禽副粘病毒2型Yucaipa标准株F基因的克隆和序列分析

根据从GenBank上查到的PMV-2型Yucaipa株F基因序列——D13977序列，设计特异性引物，从禽副粘病毒2型Yueaipa标准株成功地克隆了F基因全编码序列。所测的核苷酸序列大小为1654bp，编码一个含536个氨基酸残基的多肽(未加工前)，分子量约为55．75kDa。裂解位点在F基因的第98和第99个氨基酸残基之间，F2蛋白羧基端裂解位点区的氨基酸残基序列为Lys-Pro-Ala-Ser-Arg。F基因序列同源性比较结果表明本研究所测的序列是PMV-2型F基因序列，并进一步证实了副粘病毒2型与分离自猴的Murayama病毒在系统进化上有非常紧密的关系。     

禽Ⅰ型副粘病毒广西分离株F基因序列及毒力的研究

对源于鸡，鹅，鸽的9株APMV-1广西分离株及我国常用的中发型疫苗毒株I株（Mukteswar株）的F基因N-端前段进行了RT-PCR坟增，产物进行核苷酸序列测定。用基因分析软件DNAStar进行分析并与已发表的其它参考毒株进行比较。结果发现，广西分离株在裂解位点的氨基酸组成和排列均符合强毒株的特征。根据F基因绘制的系谱树来看，广西鸡和鹅分离株都归属于基因型Ⅶ，证实近年来广西流行的基因型与国内其他地区的相同；并发现中发型疫苗毒株I系（Mukteswar株）也属于基因型Ⅶ。研究还对分离株进行了常规的毒力和致病性测定试验。并与根据F基因序列特征判定的结果相比较。结果发现其中一株鸽源和两株鹅源分离株根据常规方法判定的结果与毒株在临床上的致病性不相符。而根据F基因序列特征判定的结果与毒株在临床上的致病性相一致。     

禽副粘病毒-2型标准毒株与不同分离株HN基因的序列测定及分析

提取实验室保存禽副粘病毒-2标准毒株Yucaipa株和3株分离毒株F4、F6、F8株的RNA，经RT—PCR，获得4株毒株的HN基因，同时测得F基因与HN基因之间的序列。序列分析结果表明，HN基因的ORF全长为1743 nt，编码一个由580个氨基酸组成的蛋白。运用DNAMAN软件分析，4株毒株与GenBank上已发表毒株的HN基因的核苷酸和氨基酸之间的同源性相比，同源率分别为99．89％和99．69％。分析F基因与HN基因间序列发现两基因间序列与副粘病毒科其他病毒的基因间序列相似，含有基因起始信号和终止信号，但不含3个碱基的连接序列。通过序列分析，在分子水平上进一步证实分离于同一批进口七彩文鸟的F4、F6株是抗原性存在差异的两个毒株。毒株间的血清学关系与分子水平的核苷酸序列、氨基酸序列的比较关系一致。     

鹅源I型禽副粘病毒JG97株F基因的分子特性分析

根据GenBank中鸡新城疫病毒（NDV）基因序列合成了1对引物,通过RT-PCR扩增出了鹅源I型禽副粘病毒（AMPV-1）或NDV JG97株的F基因。将扩增片段克隆到pGEM-T载体中,并进行了序列测定。该片段含1个完整的、长1662bp的F基因开放阅读框（ORF）,编码的F蛋白长553个氨基酸,其中含有12个半胱氨酸残基和6个潜在的糖基化位点,其裂解位点的氨基酸顺序为^112R-R-Q-K-R-F^117,与NDV强毒株特征相符。同源性分析表明,JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97株的核苷酸和蛋白氨基酸的同源性分别为94．6％-99．6％和96．6％-99．5％,与LaSota株的核苷酸和氨基酸的同源性仅为84．6％和88,8％。结果表明JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97等5个毒株的遗传关系较近,而与LaSota株差异较大。     

