云南大河猪保种群的微卫星检测

作者采用世界粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG)联合推荐的27对微卫星DNA引物中的20对引物,检测了云南大河猪保种群的83个个体的基因型。通过计算等位基因频率、遗传杂合度（H）、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数,从而分析大河猪保种群的遗传多样性。结果表明,大河猪保种群在20个微卫星座位上拥有的等位基因较为丰富,20个微卫星座位上共有137个等位基因,平均6.85个,群体有效等位基因数共104个,平均5.2个;大河猪保种群的遗传多样性较为丰富,杂合度为0.792,多态信息含量为0.765。     

微卫星座位与超细型细毛羊羊毛性状的关联性分析

本研究选取了绵羊基因组1号和3号染色体上的8个微卫星座位,对超细型细毛羊的232个个体的遗传多样性进行了检测。计算了各微卫星座位的等位基因频率（p）、杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（N）。同时检测了研究样本的羊毛纤维直径（WFD）,毛纤维直径离散度（FD-D）,单纤维绝对强力（WAS）,单纤维相对强力（WRS）,强力离散（WSD）,单纤维自然长度（WNL）,单纤维伸直长度（WEL）和单纤维弯曲度（FW）等羊毛性状的8个表型数据。微卫星座位与羊毛性状表型数据的关联性分析结果表明,微卫星 BL-4和KRT2-13两个座位与WEL之间极显著相关（P<0.01）。微卫星Oarcp43座位与WSD之间、微卫星座位Bms1248与羊毛单纤维直径之间极显著相关（P<0.01）。座位Fcb5和OarDB6分别与FW和WAS表现出显著性关系（P<0.05）。     

利用微卫星标记分析长毛兔遗传多态性及其与产毛量相关性

利用微卫星标记技术，分析了皖系长毛兔的遗传多样性和4个微卫星座位与1岁时产毛量之间的关系。结果表明：皖系长毛兔4个微卫星座位上平均检测到4．5（3～6）个等位基因，平均杂合度为0．680（0．630-0．721），平均多态信息含量为0．642（0．559—0．705）；Sol33微卫星座位与1岁时产毛量呈显著相关（P〈0．05），其中基因型为AD和BD的个体1岁时产毛量与其他3种基因型个体间均存在显著差异（P〈0．05）；其他3个微卫星座位（Sat4、Sat13、Sol44）与1岁时产毛量相关不显著（P〉0．05）。     

2个与HSP70基因连锁的微卫星座位与牛运输应激性状的关联分析

试验探讨了2个与HSP70基因连锁的微卫星座位与牛运输应激性状的关联分析。选择120头12月龄、体重250 kg左右的健康西门塔尔杂种肉牛进行运输应激试验，并根据牛基因组遗传图谱，选择23号染色体上与HSP70基因连锁的微卫星座位BMS468和BM1258检测其在西门塔尔杂种肉牛样本群体中的多态性，采用最小二乘拟合一般线性模型分析微卫星座位与运输应激性状部分指标之间的关联效应。结果显示：微卫星座位BMS468共检测到5个等位基因（128、134、140、146、154 bp），优势等位基因为128和134 bp，有效等位基因数（Ne）、多态信息含量（PIC）和遗传杂合度（He）分别为3.66、0.68和0.73，遗传多态性较高，关联分析显示与运输后7 d平均日增重和发病率显著相关，其中128/128 bp基因型个体的运输后7 d平均日增重最大（P < 0.05），134/128 bp基因型个体的发病率最低（P < 0.05）；微卫星座位BM1258座位共检测到6个等位基因（99、101、103、113、117、119 bp），优势基因为101 bp，Ne、PIC和He分别为4.30、0.73和0.77，遗传多态性较丰富，关联分析显示，其与发病率显著相关，其中99/99 bp基因型个体的发病率最低（P < 0.05）。综上所述，2个微卫星座位可作为牛运输应激性状的潜在遗传标记，为开展牛抗运输应激性状的标记辅助选择提供科学依据。     

新疆地方斗鸡遗传多样性的微卫星分析

本试验利用8个微卫星座位分析了新疆3个地方（吐鲁番、喀什和伊犁）斗鸡群体的等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数等群体遗传变异参数。结果表明,3个地方斗鸡的8个微卫星座位共检测到77个等位基因,多态信息含量（除伊犁斗鸡ADL0298位点外）均大于0.5,表现高度多态信息,群体间平均遗传距离为0.2866。因此,所选取的微卫星位点可用于新疆3个地方斗鸡的群体遗传多样性分析。     

