猪·牛·羊源性成分实时等温扩增检测方法的建立

[目的]建立一种快速检测猪、牛、羊动物源性成分的实时荧光环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法。[方法]针对猪、牛、羊物种ND1、COXⅠ、cytB特异性基因分别设计LAMP引物,通过实时检测荧光强度判断反应结果。[结果]猪、羊源性成分的检测灵敏度为10 pg,牛源性成分的检测灵敏度为1 pg。对模拟掺杂肉制品检测时,掺杂猪肉、牛肉、羊肉的检出限为0.01%。[结论]该研究所建立的LAMP法特异性强、灵敏度高,能有效地对肉制品掺杂的猪、牛、羊源性成分进行检测,可作为肉类鉴别的一种快速检测方法。     

肉制品中鸡源性成分重组酶介导等温扩增检测方法的建立及应用

为了快速准确检测出肉制品中的鸡源性成分,本研究基于鸡线粒体细胞色素B基因(CytB),设计特异性引物和exo探针,建立了实时荧光重组酶介导等温扩增(RAA)方法,进行特异性、灵敏性和稳定性分析,并通过检测市售肉制品对所建立RAA方法的准确性和适用性进行分析。结果表明,该方法可以快速实现对高山鸡肉、乌鸡肉、芦花鸡肉、白羽鸡肉和野鸡肉基因组DNA的特异性扩增,而对猪肉、牛肉、羊肉等的DNA均没有扩增,可稳定检出的鸡源性成分最低质量分数为0.1%。在9份标识有鸡肉成分的市售样品中,7份检出鸡源性成分,有2份样品的鸡源性成分检测结果为阴性。本研究建立的实时荧光RAA方法操作简单,反应迅速,特异性强,灵敏度高,为肉制品中鸡源性成分的检测提供了技术保障。     

喀斯特炭疽菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立

为寻求喀斯特炭疽菌的快速检测方法,利用TaqMan探针实时荧光定量PCR技术,以喀斯特炭疽菌基因组中的ACT基因为靶序列设计并筛选特异性引物探针,通过特异性、灵敏度、重复性试验建立喀斯特炭疽菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法。结果表明:建立方法的特异性较强、灵敏度较高、重复性稳定性较好,最低检测限为0.2pg DNA/反应,标准曲线的线性关系良好,相关系数为0.998。该方法操作简便,可用于进出境口岸喀斯特炭疽菌的检疫。     

五倍子蜂蜜TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

为五倍子蜂蜜的鉴定检测提供技术支撑,利用TaqMan探针实时荧光定量PCR技术,以五倍子树基因组中ITS基因为靶序列,设计并筛选出特异性引物探针,通过特异性、灵敏度和重复性等试验,建立五倍子蜂蜜TaqMan探针实时荧光PCR检测方法。结果表明:建立的方法特异性良好,生成的标准曲线有良好的线性关系,相关系数(R2)为0.998,最低检测限为0.2pg DNA/反应。该方法特异性强、灵敏度高、结果可靠。     

禽坦布苏病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立禽坦布苏病毒(Avian Tembusu virus,ATmV)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据ATmV非结构蛋白NS1的基因特征,设计特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针检测ATmV的实时荧光定量PCR检测方法,对其特异性、重复性进行检测。用建立的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法和之前建立的RT-PCR方法同时对临床15份疑似ATmV感染的病料进行检测,计算其符合率。【结果】成功建立了检测ATmV的实时荧光定量PCR检测方法,当NS1基因含量为(2.67×102)~(2.67×107)拷贝/μL时有良好的线性扩增,其扩增相关系数为0.998,扩增效率为99.9%。建立的ATmV实时荧光定量PCR检测方法敏感度高,最低检测限为2.67×102拷贝/μL;特异性强,对水禽常见病毒(如Ⅰ型鸭肝炎病毒、新型鸭呼肠孤病毒、禽流感病毒、禽Ⅰ型副粘病毒与番鸭细小病毒等)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.39%~1.17%和0.51%~1.82%。对临床送检的15份病料,TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的阳性率为73.33%(11/15),RTPCR方法的阳性率为60.0%(9/15),2种方法的符合率为100.0%。【结论】建立了基于TaqMan探针的ATmV实时荧光定量PCR检测方法,该方法可应用于ATmV感染的早期检测。     

番茄不孕病毒实时荧光RT-PCR检测方法研究

番茄不孕病毒(tomato aspermy vires,TAV)是危害我国菊花生产的主要病毒之一.本研究根据该病毒外壳蛋白北京分离物的基因,设计特异性引物与荧光探针,建立了基于TaqMan探针的实时荧光RT-PCR检测方法.该方法与DAS-ELIAS相比,检测灵敏度提高了约1 000倍,重复性试验表明批内与批间变异系数均在5%以内,整个检测过程仅需2 h,是一种操作简便、特异性强、灵敏度高、快速有效的TAV检测方法.     

