狂犬病病毒糖蛋白基因的克隆及其二级结构和B细胞抗原表位预测

对狂犬病病毒CVS株糖蛋白基因进行克隆与测序,推导出相应的氨基酸序列。然后采用Gam-ier-Robson法和Chou-Fasman法预测糖蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法分别预测蛋白质的疏水性、表面可能性和抗原指数,并综合分析预测糖蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,该蛋白结构中含有少量的α螺旋、较多的β折叠以及较为丰富的转角区域,在序列的121~126、133~137、161~165、191~193、201~204、214~216、221~225、264~267区域或其附近最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。     

狐貉源犬瘟热病毒F蛋白基因的二级结构及其B细胞抗原表位预测

以犬瘟热病毒基因组序列为材料,采用Garnier-Robson、Chou-Farsman和Karplus-Schultz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可及性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数,综合评价了犬瘟热病毒F蛋白的B细胞抗原表位。结果表明:F蛋白N端含有抗原指数较高的区域,提示可能含有潜在的B细胞优势抗原表位。     

猪水肿病大肠杆菌SLT-IIeB蛋白的B细胞抗原表位预测

基于SLT—IIeB的蛋白基因组序列,采用Garnier-Robson法、Chou—Fasman法和Karplus—Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域．利用Kyte—Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson—Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPred在线分析预测其可能的B细胞抗原表位．综合以上方法最终预测SLT—IIeB可能的B细胞抗原表位。经过分析推测,SLT—IIeB最有可能的B细胞抗原表位位于N端第31—36区段内。     

番鸭呼肠孤病毒YB株σC蛋白同源性分析及B细胞表位预测

为预测番鸭呼肠孤病毒(DRV)YB株σC蛋白二级结构和B细胞抗原表位,对DRV YB株的σC蛋白氨基酸序列与参考DRV相应序列以DNAStar软件进行同源性和遗传进化树分析;采用SOPMA法、Gamier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schultz法方法预测其二级结构;用Hopp-Woods法、Emini法、Jameson-Wolf法和吴玉章等建立的方法分别预测蛋白的亲水性、表面可能性和抗原指数,然后综合分析其B细胞抗原表位.结果显示,DRV YB与国内DRV相应序列同源性在93.7％～99.6％,代表性较强;B细胞表位可能在15～27、36～49、40～49及90～98区段或其附近,这4个被预测的表位均含有β-转角和无规卷曲结构.本研究为进一步确定σC蛋白的B细胞表位和反向()计提供了理论基础.     

猪圆环病毒II型结构蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位预测

本研究以猪圆环病毒(porcine circovirus,PCV)II型的基因组序列为材料,采用Garnier-Robson方法、Chou-Farplus方法和Karplus-Schulz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可能性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数。然后综合评价了PCV-2型结构蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,PCV-2结构蛋白形成α螺旋结构的能力较差,但是该蛋白含有较多的β折叠和转角结构,因而该蛋白具有丰富的二级结构。分析结果还表明结构蛋白具有多处抗原指数较高的区段,其中羧基端含有潜在的B细胞优势抗原表位,因此其在免疫学中的地位也应当引起重视。本研究将为猪圆环病毒的反向疫苗学的研究提供一定的理论依据。     

猪圆环病毒Ⅱ型结构蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位预测

本研究以猪圆环病毒(porcine circovirus,PCV)Ⅱ型的基因组序列为材料,采用Gamier-Robson方法、Chou-Farplus 方法和Karplus-Schulz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可能性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数.然后综合评价了PCV-2型结构蛋白的B细胞抗原表位.结果表明,PCV-2结构蛋白形成α螺旋结构的能力较差,但是该蛋白含有较多的β折叠和转角结构,因而该蛋白具有丰富的二级结构.分析结果还表明结构蛋白具有多处抗原指数较高的区段,其中羧基端含有潜在的B细胞优势抗原表位,因此其在免疫学中的地位也应当引起重视.本研究将为猪圆环病毒的反向疫苗学的研究提供一定的理论依据.     

猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测

以TGEV基因组序列为基础，运用Garnier—Robson、Chou—fasman和Karplus—Schulz方法预测猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构。运用Kyte—Doolitte方法对N蛋白的疏水性进行了分析，Jameson-Wolf方法预测了结构蛋白的抗原指数，Emini方法预测了N蛋白的表面可能性，最后结合吴玉章的方法综合分析预测B细胞抗原表住。结果显示柔性区域主要集中在N-端第11～31、52～65、128～147、155～188、210～227、313～319、331～347区段，α-螺旋和β-折叠数量少且分散。N蛋白可能的B细胞抗原位点是N-端12～31，154～191，204～243，309～320，329～354区段，而这些区段内部或附近都有柔性区域存在，可作为N蛋白的抗原优势表位。本研究为TGEV抗原优势表位的试验研究和反向疫苗的研制奠定了基础。     

口蹄疫病毒O型泛亚株VP1蛋白的二级结构及抗原表位预测

为获得口蹄疫病毒（FMDV）O/PanAsia毒株VPl蛋白的抗原信息,从而为制备多肽疫苗提供理论依据,运用生物信息学软件,对O/PanAsia毒株的结构蛋白VP1理化性质、结构功能以及细胞表位进行分析,预测抗原表位以选择合适肽段。应用ProParam、TMHMM Server、ProScale和SignaIP 等在线工具,分析VP1蛋白氨基酸序列,运用计算机技术和分子生物学软件,分析预测VP1蛋白的基本理化性质、结构功能以及可能的B细胞和T细胞抗原表位,筛选B细胞表位肽段并对VP1的两个主要T细胞表位CTL和Th细胞表位进行预测。结果显示：O/PanAsia毒株VP1 蛋白的等电点为9.49,相对分子质量为23 520.83;VP1蛋白的B细胞表位为8~23、135~149和193~205位氨基酸。预测该VP1有10个CTL和10个Th细胞抗原表位,表明其具有较好的免疫原性;最终筛选出VP1蛋白的5个CTL和5个Th优势表位。用生物信息学方法预测O/PanAsia毒株VPl蛋白为稳定性蛋白,含有T、B淋巴细胞抗原表位。本研究为FMDV的进一步研究和疫苗制备奠定了基础。     

大鲵虹彩病毒贵州分离株MCP基因的克隆与B细胞表位预测

为了研究大鲵虹彩病毒(GSIV)MCP基因以及预测其B细胞表位,试验采用PCR方法扩增大鲵虹彩病毒MCP基因,采用生物学软件对大鲵虹彩病毒MCP基因的氨基酸序列进行B细胞表位预测分析。结果表明:扩增产物大小为1 392 bp,将该序列与Gen Bank中大鲵虹彩病毒MCP基因中的中国分离株核苷酸相似性为99.8%。MCP蛋白有多个抗原表位位点,抗原性指数较高,而这些区域可能是B细胞抗原表位区域。说明预测的结构、亲水性、柔性区域和抗原指数可用于大鲵虹彩病毒亚单位疫苗和分子诊断试剂的研究。     

2-型猪链球菌保护性抗原ESA的细胞定位及B细胞表位预测

通过生物信息学方法预测2-型猪链球菌(Streptococcus suis serotype 2,SS2)保护性抗原ESA(epidermal surface antigen,ESA)在SS 2中的分布和B细胞表位,为研究SS2的多表位疫苗奠定基础。以ESA推定的氨基酸序列为基础,通过生物信息学软件对ESA进行信号肽、跨膜序列等分析,然后分别以Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法分析蛋白的亲水性、表面可能性以及抗原指数;辅以Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法分析蛋白二级结构中柔性区域,进而预测ESA的B细胞表位。结果表明,ESA为跨膜蛋白,B细胞表位位于N-端第30~35、59~64、178~185、245~253区域。多参数或多个软件联合使用能预测SS2保护性抗原ESA的B细胞表位和细胞定位,为实验研究提供帮助,大大缩减实验时间。     

口蹄疫病毒结构蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位的预测

以口蹄疫病毒OLZ02株基因组序列为材料，采用Garnier—Robson法、Chou-Fasman法和Karplus—Schulz法预测了其结构蛋白的二级结构，用Kyte-Doolittle法分析了各结构蛋白的亲水性，Emini法预测了各结构蛋白的表面可能性，Jameson—Wolf法预测了各蛋白的抗原指数，综合评价了口蹄疫病毒结构蛋白的B细胞抗原表位。结果表明，VPl蛋白含有的B细胞优势抗原表位最多，是研制口蹄疫基因工程疫苗的首选免疫原，但其他结构蛋白也含有少量的B细胞抗原表位，有的甚至有可能成为优势抗原表位。     

