泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

[目的]通过克隆泰山螭霖鱼的COⅠ基因序列,研究其与鲤科几属鱼类的进化关系,确定泰山螭霖鱼的分类地位。[方法]以泰山螭霖鱼30个个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的部分序列进行PCR扩增和序列对比,检测泰山螭霖鱼的遗传多样性;计算泰山螭霖鱼不同单倍型与Gen Bank中鲤科5个属鱼类的遗传距离,采用聚类分析方法,构建NJ和UPGMA系统进化树。[结果]30个个体泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因片段长度约1 600 bp,无碱基的插入和缺失,纯化并去除引物序列后获得约1 493 bp的核苷酸序列,存在6种单倍型,共检测到6个多态位点,包括4个转化、2个颠换,其单倍型多样性(Hd)为0.460,核苷酸多样性(Pi)为0.000 78,平均核苷酸差异数(K)1.163。遗传距离和NJ和UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的COⅠ序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与金线鲃属、倒刺鲃属、华鲮属的亲缘关系较远。[结论]该研究为其种质资源的管理与保护及遗传育种提供分子生物学依据。     

泰山螭霖鱼种质资源保护模式与开发利用

泰山螭霖鱼是泰山地区特有的小型珍稀鱼类,国家二级保护动物.由于泰山地区的开发及人类活动影响,泰山螭霖鱼野生资源量曾急剧减少,濒临灭绝.笔者回顾了为保护这一珍稀淡水鱼类种质资源,各级政府颁布的各项保护政策和实施的多种保护措施,以及各级科研机构为泰山螭霖鱼保护和开发进行的多项研究,同时当地企业、养殖户和社会群体也积极参与到这一过程.通过分析总结这些保护措施和取得的成效,笔者认为泰山螭霖鱼这种以各级政府为主体,各级科研机构、养殖单位和社会群体积极参与,保护与开发并举的保护模式在实施多年后取得了显著效果,泰山螭霖鱼种质资源量恢复明显,并在营养、保健、旅游、文化等多个领域成功开发利用.其保护模式对其他珍稀物种的种质资源保护、增殖和开发利用具有一定的参考价值和借鉴意义.     

用微卫星标记分析泰山螭霖鱼的遗传多样性

本文首次对泰山螭霖鱼进行分子遗传学研究，以了解其遗传多样性，养殖群体和野生群体有无遗传差异等。共选用了31个微卫星标记，经筛选，其中14个能在螭霖鱼得到稳定的PCR扩增。PCR扩增产物用12％的非变性聚丙烯酰胺凝胶150V电泳6．8h后，银染显色，观察并统计分析。结果表明：泰山螭霖鱼野生群体和养殖群体在所有的位点均有相同的等位基因，PAGE结果都呈直线。这说明泰山螭霖鱼野生群体和养殖群体的遗传结构无差异，这也证明泰山螭霖鱼为一高度纯合的群体，是非常难得的育种和试验材料，保护这一珍惜物种资源具有重要意义。     

多巴胺和半胱胺对泰山螭霖鱼生长的影响

本试验比较研究了在饵料中添加多巴胺和半胱胺对一龄泰山螭霖鱼生长发育的影响,试验将210尾鱼平行分为7个组(6个试验组和1个对照组),通过三种剂量处理,进行了为期2个月的网箱对照养殖试验,测定了体重,并统计分析了食物转化率和体重增长率等生长发育指标。研究结果表明,添加50 mg/kg的多巴胺(DA)对鱼的生长有一定的促进作用;添加25 mg/kg和50 mg/kg的半胱胺(CS)对鱼的生长有抑制作用,而添加100mg/kg的半胱胺对鱼的生长有明显的促进作用(P<0.05)。     

