大额牛起源与分化研究概述

分别从形态学水平、细胞遗传学水平、生化水平以及分子生物学水平对大额牛的起源、进化及遗传多样性进行概述,为认识大额牛的遗传多样性及制定具体的保种目标和规划提供参考。     

大额牛起源与系统地位的遗传学分析

 采用PCR直接测序法测定我国大额牛13个个体的线粒体Cyt b基因全序列,并引用其它牛种的序列资料共同构建分子系统树,以探讨大额牛的起源及其系统地位。结果表明,大额牛Cyt b基因全长1140bp,在所有样本中共发现了95个变异位点,定义为5种单倍型。从母系起源的角度来看,我国大额牛种群存在明显的分化,它可能具有十分独特的起源。综合多层次的研究结果可以初步推测,大额牛与印度野牛有着十分密切的关系,它们在较早的世代具有共同的母系起源,并且有可能是现已灭绝的某种野生牛的后代。     

利用细胞色素b基因全序列分析研究大额牛的母系起源与分类地位

对11头大额牛细胞色素b(cyt b)基因全序列1 140 bp进行分析,共发现96个变异位点,定义了6种单倍型。结合GenBank中牛属(Bos)普通牛、瘤牛、牦牛、印度野牛、林牛和爪哇牛6个近缘种的cyt b基因同源区序列进行分析,以水牛作为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树,得到基本一致的拓扑结构,结果推测大额牛可能是某种现已灭绝的野生牛的后代。同时还指出目前我国有相当比例的大额牛受到外来血统的入侵,我国的大额牛保护工作正面临非常严峻的考验。     

云南大额牛的生物学特征及其瘤胃微生物特点综述

[目的]为大额牛的进一步研究及开发提供参考。[方法]根据国内外研究现状,综述了云南大额牛的生物学特征及其瘤胃微生物特点。[结果]云南大额牛具有较为典型的肉用牛体型和较好的产肉性能,且其肌纤维直径明显小于其他牛,牛肉的系水率、嫩度和多汁性明显高于其他牛;染色体的数目、形态、结构均不同于黄牛和野牛,三者染色体数目（2n）分别为58、60和56条,且可与黄牛杂交;独特的食性体现在以竹子为主食,且对各种粗饲料的体外干物质消化率都显著高于云南黄牛;瘤胃中总可见细菌和纤维分解菌分别为4.51×109和1.63×109个/ml,显著高于云南黄牛,其瘤胃优势细菌主要为纤维分解菌。[结论]云南大额牛不仅具有极高的学术研究价值,而且有极大的开发利用价值。     

大额牛与婆罗门牛种间杂交的亲子鉴定*

 利用9个微卫星座位对一例大额牛与婆罗门牛杂交后代进行亲子鉴定,所有座位都呈孟德尔共显性遗传,计算的父权相对机会为99.994 9 %,证实此例亲子鉴定的确是一个三联体家庭成员,也证实大额牛（Bos frontalis）与婆罗门牛（Bos indicus）种间杂交的可行性。     

云南大额牛的生物学特征及其瘤胃微生物特点综述(英文)

[目的]为大额牛的进一步研究及开发提供参考。[方法]根据国内外研究现状,综述了云南大额牛的生物学特征及其瘤胃微生物特点。[结果]云南大额牛具有较为典型的肉用牛体型和较好的产肉性能,且其肌纤维直径明显小于其他牛,牛肉的系水率、嫩度和多汁性明显高于其他牛;染色体的数目、形态、结构均不同于黄牛和野牛,三者染色体数目(2n)分别为58、60和56条,且可与黄牛杂交;独特的食性体现在以竹子为主食,且对各种粗饲料的体外干物质消化率都显著高于云南黄牛;瘤胃中总可见细菌和纤维分解菌分别为4.51×109和1.63×109个/ml,显著高于云南黄牛,其瘤胃优势细菌主要为纤维分解菌。[结论]云南大额牛不仅具有极高的学术研究价值,而且有极大的开发利用价值。     

大额牛 SCD 基因多态性及肉质性状的表达

为研究大额牛 SCD 基因突变与其肉质性状的关系,利用 DNA 直接测序的方法对大额牛、黄牛的 SCD 基因进行 SNP 检测,再应用 SPSS 及 BioEdit 软件对 SCD 基因多态性及肉质性状表达的关系进行分析。结果显示：在大额牛 SCD 基因中有9个 SNP 位点,第二外显子2884 bp 处发现 A→C 突变。该基因对其粗脂肪（大额牛背最长肌0．61％,半腱肌0．48％;黄牛背最长肌3．35％,半腱肌2．72％）与粗蛋白（大额牛背最长肌19．48％,半腱肌19．24％;黄牛背最长肌17．75％,半腱肌18．59％）2种肉质性状有显著影响。     

中国5个家驴品种mtDNA Cytb基因遗传多样性及起源

对中国 5 个家驴品种 89 个个体 mtDNA Cytb 基因的全序列进行分析,共检测到 26 种单倍型 30 个多态位点,其单倍型多样度为 0.722～0.826,核苷酸多样度为 0.0042～0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富.构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起源即索马里和努比亚支系.     

