结直肠癌细胞系中Runx3及Runx2基因表达分析

目的：检测在5种结直肠癌胞系中Runx3基因启动子区域甲基化状态及Runx2基因和Runx3基因的表达情况,探讨Runx2基因和Runx3基因对结直肠癌形成的影响。方法：采用甲基化特异PCR（MSP）对5种结直肠癌细胞系中Runx3基因启动子区域甲基化状态进行分析,采用逆转录-多聚合酶链反应（RT-PCR）检测Runx3及Runx2基因的表达情况。结果：MSP结果显示,有4种结直肠癌细胞系Runx3基因启动子区域呈现甲基化异常,甲基化率为80%（4/5）;RT-PCR结果表明,仅在结直肠癌细胞系colo320中Runx3 mRNA明显表达,与MSP结果相符;5种结直肠癌细胞系中Runx2基因均有不同程度表达。结论：Runx2基因在结直肠癌细胞系中仍存在活性;Runx3基因启动子区域甲基化可能是导致Runx3基因失活的主要原因之一,与结直肠癌的发生发展密切相关,可作为结直肠癌早期诊断的分子标记物及分子治疗的靶点。     

胃癌细胞系Runx3基因甲基化状态及临床意义

目的:通过检测胃癌细胞系Runx3基因启动子区域甲基化状态及Runx3基因表达情况,探讨Runx3基因启动子区域甲基化在胃癌的发生、发展过程中的意义。方法:采用DNA甲基化特异性PCR(MSP)技术分别对5种胃癌细胞系Runx3基因启动子区域甲基化进行检测,同时采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测Runx3 mRNA的表达情况;采用DNA甲基化转移酶抑制剂药物5-Aza-CdR(1,3μmol/L)处理胃癌细胞SNU16,并通过RT-PCR检测Runx3 mRNA表达情况。结果:在5种胃癌细胞系中,4种细胞Runx3基因启动子区域过度甲基化及Runx3 mRNA无表达;胃癌细胞SNU16经-Aza-CdR处理后,检测出Runx3基因重新表达。结论:Runx3基因启动子区域甲基化是导致Runx3基因失活的主要原因之一,与胃癌的发生发展密切相关,可作为胃癌早期诊断的分子标记物及分子治疗的靶点。     

肝癌细胞系中Runx3基因表达及启动子区异常甲基化分析

目的：通过检测6种肝癌细胞中Runx3基因异常甲基化状态及表达情况,探讨药物5-aza-2＇-deoxycytidine（decitabine）激活Runx3基因重新表达的能力及对肝癌细胞生长的影响。方法：采用DNA甲基化特异性PCR（MSP）技术分别对6种肝细胞癌细胞系Runx3基因启动子区域甲基化状态进行检测,同时采用逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）检测5种肝癌细胞中Runx3的表达情况及药物5-aza-2＇-deoxycytidine处理其中3种肝癌细胞前后Runx3表达变化。结果：6种肝癌细胞系中,有3种细胞Runx3基因启动子区域存在甲基化异常,药物5-aza-2＇-deoxycytidine处理3种肝癌细胞后,Runx3基因明显表达或表达活性增强。结论：启动子区异常甲基化是导致Runx3基因失活的主要原因之一,与肝细胞癌发生早期密切相关,可作为肝细胞癌早期诊断的分子标记物及分子治疗的靶点。     

