巴什拜羊微卫星标记多态性及其与生长指标关联性分析

【目的】以巴什拜羊为研究材料,通过分析微卫星DNA座位的基因型,并与生长性状进行相关分析,以寻找影响巴什拜羊生长性状的微卫星标记,为分子标记辅助选择提供依据。【方法】从GenBank数据库查询绵羊、山羊的微卫星座位,根据微卫星选择标准选择符合要求的10个微卫星标记,对巴什拜羊189个个体基因组DNA进行检测,采用最小二乘方法分析微卫星座位与生长指标的关联效应。【结果】10个微卫星标记共检测到110个等位基因,平均每个座位等位基因数为11个,平均多态信息含量为0.7914,平均杂合度为0.8149;10个微卫星座位中有8个微卫星座位与巴什拜羊体重、体尺等5项生长指标有显著和极显著的关联性,特别是基因座BM415与体重、体尺指标均呈极显著相关(P0.01),多重比较结果显示8个微卫星座位都存在优势基因型。【结论】发现了巴什拜羊群体生长指标具有显著效应,多态性较高的微卫星基因座,为开展巴什拜羊生长指标的分子标记辅助育种提供了有价值的遗传标记。     

固始白鹅体尺性状微卫星DNA标记的筛选

【目的】筛选固始白鹅体尺性状的微卫星DNA标记。【方法】测定固始白鹅的体尺性状。选用11对微卫星引物(WD136、WD206、G06、G07、CKW21、CKW23、TTUCG5、TTUCG4、TTUCG2、Aalu1、TTUCG1),对固始白鹅进行遗传检测,计算各微卫星位点的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数。利用最小二乘法拟合线性模型,探索11个微卫星位点与固始白鹅体尺性状的关系。【结果】11个微卫星位点中的8个位点(WD136、WD206、G07、TTUCG4、CKW21、TTUCG2、TTUCG1和TTUCG5)在固始白鹅上有较好的多态性,其平均等位基因数为4.25(3~6)、平均杂合度为0.598(0.273~0.695)、平均多态信息含量为0.635(0.530~0.769)、平均有效等位基因数为3.345(2.383~4.984)。通过最小二乘分析,检测到WD136、WD206、CKW21、TTUCG1等4个位点与9项体尺性状间存在显著相关性。【结论】WD136位点有望作为体质量、体斜长、骨盆宽的早期选择辅助标记;WD206位点有望作为体质量、胸宽、龙骨长、骨盆宽、胫长、半潜水长和颈长的早期选择辅助标记;CKW21位点有望作为体质量、龙骨长、胫长、半潜水长、颈长的早期选择辅助标记;TTUCG1位点有望作为体质量、体斜长、胫长、龙骨长的早期选择辅助标记。     

6个罗非鱼群体的遗传多样性及遗传关系研究

【目的】探讨6个罗非鱼群体内的遗传多样性及群体间的遗传关系。【方法】利用20个微卫星标记分析6个罗非鱼群体的遗传多样性,研究其群体内遗传多样性和群体间遗传关系。【结果】19个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为7.63;吉富尼罗罗非鱼、广东尼罗罗非鱼、美国尼罗罗非鱼和埃及尼罗罗非鱼遗传多样性较高,其平均杂合度分别为0.6150,0.5999,0.5927和0.6227,平均多态信息含量分别为0.6070,0.5302,0.5095和0.5205,平均有效等位基因数分别为2.8663,3.1321,2.6495和3.3668;而广东和美国2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低,其平均杂合度分别为0.3548,0.3805,平均多态信息含量分别为0.2817和0.2807,平均有效等位基因数分别为1.9338和1.7077。UPGMA系统树分析结果表明,6个罗非鱼群体分为2支,其中2个奥利亚罗非鱼群体聚为一支,4个尼罗罗非鱼群体聚为一支。【结论】4个尼罗罗非鱼群体具有丰富的遗传多态性,而2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低。19个微卫星标记均可用于罗非鱼群体的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

微卫星标记OarFCB128在10个绵羊品种中的遗传多样性

利用微卫星标记OarFCB128对10个绵羊品种,即甘肃高山细毛羊、滩羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角陶赛特、澳洲美利奴、德国美利奴、白萨福克、特克赛尔和波德代等羊的基因频率、多态性信息含量、有效等位基因数和杂合度进行了分析.结果表明,微卫星标记OarFCB128在10个绵羊品种中的平均多态信息含量、平均有效等位基因数及平均群体杂合度分别是0.901 2、12.544和0.919 8.微卫星标记OarFCB128在绵羊品种中的多态性丰富,该微卫星位点可以用于绵羊遗传多样性的评估.     

