大通牦牛TLR2基因SNP位点筛选及生物信息学分析

采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,对大通牦牛TLR2基因CDS区的SNP位点进行筛选,估算各SNP位点等位基因频率,并通过生物信息学软件预测突变对TLR2 mRNA和蛋白质结构的影响。结果表明,大通牦牛TLR2基因CDS区存在2个SNP位点,分别为G⁶⁷⁷A和G¹⁵⁸⁷A,其中G⁶⁷⁷A为错义突变,导致半胱氨酸(Cys)转变为酪氨酸(Tyr)。生物信息学分析结果表明,G⁶⁷⁷A和G¹⁵⁸⁷A位点均降低了mRNA二级结构的稳定性,且蛋白二、三级结构组成也发生了改变。     

奶牛CSF3基因遗传多态性筛查及其生物信息学分析

为探究奶牛集落刺激因子3(CSF3)基因的遗传免疫功能,采用DNA混合池扩增后用直接测序法对奶牛CSF3基因的5个外显子进行单核苷酸多态性(SNP)位点筛选,并采用生物信息学方法对CSF3基因开放阅读框(ORF)区、编码蛋白质信号肽跨膜区、氨基酸理化性质、蛋白质亲/疏水性、mRNA二级结构、蛋白质二级和三级结构进行预测分析。结果显示,奶牛CSF3基因外显子2上存在3个SNP位点,分别为T⁶⁶C、C⁶⁷A、C¹¹⁸A,全部为错义突变,分别导致丝氨酸(Ser)、脯氨酸(Pro)变为组氨酸(His)。mRNA二级结构预测结果表明,T⁶⁶C和C⁶⁷A降低了奶牛CSF3基因mRNA二级结构稳定性,而C¹¹⁸A增大了其稳定性。理化特征分析结果表明,奶牛CSF3基因全长为1 460 bp,共编码195个氨基酸,是一种混合型可溶蛋白,编码产物存在信号肽跨膜区,其二级结构的主要成分为α-螺旋和无规则卷曲。     

贵州黑山羊BMP15基因多态性及生物信息学分析

为探究BMP15在贵州黑山羊上的基因多态性,本研究以102只贵州黑山羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术对贵州黑山羊BMP15基因进行SNP多态位点检测。检测结果表明,BMP15存在1个SNP位点在第二外显子6 260 bp处发生C→G突变,通过对其生物信息学分析发现,BMP15基因的等位基因频率、mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构预测在突变前后均有差异,翻译的蛋白质为亲水性的具有跨膜结构的不稳定性蛋白。本研究发现的BMP15基因在第二外显子上的突变,可为今后与性状相关联研究提供理论依据。     

不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

[目的]揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记.[方法]参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响.[结果]从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T.其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上.Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低.Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致.[结论]在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因mRNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制.     

猪SLA-DRA基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

以八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪为研究对象,利用PCR-SSCP和测序方法对SLA-DRA基因4个外显子进行SNP位点筛选,并利用生物信息学软件预测各SNP位点对DRA基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。结果在3个猪种中共检测到6个DRA基因SNP位点,分别为外显子1的A~(177)G,外显子2的A~(3093)C,以及外显子4的A~(4167)G、A~(4246)G、C~(4282)T和G~(4293)A,其中A~(3093)C、A~(4167)G和G~(4293)A为错义突变,分别导致甲硫氨酸(Met)变为亮氨酸(Leu)、谷氨酰胺(Gln)变为精氨酸(Arg)和精氨酸(Arg)变为组氨酸(His)。以3个错义SNP位点为基础,构建了6种DRA单倍型,其中H1、H3和H6为主要单倍型,频率分别为0.25、0.21和0.21。生物信息学分析表明,三个猪种DRA基因单倍型的mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构与野生型均存在一定的差异。研究结果可为八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪的保种和抗病育种提供理论依据。     

4个绵羊品种FSHR基因多态性与生物信息学分析

旨在探究4个绵羊品种的多胎性状分子遗传机制,以高山美利奴羊、青海细毛羊、中国美利奴羊和敖汉细毛羊为研究对象,通过分析全基因组测序结果对4个绵羊品种FSHR基因外显子单核苷酸多态性进行筛选,利用专门软件预测单核苷酸多态性对FSHR基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。研究发现,高山美利奴羊、中国美利奴羊、敖汉细毛羊FSHR基因在外显子上分别存在3个SNPs(T904G、C975T、G1572A)、7个SNPs(G149A、G813A、T817C、T904G、C975T、T1234C、G1572A)、6个SNPs(G813A、T817C、T904G、C975T、T1234C、G1572A),青海细毛羊FSHR基因在外显子上不存在突变位点。生物信息学分析发现,试验所检测到的7个SNPs中T817C、T904G、T1234C导致mRNA的二级结构和最小自由能发生改变,G813A引起最小自由能改变,而未引起mRNA二级结构发生改变,G149A、C975T与G1572A未引起最小自由能与mRNA的二级结构发生改变。5个错义突变位点(G149A、G813A、T904G、C975T、G1572A)均导致编码蛋白质二级结构与三级结构发生改变。     

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.     

