CPm (minor capsid protein)、p19(19-kDa protein)和p24(24-kDa protein)基因(GenBank登录号分别为FJ786018、FJ786019和FJ786018)。序列分析表明,GLRaV-3-LN的CP基因全长942 nt,与已报道的国内外其它分离物CP基因全序列相比,核苷酸序列同源性为89.8%~91.8%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.9%~97.4%。GLRaV-2-LN的CP、CPm、p19和p24基因全长分别为597 nt、672 nt、486 nt和618 nt。与国外报道的几个分离物的相应蛋白基因全序列相比,核苷酸序列同源性分别为88.3%~100.0%、78.7%~99.9%、75.1%~99.4%和87.5%~99.5%;由此推导的氨基酸序列同源性分别为92.9%~100.0%、89.2%~100.0%、73.9%~99.4%和89.3%~99.0%。     

桉树溃疡病病原菌的鉴定

 随着桉树人工纯林的面积扩大,桉树病害也日趋加重,严重影响和制约桉树产业的发展。2008年至今,在云南省石林县和红河州桉树种植区发生一种病害,主要为害嫩枝、枝条和主干,发病初期,感病枝条和主干上产生红褐色圆或椭圆形坏死斑,以后逐渐扩大成椭圆或不规则溃疡斑,病变扩展到木质部后,常造成枝条生长畸形,易引起刮风断裂。主干树皮下明显呈黑褐色坏死,并造成感染面周围树皮开裂,溃疡处一般可看到流胶,严重时造成整株干枯死亡。调查发现,该病发病率通常在 10％～25％,重者可达 40％ 以上,引起桉树溃疡和枯萎死亡。本文通过病原菌分离、致病性测定及传统、分子鉴定明确了该病的病原,以期为病害防治提供理论依据。     

进境意大利苹果苗上葡萄茎枯病菌的截获鉴定

The isolate ZM40-1 was isolated on Mallus sp. imported from Italy in Ningbo port traditional PDA method. The isolate grew well on three kind of medium, including PDA, MEA and OA, producing mostly little aerial mycelium and abunt pycnidia. The pycnidia were globose or subglobose, 36.4-191.8(87.2) μm in diameter and conidia were variable in shape, mostly ovoid-ellipsoidal, single cell, sometimes curved, 3.3-6.2(5.1)μm ×1.9-3.1(2.7) μm in diameter and hyaline. Chlamydospores were mostly multicellular, solitary or in chains, brown and 18.0-48.0(35.2) μm×7.4-18.7(13.8) μm in size. To compare the isolate sequences (ITS, 28S, ACT and TUB) with the identity of respestive sequence of Phoma glomerata from NCBI GenBank databases by blastn method, the isolate DNA was amplified and sequenced by universal primers. Analysis of these sequences with the related sequences deposited in the NCBI database showed that these sequence had 100% identities, respectively. Pathogenicity tests showed that the isolate didn’t infect stem of Mallus sp.. However, the fruit and leaf were susceptible to P. glomerata. Based on morphological characteristics, molecular and pathogenicity test results, the isolate ZM40-1 was identified as Phoma glomerata (Corda) Wollenweber & Hochapfel. To our know-ledge, this is the first report of interception and identification of P. glomerata in China.     

越南槐圆斑病病原鉴定

豆科槐属多年生植物越南槐(Sophora tonkinensis Gagnep.)是我国传统中药材山豆根的基源植物,药用其干燥根及根茎,具有清热解毒、消肿利咽的功效,在历版《中华人民共和国药典》中均有收载[1].广西是山豆根药材的道地产区[2],近年来随着山豆根市场需求的日益增大,越南槐在广西的种植面积由最初的60多公...     

Biodegradation of methylthio-s-triazines by Rhodococcus sp. strain FJ1117YT, and production of the corresponding methylsulfinyl, methylsulfonyl and hydroxy analogues

A novel bacterial strain FJ1117YT was isolated from an enrichment culture with the herbicide simetryn. The isolate was capable of degrading the herbicide supplied as the sole sulfur source in an aquatic batch culture. The strain FJ1117YT was identified as that belonging to Rhodococcus sp. on the basis of comparative morphology, physiological characteristics and comparison of the 16S rRNA gene sequence. The biodegradation pathway of simetryn was established by isolating the methylsulfinyl analogue as the first metabolite and by identification of the methylsulfonyl intermediate and the hydroxy analogue by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) and/or nuclear magnetic resonance (NMR) analysis. The results indicate that the methylthio group was progressively oxidised and hydrolysed by the strain FJ1117YT. The same strain is also able to metabolise other methylthio-s-triazines such as ametryn, desmetryn, dimethametryn and prometryn through similar pathways.     

锦葵脉明病毒中国蜀葵分离物cp基因序列分析

本研究利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)和非序列依赖性PCR扩增技术(sequence-independent amplification,SIA)对表现出条斑症状的感病蜀葵进行了病原鉴定,结果发现侵染蜀葵的病原为锦葵脉明病毒(Malva vein clearing virus,MVCV),这是锦葵脉明病毒在国内首次报道。为进一步明确锦葵脉明病毒中国蜀葵分离物(MVCV-AR)的来源及进化关系,克隆获得其外壳蛋白(coat protein,cp)基因(Gen Bank登录号为KX619649)。通过与其他MVCV分离物的核苷酸及氨基酸序列比对分析可知,MVCV-AR与Mexico的tomato分离物(FJ561293)的核苷酸同源性最高为90.5%;与来自Italy的DS-Ba-01分离物(FM 212972)的氨基酸同源性最高为98.3%。系统进化分析表明,MVCV-AR与DS-Ba-01分离物聚为一簇,形成独立的分支。