朝鲜鹌鹑OCA2基因克隆及其多态性与羽色的相关性

【目的】克隆朝鲜鹌鹑(Korean quail)OCA2基因的cDNA序列,检测其在不同羽色(白羽和栗羽)群体胚胎发育不同阶段翅组织中mRNA的表达情况,探讨OCA2基因多态性对朝鲜鹌鹑羽色的影响,筛选可能与羽色相关的多态性位点。【方法】取白羽、栗羽朝鲜鹌鹑孵化6,8,10,12和14 d的胚胎翅组织,提取总RNA,RT-PCR扩增OCA2基因cDNA序列,利用实时荧光定量PCR检测OCA2基因mRNA在朝鲜鹌鹑胚胎发育不同阶段和不同羽色鹌鹑胚胎翅组织中的表达水平;用胚胎发育10 d时的cDNA样品扩增OCA2基因cDNA序列并进行生物信息学分析。以300羽白羽朝鲜鹌鹑和栗羽朝鲜鹌鹑孵化10 d时的胚胎为研究材料,采集翅组织样品,提取基因组DNA, PCR扩增OCA2基因,通过不对称PCR-SSCP方法结合测序确定基因型,分析不同基因型对朝鲜鹌鹑羽色形成的影响。【结果】朝鲜鹌鹑OCA2基因胚胎发育6～8 d时的表达量低于胚胎发育10～14 d时的表达量,且在10 d时达到最高。6～8 d时,OCA2基因的表达水平在2种羽色朝鲜鹌鹑胚胎中差异不显著; 10～14 d时,栗羽朝鲜鹌鹑OCA2基因mRNA的表达水平显著高于白羽朝鲜鹌鹑(P0.05)。OCA2基因CDS区片段大小为2 660 bp,含有24个外显子,开放阅读框长2 556 bp,编码含851个氨基酸的稳定疏水性蛋白。在朝鲜鹌鹑OCA2基因中检测到3个SNP位点,分别为外显子2上的c.93AG、外显子9上的c.999AG、3′UTR上的c.2569CT;群体遗传学分析显示,3个突变位点均表现为中度多态(0.25PIC0.5),χ~2检验表明朝鲜鹌鹑群体在3个SNP位点上均处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。在3′UTR上的c.2569CT位点,栗羽朝鲜鹌鹑3种基因型(CC、 CT和TT)的频率分布与白羽朝鲜鹌鹑存在极显著差异(P0.01),说明该突变位点与鹌鹑羽色之间存在一定的关联性。【结论】白羽朝鲜鹌鹑翅组织中OCA2基因低表达可能与其羽毛白化有一定的关系,OCA2基因3′UTR上的c.2569CT突变与朝鲜鹌鹑羽色性状之间具有一定的关联性,可以作为研究朝鲜鹌鹑羽色的候选基因。     

蛋用鹌鹑伴性羽色基因互作与连锁的关系

目的研究MITF基因在鹌鹑胚胎发育过程中的表达变化及其与羽色形成的关系,分析启动子甲基化对MITF基因表达的影响。方法利用RT-PCR克隆鹌鹑MITF基因mRNA的CDS区域并进行DNA测序,对得到的序列进行BLAST比对等生物信息学分析。利用RT-qPCR分析MITF基因在栗羽朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑胚胎发育第6、8、10、12和14 天的表达变化。克隆朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑MITF基因的启动子区域并进行DNA测序,利用BS-PCR分析启动子CpG岛的甲基化水平。结果鹌鹑MITF基因与日本鹌鹑同源基因相似度达99%,包含1 476 bp的开放阅读框,编码蛋白由492个氨基酸残基组成,没有信号肽和明显的跨膜区,成熟蛋白位于细胞核中。在胚胎发育的6~12 d,朝鲜鹌鹑MITF基因mRNA表达水平显著或极显著高于北京白羽鹌鹑(P<0.05或P<0.01)。鹌鹑MITF基因启动子区域包含丰富的顺式作用元件和1个346 bp的CpG岛,朝鲜鹌鹑MITF基因启动子区域的平均甲基化水平为18.52%,北京白羽鹌鹑的平均甲基化水平为29.63%,两者差异显著(P<0.05)。结论北京白羽鹌鹑MITF基因启动子区域高甲基化状态导致其表达水平下降,这与其羽色白化有一定的关系。     