禽Ⅰ型副粘病毒各种禽源分离株的免疫原性

分别制备了源于鸡、鹅、鸽、鹌鹑、孔雀、画眉鸟、珍珠鸡的禽型副粘病毒(APMV-1)7个强毒分离毒株和商品弱毒疫苗株克隆30(C30)的灭活油乳剂苗,并用这8种灭活油乳剂苗和C30株的活疫苗分别在鸡、鹌鹑、鹅和鸽进行了免疫及交叉攻毒保护试验。免疫后(PI)分别测定试验禽血清的新城疫病毒(NDV)血凝抑制(HI)抗体的滴度,并于PI 5周用强毒株进行攻毒。结果表明,鸽的HI抗体几何平均滴度(MAT)为9.00~10.0 log2,鸡的为7.13~7.63 log2,鹌鹑的为5.00~5.13 log2,鹅对灭活油乳剂苗的为5.63~6.38 log2、而对C30株活疫苗的仅为3.38log2;除了C30株活疫苗免疫鹅提供的保护率比较低(20%)外,8种油乳剂苗都能对同源或者异源强毒株的攻毒提供比较高的保护率(66.75%~100%)。研究结果表明,经典疫苗株C30与近年来从各种不同禽类分离的致病性APMV-1野毒株之间、不同禽源分离株之间的抗原性,以及各种不同禽源分离株的之间的免疫原性差异均不大。     

半番鸭源禽1型副粘病毒FM01株的分离鉴定与F蛋白基因分析

从表现类似新城疫症状的病死半番鸭中分离到1株病毒FM01株，经血凝及血凝抑制试验证实为禽1型副粘病毒、以SPF鸡胚测定其平均致死时间为113，4h，对1d雏鸡脑内接种致病指数为0．23，表明为温和型毒株。利用RT-PCR技术一次性扩增其F蛋白全基因，克隆到pMD 18-T质粒载体，测序后获得F基因全序列，并推导出其相应的氨基酸序列。FM01株的F蛋白基因完整的编码区全长1662bp，编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117，具有温和型毒株特有的氨基酸序列结构．与常见新城疫毒株的核苷酸同源性在88．4％～99.6％之间，氨基酸同源性在89．2％～99.1％之间。     

鸭Ⅰ型禽副粘病毒YH99V株HN基因的克隆和序列分析

在浙江地区进行鸭病病因的调查过程中，从患病鸭群中分离到一株引起鸭产蛋锐减而不死亡的病毒，经鉴定该病毒属于禽副粘病毒Ⅰ型，命名为YH99V株。以YH99V株的基因组RNA为模板，通过RT—PCR一步法扩增出其HN基因的cDNA片段，然后将其克隆至pMD18-T载体中，对其进行序列测定。测序后拼接出HN基因的序列长度为1785bp，该基因的ORF总长为1734bp，编码577个氨基酸。将YH99V株HN基因序列和推导的氨基酸序列与新城疫毒株的HN基因相应序列比较后发现，它们的核苷酸序列同源性分别在82．1％～99．7％，氨基酸序列同源性为87．2％～99．5％。在同源性比较的基础上，进一步绘制了Ⅰ型禽副粘病毒株HN基因的系统发育树。这对于Ⅰ型禽副粘病毒毒力基因的功能分析和该病的分子流行病调查有着重要的意义。     

广西猪源I型副粘病毒F基因测序分析

对广西猪源I型副粘病毒F基因测序分析,为今后开展猪源副粘病毒的相关研究提供参考,也为有效防控副粘病毒感染奠定基础。参考GenBank发表的相关禽副粘病毒I型（Avian paramyxovirus serotypeI,APMVx）基因组序列,设计了1对特异性引物,用RT—PCR法分别扩增出病毒各F基因片段,并将目的基因片段回收纯化。测定得F基因的序列结果表明,从猪组织中分离获得1株猪源禽I型副粘病毒,分离株F基因112～117住裂解住点的氨基酸组成为R—R—Q－R—R-F,与强毒株DQ417113、AF458012的裂解位点一致。同源性分析结果表明,分离株与标准强毒株的核苷酸同源性分别为87．5％和87．4％。猪源禽I型副粘病毒分离株为强毒株,属于基因I型是传统型毒株,广西地区禽I型副粘病毒宿主范围呈不断扩大趋势。     

鸽Ⅰ型副粘病毒ZQ98-1株F基因全序列的克隆和序列分析

本研究报道了PMV－1／鸽／肇庆／1／1998株（ZQ98－1）F基因的全序列。该基因核苷酸序列长度为1712bp,编码由553个氨基酸组成的F0多肽。F0蛋白裂解位点处的氨基酸序列为^112K-R-Q-K-R-F^117,F0蛋白中有3个与病毒副合相关的重要抗原位点和6个糖基化位点。经比较,鸽Ⅰ型副粘病毒ZQ98－1株和PMV－1／Pigeon/England/1168/84(1168/84)株、Warwick株及Ulster株核苷酸序列的同源性分别为95％、90％和89％,氨基酸的为异率分别为5．4％、6．2％及9．1％。     

