广西柑橘黄龙病植株韧皮部内生细菌多样性分析

【目的】对柑橘健康植株和感染黄龙病植株的韧皮部内生细菌的多样性进行比较分析,为研究柑橘植株韧皮部内生细菌与黄龙病菌之间的相互关系奠定基础。【方法】采用常规分离培养与分子鉴定的方法和基于16S rDNA基因的限制性酶切长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析的方法。【结果】用常规分离与分子鉴定方法获得10个属细菌类群,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)为无症健株的优势菌群;微杆菌属(Microbacterium sp.)、芽孢杆菌属、假单胞菌属和考克氏菌属.为黄龙病罹病植株的优势菌群。PCR-RFLP方法得到29种酶切图谱,共鉴定出10属可培养细菌以及11种不可培养细菌。健株与病株中Dyella sp.、Pseudomonas sp.、Serratia sp.和未培养细菌所占比例均大于5%。柑橘健株与病株中细菌的种群密度和菌群种类存在明显差异。【结论】研究结果表明柑橘健株和病株韧皮部组织中的内生细菌优势菌群存在明显差异,而伴生细菌的优势菌群与黄龙病菌的相互关系正在深入分析研究。     

黄龙病柑橘内生菌16SrDNA的提取及分析

对柑橘健康植株和感染黄龙病植株的韧皮部内生细菌的多样性进行比较分析,为研究柑橘植株韧皮部内生细菌与黄龙病菌之间的相互关系奠定基础。采用常规分子方法 PCR分析鉴定16Sr DNA,研究采用传统与分子鉴定技术对柑橘健康植株与黄龙病感病植株进行了详细比较研究,鉴定出的内生细菌种类分别为:健康植株中有多食鞘氨醇杆菌、分散泛菌、琼氏不动杆菌、栖木槿假单胞菌、感病植株中有乙酰微小杆菌、成团泛菌、泛菌属、鲍氏不动杆菌、柑橘黄龙病菌。研究表明柑橘健株和病株韧皮部组织中的内生细菌优势菌群存在明显差异,而伴生细菌的优势菌群与黄龙病菌的相互关系正在深入分析研究。     

柑橘黄龙病植株叶片中脉内生真菌多样性

从柑橘黄龙病植株叶片中脉中分离获得内生真菌21株,经分子鉴定属于11个属,优势菌群是炭疽菌属。从健康植株中分离获得内生真菌35株,经分子鉴定属于18个属,优势菌群同样是炭疽菌属。黄龙病植株内生真菌数量和种类都少于健康植株。     