朝鲜鹌鹑微卫星多态性分析

利用微卫星标记技术对朝鲜鹌鹑群体9个微卫星座位的遗传多样性进行分析,旨在为朝鲜鹌鹑遗传资源的评价、保护和利用提供新的依据。结果表明,9个微卫星座位共检测出44个等位基因,平均每个座位检测到4.89个。平均杂合度为0.7096,平均多态信息含量为0.6639,表明朝鲜鹌鹑是遗传多样性较丰富的群体。χ2检验结果表明,9个微卫星座位的基因分布均处于Hardy-Weinberg不平衡状态。     

鹌鹑MITF基因多态性与羽色性状的关联性分析

本研究以栗羽朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑作为研究对象,选择与羽色性状相关的MITF基因作为候选基因,通过对栗羽朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑MITF基因进行DNA测序,在MITF基因上发现3个多态性位点,分别为位于外显子4上的c.589A>G、外显子5上的c.761G>A和3′UTR上的c.2275C>T。位于外显子4上的c.589A>G突变导致赖氨酸转变为谷氨酸。利用不对称PCR-SSCP技术对300只鹌鹑进行基因分型,3个突变位点均发现三种基因型,命名为AA、AB和BB。群体遗传学分析显示,3个突变位点均表现为中度多态（0.25G、c.761G>A和c.2275C>T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。其中,c.589A>G位点和c.2569C>T位点栗羽朝鲜鹌鹑的3种基因型（AA、AB和BB）的频率分布与北京白羽鹌鹑的3种基因型频率分布有极显著差异（P<0.01）,说明这2个位点与鹌鹑羽色性状之间有显著的关联性。     

鸭色素合成相关基因TYR外显子1单核苷酸多态性及其与羽色性状相关性分析

【目的】旨在探究鸭羽色群体中TYR外显子1单核苷酸多态性与羽色性状的相关性。【方法】以樱桃谷鸭D系与连城白鸭杂交后代F1自群繁育得到的四个羽色群体为实验样本,对其进行采血提取DNA并记录羽色性状,扩增得到TYR基因外显子1序列,送至测序并分析其SNP位点分布与羽色性状的相关性。【结果】结果表明:鸭TYR基因外显子1长843 bp,编码281个氨基酸,核苷酸序列与鸡相似性为99%,A+T共417个碱基(49.46%),C+G共438个碱基(51.95%)。A+T含量与G+C含量大致相同;比对外显子1序列后发现,存在1个新发现的SNP位点(507 T→C),属无义突变,该位点存在3种基因型(TT CT CC);通过卡方标准检验,表明基因型分布在各个羽色群体中分布差异不显著;得到羽色性状分布与C基因频率(P=0.07)、CC基因型频率的相关系数(P=0.055),可知羽色性状分布与C基因型频率存在一致性,但不显著。【结论】TYR可能并非控制羽色的主效基因,但它和羽色存在相关性。     

朝鲜鹌鹑MHC class Ⅰ基因第2、3外显子多态性与NDV抗性的关联分析

【目的】研究朝鲜鹌鹑MHC classⅠ基因第1,2和3外显子的多态性,并与新城疫病毒抗性进行关联分析。【方法】采用胸肌注射的方法对14日龄朝鲜鹌鹑进行新城疫La Sota弱毒株攻毒,每周注射1次,连续攻毒3周后,心脏采血,采用β-微量法测定血清中新城疫抗体水平。PCR扩增朝鲜鹌鹑MHC classⅠ基因,测序后采用DNA Star、SPSS等分析软件研究朝鲜鹌鹑MHC classⅠ基因第1,2,3外显子的多态性,并分析不同基因型新城疫抗体水平的差异。【结果】朝鲜鹌鹑的新城疫抗体效价为26～210。PCR扩增获得了1 290bp的MHC classⅠ基因,其编码区序列为780bp,编码259个氨基酸。通过与已知序列日本鹌鹑RNA(AB005528)比对,得到长度分别为76,272和274bp的第1,2和3外显子。在第1外显子上未检测到突变为点,在第2和3外显子上共检测到11个突变位点(第2外显子上4个突变位点:257bp(A/C)、267bp(A/T)、366bp(A/G)和500bp(T/G);第3外显子上7个突变位点:795bp(T/C)、798bp(T/C)、810bp(T/G)、830bp(A/G)、873bp(A/T)、927bp(A/G)和932bp(C/G)),均为中度多态基因座,11个突变位点中,267bp(A/T)、830bp(A/G)、873bp(A/T)、932bp(C/G)突变导致编码氨基酸改变,500bp(T/G)、873bp(A/T)、932bp(C/G)突变位点基因型之间新城疫抗体水平存在显著差异(P0.05)。【结论】朝鲜鹌鹑MHC classⅠ基因第2、3外显子具有丰富的多态性,并且与新城疫病毒抗性相关。     

