基于SSR标记的文冠果遗传多样性分析及核心种质构建

评价种质的遗传多样性对种质的筛选及开发具有关键的作用,分子标记在研究种质遗传变异及种质鉴定方面有很大的价值。文冠果作为中国北方重要的油料能源树种,研究其遗传多样性具有很重要的意义。本研究运用SSR标记的方法,研究了来自全国14个地区的具有代表性的138份文冠果种质资源的遗传多样性,并逐步构建出了25份文冠果核心种质。结果表明,选用的23对引物都表现出多态性,共检测出80个等位变异,平均每个位点的等位基因数(Na)为3.48;平均有效等位基因数(Ne)为2.46;平均多态性信息含量(PIC)为0.51。可见文冠果种质之间存在大量的遗传变异,遗传多样性很丰富。以聚类分析结果为基础,逐步构建了文冠果的核心种质25份,为原始种质的20%。其遗传多样性指标与原始种质的差异不显著,说明核心种质能充分的代表原始种质资源。这些研究结果为文冠果种质资源的保护、筛选及利用提供了宝贵的理论依据和种质材料。     

辣椒SSR标记种质资源遗传多样性的分析

辣椒资源遗传多样性丰富,育种的潜力大,本研究从分子水平研究不同种间辣椒种质资源的遗传多样性差异,为辣椒种质资源的收集、研究及合理利用提供参考。并首次利用基于辣椒全基因组编码区序列设计152对SSR辣椒基因组引物,用不同地理来源且性状差异显著的11个种(亚种)的24份辣椒种质资源对152对SSR引物进行筛选,从而获得条带清晰、稳定性好的41对SSR多态性引物,并利用NTSYS-pc2.10e和POPGENE32软件分析24份辣椒种质资源的遗传多样性数据。结果表明:41对SSR引物扩增出211个多态性条带,平均每对引物扩增出5.15个位点,说明SSR引物在辣椒遗传分析中有较高的实用性。有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农指数(Shannon-Weaver)(I)、多态信息含量(PIC)的均值结果分别为4.086 1、0.419 8、0.724 7、1.423 2、0.665 4,表明辣椒遗传信息非常丰富。UPGMA方法聚类分析及主成分分析将24份辣椒聚为7类,结果基本与辣椒种类来源相符。     

基于SSR标记的苔草种质遗传多样性分析

苔草属(Carex L.)植物为莎草科多年生草本,在园林绿化、畜牧业生产、生态修复等方面发挥着越来越重要的作用。为了了解新西兰苔草品种间的遗传多样性及与国内苔草的地域差异,对其进行分子标记分析。本研究利用筛选得到的10对SSR引物对12份苔草材料(包括10份新西兰引进品种)进行遗传多样性分析,结合聚类分析等揭示苔草材料之间的遗传多样性。结果显示,10对SSR引物最终扩增出91条多态性条带,据此建立的指纹图谱显示Ctcp016引物可以一次性鉴别12份苔草样品;多态性比率为97.8%,平均每条引物扩增出8.27条,多态性信息含量(PIC)在0.140~0.260之间,平均多态性信息含量为0.220,平均遗传距离值为0.428;12份参试苔草资源的观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、基因多样性指数(H)以及Shannon信息指数(I)平均值分别为1.976、1.350、0.226、0.368,表明各苔草样品之间的遗传多样性处于较高水平;非加权组平均(UPGMA)聚类系统发生树在遗传距离为0.428时可将12份苔草分为3类,地域对苔草遗传信息无明显影响。本研究表明利用SSR标记可以有效地对苔草遗传多样性及群体结构进行分析,并可构建苔草遗传图谱,为以后的研究提供丰富的标记来源,有助于推动苔草分子标记辅助育种工作,为进一步开发利用苔草资源提供帮助。     

黄淮海50份大豆种质资源SSR遗传多样性分析

利用42对SSR标记对黄淮海地区的50份大豆种质材料进行遗传多样性分析。结果表明,从供试材料的基因组中扩增出203条带,多态性条带198个,多态位点百分率(PPB)为97.54%。平均等位基因数(Na)为1.952 4,平均有效等位基因数(Ne)为1.417 2,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.267 2。遗传多样度(Ht)为0.270 4,居群内遗传多样度(Hs)为0.259 1,居群间遗传分化系数(Gst)为0.141 7,基因流(Nm*)为3.03。黄淮海北部大豆种质的有效等位基因数(Na)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)均大于黄淮海南部。研究表明,42对SSR引物具有丰富的多态信息。经UPMGA聚类分析,50份黄淮海大豆种质材料分为2个类群,与2个居群结构基本一致。居群间遗传距离较小,相似系数较大,存在中低度遗传分化。居群内部个体差异较大,居群之间存在丰富的基因交流。黄淮海北部大豆种质资源的遗传多样性较黄淮海南部高,黄淮海北部大豆种质资源较为丰富。     

