基于SSR标记的赤峰地区甜荞种质的遗传多样性研究

内蒙古赤峰地区是我国甜荞的主产区之一。为了研究赤峰地区甜荞种质的遗传多样性、合理利用育种材料,采用SSR分子标记对大部分来自赤峰地区的73份甜荞种质的遗传多样性进行了分析。15对引物共扩增出77个条带,其中多态性条带有50条,占总数的64. 9%。大部分材料之间的遗传相似系数在0.78~0.96之间。在相似系数为0.81时,73份材料可分成4组,赤峰地区的58份材料在每一组中均有分布,表明赤峰地区的甜荞具有丰富的遗传多样性。     

利用SSR标记分析油菜菌核病抗性资源遗传多样性

为掌握油菜菌核病抗性资源遗传多样性,揭示材料的遗传背景,明确材料间的亲缘关系,从而促进抗菌核病油菜育种。本研究利用40对SSR核心引物,对汉中市农科所经过茎秆接种鉴定的菌核病抗性表现较好的43份油菜材料进行遗传多样性分析,利用NTSYS-pc2.10e软件计算材料间遗传相似系数,UPGMA法进行聚类分析。研究表明,40对SSR引物共检测到291个条带,平均每个标记检测到7个条带,每个SSR位点的遗传多态性信息含量PIC在0.53~0.98之间,平均值为0.76。供试43份油菜材料遗传相似系数主要分布在0.66~0.76之间,遗传相似度较高。本研究表明油菜抗菌核病资源遗传多样性较低,亲缘关系较近,应进一步加强抗性资源筛选,丰富现有油菜遗传背景,从而促进抗菌核病油菜新品种选育。     

辣椒遗传多样性的SSR分析

采用109对SSR特异引物对89份辣椒材料进行分析,其中87对引物扩增出条带,52对引物具有多样性,扩增带分子量在150～2 000 bp之间,231条谱带中175条谱带具有多态性,多态率占75.76%,平均每个引物可扩增出2.66条带,说明辣椒材料的遗传多样性相对较小.89份材料经过NTSYS2.1.0软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记聚类图.结果显示,89份材料在遗传相似系数0.60处分为两类,可以将栽培种和野生种区分开来,在遗传相似系数0.80处可以分为四类,总体上看,将果实类型相似的种质基本都聚在一起,说明用SSR标记进行辣椒遗传多样性的分析是可行的.     

83份早熟抗虫棉种质资源的SSR标记聚类分析

早熟棉遗传多样性研究是早熟棉遗传改良的基础,对培育早熟棉新品种有重要意义。为了进一步改善现有早熟棉品种的早熟性,为早熟棉育种的亲本组配提供依据,利用35对SSR分子标记,对来自不同地区的83份早熟抗虫棉种质进行遗传多样性分析。结果表明,筛选出的22对多态性引物共扩增出30条多态性条带。NTSYS-pc2.11的遗传多样性分析表明,83份材料的相似系数变化为0.73~0.98,当遗传相似系数为0.73时,将83份棉花早熟材料分为两大类。第Ⅰ类群包含59个材料,第Ⅱ类群包含24个材料。表明我国早熟棉遗传基础比较狭窄,今后育种中要选用亲缘关系较远的材料作为杂交亲本,创制新的早熟棉种质资源。     

SSR结合SRAP标记分析油菜菌核病抗性资源遗传多样性

为了更准确、有效地揭示油菜资源遗传多样性,探索SSR和SRAP 2种分子标记在油菜菌核病抗性资源遗传多样性分析中的应用,采用40对SSR核心引物及陕西理工学院生物学院分子与遗传实验室筛选出的40对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对陕西省汉中市农科所经过连续3年牙签茎秆接种试验结合多年的田间抗性表现筛选出的43份菌核病抗性较好的油菜材料进行遗传多样性分析,并对2种分子标记揭示的多态性条带数、多态性信息含量(PIC)进行比较。结果表明:2种标记共检测出634个条带,SRAP标记检测的多态性条带数(335)较SSR(287)高,而SSR引物的平均多态性信息含量(PIC)值较SRAP引物高,分别是0.76和0.69。在遗传相似系数0.67处,43份油菜材料被分为Ⅲ类,白菜型油菜(丰油10号白菜型选系)可较好地与甘蓝型油菜区分。主成分分析(Principal component analysis,PCA)、群体结构分析与聚类分析结果相似,说明SSR与SRAP标记结合能准确有效的反映油菜材料的亲缘关系。供试43份油菜材料遗传相似系数分布在0.65~0.81,表明遗传相似性较高,亲缘关系较近。因此,应进一步加强抗源筛选及引进,对现有材料进行遗传改良,拓宽其遗传背景,从而为抗菌核病油菜品种选育奠定基础。     