柑橘木虱黄龙病菌携带量与其内生菌群相关性

【目的】分析柑橘木虱（Diaphorina citri）体内可能与黄龙病菌（Candidatus Liberibacter asiaticus）互作的内生细菌,为黄龙病菌的人工培养及其病害防控奠定基础。【方法】首先通过传统分离培养方法比较不同地理来源带黄龙病菌（带菌）和不带菌黄龙病菌（不带菌）的木虱中可培养内生细菌的差异。其次将带菌状况不同的木虱分别分为头、胸、腹3部分,经PCR扩增其16S rDNA的V6-V8区,用变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）方法,比较带菌状况不同的木虱内生细菌的差异和木虱不同部位内生细菌的差异。选择3种差异的内生细菌：Bacillus sp.、Salmonella sp.、Enterobacter sp.,在8份带菌状况不同的木虱样品中通过q-PCR分别对其进行实时荧光定量分析,再以总细菌量为校正计算包括黄龙病菌在内的4种细菌的相对含量,数据经LSD检验,以各种细菌相对含量的-lg值作图,先比较同一样品中3种细菌分别与黄龙病菌的相对含量关系,再比较同种细菌在不同样品中的特性,分析3种内生细菌和黄龙病菌的互作关系。【结果】不带菌木虱中可培养内生菌菌落丰富度和菌落形成单位均大于带菌木虱中。在不带菌木虱中共获得14株形态不同的菌株,分属于芽孢杆菌属（Bacillus,3株）、欧文氏菌属（Erwinia,1株）、克雷伯氏杆菌属（Klebsiella,1株）、葡萄球菌属（Staphylococcus,2株）、节杆菌属（Arthrobacter,1株）、泛菌属（Pantoea,2株）、果胶杆菌属（Pectobacterium,1株）、沙门氏菌属等（Salmonella,1株）、链霉菌属（Streptomyces,1株）、Massilia brevitalea（1株）等10个细菌属。在带菌木虱中分得的4株细菌在不带菌木虱中均分离到,分属于克雷伯氏菌属、芽孢杆菌属、果胶杆菌属。其中Dc-11（嗜气芽孢杆菌属）在带菌木虱和不带菌木虱中分离频率均达到100%,表明其为木虱体内常驻细菌;对木虱不同部位（头、胸、腹）内生细菌16S rDNA的PCR-DGGE图谱显示,带菌与不带菌木虱中细菌种群差别明显,带菌状况相同的木虱不同部位之间差别不明显。其中优势条带10 （Wolbachia sp.）、12（Wolbachia pipientis）、13（Syncytium endosymbiont of Diaphorina citri）、14（Uncultured bacterium）、19（Serratia marcescens）、21和22（均为嗜麦芽寡养单胞菌Stenotrophomonas maltophilia）在木虱体内稳定存在,带菌木虱腹部特有优势内生细菌为Enterobacter sp.,木虱中同样也存在次级内生菌Wolbachia。q-PCR的结果验证了所选的3种细菌在前期传统分离培养和16S rDNA-PCR-DGGE中结果的可靠性,同时表明肠杆菌属在8份样品中与黄龙病菌呈正相关关系。【结论】黄龙病菌进入木虱体内会改变木虱内生细菌菌群种类和结构;嗜气芽孢杆菌（B. aerophilus）在柑橘木虱体内稳定存在,为木虱体内常驻菌群;Enterobacter sp.与黄龙病菌带菌量呈正相关,推测其可能与黄龙病菌互作。     

湘南脐橙柑橘黄龙病的PCR检测及内生细菌的分离

为确保湘南脐橙产业发展安全,严格防控柑橘黄龙病,从湘南地区几个脐橙种植园采集柑橘黄龙病疑似病株样品和健康植株样品,利用文献报道的柑橘黄龙病PCR检测常用引物对样品进行分子检测,并从病株组织中分离内生细菌进行分析鉴定。结果表明:在柑橘黄龙病的常规PCR检测中,湘南脐橙总核酸对P400引物的灵敏度最高,是湘南地区脐橙中柑橘黄龙病害常规PCR检测的最佳引物,其次为P535引物,而OI和16S这2对引物的灵敏度较低;对脐橙中柑橘黄龙病病株组织内生细菌的分离鉴定发现,柑橘中可培养内生细菌主要归类为7个属,分别为短杆菌属(Curtobacterium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、异常球菌属(Deinococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、微杆菌属(Microbacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus);其中,LB和1/10LB培养基中的优势菌属为短杆菌属、鞘氨醇单胞菌属和芽孢杆菌属;而脐橙树叶汁培养基中的优势菌属为短杆菌属、鞘氨醇单胞菌属和微杆菌属。     

6 个不同品种荔枝果肉内生细菌群落多样性的高通量测序分析

【目的】内生菌在植物生长发育中发挥重要作用,分析不同品种荔枝果肉内生细菌群落结构及多样性,挖掘和利用潜在荔枝内生菌种资源,为进一步研究荔枝与内生菌互作关系提供参考依据。【方法】以 6 个不同品种荔枝的果肉组织为材料,PCR 扩增 16S rDNA 的 V3~V4 区,利用 MiSeq 高通量测序技术分析果肉组织内生细菌在门、科、属和种分类水平上的群落组成及优势菌群,结合 Alpha 多样性分析评估内生细菌群落多样性。【结果】对 6 个品种荔枝果肉内生细菌 16S rDNA 的 V3~V4 区进行扩增,共获得 2 139 086 条序列,其平均长度为 376 bp。不同品种荔枝果肉内生细菌群落在相对丰度和多样性上无显著差异。在门分类水平,变形菌门为主要优势细菌门类,其次为放线菌门。在科、属和种分类水平上,不同品种荔枝内生菌群落结构相似,但相对丰度占比不同。差异菌群分析结果显示,假单胞菌属（Pseudomonas）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、苍白杆菌属（Ochrobactrum）和迪基氏菌属（Dickeya) 在优良品种‘鹅蛋荔’‘糯米糍’和‘观音绿’中显著富集,根瘤菌属（Bradyrhizobium）和变形菌属（Snodgrassella）只在‘鹅蛋荔’中富集。根据菌群相对丰度进行聚类分析,‘观音绿’‘糯米糍’和‘鹅蛋荔’的相似性更高。Alpha 多样性分析结果表明,6 种荔枝果肉内生菌群仅在丰度和多样性上存在差异,但未达到显著水平。【结论】该研究首次分析了 6 个不同品种荔枝果肉内生细菌的群落结构,并在优良荔枝品种中发现特有的微 生物类群富集现象,可为后续提升荔枝品质、开发利用内生菌提供理论依据和重要参考。     

