2个山西地方猪种SLA-DRA基因多态性及组织表达谱分析

SLA-DRA基因是SLAII类基因中的一个重要功能基因,与猪的生长性能、初生体质量、30日龄体质量、繁殖性能、仔猪腹泻等密切相关。本研究运用PCR-SSCP方法检测晋汾白猪和新山西黑猪SLA-DRA基因第2外显子的多态性,结果表明,在晋汾白猪中检测到2种基因型(AA、AB),在新山西黑猪中只检测到1种基因型(AA)。利用SAS 8.1软件进行卡方独立性检验表明,晋汾白猪和新山西黑猪间基因型分布表现为差异极显著(P0.01)。用RT-PCR方法对SLA-DRA基因在2个猪种各组织中的表达情况进行分析,结果显示,晋汾白猪的SLA-DRA基因在脂肪组织中不表达,在心、肝、脾、肺、白细胞、肾、淋巴结、子宫、胃、卵巢、皮肤、肌肉、回肠、小脑、支气管、盲肠和直肠组织中均有表达;新山西黑猪的SLA-DRA基因在直肠中不表达,在心、肝、脾、肺、白细胞、肾、淋巴结、子宫、巨噬细胞、卵巢、皮肤、肌肉、脂肪、回肠、大脑、支气管和盲肠组织中均有表达。本研究为SLA-DRA基因功能方面的研究提供了参考。     

猪NDUFS2基因的定位、克隆和组织表达谱分析

利用辐射杂种克隆板对猪NDUFS2(NADH dehydrogenase(ubiquinone)Fe-S protein 2)基因进行了染色体定位,克隆了该基因的CDS序列,用相关软件进行了基因结构和功能预测,并利用半定量RT-PCR对基因的组织表达谱进行了分析。研究结果表明:NDUFS2基因定位于猪的4号染色体SSC4q,与标记SW589紧密连锁。获得NDUFS2基因的CDS为1 392 nt,编码463个氨基酸。物种间系统进化树分析表明:猪与牛的NDUFS2基因序列同源性更高。结构预测发现猪NDUFS2基因具有一个NuoD保守结构域,与能量的产生和转化功能有关。根据组织表达谱分析结果,NDUFS2在猪的11种组织中的表达量有差异。     

山西地方猪种肉质相关基因相对表达量比较分析

为研究山西地方猪种的肉质相关基因表达量,选取30 kg左右的山西黑猪和晋阳白猪各30头,按品种分为山西黑猪组和晋阳白猪组,每组5个重复,每个重复6头猪,进行驱虫和健胃后,开始正式试验,饲喂相同的饲粮,猪瘟、口蹄疫、蓝耳病等免疫程序按常规进行。体重达110 kg左右时屠宰,从背最长肌取样,提取基因组,进行PCR扩增,检测钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)、猪心型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)、肌细胞生成素(MyoG)、ATP合成酶(ATP5B)、脂蛋白脂肪酶(LPL)、磷酸果糖激酶(PFK)、己糖激酶同工酶(HK)等7个肉质相关基因的相对表达量。结果表明,山西黑猪HK、MyoG基因的相对表达量极显著高于晋阳白猪(P0.01);山西黑猪H-FABP、CAST基因的相对表达量显著高于晋阳白猪(P0.05);山西黑猪ATP5B、PFK、LPL基因的相对表达量与晋阳白猪差异不显著(P0.05)。     

两个山西地方猪种TLR2基因Bi-PASA遗传标记的多态性研究

为分析晋汾白猪和新山西黑猪TLR2基因第1 255位点编码区的变异信息,试验利用双向特定等位基因PCR扩增法(Bi-PASA)建立TLR2基因变异的遗传标记。结果表明:晋汾白猪和新山西黑猪分别检测到A、B一对等位基因和AA、AB、BB三种基因型,晋汾白猪的等位基因频率(A、B)分别为0.609 2和0.390 8,在TLR2基因第1 255位点不符合Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01);新山西黑猪等位基因频率(A、B)分别为0.682 7和0.317 3, TLR2基因第1 255位点符合Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);晋汾白猪和新山西黑猪的纯合度分别为0.747 1,0.480 8,香农指数分别为0.669 1,0.624 8;晋汾白猪和新山西黑猪在TLR2基因的多态位点的基因型分布差异极显著(P0.01)。说明成功建立晋汾白猪和新山西黑猪TLR2基因Bi-PASA遗传标记,可为进一步研究疾病抵抗力、建立抗病群体提供基础资料。     