禽波氏杆菌外膜蛋白A的克隆测序与生物信息分析

本文旨在克隆禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA的编码基因,并预测OmpA蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA在免疫保护中所起的作用。作者对禽波氏杆菌的外膜蛋白ompA基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件和方法,对禽波氏杆菌OmpA蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。禽波氏杆菌ompA基因全长597bp,编码199个氨基酸。二级结构以无规卷曲为主,有少量的α-螺旋和β-片层,少见β-转角;推测OmpA蛋白有5个B细胞优势抗原表位区域、2个糖基化位点。本研究为进一步分析禽波氏杆菌免疫机理、制备单克隆抗体和设计表位疫苗等奠定理论基础。     

犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测

将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列（GenBank编号为：AEV77096．1）与GenBank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProteinserver在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12～18、61～66、243～246、410～415、421～429、434～447、452～456、480～487氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。     

貉源阿留申病毒VP2和NS1蛋白的抗原性预测

旨在预测和分析貉源阿留申病毒(RFAV)VP2和NS1蛋白的抗原表位特征,筛选阿留申病毒属较保守的B、T细胞抗原表位。本研究对RFAV的近全长基因组进行克隆及测序,对其VP2和NS1基因编码蛋白的理化性质、二级结构、翻译后修饰位点和抗原表位进行预测,并将预测的修饰位点、抗原表位与其他阿留申病毒种的序列进行比较分析,筛选相对保守的修饰位点和抗原表位。结果显示,获得的RFAV基因组长4 327 bp,编码VP2蛋白的636个氨基酸,编码NS1蛋白的641个氨基酸。VP2和NS1蛋白均为亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲为主。在阿留申病毒属内,VP2蛋白有3个保守的B细胞抗原表位,3个保守的T细胞表位,8个保守的翻译后修饰位点;NS1蛋白有1个保守的B细胞抗原表位,2个保守的T细胞抗原表位和7个保守的翻译后修饰位点。本研究成功克隆了RFAV近全长基因组序列,全面对RFAV的VP2、NS1蛋白抗原表位、翻译后修饰位点进行预测,并分析其在阿留申病毒属内的保守和变异特征,为阿留申病毒免疫研究提供参考。     

貉源阿留申病毒VP2和NS1蛋白的抗原性预测

旨在预测和分析貉源阿留申病毒（RFAV） VP2和NS1蛋白的抗原表位特征，筛选阿留申病毒属较保守的B、T细胞抗原表位。本研究对RFAV的近全长基因组进行克隆及测序，对其VP2和NS1基因编码蛋白的理化性质、二级结构、翻译后修饰位点和抗原表位进行预测，并将预测的修饰位点、抗原表位与其他阿留申病毒种的序列进行比较分析，筛选相对保守的修饰位点和抗原表位。结果显示，获得的RFAV基因组长4 327 bp，编码VP2蛋白的636个氨基酸，编码NS1蛋白的641个氨基酸。VP2和NS1蛋白均为亲水性蛋白，二级结构以无规则卷曲为主。在阿留申病毒属内，VP2蛋白有3个保守的B细胞抗原表位，3个保守的T细胞表位，8个保守的翻译后修饰位点；NS1蛋白有1个保守的B细胞抗原表位，2个保守的T细胞抗原表位和7个保守的翻译后修饰位点。本研究成功克隆了RFAV近全长基因组序列，全面对RFAV的VP2、NS1蛋白抗原表位、翻译后修饰位点进行预测，并分析其在阿留申病毒属内的保守和变异特征，为阿留申病毒免疫研究提供参考。     

福氏2a志贺菌DNA转录激活蛋白MarA的二级结构及其B细胞抗原表位预测

研究以福氏2a志贺菌(Shigella flexneri 2a,s.f 2a)的基因组序列为材料,采用Gamier-Robson法、Chou-Fasman法和Kamplus-Schulz法预测了其DNA结合转录激活蛋白MarA的二级结构,用Kyte-Doolittle法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini法预测了蛋白的表面可能性,以Jameson-Wolf法预测了蛋白的抗原指数,然后综合评价了福氏2a志贺菌转录激活蛋白MarA的B细胞抗原表位.结果表明:福氏2a志贺菌MarA蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角和无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋和β-折叠区段,该蛋白有多处抗原指数较高的区段,其中含有潜在的B细胞优势抗原表位,因此其在免疫学中的地位也应当引起重视.     