狮头鹅MAP2K1基因SNP位点筛查及生物信息学分析

MAP2K1基因属于GnRH信号通路且与哺乳动物的卵泡发育紧密相关。为研究MAP2K1基因在狮头鹅上的基因多态性，以200羽狮头鹅为试验对象，利用DNA池结合PCR产物直接测序法，筛选出SNP位点并进行生物信息学分析。检测结果表明，在狮头鹅群体中发现1个SNP位点，为E3-63 A>G,存在3种基因型。生物信息学预测显示，MAP2K1基因突变前后编码氨基酸并未发生改变，属于不稳定不跨膜酸性亲水性蛋白，存在卷曲螺旋结构，无信号肽存在。亚细胞定位于细胞核、细胞质、细胞支架的概率分别为60.9%、30.4%、8.7%,主要在细胞核发挥生物学作用；有34个磷酸化位点，有1个N-糖基化位点，1个保守结构S＿TKc,蛋白二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成。MAP2K1基因突变前后mRNA的最小自由能，质心发生二级结构，含有假结的mRNA二级结构、折叠结构、MaxExpect结果、点-括号结果、最小自由能、mRNA结构的热力学集合、质心结构所形成的山地图发生改变，且自由能上升，结构稳定性变弱。从狮头鹅MAP2K1基因的11个外显子上检测出1个SNP位点，MAP2K1基因突变前后改变mRNA二...     

海南黄牛IGF2R基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因（IGF2R）遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池,通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区（CDS）进行基因多态性分析,并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点;应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定,同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析,评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况;通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,分别为SNP1(g.63977A>G)、SNP2(g.63999T>C)、SNP3(g.69772G>A)和SNP4(g.94987A>C),其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态...     

八眉猪FABPs主要家族基因单核苷酸多态性筛查及生物信息学分析

脂肪酸结合蛋白(fatty acid-binding protein, FABPs)属细胞内脂质结合蛋白超家族,FABPs家族所有成员都具有管理游离脂肪酸吸收和细胞内转运的最基本功能。为了探究FABPs主要家族基因在八眉猪体内脂肪沉积代谢过程中的调控机制,本研究以八眉猪为试验对象构建DNA混合池,采用分段扩增和直接测序法对八眉猪FABP_1、FABP_2、FABP_3、FABP_4基因进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)快速筛查和生物信息学分析。结果表明,在八眉猪FABPs主要家族基因中共检测出15个SNPs,其中编码区有3个同义突变和2个错义突变(C~(2033)A-Exon2-FABP_1、G~(3 751)A-Exon3-FABP_1)。对其进行生物信息学分析表明:核苷酸突变前后mRNA二级结构和自由能的改变导致其结构稳定性发生改变;突变前后的等位基因频率估算,mRNA二级结构预测,蛋白质二、三级结构预测分析均有差异。说明八眉猪FABPs主要家族基因具有较高的突变性,为研究八眉猪肌内脂肪含量的遗传效应提供了分子理论依据。     

赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析

[目的]找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据.[方法]采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析.[结果]在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exonl-C829T、Exon1-C921T、Intron 1-A 1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G(非编码区).利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因mRNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加.赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65%、55.31%、3.41%和14.63%.[结论]Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一.     

贵州白山羊和黔北麻羊TFAM 基因部分外显子多态性研究

利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列.PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点.利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响.结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T 1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区.SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响.     