基于SSR标记的冬瓜种质资源遗传多样性分析

为了加强冬瓜种质资源的保护和评价,明确资源间的亲缘关系,本研究利用SSR标记在分子水平上对111份冬瓜种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,19对SSR引物共扩增出182条条带,其中多态性条带169条,多态率92.86%;通过POPGENE 1.31软件计算每对引物的平均有效等位基因数(Ne)为1.393 2,平均Nei's遗传多样性指数(He)为0.260 1,平均Shannon's信息指数(I)为0.418 7。采用Jaccard相似系数进行种质间的聚类分析,在遗传距离为0.70的位置可将全部种质分为6个类群。通过聚类结果可知,种质材料未按照地理来源划分,但相同果型、籽型的种质资源间亲缘关系较近。本研究基于SSR标记分析冬瓜种质资源遗传多样性并进行亲缘关系的聚类,将为冬瓜种质的保存和利用提供理论依据。     

基于ISSR及SSR标记的苜蓿遗传多样性分析

探究苜蓿种质资源亲缘关系,为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。采用ISSR和SSR分子标记方法对30份苜蓿材料进行遗传多样性分析。12条ISSR标记引物共扩增出125条带,多态性条带117条,多态性条带比率(PPB)为93.01%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.465 9,0.281 3,0.431 4;12条SSR标记引物共扩增出152条带,多态性条带144条,多态性条带比率(PPB)为94.05%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.542 7,0.313 9,0.470 1。2种标记遗传相似系数及聚类分析表明,材料Zxy2010p-7900、Zxy2010p-7740可单独分为一类,与其他材料亲缘关系较远;清水紫花苜蓿、陇东紫花苜蓿、甘农4号杂花苜蓿可分为一类,其品种间遗传相似系数较大,亲缘关系较近。2种标记方法客观真实地检测出供试苜蓿种质的亲缘关系。     

新疆薰衣草种质资源遗传多样性SRAP分析

为给薰衣草育种研究提供科学依据,本研究采用SRAP分子标记技术对65份薰衣草种质资源遗传多样性及亲缘关系进行评价,结果表明11对多态性引物共扩增出192个条带,其中多态性条带182个,多态性比率为94.79%。65份薰衣草的遗传相似系数范围为0.510 4～0.885 4,平均值为0.650 2;遗传距离范围为0.121 7～0.693 1,平均值为0.337 3;等位基因数(Na)为1.963 5,有效等位基因数(Ne)为1.555 6,Nei's基因多样性指数(He)为0.320 3,Shannon信息指数(I)为0.479 3。聚类分析把供试材料分为4个类群:第Ⅰ类群包括35份、第Ⅱ类群包括1份、第Ⅲ类群包括1份和第Ⅳ类群包括28份种质。本研究表明新疆薰衣草种质资源的遗传背景相对狭窄,为了创制优异的薰衣草新品种,需要引入更多亲缘关系较远的薰衣草种质资源。     

沙柳不同产地间遗传多样性的SSR分析

分析沙柳种质资源的遗传多样性和遗传分化,为资源的有效利用、新基因的挖掘和新品种选育提供参考。应用SSR分子标记分析8个产地330份沙柳样本的遗传多样性。从45对SSR引物中筛选出19对多态性引物,共扩增出74条带,其中63条具有多态性,每对引物检测到等位位点数为2~11,平均多态性位点为3.89,平均有效等位基因数(NE)为1.8171,平均期望杂合度(He)为0.4079,平均观测杂合度(Ho)为0.3798,平均Shannon信息指数(I)为0.6447。利用POPGENE软件对SSR扩增结果分析表明,8个产地间的遗传相似度在0.9437~0.9908。UPGMA聚类分析表明,8个产地划分成3类;遗传分化程度和产地间的距离呈正相关。     

基于SSR标记的板栗种质资源遗传多样性分析

本研究利用筛选出的21对SSR分子标记对来自12个省(市)的279份板栗资源进行遗传多样性分析,为种质资源的开发利用与核心种质的构建提供科学依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量变化范围在0.614 5～0.972 3之间,平均0.866 8。通过检测10个群体的遗传多样性参数,发现山东群体Shannon's信息指数(I=0.487 0)、Nei's多样性指数(H=0.319 5)、有效等位基因数(Ne=1.530)及多态位点百分率(PPB=100%)均最大,是遗传多样性最丰富的群体;群体间遗传分化系数Gst=0.099 3,表明群体内遗传分化大于群体间分化;基因流Nm=4.536 1,说明板栗各群体间存在适度的基因交流;聚类结果和主坐标分析图表明,各群体的遗传关系和地理来源有一定联系。     

