花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发

【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。     

大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发

为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444 865条unigenes,共鉴定出141 132个SSR位点,发生频率为23.02%,平均每3.45 kb出现一个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以AT和ATAT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125 616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33个条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.756 9处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。     

黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发

分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列（SSR）位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇（unigenes）中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%,13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5~33次,其中出现频率最高的基序为A/T,AG/CT,AT/AT,C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对（57.8%）得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432,0.439,0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。     

马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发

为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool, MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示：马口鱼全基因组中SSR总数量为304 870个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸SSR>三核苷酸SSR>六核苷酸SSR>五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多,为93 380个;5′非翻译区SSR数量最少,为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5～350,主要集中在5～30。通过筛选得到15对多态性引物,在野生群...     

半夏SSR分子标记开发与遗传多样性

对半夏转录组数据进行分析,设计开发SSR引物,利用筛选出的SSR引物分析不同居群间半夏的遗传多样性,为半夏分子标记辅助育种提供支撑。结果显示:筛选出的19对多态性较高的引物在17个半夏居群中共检测到49个多态性位点,具有较高的多态性;利用UPGMA作图共将17个半夏居群分为3个类群;通过分子方差分析(AMOVA)发现半夏居群内的变异达到88%,说明群体与群体间的差异相对较小,遗传变异主要来源于个体间;居群间平均分化系数Fst为0.124,居群间基因流Nm值为1.765,表明居群间能正常地进行基因交流,且居群间遗传分化受基因流的影响较大。本研究利用SSR技术开发的19对SSR引物在不同半夏居群间具有一定的通用性、多态性,能将17份半夏材料明确区分。     

牡丹转录组SSR信息分析及其分子标记开发

利用Misa软件对牡丹转录组数据进行SSR信息分析和分子标记开发,并通过PCR扩增进行引物多态性分析。结果显示,对牡丹转录组测序获得的131 265条Unigene进行筛选,共获得44 181个SSR位点,分布于38 316条Unigene中,SSR的发生频率和平均分布距离分别为29.19%和2.23 kb。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,分别占SSR总数的75.19%、15.02%和6.88%。依据转录组中的SSR信息序列,随机合成60对引物在16份牡丹品种中进行多态性扩增,其中15对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为4～13个,平均等位基因数8.13个,观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)、香农多样性指数(I)、多态信息含量(PIC)的平均值分别是0.757 8、0.790 3、1.718 6和0.730 8。     

基于家蚕转录组测序的SSR序列分析

本研究对家蚕中肠、脂肪体进行转录组测序,分析SSR位点的分布规律和特征.结果表明,从17915个Unigene中共检测到1339个SSR位点,分布在960个Unigene中.SSR位点的基序长度以1 bp为主,随着基序长度的增加,SSR位点数量逐渐减少,SSR位点间的距离和平均长度逐渐增加.家蚕SSR单核苷酸基序类型以...     

文冠果转录组SSR特征分析及EST-SSR标记开发

【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(2~6bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态性信息含量(PIC)等。【结果】从文冠果unigenes中筛选出6 707个SSR位点,其平均发生频率为12.93%,平均分布距离5.38kb,平均长度17.30bp,其中2、3核苷酸重复单元的发生频率分别为6.24%和4.93%。设计的60对标记中有47对能扩增出与目的片段长短相符的产物,其中14对多态性较高,共扩增到52个等位基因,HO和HE分别为0~0.813和0.353~0.762,PIC为0.283~0.701。【结论】文冠果转录组SSR重复单元以2、3核苷酸重复为主;新开发的14个EST-SSR标记可作为文冠果种质资源多样性分析的标记资源。     

