广东粤北地区禾花鱼的形态特征及遗传学分析

本研究从粤北地区具有代表性的养殖基地随机取禾花鱼67尾,对其形态进行拍照测量和统计分析,依据形态比例数据可将目前养殖的禾花鱼分为偏向修长型和偏向团圆型两类,与目前已有报道的6种鲤鱼(Cyprinus carpio)的形态学数据进行主成分分析。结果显示,在以总体体型为特征的第1主成分中,长体型禾花鱼与兴国红鲤(C. carpio var. Xingguonensis)、镜鲤(C. carpio var. specularis)和建鲤(C. carpio var. Jian)聚在一起,而与和瓯江彩鲤(C. carpio var. color)、荷包红鲤(C.carpio var. wuyuannensis)聚在一起的团圆体型禾花鱼区分开;在以头部形态为特征的第2主成分中,长体型禾花鱼与团圆体型禾花鱼聚在一起,而与镜鲤和欧江彩鲤区分开。形态学聚类分析结果显示,长体型禾花鱼与兴国红鲤、镜鲤、黄河鲤和建鲤聚合为一支,荷包红鲤与瓯江彩鲤聚为另一支,而团圆体型的禾花鱼介于两支之间。COⅡ基因测序及聚类分析结果表明,禾花鱼为鲤属鲤种的一个群体,2种体型禾花鱼的COⅡ多态位点比例仅为0.33%。以上研究结果可为禾花鱼的下一步选育提供参考资料。     

福瑞鲤苗种繁育及无公害养殖技术(一)

福瑞鲤(Cyprinus carpio),属鲤形目(Cyprini-formes)、鲤科(Cyprinidae)、鲤亚科(Cyprinae)、鲤属(Cyprinus)、鲤种(Cyprinus carpio),英文名为FFRC strain common carp。它的原始亲本为选育的建鲤(Cyprinus carpio var.jian)和野生黄河鲤(Cyprinus.carpio haematopterus Temminck etSchlegel)。福瑞鲤体梭形,背较高,体较宽,头较小;口亚下位,呈马蹄形,上颌包着下颌,吻圆钝,     

鲤在阿维菌素胁迫下肝胰腺组织的转录组分析

为了探究阿维菌素胁迫对鲤机体的响应机制,在水温(22±2.0)℃,将体质量(150±30)g的鲤(Cyprinus carpio)分别暴露在阿维菌素浓度0μg·L^-1(对照组)、1.5μg·L^-1和3.0μg·L^-1下5 d,采用转录组学测序分析方法,探究阿维菌素胁迫对鲤肝胰腺转录组学的影响,解析其对鲤的分子毒理机制。通过对所得基因的功能注释发现,被注释的差异基因主要与结合、催化和代谢等功能有关。KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因在药物代谢-细胞色素P450、药物代谢-其他酶、淀粉和蔗糖代谢等通路中显著富集,涉及药物代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、脂质代谢以及辅助因子和维生素的代谢等多个代谢过程。这些功能基因和预测通路为理解阿维菌素胁迫鲤体内解毒和免疫系统奠定了基础。本研究获得的转录组数据可为深入研究鱼类应对杀虫剂污染物的分子机制提供丰富的基因资源。     

基于转录组学探究除虫脲暴露对鲤肝脏基因表达的影响

除虫脲(diflubenzuron, DFB)是一种常用的杀虫剂,其代谢物残留会威胁水生动物及人体健康。为探究水产动物响应DFB胁迫的分子机制,本研究以鲤(Cyprinus carpio)为对象,选定0.1 mg/L和1.0 mg/L的药浴浓度对鲤进行15 d暴露实验。采用RNA-Seq技术对肝脏开展转录组测序,以Padj<0.05和|log2Fold Change|≥1为标准筛选差异表达基因(DEGs)进行GO功能注释和KEGG富集分析等生物信息学分析。结果显示,0.1 mg/L暴露浓度下有2 406个DEGs发生显著变化,1.0 mg/L暴露浓度下有2 688个DEGs发生显著变化,2组共表达的DEGs有821个。GO分析结果显示,DFB暴露组DEGs富集在生物过程、细胞组成和分子功能上。KEGG富集分析显示,低浓度DFB暴露组DEGs显著富集到异生物质的生物降解和代谢、脂质代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、信号分子与相互作用、内分泌系统、免疫系统等代谢通路;高浓度DFB暴露组DEGs除了富集到上述代谢通路外,还显著富集到折叠、分类和降解、运输和分解代谢等代谢通路。结果表明,DFB暴露对鲤造成异生物质的生物降解和代谢、脂质代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢紊乱,并产生内质网应激、炎症反应和免疫毒性。本研究从转录层面上解析了DFB暴露对鲤毒性作用的分子机制,为DFB在水产领域的限量标准制定和环境安全评价提供基础数据。     

