口蹄疫病毒WFL株基因组全长cDNA的克隆及序列分析

根据口蹄疫病毒基因组的结构特点以及GenBank上公布的全序列，用DNAMAN分别设计了涵盖整个基因组序列的3对引物，从接种口蹄疫病毒WFL株的细胞培养液中提取了病毒基因组RNA，采用RT-PCR方法和RACE法分别扩增了3条基因片段，并将扩增片段分别与T载体连接，在体外分别进行了5-半分子和3’半分子的构建。最后将5’半分子和3’半分子连接成基因组全长cDNA分子。经PCR鉴定、酶切鉴定及全长cDNA测序，证实成功构建了口蹄疫病毒wFL株基因组全长eDNA分子。序列分析结果表明，供试口蹄疫病毒基因组全长为8155nt，5＇UTR长1059nt；具有一个大的读码框，其核苷酸长度为6969nt。包括201aa的前导蛋白基因和2122aa的聚合蛋白基因；3＇UTR长127nt，包括34nt的polv（A）。     

口蹄疫病毒OT株的全基因组序列测定及比较分析

参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒(FMDV)全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RT-PCR方法对口蹄疫病毒OT株进行分段克隆及序列测定.结果表明不含poly(C)序列的OT株基因组全序列长8 142 nt,开放读码框(ORF)长6 969 nt、编码2 322 aa,5'UTR长1 004 nt,3'UTR长93 nt,3'UTR之后为23nt的poly(A)尾巴.应用分子生物学软件将OT株与FMDV其它参考毒株进行序列比对,并对其基因特征进行分析.结果显示,OT株的假结节(Pseudoknots)从第415-499位连续缺失85 nt,但是其3A基因却未发生碱基的缺失.其VP1基因的核苷酸同源性与O/Akesu58、OMⅢ两株最高,但OT株在进化时间上要比O/Akesu58、OMIII早很多,其毒株起源和遗传衍化关系还需要进一步的关注.     

广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析

参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列，设计并合成11对引物。应用RT—PcR技术，成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组，将这11个基因片段克隆，并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NT1将11个基因片段进行拼接。确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸(GenBank收录号AY367767)。将GXXZ02株与国内外已发表的Slhimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Pader190rn、CS、ALD、GPE、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较，核苷酸同源性分别为85．4％、84．6％、88．7％、85．7％、85．7％、85．3％、85．6％、95．3％、85．7％、85．7％85．4％、83．4％、84．3％，推定的氨基酸同源性分别为92．6％、91．7％、94．2％、93．1％、92．9％、92．3％、93．0％、97．7％、92．6％、93．0％、92．6％、90．5％、90．6％。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异，表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析，所比较的14株CSFV被分为2个群：GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ，其余的11个毒株被归为群Ⅱ，GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXXZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较，结果显示，基因E^ms、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大。而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。     

鹅圆环病毒福建株全基因组的克隆及序列分析

为明确鹅圆环病毒(Go CV)福建株的基因组特点,设计反向引物,从一例生长不良鹅中PCR扩增获取Go CV福建株基因组序列。结果表明,Go CV福建株(命名为FJ2016株)基因组全长为1 821 bp,其编码的复制相关蛋白长度为882 bp,编码293个氨基酸;其编码的抗原相关蛋白长度为753 bp,编码250个氨基酸。从遗传进化关系可见,Go CV在遗传进化上可以分为2个大的分支(Go CV-1与Go CV-2),FJ2016株处于Go CV-1分支。从核苷酸同源性比较可见,FJ2016株和yk2株核苷酸同源性最高,达98.2%;但与2GK株核苷酸同源性仅为82.4%;与疣鼻天鹅源圆环病毒Sw株(EU056310)核苷酸同源性为73.7%,低于80%。FJ2016株和Go CV-1分支代表株核苷酸同源性在97.3%~98.2%之间,与Go CV-2分支代表株核苷酸同源性在93.1%~93.5%之间。该病例为福建地区首次报道存在鹅圆环病毒感染。     

口蹄疫病毒Hankou/99株基因组全序列测定与基因特征分析

本研究主要对口蹄疫病毒(FMDV) Hankou/99株全基因序列进行测定,通过基因序列分析,确定其基因型,丰富了FMDV基因库,为研究猪源FMDV的分子变异、感染性分子克隆及致病机理奠定基础.从感染FMDV Hankou/99株的细胞液中提取RNA,通过RT-PCR技术,获得猪FMDV Hankou/99分离株覆盖全基因组的5个cDNA片段(S、L、C、D、E),分别对这些片段进行克隆和序列测定.结果显示,FMDV Hankou/99株全基因组长8099 bp;5'NCR长1040 bp,开放阅读框长6966 bp;3'NCR长93 bp,其后是30个碱基的连续poly(A)结构.通过与参考株基因组结构比较分析,显示其在分类地位上属于O型FMDV,并与猪源FMDV毒株OLZ、TW/97同源性较高,特别是3A区域上都有30 bp的缺失.另外,通过与9个参考株的VP1系统发生树分析,显示其与OLZ、TW/97、O/Akesu/58、O/OMⅢ 4个毒株为同一基因型.     