泰山螭霖鱼卵巢年周期中卵母细胞发育及其性腺类固醇激素作用

【目的】研究泰山螭霖鱼(Varicorhinus macrolepis)卵巢和卵母细胞在年周期中的发育变化规律，以及性激素在卵母细胞发育中的调控作用；【方法】利用解剖学、组织学、组织化学以及放射免疫的方法对泰山螭霖鱼卵巢和卵母细胞的解剖学、组织学、组织化学以及性激素水平在年周期中的变化规律进行了研究。【结果】2～4月份，卵巢由Ⅳ期发育至第v期，4月份进入繁殖期；4～6月份，为第v期；6月下旬～7月份为第vi期，是排卵后退化阶段；8月份，为Ⅱ期卵巢（休整期）；9月份～翌年的1月份为第Ⅲ期，以Ⅲ期卵巢过冬。泰山螭霖鱼血清17β-雌二醇(E2)自1月份开始升高，排卵前即3月份达到高峰（53.6 pg·ml-1左右），4月份排卵时降为20.22 pg·ml-1，一直持续到9月份，降至最低点，1.6667 pg·ml-1左右，之后维持在低水平，到1月份又开始上升。血清17α，20β－双羟孕酮（17α，20β-DHP）在4月份（接近排卵时）达到高峰，56.333 pg·ml-1，然后维持高水平（56.333～50.667 pg·ml-1）至排卵结束（6月份），11月份～翌年3月份均维持低水平（35～15 pg·ml-1）；【结论】泰山螭霖鱼为短期分批产卵类型，一年一个产卵期，E2和17α，20β-DHP对卵母细胞发育有重要的调控作用。     

泰山螭霖鱼(Varicorhinus macrolepis)在年周期中卵巢发育的组织学研究

本文对泰山螭霖鱼(Varicorhinus macrolepis)卵巢的组织结构在年周期中的变化规律进行了研究。结果表明: 泰山螭霖鱼卵母细胞的发育过程在年周期中分为6个时相。卵巢发育分期依卵巢切面中所占面积超过50%或居最高比例的卵母细胞的时相来划分,分期情况如下:2-4月份,卵巢由Ⅳ期发育至第Ⅴ期,4月份进入繁殖期;4-6 月份,为第Ⅴ期;6月下旬-7月份为第Ⅵ期,是排卵后退化阶段;8月份,为Ⅱ期卵巢(休整期);9月份-翌年的1 月份为第Ⅲ期,并以Ⅲ期卵巢越冬。由研究结果可知:泰山螭霖鱼为短期分批产卵类型,一年产卵一次。     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响,降低了种质资源的丰富度。     

不同地理群体的鲇线粒体DNA 16S rRNA基因序列比较分析

对长江中上游主要支流5个野生群体鲇[舞阳河群体(WYH)、乌江群体(WJ)、雅砻江群体(YLJ)、岷江群体(MJ)、金沙江群体(CS)]中的27个样品的16S rRNA基因进行PCR扩增,并对扩增产物测序.用CLUSTAL X v 1.81软件对所得的27个16SrRNA序列进行比对,并用Dna SP 5.10软件进行比较分析,共检测出74个变异位点、8种单倍型.舞阳河、乌江、雅砻江、岷江、金沙江等5个野生群体的单倍型多样性(H)分别为0.600、0.857、0.600、0.600、0.667,核苷酸多样性(π)分别为0.00072、0.1754、0.00036、0.00072、0.01871.对5个野生群体的16S rRNA序列进行Tajima's D和Fst分析发现,所有群体符合中性进化模型,且有一些单倍型的分化,只有金沙江群体的遗传差异显著.对5个群体进行分子变异等级分析的结果表明,群体间分子变异不显著.对5个群体构建分子系统树发现,乌江、雅砻江、岷江、金沙江群体之间的亲缘关系较近,舞阳河群体与其他群体间的亲缘关系较远.     

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

太湖流域河川沙塘鳢线粒体12S和16S rRNA基因序列分析

作为东南亚所特有的小型经济鱼类之一的太湖流域河川沙塘(Odontobutis potamophila)长期被归为河川沙塘鳢.为明确太湖流域河川沙塘鳢在沙塘鳢属中的分类地位,克隆测定了其线粒体12S和16S rRNA基因部分序列.在同源的658 bp长的12S rRNA基因序列中,有变异位点187个,简约信息位点133个;在同源的528 bp 的16SrRNA基因同源序列中,有变异位点98个,简约信息位点45个.通过与其他沙塘鳢属鱼类的12S rRNA基因 列比较发现,太湖流域河川沙塘鳢与福建河川沙塘鳢的种内遗传距离为0.114,大于种内的遗传距离(0.00 ～0.024),且在16S rRNA基因序列分析中发现,太湖流域河川沙塘鳢与中国河川沙塘鳢的种内遗传距离为0.123,大于种内的遗传距离(0.00～0.016).12S和16S rRNA系统发育分析也表明,太湖流域河川沙塘鳢有别于其他类别的沙塘鳢,且与已知的河川沙塘鳢存在分子遗传进化差异.     