白粉病对大叶黄杨叶片内生细菌群落的影响

【目的】研究白粉病对大叶黄杨（Euonymus japonicus）叶片内生细菌群落结构特征、互作关系及群落关键种的影响,为大叶黄杨白粉病的生物防治提供参考。【方法】以北京市大叶黄杨绿化带的健康叶片（HL）及感染白粉病叶片（DL）为材料,测定其硝酸盐、可溶性糖、可溶性蛋白及叶绿素含量。采用Illumina MiSeq测序技术测定叶片内生细菌群落特征,用ADONIS、MRPP和PERMANOVA方法分析细菌群落不相似性,采用典范对应分析（CCA）和Mantel分析研究细菌群落结构与叶片理化指标的相关性,通过细菌群落的分子生态网络分析（MENA）确定群落互作关系及关键种。【结果】大叶黄杨DL的叶绿素含量显著低于HL,而可溶性蛋白质含量显著高于HL。大叶黄杨HL和DL叶内生细菌群落的多样性及群落结构无显著差异。HL优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、拟杆菌门,DL优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门。HL优势属相对丰度从高到低依次为罗尔斯通氏菌属、无色杆菌属、贪铜菌属、类芽孢杆菌属、盐孢菌属、芽孢杆菌属、伯克霍尔德菌属、土单胞菌属、节杆菌属;DL优势属为罗尔斯通氏菌属、盐孢菌属、伯克霍尔德菌属、芽孢杆菌属、罗河杆菌属。大叶黄杨叶片的叶绿素含量显著影响细菌群落结构,主要影响HL的变形菌门和放线菌门相对丰度。MENA结果显示,DL内生细菌群落的互作关系比HL更复杂,竞争关系更强。HL内生细菌群落中未发现关键种,而DL中发现了5个细菌群落关键种,分别为放线菌门的诺卡氏菌科红球菌属、类诺卡氏菌科和鱼孢菌科及变形菌门的生丝微菌科丝微菌属和华杆菌科。【结论】白粉病感染对大叶黄杨叶片内生细菌群落结构及多样性无显著影响,但改变了细菌群落的互作关系,说明大叶黄杨叶片内生细菌对白粉病的感染具有响应效应。     

叶斑病对黄精叶片内生真菌群落结构的影响

为了探究健康和叶斑病害黄精叶片内生真菌群落的结构差异,采用Illumina NovaSeq技术对健康（JK）和染病（RB）黄精叶片内真菌的ITS rDNA进行测序,分析两组样品物种多样性和群落结构。结果显示,RB组叶片内物种多样性较JK组无显著变化,但物种丰度较JK组显著降低。RB组中的优势菌群为担孢酵母属、刺盘孢属、链格孢属和宙斯沸耳属,而JK组中的附球霉属、毛壳菌属和枝孢属的比例显著高于RB组。本研究证明了叶斑病害会导致染病黄精叶片内生真菌群落的丰度下降,使某些有害物种优势生长,该研究为黄精叶斑病病害的防治提供了理论依据。     

