三穗鸭PRKCB基因内含子14的变异对蛋壳品质的影响

为探究PRKCB基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用PCR产物直接测序法、DNAStar软件MegaAlign程序结合Chromas软件对120只三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)PRKCB基因的遗传位点变异进行筛查鉴定,用SPSS 18.0软件分析SNP位点与蛋壳品质的相关性。结果显示:在三穗鸭PRKCB基因第14内含子检测到g.1158465 C T、g.1158519 G A和g.1158524 G A这3个SNPs突变位点,每个突变位点均产生3种基因型,且均为中度多态位点。g.1158519 GA和g.1158524 GA突变位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,g.1158465 CT位点的基因型分布则显著(P0.05)偏离Hardy-Weinberg平衡;g.1158519 GA和g.1158465 CT位点之间存在强连锁不平衡。3个SNPs共组成5种单倍型和8种双倍型,优势单倍型H5(TGG)的频率为0.492,优势双倍型H2H5频率为0.200。关联分析显示,g.1158519 G A位点的AG基因型个体蛋壳厚度显著(P0.05)高于GG基因型个体,双倍型H1H3个体的蛋壳厚度显著(P0.05)高于H3H5个体的蛋壳厚度。研究结果提示,PRKCB基因的遗传变异可以影响蛋壳品质,其中g.1158519 GA位点可作为改善三穗鸭蛋壳品质选择的遗传标记。     

猪FTO基因多态性与肉质性状的关联分析

为了探究猪FTO基因多态性与肉质性状的关联性,试验通过限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)的BstuⅠ和TaiⅠ限制性内切酶技术分析了豫西黑猪和长白猪FTO基因第3外显子(c.594C>G)和第4内含子(g.276G>T)的遗传多样性,并将FTO基因的基因型与豫西黑猪背膘厚、pH₁、pH₂₄、滴水损失、肉色和大理石纹等肉质性状进行了关联分析。研究结果表明:FTO基因的c.594C>G位点和g.276G>T位点都具有中度多态性,经检验c.594C>G位点和g.276G>T位点的基因频率均符合χ²检验的Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。在c.594C>G位点上,豫西黑猪和长白猪都存在3种不同的基因型,分别为CC、CG和GG基因型,优势等位基因都为C等位基因,且两者C等位基因的频率分别为0.522 7和0.533 3,在肉色评分上,CG基因型和GG基因型个体显著高于CC基因型(P<0.05)。在g.276G>T位点上,豫西黑猪和长白猪都存在3种不同的基因型,分别为GG、GT和TT基因型,优势等位基因均为T等位基因(0.574 1,1.648 1)。结果表明,FTO基因的c.594C>G位点与豫西黑猪的肉质性状具有显著关联性,这在一定程度上说明了FTO基因可以为豫西黑猪肉质性状的遗传选择提供参考依据。     

鹌鹑MITF基因多态性与羽色性状的关联性分析

本研究以栗羽朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑作为研究对象,选择与羽色性状相关的MITF基因作为候选基因,通过对栗羽朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑MITF基因进行DNA测序,在MITF基因上发现3个多态性位点,分别为位于外显子4上的c.589A>G、外显子5上的c.761G>A和3′UTR上的c.2275C>T。位于外显子4上的c.589A>G突变导致赖氨酸转变为谷氨酸。利用不对称PCR-SSCP技术对300只鹌鹑进行基因分型,3个突变位点均发现三种基因型,命名为AA、AB和BB。群体遗传学分析显示,3个突变位点均表现为中度多态（0.25G、c.761G>A和c.2275C>T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。其中,c.589A>G位点和c.2569C>T位点栗羽朝鲜鹌鹑的3种基因型（AA、AB和BB）的频率分布与北京白羽鹌鹑的3种基因型频率分布有极显著差异（P<0.01）,说明这2个位点与鹌鹑羽色性状之间有显著的关联性。     