FP1株番鸭源禽Ⅰ型副粘病毒抗原性分析

为明确FP1株番鸭源禽Ⅰ型副粘病毒强毒与鸡新城疫强毒标准株F48E9之间的抗原性差异,本研究通过交互血凝抑制试验、血清交叉中和试验及雏番鸭免疫攻毒保护试验比较了FP1株番鸭源禽I型副粘病毒强毒与鸡新城疫强毒标准株F48E9之间的抗原性.结果显示同源阳性血清对病毒的血凝抑制效价比异源阳性血清对病毒的血凝抑制效价高2.66～4个滴度;两者之间的抗原相关值R为0.35;对于5日龄经肌注途径免疫接种1羽份量La Sota弱毒疫苗14d后的雏番鸭,以FP1株番鸭源禽Ⅰ型副粘病毒强毒、鸡新城疫强毒标准株F48E9分别攻击后,其保护指数分别为54.5、92.9.以上结果表明,FP1株番鸭源禽Ⅰ型副粘病毒与鸡新城疫强毒标准株F48E9存在较明显的抗原性差异,为鸭副粘病毒病疫苗的研制和该病的防控提供了依据.     

血清Ⅰ型鸭源副粘病毒HN蛋白基因的遗传变异及原核表达

参考GenBank发表的鹅副粘病毒（GPMV）SF02株基因组核苷酸序列，设计并合成了1对特异性引物，采用RT—PCR技术扩增鸭源血清I型禽副粘病毒DP1／0z株的HN基因，并进行遗传变异及原核表达研究。结果显示，HN基因共1716bp，编码571个氨基酸，存在6个潜在的糖基化位点和13个完全保守的半胱氨酸（C）残基。与GenBank中收录的鹕源副粘病毒HN基因核苷酸和氨基酸的同源性分别为81．3％～98．3％和87．2％～98．4％，系统进化树分析表明DP／02株与鹅源副粘病毒处于同一进化分支。经SDS—PAGE、Western—blot分析，原核表达的HN蛋白相对分子质量在63000左右，1mol／L（终浓度）IPTG时间梯度诱导，3h时HN蛋白表达量最高，占整个菌体蛋白含量的30％，且能与鼠抗鸭源血清I型禽副粘病毒阳性血清反应。     

鸽Ⅰ型副粘病毒F基因的序列分析

本研究采用RT-PCR方法成功地获得了3个鸽I型副粘病毒广东分离株(P4、P5和P7的F基因片段。经测序表明，基因片段长度均为1290bp；经序列分析发现，毒株P4与NDV标准株La Sota和C30的同源性最高，达到99．4％；而毒P5、P7与La Sota和C30的同源性相对较低，为83％。从建立的系统发育树可看出，毒株P4与NDV标准株La Sota和C30有很近的亲缘关系，而毒株P5、P7与NDV标准株La Sota和C30的亲缘关系相对较远。     

禽副黏病毒2型研究进展

禽副粘病毒 2型 (PMV-2 )属于副粘病毒科、腮腺炎病毒属 ,是制备人用生物制品所用SPF鸡的必检项目。该病毒呈世界性分布 ,我国鸡群中的感染也普遍存在。 PMV-2单独感染SPF鸡仅引起轻微的呼吸道症状 ,但与 IBV、MG等禽呼吸道病病原混合感染会明显加强后者的致病作用。PMV-2的 HN基因的 ORF全长为 1 743 nt,编码一个由 580个氨基酸组成的蛋白 ,F基因较为保守 ,变异不是很大。文章重点介绍了近年来关于 PMV-2病原学、流行病学、致病性、分子生物学以及诊断和防治方法的最新研究进展。     

鹅副粘病毒F基因的克隆及遗传变异分析

以鹅副粘病毒LN-7-02株基因组RNA为模板,用RT-PCR方法扩增出F基因片段,并克隆至T载体.经质粒PCR及酶切鉴定后,对阳性克隆进行测序.测序后拼接得到F基因上游539bp核苷酸序列,并推导出ATG后1～374bp氨基酸序列.序列分析表明,LN-7-02株F蛋白裂解位点区的氨基酸组成为112R-R-Q-K-R-F117,与禽Ⅰ型副粘病毒(APMV-1)强毒株特征相符.将LN-7-02与AMPV-1株CH2000、F48E9和LaSota进行同源性比较,结果LN-7-02与CH2000、F48E9和LaSota的同源性分别为91.8%、86%和84%,表明该毒株相对于经典的AP-MV-1在F基因上已发生了较大变异.根据国内外70株APMV-1的F基因核苷酸序列绘制系统发育进化树,结果疫苗株Lasota属于基因Ⅱ型,经典株F48E9属于我国特有的基因Ⅸ型,而LN-7-02株与鹅副粘病毒JS-9-01、ZJ-100和GD-QY97同属于APMV-1基因Ⅶ型.     