猫杯状病毒全基因组的克隆及序列分析

采用RT-PCR和重组PCR扩增了猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV)CH-GD株的全基因,并进行了序列测定,用DNAStar软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行比较分析。结果表明,首次分离于中国广东的CH-GD株与各参考毒株有较大的差异。CH-GD株与各参考毒株之间的同源性仅为75.4%~77.1%,明显低于各参考毒株之间的同源性(78.9%~99.9%)。同时遗传进化树显示,14个分离株形成两大分支,CH-GD株独自在一分支,各分离株无明显的地域性差异。对FCV衣壳蛋白6个区(A~F)的分析结果发现,CH-GD株中A~F区的特点与报道的相符。此外还发现,CH-GD株有3个区域的3个连续的氨基酸发生了变异,与参考毒株相比,CH-GD株在这3个区域的抗原性和亲水性也都发生了相应的变化。     

猪圆环病毒2型甘肃株全基因组克隆及序列分析

参照GenBank中登录的猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因组序列,设计合成了两对特异性引物,从甘肃白银疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病料中提取病毒DNA,分步扩增全基因组。回收PCR产物,将其插入pGEM-TEasy载体,构建了重组质粒pGEM-PCV-2,转化后筛选、提取阳性重组质粒进行测序。结果表明,克隆到的PCV-2全基因组长度为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV-2序列与GenBank中登录的包括甘肃在内的国内外PCV毒株进行同源性分析。结果显示,克隆的PCV-2与英国株(UK-EU656143)遗传关系最近,其核苷酸和推导的氨基酸序列同源性高达96.2%和91.0%,与已报道的2株甘肃毒株(GS03-EU547458,GSLZ-FJ447482)遗传关系较远,可能是流行于甘肃白银的一个变异毒株(GSBY)。     

猪圆环病毒2型山东株全基因组的克隆与序列分析

参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,从山东疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）病料中提取PCV2基因组DNA,进行PCR扩增。回收PCR产物,将其插入pMD18-T载体,构建了重组质粒pMD18TPCV2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。结果表明,克隆得到的PCV2山东株的全基因组长为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV2序列与GenBank中登录的国内外PCV毒株进行同源性比较。结果显示,PCV2山东株与国内外毒株的核苷酸同源性高达99．6％,推导的氨基酸同源性达95．4％。进化树分析结果显示,PCV2山东株与GZ（EF515839）株同源性最高,表明,PCV2各分离毒株在进化方面存在地域上的相关性。     

猪圆环病毒2型甘肃兰州株全基因组序列的克隆及序列分析

参照GenBank中登录的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对特异性引物,从甘肃兰州疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病料中提取PCV2基因组DNA,分段PCR扩增全长基因组。回收PCR产物,将其插入pGEM-T Easy载体,构建了重组质粒pGEM-PCV2,转化后筛选、提取阳性重组质粒进行测序。结果表明,克隆到的PCV2全基因组长为1767 bp。应用DNAStar序列分析软件对所测PCV2序列与GenBank中登录的包括甘肃在内的国内外PCV2毒株进行同源性分析。结果显示,克隆的PCV2与ZhouKou(EU656143)毒株遗传关系较近,其核苷酸和推导的氨基酸序列同源性高达99.4%、98.6%,与已报道的GS03(EU547458)甘肃毒株遗传关系较远,可能是流行于甘肃兰州的一个变异毒株GSLZ(GenBank登录号为:FJ447482)。     

口蹄疫病毒RNA复制酶基因3D的克隆、表达及纯化

利用RT-PCR扩增了口蹄疫病毒(FMDV)的RNA复制酶基因，并将其克隆到原核表达载体pET-32a( )中。重组质粒在大肠杆菌中表达后的目的蛋白为可溶性形式，纯化产物用感染A型FMDV的豚鼠康复血清进行Western-blotting检测，结果表明，3D基因得到了正确的表达。     

