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1.
【目的】探讨越橘EST序列中SSR位点的分布规律,开发越橘EST-SSR引物,并分析其在越橘品种遗传多样性研究中的作用。【方法】以91份越橘种质为材料,利用越橘果实转录组(RNA-Seq)的测序结果,通过SSRIT在线搜索,利用Primer Premier 5.0软件设计30对引物,并筛选扩增效果理想的引物,用筛选出的引物分析91份种质的多态性,构建91份种质的系统发育树。【结果】34 464条越橘unigene序列中含有SSR位点的序列有829条,SSR位点有913个,其中二核苷酸、三核苷酸重复是主要的SSR类型,分别占全部SSR位点的13.69%和81.27%。不同核苷酸数目重复基元的重复次数差异很大;越橘EST-SSR位点集中在11~15bp;三核苷酸和六核苷酸重基元复种类最多,在所有重复基元中GAA/TTC发生频率最高。设计的30对引物中有17对引物在供试越橘种质中扩增出理想的PCR产物,17对引物均有多态性。聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.69时,可以将供试越橘种质分成4组。【结论】EST-SSR标记可以用于越橘品种的鉴定与遗传多样性分析。  相似文献   

2.
【目的】分析云贵地区金铁锁转录组中SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的大量开发奠定基础。【方法】以金铁锁嫩叶为材料,经转录组测序后,利用MISA软件进行de novo组装;使用Excel软件进行分析并用Primer 3软件设计引物。【结果】从77 942条Unigenes序列中共检测到6 660个微卫星位点,出现频率为8.54%,平均分布距离为401.64 kb。检测到的SSR位点中以三核苷酸和二核苷酸出现频率最高,分别占58.69%和35.77%,而以五核苷酸最少(1.24%)。AG/TC与GA/CT是二核苷酸的优势重复基元,分别占总基元的12.66%和10.45%。CTT/GAA和AAC/TTG在三核苷酸中出现频率最高,占总基元的3.71%和3.60%。根据转录组的测序结果,金铁锁转录组的SSR位点出现的频率较高,具有丰富的基元类型,并且有较高的重复次数,具有较高的多态性潜力。根据转录组的测序结果,随机选出82对引物用于检测,其中有20对引物能扩增出清晰且单一的谱带。【结论】金铁锁转录组所产生的Unigene是开发SSR的有效来源,而获得的SSR引物可以为金铁锁种质资源的遗传变异研究提供更多的标记。  相似文献   

3.
【目的】分析柴胡转录组中SSR的分布及序列特征,为开发多态性良好的、功能基因相关的SSR标记提供理论依据。【方法】以不同温度处理的柴胡种子为材料,经高通量转录组测序后,使用Trinity对测序结果进行de novo组装,并利用MISA对组装得到的Unigenes进行SSR位点搜索,最后统计分析SSR的分布及序列特征。【结果】从转录组数据组装获得244194条Unigenes,其N50值为1036 bp,平均长度791 bp,总长度193138105 bp。从Unigenes序列中共检测到50303个SSR位点,去除20405个复合型SSR位点,以29898个单一型SSR位点为后续分析对象。转录组SSR的出现频率为12.24%,平均分布距离6.46 kb,主要重复基元类型为二核苷酸,共17105个,占SSR总数的57.21%,其次为三核苷酸和单核苷酸,分别占SSR总数的20.75%和20.46%,四核苷酸~六核苷酸重复基元数量均较少。转录组SSR中,共有97种重复基元,其中二核苷酸和三核苷酸重复基元分别以AT/AT和ATC/GAT为主,分别占SSR总数的33.33%和3.98%;重复次数5~10次的SSR位点数量最多,共27942个,占SSR总数的93.46%。转录组SSR序列长度存在明显差异(12~76 bp),平均长度15.28 bp。【结论】柴胡转录组的SSR位点出现频率较高,类型较丰富,具有开发出高多态性SSR分子标记的潜力,将其用于柴胡的遗传多样性分析、种质资源评价及分子标记辅助育种等研究。  相似文献   

