番茄斑萎病毒属病毒S RNA序列比对

从生物信息数据库NCBI中搜索并下载最新有关番茄萎斑病毒属Tospovirus各种间S RNA片段全长序列以及该片段上NSs、N的核酸和蛋白质序列着手,运用DNAstar和DNAMAN以及NPSA等生物信息软件对其进行比对分析,结果发现,以NSs蛋白序列建立的系统进化树显示CCSV和TZSV之间的同源性为85.8%,IYSV和TYRV之间的同源性达90%,MYSV和PSMV间的同源性为97.5%;通过N蛋白序列分析显示,Tospovirus属中有7组同源性较高的种;在Tospovirus属病毒中非极性氨基酸含量最高,极性酸性氨基酸最少,比较TSWV中抗性破坏RB株系与普通株系在NSs、N核酸、蛋白质序列、氨基酸含量和蛋白质二级结构之间的差异,发现差异不显著.     

番茄斑萎病毒属病毒SRNA序列比对

从生物信息数据库NCBI中搜索并下载最新有关番茄萎斑病毒属Tospovirus各种间SRNA片段全长序列以及该片段上NSs、N的核酸和蛋白质序列着手,运用DNAstar和DNAMAN以及NPSA等生物信息软件对其进行比对分析,结果发现,以NSs蛋白序列建立的系统进化树显示CCSV和TZSV之间的同源性为85.8%,IYSV和TYRV之间的同源性达90%,MYSV和PSMV间的同源性为97.5%;通过N蛋白序列分析显示,Tospovirus属中有7组同源性较高的种;在Tospovirus属病毒中非极性氨基酸含量最高,极性酸性氨基酸最少,比较TSWV中抗性破坏RB株系与普通株系在NSs、N核酸、蛋白质序列、氨基酸含量和蛋白质二级结构之间的差异,发现差异不显著.     

甘蓝冷胁迫相关基因BobHLH18克隆与表达分析

利用同源克隆方法在耐寒,迟抽薹甘蓝自交系Y923中克隆到一个甘蓝响应冷胁迫b HLH转录因子基因Bob HLH18的DNA和c DNA全长,基因组搜索分析结果表明,该基因位于甘蓝1号染色体上,属于LF1亚基因组编码基因;序列分析结果表明,该基因含有4个外显子和3个内含子,编码338个氨基酸,蛋白质分子量为38 380,等电点为6. 80,其编码蛋白质的N端含有一个b HLH结构域;亚细胞定位分析指出该基因编码蛋白质定位在细胞核上,表明该基因编码蛋白质为核定位蛋白质,与其为转录因子特征相符;序列比对结果显示,Bob HLH18蛋白与白菜和拟南芥中的b HLH蛋白具有较高的同源性,相似度分别为90. 5%和89. 0%;聚类分析指出Bob HLH18及其同源蛋白分别聚类成2个进化分支,且来自十字花科植物的b HLH18同源蛋白质都聚在同一进化分支上; qRT-PCR分析结果表明Bob HLH18基因受冷胁迫诱导,能在叶片中被较高的诱导表达,表明该基因可能在甘蓝叶片应答冷胁迫过程中起重要作用。     

新疆多浪羊白细胞介素8 cDNA的克隆测序及其变异SNP的分析

采集多浪羊的血液,分离白细胞,提取总RNA,用白细胞介素8（IL-8）的引物进行两步法的RT-PCR扩增、克隆与酶切鉴定,测序后进行序列比对,与NM_001009401.1同源性高达99%,初步判定为多浪羊的IL-8编码全长cDNA。通过序列比对,发现多浪羊IL-8的基因起始密码子上游第七个碱基发生突变,在NM_001009401.1中是T,而在测序的多浪羊的IL-8中是C。对该测序序列进行数据库搜索和序列比对,发现该碱基变异很独特,并对该变异可能对mRNA蛋白翻译的影响进行了初步的分析。     

