猪SLA-DRB基因第2外显子SNP多态性分析

为探讨杜洛克猪和长白猪DRB基因第2外显子的多态性,采用PCR扩增和测序技术对该两种猪DRB基因第2外显子的SNP多态性进行分析。结果表明,杜洛克猪和长白猪DRB基因第2外显子分别有15和3个SNP位点,杜洛克猪DRB基因的多态性高于长白猪。本研究结果为进一步研究猪的遗传特性和抗病育种提供了前期工作基础。     

19个猪种SLA-DQB基因外显子2多态性分析

本研究旨在系统分析国内外猪种SLA-DQB基因的多态性,以期为进一步研究猪SLA-DQB与疾病抗性的相关性提供理论依据.采用PCR-RFLP方法,野猪、14个中国地方猪种和4个引进猪种SLA-DQB基因第2外显子经限制性内切酶HaeⅢ酶切后,共检测到5个等位基因,9种基因型.其中野猪中仅存在A、B 2种等位基因;家猪群体中出现了野猪群体中所没有的6种基因型和3种等位基因.中国地方猪种与引进猪种相比,RFLP带型较为丰富,五指山猪和淮猪中具有8种基因型,多态性最为丰富.除野猪群体中A等位基因为优势等位基因外,其它所有家猪群体中均以B和C基因为优势等位基因;临高猪中出现其它猪种所没有的D等位基因,表现出独特的特性.本研究结果提示,生态环境和遗传纯度均可能影响SLA-DQB等位基因的多样性,总体上,引进猪种、培育猪种和地方猪种SLA-DQB基因外显子2的基因型分布并不存在明显的差异,但PCR-RFLP带型在具体的品种之间的差别较大.     

猪FSHR基因外显子1的多态性分析

研究选择FSHR基因作为候选基因,利用PCR-SSCP技术研究这个基因外显子1的多态性及其与主要繁殖性状的关系,以筛选猪高繁殖力特性的主效基因或遗传标记.     

撒坝猪及长撒二元杂交猪SLA-DQA基因PCR-RFLP多态性分析

根据SLA-DQA基因cDNA序列和已报道的引物序列,在猪中成功扩增了一个731bp的片段,该片段包括猪SLA-DQA基因的大部分第2外显子、完整第2内含子和少部分第3外显子.采用限制性内切酶EcoR1对撒坝猪和长撒二元杂猪SLA-DQA基因的扩增产物进行多态性分析,结果2个猪种在酶切后出现2个等位基因,3种基因型:654 bp/77 bp(AA)、731 bp(BB)和731 bp/654 bp/77 bp (AB).分析发现,A等位基因在群体中占优势,经X2适合性检验,撒坝猪和长撒二元杂交猪SLA-DQA基因在EcoR1酶切位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态.     

合作猪γ-IFN基因外显子4多态性分析

为了研究合作猪γ-IFN基因的多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点,各等位基因是否符合Hardy-Weinberg平衡状态、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度,采用PCR-SSCP方法检测了138头合作猪γ-IFN基因外显子4的等位基因,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,就基因型和等位基因单倍型序列数据开展分析。序列比对分析发现5个核苷酸多态位点,其中5 284 bp(A→G)、5 341 bp(G→A)、5 371 bp(A→G)为新发现突变位点。试验群体发现4种基因型AA、AB、AC和AD,其中A等位基因频率为0.963 8,为优势等位基因。经χ2适合性检验,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。γ-IFN基因遗传多态指数中,杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)均较低,表明合作猪γ-IFN基因比较保守。     

3个江西省地方猪种SLA-DQB基因外显子2多态性分析

采用PCR-RFLP法对3个江西省地方猪种(乐平花猪、修水杭猪和万安花猪)的SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行多态性分析。结果表明:3个猪种SLA-DQB基因外显子2多态性非常丰富,通过限制性内切酶HaeⅢ和RsaⅠ酶切后,均分出3种RFLP带型,共有10种组合带型,其中修水杭猪仅检测到4种,乐平花猪和万安花猪中均检测到6种。2χ适合性检验表明,3个猪种SLA-DQB基因外显子2的2个酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态。     

6个中国小型猪种SLA-DQB基因外显子2多态性分析

采用PCR-RFLP法对甘孜藏猪、合作猪、滇南小耳猪、荷包猪、五指山猪和巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2多态性进行分析。结果表明:经RsaⅠ酶切检测到5种等位基因,14种RFLP带型,遗传杂合度(He)在0.538~0.729,多态信息含量(PIC)在0.488~0.728,该位点表现为高度多态;χ~2适合性检验显示,甘孜藏猪、巴马小型猪和五指山猪3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。经HinfⅠ酶切检测到3种等位基因,6种RFLP带型,He在0.315~0.524,PIC在0.291~0.461,在该位点表现为中度多态。χ~2适合性检验显示,甘孜藏猪、滇南小耳猪、巴马小型猪、荷包猪4个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。因此,6个小型猪种的SLA-DQB基因外显子2多态性丰富且存在明显差异。     