长毛兔微卫星标记与生产性状的相关研究

为在长毛兔群体中实施标记辅助选择,试验检测了200只长毛兔的Sat13、Sol33、Sat4、So144、Sat2、Sat5、Sat7与Sat12 8个微卫星座位,结果表明:8个微卫星座位在长毛兔群体中共检测到61个等位基因,平均每个座位的等位基因数是7.63个。等位基因数最多的座位是Sat4和So133,具有10个等位基因,等位基因数最少的座位是Sat12,只有5个等位基因;长毛兔群体内的平均多态性信息含量和平均杂合度的值分别为0.798和0.826,大小顺序依次为Sat4>So133>Sat5>Sat13>So144>Sat2>Sat7>Sat12,说明长毛兔群体内在这8个微卫星座位上基因型纯合度较低,遗传变异较大。同时分析了微卫星座位对长毛兔产毛量、体重性状的效应,本研究结果表明8个微卫星座位与不同日龄产毛量、不同日龄体重之间存在相应的显著相关性。     

闽南黄牛的微卫星多态性研究

：用8个微卫星标记对闽南黄牛的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果：8个微卫星标记在所检测的闽南黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,在4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7．2个等位基因（3～11）;8个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0．6471,各群体的平均多态信息含量（PIC）差并不显著;全部群体平均杂合度为0．2930;各群体平均有效等位基因数为3．37。此表明闽南黄牛在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明4个群体间的遗传变异不大。     

利用微卫星标记分析溧阳鸡的群体遗传变异

选用30对微卫星引物分析了溧阳鸡的等位基因组成,计算了各座位的基因杂合度和多态性信息含量。结果30个微卫星座位共检出156个等位基因,基因频率分布在0.0088-0.5之间,平均每对引物可检测5.2个等位基因,30个微卫星座位的平均杂合度为0.681,平均多态性含量为0.623,表明溧阳鸡群体遗传变异大,遗传多样性丰富。     

运用微卫星标记对中国地方绵羊品种的遗传多样性分析

利用30对微卫星引物,以中国西部7个地方绵羊（Ovi saries）品种为研究对象,通过计算基因频率、平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数目（Ne）,并根据共祖遗传距离矩阵进行UPGMA聚类分析,评估其品种内和品种间的遗传变异。结果表明：在30个座位中,共检测到239个等位基因,平均每个座位等位基因数为8个;品种平均有效等位基因数为2.9～3.4个,座位平均有效等位基因数为1.9～5.3个;座位平均杂合度为0.320～0.818,品种平均杂合度在0.656～0.719之间,座位平均PIC为0.388～0.786,品种平均PIC在0.590～0.666之间。聚类分析表明各绵羊品种聚类结果与其来源、育成史和地理分布基本一致,其中有争议之处仍待进一步探讨。     

塞北兔群体遗传变异的微卫星标记

检测了125只塞北兔在6个微卫星座位的基因型,分析了等位基因数、基因频率、杂合度和多态信息含量等参数值,并对塞北兔在6个微卫星座位Hardy-Weinberg平衡检验。结果显示:塞北兔在6个微卫星座位共检测到的等位基因30个,每个基因座位为4~6个,等位基因大小在129~244bp之间,塞北兔除了在SOL03基因座位呈中度多态性变异以外,在SOL33、SOL44、7L1B10、L7C11和SAT12等5个微卫星座位呈高度多态性变异;除了在基因座位SOL33和SAT12以外,塞北兔在其他4个基因座位SOL03、SOL44、7L1B10、L7C11均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

4个肉牛品种微卫星多态性分析

本研究探讨了引进牛种（西门塔尔牛、利木赞牛）和山东地方黄牛（鲁西黄牛、利鲁牛）在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标（等位基因数、多态信息含量和杂合度）及群体间的遗传关系（F-统计量和基因流）。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均>1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。     

2个与HSP70基因连锁的微卫星座位与牛运输应激性状的关联分析

试验探讨了2个与HSP70基因连锁的微卫星座位与牛运输应激性状的关联分析。选择120头12月龄、体重250kg左右的健康西门塔尔杂种肉牛进行运输应激试验,并根据牛基因组遗传图谱,选择23号染色体上与HSP70基因连锁的微卫星座位BMS468和BM1258检测其在西门塔尔杂种肉牛样本群体中的多态性,采用最小二乘拟合一般线性模型分析微卫星座位与运输应激性状部分指标之间的关联效应。结果显示:微卫星座位BMS468共检测到5个等位基因(128、134、140、146、154bp),优势等位基因为128和134bp,有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)和遗传杂合度(He)分别为3.66、0.68和0.73,遗传多态性较高,关联分析显示与运输后7d平均日增重和发病率显著相关,其中128/128bp基因型个体的运输后7d平均日增重最大(P0.05),134/128bp基因型个体的发病率最低(P0.05);微卫星座位BM1258座位共检测到6个等位基因(99、101、103、113、117、119bp),优势基因为101bp,Ne、PIC和He分别为4.30、0.73和0.77,遗传多态性较丰富,关联分析显示,其与发病率显著相关,其中99/99bp基因型个体的发病率最低(P0.05)。综上所述,2个微卫星座位可作为牛运输应激性状的潜在遗传标记,为开展牛抗运输应激性状的标记辅助选择提供科学依据。     