不同产地及品种大蒜内生菌群落多样性分析及拮抗作用测定

【目的】调查分析不同产地及不同品种大蒜内生菌的群落多样性,测定内生菌对5株病原菌的拮抗作用。【方法】以新疆、山东的白皮蒜、红皮蒜为研究材料,采用BIOLOG生态板法和培养基培养法进行大蒜内生菌群落多样性的分析,并利用平板对峙法,利用大蒜内生菌对立枯丝核菌(Rhizoctonia soleni)、棉花枯萎病菌棉花枯萎病菌(Fusarium oxysporumf)、扩展青霉(Penicillium expansum)、大肠杆菌(Escherichia coli)、金黄色葡萄球菌(Staphyloccocus aureus)的拮抗作用进行研究。【结果】不同品种来源的大蒜内生菌群落代谢活性均较低,但不同类型碳源利用活性存在明显分布规律;初步筛选获得的45株内生菌,分属于芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆属(Paenibacillus)、链霉菌属(Streptomyces)、拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)和迪茨菌属(Dietzia)等5个属15个种,其中芽孢杆菌属菌株占绝大部分,占85%以上,且在不同大蒜样品中均为优势菌,但种间分布存在着差异。获得了24株具有拮抗作用的内生菌菌株。【结论】大蒜内生菌群落多样性较为简单,存在着具有拮抗作用的微生物资源,有待进一步开发利用。     

杂交玉米农大108及其亲本种子内生细菌群落的多样性

 【目的】 研究不同基因型玉米对其种子内生细菌群落结构的影响。【方法】通过构建16S rDNA文库的非培养方法,对杂交玉米组合农大108正、反交及其亲本种子内生细菌群落多样性进行研究。【结果】 两后代种子内生细菌分别含46和42个OTU,第一优势菌属均为Pseudomonas,丰度分别为34.29%和34.00%;亲本玉米黄C和178种子内生细菌分别含17和11个OTU,第一优势菌属分别为Enterobacter及Burkholderia,丰度分别为49.13%和89.72%。母本玉米黄C种子内生细菌群落中Roseateles、Enterobacter、Pseudomonas及Sphingomonas 4个菌属与父本178种子内生细菌群落中Pseudomonas、Ralstonia、Paenibacillus及Bacillus 4个菌属存在其正交后代种子中。母本178种子内生细菌群落中Acinetobacter、Pseudomonas、Ralstonia、Paenibacillus及Bacillus 5个菌属与父本黄C种子内生细菌群落中Roseateles、Citrobacter、Pantoea、Pseudomonas、Stenotrophomonas及Escherichia 6个菌属存在其反交后代种子中。【结论】遗传相关的杂交玉米农大108正、反交后代其亲本在内生细菌群落结构具有一定的关联性。     

基于调制荧光检测技术的柑橘黄龙病诊断

【目的】实现柑橘黄龙病的及时诊断,防止病情扩散、保障柑橘生产。【方法】运用基于调制荧光检测技术的超便携式调制叶绿素荧光仪MINI-PAM获取柑橘Citrus reticulata叶片荧光参数,通过概率神经网络对荧光数据进行建模及分类处理,以鉴定并区分健康的、非黄龙病黄化的以及黄龙病的柑橘植株。【结果】该方法对所有类别的诊断准确率均高于76.93%,有些类别分类准确率甚至可达100%。【结论】基于概率神经网络的柑橘黄龙病调制荧光检测技术用于鉴别柑橘黄龙病病情具有一定的可行性和推广性。     

肇庆地区柑橘内生菌16S rDNA克隆与序列分析

[目的]研究柑橘黄龙病病原及其分化.[方法]采集肇庆周边各区县柑橘黄龙病的枝、叶共计8个黄龙病样品,利用黄龙病内生菌的细菌通用引物对其16S rDNA片段进行PCR扩增,将其扩增产物纯化、回收、克隆后,转化大肠杆菌,提取质粒,进行序列测定.[结果]所克隆的序列与众多的Uncultured bacterium都有极高的相似度,其序列在同源性检测中,与其相似度最高的是Uncultured bacteriumclone yf5-180,达到91.3％.[结论]表明肇庆周边黄龙病柑橘的枝、叶内生菌可以扩增出特异性16S rDNA片段,该序列属于一个新的细菌种属.     

柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较

【目的】筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础。【方法】选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒（快捷型基因组DNA提取系统、新型植物基因组DNA提取试剂盒、植物基因组DNA提取试剂盒、快速DNA提取扩增套装）及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16S rDNA特异引物fD1/fD2和OI1/OI2c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测。【结果】快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物基因组DNA提取试剂盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物基因组DNA提取试剂盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所获得的DNA质量最差。除快速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原。【结论】快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简单快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求。     

木麻黄内生真菌次生代谢产物及生物活性

【目的】分离和鉴定木麻黄Casuarina equisetifolia枝条和果实中的内生真菌,筛选具有抗菌和抗氧化活性的内生真菌。【方法】采用组织块分离法分离木麻黄枝条和果实中的内生真菌,通过菌落观察和分子生物学相结合的方法对分离到的内生真菌进行鉴定;采用薄层层析-生物自显影法测定木麻黄内生真菌次生代谢产物对细菌的抑制活性,采用多孔板-DPPH显色法测定抗氧化活性。【结果】从木麻黄枝条和果实中共分离鉴定得到12株内生真菌,枝条和果实内生真菌存在明显的差异,相同的菌株只有2株,分别为Cef-1(Pseudofusicoccum sp.)和Cef-7(Pestalotiopsis sp.);12株内生真菌分属于9个不同的属中,分别为Pseudofusicoccum、葡萄座腔菌属Botryosphaeria、拟盘多毛孢属Pestalotiopsis、木霉属Trichoderma、曲霉属Aspergillus、裂菌属Rhytidhysteron、拟茎点霉属Phomopsis、镰刀菌属Fusarium和炭疽菌属Colletotrichum。其中,葡萄座腔菌属种类最多,为木麻黄内生真菌的优势种群,其次是拟盘多毛孢属真菌。抗细菌活性的结果表明,Cef-2(Botryosphaeria sp.)表现出最强的抑制活性,对所有供试细菌的抑菌斑直径均大于10 mm,强于阳性对照硫酸链霉素,Cef-1和Cef-9(Fusarium sp.)对青枯病菌Ralstonia solanacearum也表现出较好的抑制活性。内生真菌Cef-2表现出最好的抗氧化活性,IC50为0.80mg/mL。【结论】木麻黄枝条和果实中均存在内生真菌且均以葡萄座腔菌属为优势种群,2个部位真菌的种类存在明显差异。内生真菌Cef-2表现出最强的抗细菌和抗氧化活性,可作为候选菌株进一步分离和鉴定其活性成分。     

周年生长特性（大小年）下毛竹根际细菌和内生细菌群落结构及其多样性特征

【目的】研究大小年毛竹林毛竹根际细菌和内生细菌群落多样性及其结构差异。【方法】采集I度、II度和IV度的大年和小年毛竹林中毛竹的竹鞭、鞭根、根际土壤和林间土壤，提取样本基因组DNA，利用Illumina高通量测序技术分析毛竹根际细菌和内生细菌群落结构多样性。【结果】各组样本总共鉴定出31个门、49个纲、108个目、212个科、472个属细菌。从优势菌群及丰度来看，大年竹鞭和鞭根的优势菌纲为α-变形菌纲，优势菌目为根瘤菌目；小年竹鞭和鞭根的优势菌纲为γ-变形菌纲，优势菌目为芽孢杆菌目。在门水平上，大年竹鞭样本放线菌门的丰度高于小年竹鞭样本，大年毛竹鞭根酸杆菌门和变形菌门的丰度大于小年毛竹鞭根样本，厚壁菌门和拟杆菌门的丰富度小于小年毛竹鞭根样本。在纲和目水平上，大年竹鞭和鞭根样本与小年样本相比较，主要优势菌群为弗兰克氏菌目和α-变形菌纲下属的根瘤菌目。在科水平上，大年毛竹鞭根样本在黄杆菌科的丰度都大于小年样本。在属水平上，大年毛竹鞭根样本在慢生根瘤菌属的丰度大于小年毛竹鞭根样本，而大年毛竹竹鞭和鞭根样本细菌在伯克氏菌科的丰度都低于小年毛竹竹鞭和鞭根样本。从多样性来看，大小年毛竹根际土壤在各...     

