地黄肌动蛋白基因片段的克隆与序列分析(英文)

[Objective] The aim of this study is to clone and analyze the actin gene from Rehmannia glutinosa. [Method] Degenerate primers were designed according to the conserved regions of actin sequences of Rehmannia glutinosa and its similar species,RT-PCR was next conducted to amplify the actin gene from Rehmannia glutinosa. [Result] The amplified fragment is 724 bp and correspondingly 240 amino acids. The BLAST results indicate that the homology between the amplified fragment and other higher plants for actin gene sequences and amino acid are more than 80% and 90%,respectively,suggesting that the amplified fragment is the actin gene of Rehmannia glutinosa. [Conclusion] Phylogenetic analysis shows that the actin gene of Rehmannia glutinosa has an intimate genetic relationship with actin7 gene of Nicotiana tabacum.     

地黄肌动蛋白基因片段的克隆与序列分析

笔者从分子生物学基础较薄弱的药用植物地黄（Rehmannia glutinosa）中克隆分离肌动蛋白基因片段,并对所获得的地黄肌动蛋白基因序列进行分析。     

Cloning and Sequence Analysis of Actin Gene from Rehmannia glutinosa

[Objective] The aim of this study is to clone and analyze the actin gene from Rehmannia glutina. [Method] Degenerate primers were de-signed according to the conserved regions of actin sequences of Rehmannia glutinosa and its similar species, RT-PCR was next conducted to amplify the ac-tin gene from Rehmannia glutinosa. [Result] The amplified fragment is 724 bp and correspondingly 240 amino acids. The BLAST results indicate that the homology between the amplified fragment and other higher plants for actin gene sequences and amino acid are more than 80% and 90%, respectively, sug-gesting that the amplified fragment is the actin gene ofRehmannia ghainosa. [Conclusion] Phylogenetic analysis shows that the actin gene of Rehmannia glutinosa has an intimate genetic relationship with actin7 gene of Nicotiana tabacum.     

地黄肌动蛋白基因片段的克隆与序列分析

[目的]克隆与分析地黄肌动蛋白基因片段。[方法]根据与地黄相近物种肌动蛋白基因序列的保守区设计兼并引物,通过RT-PCR方法扩增地黄编码区肌动蛋白基因。[结果]扩增片段全长为724 bp,对应编码240个氨基酸。序列比对分析发现其与其他高等植物肌动蛋白基因核苷酸序列同源性在80%以上,氨基酸序列在90%以上。[结论]系统进化分析表明,扩增到的地黄肌动蛋白基因与烟草actin7基因有较近的亲缘关系。     

怀地黄液泡质子泵焦磷酸水解酶基因的克隆与生物信息学分析

为了克隆地黄功能基因,根据NCBI GenBank核酸数据库中5种已知植物生长素诱导的器官膨大基因(ARGOS)碱基序列的保守区,利用CLUSTAL 2.1和DNAMAN 4.0软件设计简并引物,采用RT-PCR技术扩增出一个cDNA片段,测序表明,获得基因cDNA片段序列长度为495bp。经过NCBI数据库BLAST分析,发现它与莲花、蓖麻、烟草、苜蓿、葡萄、碧桃、灰绿藜7种植物的液泡膜质子泵焦磷酸水解酶基因同源性很高,在83%～86%,因此获得的基因是地黄液泡膜质子泵焦磷酸水解酶基因。     

燕麦Actin基因片段的克隆及序列分析

【目的】克隆与分析燕麦肌动蛋白基因片段.【方法】根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以燕麦叶片总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出Actin基因片段并克隆到PUCm-T载体,进而转化大肠杆菌E.coli DH5α感受态细胞.阳性克隆经PCR鉴定后进行测序.【结果】扩增片段长678bp,共编码225个氨基酸;所得序列与GenBank中注册的Actin基因序列的同源性均在85%以上,与其他肌动蛋白的氨基酸序列的同源性达93%以上.【结论】系统进化分析表明,扩增到的燕麦肌动蛋白基因与羊草、长穗偃麦草和黑麦草等植物的肌动蛋白基因亲缘关系最为密切.     