鹿口蹄疫抗体间接ELISA检测方法的建立

以纯化的口蹄疫病毒作为包被抗原,建立了检测鹿口蹄疫抗体的间接酶联免疫吸附测定（ELISA）。最佳反应条件是：抗原包被质量浓度为40μg/mL,血清稀释度为1：100,检测的灵敏度为1：400。     

传染性囊病病毒完整基因组的克隆和鉴定

本文采用反转录－聚合酶链反应技术,在体外将１株ＩＢＤＶ弱毒株ＧＺ９１１的基因组扩增为４个片断－ＧＡ５,ＧＡ３,ＧＢ５,ＧＢ３。     

鸡马立克氏病病毒广西株Meq基因的克隆与序列分析

为研究鸡马立克氏病病毒(MDV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了3株MDV。参照GenBank中MDV的核苷酸序列设计1对引物,利用PCR技术对分离毒株的Meq基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示, Meq基因序列全长为1020 bp,编码一条由339个氨基酸组成的多肽,分离株与国内外MDV参考毒株相比,不同MDV株的Meq基因序列相对较保守,它们之间核苷酸同源性为83.8%~99.9%,氨基酸同源性为88.4%~99.6%。3株MDV分离株Meq基因在相关报道中提到的与毒力相关的脯氨酸重复区存在点突变。3株分离株与国内参考株YL、GXY2关系较近,与参考株RB1B、GA、Md5、648A及疫苗株亲缘关系较远。该研究为中国MDV的流行、遗传变异及防控研究提供了材料。     

Cloning and Sequence Analysis of Meq Gene of Marek's Disease Virus Guangxi Strain

To investigate genetic variation of Marek's disease virus(MDV) in Guangxi province, three isolates of MDV were isolated from infected chicken.One pair of primers for amplifying Meq gene of MDV was designed according to nucleotide sequence in GenBank, Meq gene of the isolates were amplified by PCR, and then cloned, sequenced and compared with reference MDV strains published in GenBank.The results showed that Meq gene from all of the MDV isolates consisted of 1020 bp, coding for 339 amino acids.Compared with reference strains published in GenBank, the sequences of Meq gene in different isolates were relatively conserved and the homologies of nucleotide and amino acid sequence of the isolates were 83.8% to 99.9% and 88.4% to 99.6%, respectively.The proline-rich repeats of Meq gene of the MDV isolates had site mutations, and it was related to MDV's virulence.The isolate were nearly related to YL and GXY2, and far away from RB1B, GA, Md5, 648A and the immune strain phylogenetically.The study would provide research materials for the prevalence, genetic variation, protection and control of MDV in China.     

传染性法氏囊病病毒浙江分离株(ZJ2000)基因组A节段全长cDNA的克隆和序列分析

以传染性法氏囊病病毒（IBDV）浙江分离株（ZJ2000）基因组RNA为模板，采用Long-accurate RT-PCR(LA-PCR)一步法扩增并克隆了IBDV ZJ2000株基因组A节段全长cDNA。序列测定结果表明，克隆的A节段全长共3259个核苷酸，包括5'、3'端的非编码区（NCRs）和2个部分重叠的开放阅读框（ORF1和ORF2），与参比的血清1型毒株核苷酸序列的同源性高达95．2％－99．2％。二级结构预测表明，在5'-NCRs存在1个大型的茎环发夹结构。ORF2编码145个氨基酸的VP5，与参比毒株的同源性高达98．6％－100％。ORF1编码1012个氨基酸的VP2／VP4／VP3，在氨基酸水平上VP2、VP3、VP4与参比毒株的同源性分别达到94．9％－98．8、96．1％－98．5％、97．1％－99．2％。ZJ2000共有14－38氨基酸的替代，其中特有氨基酸6个，变异大多数集中在VP2高变区，突变率达2．9％－11％。第2个小亲水区内280位氨基酸由S替代了N、290位M替代了L。这2个突变可能与IBDV的抗原性有关。VP2－VP4剪切位点附近511和540位氨基酸的变异可能使ZJ2000株的毒力增强。分子系统进化树分析表明，ZJ2000与欧洲Cu-1株、P2株、CEF94株和中国Harbin株的有关最近，而与欧洲、香港、日本的超强毒株和美国的变异株相对较远。     

Asia1型口蹄疫病毒VP1基因的克隆、原核表达及纯化

口蹄疫(Foot-and-mouthdisease，FMD)是由口蹄疫病毒感染引起的偶蹄动物共患的急性、热性、接触性传染病，该病被国际兽疫局列为A类传染病之首，对畜牧业危害极大，是世界各国检疫和防疫的重点对象。目前已知该病毒有7个血清型，     

新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析

参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。