利用SRY基因鉴别梅花鹿茸、新西兰鹿茸和俄罗斯驯鹿鹿茸

采用分子生物学的鉴定方法,对梅花鹿、新西兰鹿、俄罗斯驯鹿的SRY基因进行扩增,在相同条件下用特异引物扩增,这3种鹿都可以扩增出明显的条带且条带数目存在差异,并且阴性对照没有出现任何条带,证明结果真实可靠。采用这种方法可以有效扼制同源性假冒药材的泛滥,维护消费者的权益。     

利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性分析

利用PCR和生物信息技术,对22匹利川马线粒体DNA Cytb基因全序列的遗传多态性及系统进化进行了分析.结果发现,利川马的Crtb基因全序列为1140 bp,并且检测到9种单倍型和26个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的0.53%.利川马mtDNA Cytb基因单倍型多样度为0.840 0,核苷酸多样度为0.0486.表明利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性较丰富.根据mtDNA Cytb基因序列构建的NJ树,发现利川马是多起源的物种.     

家鸽mtDNA ATPase8和ATPase6基因的分子克隆及序列分析

利用特异引物,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,从家鸽(Columbalivia)肝脏组织的总DNA中扩增到目的片段,并将扩增产物克隆到pMD18-T载体中,经菌落PCR与酶切鉴定、序列测定及序列分析.结果表明:克隆得到了家鸽ATPase8-ATPase6基因842 bp及COII的部分序列共861 bp.用DNA分析软件对家鸽ATPase8和ATPase6基因与Genbank中的5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因序列进行比较分析,表明家鸽与其他5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因具有较高的同源性(88.1%~75.0%),其中与山斑鸠(Streptopelia orientalis)的同源性最高,分别为88.1%和86.5%.家鸽ATPase8和ATPase6基因核苷酸序列的组成中,(A+T)含量分别为55.95%和54.68%,与其它5种鸟类的(A+T)含量(53.5%~60.12%)和(51.9%~54.24%)相近,说明鸟类ATPase8和ATPase6基因序列组成对A+T核苷酸的偏倚程度比较低;而且家鸽该片段的基因组织结构与其他鸟类的基本一致,显示鸟类线粒体基因排列的保守性.家鸽与其他5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明家鸽与山斑鸠亲缘关系最近.     

苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列的遗传多样性

【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其DNA,采用PCR方法扩增线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b (Cyt b)基因的全序列及D-loop的671 bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtDNA Cyt b基因序列和D-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.002 70,平均核苷酸差异数为2.210;在D-loop的671 bp序列中,存在6个变异位点,共定义了6种单倍型,单倍型多样度为0.714±0.116,核苷酸多样度为0.002 53±0.002 75,平均核苷酸差异数为 1.695。基于Cyt b基因和D-loop序列进行的系统发育分析均显示,苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先。【结论】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列遗传多态性均比较丰富;苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先;家养双峰驼内部存在着一定的遗传分化。     

淮北灰驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析

为分析淮北灰驴遗传多样性与母系起源,从大群中随机选择10匹淮北灰驴,对其mtDNA D-loop区部分序列进行测序,与GenBank已公布的一些驴品种的mtDNA D-loop区序列进行比对分析,并探讨淮北灰驴的遗传多样性与母系起源。结果显示,在获得的407 bp D-loop碱基序列中,共检测出28处变异位点,8处碱基对的转换以及1处颠换,其核苷酸多样性（Pi）为0.021 95,单倍型多样性（Hd）为0.778,平均核苷酸差异（K）为8.911,显示淮北灰驴较为丰富的遗传多样性。从D-loop区核苷酸序列的5种单倍型分析,发现淮北灰驴可能有2个母系起源,遗传距离表明,淮北灰驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。研究结果从分子水平上为淮北灰驴的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

实验用封闭群金黄地鼠mtDNA D-环核苷酸组成与变异分析

对兰州、上海、北京和武汉4个封闭群共98只金黄地鼠线粒体DNA(mtDNA)D-环进行分析.结果表明:实验用封闭群金黄地鼠mtDNA D-环序列中,T、C、A、G碱基含量分别为30.9%2、5.2%、29.5%、14.4%,其中A+T为60.4%、G+C为39.6%,G+C含量明显低于A+T;发现的167个多态位点中,113个转换、52个颠换、2个位点既有转换也有颠换,分别占多态位点数的67.7%、31.1%1、.2%,没有插入/缺失同时出现的位点,表明我国实验用封闭群金黄地鼠个体间多态性丰富,群体间无明显变异.     

