四种鱚属鱼类线粒体Cyt b基因的序列变异及系统发育研究

测定和分析了4种鱚属(Sillago)鱼类:斑鱚(Sillago aeolus)、亚洲鱚(S. asiatica)、多鳞鱚(S. sihama)和少鳞鱚(S. japonica)线粒体细胞色素b基因序列片段,比较了不同鱚属鱼类种间的序列差异,探讨了彼此间系统发育关系和分类地位。结果显示,4种鱼类平均核苷酸组成为T 29.9%、C 29.2%、A 21.5%、G 19.3%,种间平均净遗传距离在0.157到0.280之间。最大似然法构建的系统树显示,少鳞鱚和亚洲鱚首先聚类、再与多鳞鱚和斑鱚相聚,斑鱚是最晚分化出的鱼类。基于Cyt b基因序列核苷酸分歧速率计算得出4种鱼类发生遗传分化时间在距今785—1400年前的第三纪中新世(Miocene)。     

都柳江鲇形目两种经济鱼类种群Cytb基因的遗传多样性分析

【目的】研究分析贵州都柳江鲇、斑鳠种群细胞色素b基因(Cytb)的遗传多样性,为都柳江鲇形目经济鱼类资源的保护和开发利用提供参考依据。【方法】以PCR扩增都柳江鲇、斑鳠种群的Cyt b基因序列,经双向测序、拼接后采用相关在线软件进行序列变异及遗传多样性分析。【结果】都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因序列均为1122 bp,分别检测到46和15个变异位点,对应定义为11个单倍型(NHap1~NHap11)和10个单倍型(BHap1~BHap10)。都柳江鲇、斑鳠种群的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.646、0.00899和0.610、0.00101。都柳江鲇、斑鳠种群Cyt b基因序列均编码374个氨基酸,包含20种氨基酸,以亮氨酸平均含量最高(17.65%和16.58%)、半胱氨酸平均含量最低(0.80%和0.78%)。4种碱基在这两种鱼类Cyt b基因密码子第1位点上出现频率约等,在第2、3位点上的出现频率则存在明显差异。都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因密码子第3位点上的变异频率显著高于第1和第2位点,但第3位点上的变异多为同义突变。【结论】都柳江鲇种群大小稳定,具有较丰富的遗传多样性;都柳江斑鳠种群遗传多样性较匮乏,可能经历过瓶颈效应和种群扩张事件,急需开展种群保护和恢复工作。     

长脂拟鲿种群Cyt b基因序列的变异及遗传多样性

为给长脂拟鲿(Pseudobagrus adiposalis)的保护和利用提供科学依据,以采自珠江水系西江支流漓江、长江水系沅江上游支流阳河的长脂拟鲿各30尾为材料,研究该种鱼类种群细胞色素b(Cyt b)基因序列变异及遗传多样性。结果表明:长脂拟鲿Cyt b基因序列长1 096bp。其中,阳河种群、漓江种群分别有6个和40个变异位点,分属6个和4个单倍型,单倍型多样性指数(Hd)分别为0.639和0.251,单倍型间平均遗传距离(P)分别为0.002 0和0.024 3,核苷酸多样性(Pi)分别为0.000 80和0.006 31。阳河种群Cyt b基因序列有4个同义突变和2个非同义突变,漓江种群有37个同义突变和3个非同义突变。漓江与阳河种群Cyt b基因序列共定义了10种单倍型,Hd为0.727,P为0.030 0,Pi为0.026 03。2个种群间的遗传分化指数(Fst)为0.817,基因交流值(Nm)为0.06。2个种群间出现了一定程度的分化,但未达到种群水平。     