梅山猪TAP1基因多态性及组织表达谱分析

本研究利用PCR-RFLP、Real-time PCR技术以及生物信息学方法,对梅山猪TAP1基因多态性、组织表达水平以及蛋白质保守功能域进行分析,旨在检测81头梅山猪中TAP1基因的多态性,并揭示其组织特异性表达规律,进一步探讨该基因的功能位点。结果表明:TAP1基因存在1个G729A突变,第243号甘氨酸未发生改变,并在梅山猪中检测出3种基因型(AA、AB和BB型);TAP1基因在肺、十二指肠、空肠等免疫组织和消化道中表达量较高,可能与肺部疾病和肠道疾病的抗性相关;同时保守域分析显示该蛋白N端发现具有4个跨膜区,中端有1个跨膜转运区域(ABC_membrane),位于183~454号氨基酸,C端有1个各种细胞活动相关的ATP酶保守域(AAA),位于526~715号氨基酸。本试验所检测的TAP1基因G729A发生在跨膜转运区域(ABC_membrane)内,可能对TAP1蛋白的跨膜转运功能造成一定的影响。     

猪BMP-6基因在不同组织中的表达谱分析

为了研究猪BMP-6基因的组织表达特性,试验采用实时定量PCR技术分析了BMP-6基因在猪脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、小肠、大肠、肌肉、卵巢等11种组织中的相对表达情况。结果表明:BMP-6基因表达谱广泛,其中BMP-6基因在卵巢中的表达量最高,肝脏中的表达量次之,胃和小肠中的表达量最低。说明BMP-6基因可能与繁殖性状相关。     

猪泛素-B 基因的克隆及组织表达谱分析

从人泛素-B（Ubiquitin B,UbB）基因mRNA序列出发,在猪的ESTs库中进行同源性搜索,通过电子克隆和进一步RT-PCR方法从猪肌肉组织总RNA中扩增出泛素-B基因部分cDNA序列（GenBank登录号：EF688558）,长894bp,其中在89～778bp处包含一个完整的开放阅读框,编码229个氨基酸。猪泛素-B基因由2个外显子和1个内含子构成（GenBank登录号：EF688559）,内含子长657bp,符合GT-AG规则。序列分析结果表明：猪泛素-B基因与已报道的人、黑猩猩、小家鼠、大鼠、鸡等物种的泛素-B基因高度同源,同源性分别为92％、91％、91％、91％、89％,氨基酸序列同源性为100％。半定量RT-PCR结果表明：泛素-B基因在150日龄肥育猪心脏、肝脏、肾脏、小脑中的表达量较高,脾脏、肺脏、胃、膀胱、背最长肌、大脑次之,脂肪和下丘脑中的表达量最低,其在蓝塘与长白猪肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、膀胱、背最长肌等7个组织中的表达量存在差异。     

猪MyD88基因的克隆及组织表达谱分析

本研究旨在克隆猪MyD88的基因序列,并研究其在不同组织中的表达差异.利用RT-PCR技术从猪肠系膜淋巴结组织总RNA中克隆出猪MyD88的cDNA序列,用相关软件进行了基因结构和功能预测,并利用Real-time PCR技术对MyD88基因的组织表达谱进行了分析.序列分析结果表明克隆到的序列全长为897 bp(EF198416),其882 bp的开放阅读框编码的293个氨基酸残基组成猪髓样分化因子88(MyD88);推导的氨基酸序列分析显示:猪MyD88蛋白具有典型的死亡结构域和TIR结构域,相似性分析结果显示,MyD88在进化过程中具有高度保守性,与人、牛、褐鼠和小鼠的氨基酸序列相似性分别为88.4%、85.7%、78.8%和78.2%;Real-time PCR结果表明:MyD88在11个组织中的相对表达水平存在差异,其在派伊氏小体和肠系膜淋巴结中表达量相对较高,在心脏和肌肉组织中表达量较低.猪MyD88基因的克隆和表达研究为进一步研究其生物学功能奠定了基础.     

地方猪种——山西黑猪

山西黑猪是由巴克夏猪、内江猪、山西本地猪杂交培育而成。现有种猪近万头。与长白猪和大约克夏猪杂交效果较好。1分布现状山西黑猪产于大同、忻州等地。主要分布在大同、忻县、原平、代县、     

猪ERK6基因编码区的克隆及组织表达谱分析

利用RT-PCR方法扩增了猪ERK6基因编码区的序列，将扩增产物与pMD18-T载体连接，构建了重组质粒；重组质粒经PCR、酶切鉴定后进行测序；采用Northern杂交和半定量RT-PCR方法在猪不同部位骨骼肌中分析了ERK6基因转录本的个数、大小及组织表达谱。结果显示，所克隆的猪ERK6基因片段长1113bp，含有1个1104bp的开放阅读框（ORF），该ORF编码367个氨基酸；该基因与已报道的人ERK6基因核苷酸序列相似性为90％；猪ERK6基因在肌肉组织中只有一个转录本，大小约1．5kb。此基因在骨骼肌中的表达量最高，心、子宫次之，卵巢最低；而在脂肪、胃、肝、脾、肺、肾、十二指肠和胰腺中未见表达。结果表明，猪ERK6基因与已报道的小鼠和人ERK6基因一样，主要在骨骼中特异表达。     