撒坝猪SLA-DQA基因多态性与生长性状的相关性分析

应用PCR-RFLPs方法检测撒坝猪SLA-DQA基因突变位点多态性,通过最小二乘分析进行基因型与生长性状表型值的相关分析,结果表明SLA-DQA基因3种基因型在所分析的几个阶段体重和6月龄体尺性状上差异均未达到显著水平,且而在0⁴5日龄日增重和70日龄45日龄日增重和70日龄⁴月龄日增重上AA基因型与AB基因型间的差异达到显著水平,大多数生长性状都以BB型的较高。     

苏太猪SLA-DQA基因多态性及其与生产性能的关联分析

本研究采用PCR-RFLP方法对苏太猪SLA-DQA基因多态性进行分析，结果表明，苏太猪SLA-DQA基因开放阅读框第722个碱基存在1个A→G突变，从而导致了氨基酸Gly到Arg的转变，并产生了TaqⅠ酶切位点。当扩增产物被限制性内切酶TaqⅠ消化后，检测到AA和AG基因型。分析这2种基因型与苏太猪生产性能间的相关性，结果表明：SLA-DQA基因与生产性能不存在相关性。     

八眉猪DQB基因多态性及其与仔猪腹泻的相关性研究

为了探讨SLA-DQB基因作为猪抗病育种辅助选择标记的可能性,试验采用PCR-RFLP方法对八眉猪SLA-DQB基因外显子2的多态性及其与仔猪腹泻的相关性进行研究。结果表明:八眉猪SLA-DQB基因外显子2多态性并不丰富,仅检测出3个等位基因和5种基因型,其多态信息含量为0.23,遗传杂合度仅为0.24;八眉猪DQB基因外显子2变异程度比较低。该群体偏离了HardyWeinberg平衡(P0.01)。仔猪腹泻与性别不相关(P0.05),与DQB基因外显子2的基因型之间呈现极显著相关(P0.01),AA和AB基因型腹泻评分均极显著高于AC、BB和CC基因型(P0.01)。不同性别DQB外显子2的基因型对仔猪腹泻的影响不同。在公猪中,AB基因型个体的腹泻评分高于AA、AC、BB、CC个体(P0.05);而在母猪中,AA和AB腹泻评分极显著高于AC、BB和CC(P0.01),可见性别影响了DQB外显子2基因型与腹泻之间的关系。说明八眉猪DQB基因外显子2多态性较低,其基因型对仔猪腹泻有影响,可作为猪抗病育种的选择标记。     

江西地方猪种SLA-DRB基因外显子2的多态性研究

采用PCR-RFLP法对3个江西地方猪种(乐平花猪、修水杭猪和万安花猪)的SLA-DRB基因外显子2的PCR产物进行多态性分析。通过限制型内切酶RsaⅠ酶切后,共产生9种组合带型。通过检测发现:乐平花猪有8种组合带型,即AA、AB、AC、BB、BC、BD、CD和DD;修水杭猪有3种组合带型,即AA、AB和AC;万安花猪有4种组合带型,即AA、AC、BC和CC,且3个猪种中均以A为优势带型,在猪种中频率相差不大。χ2检测表明,乐平花猪和修水杭猪SLA-DRB基因外显子2在RsaⅠ酶切位点达到了Hardy-Weinberg平衡状态,而万安花猪未达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

大白猪DQB第2外显子SNP多态性分析

采用混合池DNA扩增产物直接测序技术对大白猪DQB基因第2外显子的SNP多态性进行分析。结果表明,大白猪DQB基因第2外显子有18个SNP位点,表现出高度多态。结果对猪的遗传特性和抗病机制的研究提供了一定的理论依据。     

猪SLA-DRA基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

为探索SLA-DRA基因作为猪抗病育种分子标记的可能性,本研究采用PCR-SSCP和克隆测序方法对大白、长白和杜洛克共216头猪的SLA-DRA基因外显子2进行了多态性研究,分析了该基因与仔猪腹泻的关联性。结果,在SLA-DRA外显子2上检出了3个等位基因和6种基因型;6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC)在大白猪和长白猪中都存在,而在杜洛克猪中只检出4种基因型(AA、BB、AB和BC)。杜洛克猪与大白猪和长白猪间基因型分布均差异极显著(P<0.01);3个品种的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘法分析表明,品种和性别对仔猪腹泻影响不显著(P>0.05),基因型与仔猪腹泻显著相关(P<0.05);AA和BB基因型个体腹泻评分的最小二乘均值均显著高于AC和CC基因型个体(P<0.05)。本研究表明,SLA-DRA基因不同基因型对仔猪腹泻有着重要的影响,可作为猪抗病育种应用中的一个潜在遗传标记。     