板栗及其近缘种叶绿体SSR遗传多样性分析

为了探明板栗及其近缘种的亲缘关系并分析栗属的遗传多样性,基于叶绿体微卫星标记技术,选用4对呈现多态性的cp SSR引物,对板栗及其近缘种、野生种共6个种,56份材料进行遗传结构、遗传关系等分析。4个位点扩增等位基因数(Na)平均为3.25,有效等位基因数(Ne)平均为2.554,期望杂合度(He)平均为0.606,群体Nei’s遗传多样性(Hs)为0.320,各遗传参数值均低于核基因组对群体研究的相应值。另外,各种之间有丰富的cp SSR多样性,尤以野生板栗多样性指数最高。结果表明,我国天然野生板栗群体内蕴含更丰富的遗传变异,为我国板栗野生种质保育及可持续开发利用提供了基础数据和科学依据。     

马铃薯种质资源遗传多样性分析及杂交子代SRAP鉴定

探讨马铃薯种质资源的遗传多样性并准确鉴定马铃薯杂交子代身份的真实性是马铃薯分子育种工作研究的重要内容。本研究基于SRAP分子标记分析54份马铃薯种质资源遗传多样性,并对"青薯7号(♀)"×"陇薯3号(♂)"杂交组合的50个杂种F1单株进行分子鉴定。结果表明:(1)从88对引物组合中筛选出12对主带清晰、条带丰富、多态性好的引物组合,对54份马铃薯种质资源的遗传多样性进行分析;共扩增出谱带215条,其中多态性条带180条,多态性比率为83.72%,多态性较高。(2)通过UPGMA法对54份马铃薯种质材料聚类分析显示,54份供试材料品种间遗传相似系数为0.55~0.83,平均为0.61;在遗传相似性系数0.645 6处,可将54份种质资源分为6大类群,包括5个复合组和1个独立类;54份马铃薯种质材料物种水平多样性条带百分率(PPB)为83.72%、Shannon多样性信息指数(I)为0.502 8±0.185 7、Nei's基因多样度指数(H)为0.335 5±0.148 1、平均每个位点上的观察等位基因数(Na)为1.990 7±0.096 2、平均每个位点的有效等位基因数(Ne)为1.565 1±0.323 2。这些结果说明,供试马铃薯品种间的遗传多样性相对丰富,遗传差异较大。(3)应用两个亲本之间17对具有父本特征条带的SRAP引物对"青薯7号(♀)"×"陇薯3号(♂)"杂交组合的50个杂种F1代进行子代真实性分子鉴定,初步判定所有杂种F1均为真实的杂交种。本研究结果可为马铃薯亲本的筛选及杂交子代早期鉴定提供理论数据和技术参考。     

基于SSR标记的雪茄烟种质资源指纹图谱库的构建及遗传多样性分析

为从分子水平研究我国雪茄烟种质资源的遗传多样性差异并建立雪茄烟品种的DNA指纹图谱数据库,本研究利用43对多态性好的SSR引物对220份雪茄烟种质进行遗传多样性分析,筛选出14对核心引物对雪茄烟种质进行指纹图谱的构建。结果表明,43对SSR引物在220份雪茄烟种质材料中共扩增出243个等位基因,平均每个标记5.65个,变幅为2~13,每个位点的多态性信息量(polymorphism information content,PIC)变化为0.2078~0.9087,平均为0.6360。有效等位基因数(number of effective alleles,N_e)范围为1.3081~11.7876,平均有效等位基因数为3.9077;观测杂合度(observed heterozygosity,H_o)变化范围为0.0828~0.7639,平均为0.3191;预期杂合度(expected heterozygosity,H_e)的变化范围为0.2361~0.9172,平均为0.6809;种群平均Shannon遗传多样性指数(Shannon genetic diversity index,I)为1.3756,遗传距离在0.0233~0.9286之间,平均遗传距离0.6816。聚类分析表明,在遗传距离为0.74处,可将供试雪茄烟资源分为3个类群。Structure群体遗传结构分析和主成分分析将所有的供试材料划分为2个类群。根据引物的分析和表型鉴定结果,确定良种、辅善和满耳朵,山东大叶和牡丹江05-1,Florida513和CA0701为异名同种,一个品种保留一份种质,剩余216份不同种质。从43对SSR引物中筛选出14对可区分所有供试材料的SSR引物作为核心引物构建了216个雪茄烟品种的指纹图谱。我国雪茄烟种质资源具有较高水平的遗传多样性,本研究构建的雪茄烟种质资源SSR指纹图谱库及遗传分析的结果在分子水平上为筛选、鉴定优质雪茄烟种质资源、挖掘重要基因以及拓宽雪茄烟遗传育种基础等工作提供科学依据。     

