CAPN1基因的多态性与鸡肉质性状的关系研究

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因的外显子14、外显子20及其侧翼区序列进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系.CE14引物扩增的座位在群体发现3个单核苷酸多态性(SNPs)位点:g.13715409 A＞G、g.13715387 T＞C位于外显子14中,g.13715467 C＞T位于内含子13中;共检测到AA、AB、AC、BB、BC及CC 6种不同基因型,基因型频率分别为0.238、0.273、0.197、0.095、0.102、0.095,等位基因A、B、C的频率分别为0.473、0.282、0.245.CE20引物扩增的座位在群体发现6个SNPs位点:g.13713224 C＞A位于外显子20中,g.13713320 A＞T、g.13713289 G＞A、g.13713277 T＞C位于内含子19中,g.13713185T＞C、g.13713184 G＞A位于内含子20中;共检测到AA、AB、AC、BC、AD、BB、CD及DD 8种不同基因型,基因型频率分别为0.122、0.354、0.197、0.143、0.061、0.034、0.048、0.041,等位基因A、B、C、D的频率分别为0.429、0.282、0.194、0.095.最小二乘统计分析结果表明,CE14座位对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量、腿肌剪切力及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05),CE20座位对胸肌pHu及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05).     

皖东牛CAPN1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。     

牦牛CAPN1基因intron 1多态性及其与胴体和肉质性状的关联性

采用PCR SSCP技术检测甘南牦牛、天祝白牦牛及大通牦牛钙蛋白酶1（CAPN1）基因单核苷酸多态性（SNPs）,并分析SNPs对甘南牦牛部分胴体及肉质性状的影响。结果表明,3类群牦牛在CAPN1基因第1内含子区检测到g.100+606G>T突变,形成了AA、BB和AB 3种基因型,检测区域表现为中度多态; CAPN1基因第1内含子突变影响不同年龄段甘南牦牛肌肉嫩度、失水率和眼肌面积,AA基因型个体嫩度剪切力值较低而眼肌面积较高,其中3岁和5岁牦牛AA型个体嫩度剪切力显著低于BB或AB型（P<005）,4岁和5岁牦牛AA型个体眼肌面积显著高于BB或AB型（P<005）;另外6岁牦牛AA型个体失水率显著高于BB和AB型（P<005）。CAPN1基因g.100+606G>T突变可用为甘南牦牛此类性状潜在的遗传标记之一。     

CAPN1基因遗传变异及其对牛肉质性状的效应分析

[目的]探索钙蛋白酶1 (CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异,以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记.[方法]采用PCR-SSCP技术对雷琼牛、云南高峰牛,BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPNl基因Exonll-Exon16与Intron21遗传变异检测,运用SPSS17.0软件中的GLM模型分析检测到的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性.[结果]发现了CAPN1基因DNA序列中的两个突变位点A4558G和C4684T,分别检测到AA/AG/GG和CC/CT/TT 3种基因型.相关分析表明,A4558G位点GG基因型个体剪切力和大理石花纹评分显著低于AG和从型个体(P<0.05);C4684T位点TT基因型个体剪切力显著低于CT型个体(P<0.05).组合基因型分析表明,GGTT组合剪切力显著低于CCAA、CTAG和CTAA(P<0.05),大理石花纹评分显著低于其它基因型组合(P<0.05),脂肪颜色评分显著高于AGTT(JP<0.05),其余指标间无显著差异(P<0.05).[结论]初步推测CAPNI基因A4558G和C4684T的位点,可以作为牛肉嫩度和大理石花纹评分的遗传标记.     

海东鸡CAPN1基因3'UTR多态性及其与体尺性状的关联性

利用PCR-SSCP技术对海东鸡CAPN1基因多态性进行分析,研究CAPN1基因多态位点与体尺性状之间的相关性。结果表明,海东鸡CAPN1基因3'UTR存在c.*1 114TC转换,对应2种等位基因T和C,等位基因T为优势等位基因;该群体CAPN1基因检测区域为中度多态(0.25PIC0.50),偏离了Hardy-Weinberg平衡状态。CAPN1基因3'UTR的多态性对体斜长、胸宽和胸骨长有显著性影响,对胫长有极显著影响,对胸深、胸围和髋宽无显著性影响。     