猪SHP基因外显子1单核苷酸多态性研究

微小异源二聚体伴侣基因(Small heterodimer partner gene, SHP) 主要在肝脏、心脏、胰脏和脂肪组织中表达,影响脂类在机体内的动态平衡.用PCR-SSCP 方法研究猪SHP基因外显子1在5个猪群(长白猪、大白猪、皮特兰猪、金华猪和野猪)中的DNA 多态性,结果检测到3 种基因型(GG、GA 和AA).χ2 独立性检验结果表明,3种基因型频率分布在各品种间差异显著(P＜0.05).对纯合子个体测序检测发现,在SHP基因第1 外显子内存在一个多态位点(G374A,DQ002896),且导致编码氨基酸由精氨酸(Arg)替换为组氨酸(His).对金华×皮特兰F2代资源家系猪进行了该多态片段的基因型鉴定,并分析了不同基因型对猪背膘厚和肌内脂肪含量的遗传效应,结果显示AA基因型猪肩背膘厚、胸背膘厚、臀背膘厚以及肌内脂肪含量分别比GG基因型猪的低27.0%,30.6%,19.5%和40.9% (P＜0.05);AA基因型猪6～7肋背膘厚比GA基因型猪的低23.0%(P＜0.05).     

八眉猪研究进展

<正>八眉猪是我国优秀的地方猪种质资源,又称“西猪”“泾川猪”原产地在甘肃,主要分布于甘肃省、宁夏回族自治区、青海省、陕西省和内蒙古等地区。八眉猪原产地养猪历史可以追溯到5 000～6 000年以前的新石器时代,是我国西北地区的古老猪种之一,历史悠久,其祖先是华北野猪,属于华北型猪种。     

猪SIRT5基因外显子区多态性研究

为系统挖掘猪沉默信息调节因子5(silence information regulator 5, SIRT5)基因外显子区域SNPs位点,以4个猪资源群体(从江香猪、黔北黑猪♀×巴克夏♂F_1代杂交猪、夜郎黄金猪和大约克猪)为研究对象,构建品种DNA池,采用直接测序技术结合生物信息学软件分析猪SIRT5外显子多态性。结果显示:4个猪资源群体中共筛选得到G515A、C831T和A882G 3个变异位点,其中G515A属于错义突变,可由甘氨酸改变为谷氨酸;等位基因频率估算发现,C831T和A882G变异位点在从江香猪群体中多态丰度高,而在大约克猪中均呈现偏态分布;生物信息学发现,G515A突变后,猪SIRT5基因mRNA最小自由能降低,稳定性提升。本研究成功筛选出猪SIRT5基因外显子区的多态位点,为进一步验证该基因突变位点是否具有调控地方猪脂肪代谢水平提供参考。     

猪PLSCR4基因外显子区PCR-RFLP遗传多态性分析

本研究利用PCR-RFLP技术对我国6个地方猪种、中国野猪以及杜洛克、约克夏和长白3个国外猪品种,共307头猪的磷脂爬行酶基因(PLSCRs)外显子区的遗传变异进行了研究。结果表明:PLSCR4第7外显子处存在T68C的同义突变,第8外显子处存在G4A的错义突变;在T68C突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪6个猪群优势等位基因为T,荣昌和野猪群体中优势等位基因为C;在G4A突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪群体中优势等位基因为G,藏猪、荣昌、金华及野猪群体中优势等位基因A。     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有Msp Ⅰ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型（P<0.05）,AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型（P<0.05）;在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平（P>0.05）。PTGS2基因外显子2 g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86AG碱基突变,并具有MspⅠ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86AG多态性分布达到遗传平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型(P0.05),AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型(P0.05);在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平(P0.05)。PTGS2基因外显子2g.86AG多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

小尾寒羊MHC-DRB3基因外显子2的多态性分析

采用PCR-RFLP方法对小尾寒羊MHC-DRB 3基因第二外显子285 bp的扩增产物进行多态性分析,结果共检测到内切酶P stⅠ的3种基因型,由2个等位基因控制,通过酶切图谱分析结果表明:小尾寒羊的MHC-DRB 3基因第二外显子的第241位的碱基表现出多态性,等位基因B的基因频率为0.81879。x2适合性检验结果表明:小尾寒的MHC-DRB 3基因的第2外显子的P stⅠ酶切位点达到了H ardy-W e inberg平衡状态。