阉割对金华猪甲状腺组织GNAS基因表达的影响

为研究阉割对甲状腺刺激性G蛋白α亚基(GNAS)基因表达的影响,采用SYBR Green荧光定量PCR分析方法,分析60、90和120日龄阉割组与非阉割组金华猪甲状腺组织中GNAS基因的表达水平。结果表明:在3个时期,无论是阉割组还是非阉割组,金华猪GNAS基因的表达水平均是90日龄低于60日龄,而120日龄又高于90日龄;非阉割组60日龄GNAS基因的表达量最高,而阉割组120日龄GNAS基因的表达量最高。阉割组GNAS基因的表达水平在不同的生长阶段均低于非阉割组。结果提示建立的SYBR-Green荧光定量PCR方法可有效地用于GNAS基因的表达分析;阉割会造成猪GNAS基因的表达量下降。     

鹌鹑MyoD基因多态性与生长性状的相关性分析

[目的]研究MyoD基因与鹌鹑生长性状的相关性。[方法]以朝鲜鹌鹑为研究对象,应用HRM技术检测群体中MyoD基因的多态性,测定其生长性状,并进行关联分析;qPCR检测3种基因型胚胎肌肉组织中MyoD基因的表达量。[结果]MyoD基因在群体中存在AA、Aa和aa 3种基因型,AA和Aa基因型个体的胸围显著高于aa基因型(P<0.05)。胚胎发育的7～15 d均能检测到MyoD基因表达,MyoD基因的表达量从11 d开始升高,15 d达到峰值。AA和Aa基因型MyoD基因表达量提高速度高于aa基因型。[结论]MyoD基因A等位基因为朝鲜鹌鹑胚胎生长发育的优势基因,可用于生长发育快的个体基因型育种选择。     

朝鲜鹌鹑体重与体尺的相关及回归分析

利用SPSS 13.0分析软件对9周龄朝鲜鹌鹑的体尺和体重进行了相关分析、通径分析并建立了最优回归方程。研究表明,朝鲜鹌鹑的胫长(X1)、胸宽(X2)、胸深(X3)、胸骨长(X4)和体斜长(X5)5个体尺性状与体重(Y)存在不同程度的相关性,而且相关的密切程度有性别差异。胸骨长和体斜长是影响公鹑体重的2个主要体尺指标,而胫长和胸深是影响母鹑体重的2个主要体尺指标,在选择朝鲜鹌鹑体重的同时对公鹑应加强胸骨长和体斜长的选择力度,而对母鹑应加强胫长和胸深的选择力度。最优回归方程公鹑为:Y=-90.395+19.690X2+20.667X4+8.899X5;母鹑为:Y=-16.678+48.269X1。     

鹌鹑ESR1基因的多态性与蛋品质的关联分析

为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

固始鸡慢羽系胫色、羽色与羽毛生长变化规律研究

观测了固始鸡慢羽系胫色、羽色的变化规律及羽毛生长情况。结果表明 :随着周龄的增加 ,胫色由浅色向深色转变 ;而羽色则由深色向浅色转变。固始鸡慢羽系部分公鸡 6周龄已有明显的性征表现 ,此时鸡冠发育清楚可辨 ,羽色鲜艳、亮丽 ,且多为红棕黄羽。从 9日龄开始 ,雏鸡绒羽依次从颈部、胸部换羽 ,30日龄左右开始部分长尾羽。     

