利用荧光标记SSR构建百合种质资源分子身份证

以96份百合种质资源为材料,使用SSR标记进行百合种质分子身份证构建试验。从172对百合SSR引物中筛选出20对多态性好的核心引物,采用四重荧光毛细管电泳技术检测扩增条带分子量的方法对百合资源进行标记分析,获得供试样品相应的扩增带型。采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,按照20对引物扩增带型数由少到多顺序串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。结果显示：20对SSR引物共检测到69个SSR等位位点和170个带型,平均每对引物对品种扩增的等位位点3.45个,带型8.50个。对带型进行编码的结果表明：96份百合种质资源的SSR分子身份证互不相同,可以将材料完全区分开。     

中国部分古银杏资源遗传多样性的AFLP分析及核心种质的构建

利用AFLP技术,对来源于全国20个省(区)的180份银杏古树种质进行遗传多样性分析,在此基础上,利用逐步聚类的方法构建核心种质。结果表明,8对AFLP引物组合共扩增出1 646条谱带,多态条带百分率(PPB)为100%;平均观测等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均Nei’s基因多样度(H)和平均Shannon’s信息指数(I)分别为2.0000、1.2575、0.1662和0.2746;各种质间的遗传相似系数在0.6904~0.9115之间,平均值为0.7919。建立的银杏古树核心种质保留了原始种质的35%的样品。t检验结果表明,所构建的核心种质遗传多样性指数与原始种质差异不显著,能够最大程度的代表原始种质资源。     

应用SSR荧光标记法构建22个柚类品种的分子身份证

【目的】应用荧光SSR分子标记构建柚类种质分子身份证，用于品种资源鉴定。【方法】收集22份柚类材料，筛选SSR荧光标记引物，采用荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子质量和等位基因，获得相应的扩增带型，从而对每份柚材料进行标记。采用个位阿拉伯数字和小写英文字母对不同等位基因分子质量大小进行编码，再按照引物扩增带型数由大到小顺序将各位点赋值编码的数字串联排序，构建供试样品的分子身份证。【结果】筛选出4对多态性较好的引物，使用这4对引物共检测到49个扩增带型和41个SSR等位位点，平均每对引物的有关带型数12.25个、位点数10.25个。【结论】通过扩增带型分析，构建了22份柚类种质的分子身份证，包括12条信息独特的身份证。遗传聚类与分子身份证分析结果一致，为柚类品种鉴定和保护提供了重要依据。     

浙江塘栖枇杷种质资源遗传多样性分析及优系鉴定

从已开发的15对SSR引物中筛选11对多态性高且扩增效果稳定的引物,对85份枇杷材料进行亲缘关系分析。11对SSR引物扩增等位基因数(Na)85个,每对引物扩增等位基因数(Na)为4~10个,平均7.7个,有效等位基因数(Ne)为1.93~6.40个;供试枇杷种质资源遗传多样性丰富。UPGMA聚类分析结果显示,85份枇杷可分为A、B两组,其中A组包括来自杭州市塘栖镇的5个品种;B组可进一步分为B1、B2、B3和B4等4个亚组,包含来源于江苏、浙江、重庆、福建及西班牙的80个品种,并且地理来源相近的品种聚在一起。经鉴定,塘栖镇引进的西班牙2号、西班牙4号和西班牙5号为同一品种Algerie;塘栖镇白沙品种和宝珠品种存在同名异物现象。     

基于ISSR分子标记的贵州冬荪遗传多样性分析

以不同地区的20份冬荪种质资源为试材，利用ISSR(inter-simple sequence repeat简单重复序列间扩增)分子标记技术，从78条引物中筛选出条带清晰、重复性高和特异性强的引物，在供试冬荪菌株中进行扩增。利用NTSYS 2.10e聚类分析软件UPGMA法进行聚类分析，同时利用PopGen 32软件对20份冬荪种质ISSR统计结果进行遗传多样性分析，以期通过分子标记技术评价冬荪种质资源遗传多样性，为冬荪遗传育种提供优质材料。结果表明：筛选出具备多态性ISSR引物24条，对供试冬荪菌株进行PCR扩增共获得谱带有788条，其中多态性谱带768条，多态位点比例达到97.5%;遗传多样性分析显示平均等位基因(Na)为1.991 3,平均有效等位基因数(Ne)为1.585 6,平均Nei′s基因多样性指数(He)为0.343 8,平均Shannon信息指数(I)为0.516 1;在遗传相似系数为0.67时，20份冬荪菌株可分为三大类群。综上，20株冬荪种质资源间具有丰富的遗传多样性，亲缘关系较复杂；不同来源的种质由于菌种流通频繁而导致亲缘关系复杂，育种亲本的选择纯化周期较长。     