静原鸡ELOVL5基因遗传多样性研究

为确定静原鸡ELOVL5基因遗传变异位点,探讨其遗传特性,本研究利用单链构象多态性分析(PCR-SSCP)及DNA测序技术对静原鸡ELOVL5基因进行多态性检测。结果表明,静原鸡ELOVL5基因exon2和exon5均无多态性;在intron2扩增片段上共检测到1个SNP位点(g.88620433+1683G>A),其表现为2种基因型(AA、AG)。其中AA为优势基因型,基因型频率为0.84,A为优势等位基因,基因频率为0.92。在248个静原鸡群体中未发现纯合GG型个体。群体遗传学分析表明,该位点纯合度较高(0.84),PIC为0.14(PIC<0.25),呈低度多态。卡方适合性检验结果表明,静原鸡ELOVL5基因intron2突变未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。综上,静原鸡ELOVL5基因intron2多态性较低,exon2和exon5未发生变异。     

三穗鸭IP3R3基因SNP位点鉴定及其对 蛋壳品质的影响

[目的]明确IP3R3对蛋壳性状的效应机制及其在蛋壳品质改良中的应用价值,为开展蛋壳品质改良分子标记育种提供参考依据,也为深入研究IP3R3基因的生物学功能打下基础.[方法]以288羽三穗鸭为研究对象,收集45周龄母鸭生产的鸭蛋,测定蛋重、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳重;采用DNA直接测序法对三穗鸭IP3R3基因SNP位点进行鉴定,使用SHEsis进行单倍型及连锁不平衡分析,通过RNAfold预测不同单倍型的mRNA二级结构和自由能,并以SPSS 18.0中的一般线性模型(GLM)对三穗鸭IP3R3基因SNP位点与蛋壳品质进行关联分析.[结果]在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现2个SNPs位点,分别位于第49外显子的g.35195T>C和g.35207G>A,均属于同义突变,且均存在3种基因型,对应的多肽信息含量(PIC)分别为0.330和0.276,属于中度多态位点(0.25C和g.35207G>A位点产生的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(χ2-HWE<5.991),但2个SNPs位点间不存在强的连锁不平衡(D'为1.000,γ2为0.111).2个SNPs位点联合可构建3种单倍型和6种双倍型,优势单倍型H3(TG)的频率为0.495,劣势单倍型H2(TA)的频率为0.208;单倍型H1、H2和H3的mRNA二级结构最小自由能分别为-475.50、-476.50和-476.10 kJ/mol,表明2个SNPs位点的突变能引起基因mRNA二级结构和自由能改变.g.35195T>C和g.35207G>A位点对三穗鸭蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋形指数、蛋重和蛋壳重的影响均未达显著水平(P>0.05,下同);双倍型H1H1个体的蛋壳强度显著高于其他双倍型个体(P<0.05,下同),双倍型H2H2个体的蛋形指数显著低于其他双倍型个体,其他双倍型个体间均无显著差异.[结论]三穗鸭IP3R3基因与蛋壳品质有一定关联性.在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现的2个SNPs位点能引起基因mRNA二级结构和自由能改变,其构建的双倍型可作为主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记用于鸭蛋壳品质改良.     

烟台黑猪SLA-DQB基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

采用PCR-RFLP方法对烟台黑猪DQB基因外显子2的多态性进行研究,并对该位点与仔猪腹泻的关联进行了分析。结果表明,在烟台黑猪DQB基因外显子2上共检测出4种等位基因(A、B、C、D),7种RFLP带型(AA、BB、CC、AB、AC、BC、AD),该位点具有较丰富的多态性。卡方适合性检验显示,烟台黑猪的DQB基因外显子2没有达到Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。最小二乘法分析结果表明,烟台黑猪的性别和DQB外显子2的基因型均对仔猪腹泻无显著影响(P>0.05),而性别与基因型的互作效应对仔猪腹泻具有极显著的影响(P<0.01),在公猪群体中,AD基因型仔猪腹泻评分高于AA基因型个体(P<0.05),在母猪群体中BB、AC、BC、CC基因型仔猪腹泻评分高于其他基因型仔猪(P<0.05)。     