Correlation Analysis on Single Nucleotide Polymorphism of CAPN1 Gene and Meat Quality and Carcass Traits in Chickens

The selection of meat quality has received considerable focus in chicken breeding. This study was aimed at investigating the effect of CAPN1 gene on meat quality traits in chicken populations. Primer pairs for 3 UTR in CAPN1 were designed from database of chicken genomic sequence. Polymorphisms were detected using PCR-SSCP and DNA sequencing. A mutation at position 9 950 nt （G/A, locus A） was found among individuals in each population. The allele and genotype frequencies significantly differed among eight lines with higher frequencies of allele A2 and genotype AIA2 （P〈0.01）. The least square analysis showed that there was significant difference （P 〈 0.05） in muscle fiber density and some carcass traits among genotypes and that the breast muscle fiber density （BFD） of birds ofAIA1 genotype was significantly higher （P〈0.05） than that of birds ofA2A2 genotype. It was concluded that the CAPN1 gene was the major gene affecting the muscle fiber traits of chicken or was linked with the major gene. These results were useful for studying the molecular mechanism that influences meat traits and were used as the base of molecular-assisted selection to meat quality traits. So, this site may be a potential marker affecting the muscle traits of chickens.     

牛CAPN1基因遗传变异及其对胴体性状的效应分析

[目的]探讨钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。[方法]采用PCR-SSCP对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPN1基因Exon11-Exon16与Intron21遗传变异检测,运用GLM模型分析检测到的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性。[结果]发现CAPN1基因DNA序列中的2个突变位点A4558G和C4684T,分别检测到AA/AG/GG和CC/CT/TT 3种基因型,优势基因分别为A和G。效应分析结果表明,A4558G多态对骨重、胴体产肉率及肉骨比性状效应显著(P0.05),C4684T多态对宰前活重、净肉重、胴体重、头重、骨重、前蹄重、网膜油重及肠系膜油重性状效应显著(P0.05)。[结论]CAPN1基因可以作为肉牛胴体性状的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。     

猪PGC1基因多态性与肉质性状的相关性分析

通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明PGC1基因第8外显子序列经Alu I酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0.7,而江苏地方品种猪中,TT占绝对优势。分析PGC1基因型与肉质性状相关发现,AA基因型猪的肉色L、失水率均极显著低于TT基因型(P<0.01);TT基因型猪的蒸煮损失、剪切力和肌纤维直径均极显著低于AA基因型(P<0.01)。     

部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性

通过研究部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜牛庆阳类群)、秦杂牛(秦川牛×早胜牛平凉类群)、西杂牛(西门塔尔牛×早胜牛平凉类群)、荷斯坦奶公牛和澳洲黑牛共391头个体的CAPN1基因外显子9进行遗传变异检测,运用SPSS17.0软件分析早胜牛平凉类群遗传变异与肉质性状的关联性。结果表明,CAPN1基因第9外显子存在突变位点G458C,并检测到GG、GC和CC 3种基因型。相关性分析表明,CAPN1的G458C位点与pH、剪切力和滴水损失差异显著相关(P0.05),CC基因型剪切力和滴水损失显著低于GG和GC型(P0.05),其他性状在各基因型间差异不显著。因此,推测CAPN1基因的突变位点G458C可以作为牛肉嫩度的遗传标记。     

猪MyoD1基因的多态性检测及与肉质性状的关联分析

采用PCR-RFLP方法对通城、大白和长白3个纯种及长大通和大长通2个三元杂种共5个群体MyoD1基因第1内含子的多态性进行了研究,并对多态位点与生长、胴体和肉质性状进行了关联分析。结果发现第1内含子第257位存在1个A/C颠换,引起DdeⅠ酶切位点的改变。PCR产物经DdeⅠ酶切后,检测到2个等位基因,3种基因型,其中通城猪中C等位基因的分布占主要优势,大白、长白猪中2种等位基因的分布频率相近。关联分析结果表明,不同的基因型与肉色评分和失水率相关(P0.05或P0.01);CC基因型个体的肉色评分显著高于AA和AC基因型个体;而CC基因型个体的失水率极显著低于AA基因型个体。研究结果进一步证明MyoD1基因是一个重要的肉质性状候选基因,第1内含子第257位被DdeⅠ限制性内切酶识别的多态位点为猪肉质性状的标记辅助选择提供分子标记,CC基因型猪具有优良的肉质。     