东北春播区糜子核心种质及其DNA分子身份证构建

本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分析核心种质。结果表明,对169对SSR引物进行筛选,发现30对多态性好,利用30对SSR引物构建的糜子核心种质包含190份材料,占全部种质的38%,全部种质与核心种质的均检测出91个等位变异,保留了100%等位基因;有效等位基因数为2.2977～2.9975和2.2872～3.0173,平均值分别为2.8198和2.8297;Shannon多样性指数为0.9532～1.0990和0.9535～1.1162,平均值为1.0645和1.0667;观测杂合度为0.3434～0.8037和0.3162～0.7849,平均值为0.5399和0.5359;期望杂合度为0.5654～0.6672和0.5645～0.6707,平均值为0.6448和0.6473;Nei’s基因多样性指数为0.5648～0.6664和0.5628～0.6686,平均值...     

基于SRAP分子标记的黑龙江紫苏种质资源遗传多样性分析

为研究紫苏遗传多样性,后续选育紫苏新品种,本研究运用SRAP分子标记方法,通过使用21对SRAP引物对100份紫苏种质资源进行SRAP分子标记遗传多样性分析。结果显示100份紫苏样品,紫苏种质遗传多样性单群体观察等位基因(Na)为1.976 6,有效等位基因数(Ne)为1.685 9,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.388 3,Shannon信息指数(I)为0.567 6,表明紫苏种质遗传多样性较为丰富。紫苏种质遗传多样性多群体观察等位基因(Na)为2.500,有效等位基因数(Ne)为1.980,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.495,Shannon信息指数(I)为0.711。组间显著性为0.03,差异性较大,说明各群体之间遗传差异性大;组内差异不显著,说明组内群体遗传纯合度高。试验结果为紫苏种质资源的精准评价、核心种质的构建和紫苏品种的选育提供数据支撑。     

基于ISSR分子标记技术的蓝花楹遗传多样性和亲缘关系分析

利用ISSR分子标记技术对来自不同省份的19个种源共21份蓝花楹种质资源进行遗传多样性分析,探讨其亲缘关系.从33条ISSR引物中筛选出10条引物组合得到53个清晰的电泳条带,其中多态性条带44条,多态性百分率为83.02％,平均每条引物扩增出5.3个条带.21份蓝花楹种质观察等位基因数(Na)平均为1.83,有效等位基因总数(Ne)平均为1.45,Nei's基因多样性指数(H)平均为0.27,Shannon's信息指数(I)平均为0.40.ISSR分子标记聚类分析研究表明,21份蓝花楹种质资源可聚为两大类群,且具有丰富的遗传多样性,其亲缘关系与栽培区地理来源相关性不强.本研究较准确地进行了各蓝花楹种质资源的分子鉴别,可为蓝花楹的良种选育提供理论依据.     

基于分子标记的安徽省绿豆种质资源遗传多样性分析

为了解安徽地区绿豆种质资源的遗传背景和亲缘关系,本研究挑选了27对(15对InDel和12对SSR标记)条带清晰、多态性好的分子标记对安徽地区的66份绿豆地方品种进行遗传多样性分析。研究结果表明,单个标记检测到的等位基因数(Na)在2～4个,平均为2.57个;有效等位基因数(Ne)为1.38～3.45个,平均为2.03个;Shannon信息指数(I)的变幅介于0.45～1.31之间,平均值为0.76;Nei's基因多样性指数在0.28～0.71之间,平均为0.49;标记的多态性信息含量(PIC)值在0.24～0.66之间,平均PIC含量为0.40。66份资源间的遗传相似系数在0.33～1.00之间,平均为0.61,UPGMA聚类分析将66份材料在遗传相似系数为0.525处分为两大类群。但聚类结果没有严格按照地理来源进行划分,来源于不同地理区域的资源被划分在一起。上述研究结果表明安徽省绿豆地方品种遗传基础狭窄,遗传多样性水平较低。因此,为丰富安徽省绿豆资源遗传多样性水平,需加强资源引进和种质创新工作。本研究结果为分析安徽地区绿豆品种亲缘关系提供理论依据,同时也为资源收集和提高优良种质利用率提供依据。     