毛果杨1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-二磷酸合酶(HDS)基因的生物信息学分析

[目的]研究HDS基因间的同源性及其进化关系。[方法]以毛果杨的HDS基因为研究对象,利用生物信息学软件及网站对其进行碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、保守区以及二级结构和三级结构的预测与分析。,并与其他10个物种的HDS基因序列进行多重比对与进化分析。[结果]毛果杨HDS基因的单链mRNA序列长1 956 bp,编码由656个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白质相对分子质量为72 937.03,其中含量最高的是Leu,为10.50%;整个多肽中疏水性氨基酸只占39.63%,有10个亲水区和6个疏水区;与其他10个物种同源性多重比对发现同源性最高达99%。[结论]毛果杨HDS基因处于稳定状态,编码的蛋白为亲水性蛋白,在进化过程中是保守的;试验中获得的保守区段序列信息为新基因的克隆奠定了基础。     

二硫键和Ca~(2+)结合残基对重组酱油曲霉碱性蛋白酶的影响

以PDB code:3f7o.1.A蛋白酶作为模板对酱油曲霉碱性蛋白酶(Alkaline protease, Ap)进行同源建模,对模拟的Ap结构分析可知,Ap中无二硫键,结合了1个Ca~(2+).分别对预测的Ap二硫键和Ca~(2+)结合残基进行突变,获得增加二硫键的Y34C-R123C、L178C-T252C、Y34C-R123C/L178C-T252C和Ca~(2+)结合位点的T179G、D200G、T179G-D200G共6个突变.分别将这些突变基因电转至毕赤酵母KM71中,获得重组菌株;对重组菌株诱导表达,分离纯化突变型Ap,并对其稳定性进行分析.结果表明,Y34C-R123C突变型、L178C-T252C突变型与野生型Ap的表达量差异不显著;在40℃以下,Y34C-R123C突变型比野生型Ap具有更强的热稳定性;T179、D200被突变为甘氨酸后,不利于Ap正确折叠,不能成功表达.     

桔小实蝇二硫键异构酶基因的克隆及其发育表达

利用RT-PCR和RACE方法克隆获得桔小实蝇Bactrocera dorsalis（Hendel）二硫键异构酶（pro-tein disulfide isomerase,PDI）基因的cDNA序列,命名为BdorPDI。测序结果表明,BdorPDI开放阅读框全长1 497bp,编码498个氨基酸。氨基酸序列结构分析表明,该序列有PDI蛋白家族的典型特征:N端含有信号肽序列;在序列的N端及C端具有二硫键/巯基氧化还原位点CGHC;在C末端含有内质网滞留信号肽KDEL。进化树分析表明:桔小实蝇的PDI蛋白序列与脊椎动物安乐蜥（Anolis carolinensis）的序列（XP₀03217370）一致性最低,为49.3%;与双翅目昆虫刺舌蝇（Glossina morsitans）的序列（ADD20271）一致性最高,为76.3%。荧光定量PCR分析表明:BdorPDI mRNA在桔小实蝇1～3龄幼虫中的表达量相对较低,且呈逐渐增长的趋势;在1d蛹中的BdorPDI mRNA表达量达到最高峰,其表达量是基准含量的536.50倍,且随着蛹的发育,BdorPDI mRNA表达量呈逐渐降低的趋势。由此可见,桔小实蝇二硫键异构酶在化蛹过程中发挥了重要的生理功能。     

枇杷果肉色泽深浅性状的分子标记鉴定

为了探索与枇杷果肉色泽深浅有关的分子标记及其特异片段,本研究以枇杷突变体(红沙枇杷一枝芽变结出白沙果实)为材料,对其野生型和突变型果实品质进行评价。利用ISSR、SSR和SRAP 3种分子标记及前人研究的OPH-01/1800bp标记分析该突变体野生型和突变型基因组。结果表明,突变型果实可溶性固形物和总糖较高,β-胡萝卜素极显著低于野生型。所检测的108对SSR标记和9×11对SRAP引物组合在野生型和突变型没有多态性,从95条ISSR标记中获得了2条(UBC854和UBC813)多态性条带,这2条差异片段和OPH-01/1800bp标记都是在野生型出现,在突变型缺失,大小分别为1369(TB1)、535(TB2)和1719 bp(TB3)。通过NCBI数据库tblastx比对,TB1为非特异扩增片段,TB2碱基序列与枇杷果实发育中编码依赖NAD的山梨醇脱氢酶蛋白基因、苹果或梨属编码1-氨基环丙烷-1羧酸(ACC)合成酶蛋白基因等有较高同源关系;TB3与编码梨F-box蛋白、S-核酸酶和S核糖核酸酶及苹果MdSFBB9S9-α、S9核糖核酸酶和MdSFBB9S9-β等基因同源性较高。     

