观赏樱属植物基因组SSR分子标记开发及鉴定

为了开发樱属植物的基因组SSR(简单重复序列)分子标记,本研究在IlluminaNovaSeq PE平台上进行喜马拉雅樱花(Cerasus cerasoides)基因组序列勘测。利用Perl脚本MISA识别微卫星序列,并随机合成100对引物进行引物多态性筛选。选择易扩增、多态性高的引物,采用荧光标记毛细管电泳法在45种樱属植物中进行检测和遗传多样性分析。结果表明,喜马拉雅樱花基因组共存在113 571个SSR位点(≥5个重复),其中包含53.31%单核苷酸基序,36.64%二核苷酸基序,其余基序类型占比10%。在此基础上共筛选出21个SSR标记,并将其用于观赏樱属植物的遗传多态性评估,结果共检测到215个等位基因,平均每个位点10.24个等位基因,平均杂合度为0.38。采用SSR标记构建的进化树较好地反映了45种供试樱属植物之间的亲缘关系。本研究开发了全新的樱花基因组SSR分子标记,可用于樱属植物的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。     

石斛SSR分子标记的研究进展

石斛是中国名贵兰花,有着极高的观赏价值和药用价值。为充分评价和利用石斛资源,现已广泛应用分子技术对石斛基因层面开展研究,其中SSR分子标记由于具有共显性、高多态性和数量丰富等特点在石斛研究中应用广泛,但在基因定位和分子辅助育种等方面的研究还比较少。因此,本研究简要概括了石斛SSR分子标记的开发方法及其在遗传多样性分析,遗传连锁图谱构建及QTL定位,DNA指纹图谱构建和杂种鉴定等方面的应用。重点总结了石斛高多态性引物和QTL定位,以期为今后石斛重要性状的关联基因定位、功能分析和分子定向育种等提供理论基础及借鉴。     

基于ISSR标记的龙眼种质资源遗传多样性及亲缘关系分析

为明确收集的龙眼种质资源遗传多样性水平和亲缘关系,以20份龙眼种质资源为研究对象,采用ISSR分子标记进行遗传多样性及亲缘关系分析。11条引物共扩增出113条DNA片段,其中多态性片段90条,占总扩增片段数的79.65%。供试龙眼材料的遗传相似系数介于0.5487～0.8673之间,平均遗传相似系数0.7758。20份龙眼资源材料的ISSR聚类结果表明,供试龙眼材料间的亲缘关系较近,聚类结果受亲本关系影响,一定程度上反映了品种的地理分布情况,与传统分类方法较为一致。研究结果为龙眼种质资源的分类、遗传进化研究及杂交组合选配提供一定的理论和技术支持。     

利用水稻基因组序列数据开发SSR标记的方法

水稻基因组序列中存在着丰富的简单重复序列(SSR)，而已经开发利用的仅仅是一小部分。本文提出了通过搜索水稻基因组序列中的简单重复序列开发SSR标记的思路和方法，并介绍了应用本方法成功地在500kb范围内，获得22个SSR标记，其中10个在定位群体中扩增出多态带的SSR标记并将其定位，本实例验证了利用水稻基因组序列数据开发SSR标记是十分有效的。     

应用SSR技术对三个优质水稻品种的指纹鉴定

为了能够更加准确高效及时地对不同的水稻品种进行鉴定区分,应用SSR分子标记技术对3个优质水稻品种(象牙香占、抗白软占、抗倒丝苗)进行了SSR分子标记鉴定。对分布于水稻不同染色体上的73对SSR引物进行筛选,有8对能够在3个试验品种中显示较好的多态性。这些有多态性的8对引物分布在5条不同的染色体上。其中单用引物RM551就可以将3个供试品种完全区分开。其它7对引物之间相互组合使用也可以对3个供试品种进行很好的区分。试验表明将SSR分子标记技术应用到水稻品种的鉴定区分是一种完全可行,且高效简洁的方法,可以应用到实践生产中。     

芸薹属植物根肿病的研究进展

芸薹属植物包含多种重要的油料作物和甘蓝、油菜、花菜等经济作物。根肿病是一种严重危害芸薹属植物的土传性病害。本研究通过总结近年来国内外芸薹属植物根肿病的相关研究报道,阐述了根肿菌生理小种鉴定、接种方法及抗性评价、抗性遗传机制、分子标记辅助育种等方面的最新研究进展,并展望了未来的研究趋势,以期为芸薹属植物根肿病的进一步研究及今后的抗病育种工作提供理论参考和研究思路。     

