利用荧光标记SSR构建百合种质资源分子身份证

以96份百合种质资源为材料,使用SSR标记进行百合种质分子身份证构建试验。从172对百合SSR引物中筛选出20对多态性好的核心引物,采用四重荧光毛细管电泳技术检测扩增条带分子量的方法对百合资源进行标记分析,获得供试样品相应的扩增带型。采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,按照20对引物扩增带型数由少到多顺序串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。结果显示：20对SSR引物共检测到69个SSR等位位点和170个带型,平均每对引物对品种扩增的等位位点3.45个,带型8.50个。对带型进行编码的结果表明：96份百合种质资源的SSR分子身份证互不相同,可以将材料完全区分开。     

利用SSR标记构建萝卜种质资源分子身份证

正为了保护我国特有的优异萝卜资源,促进资源的有效区分和合理利用,保障我国萝卜产业发展,目前需积极开展萝卜种质资源的特异性鉴定和种质识别技术研究。研究基于SSR分子标记、信息处理和图像处理技术,筛选出22对SSR引物对75份来源和特征不同的代表性萝卜种质进行鉴定,共扩增出153条带,其中多态性条带为87条,平均多态性位点百分率为55.49%,平均每对引物可扩增出6.95条带     

利用荧光SSR标记构建杏新品系的分子身份证

以15份杏种质(包括4个新品系)为试材,采用6个荧光SSR标记进行PCR试验,构建了4个杏新品系的分子身份证,以期为利用分子鉴定技术对4个杏新品系进行品种权保护提供参考依据。结果表明:利用6个标记共检测到47个等位基因,57个带型,平均每个标记获得9.8个带型;利用其中5个标记构建10位数的分子身份证,‘开园’‘春华’‘英华’和‘美华’4个新品系的分子身份证分别是2578231744、5878341744、277a231344和6768174612,既互不相同,也与其它种质的分子身份证不同。这些结果为4个杏新品系利用分子鉴定进行品种权保护提供了依据。     

秋子梨基于SSR荧光标记的分子身份证构建及亲缘关系分析

以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的53份秋子梨种质为试材,利用位于梨基因组17条染色体上多态性好的17对SSR荧光引物构建秋子梨分子身份证,建立每份种质的条形码标识,并探讨种质之间的亲缘关系。结果表明,17对SSR引物在53份秋子梨种质中共检测到267个等位基因,平均每对引物检测到15.7个等位基因。引物NAUpy45b检测到的等位基因数最多,为23个;NAUpy54b检测到的等位基因数最少,为10个。所有引物的香农信息指数平均为2.311,其中,NAUpy45b的香农信息指数最高,为2.673;NAUpy86c的香农信息指数最低,为1.493。聚类分析将53份秋子梨划分成2个组,与地理相关:长白山及小兴安岭的秋子梨野生资源单独聚类,与栽培品种亲缘关系较远。"热梨"和"白八里香"可能为同物异名品种。所选SSR标记可以区分芽变品种,可用于梨种质资源鉴别和保护。     

双孢蘑菇种质SSR分子身份证的构建

分子身份证是作物品种数字化的DNA指纹.本文采用从100对SSR引物中筛选出的8对引物、对从国内外收集的80份栽培及野生双孢蘑菇(Agaricus bisporus)种质的扩增谱进行分析,合并同类型菌株后得到29份代表菌株,再根据不同代表菌株对8对SSR引物产生的不同扩增谱型构建出这29份不同双孢菇菌株的分子身份证,可为区分和鉴别双孢蘑菇的品种提供参考.     

基于SSR荧光标记构建睡莲核心种质

采用SSR荧光标记技术对240份睡莲资源进行遗传多样性分析;利用Structure软件分析其群体结构,采用主成分分析和聚类分析进行验证;基于最小距离逐步取样法构建核心种质并进行t筛选验证。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到205个等位基因,平均Shannon’s信息指数(I)为0.2036,Nei’s基因多样性指数(H)为0.1168,有效等位基因数(N_e)为1.1697,表明睡莲的遗传多样性丰富。Structure软件分析结果显示最优的群体数K值为3,群体间有少量种质混杂;群体结构分析将240个睡莲品种(种)分为3个类群。采用最小距离逐步取样法,按70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%和10%的比例取样,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显;最终确立了15%的取样比例,包含36个睡莲品种(种)核心种质,其中Shannon’s信息指数(I)保留率为117%,Nei’基因多样性指数(H)保留率为118%,有效等位基因数(N_e)保留率为102%。t检验结果表明,构建的包含36个睡莲...     