怀地黄基因片段及其中转座酶基因的克隆与序列分析

根据已知裂叶牵牛花PNZIP启动子碱基序列的相关信息设计引物,采用PCR方法,从怀地黄基因组中扩增出5个基因片段,回收和克隆出其中一个1 096bp的基因片段。经过NCBI对比分析,发现它是一个类似转座子的相关蛋白基因序列,含有一个完整的开放阅读框,大小为450bp,编码由150个氨基酸组成的转座酶。然后,基于该开放阅读框的碱基序列,设计另一对引物,用PCR方法,从中扩增出该完整开放阅读框的序列片段。     

地黄类RghBNG基因的克隆与生物信息学分析

Rgh BNG基因是一种地黄(Rehmannia glutinosa)响应非生物胁迫和植物生长调节剂的基因。类Rgh BNG基因是一个与Rgh BNG基因核酸序列同源的地黄基因。克隆了地黄类Rgh BNG基因,预测其编码蛋白质的性质、结构和功能。用RNA提取试剂盒提取地黄总RNA,反转录成c DNA,根据已知地黄的Rgh BNG基因碱基序列设计上、下游引物,以c DNA为模板,利用PCR扩增产生包括Rgh BNG基因和类Rgh BNG基因在内的5个c DNA片段,其中类Rgh BNG基因全长1 974 bp,包含一个486 bp的ORF,编码161个氨基酸残基组成的蛋白质;蛋白质等电点为9.45,分子量为18.6 k Da,二级结构中延伸链占34.78%,无规则卷曲占33.54%,α-螺旋占21.74%,β-螺旋占9.94%,有两个可能的跨膜区,参与翻译和脂肪酸代谢。     

地黄叶片提取物抗氧化活性及其薄层色谱的初步研究

[目的]为开发利用地黄资源提供依据。[方法]以新鲜地黄叶片为试材,将其热烫、打浆、过滤、真空浓缩干燥后,分别用乙醇、丙酮、氯仿、乙醚、石油醚提取浓缩物中抗氧化活性物质,比较不同溶剂提取物的抗氧化作用。并用化学预示法和薄层层析法对抗氧化活性物质的成分进行定性分析。[结果]5种有机溶剂的提取物均具有抗氧化作用,其中,乙醇提取物的抗氧化作用最强,其最适用量为0．14％。0．14％乙醇提取物的抗氧化活性略低于0．02％的茶多酚,但高于0．02％的BHT和维生素C。化学预示和薄层色谱分析显示,地黄叶片的抗氧化活性物质主要为黄酮、萜类、有机酸和酚类化合物。[结论]确定了地黄叶片有机活性物质的组合及最佳提取溶剂。     

青蒿鲨烯合酶cDNA的克隆与序列分析

[目的]对青蒿鲨烯合酶进行cDNA克隆,并进行序列分析。[方法]根据GenBank上已发表的鲨烯合酶cDNA基因序列设计1对特异性引物,提取青蒿细胞总RNA,运用RT-PCR扩增出鲨烯合酶基因。将其与pMD19-T载体连接,并对克隆片段序列进行分析。[结果]SS基因全长1257bp,编码418个氨基酸;同源性分析表明,青蒿SS基因序列与人参、积雪草、金铁锁、大豆、辣椒、百脉根、远志、玉米、褐家鼠、小鼠以及人相应序列的同源性分别为77.21%、76.11%、75.66%、74.62%、73.83%、74.46%、73.03%、64.39%、52.22%、50.51%和50.12%;氨基酸同源性分别为79.43%、79.00%、75.84%、79.43%、77.27%、77.27%、77.03%、66.03%、40.65%、40.19%和40.09%。[结论]青蒿鲨烯合酶cDNA的成功克隆,为进一步研究SS基因结构、基因表达与调控提供了重要依据。     

青蒿鲨烯合酶cDNA的克隆与序列分析(英文)