基于SSR分子标记的番茄遗传多样性分析

为探究收集于国内外不同番茄种质资源的亲缘关系,选用48对SSR引物856份番茄材料进行遗传多样性及群体结构分析。结果显示,46对多态性SSR标记在856份番茄材料中共检测到228个等位位点,平均每个标记检测到4.957个等位位点;各位点Shannon’s多样性指数和基因多样性平均值分别为0.687和0.383;多态性信息含量指数(polymorphism information content, PIC)平均值为0.335,说明检测的材料具有一定的遗传多样性。根据番茄果实大小将其分为3大类群,野生番茄(7份)、樱桃番茄(207份)及栽培型番茄(642份)三个类群;通过群体结构分析将856份材料划分为4个类群,两种类群划分有相似的结果。本研究为番茄种质资源的有效利用及核心种质构建提供了理论基础。     

利用叶绿体基因组SSR标记揭示薏苡属种质资源的遗传多样性

从分子水平研究国内外薏苡属种质资源的遗传多样性差异,为薏苡属种质资源的保护、发掘和利用提供依据。从38对cpSSR引物中筛选出33对多态性引物,对93份薏苡属资源的遗传多样性、群体结构和亲缘关系进行了比较分析。33对cp SSR共扩增出153个等位基因,每个位点等位基因数目3～8个,平均4. 64个,Nei's多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)平均为0. 368 8和0. 720 2,种质资源的遗传多样性丰富。野生和栽培类群之间遗传分化不明显,北方早熟生态型、长江中下游中熟生态型和南方晚熟生态型类群之间的遗传距离相对较近、一致度高,但是与国外类型的遗传差异大。小珠薏苡种和窄果薏苡种独立分支,表现出明显的分化差异;台湾薏苡变种、念珠薏苡变种、薏苡变种和薏米变种4个类群之间的遗传差异较小;种质遗传距离与地理距离不存在绝对相关性,而不同类群之间可能存在基因渐渗现象。     

水稻中以遗传多样性分析为基础的分子标记

一系列分子标记系统的有效性允许我们比较其中两种标记系统在估计不同分类单位相互关系时的效率。本研究的目的是用简单序列重复(SSR)标记和随机扩增多态DNA(RAID)标记来评价40个水稻(Oryza sativa L)栽培品种和5个野生近缘种的遗传多样性。用36个十体引物和38个SSR引物对扩增后评价了这些试样的多态性。在40个栽培品种和5个野生近缘种中产生了总共499个RAPD标记，具有90．0％多态性。在所使用的38个SSR引物对中，仅有1个位点即RM115是多态的。     

SSR标记在中国花生研究中的应用

SSR标记是广泛分布于多种生物基因组中由2~6个核苷酸组成的多次重复的一段DNA序列。根据近几年来SSR标记在中国花生上的研究进行了综述,包括SSR标记在花生种质遗传多样性研究、分子标记辅助选择育种等领域的广泛应用情况。通过对花生SSR标记相关研究的分析得知,中国花生育成品种普遍存在遗传基础狭窄的问题,认为在未来研究过程中应设计和开发大量多态性好的SSR分子标记,将标记研究工作与实际育种相结合,从而有效指导育种,提高育种效率。     

21种不同类型葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

本研究通过SSR标记解析不同类型葡萄种质遗传多样性差异和亲缘关系,为资源分类与品种鉴定提供理论依据。利用15对SSR引物对21种不同类型葡萄种质进行PCR扩增,对扩增情况、遗传距离与亲缘关系等进行分析。15对SSR引物共扩增出等位基因位点91个,其中多态性位点89个,多态性比率高达97.8%,其中13对引物扩增多态性百分率达到100%。21份供试材料间遗传相似系数变化范围在0.45~0.91之间,并在遗传相似系数0.62处被分为2个类群。研究表明SSR标记从分子水平上解析了不同类型葡萄种质的遗传差异性,揭示了材料间亲缘关系,为育种研究提供了一定参考依据。     

基于SSR标记的苔草种质遗传多样性分析

苔草属(Carex L.)植物为莎草科多年生草本,在园林绿化、畜牧业生产、生态修复等方面发挥着越来越重要的作用.为了了解新西兰苔草品种间的遗传多样性及与国内苔草的地域差异,对其进行分子标记分析.本研究利用筛选得到的10对SSR引物对12份苔草材料(包括10份新西兰引进品种)进行遗传多样性分析,结合聚类分析等揭示苔草材料...     