利用ISSR分子标记构建南疆杏种质资源核心种质

【目的】探讨分子水平构建南疆杏核心种质的方法,建立最适核心种质。【方法】以138份南疆杏种质资源为材料,根据SM、Jaccard和NeiLi遗传距离,采用UPGMA聚类法进行多次聚类,以随机取样策略为对照,利用位点优先取样策略研究核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及遗传多样性各指标进行t检验来确定最适构建方法;分别将核心种质与原种质和保留种质进行t检验和遗传多样性比较,以此来评价核心种质的代表性;并用主坐标轴分析法和表型性状对核心种质进行确认。【结果】位点优先取样策略优于随机取样策略;通过Jaccard遗传距离构建的核心种质要优于SM和NeiLi遗传距离;采用主坐标轴分析法和表型数据分析显示,利用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离构建的核心种质能够较全面的代表原种质的遗传多样性;31份核心种质资源,保留了原种质22.46%的样品,多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的保留率分别达到92.37%、97.62%、98.82%、102.52%、107.17%和106.36%。【结论】采用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离进行多次聚类,是较适宜的构建南疆杏种质资源核心种质的方法,构建的31份核心种质能全面代表原种质的遗传多样性。     

应用SSR荧光标记法构建22个柚类品种的分子身份证

【目的】应用荧光SSR分子标记构建柚类种质分子身份证,用于品种资源鉴定。【方法】收集22份柚类材料,筛选SSR荧光标记引物,采用荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子质量和等位基因,获得相应的扩增带型,从而对每份柚材料进行标记。采用个位阿拉伯数字和小写英文字母对不同等位基因分子质量大小进行编码,再按照引物扩增带型数由大到小顺序将各位点赋值编码的数字串联排序,构建供试样品的分子身份证。【结果】筛选出4对多态性较好的引物,使用这4对引物共检测到49个扩增带型和41个SSR等位位点,平均每对引物的有关带型数12.25个、位点数10.25个。【结论】通过扩增带型分析,构建了22份柚类种质的分子身份证,包括12条信息独特的身份证。遗传聚类与分子身份证分析结果一致,为柚类品种鉴定和保护提供了重要依据。     

基于SSR荧光标记构建建兰品种核心种质

以226个建兰品种为材料,应用16对SSR荧光引物进行扩增,基于等位基因最大法,按照93.36%、83.19%、71.68%、64.16%、54.42%、47.35%、32.30%、23.45%、17.26%、12.39%和8.41%等11个压缩比例逐步聚类,形成备选种质。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到135个等位基因,平均观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息量(PIC)分别为8.5、3.218、0.584、1.228、0.617、0.384、0.539,表明建兰品种的遗传多样性丰富。各品种间的遗传多样性系数在0.64～1.0之间,在0.75处可分为4类,聚类结果客观反映出品种间的亲缘关系。经过对11个压缩比例形成的备选种质的对比,压缩比例32.30%为构建核心种质的最佳比例。t检验结果表明,构建的包含73个品种的核心种质与原始种质的遗传参数无显著差异,能充分代表原始种质的多样性。     

基于基因组结构变异构建萝卜种质资源分子身份证

萝卜种质资源类型多样,难以通过表型评价判定其亲缘关系.本试验整合4份萝卜全基因组重测序数据和520份萝卜简化基因组测序数据进行生物信息学分析,鉴定了萝卜群体基因组水平的结构变异,开发了24个通用性的分子标记.使用上述标记对255份萝卜种质进行基因分型,构建了相应的萝卜分子身份证.聚类分析结果表明,在相关系数0.55处可...     

油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析

选取海南大学油梨种质资源圃的‘Fuerte’油梨花朵和小果进行转录组测序,获得18 010条序列,总长度为29 422 056 bp。利用MISA软件检索转录组测序数据,获得分布于4 687个序列中的6 312个SSR位点。经统计发现,SSR在所检测的序列中出现的频率为35.05%。分析SSR位点特征显示,所有类型的SSR平均长度为18.90 bp,SSR之间的平均距离为4.66 kb。‘Fuerte’油梨转录组中SSR序列以二核苷酸、三核苷酸重复类型为主,两者占SSR总数的87.15%。二、三、四核苷酸重复类型中优势基元分别为AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物13 398对。以32份油梨种质资源为研究对象,对随机挑选的100对SSR引物进行有效性验证,并用于对这些油梨种质进行亲缘关系分析。发现其中40对引物具良好多态性,共扩增出219条谱带,其中171条为多态性谱带。经计算,平均每对引物产生4.275个多态性片段。He和PIC均值分别为0.529和0.456。UPGMA聚类和PCA分析结果较一致,在系数设定为0.74时可将32...     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

草莓属种质资源亲缘关系的SSR 标记分析

 用20对SSR引物对草莓属83份资源包括14个种和自然五倍体以及未鉴定的材料进行PCR扩增。在20个SSR位点共获得363个等位基因。每个位点扩增等位基因8 ~ 34个,平均18.2个,各位点多态性信息含量（PIC）在0.6691 ~ 0.9431,平均为0.8598。聚类分析表明,同属一个种的草莓资源被紧密地聚在一起。以种为单位,3个八倍体种智利草莓、弗州草莓和栽培种凤梨草莓亲缘关系很近,而八倍体种与其他低倍性野生种亲缘关系较远;在低倍性草莓种中,伞房草莓、五叶草莓、日本草莓、蝦夷草莓、高原草莓、黄毛草莓和绿色草莓聚在一组,具有较近的亲缘关系,而森林草莓、东北草莓、东方草莓、麝香草莓和自然五倍体草莓聚在一组,具有较近的亲缘关系。自然五倍体草莓可能起源于森林草莓或东北草莓与东方草莓或麝香草莓的自然杂交。     