云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代线粒体相关基因的母性遗传特征分析

对云纹石斑鱼和赤点石斑鱼及其正反杂交子代的3种线粒体基因(COⅠ、16S rDNA、Cyt b)和核基因Tmo-4c4进行序列分析,其中16S rDNA序列中有明显的插入缺失位点,而其他3个基因序列无插入缺失变异。在12个分析样本中,COⅠ同源序列(387 bp)中共检测到41个核苷酸多态性位点,16S rDNA(529 bp)中有21个核苷酸多态位点,Cyt b(383bp)中有49个核苷酸多态位点。Tmo-4c4(467 bp)有8个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,正反杂交子一代的3个线粒体基因序列与母本基因序列的同源性都为100%,与父本的基因序列同源性分别为COⅠ:90%和89.4%;16S rDNA:96%和96%;Cyt b:87%和87.2%。核基因Tmo-4c4正反交子一代与母本的序列同源性为98.9%~99.6%之间,与父本的同源性为98.7%~99.4%之间,没有明显的遗传差异。以上结果表明了云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代在3种线粒体基因上严格按照母性遗传的规律,而核基因Tmo-4c4没有明显的遗传偏向性。     

基于cytb和rag2基因探讨叶须鱼属分子系统进化关系

【目的】探究叶须鱼属的分子系统进化关系,筛选种间鉴定分子标记。【方法】构建叶须鱼属的cytb(5个种)和rag2(修长叶须鱼和裸腹叶须鱼)基因序列的NJ及贝叶斯系统进化树,并结合核苷酸多态位点、单倍型、核酸多态性、遗传距离、遗传分化系数和基因流等,分析种间进化关系和种内遗传多样性。【结果】叶须鱼属每个种的cytb序列单独聚为一支,表明cytb基因序列能将叶须鱼属5个种区分开;种间高度遗传分化(F_st>0.25),物种之间基因流较弱(N_m<1);修长叶须鱼遗传多样性水平最高,锥吻叶须鱼遗传多样性水平最低。基于rag2基因序列的分子系统发育进化树显示,修长叶须鱼和裸腹叶须鱼均单独聚为一支,为独立的种。【结论】cytb和rag2可作为叶须鱼属种间鉴定的分子标记基因,这为叶须鱼属物种的鉴定和系统分类奠定了基础,也为叶须鱼属鱼类保护措施的制定提供了遗传学依据。     

鳅科鱼类DNA条形码鉴定及系统进化研究

【目的】为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在鳅科鱼类物种鉴定中的有效性及在系统进化关系分析中的适用性,对鳅科鱼类3亚科18属61种共358条线粒体COI基因序列进行了分析。【结果】61种鳅科鱼类的种内和种间的平均遗传距离分别为0.010和0.162,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的16.2倍。鳅科鱼类遗传距离在种内、种间重叠较少,能形成一定的DNA条形码间隙。ABGD分类把61个物种划分为66个OTUs,OTUs的划分与距离法基本一致。系统聚类中,有6组鱼类物种个体间相互混杂,不能按各自的物种聚类,有4个物种分化成明显的两支,46个物种能按各自的形态学分类分别聚成单支。南鳅属、花鳅属、似鳞头鳅属、瘦身鳅属和泥鳅属中部分物种没有按其形态学分类的属聚在一起。沙鳅亚科能形成单系,但条鳅亚科和花鳅亚科不能形成单系。在研究中,COI条形码可以鉴定鳅科鱼类75.41%的物种,另外,COI条形码也能够明确大多鳅科鱼类属和亚科的分类地位,研究结果可为鳅科鱼类的物种鉴定和系统分类提供参考。     

中国少鳞鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异分析

少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度（Dxy）在0.360%-8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析（AMOVA）得出群体间的遗传分化指数（Fst）为1.000（P〈0.001）,差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为南渡江群体,另一支为长江、钱塘江、西江群体。这些表明中国少鳞鳜群体的遗传多样性较低,不同地理群体之间出现了明显的遗传分化,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体之间的分化水平最高。     