云南龙陵黄山羊线粒体DNA限制性酶切分析

 采用碱性变性法提取来自于龙陵县不同地区的18只黄山羊个体的线粒体DNA(mtDNA),并用ApaⅠ,AvaⅠ,BamHⅠ,BclⅠ,BglⅠ,BglⅡ,ClaⅠ,DraⅠ,EcoRⅠ,EcoRⅤ,HaeⅠ,HindⅢ,KpnⅠ,PstⅠ,PvuⅡ,SacⅠ,SalⅠ,SmaⅠ,StuⅠ和XhoⅠ等20种限制性内切酶进行酶切分析.结果发现龙陵黄山羊线粒体DNA的分子量大小约为15.8Kb;不同酶的酶切位点分别为:DraⅠ有7个酶切位点,AvaⅡ有6个酶切位点,EcoRⅤ和StuⅠ共有5个酶切位点,HindⅢ和HeaⅡ有4个酶切位点,BamHⅠ,BglⅡ,PstⅠ和PvuⅡ有3个酶切位点,ApaⅠ,ClaⅠ有2个酶切位点,其余有1个酶切位点.     

云南鹅不同地理群体线粒体DNA多态性研究

 用19种限制性内切酶对云南鹅昆明群体和德宏群体的13只个体进行了mtDNARFLP分析。结果表明:所有受试样品的mtDNA都为一种类型,没有检测到变异。     

大别山牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析

通过PCR扩增技术对46头大别山母牛mtDNA D-loop区进行测序并得到其全序列,再从GenBank上下载中外部分黄牛品种mtDNA D-loop区的全序列,运用生物学软件对大别山牛的遗传进化进行分析。结果发现,46头大别山牛mtDNA D-loop序列长度在955～1 101 bp之间,有176个变异位点,约占核苷酸总数的16.18%,其中单一信息位点120个,简约信息位点56个。共有25种单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.877,核苷酸多样性（Pi）为0.023 96,平均核苷酸差异数（k）为21.544,A、T、C和G 4种碱基含量所占比例分别为32.72%、28.46%、25.19%和13.63%,表明大别山牛有较为丰富的遗传多样性。遗传距离分析结果表明,大别山牛与吉安牛、雷州牛、鲁西牛、闽南牛、皖南牛和湘西牛的遗传距离最小,与欧洲野牛亲缘关系最远,由系统发育树可推测大别山牛属南方牛种,属普通牛和瘤牛的混合母系起源。     

长江和闽江长体鳜遗传多样性的 细胞色素b全序列分析

对长江水系中江西都昌和闽江水系中福建建瓯2 个群体23 尾长体鳜细胞色素b 全基因的1 141 bp 序 列进行分析,发现15 个变异位点,其中简约信息位点7 个,共有13 个单倍型,总体单倍型多样度（Hd）和核苷酸多态 度（Pi）分别为0.933（依0.030）和0.00241（依0.030）,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点。中性检验结果显 示Fu爷s Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明长体鳜在历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代 约为6 万年前,为更新世晚期。在邻接树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,群体间的Fst 和Nm 值 分别为0.06667 和3.5。AMOVA 分析表明,长体鳜群体内遗传差异（95.17%）大于群体间（4.83%）遗传差异,遗传变异 主要是集中在群体内部,表明都昌和建瓯的长体鳜群体间没有出现明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。     

中国沙皮犬mtDNA D-loop第一高变区多态性分析

对中国沙皮犬广东原产地种质群mtDNA的D-loop第一高变区扩增片段569bp进行了遗传多样性和分子进化分析.单倍型、NJ树和ML树等分析结果表明,85个中国沙皮犬个体享有21种单倍型,单倍型的多样度为0.936,发现中国的家犬品种(即中国沙皮犬)拥有E枝系中的单倍型,揭示了沙皮犬母系遗传背景的多态性和复杂性,从分子水平上证明了中国沙皮犬是一个古老的犬种.     

玉米SC704线粒体DNA与不育关系的研究

本研究通过对玉米SC704不育系及保持系的线粒体DNA限制性核酸内切酶(EcoRI.BamHI.HindⅢ)消化分析,确证了玉米SC704的不育胞质为C型不育型。酶消化分析表明,其不育系和保持系线粒体DNA在结构上存有变展。作者认为:在不育系的选育过程中多代核置换产生的雄性不育,由于新核育性等位基因的缺失,破坏了原来的核质平衡,引起线粒体DNA的重排,并产生不同的变异类型,这种变异可能破坏了细胞核及线粒体之间的固有平衡,从而导致细胞质雄性不育性的形成。