实时荧光技术在鸭坦布苏病毒 RT-LAMP检测方法中的应用

由鸭坦布苏病毒(DTMUV)引起的蛋鸭产蛋急剧下降给我国的养鸭业造成了巨大的经济损失.针对DTMUV E基因保守区域设计一套LAMP引物,利用实时荧光技术建立了DTMUV的实时RT-LAMP病原检测方法.该方法检测RNA的最低检测极限可达到7.8 copies,其灵敏度是普通RT-PCR的100倍,且只能特异性扩增DTMUV的RNA,对其他常见鸭源病毒核酸均无特异性扩增.该方法简单快速、特异性强和灵敏度高,判定结果只需要观察扩增曲线,适用于DTMUV早期感染的诊断、分子流行病学调查和疫情监测.     

基于TaqMan实时荧光PCR检测鲜肉及加工制品中的鸭源性成分

禽源性成分检测既可以预防禽流感又能分析肉类的掺假问题。本研究参考行业标准(SN/T 2727-2010),对鸭和其它12种不同源性动物DNA进行特异性检测;将鸭来源DNA模板原液进行梯度稀释确定其检出限,同时进行灵敏度实验和掺假实验;在加工制品中检测其适用性。结果表明:此引物和探针特异性强,只针对鸭有特异性扩增曲线,对其它12种动物源性无扩增曲线;当鸭模板DNA浓度为10fg·μL-1时,仍能检测到鸭源性,灵敏度可达到1%,同时可以很好地检测掺假;此引物和探针在加工制品中检测结果良好,适用于加工肉制品的检测。本实验通过所建立标准曲线y=-3. 4554x+42. 663,R2=0. 9942,其PCR扩增效率为95%,可以有效地进行定量。同时利用灵敏度检测可以判断此方法的掺假检测能力较强。综上所述,本研究可以有效检测鸭源性的掺假问题,并能为标准提供一定的借鉴。     

黄瓜花叶病毒荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立检测香蕉中黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus(CMV)的实时荧光定量方法.【方法】根据CMV外壳蛋白(CP)保守序列设计了TaqMan实时荧光定量PCR特异性探针及引物,优化反应体系检测TaqMan探针实时荧光定量方法的灵敏度、特异性和重复性.【结果和结论】该方法检测灵敏度为4.2×102μL-1,比普通PCR高100倍,且与香蕉束顶病毒Banana bunchy top virus(BBTV)、香蕉线条病毒Banana streak virus(BSV)无交叉反应,特异性和重复性都较好.用实时荧光定量PCR检测14份田间香蕉样品有5份样品为阳性,进一步证明建立的实时荧光定量方法可用于香蕉CMV的检测.     

食品和饲料中猫源性成分实时荧光PCR检测方法

采用实时荧光PCR方法对食品和饲料中猫源性成分进行TaqMan探针检测.结果表明:该检测方法具有特异性强、灵敏度高的特点,在动物和植物材料基质中,均能检出0.01％的猫源性成分,适用于市售食品和饲料中猫源性成分的检测.     

一种牛肉检测的荧光实时定量方法研究

[目的]开发一种用于牛源性成分检测的荧光实时定量检测方法。[方法]通过序列比对后,以牛源性线粒体DNA中cytb基因为模板,设计特异性的引物和探针,并以不同来源的DNA为模板,分析引物和探针的特异性。对牛源性DNA进行梯度稀释后,分析不同浓度下扩增曲线,分析检测方法的灵敏度。以牛源性DNA稀释液为模板,进行10个平行扩增试验,分析检测方法的精密度。[结果]该研究所用的引物和探针对牛源性DNA具有明显的扩增曲线,而对非牛源性(鸡、鸭、猪、人)DNA模板不进行扩增。灵敏度分析结果显示,该检测方法对浓度仅为24.4 pg/μL牛源性DNA模板仍进行阳性扩增。精密度分析显示,10个平行试验扩增曲线相似,Ct值的标准差(SD)仅为0.41,精密度(CV)也仅为1.6%。[结论]该研究开发的牛肉成分检测的荧光实时定量方法特异性高,仅对牛源性DNA发生扩增。同时该方法灵敏度也很好,检出限为24.4 pg/μL,精密度也很高,重复性良好,适用于市场上肉制品中牛源性成分的检测。     