高邮鸭群体MSTN、MyoD1和MyoG基因外显子中SNP位点的分析

MSTN、MyoD1和MyoG基因与禽类骨骼肌的生长发育密切相关。本试验以高邮鸭为素材,对MSTN、MyoD1和MyoG3个基因的外显子单核苷酸多态性(SNP)位点进行了鉴定,并对这些位点对蛋白质的影响及群体遗传信息进行了分析。结果显示,MSTN、MyoD1和MyoG3个基因的外显子分别有9个、4个和7个SNP位点,其中具有中度多态的位点分别为8个、1个和5个,有义突变各1个,这些有义突变均改变了相应蛋白质的理化性质以及二级结构。     

牦牛DRA基因克隆测序及生物信息学分析

为全面解析牦牛MHCⅡ类基因结构与功能，采用分子克隆测序技术对大通牦牛DRA基因编码区进行等位基因频率估算并进行生物信息学分析。结果显示：大通牦牛DRA基因编码区含有762 bp的开放阅读框，共编码253个氨基酸；共有3个SNPs(g.2376C>T、g.2851C>G、g.3016C>A),其中第2、3外显子分别存在1个C→T的同义突变和C→A的错义突变(L→M),这两个突变均降低了大通牦牛DRA基因mRNA二级结构的稳定性；g.3016C>A突变前后编码蛋白质的分子量、原子总数、脂肪系数、不稳定系数、总平均亲水性方面存在差异；生物信息学的方法分析显示，BoLA-DRA基因是MHC基因家族中高度保守的基因。该研究结果可以为大通牦牛DRA基因结构与功能的研究奠定基础。     

三穗鸭ORAI1基因SNPs筛查及生物信息学分析

为探讨钙释放酶激活钙调制器1(ORAI1)与三穗鸭蛋壳品质的相关性,构建三穗鸭DNA混合池,运用PCR扩增和直接测序法对三穗鸭ORAI1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,进而筛选出对三穗鸭蛋壳品质有显著影响的SNPs,同时对三穗鸭ORAI1基因编码的蛋白质进行功能预测。结果显示,三穗鸭ORAI1基因编码263个氨基酸,组成一种不稳定的亲水性蛋白,蛋白质的二级结构主要由α螺旋、无规卷曲、延伸链和β转角构成;在扩增段共发现3个SNPs,分别是T84C、C188T、A471G,均为同义突变,未造成氨基酸的改变,但引起该基因mRNA二级结构和自由能的变化,并且各突变位点在突变前后等位基因频率存在差异。以上结果提示,ORAI1基因有3个SNPs,可作为改善蛋壳品质分子标记位点的参考。     

贵州白山羊DQB1基因外显子3的多态性及生物信息学分析

为筛选贵州白山羊DQB1基因外显子3序列的SNPs位点,并进一步研究MHC基因多态性与山羊免疫性状的相关性奠定基础,以贵州白山羊为研究对象,采用混合DNA池与直接测序相结合对DQB1基因外显子3多态性及生物信息学进行分析。结果表明:贵州白山羊DQB1基因外显子3中有17个SNPs位点,其中,G+115A(Arg→Gln)、C+156T(Leu→Phe)、G+206A(Met→Ile)、G+238A(Arg→His)和T+270A(Ser→Thr)位点为错义突变;C+20T位点具有最小的自由能,其RNA二级结构最为稳定;各基因型蛋白质二级结构均由β折叠和无规则卷曲构成且比例相近,易于抗原决定簇的形成;参考序列与错义突变5种基因型均存在5段抗原决定簇,且均具有较高的平均抗原倾向性。     

江口萝卜猪STAT3基因多态性及生物信息学分析

【目的】明确碱基突变对江口萝卜猪STAT3基因mRNA二级结构及其编码蛋白二、三级结构的影响,为更好地开发利用江口萝卜猪种质资源打下基础。【方法】利用江口萝卜猪血样提取基因组DNA构建DNA池,采用混合DNA池结合PCR产物直接测序的方法对STAT3基因进行多态性分析,筛选出SNP多态位点及估算等位基因频率,并进行生物信息学分析。【结果】从江口萝卜猪血样中扩增获得STAT3基因的24个外显子,并筛选出7个SNPs位点,分别是:Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon2-G~(74)A、Exon4-T~(81)A、Exon5-G~(57)A、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A。其中,Exon2-G~(74)A、Exon4-T~(81)A和Exon5-G~(57)A为同义突变,不改变其编码氨基酸序列;Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A为错义突变,会导致其编码氨基酸发生改变。Exon22-C~(43)A突变后致使最小自由能降低为-755.90 kcal/mol,结构稳定性增强;Exon2-A~(19)C、Exon5-G~(57)A和Exon5-C~(64)A突变均促使最小自由能增加,分别为-754.00、-753.40和-752.60 kcal/mol,且导致m RNA二级结构改变,结构稳定性降低,其中Exon5-G~(57)A突变导致mRNA二级结构完全改变。Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A突变均可导致编码蛋白二、三级结构的改变,具体表现为α-螺旋增加、β-折叠减少,而无规则卷曲除Exon2-A~(19)C突变呈增加趋势外,其他突变均呈减少趋势。其中,Exon2-G~(20)C突变对蛋白二级结构影响最大,而Exon2-A~(19)C突变的影响最小。【结论】从江口萝卜猪STAT3基因的24个外显子上检测出7个SNPs位点,其中Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A 4个为错义突变,除了造成编码氨基酸改变外,还导致mRNA及编码蛋白二、三级结构的改变,进而可能对STAT3蛋白的功能造成影响。     