胃癌中Runx3基因甲基化表达及临床研究

目的:通过检测胃癌中Runx3基因启动子区域甲基化状态及Runx3基因表达情况,探讨Runx3基因启动子区域甲基化及表达在胃癌发生和发展过程中的意义。方法:采用DNA甲基化特异性PCR(MSP)技术分别对9种胃癌细胞系和35例胃癌患者手术切除肿瘤组织及其癌旁组织Runx3基因启动子区域甲基化进行检测,同时采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测Runx3 mRNA的表达情况。结果:在7种胃癌细胞系中Runx3基因启动子区域过度甲基化;Runx3基因在35例胃癌及其癌旁组织中甲基化率分别为40.0%(14/35)和8.6%(3/35);胃癌组织标本中Runx3基因表达(0.5938±0.1007)较癌旁正常组织表达(0.8311±0.2872)明显下调,差异有统计学意义(P<0.05)。Runx3 mRNA在胃癌标本的表达与其病理临床特征密切相关,在伴有淋巴结转移和低分化的胃癌组织标本中Runx3 mRNA的表达显著下调(P<0.01)。结论:Runx3基因启动子区域甲基化是导致Runx3基因失活的主要原因之一,与胃癌的发生发展密切相关,可作为胃癌早期诊断的分子标记物及分子治疗的靶点。     

骨肉瘤细胞系中Runx3及Runx2基因表达分析

目的：检测在8种骨肉瘤细胞系中Runx3基因启动子区域甲基化状态和Runx2基因及Runx3基因的表达情况，探讨Runx2基因和Runx3基因对骨肉瘤形成的影响。方法：采用甲基化特异PCR（MSP）对8种骨肉瘤细胞系中Runx3基因启动子区域甲基化状态进行分析，采用逆转录-多聚合酶链反应（RT-PCR）检测Runx3及Runx2基因的表达情况。结果：MSP结果显示，Runx3基因启动子区域无明显过甲基化状态发生，RT-PCR结果表明，大多数骨肉瘤细胞系中Runx2基因和Runx3基因均有不同程度表达。结论：在骨肉瘤细胞系中无明显的Runx3基因特异性表达异常，Runx3基因启动子区域未见CpG岛发生广泛甲基化等表观遗传学异常改变，提示Runx3基因与骨肉瘤的发生发展无必要联系。Runx2基因虽然在成骨细胞分化、软骨细胞成熟及骨基质蛋白产生中发挥重要作用，但在骨肉瘤细胞系中均有不同程度的表达。     

5-Aza-CdR激活肝癌细胞Runx3基因表达及其临床意义

目的:通过检测肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)细胞中Runx3基因启动子区域甲基化状态,探讨肝癌细胞系经药物5-Aza-CdR处理后Runx3基因重新表达的可能性及对细胞生长的影响,寻找抗癌治疗的药物新靶点。方法:采用DNA甲基化特异性PCR(MSP)技术分别对5种肝细胞癌细胞系Runx3基因启动子区域甲基化状态进行检测,用药物5-Aza-CdR2μmol/L处理肝癌细胞HepG23d,继续常规培养5d后,RT-PCR检测Runx3 mRNA表达情况,利用集落形成实验观察细胞的生长活性,应用显微镜观察细胞形态及凋亡变化。结果:在5种肝癌细胞系中,有3种细胞Runx3基因启动子区域存在甲基化异常;肝癌细胞HepG2经5-Aza-CdR处理后,HepG2细胞检测出Runx3基因重新表达,细胞克隆形成率显著降低,显微镜观察显示部分细胞体积缩小、形态趋于规则及凋亡细胞明显增多。结论:Runx3基因启动子区域甲基化可能是导致Runx3基因失活的主要原因之一,去甲基化制剂5-Aza-CdR能有效激活Runx3基因重新表达,抑制肝癌细胞生长,诱导部分肿瘤细胞凋亡。     

胰腺癌细胞株Runx3基因启动子区CpG岛甲基化的检测

目的 探讨胰腺癌细胞株中Runx3基因启动子区CpG岛的甲基化水平.方法 应用甲基化特异性PCR方法检测Panc -1、BxPC-3、AsPC-1三种胰腺癌细胞株及正常胰腺组织RunX3基因启动子区CpG岛甲基化水平.结果 在Panc-1、BxPC-3、AsPC-1细胞株中Runx3基因启动子区CpG岛的甲基化引物均发...     