LT蛋白诱导小鼠脾脏IFN-γ变化规律研究

为研究大肠杆菌热敏性肠毒素(Escherichia coli heat-labile enterotoxin,LT)蛋白佐剂(野生型、突变型)对免疫小鼠体内细胞因子表达水平的影响,建立了检测干扰素(IFN-γ)的荧光定量PCR方法,并检测了经LT滴鼻免疫小鼠脾脏中IFN-γmRNA的表达水平。结果表明:野生型和突变型LT蛋白免疫小鼠脾脏中IFN-γ的mRNA水平呈时间依赖性升高,而PBS对照组没有明显变化。野生型LT蛋白免疫后48 h,小鼠脾脏IFN-γmmRNA的表达量与对照组相比显著上升并达到峰值,在60 h后开始下降;突变型LTRG蛋白免疫后60 h左右,IFN-γmRNA水平达到最高峰值,72 h后开始下降。本研究表明:野生型及突变型LT蛋白免疫小鼠均能增强小鼠脾脏中IFN-γ的转录表达,产生针对抗原的非特异性免疫应答。     

桑树2个钙调蛋白亚型基因cDNA克隆和序列分析

    为了揭示钙调蛋白在桑树抗逆性方面的作用,利用SMART技术(switching mechanism at 5'end of RNA transeript) 建丰驰桑幼苗cDNA文库,从中获得2个钙调蛋白cDNA序列,2条序列的读码框均为450 bp,均包括完整的3'端非翻译区;序列比对分析发现,2条序列ORF(open reading frame)同源性为86%,但氨基酸同源性却为98%,说明是2个钙调蛋白基因.命名为MCaM-1,MCaM-2.其中MCaM-1与拟南芥CaM7、胡萝卜CaM4的氨基酸同源性达100%.这表明钙调蛋白序列在植物中相当保守.     

江西野葛的核型分析

以江西野葛为材料，进行染色体核型分析，结果显示：野葛染色体数2n=22，核型公式K(2n)=22=20m(5sat) 2sm(1sat)，2、3、5、7、11号染色体的短臂和8号染色体的长臂各具一随体，属2B核型。从野葛核型不对称和核型类型看，野葛在葛属植物中具有明显较高级的进化地位。     

大巴山粉葛组织培养技术

为了实现大巴山粉葛Pueraria lobata （wild） Ohwi Dabashan种苗的规模化快速繁殖,以大巴山粉葛茎段为外植体,研究了灭菌时间、MS培养基大量元素、植物生长调节剂对大巴山粉葛组织培养过程中消毒、初代培养、增殖培养及生根培养的影响。结果表明,（1）先用75%乙醇消毒20 s,再用0.1%氯化汞消毒10 min,成活率达67.56%。（2）初代培养基为1/2 MS+0.5 mg·L-1 6-BA+0.3 mg·L-1 IBA,腋芽萌发率可达92.2%;（3）增殖培养基为1/2 MS+1.0 mg·L-1 6-BA+0.05 mg·L-1 IBA,增殖系数约5.0;（4）生根培养基为1/2 MS+0.01 mg·L-1 NAA+0.1 mg·L-1 IBA,生根率达96.03%。     

葛拟锈病菌rDNA-ITS的序列分析

分别从罹拟锈病的野葛Pueraria lobata(Willd.)Ohwi、粉葛P.thomsonii Benth.和山葛P.montana(Lour.)Merr.获得病原物拟锈病菌(集壶菌)Synchytrium sp.的孢子囊堆,用其作材料进行了不同DNA提取方法的效果比较,同时对来自以上3种不同植物菌株的核糖体DNA(rDNA)-ITS进行了克隆和序列分析.结果表明:改良的氯化苄法提取基因组DNA的效率最高,但单孢子囊直接进行PCR扩增也可以满足ITS的克隆和分析;来源于野葛和粉葛菌株的ITS1-5.8S-ITS2分别为856 bp和907 bp,两者同源性为92%;而山葛菌株的ITS1-5.8S-ITS2为1 148 bp,与野葛和粉葛菌株的同源性分别为54%和55%.由此推断,粉葛与野葛上的菌株可能为相同种的不同变种,而山葛上的菌株为另一个种;或者3种植物上的菌株分别为3个不同的集壶菌种.     