彭泽鲫♀×兴国红鲤♂杂交四倍体子代倍性鉴定及染色体核型分析

为了解彭泽鲫(Carassius auratus var.pengsenensis)♀×兴国红鲤(Cyprinus carpio var.singuonensis)♂杂交四倍体子代的细胞遗传特性,本研究以彭泽鲫♀×兴国红鲤♂杂交四倍体子代为研究对象,以彭泽鲫雌核发育子代为内参,采用流式细胞仪测量其DNA相对含量,并对彭...     

鲤野生和养殖群体遗传多样性分析中的微卫星(SSLP)分析

采用7个微卫星标记,研究了鲤(Cyprinus carpio)、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio var.wananensis)三个群体的遗传变异。结果显示,鲤野生群体、高寒鲤、荷包红鲤抗寒品系的平均杂合度分别为0.276、0.147、0.0952,平均无偏倚杂合度期望值为0.431、0.355、0.305。鲤野生群体的杂合度明显高于其他两个养殖品种,说明其较其他两个养殖品种的遗传多样性丰富。     

TLR9基因SNP位点检测及其在7种鲤中的遗传多样性研究

采用直接测序法对7种鲤(Cyprinus carpio):德国镜鲤(C.carpio L.mirror)、松荷鲤(C.carpio L)、松浦鲤(C.carpio var.Songpu)、易捕鲤(C.carpio var.Yibu)、大头鲤(C.pellegrini T.)、松浦镜鲤(C.carpio var.Songpu mirror)和野鲤(C.carpio haematoperus)TLR9基因的SNP位点的多态性和遗传多样性进行了研究。结果显示,在292个个体中共检测出37个碱基变异位点,均位于基因外显子区域,占整个片段长度的0.84%,其中20个SNP位点为非同义突变。野鲤的碱基突变位点最多,松浦镜鲤的碱基突变位点最少(P<0.05),其他各品种间无显著性差异(P>0.05);野鲤的非同义突变位点最多,松浦镜鲤的非同义突变位点最少(P<0.05),其他各品种间无显著性差异(P>0.05)。稀有等位基因频率大于0.05时,经Hardy-Weinberg卡方检验结果显示各品种中除了德国镜鲤和松浦镜鲤外,大多数位点都处于平衡状态(P>0.05);各品种的PIC值处于中低度多态水平(PIC<0.5)。卡方检验分析结果显示,各品种间共有24个位点的基因型频率存在显著性差异(P<0.05),其中11个位点为非同义突变位点,这可能是影响TLR9基因免疫应答功能的原因。     

显微介导中国对虾基因鲤肌肉蛋白差异表达分析

本文通过显微注射方法，将中国明对虾（Fenneropenaeus chinensis）总DNA直接导入鲤（Cyprinus carpio L.）受精卵内，获得显微介导中国对虾基因鲤。为了研究显微介导中国对虾基因鲤蛋白质的表达变化，利用i TRAQ技术定量蛋白质测序分析了未进行显微介导和显微介导中国明对虾基因的2种鲤的肌肉组织，寻找与氨基酸和脂肪酸相关的差异表达蛋白，并分析了差异表达蛋白GO功能注释和KEGG代谢通路。结果共鉴定蛋白质999个，表达差异蛋白92个，其中上调蛋白58个，下调蛋白34个。差异蛋白Pathway富集分析表明，显著富集于脂肪酸和氨基酸等代谢通路上的差异蛋白有13个，其中在精氨酸和脯氨酸代谢通路中发现的上调7.51倍的肌酸激酶（creatine kinase）有促进鱼类肌肉发育的作用；而在脂肪酸代谢通路中发现的下调0.59倍的线粒体三功能蛋白（mitochondrial trifunctional protein），有提高鱼体内多种饱和与不饱和脂肪酸含量的作用。同时对筛选到的两个蛋白进行实时荧光定量PCR验证，证实了蛋白质组的分析结果。     

蓝色鳞（Cyprinus carpio blue vat）的细胞遗传学分析

采用体内注射PHA和秋水仙素,肾细胞短期培养,常规空气干燥法制备蓝色鳞鲤染色体,对100个中期分裂相记数统计,确定蓝色鳞鲤（Cyprinus carpio blue var）的染色体数为2n=100。测得核型参数按Levan等的染色体划分标准得出：蓝色鳞鲤有15对中部着丝点染色体（m）;13对亚中部着丝点染色体（sin...     