绵羊和山羊基于两种标记的遗传分化初步研究

对湖羊、同羊及长江三角洲白山羊的随机样本分别进行14个结构基因座和7个微卫星标记的遗传检测，比较由2种遗传标记获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及群体有效等位基因数，分别根椐2种类型的基因频率资料，计算3个群体间的标准遗传距离并加以比较。结果表明：由微卫星等位基因频率获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数显著大于由结构基因座获得的，由结构基因座资料计算的3个群体间标准遗传距离为0．0268～0．2487，微卫星标记资料计算的3个群体间标准遗传距离为0．2321～1．2313，绵山羊群体间显著大于绵羊间。结构基因座和微卫星标记一致揭示了3群体内的遗传变异程度由大到小依次为同羊、湖羊、长江三角洲白山羊；微卫星标记较结构基因座标记更能表达近缘种间进化趋异水平；可将FCB11、MAF33、AE101、FCB128及FCB304位点作为研究绵山羊近缘种间遗传分化的标志性位点。     

绵羊和山羊基于两种标记的遗传分化初步研究

对湖羊、同羊及长江三角洲白山羊的随机样本分别进行14个结构基因座和7个微卫星标记的遗传检测,比较由2种遗传标记获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及群体有效等位基因数,分别根椐2种类型的基因频率资料,计算3个群体间的标准遗传距离并加以比较.结果表明由微卫星等位基因频率获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数显著大于由结构基因座获得的,由结构基因座资料计算的3个群体间标准遗传距离为0.026 8～0.248 7,微卫星标记资料计算的3个群体间标准遗传距离为0.232 1～1.231 3,绵山羊群体间显著大于绵羊间.结构基因座和微卫星标记一致揭示了3群体内的遗传变异程度由大到小依次为同羊、湖羊、长江三角洲白山羊;微卫星标记较结构基因座标记更能表达近缘种间进化趋异水平;可将FCB11、MAF33、AE101、FCB128及FCB304位点作为研究绵山羊近缘种间遗传分化的标志性位点.     

陕南水牛微卫星DNA遗传多样性研究

【目的】分析4个陕南水牛群体的遗传多样性,为陕南水牛品种的资源保护和开发利用提供理论支持。【方法】利用10对微卫星引物,采用PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对192头陕南水牛(分别采自城固、南郑、宁强和汉滨4个群体,每群体48头)进行了遗传多样性检测,统计了各群体的等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数(Ne)、遗传杂合度(H)、各群体间的奈氏标准遗传距离及多态信息含量(PIC),根据遗传距离进行了聚类分析。【结果】4个陕南水牛群体在10个微卫星位点共发现104个等位基因,其中有8个特有等位基因,等位基因频率为0.0052～0.3490,总群体各位点平均有效等位基因数为4.0174～13.1469;10个微卫星位点平均多态信息含量为0.7007～0.8932,均为高度多态;平均杂合度为0.7550～0.9288。聚类分析结果显示,城固群体与南郑群体首先聚在一起,然后依次同宁强、汉滨水牛群体聚在一起。【结论】10对微卫星标记可作为有效的遗传标记用于陕南水牛遗传多样性的分析;陕南水牛群体变异程度多样性丰富,选育程度较低;聚类分析结果符合陕南水牛的地理分布格局和产区的自然环境,4个群体之间遗传差异较小,遗传一致性程度较大。     

太湖鹅微卫星标记与体重的相关性

为了解太湖鹅群体的遗传特性,寻找其生长性状的辅助标记。该研究采用微卫星标记技术对太湖鹅群体进行了遗传多样性研究,初步探讨了微卫星标记与10周龄体重的相关性。结果显示：太湖鹅在10个微卫星标记座位上共检测到52个等位基因,群体平均杂合度为0.653 0,平均多态信息含量为0.611 2。与生长性状的关联分析发现,CKW1...     