[目的]对青蒿鲨烯合酶进行cDNA克隆,并进行其序列分析。[方法]根据GenBank上已发表的鲨烯合酶cDNA基因序列设计1对特异性引物,提取青蒿细胞总RNA,运用RT-PCR扩增出鲨烯合酶基因。将其与pMD19-T载体连接,并通过DNAman、NCBI Blast、ExPASy ProtParam等工具,对克隆片段序列进行分析。[结果]SS基因全长1257bp,编码418个氨基酸;同源性分析表明,青蒿SS基因序列与人参、积雪草、金铁锁、大豆、辣椒、百脉根、远志、玉米、褐家鼠、小鼠以及人相应序列的同源性分别为77.21%、76.11%、75.66%、74.62%、73.83%、74.46%、73.03%、64.39%、52.22%、50.51%和50.12%;氨基酸同源性分别为79.43%、79.00%、75.84%、79.43%、77.27%、77.03%、66.03%、40.65%、40.19%和40.09%。由SS基因翻译出来的蛋白质分子量为47.8394KDa,理论等电点为8.57,无信号肽。疏水性分析表明,在400~417区域疏水性较强。跨膜区分析表明有3处跨膜区域,分别为170～186位的17个氨基酸、282～305位的24个氨基酸、387～407位的21个氨基酸。通过NCBI的BLAST程序分析指出,该基因编码的氨基酸序列含有Trans_IPPS_HH的保守区域,也具有与Mg2+结合有关的活性中心——富含天门冬氨酸的区域(DXXDD)。2级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。[结论]青蒿鲨烯合酶cDNA的成功克隆,为进一步研究SS基因结构、基因表达与调控提供了重要依据。     

江苏省葫芦科作物西瓜花叶病毒的分子鉴定和序列分析

[目的]对江苏各地具典型褪绿花叶症状的多种葫芦科作物是否为西瓜花叶病毒（Watermelon mosaic virus,WMV）侵染进行分子鉴定,明确该病毒在江苏的遗传分化.[方法]提取样品总RNA,利用西瓜花叶病毒的cp基因特异性引物进行RT-PCR扩增,克隆测序,应用DNASTAR和Clustal X软件进行序列分析.[结果]来自南瓜、瓠瓜、西瓜和西葫芦的11个分离物的RNA模板中均检测到1200 bp左右的片段;序列测定表明该片段含1154个核苷酸,包含完整的编码281个氨基酸的WMV-cp基因.序列比对结果表明,11个分离物和来自不同地区的17个分离物WMV-cp基因核苷酸和推导的编码CP蛋白氨基酸序列同源性分别为90.5％～100.0％和92.9％～100.0％.[结论]WMV的遗传变异与地缘相关性较强而与寄主相关性较弱.江苏分离物WMV-CP氨基酸均具有蚜传株系的特征结构域DAG,暗示其田间流行与蚜虫有关.     

不同基因型怀地黄组织培养及植株再生研究

[目的]研究不同基因型怀地黄的组织培养及其植株再生。[方法]以4种不同基因型怀地黄为材料,研究了其在7种不同激素配比培养基上的愈伤组织诱导效应及其分化效果。[结果]7种不同浓度激素配比的培养基均能使4个不同基因型怀地黄产生愈伤组织,且愈伤组织均有不同程度的分化,但不同基因型怀地黄的愈伤组织诱导效应及其分化存在差异,其中武陟6号的愈伤组织诱导及其分化效果较好。[结论]为进一步研究怀地黄的组织培养提供了依据。     

地黄中微量元素的主成分分析和聚类分析

[目的]采用主成分分析和聚类分析2种模式分析方法对地黄中的微量元素进行研究。[方法]选择6种微量元素的含量为指标,对不同来源的地黄药材进行主成分评价和聚类分析。[结果]主成分分析较全面的反映了药材样本的信息,评价结果具有一定的客观性,与聚类分析结果一致。[结论]主成分分析和聚类分析可用于中药材多指标的质量评价。     

南瓜基因CmNAC的克隆与序列分析(英文)

[目的]克隆南瓜基因CmNAC并进行序列分析。[方法]以南瓜叶片为材料,根据甘蓝型油菜NAC1、番茄NAC和辣椒NAC保守结构域设计一对简并引物,采用RT-PCR方法扩增得出长度约为440bp大小的DNA片段,将其克隆至pMDl9-T载体上,对重组克隆进行测序,用BLAST和DNAMAN软件对核酸及氨基酸序列进行分析。[结果]所获得的南瓜NAC基因片段由442个碱基组成,编码147个氨基酸,命名为CmNAC;该基因片段具有其它植物NAC基因中存在的保守区,并且属于NAC家族中ATAF1/2亚家族。[结论]实验拟在南瓜中获得和抗逆性相关的NAC基因,为进一步研究该基因的生物学功能和植物基因工程奠定理论基础。     