青海湖裸鲤盐碱耐受过程中的渗透、免疫、代谢相关基因筛选和分析

为探究青海湖裸鲤在盐碱耐受过程中的基因表达变化，对青海湖河口水域以及入湖淡水河——泉吉河中的青海湖裸鲤的鳃、肾脏组织进行转录组测序，筛选青海湖裸鲤耐盐碱过程中发挥作用的免疫、代谢、渗透相关基因。结果显示，使用Trinity对所有样本质控数据(clean data)进行从头组装后共得到541 429个非冗余的序列(unigene),N50平均长度达612 bp。经差异表达分析发现，共有832个基因在2个区域中的青海湖裸鲤鳃、肾脏中共表达。经GO功能注释分析，注释到结合(binding)、细胞过程(cellular process)、代谢过程(metabolic process)、单一生物过程(single-organism process)的DEGs占比较多。KEGG通路分析结果表明，与免疫、代谢、渗透相关的通路得到了富集。根据差异表达基因的GO注释和KEGG信号通路富集分析，实验初步筛选到了青海湖裸鲤渗透相关基因，主要包括钠/钾转运ATP酶(sodium/potassium-transporting, ATPase)、钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶(calcium/calmodulin-d...     

建鲤新品系的选育

设计并采用家系选育、系间杂交和雌核发育技术相结合的综合育种技术培育成功的鱼类新品种建鲤,具有生长快、体型好、青灰色、肉质肉味好、饲料转化率高、适应性抗逆能力强等优点。为进一步提高建鲤的生长速度、遗传稳定性和抗逆能力,选用超大的亲本群体和选择强度、快速世代更新及低温繁育筛选等方法,对建鲤进行了3代选育和生产验证,而育成的建鲤新品系,较选育前的建鲤群体增重快13.6%～15.1%,日增重快13.7%～15.48%;青灰色、长体型等表型性状的一致性由选育前的96.2%和95%左右,提高到近乎100%。新品系体型增长,体色一致,群体整体性、美观性有明显提高,体长/体高比值平均增加0.37,增长13.8%,标准差减少11.4%,扩大了推广,进一步验证了建鲤的适应性和抗逆能力。表3参30     

建鲤和黑龙江野鲤自交以及正反交子代生长比较

以建鲤和黑龙江野鲤为亲本,建立黑龙江野鲤自交群体(HH)、建鲤自交群体(JJ)、黑龙江野鲤♀×建鲤♂群体(HJ)以及建鲤♀×黑龙江野鲤♂群体(JH)。于养殖198 d和588 d时测量体重、体长、体高和体厚4个生长参数。对生长性状、增重率、肥满度以及生长指数进行方差分析和LSD多重比较。结果表明,不同交配组合在这些指标上均有极显著差异(P0.01)。养殖198 d和588 d时,4个群体体重和体长大小顺序均为JHHHHJJJ。4个群体的绝对增重率和特定增重率均随养殖时间而减小。4个群体中,HJ在不同养殖时间内,特定增重率均为最大,JJ群体均为最小;而JH在不同养殖时间内,绝对增重率均为最大,198 d时JJ群体最小,588 d时HH群体最小,说明杂种群体生长性能优于自交群体。在不同的养殖时间内,JJ群体的肥满度均大于其他群体,随养殖时间增加,HH、JJ及HJ群体肥满度不断增大,而JH群体恰恰相反。4个群体的生长指数随养殖时间而增大,并均以JH群体生长指数最大。杂种优势分析表明,HJ群体体型介于黑龙江野鲤和建鲤中间,并随着养殖时间的增加,体型逐渐接近黑龙江野鲤。JH群体在养殖第588天时体高和体厚超黑龙江野鲤杂种优势出现了负值,其余数值均为正值,表现出显著的杂种优势。不同养殖时间,4个群体588 d与198 d体重间的相关系数均达到极显著水平(P0.01),JH群体558 d体长和198 d体长、558 d体高和198 d体高;HH群体558 d体厚和198 d体厚间的相关系数也达到了极显著水平(P0.01)。     