海桐内生真菌菌群结构及多样性

【目的】为了解海桐内生真菌资源组成及其生态分布特征。【方法】采用组织分离和形态分类的方法对海桐内生真菌进行分离和鉴定。【结果】海桐内生真菌菌群由子囊菌(78.55%)、接合菌(1.21%)及无孢菌群(20.21%)构成,分属于5纲,12目,17科,23属。在纲的水平上,以座囊菌纲(Dothideomycetes)的相对多度为最高,占38.04%;在目的水平上,以格孢腔菌目(Pleosporales)的相对多度为最高,占29.95%;在科的水平上,以格孢菌科(Pleosporaceae)的相对多度为最高,占16.19%;在属的水平上,以交链孢属(Alternaria)的相对多度为最高,占16.19%。内生真菌在果实中分布的菌群和菌株为最高,分别占58.33%和42.51%;在根中分布的菌群和菌株为最少。叶片和果实之间的内生真菌菌群组成的相似度最高(Cs=0.571),以根与果实之间的相似度为最低(Cs=0.381)。除根和叶片、根和果实之间在内生真菌菌群组成上存在显著差异之外(P0.05),在根与枝条、枝条和叶片、枝条和果实、叶片和果实之间无明显差异(P0.05)。【结论】海桐内生真菌资源组成丰富,且内生真菌在海桐不同组织中的分布存在一定差异。     

柑橘黄龙病菌对沙田柚田间性状和果实品质的影响

【目的】明确柑橘黄龙病菌对沙田柚Citrus maxima (Burm.) Merr. cv. Shatian Yu田间性状和果实品质的影响。【方法】结合田间调查和室内试验系统研究沙田柚感染黄龙病菌后叶片症状、果实内外品质和风味感官品质的变化,及病菌浓度和树龄对病程发展的影响。【结果】沙田柚嫁接病芽后,黄龙病菌浓度保持在较低水平(Ct28)时,植株叶片的黄龙病症状表现不明显,老叶轻微斑驳黄化,新叶轻微均匀黄化,抽梢正常。与健康植株(Ct35)相比,低黄龙病菌浓度(28Ct32)的植株,叶片症状、果实产量和各品质指标均无显著变化;随着发病程度的加深,高黄龙病菌浓度(Ct26)的柚树叶片出现典型斑驳黄化症状,单株柚果总产量和总结果数显著降低,果实变小变轻,着色不均匀,可食率、出汁率、可溶性固形物含量、甜味度、果肉饱满度和综合风味显著下降,酸味度和异味度反而显著提高,失去食用价值。【结论】沙田柚黄龙病病程进展较慢,但随着发病程度加深,其经济价值受到严重影响。本研究可为评价柑橘黄龙病对沙田柚品质的影响提供科学依据,为解析柚类植物的黄龙病耐性机理提供理论支撑。     

赣南脐橙黄龙病植株根际土壤微生物多样性研究

【目的】分析赣南脐橙黄龙病患病植株和健康植株根际土壤微生物多样性和群落组成,为黄龙病新型生态防控提供参考依据。【方法】以赣南脐橙黄龙病典型患病植株、疑似患病植株、健康植株根际土壤和裸地土壤为研究对象,利用高通量测序技术比较分析样品间微生物多样性和群落结构特征,并探讨土壤理化性质与微生物群落的关系。【结果】赣南脐橙患病植株根际土壤细菌群落的丰富度和多样性均高于健康植株根际土壤,其真菌群落的多样性也高于健康植株根际土壤,但真菌群落丰富度低于健康植株根际土壤;脐橙患病植株与健康植株根际土壤微生物群落组成相似,但相对丰度存在差异;在门水平上,患病植株根际土壤中绿弯菌门、酸杆菌门等菌门增加,而放线菌门、担子菌门等菌门有所减少;在属水平上,患病植株根际土壤中芽杆孢菌属、篮状菌属等有益菌属减少,而镰刀菌属、曲霉属等致病菌属则有所增加;患病植株根际土壤中全氮、全磷含量均低于健康植株根际土壤,而全碳含量高于健康植株根际土壤,全磷是影响样本根际土壤微生物多样性和群落组成变化的主要因素。【结论】赣南脐橙感染黄龙病后,其根际土壤理化性质发生了明显变化,土壤微生物多样性和群落组成也有所改变,这些差异在一定程度上...     