OCX-32基因内含子变异对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响

[目的]探讨OCX-32基因对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应,为长顺绿壳蛋鸡的保种选育及开发利用提供参考依据.[方法]以长顺绿壳蛋鸡为材料,采用PCR产物直接测序法筛选OCX-32基因SNP多态位点,实时荧光定量PCR检测组织表达谱,运用SPSS 19.0广义线性模型(GLM)分析SNP位点基因型或双倍型与所测定性状指标的相关性.[结果]在长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因中检测到3个SNPs位点,分别是位于内含子1上的g.22592323G>T及内含子3上的g.22597350T>C和g.22597555G>A.卡方(χ2)检测结果发现,g.22597350T>C位点的基因型分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05,下同).连锁不平衡分析结果显示,3个SNPs突变位点不存在强连锁不平衡,共发现4种单倍型和8种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H2频率最高,分别为0.523和0.345.实时荧光定量PCR检测结果显示,OCX-32基因在长顺绿壳蛋鸡12个组织中存在不同程度的表达,表达量排序为肾脏>心脏>子宫>腹脂>小肠>脾脏>肝脏>腺胃>胸肌>胰腺>肺脏>肌胃.关联分析结果显示,g.22597350T>C位点CC基因型在蛋壳强度和蛋壳重2个品质指标上显著高于CT基因型和TT基因型;双倍型H4H4个体的蛋壳强度显著高于其他7种双倍型个体,蛋壳重显著高于H2H4个体.[结论]OCX-32基因内含子变异能影响长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质,检测到的3个SNPs位点可作为鸡蛋壳品质选择的遗传分子标记,其中突变位点g.22597350T>C的CC基因型和双倍型H4H4是影响蛋壳强度和蛋壳重的关键基因型和双倍型,有利改善蛋壳品质.     

鹌鹑ESR1基因的多态性与蛋品质的关联分析

为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

OC-116基因第1外显子多态性对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响

为探讨OC-116基因第1外显子多态性对鸡蛋壳品质的影响,试验以长顺绿壳蛋鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对OC-116基因第1外显子区域进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,利用一般线性模型分析多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应。结果显示,在OC-116基因第1外显子共检测到2个中度多态且完全连锁的SNP位点,分别为g.45667632 TC和g.45667671 GA,均产生3种基因型。通过卡方(χ~2)检验发现,2个SNPs基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),共存在2种单倍型和3种双倍型。基因型CC、AA和双倍型H2H2在蛋质量上显著高于基因型TT、GG和双倍型H1H1(P0.05),基因型TT、GG和双倍型H1H1在蛋形指数上显著高于基因型CT、AG和双倍型H1H2(P0.05),基因型CT、AG和双倍型H1H2在蛋壳强度上显著高于基因型TT、GG和双倍型H1H1(P0.05)。综上,基因型CC、AA和双倍型H2H2是改善蛋壳品质的有利基因型和双倍型,揭示g.45667632 TC位点和g.45667671 GA位点可作为蛋壳性状选择的标记性位点。     

翘嘴鲌生长激素基因侧翼2个微卫星位点与生长性状的关联分析

通过120尾同塘养殖翘嘴鲌体长和体质量的测定,以及生长激素基因(GH)侧翼的2个微卫星位点Cal-GH01和Cal-GH02基因型检测,分析了翘嘴鲌GH基因侧翼的2个微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明:Cal-GH01共检测到3个等位基因(404、407和410 bp)和6种基因型,等位基因407 bp是优势等位基因,407/407 bp是优势基因型;该微卫星位点多态信息含量为0.420,观测杂合度为0.207 2,属中度多态性位点。Cal-GH02共检测到6个等位基因(366、375、378、381、384和387 bp)和11种基因型,等位基因381 bp是优势等位基因,381/381 bp是优势基因型;该微卫星座位多态信息含量为0.450,观测杂合度为0.466 1,属中度多态座位。微卫星位点Cal-GH01的分析结果表明,404/407型个体占样本数的13.3%,其体长最长。407/410型个体占样本数的5%,其体质量最大。Cal-GH01不同基因型个体体长和体质量均有差异,但差异均不显著(P>0.05)。在微卫星位点Cal-GH02中,366/381型个体占样本数的3.3%,其体长和体质量均最大,其体质量显著大于其他基因型个体(P<0.05)。384/387型个体占样本数的2.5%,其体长和体质量均最小,其体长显著小于其他基因型个体(P<0.05)。翘嘴鲌GH基因多态性与生长性状存在关联,推测相关变异位点可作为翘嘴鲌生长的候选辅助标记。     