牦牛品种的遗传多样性及其分类研究

 【目的】对中国部分牦牛品种即麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛、天祝白牦牛的遗传多样性及其分类进行研究，从而揭示其遗传多样性程度和进行较为合理的类型划分。【方法】用9个微卫星标记对上述牦牛品种的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行合理的聚类分析和分类研究。【结果】（1）9个微卫星标记在所检测的牦牛群体中都表现出较丰富的多态性，均为高度多态位点。每个微卫星标记平均检测到6.8个等位基因（5～9）；9个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6534（0.5037～0.7351），各群体的平均多态信息含量（PIC）差异不显著；全部群体平均杂合度为0.6625，麦洼牦牛（若尔盖群体）平均杂合度最高，为0.6883，而九龙牦牛杂合度最低，为0.6317；各群体平均有效等位基因数为3.2680（3.189～3.4478），其中九龙牦牛最少。这显示牦牛群体的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标有较好的一致性，说明牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）通过各指标的分析可以看出，九龙牦牛与其它牦牛品种的差异比较大，遗传距离和聚类分析结果也表明了这一差异。在遗传距离中九龙牦牛和麦洼牦牛（红原群体）的遗传距离最大，为1.506；麦洼牦牛两个群体之间的遗传距离最小，为1.062。5个牦牛群体被聚为两大类，九龙牦牛单独成一大类，其他牦牛品种聚为一类。麦洼牦牛的两个群体在较近的水平上首先聚在一起，大通牦牛和天祝白牦牛在稍远的距离处聚在一起。该聚类结果与各牦牛品种的地理分布、所处生态条件、育成史及其分化的实际情况是一致的,也同蔡立等的分类结果相同。【结论】（1）中国牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性；（2）本研究中的5个牦牛群体聚为两大类，与蔡立等将中国牦牛划分为横断高山型和青藏高原型的结果基本一致，说明中国牦牛分为两个类型是合理的。     

绵羊脂联素基因（ADIPOQ）多态性及其与生长及胴体性状关联性分析

【目的】检测绵羊ADIPOQ基因多态性及连锁现状,评估该基因突变对绵羊生长及胴体性状的影响,以期丰富绵羊相关重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】以8个不同品种的商品绵羊为研究对象,利用PCR-SSCP方法检测ADIPOQ基因Exon-1区和Exon-2区变异,利用GLMs模型进行评估该基因突变对绵羊生长及胴体性状的影响。【结果】绵羊ADIPOQ基因Exon-1区和Exon-2区共检测到13个突变位点,其中Exon-2区发现的c.46T/C突变导致编码氨基酸p.Tyr16His转变。Exon-1区等位基因A₁和B₁为优势等位基因,Exon-2区等位基因A₂和D₂为优势等位基因,且两个区域的等位基因均存在种群差异,大多数品种在两个区域中的变异为中度多态（0.25<PIC<0.5）,只有美利奴羊在Exon-2区为高度多态（PIC>0.5）,特克塞尔、派伦代和丘陵陶塞特羊在Exon-2区为低度多态（PIC<0.25）;两段区域间存在的突变位点为高度连锁,且趋向于共同遗传（D’=0.952,r ²=0.365）。关联分析结果表明,ADIPOQ基因Exon-1区变异对绵羊生长性状存在性别差异,携带等位基因A₁的公羔具有较低的断尾重、断奶重和断奶前生长速度（P<0.05）,而携带等位基因A₁的母羔却与生长性状无显著关联;携带等位基因B₁的公羔与生长性状无显著关联,但携带等位基因B₁的母羔却具有较高的断尾重（P<0.05）;同时发现基因型为B₁B₁的公羔个体具有更高的断尾重和断奶重（P<0.05）;胴体性状关联分析结果表明,携带等位基因A₁的群体具有较低的热胴体重、腰部瘦肉量、后腿瘦肉量和总瘦肉量（P<0.05）,携带等位基因B₁的群体则具有较高的后腿瘦肉量、后腿瘦肉比例和较低的肩部瘦肉比例（P<0.05）;基因型为B₁B₁的个体均有较高的热胴体重、腰部瘦肉量、后腿瘦肉量和总瘦肉量（P<0.05）。 【结论】绵羊ADIPOQ基因的两段区域具有丰富的多态性,Exon-2区域中的c.46T/C为非同义突变。Exon-1区变异影响绵羊的生长性状和胴体性状,淘汰携带等位基因A₁的个体和选留存在等位基因B₁的个体、或留存B₁B₁基因型的个体和淘汰A₁A₁的个体,均可有效改善绵羊后代群体的部分生长性状和胴体性状。     