4.
【目的】开发球茎甘蓝SSR分子标记,并构建球茎甘蓝的指纹图谱,以期从分子水平了解球茎甘蓝品种间的遗传多样性及亲缘关系,为球茎甘蓝育种材料选择提供参考。【方法】基于转录组数据,利用生物信息学方法开发球茎甘蓝的SSR标记并分析其分布特征,PCR检测SSR引物的有效性和多态性,筛选出多态性引物,用于分析18份球茎甘蓝材料的亲缘关系并构建指纹图谱。【结果】通过球茎甘蓝转录组测序共获得196642条Unigenes,其中85468条含有SSR位点,SSR出现频率43.46%;单一型SSR位点以单核苷酸(44.74%)为主要类型,其次为二核苷酸(26.37%)和三核苷酸(27.35%)类型。SSR位点有112种重复基序,其中单核苷酸重复基序以A/T为主(占44.16%),二核苷酸重复基序以AG/CT为主(占18.11%)。PCR筛选获得29对引物能扩增出86条多态性条带,平均每对引物扩增出3.28条。根据扩增出的多态性条带对18份球茎甘蓝材料进行聚类分析,结果显示在遗传距离为0.61处将其分为五大类,同时还构建了18份球茎甘蓝DNA指纹图谱数据库,建立了相应的识别二维码。【结论】开发获得29个球茎...  相似文献   

5.
为了探究叶用芥菜奶奶青菜资源的多样性水平,基于转录组数据研究了奶奶青菜简单重复序列标记(EST-SSR)特征,筛选了适合奶奶青菜的EST-SSR引物,并分析了奶奶青菜的遗传多样性。转录组测序分析共获得46 386条非冗余基因(unigene),其中13 544条unigene序列中含有18 720个简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)位点,SSR的发生频率为29.20%,平均每2.73 kb出现1个SSR,分布频率为40.36%。优势重复序列为单核苷酸,占总SSR数量的49.39%,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR数量的25.44%和24.13%。AT、AGCT和AAG/CTT分别是单核苷酸、二核苷酸以及三核苷酸的优势重复基元。以30份奶奶青菜和5份其他芸薹属蔬菜为材料,从37对引物中筛选出17对多态性引物,扩增得到135条多态性条带,多态性比例达88.2%。遗传多样性分析结果显示,平均等位基因数(Na)为5.705 9,平均有效等位基因数(Ne)为2.397 8,平均多样性指数(I)为1.036 1,平均观察杂合度(Ho)为0.312 1,平均期望杂合度(He)为0.530 0,平均Nei’s期望杂合度为0.521 9,表明筛选出的17对SSR引物具有较好的遗传多样性。通过非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA)聚类分析,在相似系数为0.677处可将30份叶用芥菜奶奶青菜材料分为3类。试验结果可为叶用芥菜奶奶青菜的种质资源鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助育种等研究提供引物支持和技术参考。  相似文献   

6.
【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。  相似文献   

7.
荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发   总被引:7,自引:0,他引:7  
 【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这些EST-SSR的平均长度为18.43 bp,平均分布频率1/4.42 kb。在1—6 bp的重复基元中,二核苷酸和三核苷酸重复类型占主导地位,共占总SSR的69.09%,二者出现的频率分别为37.27%和31.82%。共观察到72种重复基元,出现频率最高的是GA/TC(16.82%);其次是AG/CT、A/T、AT/TA及GAA/TTC,频率分别为14.55%、11.82%、5.00%和3.64%。不同核苷酸数目的重复基元的重复次数差异很大。设计、合成150对EST-SSR引物,122对(81.33%)引物在荔枝中获得有效扩增,100对引物具有多态性。【结论】荔枝EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR 标记开发效率较高。本研究为利用EST-SSR标记开展荔枝遗传研究提供了100 对EST-SSR引物,并为进一步开发荔枝EST-SSR标记提供了含SSR位点的候选序列。  相似文献   

8.
[目的]开发银鲳分子标记技术。[方法]通过对银鲳(Pampus argenteus)进行高通量转录组测序(RNA-seq)获得银鲳转录组原始试验数据,经过拼接后,获得3 715 603条unigene序列。采用生物信息学分析软件MISA对所有unigene进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点鉴定。同时,利用软件对银鲳转录组SSR的多态性进行评价。[结果]银鲳转录组水平上,共鉴定出107 007个SSR位点,分布在97 289条unigene中,发生频率为2.62%,SSR平均密度为476个/Mbp。在银鲳转录组SSRs中,单核苷酸与二核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占总SSRs的48.14%和34.10%。银鲳转录组数据中SSR序列共包括424种重复基元类型,单核苷酸重复基元A占较高比例,占同一重复类型SSRs的49.57%,二核苷酸重复基元TG/AC和三核苷酸重复基元GAG/AAC是优势重复基元,分别占同一重复类型SSRs的42.43%和9.61%。重复序列长度在12 bp以上的SSR标记位点数占总SSR的76.95%,具有丰富的多态性。[结论]银鲳SSRs位点具有极大的可开发性,可为银鲳遗传多样性研究、遗传图谱构建及分子辅助育种提供有效工具。  相似文献   