湖栖鳍虾虎鱼皮肤和眼睛转录组比较

为了对湖栖鳍虾虎鱼的皮肤和眼睛进行转录组比较分析,实验通过测序原始数据,经denovo拼接、组装共获得103686个单基因(unigene), N50和平均长度分别为1 456和2 490 bp。在Nr、Nt、KO、SwissProt、PFAM、GO及KOG数据库中对上述unigenes进行注释,分别有57 380、 37 343、 31 700、 51 277、 47 020、 47 555和25 604个unigenes获得注释。对差异基因进行KEGG富集发现,在黑色素生成途径中,tyr、tyrp1和tyrp2等基因在皮肤中明显下调。基因表达差异分析显示,在湖栖鳍虾虎鱼皮肤和眼睛中共有8 113个差异表达基因(DEGs),其中3 174个DEGs在皮肤中上调,4 939个DEGs在眼睛中上调。通过实时荧光定量PCR(qPCR)对10个DEGs的验证,确定了RNA-Seq分析正确。本研究丰富了湖栖鳍虾虎鱼的体色研究,为湖栖鳍虾虎鱼遗传资源的利用提供了数据,也为进一步研究鱼类绚丽的体色形成机制提供了参考。     

广西野生鲤与建鲤的遗传多样性分析

利用10个微卫星标记,对2代群体选育的建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)和封闭水体的广西野生鲤鱼进行遗传多样性分析,共检测到53个等位基因,等位基因位点数在4~7个之间,平均等位基因数5.3个,片段长度在118~284 bp之间,有效等位基因在1.167 5~1.520 3,平均为1.360 2,广西野生鲤群体的有效等位基因数1.562,大于建鲤的1.388;位点观测杂合度在0.397~0.762之间,平均为0.562 6,期望杂合度0.301~0.629之间,平均0.463 3,广西野生鲤群体的期望杂合度0.581,大于建鲤的0.473;微卫星位点多态性信息含量(PIC)在0.289 7~0.685 0之间,平均多态信息含量0.438 8,为中度多态性,广西野生鲤群体多态信息含量0.685,大于建鲤的0.424,两个群体平均基因分化系数为0.106 9,广西本地野生鲤与建鲤的遗传距离为0.1463,相似性系数为0.828 4,表明广西野生鲤与建鲤之间存在明显的遗传异质性。     

黑龙江野鲤和建鲤正反交与自交子代血液学指标的比较

从2008年8月25日至10月8日对黑龙江野鲤自交子代、建鲤自交子代、黑龙江野鲤♀×建鲤♂子代和黑龙江野鲤♂×建鲤♀子代4个群体进行了为期45 d的网箱养殖。而后,对两杂交群体和两自交群体血液学指标进行了测量比较,分析由于杂交而造成的血液学指标的变化并探讨其生物学意义。结果显示,黑龙江野鲤♀×建鲤♂子代与黑龙江野鲤自交子代相比在血糖和血红蛋白2个指标上分别存在极显著和显著差异(P＜0.01或P＜0.05);与建鲤自交子代相比在总蛋白和平均红细胞血红蛋白浓度2个指标上分别存在极显著和显著差异(P＜0.01或P＜0.05)。黑龙江野鲤♂×建鲤♀子代与黑龙江野鲤自交子代相比在总蛋白、谷丙转氨酶、总胆固醇和血红蛋白4个指标上分别存在极显著和显著差异(P＜0.01或P＜0.05）;与建鲤自交子代相比在谷丙转氨酶、血糖、甘油三脂和谷草转氨酶∶谷丙转氨酶4个指标存在极显著差异(P＜0.01)。血液学指标的差异反映出,两杂交群体和两自交群体相比,在代谢水平、免疫能力、肝脏功能、性腺发育和氧的运输能力上均发生了不同程度的变化,而这些变化可能是由于亲本不同造成子代遗传结构的不同而引起。     