猪水肿病大肠杆菌FedF的B细胞抗原表位预测

目的是预测致猪水肿病主要毒力因子FedF的B细胞抗原表位。方法为基于FedF的蛋白基因组序列,采用Oarnicr-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域,Kyte-Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson-Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPrcd在线分析预测其可能的B细胞抗原表位,综合以上方法最终预测FedF可能的B细胞表位。结果显示,经过分析推测FedF最有可能的B细胞表位位于FedF蛋白N端第51．57、115．122,148．153、199．206、225：232、254．259区段内。     

猪圆环病毒2型CAP蛋白B细胞表位预测与分析

基于PCV2 CAP蛋白的氨基酸序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案、Emini方案、Karplus方案Jameson-wolf抗原指数方案,辅以对PCV2 CAP蛋白的二级结构柔性区域分析,并结合吴玉章氨基酸抗原指数计算方法预测CAP蛋白的B细胞表位。结果表明,最有可能的B细胞优势表位位于CAP蛋白N端第4~18,23~28,32~41,57~64,96~103,175~182区段和第224~233区段。本研究用多参数预测PCV2 CAP蛋白的B细胞表位,为多肽疫苗的设计提供理论依据。     

1株非洲猪瘟病毒p30蛋白单克隆抗体识别的B细胞抗原表位的鉴定

旨在研究非洲猪瘟病毒(ASFV) p30蛋白的B细胞抗原表位,本研究制备了p30蛋白的单克隆抗体(mAb),并以该单克隆抗体为工具进行B细胞抗原表位定位。首先,通过原核表达及Ni柱亲和纯化获得p30蛋白,将纯化蛋白免疫BALB/c小鼠进行杂交瘤细胞制备,通过间接酶联免疫吸附试验(iELISA)筛选出阳性杂交瘤细胞,并以细胞表达的方法制备单克隆抗体;采用间接免疫荧光试验(IFA)和蛋白质免疫印迹(Western blot)对单克隆抗体的特异性进行鉴定。利用IEDB表位预测软件对p30蛋白B细胞抗原表位进行预测,根据预测结果对CP204L基因进行截短表达,利用IFA、Western blot和iELISA对其抗原表位进行鉴定。最后,利用噬菌体十二肽库对制备的p30单克隆抗体进行4轮生物淘选,筛选多肽表位,并与上述基因截短表达筛选方法进行比对。特异性鉴定结果显示,该单克隆抗体能成功识别感染猪肺泡巨噬细胞的ASFV;基因截短表达筛选结果表明,其识别的抗原表位区域为⁸⁴M～K¹⁴²;噬菌体淘选试验结果表明,¹¹⁶TSSFETLFE¹²⁴为本试验制备的单克隆抗体所识别的p30蛋白抗原表位核心序列,该结果进一步缩小了表位分布范围。本研究制备了p30蛋白的1株单克隆抗体,并对其抗原表位进行鉴定,为血清学诊断试剂的研发和p30蛋白功能研究奠定基础。     

山羊口疮病毒四川分离株F1L基因分子特征分析及抗原表位预测

为明确山羊口疮病毒(ORFV)四川分离株F1L基因分子特征并预测抗原表位,本试验利用生物信息学软件分析四川分离株ORFVF1L基因,并预测其编码蛋白的二、三级结构和B细胞表位。将F1L基因克隆转化后测序,用Mega 7.0软件比对分析该基因与其他地区来源的ORFV F1L基因的变异情况,利用SOPMA服务器预测F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件预测其亲水性、表面可及性、柔韧性及抗原性,以ABCpred方案作为验证并输出B细胞表位,在SWISS-MODEL服务器预测三级结构后,进一步在建模区域再验证抗原表位,最终回归蛋白质序列比对。结果显示,四川分离株ORFVF1L基因大小为1 029bp,编码342个氨基酸,基因及其编码蛋白较其他地区来源毒株有一定变异;F1L蛋白预测分析存在9个可能B细胞表位,综合三级结构预测,其122—137肽段为最优表位;所预测的四川分离株ORFV F1L蛋白优势抗原表位较其他地区具有一定特异性,较多地区在124、131、137位氨基酸出现不同。本研究结果为四川地区ORFV基因工程疫苗及特异性检测方法的研究提供了理论依据。