梨属植物收录序列中简单重复序列的分析

植物基因组计划使模式植物和许多重要农作物的基因组序列、表达序列数据迅速增加。利用基因库中果树表达序列标签(EST)既可用于结构、功能的分析，又可用于简单重复序列(SSR)标记的开发。本文根据目前基因库中梨的DNA收录序列，共挖掘出300个简单重复序列。其中231个是从以EST为主的收录序列中挖掘的。这些分析为梨属资源的遗传变异、品种鉴别、基因标记及进化研究提供了重要的信息依据。     

基于干旱胁迫下杉木转录组序列的EST-SSR分子标记开发

利用干旱胁迫下杉木转录组数据进行杉木EST-SSR分子标记的开发。对干旱胁迫下的杉木组培材料在Solexa mRNA-Seq平台的二代高通量测序技术下进行了转录组测定,序列拼接后共得到75 357个片段,总长度65.29 Mb,共含有EST-SSR位点2 383个,其中三核苷酸重复类型数量最多,占总数的41.21%。随机挑选120个EST-SSR,用Primer Premier 5软件设计引物,再以遗传距离较远的8份杉木DNA样品为模板,通过8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从120对引物中初选出电泳条带较好的24对引物,用24份杉木DNA样品进行毛细管电泳检测。结果表明:在初选出的24对EST-SSR引物中有23对引物检测出特异性峰;在24份杉木样品中共检测到等位基因94个,平均每个位点4.087 0个,等位基因变异数范围2~9个;有效等位基因数范围1.086 8~6.914 3个,平均有效等位基因2.089 0个;观测杂合度范围0.250 0~1.000 0;期望杂合度范围0.082 4~0.896 1;多态性信息指数范围0.173 2~2.035 3。开发得到的一组杉木EST-SSR分子标记为研究杉木的遗传多样性、种群结构、DNA指纹数据库构建和遗传信息的保存提供了基础。     

大蒜花序轴离体培养的研究

以大蒜花序轴为外植体,研究了不同品种、不同生长阶段花序轴离体培养的差异和不同ｐＨ值、激素组成对花序轴培养的影响以及继代培养基种类、激素组成及糖原条件。结果表明,取未熟花序轴为外植体,其繁殖系数可高达７６;花序轴培养适宜条件为Ｂ５＋ＢＡ２．０ｍｇ／Ｌ,ＮＡＡ０．１ｍｇ／Ｌ,ｐＨ６．５;花序轴培养效率存在品种间差异;继代培养条件为ＭＢ＋ＢＡ２．０ｍｇ／Ｌ,ＮＡＡ０．１ｍｇ／Ｌ,ＧＡ３０．０５ｍｇ／Ｌ,     

温度和光照处理对不同品种大蒜蒜薹产量性状的影响

2003年7月-2004年4月在西北农林科技大学园艺场进行了反季节蒜薹栽植的随机区组试验,用模糊数学隶属函数法对大蒜品种蒜薹产量性状进行了综合评价.结果表明:9号和85号蒜薹综合产量性状最好,适宜作反季节蒜薹生产品种.     

大蒜提取液对白鲢鱼肉的保鲜作用

[目的]研究大蒜（Allium sativumL.）提取液对白鲢（Hypophtha lmichthys molitrix）鱼肉货架期品质的影响。[方法]测定货架期白鲢鱼肉的pH值、挥发性盐基总氮（TVBN）、TBA值和菌落总数,并进行感官评定。[结果]大蒜提取液能够有效地保持鱼肉货架期的品质,延缓鱼肉pH值、TVBN值、TBA值以及菌落总数的升高。[结论]该研究可为大蒜提取液在淡水鱼储藏保鲜方面的实际应用提供理论依据。     

大蒜花芽分化的细胞组织学研究

从解剖学及细胞组织学角度对大蒜花序及花的发育进行了系统观察。结果表明：大蒜在７叶１心时开始花序分化。花序轴基部先产生３枚总苞叶原基，同时顶端分化出顶花原基。顶花原基形成后，整个花序轴分为３～４个分生组织区，之后每个分生组织区顶端再产生１个花原基，并分为３～４个小区，如此反复进行多次，最终组成聚伞类伞形花序。花原基初形成时为球形，不久引长成棒状，在其顶端依次分化出外轮花被片原基和外轮雄蕊原基，内轮花被片原基和内轮雄蕊原基，心皮原基和胚珠原基。文中还对大蒜花序及花分化中的特殊现象进行了初步研究，分析了大蒜不能结实的原因，以期为大蒜有性生殖提供理论依据。     