10株新城疫病毒分离F基因的克隆及遗传变异分析

对10株具有一定代表性的NDV分离株的F基因进行RT-PCR扩增和序列测定,核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明:F基因核苷酸序列的同源性为93.6%,推导氨基酸序列同源性为95.39%;根据F基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中2株属于弱毒株,8株属于强毒株,该结果与致病性试验测定的结果完全相符;不同年代、不同宿主分离株的F基因序列一致,高度保守.通过BLAST SEARCH比较,8株强毒株与广东鹅分离株GDGO(Y97)高度同源,处于进化树的同一分支.2株弱毒分离株与La Sota疫苗株仅有1～4个氨基酸改变,推测可能是免疫或散播La Sota疫苗株.抗原性指数分析表明HI分离株有三处明显变异,抗原位点推测分析表明H分离株比F48株和La Sota多出6个抗原位点,而Liu株抗原位点在446位后缺失.     

福建省羊传染性脓疱病毒F1L、B2L和VIR基因的遗传变异分析

为探明2014年-2015年在福建省流行的羊传染性脓疱病毒(ORFV)遗传变异情况,对10株ORFV流行毒株的F1L、B2L和VIR基因进行克隆、测序及分析。结果表明,10株ORFV F1L基因之间的核苷酸序列同源性为97.6%~100%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.3%~97.1%;同NZ2参考株比较,FJ-YT2014缺失2个氨基酸;10株ORFV B2L基因之间核苷酸序列同源性为97.5%~99.9%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.7%~99.5%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.7%~97.7%;10株ORFV VIR基因之间的核苷酸序列同源性为95.8%~99.5%,与国内株的核苷酸序列同源性为94.6%~99.6%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为94.6%~96.4%。基于基因核苷酸序列的遗传进化分析表明,10株ORFV F1L基因与福建省分离株、山西株和新疆株亲缘关系较近;10株ORFV B2L基因与新疆、山西、德国毒株亲缘关系较近;10株ORFV VIR基因与台湾、新疆株亲缘关系较近。结果提示,当前福建省流行的ORFV F1L、B2L和VIR基因尚未出现明显变异,但是其F1L、B2L和VIR基因核苷酸序列之间普遍存在异质性。     

一株H4亚型禽流感病毒全基因组序列测定及遗传演化分析

2008年对我国南方活禽市场进行流行病学监测时从鸭体内分离鉴定一株H4亚型禽流感病毒(AIV),命名为A/duck/Guangxi/912/2008(H4N2)(缩写为DK/GX/912/08)。为了解该株H4亚型AIV的来源、特征及其分子演化规律,本研究对其全基因序列进行测定,并与GenBank登录的相关病毒进行遗传演化分析。结果表明:DK/GX/912/08HA基因切割位点附近的氨基酸序列(PEKASR↓GLF)符合低致病力AIV的特征,其分子遗传演化关系属于东半球谱系的欧亚分支;NA基因与A/duck/Jiangxi/1286/2005(H5N2)在同一分支内,核苷酸同源性为98.1%;PB2基因与A/duck/Nanchang/4-165/2000(H4N6)处于同一分支;而NS基因与A/duck/Jiangxi/1786/03(H7N7)同源性最高。因此,推测DK/GX/912/08可能是不同来源的基因在鸭体内经过复杂重组演变的一株重组病毒。     

我国部分地区猪圆环病毒2型分离株的遗传变异分析

为了解我国猪圆环病毒2型(PCv2)流行毒株遗传变异情况,本研究对本实验室分离到的19株PCV2分离株通过病毒全基因组克隆和测序分析,将其分为2个大基因群和3个亚群,其基因组分别为1 766 nt、1 767 nt和l 768 nt,各占15.8%、73.7%和10.5%.以1 767 nt毒株为基准,其基因组第39或1 039位有1个碱基缺失后突变成1 766 nt毒株;第1 040位有1个碱基插入后突变成1 768 nt毒株.对19株病毒ORF2编码的Cap蛋白分析发现,有4株病毒编码基因发生了突变,出现了705 nt和708 nt两种突变型,使ORF2编码的Cap蛋白C末端分别有1和2个氨基酸增加.同时,本实验选用Acc I和Fba I内切酶对19株病毒基因组PCR产物进行了限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析,其结果可作为流行毒株分型鉴别依据.