文昌鸡群体内遗传变异分析

利用17个微卫星位点对海南文昌鸡群体内的遗传变异情况进行了分析,结果表明,13个位点处于哈代-温伯格平衡状态,2个位点处于不平衡状态,2个位点处于极不平衡状态。文昌鸡群体内平均杂合度(H)为0.7608;多态信息含量(PIC)为0.6899,平均有效等位基因数(Ne)为5.0254,群体杂合度和多态信息含量都相对较高,说明文昌鸡群体内的遗传变异较大,具有较高的选择潜力。     

寿光鸡和汶上芦花鸡肉用性能比较分析

随机选取相同环境下饲养的90日龄汶上芦花鸡和寿光鸡各30只,测定其肉用性能,并进行品种间的比较分析。结果表明:90日龄的活体重汶上芦花鸡为939.35 g,寿光鸡为1 504 g;寿光鸡在活重、半净膛重、全净膛重和翅比率性状上极显著高于芦花鸡(P0.01),而芦花鸡在屠体率和腿比率性状上极显著优于寿光鸡(P0.01),半净膛率显著优于寿光鸡(P0.05)。两个地方鸡种的胸肌pH值在宰后15 min至宰后24 h内均呈下降趋势,各时期pH值均符合正常肌肉要求范围。芦花鸡在腹脂重、腹脂率和肌内脂肪性状上高于寿光鸡,但只在腹脂率性状上存在极显著差异(P0.01)。     

兴义矮脚鸡群体内遗传变异分析

[目的]从分子水平上分析兴义矮脚鸡的选育效果,为矮小型鸡的品种资源保护和开发利用提供理论依据。[方法]采用10个微卫星座位对3个品系贵州兴义矮脚鸡（100日龄）,即黄羽（xy）、麻羽（xs）和黑羽（xb）（各50只）的遗传多样性进行研究。[结果]3品系矮脚鸡在10个微卫星座位上共检测到68个等位基因,各座位上等位基因数为5～10个,平均为6.800个,平均有效等位基因数4.3002。10个微卫星座位的期望杂合度在0.5238～0.8816,平均为0.7326。多态信息含量（PIC）的范围在0.4981～0.8656,平均为0.6973。3品系间的遗传分化系数（Fst）为0.0129～0.0664,平均值为0.0289。各座位的基因流都大于1,平均Nm值为8.4109。3品系矮脚鸡两两之间的遗传距离在0.0464～0.1474之间,xy和xs品系间的遗传距离最小,但两者与xb品系之间的遗传距离均较远。[结论]兴义矮脚鸡各品系间遗传分化较小,均有丰富的遗传多样性,仍有较大的选育空间。     

青藏高原海东鸡CAPN3基因第1外显子多态性研究

[目的]对青藏高原海东鸡CAPN3基因第1外显子的多态性进行研究。[方法]采用PCR-SSCP技术检测海东鸡CAPN3基因第1外显子的多态性。[结果]海东鸡CAPN3基因第1外显子存在c.223GA的错义突变,对应2种等位基因G和A,等位基因G为优势等位基因;该群体CAPN3基因检测区域0.25PIC≤0.5为中度多态,且偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。[结论]该研究为海东鸡功能基因的分子遗传研究提供了基础资料。     

安义瓦灰鸡IGF-1基因多态性研究

研究了安义瓦灰鸡IGF-1基因的多态性,检测到该基因第1外显子有1处突变,表现为3种基因型,其中AA基因型的频率最高,BB基因型的频率最低,A等位基因的频率远高于B。多态信息含量分析表明,该位点属于中度多态位点。     

普通牛CAPN10基因生物信息学分析

从GenBank中获得普通牛CAPN10基因CDs序列,对其核苷酸序列和编码蛋白序列及其蛋白结构进行生物信息学分析,结果表明,普通牛CAPN10蛋白编码640个氨基酸残基,相对分子质量70.42 kD,理论等电点(pI)8.02,其氨基酸序列中存在较强的亲水区域,二级结构以α-螺旋和无规卷曲为主的混合型。