大蒜根际土壤微生物数量及酶活性动态研究

[目的]研究大蒜不同时期根际的微生物数量及土壤酶活性的变.[方法]以白皮蒜和紫皮蒜为试验材料,分别测定不同时期根际微生物数量,及土壤脲酶酸性磷酸活性。[结果]各时期2个大蒜品种均促进了根际土壤中细菌、放线菌和真菌的生长,间接提高了根际土壤中脲酶、磷酸酶和过氧化氢酶的活性,从而提高了大蒜根际土壤中氮、磷等营养元素的周转与循环,为下茬作物生长提供了良好的微生态环境。[结论]该研究为大蒜作为一种良好的前茬作物的生态学研究提供理论依据。     

大蒜根际土壤微生物数量及酶活性动态研究

[目的]研究大蒜不同时期根际微生物数量及土壤酶活性的变化。[方法]以白皮蒜和紫皮蒜为试验材料,分别测定不同时期根际微生物数量及土壤脲酶、酸性磷酸酶和过氧化氢酶活性。[结果]各时期2个大蒜品种均促进了根际土壤中细菌、放线菌和真菌的生长,间接提高了根际土壤中脲酶、磷酸酶和过氧化氢酶的活性,从而促进了大蒜根际土壤中氮、磷等营养元素的周转与循环,为下茬作物生长提供了良好的微生态环境。[结论]该研究为大蒜作为一种良好的前茬作物的生态学研究提供理论依据。     

播前低温处理对大蒜出苗率和二次生长的影响

以早熟品种“中牟早熟蒜”,中熟品种“宋城大蒜”和晚熟品种“苍山蒜”为试材,研究了播前低温处理蒜种对大蒜出苗率和二次生长的影响．结果表明,低温处理10～72d“中牟早熟蒜”和“宋城大蒜”可在播后10d提早出苗,在0～57d的范围内出苗率呈递增趋势,至20d时出苗率趋于100％．“苍山蒜”播后20d,出苗率随处理天数增加而呈递减趋势．同时低温处理能促进二次生长的发生,“宋城大蒜”二次生长显著,主要为内层型;“中牟早熟蒜”二次生长严重,为外层内层混合型。     

3种金乡大蒜中营养活性成分的含量比较

[目的]检测3种金乡大蒜中营养成分和活性物质含量,从化学分子水平探讨不同品种的差异,对于优化种质资源、提升大蒜后期加工利用的品质和附加值具有指导作用。[方法]采用食品化学的常规方法并结合大型仪器检测,测定大蒜中营养成分和活性成分的含量。[结果]基本营养成分可溶性糖、粗脂肪、蛋白质含量,以金乡紫皮蒜最高,金乡白皮蒜次之,独头蒜最少;金乡紫皮蒜维生素C含量最高,独头蒜次之,金乡白皮蒜最少;金乡白皮蒜的过氧化氢酶(CAT)活性最高,紫皮蒜次之,独头蒜最差;锗和大蒜素DADS含量则是独头蒜最高。[结论]对于偏重营养成分的利用,金乡紫皮蒜有较大优势;而对于大蒜素和锗的特色保健功能利用,独头蒜有更大优势。     

温度和光周期对大蒜植株假茎长和株高的影响

以汉中大蒜为试材,5-6叶期进行温度(15℃、20℃、25℃)和光周期(14h和10h)处理,研究了温光互作对大蒜植株初级生长的影响.结果表明:生长温度与幼苗期光周期处理有极显著的交互作用.