9.
【目的】系统鉴定苦荞基因组中的SSR位点并开发SSR分子标记,为SSR分子标记在苦荞中的应用奠定基础。【方法】利用MISA1.0软件对苦荞“品苦1号”全基因组序列中的SSR位点进行搜索,同时利用Primer 3.0批量设计引物,并随机选择50对引物进行多态性验证。【结果】共鉴定到148 830个SSR位点,他们分布在苦荞所有8条染色体上,平均每隔3.04 kb就有1个SSR位点。SSR有6种类型,即单核苷酸重复至六核苷酸重复,其中单核苷酸重复(82 047个)、二核苷酸重复(52 039个)和三核苷酸重复(11 699个)最多,占SSR总数的97.95%。全基因组共鉴定出171种碱基重复类型,其中A/T(53.143%)和AT/AT(30.038%)是最丰富的重复类型。共设计出128 706对SSR引物,随机选择合成50对引物对10份苦荞种质进行多态性检测,共有15对引物在苦荞种质中产生了较好的多态性,并可将10份苦荞种质分为4个类群。【结论】苦荞基因组含有丰富的SSR位点,其中单核苷酸重复和二核苷酸重复类型最为丰富,SSR位点平均距离为3.04 kb;开发的SSR分子标记具有良好的多...  相似文献   

10.
为了解美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组中的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,并为开发灵芝分子标记辅助育种技术奠定基础,将高通量转录组测序获得的美国大灵芝转录组数据通过Trinity软件拼接组装,再利用MISA软件分析其SSR位点信息。随后采用Primer 3根据SSR位点设计特异性鉴别引物,并以灵芝DNA为模板,对其有效性进行验证。共获得65 064条单基因簇(unigene),在其中2 981条unigene中检测到3 380个符合软件参数的SSR位点,发生频率为5.19%,平均分布距离为12.60 kb。美国大灵芝转录组SSR位点总长度为52 168 bp,平均长度为15 bp。单核苷酸、三核苷酸是美国大灵芝转录组SSR的主要重复类型,分别占总SSR的35.33%和38.67%。SSR基元重复次数范围为5~73次,其中5次重复的发生次数最高。SSR重复基元共有98个类型,其中C/G是最常见的重复基元,比例为17.72%,其次是A/T,比例为17.60%。针对3 380个SSR位点设计出2 324对SSR引物,随机选择15对引物对3种灵芝栽培品种进行PCR扩增,10对引物可稳定扩增出条带,其中8对在3个灵芝栽培品种中表现出多态性。说明美国大灵芝转录组SSR位点多态性丰富,对灵芝的功能基因挖掘、分子标记辅助育种开发以及遗传多样性分析等具有重要意义。  相似文献   

11.
【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9 kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20 bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。  相似文献   

12.
13.
黑果枸杞基因组SSR标记开发及遗传多样性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】开发黑果枸杞基因组SSR标记并验证其有效性,为黑果枸杞SSR分子开发应用提供依据。【方法】利用Illumina Hiseq 2500测序平台对2年生的黑果枸杞Lr-01无性系的基因组进行PE150测序,用MISA软件对获得的基因组序列进行检索与分析。在此基础上,以18份宁夏枸杞、1份中国枸杞、23份黑果枸杞和6份其他枸杞种质为供试材料,利用Primer 3.0设计SSR引物,进行SSR引物筛选和多样性验证。【结果】在黑果枸杞中共检索到2 326条Scaffolds, 含有2 494个SSR位点,每5.29 kb就有1个SSR位点,优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的59.18%,27.11%和11.75%。重复基元类型共21种,其中类型最多的为单核苷酸重复A/T,占总数的56.05%;其次为二核苷酸重复AT/AT,占总数的12.35%。从设计的SSR引物中,随机挑选合成150对引物进行PCR扩增,筛选出10对高多态性SSR引物,分析其在48份枸杞种质中遗传参数,结果共检测到186个等位基因,平均为19个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量平均值分别为0.615,0.834和0.817。UPGMA聚类分析结果表明,48份枸杞种质被分为2个类群,其中类型Ⅰ包括23份种质,全部为黑果枸杞;类型Ⅱ包括25份种质,主要为宁夏枸杞。分析结果显示,48份枸杞种质群体结构和群体种质资源遗传结构均可分为2个类群,与聚类分析结果基本一致。【结论】通过高通量测序技术开发黑果枸杞SSR标记是一种简单而高效途径,这些SSR标记为黑果枸杞种质资源的遗传多样性分析及遗传图谱构建等研究提供了可靠的标记选择。  相似文献   