SQ RT-PCR检测不同品种猪脂肪组织SOCS-3基因表达

取4月龄八眉猪和大白猪背部皮下脂肪组织，提取总RNA，根据大鼠细胞因子信号转导抑制因子-3基因（Suppressor Of Cytokine Signaling-3，SOCS-3）设计并合成引物，以猪β-actin基因作为内参，优化反应条件和体系，半定量（Semi Quantitative，SQ）RT-PCR单管扩增猪SOC93基因，经琼脂糖凝胶电泳分离后，Dolphin-DOC凝胶图像分析软件分析，测定各条带的光密度值，检测八眉猪和大白猪脂肪组织中SOCS-3基因mRNA的表达差异。结果表明：八眉猪脂肪组织SOCS-3 mRNA的表达丰度极显著高于大白猪（P〈0．01）。这种差异可能是2种经济类型猪脂肪沉积能力不同的主要原因之一。     

贵州地方猪品种对氧磷脂酶1基因的多态性研究

本试验以欧洲猪种为参照,研究贵州地方猪对氧磷脂酶1(paraoxonase,PON1)基因的多态性,探讨基因多态性与地方猪的脂肪沉积之间是否存在相关性。研究采用锚定聚合酶链反应技术对香猪、糯谷猪、萝卜猪和可乐猪共138个贵州地方猪品种PON1基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)进行研究。结果表明,猪群PON1基因的163/165位点出现A/T、G/A变异,515位点检测到C/T突变,均以3种基因型存在。经卡方(χ²)检验,贵州地方猪群PON1基因515位点的基因型频率和基因频率与欧洲猪品种间的差异不显著(P>0.05);163/165位点中,贵州地方猪种A等位基因的频率为83.7%,明显高于欧洲猪品种(25.2%)。贵州地方猪品种PON1基因的163/165位点A等位基因占优势,编码的第55位氨基酸为甲硫氨酸(Met55),与脂代谢异常人群的基因型相同;欧洲猪种以B等位基因为主(P<0.01),编码的第55位是亮氨酸(Leu55),与正常人群的基因型一致。以人PON1蛋白的晶体结构为模板,推导出香猪PON1蛋白的三维结构。地方猪PON1基因变异导致的Met55突变可能影响PON1水解酶活性中心的疏水环境,可能使蛋白的水解酶活性下降,使得地方猪品种的脂肪沉积量和肉质不同于欧洲猪种。由此推测,贵州地方猪品种PON1基因163/165位点存在多态性,可能与地方猪种的脂肪沉积和肉质有一定的相关性。     

3个地方品种猪血液生化指标分析

为了解中国地方猪种的血液生化指标,试验用Monarch660全自动生化分析仪检测了通城猪、陆川猪和宁乡猪3个地方猪种24项血液生化指标,统计结果表明,3个品种间有6项指标差异极显著(P＜0.01),通城猪和宁乡猪间有4项指标差异不显著(P＞0.05),陆川猪和宁乡猪间有3项指标差异不显著(P＞0.05)。通过3个地方猪品种间同一指标的比较,以及与人参考值、中国小型猪品种、其他地方猪品种和国外引进猪品种比较,为中国地方猪品种资源的合理保护和利用提供科学依据。     

杜长大猪CIDEa基因克隆及其组织表达分析

本实验旨在克隆杜长大猪(三元杂交猪)诱导细胞凋亡DNA片段化因子45样效应子A(CIDEa)基因序列,通过生物学软件分析CIDEa基因序列,利用实时荧光定量(qPCR)方法检测杜长大猪不同组织中CIDEa基因mRNA的表达量.实验成功获得杜长大猪CIDEa基因CDS区,长度为660 bp,共编码218个氨基酸.杜长大猪...     

