Characterization of DNA fragment from Chlamydia psittaci avian strain which shows high homology with hypB gene of Chlamydia.

A study was performed to characterize DNA fragment No. 17 of C. psittaci strain P-1041 which encoded 42 KD beta-galactosidase fusion protein with type-specific antigenicity. Sequence determination identified a partial open reading frame that spanned about 1,200b. p. nucleotides. Screening the literatures for the nucleotide and deduced amino acid sequences revealed extensive similarity between the DNA fragment of P-1041 and two chlamydial hypB genes. This DNA showed 91.5% homology with C. psittaci GPIC hypB gene in nucleotide sequence and 96.4% homology in deduced amino acid sequence. The hypB gene of C. trachomatis serovar A and the P-1041 DNA fragment showed 81.2% and 91.3% homology in nucleotide and amino acid sequences, respectively. Dot enzyme-linked immunosorbent assay, for the products of deleted DNA fragments defined the coding region for type-specific antigenic polypeptide. In addition, the P-1041 DNA fragment carried a sequence highly homologous (greater than 49%) with other bacterial and plant genes called chaperonin which responds to various stress in cells. From these results, the P-1041 DNA fragment was found to be a part of hypB gene and to encode the region critical for type-specific antigenicity.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因原核表达载体的构建及序列分析

根据GenBank中美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7基因序列,设计合成一对引物,应用RT-PCR方法扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的ORF7基因(N基因)。将所扩增片段克隆入原核表达载体pET-32a(+),pET-ORF7重组质粒转化DH5a宿主菌后,经双酶切、PCR鉴定后挑选阳性克隆测序鉴定并对插入的ORF7基因序列进行分析。结果表明,ORF7基因的原核表达载体构建成功。ORF7基因序列与美洲型的ORF7基因核苷酸同源性为92.8%～99.7%,与LV株的相应基因核苷酸同源性为65.3%;推导的氨基酸与美洲型相应基因的同源性为92.0%～99.2%,与LV株的同源性为65.3%,系统进化树表明该PRRSV属于美洲型。本研究为N蛋白的进一步研究和制备诊断性抗原奠定了基础。     

柑橘衰退病毒JY基因型分离株在我国的发生及其分子特征

柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus,CTV）是对柑橘产业具有毁灭性危害的病原之一。为了明确JY基因型分离株在我国的发生及其分子特征,本研究对4个地区的野生柑橘和9个柑橘产区的栽培柑橘进行JY基因检测,并克隆测序JY 基因型分离物的ORF1b、p33、p25、p23基因进行分析。结果显示仅来自湖南江永自然生态中的46个道县野橘样品中检出12个阳性样品,说明JY 基因型在我国的发生分布并不广泛。ORF1b、p33、p25、p23基因序列多样性、遗传分化、分子变异分析表明,JY 基因型12个分离物间核苷酸和氨基酸序列相似性极高（>96.8%）,但JY 基因型分离物与CTV其他基因型分离物存在明显的遗传分化：ORF1b、p33、p25、p23基因序列的平均核苷酸和氨基酸序列相似性分别为79.2%-92.7%、80.8%-85.9%、90.5%-93.6%、87.5%-91.8%和89.5%-98.1%、80.8%-84.4%、93.7%-97.3%、85.4%-91.6%;Fst均明显高于0.25;CTV JY基因型种群与其他基因型种群的差异非常大（分子变异大于43%,P值为0.001）,且基因交流小（Nm=0.396）。ORF1b、p33、p25、p23基因单独及4个基因联合系统发育分析,表明JY 基因型12个分离物均与JY-2 聚集在同一簇,且独立于现有CTV基因型之外,进一步证实JY 基因型与CTV其他基因型分离物存在明显的遗传分化,可能为我国特有CTV基因型株系。     

山羊痘病毒疫苗株ORF64～ORF67的分子特征

为构建胸苷激酶（Thymidine kinase，TK）基因缺失活载体疫苗，对山羊痘病毒（Goatpox virus，GPV）疫苗株（AV41）ORF64-ORF67进行了克隆和序列分析。结果表明：在全长3460bp的DNA序列中，包含4个完整的开放阅读框（Open reading flame，ORF）。ORF64核苷酸序列全长396bp，编码病毒膜蛋白；ORF65核苷酸序列全长444bp，ORF64和ORF65有44个碱基重叠。ORF66核苷酸序列全长534bp，编码胸苷激酶，具有保守的ATP结合位点和细胞中TK特征序列。ORF67核苷酸序列全长594bp，编码宿主范围相关蛋白。ORF64-ORF66在脊索动物痘病毒亚科中是完全保守的。与参考的国外GPV进行序列比较，ORF64～ORF67有一些差异，如突变和插入等。同源性分析显示：与羊痘病毒属比较，核苷酸和氨基酸同源性均较高（94．7％～100％）。我国的GPV不同毒株TK同源性为100％。与脊索动物痘病毒亚科中其他成员同源性差异较大（17．3％～65．2％）。将GPV AV41TK与鸡、小鼠和人类的TK氨基酸序列进行比较，分析GPV AV41TK进化关系表明，GPVTK基因在进化上可能起源于宿主细胞的TK1基因。本研究结果显示，在分子水平上我国GPV AV41与国外毒株存在差异，推测可能是GPV AV41疫苗株在致弱过程中发生一定程度的变异。     