不同品种南瓜内生细菌多样性及PICRUSt基因功能预测分析

【目的】比较5个不同品种南瓜内生细菌多样性特征并开展基因功能预测分析,为挖掘和利用南瓜内生细菌功能菌株及开拓南瓜辅助育种新方向提供理论依据与参考。【方法】采集5个不同品种南瓜茎部,基于MiSeq高通量测序技术比较分析南瓜茎内生细菌多样性与丰富度,内生细菌门、属分类水平的群落结构组成,以及不同品种南瓜茎内生细菌优势菌群占比。【结果】不同品种南瓜茎部内生细菌多样性与丰富度指数均无显著差异。5个品种南瓜茎内生细菌群落结构由18个门,30个纲,101个目,199个科,362个属,567个种和863个OTU组成,但不同品种南瓜茎中的内生细菌分类阶层总数存在差异。门分类水平,变形菌门（Proteobacteria）细菌是不同品种南瓜茎部的主要优势细菌门类,不同南瓜品种内生细菌群落结构组成相似,但丰度占比不同;属分类水平,假单胞菌属（Pseudomonas）、分枝杆菌属（Mycobacterium）、剑菌属（Ensifer）、德沃斯氏菌属（Devosia）细菌是不同品种南瓜茎部的主要优势细菌属,优势内生细菌属组成及其丰度随南瓜品种的不同呈现明显差异。杂交品种与父母本品种的门、属分类水平优势内生菌组成及占比均基本相同。PICRUSt分析显示,不同品种南瓜茎部内生细菌主要涉及6个生物代谢通路及46个子功能。不同品种南瓜茎部内生细菌基因二级功能层预测基因种类基本无差异,但基因拷贝数却随着品种不同而异。环境条件是影响南瓜植株内生细菌多样性和丰富度的重要因素;不同品质南瓜植株具有相异的内生细菌群落结构,品质优良南瓜品种具有富集内生细菌的趋势;假单胞菌属（Pseudomonas）、分枝杆菌属（Mycobacterium）、剑菌属（Ensifer）、德沃斯氏菌属（Devosia）等13个菌属是5个不同品种南瓜茎部的共有优势内生细菌属;而糖霉菌属（Glycomyces）、Candidatus_Rubidus属和Actinokineospora属细菌是品质最优品种——‘桂丰7号’香芋南瓜茎部特有的优势内生细菌属;同时,‘桂丰7号’香芋南瓜茎部内生细菌基因功能中,涉及碳水化合物代谢、氨基酸代谢、辅助因子和维生素代谢等37个二级功能层预测基因拷贝数在5个南瓜品种中数量最多。【结论】特有的优势内生细菌属和更为丰富的二级功能预测基因拷贝数均是‘桂丰7号’香芋南瓜品质优于其余4个品种南瓜的重要原因,糖霉菌属（Glycomyces）、Candidatus_Rubidus属和Actinokineospora属细菌有望作为提高南瓜品质的备选功能内生细菌属。     

一种快速鉴定柑橘黄龙病耐性种质材料的方法

【目的】研发一种快速鉴定柑橘黄龙病耐性种质材料的方法,为加快柑橘黄龙病耐性育种进程和提高育种效率打下基础。【方法】以收集的36份疑似对柑橘黄龙病具有耐性的柑橘种质为材料,采用直接高接于感染黄龙病菌柑橘树上的方法(高接染毒鉴定法),通过田间症状观察结合定量PCR检测对试验材料的耐病性进行鉴定评价。【结果】春季高接供试材料1个月后接芽萌发,3个月后(2018年6月5日)首次在KH-14上出现典型的叶片斑驳型黄化症状,4个月后(2018年7月5日)观察有23份种质材料的叶片出现斑驳型黄化症状,另外11份种质材料未表现症状;6个月后(2018年9月4日)观察发现KH-18、KH-12、KHY-4、KHY-5和KHY-6等5份种质材料的生长虽然较正常,但叶片已出现黄化症状,只有KH-21的枝梢生长良好,无黄梢和斑驳型黄化叶,初步判定为对黄龙病具有耐性的种质材料。对6份种质材料的定性PCR检测结果表明,KH-21为阴性,其他5份材料为阳性;实时荧光定量PCR检测结果,KH-21的平均黄龙病菌含量为1870.0个细胞/μg DNA,对照材料平均黄龙病菌含量为372285.5个细胞/μg DNA,表明KH-21对柑橘黄龙病具有耐性。【结论】高接染毒鉴定法鉴定周期在6个月左右,具有通量大、时间短、效率高、成本低及结果准确等优点,能达到快速鉴定柑橘品种对柑橘黄龙病耐性的目的,可在柑橘黄龙病耐性鉴定中推广使用。