不同地方猪种背部皮下脂肪中miR-206差异表达研究

试验采用荧光定量PCR技术(QRT-PCR)对6个四川省地方猪种背部皮下脂肪中miR-206的差异表达情况进行测定和分析。结果表明:藏猪miR-206相对表达量最高,成华猪次之,青峪猪最低;藏猪miR-206相对表达量显著高于内江猪(P<0.05),极显著高于丫杈猪和青峪猪(P<0.01)。     

贵州地方猪品种毛色与KIT基因拷贝数之间的关联分析

为了研究KIT基因的拷贝数与贵州地方猪毛色之间的关系,本试验以黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、香猪4个地方品种为试验材料,采用实时荧光定量PCR方法检测基因组中KIT基因的拷贝数变异,并与荣昌猪和大白猪2个白毛色猪品种相比较.结果显示,4个贵州地方猪种中,全黑/全棕毛色个体的KIT基因拷贝数以缺失为主,黑色带白斑个体的KIT基因拷贝数全部缺失,而棕色带白个体的KIT基因拷贝数增加、正常各半.大白猪的KIT基因拷贝数显著增加,荣昌猪KIT基因拷贝数以正常类型为主.表明大白猪的白毛色由KIT基因拷贝数增加决定,但荣昌猪的白毛色可能与KIT基因的拷贝数变异之间没有直接的联系;4个贵州地方品猪的全黑/全棕色毛色与KIT基因拷贝数的缺失有关,但柯乐猪和香猪中带白斑个体的KIT基因拷贝数并未增加,提示贵州地方猪品种的白斑毛色的形成机制有一定的特殊性.     

不同品种猪肌肉组织miR-1和miR-133基因的表达分析

本研究旨在探讨猪miR-1和miR-133基因在不同品种猪肌肉组织中的表达情况。试验以180日龄的蓝塘猪、长白猪以及大花白猪的背最长肌为材料,采用Stem-loop实时定量RT-PCR法检测miR-1和miR-133在长白猪、大花白猪及蓝塘猪背最长肌组织中的表达情况。结果表明,在蓝塘猪中,miR-1的表达量分别为长白猪和大花白猪的4.7和6.4倍,前者与后两者之间表达水平有显著的差异(P<0.05),而后两者之间表达量差异不显著(P>0.05);同样,miR-133在蓝塘猪中的表达量最高,其次为长白猪,两者分别是大花白猪的7.2和5.7倍,且差异显著(P<0.05),但蓝塘猪与长白猪之间差异不显著(P>0.05)。miR-1和miR-133在不同品种猪中存在特异性表达,提示可能与肌肉发育性状相关。     

Cloning,Expression and Functional Analysis of Osteopontin Gene in Large White Pig

<正>The full-length cDNA of 909 bp of the osteopontin gene(OPN) was isolated from of Large White Pig and analyzed with bioinformatics methods.The results showed high proportions of Asp,Glu and Ser and verified presence of the special sequence Arg-Gly-Asp(RGD) in the primary structure of OPN.There were high proportions of alpha helices and strong hydrophilicity in the secondary structure. The signature sequence of OPN([KQ]-x-[TA]-x(2)-[GA]-S-S-E-E-K) was located in the first region of high homology.Two phylogenetic trees were constructed,based on the entire OPN protein sequence and the conserved signature sequence,and showed that the relationship between pig and cow was the closest, but farthest between pig and chicken.OPN mRNA was expressed in many tissues of the pig:higher in the stomach,kidney,lung,small intestine and ovary,and lower in the heart,spleen and large intestine.The OPN protein size differed in different tissues:70 kDa in liver and muscle,70 and 45 kDa in stomach,small intestines and kidney,70,45 and 24 kDa in lung,heart and uterus.     

不同日龄大白猪甲状腺素运载蛋白基因的表达研究

本研究采用RT-PCR方法对大白猪的甲状腺素运载蛋白基因在1、90、180、270和360 d的心、肝、胃、脾、肾、肺、大肠、小肠、肌肉、子宫、卵巢共11个组织的表达情况进行了研究。结果表明,甲状腺素运载蛋白（transthyretin, TTR） mRNA在大白猪的肝脏、子宫和卵巢持续表达,且在肝脏中持续高表达,这与RBP mRNA的表达情况一致;1 d时所检的11个组织均表达,且表达量较高,而90 d时除了心脏、肝脏和胃外,其余组织的表达水平均较低。     

军牧1号白猪、杜洛克猪、西藏小型猪和大白猪KIT毛色基因的基因型分析

毛色是猪的一个重要形态特征,KIT基因是控制猪毛色的主效基因。本研究利用PCR和PCR-SSCP方法,分析了军牧1号白猪、杜洛克猪、西藏小型猪和大白猪的KIT基因拷贝数和第17、18内含子突变位点的基因型,结果显示:军牧1号白猪和大白猪均为多拷贝,而西藏小型猪和杜洛克猪的KIT基因则为单拷贝;军牧1号白猪和大白猪的第17、18内含子突变位点上均检测到突变,而杜洛克猪和西藏小型猪均没有检测到突变。