云南省东方蜜蜂线粒体16S rRNA基因的扩增及序列分析*

 扩增、测定和分析了云南省东方蜜蜂16个地理居群线粒体16S rRNA基因部分序列,并结合从GenBank获得的蜜蜂科3个其它种的16S rRNA序列,以离颚细蜂科的Vanhornia eucnemidarum为外群,利用邻接法、最大简约法和最大似然法重构了它们的种系发生关系。结果显示,云南省东方蜜蜂16S RNA基因部分序列很保守,不同地理居群均得到435bp完全一致的基因序列;通过对蜜蜂科4个种的种系发生关系分析发现,东方蜜蜂与西方蜜蜂位于一个姊妹枝,而熊蜂与无刺蜂位于一个进化枝,4个种得到了有效的区分。因此,16S rRNA可以作为一个理想的分子遗传标记用于蜜蜂科种间鉴定和种系发生关系分析。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

基于线粒体16S rRNA基因序列的中日朝菲律宾蛤仔野生群体遗传多样性分析

为了解中国菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum野生苗种产区的群体和潜在可作修复用途的日本、朝鲜群体的种质遗传基础,以中国山东莱州(LZ)、广西北海(BH)、辽宁营口(YK)、天津(TJ)4个野生群体,以及日本北海道(JH)和朝鲜新义州(NKS)野生群体(各10个)为材料,通过线粒体16S rRNA基因片段扩增测序,比较了各群体的遗传结构和遗传多样性。结果表明:菲律宾蛤仔16S rRNA序列扩增片段为535 bp,基因片段的T、C、A、G含量分别为33.3%、10.9%、33.8%和22.0%,A+T含量为67.1%,60个个体共确定了20个单倍型,不同个体间存在单倍型共享现象;6个群体的单倍型多样性(H_d)为0.378～0.911,核苷酸多样性(P_i)为0.000 75～0.010 60,核苷酸差异数(K)为0.400～5.578;菲律宾蛤仔中国天津、营口、莱州及北海4个群体具有较丰富的遗传多样性,朝鲜新义州和日本北海道群体遗传多样性(H_d<0.5,P_i<0.005)较低。研究表明,中日朝菲律宾蛤仔野生群体可划分为南、北方谱系,即北海群体为南方谱系,其他5个群体为北方谱系,中国北方的3个群体(营口、天津和莱州)及日本、朝鲜群体间存在距离隔离模式基因流,中国人工异地移养菲律宾蛤仔活动对本地野生群体基因资源产生一定影响,本研究结果可为菲律宾蛤仔种质资源保护和可持续利用提供参考。     

基于线粒体16S rRNA基因序列的中日朝菲律宾蛤仔野生群体遗传多样性分析

为了解中国菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum野生苗种产区的群体和潜在可作修复用途的日本、朝鲜群体的种质遗传基础,以中国山东莱州(LZ)、广西北海(BH)、辽宁营口(YK)、天津(TJ)4个野生群体,以及日本北海道(JH)和朝鲜新义州(NKS)野生群体(各10个)为材料,通过线粒体16S rRNA基因片段扩增测序,比较了各群体的遗传结构和遗传多样性。结果表明:菲律宾蛤仔16S rRNA序列扩增片段为535 bp,基因片段的T、C、A、G含量分别为33.3%、10.9%、33.8%和22.0%,A+T含量为67.1%,60个个体共确定了20个单倍型,不同个体间存在单倍型共享现象;6个群体的单倍型多样性(H_d)为0.378～0.911,核苷酸多样性(P_i)为0.000 75～0.010 60,核苷酸差异数(K)为0.400～5.578;菲律宾蛤仔中国天津、营口、莱州及北海4个群体具有较丰富的遗传多样性,朝鲜新义州和日本北海道群体遗传多样性(H_d<0.5,P_i<0.005)较低。研究表明,中日朝菲律宾蛤仔野生群体可划分为南、北方谱系,即北海群体为南方谱系,其他5个群体为北方谱系,中国北方的3个群体(营口、天津和莱州)及日本、朝鲜群体间存在距离隔离模式基因流,中国人工异地移养菲律宾蛤仔活动对本地野生群体基因资源产生一定影响,本研究结果可为菲律宾蛤仔种质资源保护和可持续利用提供参考。     

基于线粒体16S rRNA基因序列的中日朝菲律宾蛤仔野生群体遗传多样性分析

为了解中国菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum野生苗种产区的群体和潜在可作修复用途的日本、朝鲜群体的种质遗传基础,以中国山东莱州(LZ)、广西北海(BH)、辽宁营口(YK)、天津(TJ)4个野生群体,以及日本北海道(JH)和朝鲜新义州(NKS)野生群体(各10个)为材料,通过线粒体16SrRNA基因...     