Runx3基因在肝癌手术前后血浆中异常甲基化检测及临床意义

目的:研究肝细胞癌组织及手术前后外周血浆中Runx3基因启动子区异常甲基化状态,探讨其在肝癌早期诊断及疗效评估中的价值;方法:采用DNA甲基化特异性PCR(MSP)技术分别对肝癌患者肿瘤组织及相应血浆进行Runx3异常甲基化检测。结果:在81例肝癌组织中,Runx3异常甲基化率为43.2%(35/81),相应血浆中Runx3甲基化检出率为39.5%(32/81),血浆中Runx3基因甲基化改变与肿瘤组织甲基化状况显著相关(P<0.05);其中15例手术治疗患者手术前组织及血浆中Runx3甲基化检出率均为40%(6/15),术后只有1例患者血浆中Runx3基因异常甲基化。结论:血浆Runx3基因异常甲基化检测在肝细胞癌早期诊断及疗效评估方面有一定应用价值。     

胃癌SOCS-1基因异常甲基化及其意义

目的：探讨SOCS-1基因在胃癌和癌旁组织中的表达及其启动子甲基化状态与胃癌发生、发展和转移等的关系。方法：采集45例胃癌病人的肿瘤标本、18例癌旁胃粘膜组织以及10例正常胃粘膜组织,运用甲基化特异性PCR反应研究胃癌组织中SOCS-1基因CpG岛甲基化状态,同时运用实时定量PCR分析SOCS-1基因的表达。结果：45例胃癌标本中有21例（46．7％）SOCS-1基因呈CpG岛甲基化,癌旁组织中为2例（11．1％）,而10例正常胃粘膜组织中则未发现SOCS-1基因CpG岛甲基化;SOCS-1基因CpG岛甲基化组的SOCS-1基因表达量与无SOCS-1基因CpG岛甲基化组相比,其基因相对表达量明显减少（P〈0．05）,表明SOCS-1基因CpG岛甲基化可抑制SOCS-1基因表达。与病人临床病理特征相结合比较,发现SOCS-1基因CpG岛甲基化与年龄、性别无关,与肿瘤分化程度及TNM分期等因素有关。结论：在胃癌中存在SOCS-1基因CpG岛甲基化,且由于CpG岛甲基化而促使基因表达抑制。SOCS-1基因CpG岛甲基化在胃癌的发生、发展中可能具有一定的意义。     

鸭MyoG基因启动子的生物信息学分析及其甲基化频率对基因表达的影响

采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 730 bp,对启动子序列预测后,发现存在2个Cp G岛,其中Cp G岛(–2 536~–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明:在鸭的个体和组织水平上,启动子甲基化率均未聚类在一起;Cp G位点甲基化频率存在个体差异,22%Cp G位点的甲基化频率与Myo G的m RNA表达量呈负相关(P0.05),78%Cp G位点的甲基化频率呈正相关(P0.05),其中,腿肌甲基化位点Cp G_1、Cp G_26.27.28.29的甲基化频率与Myo G基因表达水平均呈显著相关(P0.05)。Myo G基因在鸭与在哺乳动物中的转录调控机制存在差异。试验中发现多个影响鸭Myo G基因转录的潜在甲基化位点,其中Cp G_1与Cp G_26.27.28.29能通过DNA甲基化修饰影响Myo G基因在鸭腿肌中的转录。本研究结果可为鸭Myo G基因转录调控提供参考依据。     

非小细胞肺癌与p16基因CpG岛异常甲基化的关系

目的 :探讨非小细胞肺癌中抑癌基因 p1 6的失活机制 ;方法 :采用甲基化特异性 PCR( MSP)法检测 30例非小细胞肺癌肿瘤组织、30例癌旁组织及 3例正常肺组织中 p1 6基因外显子 1的 Cp G岛异常甲基化情况。结果 :非小细胞肺癌中有 1 2例 ( 4 0 % )肿瘤组织检测到 p1 6基因 5’端 Cp G岛异常甲基化 ,而癌旁组织及正常肺组织均未检测到 p1 6基因的异常甲基化 ,两者之间差异有显著性 ( P<0 .0 0 1 )。结论 :p1 6基因 5’端 Cp G岛异常甲基化与非小细胞肺癌的发生发展有关 ,可能是该基因在非小细胞肺癌中的主要失活机制。     