半番鸭羽色性状AFLP和RAPD标记分析

利用RAPD和AFLP技术对半番鸭2个羽色池DNA进行检测,探讨两种技术对半番鸭羽色性状标记的效果。结果显示：(1)RAPD方法扩增带和特异性条带都较少,37个引物共扩增到297个清晰条带(平均每个引物4条)；在37个引物中,7个引物含有羽色特异性条带,共15条,其中自羽半番鸭特有的条带为10条。(2)AFLP方法荧光图谱清晰度高,扩增带丰富,16对引物组合共检测1000多条扩增带(平均每个引物组合30多)；在16引物中,4个引物组合检测到羽色特异性条带,共90条,仅白羽半番鸭特有的条带可达37条。可见,采用AFLP技术对半番鸭羽色标记效果更佳。     

蛋用鹌鹑的VIPR-1基因的多态性与早期生长性状的关联分析

为分析VIPR-1基因是否能作为鹌鹑早期生长性状的相关分子标记或者候选基因,以中国黄羽鹌鹑、中国白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个蛋用鹌鹑品种作为实验对象,采用PCR-RFLP技术和测序技术检测VIPR-1基因的外显子6-7的多态性,并分析该基因多态性与蛋用鹌鹑早期生长性状的关联程度.结果表明,在3个蛋用鹌鹑品种中的VIPR-1基...     

基于RNA-seq技术挖掘鹌鹑羽色自别雌雄相关基因

鹌鹑的羽色自别雌雄现象是由性染色体上的基因决定的,但具体的分子机制未知.本研究以北京白羽公鹌鹑和朝鲜栗羽母鹌鹑为研究对象,利用RNA-seq技术分析了F1公鹑和F1母鹑胚胎期第10天皮肤组织样品的转录组,以筛选调控鹌鹑羽色自别雌雄的关键基因,并利用qRT-PCR技术进行验证.结果表明:RNA-Seq共得到38.94 G...     

番茄果实颜色相关MYB转录因子的基因表达研究

在番茄果实颜色发育过程中,转录因子参与其中。在源于番茄野生种Solanum lycopersicoides的导入系群体中,发现了1个黄果突变体,以红果亲本番茄及该黄果突变体为遗传材料,通过数字基因表达谱测序及RT-PCR,对MYB转录因子的表达模式进行研究。筛选到多个与果实颜色相关的差异表达MYB转录因子,并进行了半定量RT-PCR验证。     

蛋用鹌鹑IGF-1R基因的多态性与体尺性状相关性分析

类胰岛素生长因子1型受体(IGF-1R)基因是类胰岛素生长因子(IGFs)在生物体内发挥作用的主要效应器,对机体生长发育进程中有重要影响。为探讨IGF-1R基因多态性与蛋用鹌鹑体尺性状的相关性,采用PCR产物直接测序方法对中国黄羽鹌鹑、北京白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3种蛋用鹌鹑的IGF-1R基因进行多态性分析,并对IGF-1R基因的多态性与鹌鹑体尺性状进行相关性分析。结果表明,在3个蛋用鹌鹑群体中检测到IGF-1R基因A57G和A72T两个突变位点,A57G位点发生了A/G碱基突变,有AA、AG和GG三种基因型;A72T位点发生了A/T碱基突变,有AA、AT和TT三种基因型。中国黄羽鹌鹑的A57G位点对胫长、胸骨长和胫围有显著影响(P<0.05),A72T位点对体质量和胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAA对体质量有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAA对胫长、胸骨长、胫围有明显影响(P<0.05)。北京白羽鹌鹑的A57G位点对体质量、胫长、体长、胫围有显著影响(P<0.05),A72T位点对胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAA对体质量和胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAT、GGAA、GGAT对胫长有显著影响(P<0.05),组合基因型GGAA对胸深有显著影响(P<0.05)。朝鲜鹌鹑的A57G位点对体质量有显著影响(P<0.05),A72T位点对胸骨长和胫围有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAA对体质量有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAT对胫长和胸宽有显著影响(P<0.05)。因此,IGF-1R基因可以作为候选基因应用于蛋用鹌鹑体尺性状的分子标记辅助选择。