3个鲤群体的微卫星标记与生长性状相关性分析

利用筛选出鲤（Cyprinus carpio）的15对多态性较高的微卫星引物,分析其与黄河鲤（C．carpio haematopterus Temminck et Schlegel）、建鲤（C．carpio var．jian）和黑龙江野鲤（C．carpio haematopterus）群体中90个个体的体质量、体长、体厚和体高性状的相关性．利用SAS的一般线性模制（GLM）对15个微卫星标记与3个鲤群体的生长性状进行显著性检验。结果表明,Mfw5与黄河鲤的体高相关（P〈0．05）;Hlj013、Cca09和Mfw7均与建鲤的体质量、体长和体高相关（P〈0．05）;Mfw2与建鲤的体质量和体厚相关（P〈0．05）;Mfw29与建鲤的体质量相关（P〈0．05）;Mfw6与黑龙江野鲤的体质量、体长、体厚和体高均相关（P〈0．05）;Mfw4与黑龙江野鲤的体质量、体长和体高相关（P〈0．05）;Mfw11与黑龙江野鲤的体厚和体高相关（P〈0．05）。对同一性状不同基因型间进行多重比较,找到3个群体中与生长性状相关的基因型。     

建鲤仔鱼的形态特征及肠道指数分析

对建鲤鱼(Cyprinus carpiovar.ian)形态特征参数及肠道指数进行了测量分析。结果表明:建鲤体重、体长、头长、尾鳍长、肠道重、肠道长之间呈正相关关系,其中体重与肠道重、体重与体长相关性较强;建鲤的比肠重、比肠长分别为0.020±0.005和1.633±0.349,表明建鲤是一种杂食性鱼类。     

中国红鲤四群体线粒体DNA遗传多样性、起源及分化

用13种限制性内切酶对兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤及瓯江彩鲤4种红鲤的线粒体DNA(mtDNA)进行RFLP分析。共产生17种限制性态型,其中5种酶为限制性片段长度多态性(RFLPs),归结为5种单倍型;兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤和瓯江彩鲤的核苷酸多样性(Ⅱ)分别为0．0087、0．0059、0．0094、0．0286,瓯江彩鲤的遗传多样性最为丰富;瓯江彩鲤起源于单倍型Ⅱ为主的母系祖先,推算分化时间分别约在11．5万年、9．5万年前;玻璃红鲤和荷包红鲤起源于单倍型I为主的母系祖先,推算分化时间分别约为5～5．6万年、2万年前。     

镜鲤与建鲤生长性状共享 QTL 标记及优势基因型

本研究以1个镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系(190个个体)构建的微卫星遗传图谱(992个标记)为基础,从体重、体长、体高和体厚的QTL区间内发掘了54个标记,其与性状具有显著相关性,进而通过对不同基因型性状间的比较,筛选出83个优势基因型。在此基础上,用54个镜鲤QTL标记分析了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)作图群体,其中40个标记在建鲤中表现出多态性,比例为74.07%;相关性分析结果显示,其中22个标记与建鲤家系的体重、体长、体高或体厚性状具有显著相关性(P0.05),占多态标记的55.00%;镜鲤与建鲤共享的22个QTL标记中,18个标记与至少1个相同的性状具有显著相关性(P0.05),从中筛选出建鲤性状具有优势的基因型30个,可用于指导建鲤的选育。品种间共享QTL的发掘能够扩展QTL标记的使用空间,减少新品种重新构建图谱进行QTL标记定位的工作量和成本。     

应用聚合酶链式反应(PCR)检测锦鲤疱疹病毒

为建立并优化锦鲤疱疹病毒检测方法,针对目前国内集约化养殖鲤鱼大面积流行的病死现象进行有针对性的检测,对在疫区采集到的病鱼肾脏、肝胰脏、肠等组织,提取基因组DNA,应用锦鲤疱疹病毒特异性引物进行PCR反应,同时设立阴性对照(TE buffer)。通过1%琼脂糖凝胶进行鉴定,与阴性对照比较,在484bp处出现特异性目的条带。经序列测定,所得PCR产物的基因序列与NCBI上锦鲤疱疹病毒的同源率达到99%以上。对同一批次的样品进行重复检测,结果表明该方法具有较好的可重复性,可据此判定结果。通过对锦鲤疱疹病毒的检测,确定了疫区引起框镜鲤(Cyprinus carpio)和建鲤(Cyprinus carpio var Jian)大批死亡的病原为锦鲤疱疹病毒(Koi Herpesvirus,KHV),从而对疫区控制、防治方案的制定提供了理论依据。建议尽快在鲤鱼主要养殖区开展KHV流行病学、诊断与检测及免疫预防等方面的研究。