利用TP-M13-SSR标记构建苹果栽培品种的分子身份证

以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的314份来自19个国家的苹果栽培品种为试材,利用TP-M13-SSR标记,基于TP-M13-SSR指纹图谱构建苹果种质分子身份证。16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因357个,平均每对引物检测到22.3个。根据引物扩增等位基因数和Shannon’s指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定6对核心引物可以区分全部供试苹果种质。基于供试苹果种质在6个SSR位点的指纹图谱,将等位基因编码成字符串获得分子身份证,利用条码技术其进一步转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。     

基于SSR荧光标记构建板栗品种（系）核心种质群

【目的】构建中国板栗品种（系）的核心种质。【方法】以342个中国板栗品种（系）为材料,用21对SSR荧光引物进行扩增,基于等位位点数最大原则,采用分层抽样、模拟退火算法、随机搜索算法构建核心种质;对板栗品种的含水量、可溶性糖含量、直链淀粉、支链淀粉、总淀粉含量等19个表型性状进行测量后开展差异显著性分析。【结果】21对SSR引物共检测到212个等位位点,等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）分别为10.095、3.488、0.596、0.658、0.642,表明板栗品种（系）具有丰富的遗传多样性。聚类结果显示,342个板栗品种（系）在分为南北两个群体基础上存在较多混杂,说明南北方品种存在较多基因交流。同时南北方板栗品种（系）的可溶性糖含量、直链淀粉含量、支链淀粉含量、刺苞厚、坚果厚、坚果宽呈显著性差异;总苞质量、苞质量、刺苞宽、刺苞高、苞肉厚、单粒质量呈极显著差异;含水量、总淀粉含量、出实率等其他指标无显著性差异。通过对3种方法所计算的等位位点数比较,确定基于等位基因数的模拟退火算法为最优取样策略,依次构建85份核心种...     

利用SSR荧光标记构建92个梨品种指纹图谱

 利用SSR荧光标记技术筛选出的10对SSR荧光标记引物,构建中国建国以后选育的92个梨品种的SSR指纹图谱。10对SSR引物共扩增出132个等位基因,位点的杂合度在0.2421 ~ 0.8632之间。10对引物的扩增带型为8 ~ 44个,平均为29.7个。利用其中5对引物KA16、NH009b、NH013a、CH02b121和CH05d04可区分所有供试品种。92个梨品种10个SSR位点的遗传多样性和多态性信息含量的变化范围分别为0.4886 ~ 0.8810和0.4537 ~ 0.8707,平均值分别为0.7920和0.7732。92个梨品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

野生二倍体草莓的SSR分子标记开发及核心种质的构建

用MISA程序搜索森林草莓（Fragaria vesca L.）基因组获得106 829个SSR位点,比对森林草莓等8种二倍体草莓的基因组获得唯一且共同的SSR序列5778个,其中单、二、三、四、五、六核苷酸类型以及复杂重复类型分别为3461、1223、999、57、7、5、26。在26个复杂重复类型中,有18个SSR位点在森林草莓、中国草莓（F. chinensis Lozinsk）、东北草莓（F. mandshurica Staudt）、黄毛草莓（F. nilgerrensis Schlecht.）、西藏草莓（F. nubicola Lindl.）、峨眉草莓（F. emeiensis Jia J. Lei）、五叶草莓（F. pentaphylla Lozinsk）和绿色草莓（F. viridis Duch.）等8个二倍体种的176份资源重测序数据中具有较高的覆盖度,通过检测获得了444个等位基因,平均有效等位基因数为7.899,Shannon信息指数在0.836～3.362之间,观察杂合度在0.006～0.477之间,期望杂合度在0.324～0.953之间,多态信息含量（PIC）介...     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.     

利用SSR荧光标记构建七十二个莲属荷花品种指纹图谱

以72个荷花品种为试材,采用荧光标记SSR结合毛细管电泳的方法,研究了不同荷花品种的遗传多样性,并构建了指纹图谱,以期为荷花种质资源的收集和分类鉴定提供依据。结果表明:利用9对SSR荧光引物,通过毛细管电泳技术对72个荷花品种进行检测,共检测到51个多态位点,多态位点数平均为5.67;多态性信息含量PIC值变化范围为0.34～0.76,平均值为0.56。利用其中6对引物CL04、SSR449、SSR412、CL01、CL16和CL10可区分72份供试品种。利用引物扩增带型组合法,构建了72个荷花品种的指纹图谱并进行聚类分析,在遗传相似系数0.535处供试荷花材料可分为三大类群。该研究结果可为荷花种质资源鉴定和分子育种提供参考依据。     

基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析

用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析.结果表明,23对SSR引物共扩增出多态性位点119个,每对引物扩增的多态位点在2?10个之间,平均为5.17个,多态...