基于SSR分子标记的刺槐遗传多样性分析及核心种质的构建

刺槐(Robinia pseudoacacia)是一种极具发展利用潜能的林业生物质能源树种。为了解决刺槐林业生物质能源面临的原料短缺问题,本研究选取了中国北方7个地区的96个刺槐种质资源,运用筛选出的14对SSR引物进行标记,分析了其遗传多样性并构建核心种质。结果表明:刺槐种质资源的平均等位基因数(Na)为3.2143;平均有效等位基因数(Ne)为2.1840;平均Shannon’s信息指数(I)为0.8831;平均观测杂合度(Ho)为0.4055;平均预期杂合度(He)为0.5149,收集的刺槐种质存在丰富的遗传多样性。采用逐步聚类法进行核心种质构建,最终确定的核心种质共包含23份种质。通过t检测,核心种质遗传多样性与原始种质无显著差异,可以充分地代表原始种质资源。核心种质纤维素含量提高了2.17%,平均达到33.42%,适宜作为纤维素生物质能源原料。研究结果为刺槐种质资源的保护,管理和纤维素生物质能源化利用提供了丰富的理论依据和优良的种质材料。     

四川加工型辣椒种质资源遗传多样性分析

为了评估四川加工型辣椒种质资源的遗传多样性和亲缘关系,本研究以24份辣椒种质资源为研究对象,采用iPBS分子标记技术分析其遗传多样性和亲缘关系。结果表明,10条引物共扩增出171条谱带,多态性谱带103条,多态性比率为59.39%。对24份辣椒种质资源的遗传多样性进行分析,其遗传相似系数(GS)在0.713～0.901;根据果型将供试样本分为牛角椒、线椒、羊角椒和小椒4个群体,其中羊角椒群体的遗传多样性最高,其观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因指数(H)和Shannon’s信息指数(I),分别为1.473 7、1.340 9、0.189 2和0.275 2。牛角椒群体的遗传多样性最低,其Na、Ne、H和I分别为1.263 2、1.167 9、0.098 7和0.147 0;按非加权组平均法(UPGMA)构建24份辣椒种质资源的iPBS标记聚类树状图,在遗传相似系数0.82处,可将24份材料分为4个组,与形态学的分类结果存在较大差异。综合分析结果表明,多数供试材料间的亲缘关系较近,而不同组材料间的亲缘关系相对较远,鉴于组间辣椒品种间的亲缘关系以及在产量、成熟期...     

地方晒烟种质资源SRAP标记的遗传多样性分析

解析地方晒烟种质资源的遗传背景,为晒烟种质的高效利用提供依据。本研究筛选多态性丰富的14对SRAP引物组合,对贵州省内广泛地理来源的136份地方性晒烟资源进行遗传多样性分析,根据Model-base和NJ聚类进行遗传结构分析。结果表明:参试材料具有较高的遗传多样性,共扩增出250个稳定的多态性位点,多态性位点比率为97.6%,有效等位基因数(Ne)为1.22,Nei's基因多样性指数(H)为0.15,Shannon's信息指数(I)为0.26,材料间平均遗传距离为0.778,多数材料间亲缘关系较远。Model-base遗传结构分析和NJ聚类结果一致,将总材料划分为三大亚群,亚群Ⅰ包含46份资源,亚群Ⅱ包含47份资源,亚群Ⅲ包含43份资源,划分结果与材料的地理来源关系不大,三个亚群多样性依次为:亚群Ⅱ亚群Ⅰ亚群Ⅲ。     

西瓜核心种质遗传多样性分析及指纹图谱构建

深入了解西瓜核心种质资源的群体结构及遗传多样性,可以准确指导亲本间杂交组合的有效配置,避免具有相似遗传背景材料的组合,以便提高育种效率。据此,本研究通过采用45对具有多态性的SSR标记对不同来源的78份西瓜核心种质进行了多元统计分析。结果表明,45个SSR标记共检测出175个位点,其中具有多态性位点数为165个,多态性比率达95.41%,且每对引物平均检测到等位基因位点3.67个,PIC大小范围在0.049~0.781之间,平均值为0.415,其有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)、多样性指数(I)及Nei's基因多样性指数(H)在该群体水平上分别为2.258、0.479、0.521、0.850和0.476,同时筛选出了28对多态性高、带型稳定、易于统计的核心引物,构建了78份西瓜核心种质的SSR指纹图谱。群体结构分析表明,78份西瓜核心种质资源划分为2大类群和4个亚群,其中来自不同地域的美国材料和日本材料分别独立趋于2大类群中,而中国种质材料普遍交叉分布于2大类群中,且各亚群之间存在着明显的基因交流,分子方差分析表明种质间遗传多样性主要存在于品种间和居群间。