中国少鳞鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异分析

少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度（Dxy）在0.360%-8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析（AMOVA）得出群体间的遗传分化指数（Fst）为1.000（P〈0.001）,差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为南渡江群体,另一支为长江、钱塘江、西江群体。这些表明中国少鳞鳜群体的遗传多样性较低,不同地理群体之间出现了明显的遗传分化,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体之间的分化水平最高。     

长江近口段沿岸亚科鱼类的数量动态及其影响因子

为了解长江近口段沿岸水域中■亚科(Gobioninae)鱼类的数量动态及其影响因子,于2003—2017年在靖江段沿岸设置一顶定置张网,每月定期收集2～3份渔获样本,对■亚科鱼类的丰度动态与环境因子的相关性进行分析。结果显示,15年共采集渔获样本499份,其中,■亚科鱼类有23 668尾、65.6 kg,隶属于9属19种。■亚科均占鱼类总种数和总个体数的14.6%,是这一水域占优势的鱼类类群之一。■亚科的平均体质量仅为2.8 g,幼体为主。相对重要性指数(Relative Importance Index,IRI)分析表明,麦穗鱼(Pseudorasbora parva)、棒花鱼(Abbotina rivularis)、银■(Squalidus argentatus)、光唇蛇■(Saurogobio gymnocheilus)是这一水域的常见种,亮银■(Squalidus nitens)、长蛇■(Saurogobio dunerili)、蛇■(Saurogobio dabryi)为一般种。但■亚科占总渔获数量的比例在不同年份间波动很大,占比最高的年份是占比最低年份的7倍。CCA排序分析显示,气压和温度是影响■亚科物种丰度的重要因素。水温越高、气压越低,则种组Ⅰ的5个物种出现数量越多,而种组Ⅱ的2个物种出现数量越少。Spearman分析显示,■亚科的数量丰度与气压呈显著的负相关性(P=0.046 10.05)。与浊度的相关性也十分明显,当浊度小于100 NTU时,■亚科的数量丰度与浑浊度呈极显著的负相关性(P=0.009 20.01)。研究表明,靖江沿岸水域是■亚科幼体的重要栖息地,多个环境因子的变动均会对其种类和数量产生影响。     

九龙江口沿岸碎波带仔稚鱼种类组成

为了探明九龙江口水域仔稚鱼种类组成及其分布,2007年12月-2008年11月,在九龙江口沿岸碎波带设置的5个站位点,每月大潮期间用小型拖网(1 m×4 m,网目1 mm)周年拖网120网次,采集到仔稚鱼4 961尾,隶属于37科64属,约91种(平均密度为41.3尾/网).其中6月的平均密度最大(158.1尾/网),2月最小(1.0尾/网).眶棘双边鱼(Ambassis gymnocephalus)为最优势种,占总数的35.40%,其后依次为多鳞鱼喜(Sillago sihama)(13.95%)、普氏缰虾虎鱼(Amoya pflaumi)(8.57%)、斑鱼祭(Konosirus punctatus)(7.24%)、多纪鲀属sp.1(Takifugu sp.1) (5.44%)、康氏侧带小公鱼(Stolephorus commersonii)(5.30%)、少鳞鱼喜(Sillago japonica)(4.88%)、星点多纪鲀(Takifugu niphobles)(1.55%)、长棘银鲈(Gerres filamentosus)(1.27%)和红尾银鲈(Gerres oyena)(1.27%).研究结果表明,九龙江口碎波带仔稚鱼的个体发育阶段主要为后弯曲期仔鱼和稚鱼期,分别占总数的64.44%和30.48%.     

泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

[目的]通过克隆泰山螭霖鱼的COⅠ基因序列,研究其与鲤科几属鱼类的进化关系,确定泰山螭霖鱼的分类地位。[方法]以泰山螭霖鱼30个个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的部分序列进行PCR扩增和序列对比,检测泰山螭霖鱼的遗传多样性;计算泰山螭霖鱼不同单倍型与Gen Bank中鲤科5个属鱼类的遗传距离,采用聚类分析方法,构建NJ和UPGMA系统进化树。[结果]30个个体泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因片段长度约1 600 bp,无碱基的插入和缺失,纯化并去除引物序列后获得约1 493 bp的核苷酸序列,存在6种单倍型,共检测到6个多态位点,包括4个转化、2个颠换,其单倍型多样性(Hd)为0.460,核苷酸多样性(Pi)为0.000 78,平均核苷酸差异数(K)1.163。遗传距离和NJ和UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的COⅠ序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与金线鲃属、倒刺鲃属、华鲮属的亲缘关系较远。[结论]该研究为其种质资源的管理与保护及遗传育种提供分子生物学依据。     

6个巨魾群体线粒体ND4基因碱基序列多样性分析

为研究云南省境内特有的巨魾Bagarius yarrelli 6个野生群体的遗传多样性,在红河曼耗(Baya-M)、怒江坝(Baya-B)、怒江下游(Baya-N)、澜沧江上游(Baya-L)、景洪(Baya-J)、红河河口(Baya-H)6个点共采集72尾巨魾,每个点采集12尾,分析6个群体的ND4基因序列。结果表明:应用PCR技术扩增了巨魾线粒体DNA的ND4基因序列并测序,获得72条mtDNA DN4基因序列,巨魾ND4基因序列全长为1381 bp,共检测到501个核苷酸变异位点,核苷酸多样性为0.001 9～0.072 2;共有67种单倍型,单倍型间的平均相对遗传距离为0.098;将巨魾与三线纹胸鮡Glyptothorax trilineatus和长丝黑鮡Gagata dolichonema两种鱼类的ND4基因利用UPGMA中的Kimura 2-parameter法构建系统进化树,发现巨魾单聚为一支。研究表明,红河河口与曼耗群体之间的分化程度较小,亲缘关系较近,而澜沧江与景洪群体之间的遗传距离最大(0.156),说明澜沧江群体与景洪群体之间的分化程度较大,亲缘关系较远。     

刺鳅属(Mastacembelus)鱼类和中华刺鳅的线粒体COI基因序列比较

应用生物信息学方法对27种刺鳅属鱼类和中华刺鳅的线粒体COI基因序列片段进行了比较分析,结果表明:COI基因碱基组成偏倚明显,27种刺鳅属鱼类COI基因中,A+T含量(53.6%)明显高于G+C含量(46.4%);在中华刺鳅COI基因中,A+T含量(57.8%)也明显高于G+C含量(42.2%),这与大部分鱼类的COI基因序列研究结果一致。中华刺鳅与大多数刺鳅属鱼类均保持中等遗传距离(0.162～0.217),但与非洲坦噶尼喀湖特有的Mastacembelus albomaculatus的遗传距离较远,达到0.268,计算了27种和26种(剔除Mastacembelus albomaculatus)刺鳅属鱼类的平均遗传距离,分别为0.134和0.123。基于COI基因构建的系统发育树分析,27种刺鳅属(Mastacembelus)鱼类和中华刺鳅可以明显区分为3个类群,即以大刺鳅等大多数刺鳅属鱼类、中华刺鳅、Mastacembelus albomaculatus。研究结果支持中华刺鳅属于刺鳅科,同时建议重新整理刺鳅属。由NJ和MP法构建的系统发生树均提示,非洲坦噶尼喀湖特有的Mastacembelus albomaculatus是相对较古老的类群,刺鳅属鱼类可能起源于非洲,但这需要进一步更加全面的分子生物学分析。同时,大刺鳅和中华刺鳅保持相对较近的遗传距离,通过种间杂交,培育耐低温且营养高的新品种具有较大的可行性。     

