花生EST资源的SSR信息分析

微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressedsequence tags,ESTs)中。为了在花生中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的41501条花生ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列,得到全长为5125.94kb的无冗余EST8391条。在这些序列中搜索出1109个SSR,分布于946条EST中,出现频率是11.27%。这些EST-SSR的平均长度为18.16bp,平均分布频率1/4.62kb。在1～6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(49.23%),其次是二核苷酸(32.83%)、单核苷酸(14.88%)。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的71.43%和31.50%。本研究为开发多态性花生微卫星标记提供了候选序列。     

花生微卫星DNA分离方法的研究

比较了2种从AFLP扩增片段中分离花生微卫星DNA(SSR)的方法，结果表明，从预扩增的AFLP片段中富集SSR的方法简便，获得较多的含简单重复序列的片段；而从选择性扩增的AFLP片段中分离SSR后直接从电泳胶上切取差异片段进行测序的方法效率低，不适用于分离花生的微卫星DNA。     

花生微卫星DNA分子标记研究进展

微卫星DNA广泛存在于真核生物基因组中,由于其多态性高,结果稳定,重复性好,操作简单等优点,而成为目前植物DNA标记研究中应用最多和发展最快的标记技术之一。本文就花生中微卫星分子标记的开发,及其在花生遗传多态性、亲缘关系鉴定、花生指纹图谱构建等方面的应用研究进展进行了综述。     

微卫星标记及其在花生上的研究

SSR是一类由1～6个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段DNA,广泛分布于真核生物基因组中.SSR标记多态性丰富,操作简单,重复性好,呈共显性.本文对微卫星标记的原理、特点、分离方法及其在花生中的研究现状作简要介绍.     

大豆EST资源的SSR信息分析

微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)中.为了在大豆中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的394 370条大豆ESTs序列进行EST-SSRs特征分析.剔除冗余序列,得到全长为51 332.21 kb的无冗余EST 80 735条.在这些序列中搜索出7 754个SSR,分布于6 674条EST中,出现频率是8.27%.这些EST-SSR的平均长度为15.26 hp,平均分布频率是1/6.62 kb.在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(43.72%),其次是二核苷酸(37.34%)、单核苷酸(15.92%).AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的62.83%和25.22%.本研究为开发多态性大豆微卫星标记提供了候选序列.     

向日葵锈菌夏孢子转录组微卫星特征分析

为大规模开发有效的向日葵锈菌SSR标记,根据向日葵锈菌转录组数据,使用Ubuntu 12.04 LTS系统的Perl操作平台MISA软件对向日葵锈菌转录组序列进行高通量微卫星SSR位点发掘。在15 946条转录本中发现20 861个SSR,平均3.97kb出现一个SSR。共发现244种碱基重复模式,(A/T)n所占比例最高,达到88.24%。在42 610条注释成功的向日葵锈菌unigene中,含有SSR的序列14 069条,共发现18 100个SSR位点,其中位于编码区1 057个,出现频率为0.382 2 SSR/kb,非编码区为0.300 1 SSR/kb;其中以单核苷重复基序为主导,共有19 046条,占总SSR的59.5%;其次是三碱基微卫星(804,占3.86%)。大部分微卫星长度小于20bp,长度大于20bp的仅占7.37%。研究结果显示,微卫星与基因平均表达水平存在关联,含微卫星基因的平均表达水平低于不含微卫星基因的平均表达水平。包含SSR的15 946条unigene中只有5 863个unigene获得了GO分类号,被注释到分子功能、生物进程、细胞组分三大本体。通过生物信息学软件得到的转录组SSR标记位点可用于后续向日葵锈菌遗传多样性研究,而且对其他非模式生物或新物种SSR标记开发也具有重要的参考作用。     

龙生型花生中的微卫星变异研究

本研究用24份龙生型花生资源作研究材料,采用31个微卫星标记引物检测其分子水平上的遗传变异,其中13个引物能在龙生型花生基因组中扩增出多态性DNA片段.研究结果表明,在龙生型花生基因组中,一对SSR引物可扩增出2条以上的DNA片段,扩增片段数最多的是Pm36,在24份龙生型花生资源中扩增出16个大小不同的DNA片段;由这些多态性标记检测出的遗传距离,平均为0.17,最高为0.33,最低为0.03,但能区分所有的24份资源.对分子标记在花生育种和资源鉴定上的利用前景进行了分析讨论.     

花生ASR基因的扩增和生物信息学分析

ASR基因(脱落酸、胁迫、成熟诱导基因)是近年来从植物中发现的一类基因,该基因参与植物对低温、干旱、渗透压、脱落酸的胁迫应答.目前在多个植物中克隆了ASR基因,研究以番茄ASRl基因的序列为探针,从花生EST数据库中筛选同源序列并进行拼接.根据花生的EST拼接序列设计引物进行RT-PCR扩增,获得一条大小为641bp的...     

花生功能基因组学研究取得重要进展

山东省农业科学院高新技术研究中心着眼基因组学研究的前沿，成功构建了花生功能基因组学研究平台。已经在以下几方面取得重要进展：（1）利用鲁花14号未成熟种子，建立cDNA文库，进行大规模EST测序，目前已完成20000个花生籽粒ESTs序列测定，向GenBank中提交序列7545条。完成大部分EST序列的BLAST分析工作，从中分离获得大量与脂肪酸代谢、种子储藏蛋白、     

GenBank中花生栽培种基因组DNA及EST序列的SNP分析

下载GenBank数据库中已公布的花生栽培种基因组DNA序列1718条及EST序列85797条,利用DNAStar软件进行叠连群构建,基因组DNA序列构建叠连群161个,长度共计152940bp,直接鉴定出候选SNP位点5496个,SNP平均出现频率为3.59%;EST序列构建10990个叠连群,长度共计10477241bp,由三条及三条序列以上构成的叠连群的总长度为6524329bp,发现候选SNP位点307179个,SNP平均出现频率为4.71%。