野葛块根异黄酮的提取及抗氧化研究

以土家山区野葛块根为试验材料,采用超声波辅助乙醇提取野葛块根异黄酮。在单因素试验的基础上,以提取率为响应值,运用4因素4水平响应面分析法研究提取过程中工艺参数对提取率的影响,并对异黄酮提取物的抗氧化性能进行了研究。结果表明：最适提取工艺条件为乙醇浓度81.0%,超声时间41.2 min,提取温度61.2 ℃,料液比（m/V）1∶9.5,原料粒径40目。在此工艺条件下,野葛块根异黄酮的平均提取率为3.43%。所提取的野葛块根异黄酮的抗氧化效果低于Vc,但能与其产生一定的协同作用。     

葛花滴丸的制备工艺及葛根素的含量测定

[目的]优选葛花滴丸制备工艺条件并测定滴丸中葛根素的含量。[方法]以滴丸圆整率、重量差异和溶散时限为考察指标,采用L9（3^4）正交试验考察PEG6000与S-40比、基质与药物比、冷凝剂管口温度和滴速等因素对滴丸成型的影响,并采用高效液相色谱法测定滴丸中葛根素的含量。[结果]优选出的最佳工艺条件为：PEC6O00与S-40为3：1（g/g）,基质与药物为4：1（g／g）,冷凝剂管口温度为35～40℃,滴速为50d／min;3批样品中葛根素的平均含量为52．26±1．33mg／g。[结论]葛花滴丸制备工艺合理,重现性好,外观质量好,溶散时限和重量差异合符《中国药典》要求;高效液相色谱法先进、准确、可靠,可作为葛花滴丸的质量控制方法。     

京西葛组织培养及快速繁殖研究

通过京西葛茎段的离体培养和快速繁殖实验,探讨了京西葛不定芽的诱导、分化、增殖及生根的最佳培养条件。结果表明:以优良京西葛的具腋芽茎段为外植体,经2.2%NaClO灭菌25～30min后成活率可达50%;适于京西葛不定芽诱导的培养基为MS+NAA0.1mg/L+6-BA0.5mg/L,诱导分化率为88.89%;适于不定芽分化及继代培养的培养基为MS+NAA0.15mg/L+6-BA0.3mg/L+2,4-D0.2mg/L,继代芽分化率为83.33%,继代倍数达6～7倍;适于生根的培养基为1/2MS+NAA0.5mg/L,生根率达100%。本研究最终建立了京西葛的组织培养体系并初步建立起一套较为完善的快速繁殖技术体系。     

一年生葛茎的化学成分与纤维特性研究

为充分利用葛麻纤维,采用化学法分析湖南和江西不同地区一年生野葛茎和人工栽培粉葛茎及葛麻的化学成分,探讨制麻技术对纤维性能的影响,并通过电镜扫描、显微镜观察等对葛麻表面形态结构、单纤维特性进行表征。结果表明:野生鲜葛茎的干物质总含量高于粉葛的,且干物质总量、不溶性纤维含量均随生长期延长而增加,粉葛的各项指标在地域和品种间均存在差异,在12月采收的3个粉葛中,太空粉葛茎的粗脂肪、粗蛋白、灰分和可溶性纤维的质量分数均较高,江西粉葛的均较低;碱处理法所得葛麻的残胶率明显小于自然发酵法的残胶率,其断裂强度较大,且葛麻表面的纤维结构较清晰;碱处理法所得不同原料葛麻的理化特性和化学成分在地域间、品种间均表现出明显差异,总体上野葛麻的断裂强度较高,野葛和粉葛均有随生长期延长而断裂强度增加的趋势,胶质等非纤维成分达17.5%～33.3%;野葛的纤维素含量均达80%以上,且不同生长期间的纤维素含量没有明显差异,粉葛的纤维素含量低于野葛的,且12月采收的样品纤维素含量显著低于9月采收样品的;葛麻单纤维的公制支数为3 098.2～3 866.7 m/g,单纤维线密度为2.6～3.2 dtex,野葛麻的平均直径和公制支数优于粉葛麻的;葛麻的纤维素含量、半纤维素含量与葛麻单纤维的理化特性具有密切关联。     