海南黑山羊GH1基因nsSNPs功能性预测及生物信息学分析

为了研究海南黑山羊生长性状的分子遗传信息,试验利用GH1基因筛选可能影响海南黑山羊生长性状的功能性突变位点。结果表明在GH1基因外显子1、2、3、4区域共检测到10个SNP位点,有4个错义突变,6个为同义突变。第一外显子350bp处发生的G→A导致氨基酸由原来的甘氨酸（Gly）变为丝氨酸（Ser）,第二外显子739bp处发生G→A突变导致氨基酸由原来甘氨酸（Gly）变为丝氨酸（Ser）,第三外显子1101bp处发生A→G突变导致氨基酸由原来天冬氨酸（Asp）变为甘氨酸（Gly）,第三外显子1154bp处发生C→T突变导致氨基酸由原来精氨酸（Arg）变为色氨酸（Trp）。利用生物信息学方法对nsSNPs进行功能性预测、并进行mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构进行分析和建模,预测到Exon2-739G→A（G85S）,Exon3-1120G→A（D129G）、Exon3-1154C→T（R147W）3个突变位点属于有害突变,对蛋白功能有较大影响,可能是导致海南黑山羊个体矮小,生长缓慢的功能性SNP。     

麦洼牦牛PRL基因多态与产奶性状的关联分析

研究旨在了解麦洼牦牛催乳素(PRL)基因的单核苷酸多态性(SNP),探究与牦牛产奶性能相关的分子标记。通过对PCR产物进行直接测序筛选麦洼牦牛PRL基因的SNP位点,运用DNAMAN和SPSS等软件对PRL基因型与产奶性状进行了统计分析。结果表明,位于PRL基因996 bp处发现一个疑似SNP位点,该位点T碱基缺失突变;对比麦洼牦牛不同PRL基因型的产奶性状,突变型个体的153 d产奶量、乳蛋白质率、乳糖率和乳中的体细胞数均下降(P>0.05),而乳脂率则显著升高(P<0.05),暗示该处碱基T碱基缺失对乳中脂肪含量有显著影响。     

贵州地方鸡IL8RB基因多态性及其对肉品质的影响

为了挖掘IL8RB基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,以长顺绿壳蛋鸡、黔画乌鸡和威宁鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对IL8RB基因进行SNP筛查,对突变前后序列进行生物信息学分析.结果表明:在3个鸡群体IL8RB基因中共检测到2个错义突变位点,g.22589443 CT突变共产生3种基因型,为中度多态,引起亮氨酸变成丝氨酸;g.22589512 CT突变共产生2种基因型,为低度多态,引起苏氨酸变成甲硫氨酸.卡方(χ~2)检测结果表明:g.22589443 CT位点在长顺绿壳蛋鸡群体的基因型分布极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01),在黔画乌鸡和威宁鸡群体基因型分布显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.05);g.22589512 CT突变位点在3个鸡群体基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05).连锁不平衡分析结果显示:3个鸡群体IL8RB基因2个SNP位点间不存在强连锁不平衡;2个SNP位点联合共产生3种单倍型和4种双倍型,单倍型H_1和双倍型H_1H_1出现的频率最高,单倍型H_3和双倍型H_2H_2出现的频率最低.生物信息学分析表明:3种单倍型自由能为:TCCCCT,稳定性为:CTCCTC;2个SNP位点引起氨基酸变化但未引起蛋白质二级结构和三级结构变化.IL8RB基因变异与黔画乌鸡肉品质关联性分析发现,双倍型H_1H_1个体的肉色指标显著高于H_1H_3个体(P0.05),其他各SNP位点及双倍型在各指标之间的差异未达到显著水平(P0.05).所检测到的这2个SNP位点或许可作为改善鸡肉品质遗传标记,为今后深入研究提供数据参考和理论支持.