南江黄羊体重性状的微卫星标记研究

通过10个微卫星位点,对周岁体重差异较大的南江黄羊极端个体基因组DNA进行扩增检测, 方差分析寻找与体重性状显著相关的微卫星标记。然后,利用该引物对随机群体进行检测,应用线性模 型计算含有相应标记个体体重性状的标记效应和替代效应。结果发现,BM3413位点的186bp和190bp 等位基因、MFA70位点的109bp等位基因、INRA063位点的178bp和184bp等位基因、MB066位点的 110bp等位基因、MB3501位点的176bp等位基因,这些标记基因与南江黄羊周岁体重呈极显著正相关, 相关系数在0．5180-0．7375之间。BM3413位点的182bp等位基因、MFA70位点的115bp等位基因、 MB066位点的98bp等位基因,这些标记与南江黄羊周岁体重呈显著(极显著)的负相关．相关系数在- 0．6539--0．388之间。     

陇东绒山羊微卫星多态性及其与部分经济性状相关性的研究

为了在陇东绒山羊群体实施标记辅助选择,根据山羊遗传连锁图谱和相关文献资料,选用9个微卫星座位,8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳PCR扩增产物,对我国特有遗传资源50只陇东绒山羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测,通过标记多态性与生产性状的最小二乘线性模型,进行了分子标记与经济性状的相关分析.结果表明:9个微卫星座位在陇东绒山羊群体中共检测到90个等位基因,平均每个座位的等位基因数为10个.其中微卫星座位LSCV24等位基因数最多,为14个,等位基因数最少的是DB6,只有6个;在所标记群体内平均多态信息含量为0.84±0.03,平均遗传杂合度为0.86±0.03.在9个基因座上发现与某些经济性状密切相关的标记效应(P＜0.05),同时在这些位点上找到各经济性状优势基因型以及对相应性状具有正效应或负效应的等位基因.     

SPF莱航鸡种群的微卫星多态性分析

【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。     

基于SSR标记的谷子主要农艺性状关联位点检测及等位变异分析

【目的】通过在海南省乐东县、河南省洛阳市、吉林省吉林市和公主岭市4个不同地理环境调查谷子10个主要性状,进行SSR标记与性状的关联分析,获得单一环境特异表达位点及多个环境共同表达位点,发掘优异等位变异,探究谷子可能的生态适应性形成机制,为开展谷子分子辅助选择育种奠定基础。【方法】连续2年在吉林省吉林市和公主岭市、河南省洛阳市、海南省乐东县调查102份谷子资源株高、穗长、叶片数、穗粗、抽穗期、穗码数、码粒数、穗重、穗粒重、千粒重10个主要农艺性状的基础上,首先利用SPSS19.0软件对每个地理环境进行性状间相关性分析,再用70个多态性SSR标记对谷子资源进行基因型鉴定,分析102份谷子资源的遗传多样性和群体遗传结构,最后用TASSEL5.0软件进行标记间的连锁不平衡分析,并用GLM和MLM 2种模型开展分子标记与表型性状的关联分析。【结果】除了千粒重,其余9个性状间在4个地理环境普遍存在显著或极显著正相关,千粒重只在在吉林市、公主岭市、洛阳市3个环境与穗粒重、株高、穗长、穗重呈显著或极显著正相关,在海南乐东县与其他9个性状没有显著相关性;70对SSR引物共检测到397个等位基因,平均每个标记的观测等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、Shannon指数分别为6、2.24、0.4637、0.7738;遗传多样性和群体结构分析均将102份谷子材料分为4个群,来自河南的谷子材料散布在4个群中,表现较丰富的遗传多样性;70对SSR标记间连锁不平衡分析未发现明显的连锁不平衡结构;GLM、MLM 2种模型共检测到10个关联标记,结合等位效应分析确定b115、MPGC13、b227、b194、p56在吉林市、公主岭市2个环境与穗重、穗长、叶片数、抽穗期4个性状关联,sigms9034、b125在洛阳市与穗长、穗码数关联,P18和p59在乐东县与穗重关联,p6在吉林市、公主岭市和洛阳市分别与叶片数和穗码数关联,单个标记对表型变异的平均贡献率在7.76%—34.05%;3个标记等位基因sigms9034-168、P18-166、p56-244分别能够显著增加穗长、穗重,缩短抽穗期。【结论】连续2年获得了5个在吉林市、公主岭市稳定表达的标记位点b115、MPGC13、b227、b194和p56,2个在洛阳市稳定表达的标记位点sigms9034、b125,2个在乐东县稳定表达的位点P18和p59,1个在洛阳市和吉林市、公主岭市同时稳定表达的标记位点p6;获得了3个可用于穗部性状、生育期标记辅助选择的优异等位基因sigms9034(168 bp)、P18(166bp)、p56(244 bp)。     