猪传染性胃肠炎病毒核衣壳(N)蛋白基因的克隆与表达

以猪传染性胃肠炎病毒亚基因组mRNA为模板根据文献设计一对引物，通过RT－PCR技术，扩增其核衣壳（N）蛋白基因的cDNA；将其按正确的阅读框架定向克隆到表达载体pProEXHTb中特异酶切位点；将重组质粒PHN转化进大肠杆菌TG1株，在浓度为1.0mM IPTG和37℃条件下诱导，PHN基因融合蛋白获得了表达；经SDS－PAGE，Western-blot试验，确定其表达的融合蛋白产物大小为预期的47kD。试验结果证明，在大肠杆菌中表达的TGEV N基因的融合蛋白产物的确具有天然蛋白的抗原性。     

Identification and heterologous expression of a Sarcoptes scabiei cDNA encoding a structural antigen with immunodiagnostic potential

The mite Sarcoptes scabiei causes sarcoptic mange (or scabies), a disease of considerable human and veterinary significance. An S. scabiei cDNA clone of about 2 kb was isolated from a S. scabiei var. hominis expression library by immunological screening using blood serum from a naturally infected chamois (Rupicapra rupicapra). The nucleotide sequence of the identified cDNA contains an open reading frame of 1930 bp that encodes a 642 amino acid polypeptide. This polypeptide shows tandem repeats of a glycine-serine rich 20 residue sequence followed by a unique C-terminal glutamate rich 54 residue sequence. The cDNA or the deduced polypeptide did not show significant similarities to any of the sequences in the databases. A carboxyl-terminal fragment of this polypeptide (residues 380 to 642) was efficiently expressed in Escherichia coli as a fusion with Glutathione S-transferase and then was used to produce a specific antiserum. The antigen encoded by the cDNA was located at the integument of the mite's epidermis and the cavities surrounding its vital organs. Western blot analysis of mite extracts using the specific antiserum against the recombinant protein identified antigens larger that 60 kDa indicating that the isolated cDNA did not contain the full ORF. Moreover, we designed a diagnostic assay based on the carboxyl-terminal fragment of the antigen for the identification of infected animals.     

鸡痘病毒282E4株基因组3.6kb Bam HI片段序列测定与分析

本实验将我国FPV282E4 株基因组3 .6kb BamHID片段利用DNA测序仪进行了序列测定。经DNASISV3.0 分析,该片段A T含量为60.77 % ,内含有8 个主要的ORFS。用Goldkey V3.0 软件比较了VVP7.5 早期启动子,FPV4b 晚期启动子、L2R早/晚期启动子和一个早/ 晚期双向启动子与各个ORF上游100bp 区域的同源性,没有发现有意义的同源序列;该片段的核苷酸序列和每个ORF所编码的氨基酸序列在EMBL核酸序列库和蛋白质序列库(Swiss_PROT) 中没有找到有意义的同源序列。初步认为该片段可能是基因组中一段非必需区或非编码区     

犬贾第虫病毒(长春株)全基因组序列分析

根据已报道的人源蓝氏贾第虫病毒序列设计了互相重叠的6对特异性引物，以犬贾第虫（长春株）纯培养滋养体总核酸为模板进行RT—PCR。PCR产物连接到pMD18-T载体进行测序，通过BLAST在GenBank进行同源性搜索，并用DNAMAN分子生物学软件进行分析。结果测得我国犬贾第虫病毒（长春株）基因组全长为6276bp（DQ238861），编码1个有887个氨基酸残基的衣壳蛋白和1056个氨基酸残基的融合蛋白，这2个阅读框被-1核糖体移码框分开，重叠处有220nt。基因组中G＋C占49．62％。其序列与国外报道的人源蓝氏贾第虫病毒（L13218）序列同源性为94．62％，编码的氨基酸同源性为93．50％；与国内人源蓝氏贾第虫病毒（AF525216）序列同源性为98．88％，编码的氨基酸同源性为98．30％。     

猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株编码复制酶聚蛋白 ORF1的克隆及结构特征分析

应用RT-PCR方法扩增了猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株编码复制酶聚蛋白的ORF1序列,将其进行克隆、序列测定和分析。确认SC-Y株ORF1全长20 053 nt(GenBank收录号DQ390461)。该序列包含2个ORF,其中ORF1a由12 053个核苷酸构成,可编码由4 018个氨基酸组成的多肽,ORF1b由8 036个核苷酸构成,可编码由2 678个氨基酸组成的多肽。对SC-Y与TGEV参考毒株及不同冠状病毒对应区进行序列比较,结果显示,SC-Y株与PUR46-MAD株的同源性最高,ORF1a的核苷酸同源性为99.5%,推导氨基酸同源性为99.2%,ORF1b的核苷酸及推导氨基酸同源性均为99.8%;不同冠状病毒之间ORF1b比ORF1a具有更高的保守性。     

伪狂犬病病毒Ea株UL31基因克隆、序列分析及其在大肠杆菌中的表达

以伪狂犬病病毒Ea株基因组DNA为模板,通过PCR扩增含UL31基因的1 000bp片段,扩增产物克隆于pMD18-T中,双脱氧末端终止法序列测定.通过OM1GA2.0软件包分析发现,Ea株UL31基因编码271个氨基酸,蛋白质分子量为30.38 kD,与Ka株UL31基因核苷酸与氨基酸序列同源性均在98%以上.将α-疱疹病毒亚科9个不同成员UL31同源基因编码的氨基酸序列进行多重比对分析,发现4个保守的功能性结构域.将该片段插入原核表达载体pGEX-KG中GST下游,构建的原核表达质粒pGEX-UL31在大肠杆菌BL32(DE3)中获得了高效表达,SDS-PAGE结果显示,表达的融合蛋白质分子量为56 kD.     

水貂肠炎病毒VP2基因的原核表达及鉴定

在分析水貂肠炎病毒VP2基因主要抗原位点分布的基础上,设计了1对特异性引物,克隆一段长为846 bp,编码主要抗原位点的基因片段。将该基因片段定向插入表达载体PET-32a中,转化BL21(DE3)菌株,IPTG诱导实现高效表达。诱导表达比较实验结果表明,在37℃,IPTG浓度为1.0 mM,诱导时间为6 h,诱导表达达到最大效率。重组蛋白以包涵体形式存在,大小约为50 KD,应用兔抗水貂MEV抗体,经Western-blotting验证该重组蛋白具有MEV的抗原性,可为今后抗MEV单克隆抗体制备及相关免疫学检测方法的建立提供良好的抗原物质。     

cDNA cloning and recombinant expression of a proliferation inducing ligand (APRIL) from Père David's deer

In the present study, the cDNA of Père David's deer APRIL (miAPRIL) was successfully amplified, and nucleotide sequence analysis showed that the open reading frame (ORF) of miAPRIL consists of 753 bases encoding 250-amino acids. Phylogenetic analysis exhibited high homology with the even-toed ungulates (artiodactyla). The extracellular soluble domain of the miAPRIL (misAPRIL) fragment was cloned into the expression vector pET43.1a and transformed into Escherichia coli BL21 (DE3) for recombinant expression. SDS-PAGE and western blotting analysis indicated that misAPRIL protein expression was successfully achieved. Indirect immunofluorescence staining demonstrated that misAPRIL has the ability to bind to the surface of Père David's deer lymphocytes. Flow cytometry analysis revealed that misAPRIL was able to enhance lymphocytes survival in a dose-dependent manner.     

猪戊型肝炎病毒ORF2片段克隆及原核表达

设计套式引物，内套引物含有BamHⅠ／XhoⅡ酶切位点，采用RT-PCR技术扩增猪戊型肝炎病毒（UEV）结构蛋白基因ORF2部分片段，长度为634bp，将其克隆于PGEX-T载体，测序结果表明插入的片段属于戊型肝炎病毒ORF2部分，将该片段插入PproEXHTb表达载体，经酶切鉴定证实获得了重组表达质粒。将重组质粒转化大肠杆菌BL21，经1mmol／L IPTG诱导，得到表达，表达蛋白分子量为27Ku，以包涵体形式存在。Western blot分析表明，该蛋白可以与猪戊型肝炎阳性血清反应，表明该蛋白具有良好的反应原性。     

布鲁氏菌外膜蛋白2b基因的克隆、原核表达及蛋白生物信息学分析

本试验旨在克隆布鲁氏菌外膜蛋白2b（Omp2b）基因并进行原核表达和蛋白的生物信息学分析。根据布鲁氏菌M5-90株外膜蛋白Omp2b基因序列设计引物,以布鲁氏菌基因组为模板,通过PCR技术扩增得到Omp2b基因片段,回收纯化后,将此片段连接入pMD20-T质粒,将该重组质粒转化E.coli DH5α感受态细胞,挑取阳性克隆菌提取质粒后,送公司测序。将该片段亚克隆入pET28a载体,构建pET28a-Omp2b表达载体,转化E.coli BL21（DE3）菌株,IPTG诱导其表达,用SDS-PAGE和Western blotting分析鉴定此蛋白。运用DNAMAN、BioEdit等各种工具软件对Omp2b基因编码的氨基酸序列进行分析。结果显示,成功克隆了Omp2b基因,其开放阅读框为1041 bp,编码347个氨基酸;构建了pET28a-Omp2b原核表达载体,并在E.coli BL21（DE3）中成功表达了Omp2b基因,表达蛋白约38 ku;Omp2b蛋白二级结构中α-螺旋、伸展链、β-折叠和无规卷曲分别占20.17%、26.22%、5.76%和47.84%。     