利用TaqMan微流控阵列同步检测多种动物源性成分

利用TaqMan微流控阵列(TaqMan~? array microfluidic card)技术,将24种(类)动物物种的实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction, RT-PCR)的引物探针集合在同一个阵列上,以实现多物种高通量同步检测,并对该方法的重复性、特异性和灵敏度进行验证。用变异系数(coefficient of variation, CV)表示一块阵列板内,同一物种成分检测的重复性。结果显示:66个CV值中,11个低于1%,15个大于2%,其余40个介于1%～2%之间,没有一个物种成分的CV值高于3%。P值显示的是不同阵列板间同一成分检测的重复性,22个物种成分的P值只有1个小于0.05,显示为板间存在差异,其他21种成分的板间差异均未达到显著水平。因此,本研究对多数物种成分的检测,不论板内还是板间都有较好的重复性。特异性检测中未发现TaqMan微流控阵列中出现假阳性的结果,但有2种成分的检测出现了假阴性。TaqMan微流控阵列的检测灵敏度没有高于单重荧光定量PCR,在22个检测样品中,10个物种成分检测的灵敏度降为原来的10%,1个甚至降低为原来的1%,其余11个灵敏度和单重荧光保持一致。总体而言,TaqMan微流控阵列技术在重复性、特异性和灵敏度方面都能满足物种成分真伪鉴定的需求,为同步鉴定多种动物源性成分提供了一种新的方法。     

舒伯特气单胞菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立一种快速、灵敏的舒伯特气单胞菌(Aeromanas schubertii)检测方法。【方法】以舒伯特气单胞菌rpoD(RNA polymerase sigma-70 factor)为靶标基因,设计特异性引物及TaqMan探针,建立舒伯特气单胞菌的TagMan实时荧光定量PCR检测方法,同时验证该方法的特异性、灵敏度、重复性,并用该方法对50份临床样品进行检测,验证其应用效果。【结果】含舒伯特气单胞菌rpoD基因的质粒拷贝数与循环阈值(Ct)的标准曲线相关系数为1.000,扩增效率为94.705%。实时荧光定量PCR检测方法只对舒伯特气单胞菌的靶基因检测结果呈阳性,对嗜水气单胞菌(Aeromanas hydrophila)、维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)、温和气单胞菌(Aeromonas sobria)、诺卡氏菌(Nocardia seriolae)等其他14种致病菌的检测结果均为阴性,具有高度特异性;对舒伯特气单胞菌重组质粒和纯培养细菌的检出灵敏度分别为4.76拷贝/μL和15 CFU/mL;批内和批间重复性试验变异系数分别为0.95%和1.05%。50份临床样品检测结果显示,该方法阳性样品检出率为22%,高于传统细菌分离方法(10%)的检出率。【结论】建立的舒伯特气单胞菌实时荧光定量PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,适用于舒伯特气单胞菌的快速诊断检测和流行病学调查。     

中华鲟TaqMan实时荧光PCR检测方法的建立

为给中华鲟提供及时而有效的保护,本研究根据NCBI上已公布的中华鲟D-loop基因序列设计并筛选了引物与探针组合,建立了中华鲟TaqMan实时荧光PCR检测方法,并对所建立的实时荧光PCR方法进行方法学评价。结果显示,建立的方法能够对中华鲟及其产品进行快速而准确的检测,且特异性好,检测灵敏度高,能够达到0.001 ng的中华鲟DNA和100个拷贝的重组质粒DNA。该方法在应用于全国多个地区采集的鲟鱼样品的检测时,结果表明只有7个从相关科研单位得到的已经鉴定的中华鲟标本,经检测才是真正的中华鲟,而许多餐馆中号称的"中华鲟"经检测并非真正的中华鲟,只是其他的一些鲟鱼品种。因此本研究建立的中华鲟TaqMan实时荧光PCR检测方法特异性强、灵敏度高,且具有较好的应用价值。     

