活性污泥驯化过程中芘降解菌的群落多样性分析

将采自炼油厂污水处理生化反应池的活性污泥以芘为唯一碳源进行富集培养与驯化,通过对6个不同时期混合菌群总DNA的提取,采用降落式PCR和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对细菌16S rDNA 基因V3区进行扩增和产物分离,对活性污泥驯化过程中芘降解菌的群落多样性进行了研究.结果表明,在驯化过程中,芘降解菌的群落结构和种群数量存在明显的演替过程,芘浓度的大小是影响芘降解菌的群落结构和种群数量的重要因素.     

生长育肥猪胃肠道正常厌氧菌群的数量和分区

采用厌氧微生物学方法,对2头育肥猪的胃、小肠、盲肠、结肠和直肠的固相、液相和粘膜中的总厌氧菌、淀粉分解菌,纤维分解菌和蛋白分解菌的数量分布和比例进行了研究,结果表明,上述总厌摒力和3种功能菌群的数量在胃和小肠区段固相内容物中占绝对优势,而在盲肠、结肠和直肠内容物中以液相菌群占绝对优势,在胃和小肠区段,固相,液相内容物中3种功能菌群的数量间无明显差异,但在盲肠、结肠和直肠段,固相、液相内容物中淀粉分解菌和蛋白分解菌为优势菌群,在各区段胃肠道粘膜中,胃和小肠的3种菌群的数量相对较低,盲肠粘膜中主要菌群数量分布为蛋白分解菌＞淀粉分解菌＞纤维分解菌（P＜0．01）;而结肠和直肠粘膜中以淀粉分解菌占绝对优势。     

锦鲤肠道不同部位菌群组成结构及多样性分析

【目的】研究锦鲤（Cyprinus carpio var.koi）肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）,推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属（Delft）、弓形菌属（Toxoplasma）。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。     

牡丹根腐病病株和健株根内微生物菌群的差异

为有效防控牡丹根腐病,采用Illumina MiSeq测序技术对牡丹健康及患病植株根部样本中细菌16S rRNA基因V5—V7可变区、真菌ITS基因进行高通量测序分析,以明确牡丹根腐病发病植株和健株根部组织中细菌、真菌菌群结构差异,解析牡丹根腐病的发生机制。结果表明,与健株相比,患病植株中细菌和真菌群落丰富度均降低;真菌种群多样性显著降低,但细菌种群多样性差异不大。细菌优势菌的相对丰度在门、属水平上发生了变化,与健株相比,患病植株中变形菌门（Proteobacteria）相对丰度明显增加,增加了34.03个百分点,厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度明显降低,降低了65.00个百分点;在属水平上,链霉菌属（Streptomyces）和固醇杆菌属（Steroidobacter）细菌相对丰度增加,分别增加了3.56、0.38个百分点,而假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）细菌相对丰度明显降低,其降低幅度为13.42个百分点。真菌优势菌的相对丰度在在门、属水平上也发生了显著变化,与健株相比,患病植株中担子菌门（Basidiomycota）相对丰度明显增加,增加了9.21个百分点,...     

不同时期刺参养殖池塘海水菌群结构分析

对辽宁省大连市瓦房店刺参养殖池塘海水菌群结构组成和变化情况进行分析,采集不同时期刺参养殖池塘海水,扩增细菌16S rDNA基因V3可变区序列,进行变性梯度凝胶电泳（DGGE）,分析指纹图谱,并对主要条带进行切胶、回收和测序。结果表明,不同时期海水各样品的多样性指数在1.994 5~2.230 5之间,均匀度差异不大,样品的丰富度在42~48之间。不同时期海水中3月和9月的菌群结构最为相近（80%）,6月与其他各时期聚类距离最大。对39个主要条带的测序结果表明,12个条带与未培养细菌相近,1个条带与放线菌纲（Actinobacteridae）的菌株相似,另外26个条带相似菌株分别归类为黄杆菌纲（Flavobacteria）、α-变形菌纲（Alpha proteobacteria）、γ-变形菌纲（Gamma proteobacteria）。黄杆菌纲、α-变形菌纲和γ-变形菌纲在各时期海水中均有出现,其中黄杆菌纲优势度最高,占23.8%~50.0%。不同时期养殖池塘海水菌群的结构相对稳定,但具体菌种存在差异。     