猪圆环病毒2型河北株的全基因组克隆与系统进化分析

应用PCR方法从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）的死亡仔猪组织病料中扩增出PCV-2全基因组（1767bp）,将此基因片段克隆入pMD20-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV2并对其进行序列测定,然后对全基因组进行同源性和遗传进化分析。结果表明,PCV-2分离毒株与参考株的全基N组同源性介于94％～98．4％之间,ORF1的同源性介于97．0％～98．8％,ORF2的同源性略低,介于91．9％～98．4％之间。该毒株与荷兰株、广西株和上海株等在一个进化分支上。本研究有助于监测PCV-2的疫源和进化关系,为进一步深入研究病毒基因功能奠定一定基础。     

樱桃谷鸭白介素18基因的克隆与原核表达

从鸡新城疫病毒刺激的鸭脾脏淋巴细胞培养液中提取基因组RNA，采用RT—PCR方法扩增鸭IL-18基因，插入pMD18-T载体，进行序列测定与分析。将成熟鸭IL-18基因亚克隆到表达载体PBCX中，并转化入大肠杆菌E．coliBL21进行表达。测序结果表明，该基因由603个核苷酸组成，包含一个完整阅读框，共编码201个氨基酸。表达载体经IPTG诱导表达出相对分子量约为59KD的融合蛋白。     

Analysis of ORFs 2b, 3, 4, and partial ORF5 of sequential isolates of equine arteritis virus shows genetic variation following experimental infection of horses

Samples from horses experimentally infected with the “large plaque variant (LP3A+)” of equine arteritis virus were analysed. These included 182 nasal swabs collected from day 1 to 14 post-infection (p.i.), and 21 virus isolates obtained from white blood cells of animals that showed a prolonged viraemia between days 30 to 72 p.i. In order to determine the genetic stability of the virus and particularly to characterise the genetic variants found during the prolonged viraemia, partial sequences of open reading frame 5 (ORF5) encoding glycoprotein 5 (GP5) were generated. Viruses with amino acid substitutions in GP5 were used for further amplification and sequencing of a fragment encompassing ORFs 2b, 3, and 4. The ORF5 nucleotide sequences of the virus present in 65 out of 66 nasal swabs were identical to that of the inoculated virus, suggesting that the ORF5 gene of LP3A+ was genetically stable during the first 2 weeks p.i. Contrary to this, a number of mutations were found in the ORF5 of virus isolates obtained from day 30 p.i. The mutations mainly clustered in antigenic neutralization site C within variable region 1 of the GP5 ectodomain. Sequence variability was also identified in ORFs 2b, 3 and 4, with ORF 4 having the highest proportion of non-synonymous changes (4/6).     

猪圆环病毒2型CC株ORF3基因序列分析及真核表达

根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV2)的核酸序列,设计了1对引物,采用PCR方法从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的死亡仔猪病料中扩增出了ORF3基因,将其克隆到高效真核表达载体pEGFP- N2中,筛选出含有ORF3基因的重组质粒,命名为pEGFP-N2-ORF3.对此重组质粒进行测序分析,结果表明,克隆的ORF3基因与其他PCV2的ORF3核苷酸序列相似性为96.2％-99.0％,氨基酸序列同源性为90.5 ％～98.1％.将重组质粒纯化后转染COS-7细胞,用PCR方法扩增出了特征性的基因片段,并采用特异性单抗进行间接免疫荧光,结果转染pEGFP- N2-ORF3重组蛋白在细胞核和细胞浆中均有表达,尤其在细胞核中表达量较高,且对细胞有一定的毒性.本研究为进一步探讨ORF3的结构和功能提供理论依据.     

鸡α-干扰素基因的克隆与序列分析

试验采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,从鸡脾淋巴细胞中扩增出鸡的α干扰素(ChIFN-α)基因,将包括ChIFN-α编码区的cDNA片段克隆到pMD 18-T载体中,并对该片段进行序列测定,序列分析表明克隆的ChIFN-α基因的开放阅读框(ORF)为582bp,与GenBank内已发表的ChIFN-α序列进行对比,同源性高达98.6%～99.8%。进一步分析各国家和地区上传至GenBank的ChIFN-α基因发现,ORF和编码的氨基酸长度一致,未见地域变化特征。