猪轮状病毒TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法的建立

根据GenBank中登录的猪轮状病毒(PoRV)VP6基因序列特征,设计特异性的引物和探针,条件优化后,建立检测PoRV TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法.结果表明:建立的Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法敏感性高,最低可检测192拷贝·μL~(-1);特异性强,对猪常见病原(如猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒和猪流行性乙型脑炎病毒等)检测均为阴性;重复性好,扩增相关系数为0.999,其组内和组间变异系数分别为0.25%~1.26%和0.31%~1.49%.对临床收集的79份猪腹泻病料进行常规RT-PCR检测,检测出阳性样品4份,阳性率为5.06%(4/79);对这79份病料进行TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测,检测出阳性样品6份,阳性率为7.59%(6/79);同时,4份经RT-PCR检测为阳性的样品经TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测均为阳性,符合率达100%.本研究建立的方法为PoRV早期感染诊断提供检测手段.     

检测猪圆环病毒2型TaqMan荧光定量PCR方法的建立

针对猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2的序列设计两对特异性引物及TaqMan探针,以感PCV2的PK-15细胞培养上清的DNA提取物为模板,分别扩增499 bp和131 bp的片段,建立了检测PCV2的TaqMan荧光PCR方法。结果表明:TaqMan荧光PCR检测PCV2的最佳探针浓度为0.5 pmol·μL-1;TaqMan荧光PCR两步法操作快捷,扩增131 bp的引物PCF1101/PCR1232检测敏感性高(3.17×102拷贝·μL-1),重复性好。在诸多检测样品中,除检测到PCV2检测指标出现阳性外,猪呼吸与繁殖障碍综合征病毒(PRRSV),日本乙型脑炎病毒(JEV),猪伪狂犬病毒(PRV),猪瘟病毒(CSFV)及PK-15细胞等检测指标均为阴性,表明特异性强;与普通PCR的检测结果(2/10)比较,本法的敏感性和对临床样品的阳性检出率(3/10)更高。上述研究表明,本方法快速、敏感、特异,具有很高的重复性,且可实时监测,能有效检测PCV2。     

利用PCR技术鉴别畜禽肉中鸭源性成分研究

[目的]建立一种快速准确的鸭源性成分检测方法.[方法]分别以线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列为靶位点设计鸭特异性引物,以常见畜禽肉(羊肉、牛肉、猪肉、兔肉、鸽肉、鹌鹑肉、鸡肉、鸭肉、鹅肉)DNA为模板,进行PCR扩增,检测引物的特异性和灵敏度.[结果]筛选的引物能够有效地对鸭源性成分进行检测,方便简洁,灵敏度较高.[结论]该方法能够快速有效地鉴别畜禽肉中鸭源性成分.     

转基因抗虫大豆MON87701品系实时荧光PCR检测方法的建立

建立Taq Man实时荧光PCR反应检测转基因抗虫大豆MON87701品系的鉴定方法,为转基因大豆MON87701提供科学的检测依据。根据转基因抗虫大豆MON87701品系特异基因序列设计引物和Taqman探针,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行检测。结果表明,本研究设计的引物和探针具有很好的品系鉴定特异性,检测灵敏度可达到0.01%(m/m),检测重复性好。因此,建立的转基因大豆MON87701品系特异Taq Man实时荧光PCR检测方法可快速、准确地鉴定转基因抗虫大豆MON87701品系,可在日常检验中推广应用。     

柑橘黄龙病实时荧光PCR鉴定技术研究

[目的]建立一套高效、准确的柑橘黄龙病（HLB）早期鉴定手段。[方法]根据HLBsecE基因（EF164805.1）保守区域设计引物和探针,建立HLB的TaqMan探针实时荧光PCR鉴定技术。[结果]被检测的236个柑橘苗圃样品中,有54个苗圃感染了HLB,检出率为22.9%。引物特异性好。[结论]该检测方法具有快速、灵敏、重复性好等优点,其检测灵敏度达0.01 ng。     

食品和饲料中转基因植物FMV35S启动子环介导等温扩增检测方法的建立

[目的]建立FMV35S基因启动子环介导等温扩增的检测方法.[方法]建立一种检测食品和饲料中FMV35S转基因成分的环介导恒温扩增（LAMP）检测方法,并利用实时浊度法对该LAMP检测方法进行灵敏度、特异性和稳定性评价.[结果]该方法的检测限为0.5％,特异性和稳定性良好.采用LAMP法与荧光PCR方法进行了实际样品对比检测,结果一致可靠.[结论]可采用LAMP法对食品和饲料中FMV35S转基因成分进行检测.