14.
【目的】分析大花序桉基因组SSR的分布特征及序列分析,为大规模开发大花序桉分子标记辅助育种的SSR标记提供理论依据。【方法】通过高通量测序获得大花序桉基因组序列信息,经严格过滤、拼接和组装后获得scaffolds,利用MISA网站对Scaffolds进行SSR位点检索及分析,并利用Primer 5.0对具有较大多态性开发潜力(二基元重复次数≥10、三基元重复次数≥7)的SSR标记进行引物设计,随机挑选48对基因组SSR引物进行有效性检测及有效扩增引物筛选。【结果】大花序桉基因组共含有177750个SSR位点,包括171530个SSR独立位点和6220个复合型SSR位点;SSR发生频率为17.86%,分布密度为1/3.13 kb。大花序桉基因组SSR基元类型较丰富,以单核苷酸重复基元类型数量最多,占基因组总SSR数量的69.33%,其次为二、三核苷酸重复基元类型,分别占基因组SSR数量的21.01%和7.58%,四、五、六核苷酸的重复基元类型所占比例均相对较低,三者的比例含量总和为2.08%。SSR基元类型以AG/CT占绝对优势(16812个),其次为AT/AT(8193个)和AAG/CTT(4404个)。从48对SSR标记引物中筛选出31对引物能有效扩增出清晰、明亮条带且大小与预期相符,其中有14对在6个大花序桉样本中均呈现多态性,多态百分率为29.17%。【结论】大花序桉基因组SSR位点发生频率高,基元类型较丰富,SSR多态性标记开发潜力大。该研究结果为进一步大花序桉SSR引物开发和筛选,以及开展大花序桉及其他桉树遗传多样性分析和遗传图谱构建提供依据。  相似文献   

15.
为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444 865条unigenes,共鉴定出141 132个SSR位点,发生频率为23.02%,平均每3.45 kb出现一个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以AT和ATAT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125 616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33个条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.756 9处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。  相似文献   

16.
【目的】利用桑科的EST数据库进行桑树EST—SSR引物开发,为丰富桑树SSR数据库提供参考。【方法】下载NCBI中桑科的EST数据库,进行序列处理及拼接后,用SSRIT搜索其中的SSR位点,以Primer Premier 5.0设计引物,选用5个桑树品种各5株样品进行多态性引物筛选。【结果】下载的EST拼接后得到2008条拼接片段(contig),共搜索到831个SSR位点,分布在799个contig中。二、三核苷酸重复基元是主导类型,分别占总SSR的66.06%和32.37%;TC/AG和CT/GA是二核苷酸优势重复基元,分别占二核苷酸总数的28.64%和25.87%。设计合成77对EST—SSR引物,其中46对能够扩增出有效条带;经多态性筛选,26对引物可扩增出多态性条带。【结论】利用桑属近缘属的EST序列进行桑树EST—SSR引物的开发是可行的;开发出的26对多态性引物可用于桑树遗传多样性分析和种质鉴定等。  相似文献   

17.
为了研究芜菁(Brassica rapa L.)种质资源的多样性水平,本研究采用转录组测序的方法挖掘芜菁的SSR分子标记。结果表明:转录组测序分析共获得了253 720条unigene,其中13 247条unigene序列中含有2个或2个以上SSR位点,SSR的发生频率为25.05%,平均每3.15 kb出现1个SSR,分布频率为31.42%。30对引物最终均获得了多态性高、条带清晰的结果,共扩增出多态性条带有126条,平均每对引物扩增出4.2条,平均多态率100%。根据电泳检测扩增结果,最终得到24对多态性高、条带清晰的芜菁SSR引物,24对SSR引物在50份芜菁材料中共扩增获得了101个等位基因,平均每个位点等位基因数4.21个,分析显示,平均有效等位基因数(Ne)为1.481 7个,有效等位变异率为35.19%,这些结果表明,筛选出的引物能较好地表现50份芜菁的遗传多样性,同时对于更多芜菁品种的DNA指纹图谱构建和杂交种鉴定均具有重要意义。  相似文献   

18.
为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444 865条unigenes,共鉴定出141 132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125 616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.756 9处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。  相似文献   

19.
以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明:从北柴胡根转录组中共筛选到31 176个SSR位点,分布于21 732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富,共21 056个,占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸~六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元,重复基元次数在5~11次的数量最多,占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2 064条和1 004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路,获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22 090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中,随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增,扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组S...  相似文献   

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