河北省平菇主栽品种分子身份证的构建

以河北省主栽的17个平菇品种为材料,对构建平菇种质分子身份证的方法进行探讨研究。首先应用CO1对平菇物种进行鉴定,然后利用SSR Locator软件从Pleurotus ostreatus PC15 v2.0全基因组序列上查找SSRs位点并设计引物,采用筛选后的SSR引物对供试菌株进行扩增,然后根据引物对不同菌株扩增产生的带型进行编码、组合,构建SSR分子身份证。结果显示,17个平菇品种包括4株糙皮侧耳(P.ostreatus)、8株白黄侧耳(P.cornucopiae)和5株肺形侧耳(P.pulmonarius)。从48对SSR引物中筛选出9对引物,在17个平菇品种间共检测到53种带型,将不同带型赋值编码后组合成17个平菇品种的特异分子身份证。该研究表明CO1结合SSR标记技术可有效地用于平菇种质分子身份证的构建。     

贵州柿属植物种质资源遗传多样性的SRAP分析

【目的】探明贵州柿种质资源遗传多样性及亲缘关系状况,为其保护与利用提供理论依据。【方法】利用SRAP分子标记技术对贵州83份柿种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。【结果】15对SRAP引物一共扩增出118个DNA位点,其中108个位点具有多态性,占总位点的91.53%,等位基因数(Na)为(1.915 3±0.279 7),有效等位基因数(Ne)为(1.418 9±0.352 1),遗传多样性指数Nei’s(He)为(0.252 6±0.176 0),平均Shannon信息指数(I)为(0.390 6±0.234 2),地区间基因流Nm为3.702 6。UPGMA聚类分析表明,相似系数在0.740时83份柿种质资源被分为5组,居群之间的相似系数与地理距离和种质植物学性状间呈一定的相关性。【结论】贵州柿资源存在丰富的多样性,人为因素导致地区间存在较强的基因流,5个地区间柿种质资源遗传多样性依次为:黔中黔西黔南黔北黔东。SRAP标记可有效揭示贵州柿种质资源的遗传多样性、分化程度和亲缘关系,研究结果对贵州柿种质资源的保护利用和遗传改良有重要意义。     

基于InDel标记的大白菜育种材料分子身份证构建

以105份大白菜育种材料为试材,精选20对均匀分布于大白菜基因组、且只能检测出2个等位基因的共显性InDel标记引物进行分子标记检测,构建分子身份证。结果表明:20对引物中有16对引物在所有材料中均扩增出单一条带,另外各有2对引物在部分材料中存在缺失和加倍现象。将所有标记引物按其所处染色体编号由小(A01)到大(A10)排列,同一染色体上的标记则按照物理位置从小到大排列,按顺序对标记赋值,构建了105份大白菜材料的分子身份证。所筛选的20对引物对未知新种质的身份证构建具有通用性和兼容性,表明InDel标记技术可以作为大白菜鉴定和分子身份证构建的有效技术手段。     

茎瘤芥(榨菜)主要品种SSR分子标记差异性研究

选取6个茎瘤芥品种为试材,在芸薹属SSR公共引物中初筛获得引物的基础上,选择9对条带清晰、表现稳定的多态性引物,利用SSR荧光标记技术开展了茎瘤芥品种SSR分子标记的差异性研究,初步构建了品种的分子身份证。结果表明,共筛选到7对多态性引物,检测到20个等位位点,平均每对引物2.2个;扩增得到20个带型,平均每对引物2.2个,扩增片段长度在126～397 bp;构建了6个茎瘤芥品种的分子身份证,并进行了合理区分;在分子水平上,浙江品种间差异最为显著,浙渝两地品种差异次之,重庆品种间差异最小,但各品种均拥有独立身份代码,研究结果为茎瘤芥品种资源的鉴定、亲缘关系分析、遗传基础研究等各项工作提供了依据。     

基于SSR标记的核桃种质资源遗传多样性与遗传结构分析

以58份核桃品种(优株)为试材，利用荧光SSR分子标记方法评价了58份种质资源的群体遗传多样性，分析其遗传结构特征，构建NJ聚类图，以期准确了解58份核桃种质的遗传背景和亲缘关系，为核桃属种质资源的合理利用、遗传资源的保存以及开发合理的育种方案和策略提供参考依据。结果表明：1)试验筛选出的15对SSR引物具有较高的多态性，共扩增出109个多态性等位基因(Na),平均每对引物的观测等位基因数(Na)为7.267,平均有效等位基因(Ne)3.069,平均观测杂合度(Ho) 0.519,平均期望杂合度(He)0.653,平均多态性信息量(PIC)0.603 5,平均香农指数(I)1.327。2)58份核桃品种(优株)间遗传距离范围为0.181～0.742,变幅为0.561,品种间遗传距离≥0.5的比例为44.19%,≥0.6的比例为13.5%,遗传基础较宽广，遗传信息丰富，遗传多样性水平较高。3)基于Nei遗传距离聚类分析，58份核桃品种(优株)可聚成3个类群，聚类结果与表型性状、亲缘来源有关，与地理位置相关度不大。4)群体遗传结构分析中，Q>0.6占比81.03%,基因混合来源比例较...     