牦牛和犏牛睾丸组织DDX4基因mRNA表达水平 与启动子区甲基化

【目的】了解牦牛和犏牛睾丸组织中DDX4基因mRNA表达水平和启动子区甲基化状态。【方法】采用real-time PCR技术检测牦牛和犏牛睾丸组织DDX4基因mRNA表达水平,采用克隆测序技术获得牦牛和犏牛DDX4基因启动子区序列,采用亚硫酸氢钠测序法检测牦牛和犏牛睾丸组织中DDX4基因启动子区甲基化状态。【结果】牦牛睾丸组织中DDX4基因mRNA表达水平极显著高于犏牛（P＜0.01）;牦牛和犏牛DDX4基因启动子区1 370 bp,含有核心启动子区（251 bp）和CpG岛（918 bp）。犏牛睾丸组织中DDX4基因启动子区甲基化水平（86.5%）极显著高于牦牛（67.0%）（P＜0.01）。【结论】牦牛睾丸组织DDX4基因表达水平极显著高于犏牛,获得了牦牛和犏牛DDX4基因启动子区序列,且犏牛睾丸组织中DDX4基因启动子区甲基化水平极显著高于牦牛（P＜0.01）。     

Gene body-specific methylation on the active X chromosome

Differential DNA methylation is important for the epigenetic regulation of gene expression. Allele-specific methylation of the inactive X chromosome has been demonstrated at promoter CpG islands, but the overall pattern of methylation on the active X(Xa) and inactive X (Xi) chromosomes is unknown. We performed allele-specific analysis of more than 1000 informative loci along the human X chromosome. The Xa displays more than two times as much allele-specific methylation as Xi. This methylation is concentrated at gene bodies, affecting multiple neighboring CpGs. Before X inactivation, all of these Xa gene body-methylated sites are biallelically methylated. Thus, a bipartite methylation-demethylation program results in Xa-specific hypomethylation at gene promoters and hypermethylation at gene bodies. These results suggest a relationship between global methylation and expression potentiality.     

二氧化硫胁迫诱导拟南芥NIT2基因DNA甲基化修饰

DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰形式。利用亚硫酸氢盐修饰后测序法和甲基化敏感性限制性内切酶-PCR(MSRE-PCR)法,研究SO2胁迫对拟南芥腈水解酶(NIT2)基因序列中胞嘧啶甲基化状态的影响,分析甲基化特征改变在植物胁迫应答过程中的作用。研究发现,30 mg.m-3的SO2连续熏气3 d后,拟南芥植株地上组织细胞中NIT2基因启动子区域CG和CHH(H为C,A或T)位点甲基化水平下降,总甲基化水平降低,但未检出编码区5′端目的片段中CCGG位点甲基化状态的改变。RT-PCR分析表明,SO2胁迫组拟南芥植株地上组织细胞中NIT2基因的转录水平高于对照组。研究结果表明,SO2胁迫导致拟南芥NIT2基因启动子区甲基化水平降低,NIT2基因转录上调,说明SO2胁迫能诱发拟南芥基因胞嘧啶甲基化水平改变,启动子区甲基化水平的降低可能与防御基因的诱导表达有关,胞嘧啶甲基化修饰参与了植物的抗逆生理过程。     

GmSARK启动子驱动IPT基因在拟南芥中的表达研究

[目的]对GmSARK启动子驱动IPT基因在拟南芥中的表达进行研究。[方法]分别克隆IPT基因及GmSARK基因启动子,构建它们的植物表达载体并进行拟南芥的转化,利用PPT(phosphinothricin)除草剂筛选,检测T1代转基因植株;对T1代转基因植株进行黑暗避光和干旱处理后进行半定量RT-PCR分析。[结果]成功克隆得到了IPT基因及GmSARK基因,并构建了它们的p3301-GmSARK-IPT植物表达载体;对T1代转基因植株的RT-PCR表明,目的基因mRNA水平上有所表达。[结论]为进一步研究GmSARK启动子驱动的IPT基因在抗逆中的作用奠定了基础。