地黄品种遗传多样性RAPD分析

用CTAB法提取10个地黄品种幼叶的基因组DNA，用紫外分析法和琼脂糖凝胶电泳方法检测基因组DNA的纯度、大小和浓度。结果表明，从80条RAPD引物中分别筛选出适合于地黄RAPD标记分析的引物17条。17条RAPD引物对10个地黄品种（系）扩增出177条带，多态条带比率（PPB）为61．58％，平均多样性指数（I）为0．3135，遗传相似系数（GS）在0．63～0．93，平均GS为0．7545。RAPD标记的聚类分析结果，将10个地黄品种分为2类：第1类含有6个品种，包括组培85—5、大田85—5、组培9302、金白地黄、金状元和大田9302；第2类含有4个品种，包括北京1号、大红袍、地黄9104和野生地黄。     

地黄病毒病的检测与初步鉴定

利用DAS-ELISA和RT-PCR等检测方法,对感染地黄病毒病的地黄进行检测和初步鉴定,并结合该病毒地黄分离物CP基因的克隆及序列分析进行验证。结果表明,烟草花叶病毒（TMV）为侵染地黄的主要病毒;扩增产物序列测定结果表明：TMV地黄分离物CP基因的核苷酸序列与GenBank上已登录的TMV其他株系CP基因核苷酸序列的同源性在85％～98％之间,氨基酸序列同源性在84％～98％之间,同源性较高。根据不同株系CP基因氨基酸序列进化树分析,推测该分离物可能为TMV的已有株系。     

NEB对重茬地黄生长发育及有效成分的影响

[目的]研究施用NEB对重茬地黄生长发育及有效成分的影响。[方法]通过对重茬地黄出苗率、保苗率、单支重量及平均窝重、根茎是否膨大、梓醇含量的测定,分析NEB对重茬地黄生长发育及有效成分的影响。[结果]施用NEB能有效提高地黄出苗率、保苗率,有效防止地黄死苗;提高有效成分梓醇含量。相比对照,低浓度NEB(3 000 mL/袋兑水)对地黄平均每窝重量和根茎膨大影响显著,解决了连作障碍导致地黄块根不膨大的问题。[结论]施用NEB可作为解决重茬病害的有效途径。     

水曲柳结构域重新甲基化酶DRM基因片段的克隆及同源性分析

[目的]克隆并分析水曲柳结构域重新甲基化酶（DRM）基因片段.[方法]根据GenBank上已发表的DRM氨基酸序列,采取CODEHOP方法设计合成1对简并引物,采用RT-PCR技术对水曲柳DRM基因进行扩增,将PCR产物与pMD 18-T连接后转化至E.coli JM109感受态细胞,检测阳性克隆,测序并进行序列分析.[结果]克隆得到的DRM基因cDNA序列长802 bp,由267个氨基酸残基组成,命名为FmadrmA.序列比对表明FmadrmA与参考的12个物种的DRM在氨基酸水平上表现出较高的同源性,其与山葡萄、番茄、黄瓜、野草莓、大豆、苜蓿、玉米、烟草、拟南芥、毛果杨、水稻和乌拉尔图小麦的DRM同源性分别为61％、54％、51％、50％、60％、48％、43％、44％、37％、42％、42％和39％.系统进化树分析表明同源的DRM蛋白可大致聚为3类,而水曲柳与其他植物的亲缘关系较远.[结论]该试验成功获得了水曲柳FmadrmA基因片段,并对其进行了同源性分析,为进一步研究结构域重新甲基化酶基因及分析其表达特性奠定了基础.     

法氏囊炎病毒VP2基因高变区片段的克隆与鉴定

[目的]研究法氏囊病毒VP2蛋白的抗原表位在机体免疫应答中的作用和特点。[方法]以接种传染性法氏囊病毒(IBDV)的鸡胚尿囊液为模板,根据Genbank中登录的IBDV的VP2蛋白基因的全序列设计引物,通过RT-PCR扩增获得VP2高变区部分片段,将其克隆到原核表达质粒PGEX-4T-1中,经酶切鉴定后,转化大肠杆菌Rosetta(DE3)BL21,筛选阳性克隆并对其进行测序鉴定。[结果]通过PCR扩增获得一个504bp的扩增片段,序列分析结果表明它与GenBank中登录的IBDV的VP2蛋白基因的核苷酸序列同源性达99.8%,其氨基酸序列的同源性为99.4%,说明各毒株间高变区基因序列保守性很高。[结论]法氏囊炎病毒毒株在两个大小亲水区内的氨基酸都非常保守。