不同产地米槁根际菌群多样性及其影响因素

以贵州省黔西南、黔南州3个产地（BP、LD、XL）的米槁根际土壤为研究对象，采用纯培养手段对米槁根际真菌进行纯化培养，探讨米槁根际土壤可培养真菌多样性和分离潜力，为后期促生真菌的筛选和功能验证提供基础依据。结果表明，从不同产地米槁根际土壤中共分离到真菌367株，鉴定为3门5纲17目38科57属。木霉属Trichoderma是3产地共有的优势属，占总菌株的20.98%。BP、LD和XL的共有属有9种且木霉属是BP（22.6%）和LD（27.3%）的绝对优势属，XL的绝对优势属为青霉菌属（16.7%）。在属水平上，BP的菌群多样性和丰富度最高，LD的菌群多样性最低，但其均匀度最高。不同产地米槁根际菌群的组成不同，其中除BP与XL之间中等不相似，其余产地间极不相似。菌群多样性与土壤化学性质及酶活性存在显著相关性，全氮、速效氮、有效钾和蔗糖酶活性是影响米槁根际菌群多样性的关键因子。     

南海常见7种石斑鱼的DNA条码构建与亲缘关系分析

利用特异性聚合酶链式反应（PCR）技术扩增获取了南海海域常见的7种石斑鱼———鲑点石斑鱼（Epinephelus fario）、青石斑鱼（E.awoara）、黑边石斑鱼（E.fasciatus）、赤点石斑鱼（E.akaara）、七带石斑鱼（E.septemfasciatus）、斜带石斑鱼（E.coioides）、棕点石斑鱼（E.fuscoguttatus）———线粒体DNA COI基因及核DNA的RAG1基因部分序列。测定序列的比较分析结果显示：①该研究获取的COI基因部分序列能将7个物种分别开来,可以作为DNA条码;②线粒体DNA COI基因及核DNA的RAG1基因部分序列分别构建的系统发生树较为一致,结果都支持7种石斑鱼分为3支：青石斑鱼和斜带石斑鱼为第1支;鲑点石斑鱼、黑边石斑鱼、赤点石斑鱼和棕点石斑鱼为第2支;七带石斑鱼为第3支。研究表明,COI基因部分序列不但可以作为物种辨识的良好DNA条码,而且在石斑鱼属内的种间系统发生关系分析方面也具有一定的适用性。     

基于PCR-DGGE技术的冷藏牡蛎鳃部菌群分析

应用PCR-DGGE技术研究4℃冷藏期间牡蛎鳃部菌群的动态变化及腐败菌群.直接从牡蛎鳃部中提取细菌总DNA,对细菌的16S rDNA的V3区进行PCR扩增,扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分析DGGE微生物指纹图谱.DGGE指纹图谱结果表明,新鲜牡蛎鳃部菌群复杂,随冷藏期的变化菌条带变化明显;整个冷藏期间Lactococcus raffinolactis和Enterobacter sp.为牡蛎鳃部的优势菌,牡蛎冷藏后期腐败的主要菌群为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、气单胞菌属(Aeromonas spp.)、乳球菌属(Lactococcus spp.)、肠杆菌属(Enterobacter spp.)、Weissella confusa和Lactobacillus sakei.     

广西柑橘黄龙病植株韧皮部内生细菌多样性分析

【目的】对柑橘健康植株和感染黄龙病植株的韧皮部内生细菌的多样性进行比较分析,为研究柑橘植株韧皮部内生细菌与黄龙病菌之间的相互关系奠定基础。【方法】采用常规分离培养与分子鉴定的方法和基于16S rDNA基因的限制性酶切长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析的方法。【结果】用常规分离与分子鉴定方法获得10个属细菌类群,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)为无症健株的优势菌群;微杆菌属(Microbacterium sp.)、芽孢杆菌属、假单胞菌属和考克氏菌属.为黄龙病罹病植株的优势菌群。PCR-RFLP方法得到29种酶切图谱,共鉴定出10属可培养细菌以及11种不可培养细菌。健株与病株中Dyella sp.、Pseudomonas sp.、Serratia sp.和未培养细菌所占比例均大于5%。柑橘健株与病株中细菌的种群密度和菌群种类存在明显差异。【结论】研究结果表明柑橘健株和病株韧皮部组织中的内生细菌优势菌群存在明显差异,而伴生细菌的优势菌群与黄龙病菌的相互关系正在深入分析研究。     