蛋用鹌鹑IGF-1R基因的多态性与体尺性状相关性分析

类胰岛素生长因子1型受体(IGF-1R)基因是类胰岛素生长因子(IGFs)在生物体内发挥作用的主要效应器,对机体生长发育进程中有重要影响。为探讨IGF-1R基因多态性与蛋用鹌鹑体尺性状的相关性,采用PCR产物直接测序方法对中国黄羽鹌鹑、北京白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3种蛋用鹌鹑的IGF-1R基因进行多态性分析,并对IGF-1R基因的多态性与鹌鹑体尺性状进行相关性分析。结果表明,在3个蛋用鹌鹑群体中检测到IGF-1R基因A57G和A72T两个突变位点,A57G位点发生了A/G碱基突变,有AA、AG和GG三种基因型;A72T位点发生了A/T碱基突变,有AA、AT和TT三种基因型。中国黄羽鹌鹑的A57G位点对胫长、胸骨长和胫围有显著影响(P<0.05),A72T位点对体质量和胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAA对体质量有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAA对胫长、胸骨长、胫围有明显影响(P<0.05)。北京白羽鹌鹑的A57G位点对体质量、胫长、体长、胫围有显著影响(P<0.05),A72T位点对胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAA对体质量和胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAT、GGAA、GGAT对胫长有显著影响(P<0.05),组合基因型GGAA对胸深有显著影响(P<0.05)。朝鲜鹌鹑的A57G位点对体质量有显著影响(P<0.05),A72T位点对胸骨长和胫围有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAA对体质量有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAT对胫长和胸宽有显著影响(P<0.05)。因此,IGF-1R基因可以作为候选基因应用于蛋用鹌鹑体尺性状的分子标记辅助选择。     

鸭IL-2基因启动子的克隆、多态性与表达的关联分析

为研究鸭IL-2基因调控区单核苷酸多态性对其转录调控的影响,克隆获得了鸭IL-2基因启动子2 850 bp序列,与人、小鼠和原鸡的同源性分别为35.37%,37.52%和34.74%。其中,-1 400/-1 000存在集中的核心转录因子结合位点。对鸭IL-2基因启动子(-1 932/-742)进行单核苷酸多态检测和遗传多态性分析发现,该区域存在两个突变位点(C-1353A、C-1406T),且均处于Hardy-Weinberg极不平衡状态;等位基因A均为优势等位基因。单核苷酸多态与其表达水平的相关性分析发现,突变位点不同基因型与IL-2基因mRNA表达水平和IL-2蛋白水平均无显著相关关系,但基因型AA个体的mRNA表达量均高于其他基因型个体(P>0.05),表明鸭IL-2启动子等位基因A可能有促进IL-2基因转录的趋势。研究结果为IL-2基因转录调控机制的研究提供了理论基础。     