基于12S rRNA和16S rRNA序列的龟鳖类系统进化特征研究

[目的]研究龟鳖类的系统进化关系,为龟鳖类资源的保护和合理开发利用提供理论依据.[方法]采用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟(Chelydra serpentina)的12S rRNA和16S rRNA序列,分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析;基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间的遗传距离;采用邻接(NJ)法、最大简约(MP)法和最大似然(ML)法构建分子系统进化树.[结果]经比对后得到394 bp的12S rRNA-致序列和544 bp的16SrRNA一致序列,二者合并得到938 bp的联合序列.其中,可变位点327个,序列总变异率为34.9%,简约信息位点222个,单变异多态位点105个.T、C、A、G的平均含量分别为23.6%、24.1%、33.5%和18.7%,A+T含量为57.1%,G+C含量为42.8%.在327个可变位点中,转换数为61,颠换数为24,转换/颠换比率(R)为2.54.拟水龟属间的遗传距离为0.021~0.060,平均为0.467;淡水龟科8属之间的遗传距离为0.022~0.110,平均为0.0724;曲颈龟亚目7科(除平胸龟属外)间的遗传距离为0.071~0.123,平均为0.105.分子系统进化树显示,木纹龟属首先和陆龟科聚在一起,然后再与淡水龟科汇聚;中华花龟、大头乌龟与拟水龟属的成员相互镶嵌,聚成一支;鳄龟科、海龟科、棱皮龟科聚为一支;动胸龟科独成一支.[结论]应将龟亚科、淡水龟亚科提升为龟科、淡水龟科,并将大头乌龟、中华花龟并入拟水龟属,而平胸龟应从鳄龟科中分离出来,独立自成平胸龟科.     

梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且（A＋T）含量高于（G＋C）含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性，共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示，三个野生群体之间出现了明显的遗传分化，其中崇明群体遗传多样性最高，其次为射阳群体，象山群体遗传多样性最低，表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化，且单倍型混杂，聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近，这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响，降低了种质资源的丰富度。     

暗纹东方鲀线粒体DNA16S rRNA基因克隆、测序与在分子系统发育分析中的应用

以暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）肝脏线粒体DNA为模板,按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,获得了暗纹东方鲀线粒体DNA 16S rRNA基因（1667bp）及3′端上游的tRNALeu基因（73bp）的全序列。16S rRNA碱基组成分别为：胸腺嘧啶（T）22．1％,胞嘧啶（C）23．6％,腺瞟呤（A）35．2％,鸟嘌呤（G）19．0％。运用DNA分析软件对暗纹东方鲀与GenBank中鲀形目其他23种鱼类的mtDNA 16S rRNA序列进行核苷酸同源性比较分析,分别在鲀形目和东方鲀属水平上利用多种鱼类DNA 16S rRNA序列构建分子系统树。结果显示,同目不同科间的16S rRNA序列核苷酸相似性在73．6％～87．4％之间,同属间的核苷酸相似性高达约99．0％。在属间、科级、亚目级水平上,利用较长的16S rRNA序列构建的NJ树和MP树在拓扑图总体趋势相似,各枝的支持率较高。而在东方鲀属内中选取同源性较高的16S rRNA部分序列构建分子系统树拓扑结构虽一致,但各枝的支持率不太高。因此认为,16S rRNA基因较适合于研究鲀形目鱼类中属间、不同种间以及分化较早的种间、科级、亚目级的系统发育分析。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鲀形目鱼类系统进化关系。     

5个罗非鱼品种(系)线粒体DNA 16S rRNA和Cyt b基因片段序列分析

对3个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系(埃及、无锡、吉富)和奥利亚罗非鱼(Oreochromis au-reus)以及杂交种奥吉(奥利亚♀×吉富♂)的线粒体16SrRNA和细胞色素b(Cytb)的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并分析了其序列差异。结果表明:PCR产物纯化后测序,16S rRNA扩增产物得到长度为596bp的基因片段,其碱基组成G+C平均含量为47.5%,序列比对分析显示变异位点13个,没有碱基的插入/缺失变异,转换/颠换比率为3.33;Cytb扩增产物测序得到659bp的同源片段,其碱基组成G+C含量平均为45.2%,无插入/缺失变异,变异位点共2个,都为转换,2处变异都发生在密码子第3位上,编码的氨基酸未发生变异。序列分析表明,尼罗罗非鱼3品系的序列完全相同,奥利亚的序列则与奥吉相同。这表明在罗非鱼线粒体DNA中,16S rRNA进化速率相对较快,而Cytb基因则高度保守,不适于研究罗非鱼种内和种间的亲缘关系和种类鉴别标记。