赤眼鳟肠道菌群结构及其潜在功能研究

为确定赤眼鳟肠道菌群结构和潜在功能，本实验采用16S rRNA测序技术分析健康的赤眼鳟肠道微生物群落结构和潜在功能。结果表明，赤眼鳟肠道菌群在门、属、种水平上的优势菌分别是放线菌门（Actinobacteri）、厚壁菌门（Firmicutes）等，绿丝菌属（Chloronema）、醋酸杆菌属（Cetobacterium）等和索氏鲸杆菌（Somerae）、邻单胞菌（Shigelloides）等；KEGG通路L1、L2、L3水平最富集的分别是新陈代谢（73.09%）、碳水化合物代谢（11.26%）和萜类和类固醇的生物合成（1.99%）。赤眼鳟肠道菌群与其他鱼类有共性也有个性，为赤眼鳟的健康养殖提供参考。     

美国松材线虫体表携带优势细菌的鉴定及致病性

为证实松材线虫Bursaphelenchus xylophilus虫株携带弱毒细菌替代强毒株系防治松树萎蔫病这一思路的可行性,从2个美国松材线虫虫株体表分离并确定了优势细菌,测定了各优势细菌的毒性和致病性．并对这些菌株进行了初步鉴定。细菌分离结果显示：MG4,MG5,MG8和MG9等4菌株为美国线虫体表的优势菌株。毒力测试表明．与中国松材线虫携带的强致病菌相比,美国松材线虫携带的4个菌株的产毒能力和致病性均较低．可以作为生防细菌的候选菌株使用。经细菌的常规染色、形态学观察及16SrDNA序列分析,MG4,MG5,MG8和MG9菌株分别被鉴定为代夫特茵Deftia tsuruhatensis,恶臭假单胞茵Pseudoinonas putida,嗜麦芽窄食单胞茵Stenotrophomonas maltophilia和泛菌属1种Pantoea sp．。图2表3参20     

黄瓜连作对土壤微生物区系影响Ⅱ——基于DGGE方法对微生物种群的变化分析

 【目的】研究黄瓜连作土壤微生物群落演替规律。【方法】采用PCR-DGGE技术分析不同种植茬次黄瓜根区土壤微生物群落的动态变化。【结果】黄瓜连作引起土壤中细菌种群发生较大变化，其中Bacteriovorax sp.（序列同源性为93%）、Pseudomonas sp.(序列同源性达97%)和另两种未培养（Uncultured）细菌种群数量减少，而Sphingomonas sp.（序列同源性达100%）和另一未培养细菌种群数量增加。连作对土壤真核微生物影响较小，但其在根际的数量变化幅度较非根际明显。【结论】黄瓜根际细菌数量与其生长发育关系密切，而非根际细菌数量随黄瓜生长发育变化不大。黄瓜连作导致根际微生物数量显著变化可能与根分泌物在根部累积有关。     

复合菌群FWD1的木质纤维素降解特性及其微生物多样性研究

通过限制性培养条件和连续继代培养,筛选获得了一组高效稳定分解小麦秸秆的复合菌群FWD1。该菌群在10 d内对小麦秸秆的分解率达到76.92%,发酵液中主要成分为乙酸、丙酸、丁酸和乙醇。利用第二代高通量测序技术对复合菌群和菌种来源土壤样品的细菌组成进行分析,结果表明FWD1中主要含有变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门,在种分类水平上,Clostridium sp. BNL1100,uncultured Alcaligenes sp.,uncultured Alcaligenaceae bacterium和Brevundimonas diminuta为优势菌株。通过连续继代培养富集了变形菌门和厚壁菌门,更细化分类水平上富集了以Clostridium sp. BNL1100为主的纤维素降解菌。菌群通过菌种之间的协同作用,共同维持了体系的稳定。研究结果为明确菌群降解机理和提高木质纤维素降解效率提供了基础。     

Diversity shifts of rumen bacteria induced by dietary forages in dairy cows and quantification of the changed bacteria using a new primer design strategy

The partial 16 S r RNA gene sequences(100 to 500 bp) were widely used to reveal rumen bacterial composition influenced by diets, while quantification of the changed uncultured bacteria was inconvenient due to difficult designing of specific primers based on short sequences. This study evaluated the effect of forage resources on rumen bacterial diversity and developed new strategy for primer design based on short sequences to quantify the changed uncultured bacteria. Denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE) analysis and subsequent band sequencing were used to reveal the distinct rumen bacteria composition in cows fed with two forage sources(single corn stover vs. mixed forages including alfalfa hay and corn silage). The bacterial diversity in the rumen of dairy cows fed with corn stover was lower than that with mixed forages(P0.05). The bacterium named R-UB affiliating to uncultured Succinivibrionaceae was identified, and it was abundant in the rumen of cows fed with mixed forages compared to corn stover. The full length 16 S r RNA gene sequences with identity of 97% to the R-UB 16 S r RNA gene sequence were obtained from Gen Bank and used to design specific primers to quantify uncultured bacterium R-UB. All sequences of amplicon from the new primers were of 100% identity to R-UB sequences indicating the high specificity of new primers. Quantitative PCR confirmed that abundance of R-UB in the rumen of cows fed with corn stover was lower than those fed with mixed forages(P0.01). New strategy for designing primers based on partial 16 S r RNA genes to quantify targeted uncultured bacteria was successfully developed. The rumen bacteria descending significantly in the cows fed corn stover compared to those fed mixed forages was identified as uncultured R-UB from Succinivibrionaceae.     