木薯种质资源遗传多态性SSR分子标记的研究

为了研究广西壮族自治区亚热带作物研究所从泰国、菲律宾、缅甸、印度尼西亚等国引进的25份木薯种质资源及海南省和广西壮族自治区亚热带作物研究所等选育的65份木薯品种(系)的遗传多样性,应用12对SSR引物对80个木薯种质进行PCR扩增,获得119个扩增带形,扩增产物的片段大小范围在100~300 bp之间,每对引物检测等位基因4~16个,平均为10个。根据品系间的遗传相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析,以遗传相似系数0.46为阈值,将80个木薯品系分为两类。聚类分析结果表明,引进的国外资源和所选育的种质资源丰富了中国木薯种质库,拓宽了中国木薯遗传育种的物质基础,为进一步进行木薯新品种的选育和种质资源的收集及管理提供了遗传依据。     

甘蓝型油菜人工合成种遗传多样性分析

用RAPD及SSR技术对98份甘蓝型油菜人工合成种与46份甘蓝型油菜品种(系)进行遗传多样性分析。30条随机引物共扩增出332条带,其中多态性带309条,多态性比率为93.07%。33对SSR引物共扩增出134条带,其中多态性带129条,多态性比率为96.27%。经聚类分析与主成分分析,表明甘蓝型油菜人工合成种遗传多样性十分丰富。因此通过人工     

黄颡鱼DNA分子标记的研究进展

为了深入了解黄颡鱼在多种DNA分子标记中的应用研究。详细阐述黄颡鱼多个类型的DNA分子标记的原理,优缺点及其研究进展,对其应用前景和存在的问题进行了综述,并对黄颡鱼的DNA分子标记研究提出了建设性意见,为黄颡鱼种质资源的保护与合理开发提供参考资料。     

利用SSR标记评价普通菜豆种质遗传多样性

利用36对SSR引物对332份国内普通菜豆、16份国外普通菜豆和29份野生菜豆的遗传多样性进行了分析,等位变异数和多样性指数的计算结果显示,3种生态型普通菜豆遗传多样性由大到小的顺序为国内普通菜豆、野生菜豆和国外普通菜豆;我国贵州、云南、黑龙江等省普通菜豆的遗传多样性较为丰富。基于SSR数据,对377份普通菜豆种质资     

SSR标记在甜瓜中的研究进展

SSR（simple sequence repeat）标记是建立在PCR基础上的一种新型DNA分子标记。由于SSR具有丰富的多态性,随机分布于甜瓜的整个基因组中,并表现为共显性,所以它是进行甜瓜遗传研究的理想工具。本文就SSR标记在甜瓜遗传多样性分析,构建遗传连锁图谱、标记和定位目的基因及标记辅助选择等方面的研究进展进行了综述。     

用SSR标记对云南爆裂玉米地方种遗传多样性的研究

本文利用SSR标记分析了14份代表云南不同生态地区的爆裂玉米种质的遗传多样性.从96对SSR引物中筛选出分布于玉米基因组10条染色体上的43对引物,每对引物可以稳定地检测到1～13个多态性片段,共232个,平均为5.40个,片段大小介于65～490bp之间.检测出1个等位基因(allele)的引物有3对,占所筛选引物的7.0%;检测出12个和13个等位基因的引物也有3对,占所筛选引物的7.0%;其余37对引物检测出的等位基因一般在2～9个,占所筛选引物的86.0%.结果表明云南爆裂玉米地方种质具有较高的遗传多样性.通过聚类分析将云南爆裂玉米分为3个类群,4个亚群,聚类结果与云南不同海拔地势的变化走向基本相符.     

贵州马铃薯引进品种SSR分子标记及遗传多样性分析

为了鉴定马铃薯品种间的亲缘关系,采用5对SSR分子标记引物,对18个贵州马铃薯生产品种进行SSR分子标记及遗传多样性分析.结果表明:5对SSR引物共扩增出77个多态性条带,每个组合的多态性条带数为10～24不等,平均每个引物组合产生15.4个多态性条带.18个马铃薯材料之间的遗传距离范围在0.376 6～0.909 0之间,平均为0.701 1.经聚类分析,18个马铃薯材料在遗传距离0.57水平上全部聚为一类,以遗传距离0.60为基准,可明显聚为4个类群.第Ⅰ类包括5个材料;第Ⅱ类仅1个材料;第Ⅲ类包括4个材料;第Ⅳ类包括8个材料.