鳜属5种鱼类微卫星遗传多样性分析

利用8对已发表的翘嘴鳜微卫星引物,对5种鳜属鱼类翘嘴鳜、大眼鳜、斑鳜、波纹鳜和暗鳜共147个个体进行跨种扩增和遗传多样性的研究。结果发现,8个微卫星标记除位点HW8在波纹鳜中无多态性外,其他位点在5种鳜属鱼类中都具有较高的多态性。每个位点等位基因数为4~8个不等,平均等位基因数为6.13;在5个物种中分析的平均有效等位基因数为3.58,平均观测和期望杂合度分别为0.75和0.59,平均多态性信息含量0.51,为高度多态,表明鳜属鱼类物种的遗传多样性比较丰富。采用Nei’s遗传距离和遗传相似性系数分析5种鳜属鱼类系统发育关系,并构建UPGMA聚类图,结果显示翘嘴鳜和大眼鳜、斑鳜和波纹鳜分别有较近的亲缘关系,斑鳜和暗鳜亲缘关系最远。     

基于线粒体Cyt b基因序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结果显示,在编码Cyt b的1 140 bp序列中,检测到157个变异位点,界定了21种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为10个、11个、7个和2个,单倍型多样性介于0.226～0.794,核苷酸多样性介于0.006 14～0.023 86。除醴陵群体遗传多样性较低外,其余3个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点。4个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为0.018 74～0.092 74,遗传分化指数为0.808 63(P<0.01),其中长兴和八里店群体的分化程度较低,双浦和醴陵群体的分化程度较高,且遗传变异主要发生在群体间。本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据。     

浙江省三个斑鳜野生群体线粒体DNA细胞色素b基因序列的遗传变异

对钱塘江上游江山、乌溪江段和瓯江上游云和段3个斑鳜(Siniperca scherzeri Steindachner)群体线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因片段进行了扩增和测序,比较并分析了其遗传多样性和群体遗传分化。结果显示,在斑鳜Cytb基因965 bp的部分序列中,A+T含量(52.11%)略高于G+C含量(47.89%),77个个体中发现了16个多态性位点,8种单倍型。江山群体、乌溪江群体和云和群体的单倍型多样性分别为0.570±0.078、0.668±0.067、0.667±0.032,核苷酸多样性分别为0.001 8±0.000 3、0.001 9±0.000 2、0.004 3±0.000 6。江山群体与乌溪江群体间的Fst为-0.005 16(P0.05),表明同为钱塘江上游的两群体没有明显分化;但云和群体与江山群体、乌溪江群体间Fst分别为0.191 23(P0.01)和0.178 10(P0.01),表明瓯江上游与钱塘江上游斑鳜群体存在显著的分化。     

基于Cyt b序列的贵州境内两江流域月鳢群体遗传结构

【目的】分析贵州境内月鳢自然群体间的遗传关系及其遗传背景,为贵州土著鱼类资源的保护和开发利用提供理论依据。【方法】以贵州境内长江流域(乌江、清水江)和珠江流域(都柳江、猫营河)的4个月鳢群体(共130尾月鳢样本)为研究对象,采用PCR技术扩增月鳢线粒体Cyt b编码区,分析月鳢自然群体的遗传结构。【结果】贵州月鳢Cyt b基因946 bp序列的A+T含量为53.7%,高于G+C含量(46.3%),其碱基组成表现为C的含量最高、G的含量最低,呈较强的反G偏倚性;130个月鳢样本定义6种单倍型,总体核苷酸多样性指数为0.001 98,单倍型多样性指数为0.734;群体间平均遗传距离为0.002 29,猫营河-都柳江群体的遗传距离最大(0.003 08),乌江-猫营河群体的最小(0.001 31)。【结论】贵州月鳢整体遗传多样性水平低,群体间存在一定的遗传分化。     