京海黄鸡柔嫩艾美尔球虫感染对脾脏和盲肠IL-6、IL-8、CCLi2基因表达量的影响及其相关性

白介素6(IL-6)、白介素8(IL-8)和CC趋化因子配体2(CCLi2)3种细胞因子在炎症反应以及机体免疫方面发挥重要作用。为了揭示球虫感染对脾脏和盲肠中IL-6、IL-8和CCLi2的表达量的影响,以京海黄鸡(Gallus gallus)为试验材料,设球虫感染组和非感染的对照组,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了脾脏与盲肠组织中IL-6、IL-8和CCLi2的mRNA的相对表达量,比较同一组织感染组与对照组间3个基因表达量的差异,同时分析同一处理组的同一组织内、不同组织间3个基因表达量的相关性。研究结果表明:感染组脾脏组织IL-6、IL-8和CCLi2三个基因的表达量均显著高于对照组(P<0.05),其中IL-6基因达极显著水平(P<0.01);感染组盲肠组织中IL-6、IL-8和CCLi2的表达量均极显著地高于对照组(P<0.01)。相关性分析结果表明,感染组脾脏组织中IL-6、IL-8和CCLi2的表达量之间均存在极显著的正相关(P<0.01);在感染组盲肠组织中IL-8、CCLi2与IL-6基因的表达量存在极显著的正相关(P<0.01),但IL-8与CCLi2基因表达量相关不显著(P>0.05);在对照组脾脏组织中,IL-6、IL-8与CCLi2间存在极显著的正相关(P<0.01),其他基因间相关均不显著(P>0.05);对照组盲肠组织中IL-6、IL-8和CCLi2之间均存在极显著的正相关(P<0.01);此外,无论感染组还是对照组,脾脏和盲肠组织间3个基因的表达量相关性均不显著(P>0.05)。以上结果表明,IL-6、IL-8和CCLi2可能在京海黄鸡球虫感染过程中发挥重要作用,研究结果对进一步探讨这3个基因在球虫病抗病育种中的作用提供了依据,对京海黄鸡球虫病抗病育种具有重要意义。     

甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星多态性与生长速度的关联分析

通过220只甘肃高山细毛羊生长性能测定、DNA测序验证、微卫星DNA多态性检测和相关性分析,研究了甘肃高山细毛羊DRB1 基因内含子2微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明,甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星重复单位是由GT/GA组成的复合型微卫星座位。研究共检测到13个等位基因和40种基因型,等位基因201、195和193 bp是优势等位基因,201/201 bp是优势基因型。该微卫星座位多态信息含量为0.830,杂合度为0.847,属高度多态座位。相关性分析表明,183、191、207和197 bp等位基因对应的甘肃高山细毛羊群体出生体质量极显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因群体(P<0.01),同时显著高于179、189、193和201 bp等位基因群体(P<0.05),含有179、189、193和201 bp等位基因的群体的出生重显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因的群体(P<0.05)。就甘肃高山细毛羊1月龄、2月龄、3月龄和6月龄体质量综合考虑,含有197和207 bp等位基因群体的体质量较高,从甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星座位选择考虑,在选种时尽量保留含有197和207 bp等位基因的个体作为种用,将可能提高甘肃高山细毛羊的出生体质量和出栏体质量(6月龄体质量)。     

雪峰乌骨鸡HSP70基因多态性与精液品质关联分析

旨在研究雪峰乌骨鸡HSP70基因多态性及其与鸡冻精品质的关系,以期筛选出鸡精液抗冻性相关分子标记,为鸡精液冷冻保存及其分子育种提供技术支撑。选取100只同一批次、性成熟的白羽雪峰乌骨种公鸡,测定采精量、精子密度和冻精活力等指标。翅静脉采血,提取基因组DNA并扩增HSP70基因,构建精液品质低、中、高3个混池并测序。单个样本测序后,比对测序峰图,完成基因分型,统计不同基因型个体数,并进一步进行精液品质关联分析。结果发现:HSP70基因436 bp处存在G>A突变,G为优势基因,将群体分成AA、AG和GG这3种基因型,各基因型频率依次为22%、44%和34%,该位点遗传多样性分析PIC=0.371 4,为中度多态位点,Hardy-Weinberg平衡适合性检验得χ²=1.148 0(P>0.05),该群体符合Hardy-Weinberg平衡规律。基因多态与精液品质关联分析表明,GG基因型个体采精量和精子密度极显著(P<0.01)高于AG型、AA型个体,且冻后活力显著(P<0.05)高于AG型个体,极显著(P<0.01)高于AA型个体;AG型个体采精量和精子密度极显著(P<0.01)高于AA型个体,冻精活力差异不显著(P>0.05)。综上所述,HSP70基因突变G/A位点与鸡冻精品质显著相关,可以作为雪峰乌骨鸡个体精液抗冻性的候选基因,基因型GG的个体精液更具抗冻性,其次为AG型个体。