江苏省云台山7种野生中草药植物根区土壤真菌多样性研究

通过对江苏省云台山地区7种不同野生中草药植物烟台百里香(T.quinquecostatus Celak.)、掌叶半夏(P.pedatisecta Schott.)、何首乌(P.multiflorum Thunb.)、海洲香薷(E.splendens Nakai ex F.)、野葛[P.lobata (Willd) Ohwi]、紫金牛(A.japonica Bl.)和菝葜(S.sieboldii Miq.)根区土壤真菌进行分离鉴定,共分离出真菌16属126种.多样性分析结果表明,7种野生中草药植物根区土壤真菌种群多样性丰富,其中青霉属(Penicillium)、曲霉属(Aspergillus)和木霉属(Trichoderma) 是中草药植物根区土壤中的优势种群,镰孢菌属(Fusarium)、交链孢属(Alternaria)、腐霉属(Pythium)、毛霉属(Mucor)真菌分布丰度也较高.结果也表明根区土壤真菌群落在一定程度上受到中草药植物的影响,大部分野生中草药植物根区土壤的真菌群落的均匀度指数低于裸地非根区土壤,而丰富度指数却高于裸地非根区土壤.不同野生中草药植物根区土壤真菌区系的结构和组成存在一定的差异性,紫金牛根区土壤中真菌种类最多,达到14属,而野葛根区土壤中真菌种类最少,只有8属.     

退火处理对葛根淀粉老化特性和质构特性的影响

采用差式量热扫描仪(DSC)、低场核磁共振分析仪和质构分析仪研究退火处理对葛根淀粉老化过程中水分迁移、老化特性和质构特性的影响。结果表明,退火处理会使葛根淀粉在老化过程中的水分子相对含量降低;退火时间对葛根淀粉老化度的影响较为明显,随着退火时间的延长,葛根淀粉的糊化焓增加,老化焓降低,老化度降低,当退火时间达到24 h时,葛根淀粉老化1 d后的老化度从原葛根淀粉的32.95%降到19.58%,老化10 d后的老化度从37.42%降到19.46%;原葛根淀粉凝胶和退火处理葛根淀粉凝胶的凝胶强度随着时间的延长而增大,当退火时间达到24 h时,老化1 d后的凝胶强度从原葛根淀粉的27.34增加到48.44,老化10 d后的凝胶强度从72.11增加到76.45,弹性则随着时间的延长而减小。     

贵州喀斯特区野生葛藤群落主要种群生态位

通过对喀斯特区葛藤Pueraria lobata群落野外样地调查,分析其组成类型中16个优势种的生态位宽度、生态位相似性比例及生态位重叠.结果表明:①生态位宽度排在前6位的分别是葛藤,香叶树Lindera communis,竹叶椒Zanthoxylum planispinum,异叶鼠李Rhamnus heterophylla,粉枝莓Rubus bifioru,火棘Pyracantha fortuneana;②葛藤在喀斯特石漠化生境中的适应能力较强;③各种对的生态位相似比例为0～1不等,物种利用资源的相似程度差异较大;④16个种群间并未表现出显著的生态位完全重叠,各种群间利用资源的差异性显著,表明种群对资源的共享趋势并不明显,显示葛藤群落不稳定;⑤群落主要树种生态位重叠基本上是种群的生态位宽度越大,与其他种群的生态位重叠的机会越大,反之则越小.但在本研究发现,具有较大生态位宽度种群之间的生态位重叠值未必高.在喀斯特石漠化区,发展葛藤做饲料具有较大前景,但必须加大刈割等人工干扰措施,方能可持续发展.