PCR-DGGE技术分析合生素对肉仔鸡盲肠菌群结构的影响

试验研究合生素对肉仔鸡盲肠微生物区系的影响。选择1日龄肉仔鸡450只,随机分成5个处理,分别饲喂基础日粮、基础日粮+抗生素、基础日粮+益生素、基础日粮+益生元、基础日粮+合生素,每个处理3个重复,每个重复30只鸡。在21,42日龄每个重复选择2只鸡,无菌采集盲肠内容物,提取细菌基因组总DNA,PCR扩增16s rDNA V3区,扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)后分析细菌群落结构的变化。结果表明,在214,2日龄,日粮添加合生素处理组试验鸡盲肠DGGE条带数均高于其他处理组,合生素组试验鸡盲肠内容物菌群多样性高于其他试验组。序列分析发现肉仔鸡盲肠中特异条带主要来源于不可培养的拟杆菌属、普雷沃氏菌属、梭菌目细菌和其他大量种属关系未知的细菌。     

人工养殖对虾肠道内可培养细菌数量及组成分析

为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表明这些优势菌分别属于乳球菌属(Lactococcus sp.)、弧菌属(Vibrio sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、发光杆菌属(Photobacterium sp.)、希瓦氏菌属(Shewanella sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、微小杆菌属(Microbacterium sp.)。凡纳滨对虾和中国明对虾均有样品检测为WSSV阳性,6批次WSSV阳性对虾样品中均检测到弧菌属细菌,占可培养细菌比例为33%~93.58%。2批次WSSV阳性对虾样品中检测到希瓦氏菌属细菌,占可培养细菌比例为21.67%~34.21%。4批次WSSV阳性对虾样品中检测到发光杆菌属细菌,占可培养细菌比例为21.03%~66.83%。     

强还原土壤灭菌处理对人参连作土壤细菌群落结构及土壤酶活的影响

强还原土壤灭菌（reductive soil disinfestation,RSD）和土壤熏蒸（soil fumigation,SF）是缓解人参连作障碍的常用方法。为研究2种方法对土壤细菌群落和土壤酶活性的影响,采用高通量测序技术和化学分析方法对强还原土壤灭菌加氯化苦熏蒸（RSD+SF）、强还原土壤灭菌加复合菌（RSD+F）、氯化苦熏蒸加复合菌（SF+F）3种方式改良的土壤细菌群落和土壤酶活性进行分析。结果表明,RSD+F组细菌群落多样性与丰富度均最高,SF+F组均最低,3组拥有相同细菌菌属431个。RSD+SF组中,丰富度最高的细菌为Gemmatimonas,其丰富度为9.17%;RSD+F组中丰富度最高的细菌为norank_f_noranko_Gaiellales,其丰富度为8.72%;RSD+F组中丰富度最高的细菌为Bacillus,其丰富度为9.16%;Bacillus为3种方式改良土壤前10种优势菌群中共有的优势菌群。土壤酶活性与土壤细菌群落结构存在显著性关系,随着生长时间的增加,不同方式改良后的连作人参土壤酶活性均具有显著性差异（P<0.05）。由此可知,3种土壤改良方式均能在不同程度地增加有益细菌属的丰富度并提高土壤酶活性,其中RSD+SF组和RSD+F组的有益细菌属数量及土壤酶活性均高于SF+F组。     

松树上几种线虫携带细菌的种类与毒性

从不同地区不同松树上采集分离不同种类的线虫,对线虫携带的细菌进行分离鉴定,并用黑松无菌苗及愈伤组织测定细菌的毒性.细菌分离结果表明:松材线虫携带的优势菌为荧光假单胞菌,与其他线虫携带的细菌种类不同.毒性测定结果显示:松材线虫携带的优势菌株毒性最强,拟松材线虫及滑刃属线虫携带的细菌具有一定程度的毒性,小杆线虫携带的细菌没有任何毒性.结果进一步证明了松材线虫携带的细菌在其致病过程中发挥着重要作用.