利用微卫星标记分析乌骨大骨鸡的遗传多样性

利用微卫星标记分析了乌骨大骨鸡的遗传多样性和遗传结构,筛选了鸡基因组7条染色体上的7个微卫星标记位点,随机选取24羽乌骨大骨鸡个体,进行多态性检测,共检测到23个等位基因,每个座位等位基因数目从2个到5个不等,平均等位基因数为3.3个。该群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.660 3和0.717 6。结果表明乌骨大骨鸡属多态性较丰富的群体。     

3种不同利用微卫星标记进行个体识别方法的比较研究

以鲁西黄牛和渤海黑牛（各30头）12个微卫星座位数据为基础,利用系统树分析法、最大似然法及Bayes方法,比较不同方法对个体识别效率的影响。结果表明：当利用12个微卫星座位和6个低杂合度位点数据时,3种个体识别方法鉴定的准确性均为100%。但利用6个高杂合度座位时,Bayes方法的准确性最高（83.33%）,最大似然法次之（76.67%）,系统树分析法最低（71.67%）。结果表明,基于Bayes理论的个体识别方法最准确,是进行同类研究的首选工具,而系统树分析法和最大似然法可以作为其补充加以应用。     

辽宁绒山羊微卫星多态性及其与经济性状相关性研究

根据山羊遗传连锁图谱和相关资料,选用7个微卫星座位,对40只辽宁绒山羊基因组DNA的遗传多样性进行检测;通过标记多态性与生产性状的最小二乘线性模型,进行分子标记与经济性状的相关分析.结果表明,7个微卫星座位中只有4个表现出了多态性.微卫星OarJMP8座位上AA、AD基因型个体羊绒纤维长度显著高于其它基因型个体(P<0.05),AD基因型个体产绒量显著高于其它基因型个体(P<0.05);微卫星BM143座位上AC基因型个体羊绒纤维细度显著低于其它基因型个体(P<0.05);微卫星OarAE101座位上AB基因型个体羊绒纤维长度和产绒量均显著或极显著高于其它基因型个体(P<0.05,P<0.01);微卫星BM6506座位上从基因型个体产绒量极显著高于其它基因型个体(P<0.01).     

朝鲜鹌鹑遗传多样性微卫星标记分析

选用鹌鹑上的12个微卫星位点,对随机选取朝鲜鹌鹑的40个个体进行多态性检测,共检测到55个等位基因,每个座位平均等位基因数为4.583个。该群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.6945和0.7111,表明朝鲜鹌鹑属多态性较丰富的群体。     

微卫星DNA在牦牛亲权鉴定中的应用研究

为了探讨微卫星DNA在牦牛亲权鉴定应用的可行性,选用FAO推荐的17个微卫星座位,检测其在天祝白牦牛群体中的多态性水平,计算这17个微卫星座位用于亲权鉴定的累积排除率。结果表明,17个微卫星座位平均等位基因数为6.235;多态信息含量介于0.191~0.824之间,平均为0.608,为高度多态;一个候选亲本的累积排除概率为0.997,2个候选亲本的累积排除概率为0.999 999 97,各个微卫星座位零等位基因频率均在0.05以下,微卫星DNA可以应用于牦牛的亲权鉴定。     

济宁百日鸡群体遗传多样性的微卫星标记分析

采用微卫星标记技术,在分布于家鸡的22条染色体的25对微卫星引物中,筛选出10对多态性丰富的微卫星位点,对60个个体的DNA多样性进行了检测。结果共检测到29个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数目为2~5个,平均等位基因数为2.90,该鸡群的平均基因杂合度(H)为0.348,多态性信息含量(PIC)为0.511。表明所检测的济宁百日鸡群体的遗传多样性较丰富,具有一定的选择潜力,可以做进一步的选择利用。     

辽宁绒山羊微卫星多态性及其与经济性状相关性研究

研究分析了辽宁绒山羊3个经济性状的相关性.根据山羊遗传连锁图谱和相关资料,选用7个微卫星座位,对40只辽宁绒山羊基因组DNA的遗传多样性进行检测,通过标记多态性与生产性状的最小二乘线性模型,进行分子标记与经济性状的相关分析.结果表明:7个微卫星座位中只有4个表现出了多态性.微卫星OarJMP8座位上AA、AD基因型个体羊绒纤维长度极显著高于其他基因型个体(P＜0.01),AD基因型个体产绒量显著高于其他基因型个体(P＜0.05);微卫星BM143座位上AC基因型个体羊绒纤维细度显著低于其他基因型个体(P＜0.05);微卫星OarAE101座位上AB基因型个体羊绒纤维长度和产绒量均显著高于其他基因型个体(P＜0.05);微卫星BM6506座位上从基因型个体产绒量极显著高于其它基因型个体(P＜0.01).