驴生长激素基因的克隆与分析

 【目的】克隆驴生长激素基因DNA和cDNA的全序列,分析其序列和cDNA编码的蛋白序列特征及其在不同物种中的遗传差异。【方法】根据不同物种同一基因序列的同源性比对结果设计引物,应用RT-PCR和PCR 技术克隆基因,用生物信息学方法对获得的DNA和cDNA及推定的氨基酸序列进行分析。【结果】从驴肝组织和血液中分别得到驴GH基因全序列1 928 bp和包括完整的编码区的cDNA序列706 bp,两者序列比对后证明驴GH基因DNA序列由5个外显子和4个内含子组成,编码216个氨基酸的GH前体蛋白,其中包括26个氨基酸的信号肽和190个氨基酸的成熟肽。序列比较结果表明,驴GH基因的序列与马同源性最高,启动子不是哺乳动物的典型TATA盒,而是CATA盒,该基因在进化过程中是保守的。【结论】从驴肝组织和血液中克隆了GH基因DNA和cDNA,DNA序列在1 267位的C→G可能影响到驴和马生长发育的差异,为下一步驴GH基因的表达调控、进化和多态性分析奠定了基础。     

芥蓝查尔酮合成酶基因BaCHS的克隆与序列分析

查尔酮合成酶基因是类黄酮生物合成途径的关键基因,在植物发育和逆境反应中起着重要作用.根据已发表的查尔酮合成酶基因序列设计全长引物,以芥蓝(Brassica albograbra)叶片基因组DNA和花蕾cDNA为模板,克隆到了芥蓝查尔酮合成酶基因全长序列,命名为BaCHS.该基因DNA全长为1 263 bp,具一个长度为75 bp的内含子,编码区长度为1 188 bp,编码395个氨基酸.序列比对结果表明,BaCHS基因编码的氨基酸序列与其他十字花科植物之间的同源性很高,仅存在个别氨基酸残基的差别.     

安哥拉山羊Hoxc9基因克隆与序列分析

根据已报道的Hoxc9基因序列保守区设计3对引物,利用PCR技术从安哥拉山羊血液基因组DNA中扩增Hoxc9基因序列。目的片段纯化后连接到PMD19-T载体上,经鉴定得到重组质粒。测序结果通过与Gen-Bank数据库中序列比对分析,确定该序列为Hoxc9基因,核苷酸序列长3224 bp,包括1个内含子和2个外显子,cDNA序列长783 bp,编码260个氨基酸。与哺乳动物氨基酸序列的同源性非常高,达到99.2%以上,同斑马鱼和日本鳉的同源性较低。     

Aspergillus niger 乳糖酶基因的克隆及序列分析

利用PCR及RT-PCR技术从黑曲霉(Aspergillus niger)菌株DL116中克隆到了乳糖酶基因组DNA,cDNA序列(GENBANK ACCESSION No.EF103141)。序列分析表明,乳糖酶基因组DNA序列长3368bp,其中含有8个内含子,cDNA编码区长2967bp,共编码988个氨基酸,氨基酸序列中共含有12个潜在的糖基化位点。并将此基因与不同来源的乳糖酶基因进行了同源性比较。     

利用Waxy基因检测不同玉米地方品种的遗传差异

为了解我国西南地区不同玉米品种间的遗传多样性,对5份玉米地方品种的Waxy基因部分编码区核苷酸序列进行克隆、测序及序列比对。结果表明,所选材料的Waxy基因序列长度约为1 370 bp,一致性为96.60%,大于3 bp的插入/缺失有8个。不同地方品种材料间的遗传相似系数在98.7%~99.6%之间,平均遗传相似系数为99.2%,根据聚类图将供试材料分为4类。说明Waxy基因具有较高的保守性,所选材料间存在一定的遗传多样性,利用Waxy基因序列可以将不同的玉米地方品种区分开来。Waxy基因序列可作为一种理想的分子标记,用于今后玉米地方品种的研究。     

球毛壳菌二烯醇内酯水解酶基因克隆及序列分析

以球毛壳茵cDNA文库中获得的二烯醇内酯水解酶基因片段(GenBank Accn：BP099060)为基础,用RACE技术克隆出该基因的全长cDNA序列。序列长919bp,由450bp的3’RACE产物和608bp的5’RACE产物拼接而成。开放阅读框762bp,编码253个氨基酸组成的多肽,蛋白分子量为27．5kD,理论等电点为5．98。利用cDNA两侧非编码区序列作引物克隆出该基因的DNA序列。序列分析表明,该基因由2个内含子和3个外显子组成,外显子与内含子剪连接区符合AG—GT规则。克隆的cDNA序列、DNA序列及推测的氨基酸序列在GenBank登录(登录号分别为AY465528,AY555772,AAS66899)。     

山药糯性基因Waxy的克隆与分析

为克隆获得山药糯性基因Waxy,以糯性山药(WCS01)的基因组DNA为模板,采用PCR和TAIL-PCR相结合的方法克隆获得山药全长Waxy序列3 994 bp,含有13个外显子和12个内含子,内含子的长度变化幅度为72~153 bp,内含子中(A+T)的量为58.86%~72.64%,(G+C)的量为27.16%~39.87%,外显子与内含子的剪切都符合GT-AG原则。进化关系显示,山药Waxy基因与莲、油棕、金缕梅属和银缕梅属植物的同类基因具有高度相似性,亲缘关系较近。研究首次获得Waxy基因,为今后开展糯性山药品种分子辅助选育奠定了基础。     

大豆(Mlycinemax)特殊种子蛋白豆类胰岛素基因的克隆与序列分析

为研究豆科植物豆类胰岛素基因的结构特征,以栽培大豆基因组DNA 为材料,扩增并克隆了豆类胰岛素基因,克隆片段长度为841 bp。与cDNA 序列的比较结果表明,在信号肽编码区域内存在一个内含子,大小为368 bp;在豆类胰岛素的编码区域内,两者的核苷酸序列完全相同,而3′端非编码区域存在一个核苷酸差异。     

大豆特殊种子蛋白豆类胰岛素基因的克隆与序列分析

为了研究豆科植物豆类胰岛素基因的结构特征,以栽培大豆基因组DNA为材料,扩增并克隆了豆类胰岛素基因,克隆片段长度为841 bp。与cDNA 序列的比较结果表明,在信号肽编码区域内存在一个内含子,大小为368 bp;在豆类胰岛素的编码区域内,两者的核苷酸序列完全相同,而3′端非编码区域存在一个核苷酸差异。     

康宁木霉cbh2基因的克隆与结构特征分析

克隆得到了康宁木霉AS3.2774的cbh2基因组DNA及cDNA,序列测定表明:基因组DNA全长1583 bp,cDNA全长1413 bp。对比cbh2基因组DNA序列与cDNA序列,证明该基因由4个外显子组成,被3个内含子间断隔开,编码470个氨基酸的多肽。利用Predictprotein软件预测,该蛋白由9个α螺旋结构和10个β折叠结构及其他结构组成,并对其纤维素结构区、2个糖苷水解酶家族6的特征结构区、信号肽等特征性结构区进行了定位。