苏州地区宽皮柑桔遗传多样性分析

为研究苏州太湖地区桔类资源的遗传多样性,从设计的41对EST-SSR和Indel引物中筛选出20对多态性强、重复性好的引物,对38份采自苏州太湖地区及长江流域其他地区的柑桔种质DNA进行了扩增,对多态性位点进行了统计,采用群体遗传结构分析、主成分分析和聚类分析方法对不同材料的亲缘关系进行了分析。结果表明,利用筛选的20对引物扩增,共获得84个多态性标记位点,240条多态性条带,统计所得38份柑桔种质的观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂和度(Ho)、期望杂和度(He)以及香农多样性指数(I)平均值分别为3.63、2.06、0.215、0.435和0.79。遗传结构分析、聚类分析和主成分分析结果表明,苏州地区的黄皮桔和朱红桔是两个古老的桔类资源,长江上游流域的红桔是与朱红桔不同的古老桔类资源;城固冰糖桔、大头料红、迟红为杂种起源类型,南桔、福桔与黄皮桔的亲缘关系较近,土桔、土柑为黄皮桔和朱红桔的杂种类型。黄皮桔和朱红桔应作为重要的古老桔类资源加以保护。     

基于成熟期的梨品种遗传多样性SSR分析

以63个梨主栽品种为试材,采用SSR分子标记技术与毛细管电泳技术相结合的方法,研究了梨不同成熟期的种质资源遗传多样性,以期为梨栽培品种的品种鉴别、亲子关系鉴定、分类及系统关系研究、遗传图谱构建与标记辅助育种在分子水平上提供参考依据。结果表明:3份梨种质的观测等位基因数(Na)平均为14.8,有效等位基因数(Ne)平均为7.363 1,Shannon多样性指数(I)平均为2.195,期望杂合度(Nei)平均为0.845,说明梨总群体遗传变异偏高。依据梨系统将其分为白梨、秋子梨、日本梨、砂梨和西洋梨5个类群,其中白梨系统在Shannon多样性指数和期望杂合度上最高,分别为2.069 9和0.831 1,秋子梨系统最低,分别为0.420 8和0.303 6,白梨与砂梨类群的遗传一致度最高为0.715 2。     

基于SSR荧光标记构建建兰品种核心种质

以226个建兰品种为材料,应用16对SSR荧光引物进行扩增,基于等位基因最大法,按照93.36%、83.19%、71.68%、64.16%、54.42%、47.35%、32.30%、23.45%、17.26%、12.39%和8.41%等11个压缩比例逐步聚类,形成备选种质。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到135个等位基因,平均观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息量(PIC)分别为8.5、3.218、0.584、1.228、0.617、0.384、0.539,表明建兰品种的遗传多样性丰富。各品种间的遗传多样性系数在0.64～1.0之间,在0.75处可分为4类,聚类结果客观反映出品种间的亲缘关系。经过对11个压缩比例形成的备选种质的对比,压缩比例32.30%为构建核心种质的最佳比例。t检验结果表明,构建的包含73个品种的核心种质与原始种质的遗传参数无显著差异,能充分代表原始种质的多样性。     

基于iPBS的巨峰系葡萄品种遗传多样性分析及MCID法快速鉴定

为探讨巨峰系葡萄种质的遗传关系,利用iPBS标记对24个巨峰系葡萄品种进行遗传多样性分析,并应用人工绘制品种鉴别示意图(MCID)法建立品种鉴定图(CID)。筛选出13个引物对24个巨峰系葡萄品种进行PCR扩增,共扩增出136条带,其中多态性条带99条,多态性比率为72.79%。各引物观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为1.720 6、1.297 1、0.187 4和0.297 2。24个巨峰系葡萄品种的遗传相似系数(GS)在0.661 8～0.948 5之间,变幅为0.286 7。结果表明,24个巨峰系葡萄品种间的遗传差异较小。利用UPGMA构建24个巨峰系葡萄种质资源的聚类树状图,在遗传相似系数为0.74处可将24个巨峰系葡萄品种分为2组,其中第Ⅰ组有22个品种;第Ⅱ组有2个品种,分别为黑丰和奥林匹亚。利用5条引物扩增的多态性谱带构建了24个巨峰系葡萄品种的CID图谱,利用此图谱可以找出区分任意2个品种的引物,为巨峰系葡萄品种鉴定提供科学依据。     