五个绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星标记对5个绵羊品种(藏羊、兰州大尾羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角道赛特)进行了遗传多样性分析.结果表明:5个绵羊群体的8个微卫星位点共发现105个等位基因,平均每个位点有13个,其中,在OarFCB128位点检测到的等位基因数最多,在BM8125位点检测到的等位基因数最少.多态信息含量、有效等位基因数及群体杂合度数据表明,小尾寒羊遗传变异最大,其次是蒙古羊、兰州大尾羊、藏羊,无角道赛特变异最小.根据Nei氏遗传距离用NJ法和UPGMA法构建的聚类图表明,兰州大尾羊与蒙古羊聚为一类,遗传距离最近,与无角道赛特距离最远.     

利用微卫星标记分析福建4个中华蜜蜂群体的遗传多样性

利用6对微卫星DNA标记对福建省4个中华蜜蜂群体进行遗传多样性分析,评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化.结果表明:共检测到50个等位基因,每个位点的等位基因数从2到19不等,所分析位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6088和0.5629.4个中华蜜蜂群体6个微卫星位点平均有效等位基因数为8.333,平均基因杂合度分别为0.5608、0.4798、0.5738和0.6010,群体分化率为11.3%,4个群体间的基因流动值较大.4个中华蜜蜂群体均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性.     

安徽两个地方鸡品种遗传多样性的微卫星DNA分析

利用29个微卫星DNA标记对两个安徽地方鸡品种进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化.在29个微卫星位点共检测到210个等位基因,每个位点的等位基因数从2到21不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6214和0.59.淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.55和6.38,平均基因杂合度为0.6194和0.6442,群体分化系数为4.8%,两个鸡品种间的Reynolds遗传距离和Nm分别为0.0513和4.7500.两个安徽地方鸡品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性.     

江苏省意大利蜂与中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

[目的]分析江苏省意大利蜂与中华蜜蜂品种间、品种内的遗传变异。[方法]利用6对微卫星DNA标记从DNA水平上对意大利蜂与中华蜜蜂进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。[结果]共检测到42个等位基因,每个位点的等位基因数从2到11不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.505 0和0.473 1。意大利蜂和中华蜜蜂6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.17和3.83,平均基因杂合度为0.500 7和0.333 2,群体分化系数为29.5%,两个品种间的Reynolds'遗传距离和Nm分别为0.330 5和0.638 4。[结论]两个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。     

利用微卫星标记分析皖南山区中华蜜蜂遗传多样性

利用23对微卫星标记,对皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,评估其群体遗传结构。结果表明：23个微卫星座位中共检测到144个等位基因,等位基因数为2-13,平均等位基因数为6.26;所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.6058和0.5714,说明皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性较为丰富。     

用微卫星标记分析福建地方山羊品种及波尔山羊的遗传多样性

用OARAE101、OARFCB11、MCM218、MCM38、BMS2508、BM143、INRA063及MAF65等8个微卫星座位,对福清山羊、戴云山羊及波尔山羊11个群体350份样本进行遗传多样性检测.结果表明:(1)11群体共检测到69个等位基因,平均每个座位为8.60个,其中23个等位基因为11个群体所共有,4个等位基因为福建地方山羊所特有;(2)福清山羊、戴云山羊和波尔山羊总的有效等位基因数分别为5.33、4.58和4.80;(3)福清山羊的平均杂合度为0.7889,戴云山羊为0.7745,波尔山羊为0.7930;(4)福清山羊与戴云山羊Nei氏标准遗传距离为0.2415-0.3485,与波尔山羊为0.4552-0.5767,戴云山羊与波尔山羊为0.5845-0.7026.本结果表明福建地方山羊的遗传多样性丰富,具有较高的选择潜力.