基于Cytb基因的秆野螟属（Ostrinia）昆虫遗传多样性及其系统发育研究

为阐明秆野螟属(Ostrinia)昆虫遗传多样性、系统发育及其种间亲缘关系,为秆野螟属昆虫的物种分化与鉴定研究奠定理论基础,利用DNAMAN 8.0、PAUP 4.0和MEGA 7.0等生物信息学软件对我国秆野螟属8个物种线粒体Cytb基因的碱基组成、碱基变异和偏向性等进行了分析,分别利用最大似然法(ML)、贝叶斯法(BI)和最大简约法(MP)重建其系统发育关系。结果表明:线粒体Cytb基因序列长度为1146bp,碱基组成和密码子碱基分布都表现出较强的AT偏向性;种间保守性位点1051个,可变性位点95个,变异率为8.29%;亚洲玉米螟6个不同地理种群间Cytb基因碱基差异位点0～4个,遗传距离在0～0.0052之间;种间遗传距离在0.0009～0.0698之间;所有样本Cytb基因的碱基替换随着遗传距离的增大呈现出明显的线性关系;利用ML、BI和MP法构建的系统发育关系基本一致,即8种秆野螟属昆虫分为亮大支系,虎杖螟单独形成一支系,亚洲玉米螟等7种螟虫聚在一起形成另一支系。秆野螟属昆虫线粒体Cytb基因序列多样性低,种间界限不明显;进化关系与传统分类结果基本一致。     

锦江河3种鳜的遗传变异及其多样性评价

为探究锦江河国家级水产种质资源保护区内鳜类遗传变异特征及其多样性水平,基于PCR扩增与测序技术对大眼鳜、斑鳜和中国少鳞鳜3个群体97尾鱼的线粒体控制区序列进行比较分析。结果显示,大眼鳜序列长度为843 bp,无变异位点,只有1种单倍型,斑鳜有852 bp和856 bp两种序列,28个多态位点和11个单倍型,中国少鳞鳜也有845 bp和846 bp两种长度,5个多态位点和5个单倍型;大眼鳜、斑鳜和中国少鳞鳜3种鳜鱼群体内的遗传距离分别为0. 000 0、0. 008 7±0. 002 0和0. 002 0±0. 000 9,单倍型多样度和核苷酸多态性分别为0. 000 0、0. 859 9、0. 736 7和0. 000 0、0. 008 7、0. 002 0。分析表明,3种鳜鱼在终止序列区和保守序列区存在种或属间差异,锦江斑鳜是一个遗传变异大,多样性丰富的稳定种群;中国少鳞鳜虽然单倍型多样度丰富,但遭受过瓶颈效应,导致其核苷酸多样性偏低;大眼鳜遗传组成单一,多样性十分贫乏,推测可能有入侵的养殖群体。锦江系梵净山国家级自然保护区内最大的河流,历史上鳜类资源丰富,但已遭严重的破坏,加强其鳜类遗传资源的研究与保护十分必要。     

中国沿海长蛸群体16S rRNA基因的遗传变异研究

采用线粒体16S rRNA基因序列测定技术,分析了我国沿海长蛸4个野生群体的遗传结构及其变异。经比对获得了1个长度为512 bp的核苷酸片段,检测到48个变异位点,占分析位点总数的9.4%,45个个体共检测到30个单倍型,单倍型多样性指数H为0.964 6,总体核苷酸多样性指数Pi为0.032 9,表现出较丰富的遗传多样性。AMOVA分析表明,4个长蛸群体间存在较高的遗传分化,82.07%的遗传差异存在于群体间,而仅有17.93%的遗传差异存在于群体内。聚类分析也表明4个群体可明显聚为2个类群,一个由大连、青岛和舟山群体组成,另一个由厦门群体组成;厦门群体与其它群体间的遗传距离达到0.094,遗传分化系数和基因流分别达到0.97和0.02,表明厦门群体与其它3个群体有着显著的遗传隔离,可能为亚种水平的分化。上述群体间的分化可能与长蛸自身的底栖生活方式、海区水文条件及地理历史因素等有关。