利用TP-M13-SSR标记构建苹果栽培品种的分子身份证

以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的314份来自19个国家的苹果栽培品种为试材,利用TP-M13-SSR标记,基于TP-M13-SSR指纹图谱构建苹果种质分子身份证。16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因357个,平均每对引物检测到22.3个。根据引物扩增等位基因数和Shannon’s指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定6对核心引物可以区分全部供试苹果种质。基于供试苹果种质在6个SSR位点的指纹图谱,将等位基因编码成字符串获得分子身份证,利用条码技术其进一步转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。     

部分香蕉品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建香蕉品种的分子指纹图谱,为香蕉品种鉴定提供依据。以56份香蕉种质为材料,从199对引物中筛选出5对多态性及稳定性较高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物在56个品种中扩增出的多态性带数在11～16个,平均为13.8条;引物的多态信息含量(PIC)在0.8490～0.9022,平均0.8727。依据香蕉SSR带型特征,对每个引物生成的不同带型直接编号,简化香蕉SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA分子指纹图谱,5对引物可将56份供试香蕉材料完全区分开。表明SSR标记技术可用以鉴定香蕉种质。     

基于ISSR和SRAP标记的69份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

利用筛选出的多态性高、谱带清晰的8条ISSR引物和18对SRAP引物分别对海南省保存的69份红毛丹种质资源进行PCR扩增,8条ISSR引物共检测到425条多态性条带,其中品种(系)特异条带47个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.928,可鉴别的种质资源数25~67份;18对SRAP引物共检测到894条多态性条带,其中品种(系)特异条带69个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.936,可区分的种质资源数为17~63份。综合各项指标,利用ISSR16和ISSR5引物21个条带用于构建红毛丹种质DNA指纹图谱,该图谱可有效区分69份红毛丹种质资源。     

82个石榴品种遗传多样性的ISSR分析

【目的】研究不同性状石榴品种的遗传关系和遗传多样性,为石榴种质资源分类、品种鉴定和有效利用提供参考依据。【方法】以具有不同性状的82个石榴品种为材料,用ISSR标记分析石榴种质资源的遗传多样性和品种亲缘关系。【结果】用筛选出的10条扩增清晰、多态性较好的引物对82个品种进行PCR扩增,共扩增出186个位点,其中多态性位点178个,多态性位点百分率(PPB)为95.69%,平均等位基因数(Na)为1.957 0,平均有效等位基因数(Ne)为1.302 4,平均Nei's的基因多样性指数(He)为0.214 0,平均Shannon信息指数(I)为0.356 7,品种间遗传相似系数(Gs)为0.478 4~0.994 6,UPGMA聚类结果在Gs为0.735时,将82个品种分为4大类。遗传相似系数矩阵和Cophenetic值之间的相关系数为0.985,说明聚类结果较准确。【结论】利用ISSR标记技术可有效揭示石榴种质资源的遗传多样性和品种间亲缘关系,82个石榴品种遗传多样性丰富。ISSR聚类结果与根据花瓣类型、结实性、籽粒硬度性状的分类结果吻合度较高,与地理生态环境也有一定的相关性。研究结果对石榴种质资源的保存、分类鉴定及杂交育种有重要参考意义。     

芥菜种质资源的RAPD和ISSR分析

利用RAPD和ISSR标记对28份芥菜种质资源进行遗传多样性分析,20个RAPD引物共扩增出162条清晰的谱带,其中140条显示多态性,平均每个引物扩增出7.0条多态性谱带.18个ISSR引物共扩增出143条清晰的谱带,其中多态性谱带124条,平均每个引物扩增出6.9条多态性谱带.基于RAPD和ISSR两种标记,利用UPGMA分别构建了28份芥菜资源的聚类树状图.结果表明,RAPD和ISSR分别聚类以及两种标记混合聚类均将28份芥菜种质分为3类:第Ⅰ类群中包括了15份种质;第Ⅱ类群中包括了9份种质;第Ⅲ类群中包括了4份种质.     

双孢蘑菇种质SSR分子身份证的构建

分子身份证是作物品种数字化的DNA指纹.本文采用从100对SSR引物中筛选出的8对引物、对从国内外收集的80份栽培及野生双孢蘑菇(Agaricus bisporus)种质的扩增谱进行分析,合并同类型菌株后得到29份代表菌株,再根据不同代表菌株对8对SSR引物产生的不同扩增谱型构建出这29份不同双孢菇菌株的分子身份证,可为区分和鉴别双孢蘑菇的品种提供参考.