苏子种质资源的遗传多样性分析

为明确苏子种质资源亲缘关系,本研究以收集的44份苏子种质资源为材料,采用SSR、AFLP和SRAP分子标记对其进行遗传多样性和聚类分析。结果表明,SSR、SRAP和AFLP引物的平均多态性分别为63.6%、85.2%和92.6%,44份种质间的遗传相似系数为0.717～0.967 (平均为0.864);在遗传相似系数0.762处,44份苏子材料可分为2大类,黄陵苏子和玉泉苏子聚为第Ⅰ类,其余42份材料聚为第Ⅱ类;在相似系数0.84处,可将第二类分为4个亚类。从主成分分析二维图结果来看,44份材料分成5个组,黄陵苏子和玉泉苏子为一组,与其它几组距离较远。本研究结果说明这些苏子种质之间遗传多样性较低,但部分材料间存在较大遗传差异,其中黄陵苏子和玉泉苏子与其他42份材料亲缘关系较远。本研究综合采用了3种标记进行苏子遗传多样性的评价,可为优异种质的创新利用提供理论参考,也为后续大规模的评价鉴定提供依据。     

用SSR标记分析荞麦栽培种资源的遗传多样性

我国是荞麦的起源中心,荞麦资源十分丰富,所以开展荞麦的遗传多样性研究对荞麦遗传资源的保存和开发利用具有重要意义。本研究利用筛选出的17对SSR引物对来自我国12个省的荞麦栽培品种的遗传多样性进行了研究。结果表明,17对引物共扩增出255个条带,平均15.0条,其中多态性条带228条,平均13.4条,多态率达89.4%;UPGMA聚类分析显示,73份材料被分成2组,所有苦荞材料聚在一起形成第一组,甜荞与花荞聚在一起形成第二组,明确显示苦荞与甜荞间的亲缘关系较远;同一个大组内多数品种显示出较近的亲缘关系,遗传基础相对单一。     

24份枸杞种质资源SSR遗传多样性分析

枸杞是药食同源的植物,具有重要的药用价值和经济价值,枸杞遗传背景复杂,对其种质资源遗传变异和种质资源的遗传背的研究还不充分。本研究对24个枸杞种质资源采用SSR分子标记进行了遗传多样性。在17对SSR引物上共检测到96个条带,其中有59条多态性条带,多态性条带比率为61.5%。每个SSR位点的PIC值为0.37~0.60,平均值为0.45。NTSYS类平均法聚类结果显示,24份枸杞供试品种遗传相似性系数介于0.263?0.954之间,在相似系数0.56处被分为9大类群。这将为进一步开展枸杞种质资源评价、新品种选育和合理利用提供科学院依据。     

国内外甘蓝型油菜种质SSR标记遗传多样性分析

用SSR分子标记对国内外48份甘蓝型油菜品种进行遗传多样性分析,结果表明：筛选出的45对引物共扩增出326个位点,多态位点281个,多态性比率为86.2%;平均每对引物扩增的条带数和多态性条带数分别为7.2和6.2。多态性信息含量（PIC）在0.374~0.856,平均为0.699。遗传相似系数在0.48~0.79之间,参试材料差异较大;以0.51为阈值将48份参试材料划分为冬性、半冬性和春性三大类群,三大类群间相对独立又有一定程度的渗透,说明材料之间存在不同程度的亲缘关系。主成分分析与聚类分析结果一致。说明SSR标记能够较全面地反应种质材料的遗传多样性,能够为种质的保存提供帮助,同时可以用来分析育种材料的遗传多样性,对育种工作有重要的参考意义。     

采用AFLP和SSR标记对扁蓿豆遗传多样性进行比较分析

为了筛选出优异的扁蓿豆育种新材料,本研究采用AFLP和SSR分子标记技术对来自于中国7个省市自治区的15份扁蓿豆种质资源进行遗传多样性的比较分析,结果表明:18对SSR引物扩增出109个多态位点,8个AFLP引物组合扩增出640条带,其中472条多态带.AFLP标记的平均Nei′s遗传多样性指数、Shannon多样性指数和遗传分化系数均高于SSR标记.15份扁蓿豆种质的遗传距离和遗传相似系数与地理类群很接近.AFLP和SSR数据的聚类分析显示:15份扁蓿豆种质分为4大类,但是聚类结果与地理类群不完全相符,主成分结果与聚类结果相似,Mantel 检测表明:AFLP和SSR数据有较高的显著相关性,AFLP和SSR标记能够有效地对扁蓿豆进行遗传多样性分析,其结果为扁蓿豆育种和资源保护具有指导意义.     

SRAP和SSR标记对马铃薯遗传多样性的差异分析

掌握宁夏地区主要马铃薯品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系为马铃薯育种提供理论依据。利用SSR和SRAP 2种分子标记对47份马铃薯种质材料进行遗传多样性分析,并对2种分子标记结果进行比较。12对多态性SRAP标记共检测到180个多态性位点,平均每对引物检测到15个多态性位点,每个SRAP位点的PIC值为0.2~0.43,平均值为0.34;47份马铃薯种质资源遗传相似性系数为0.57~0.83。15对多态性SSR标记检测到80条多态性位点,平均每对引物检测到 5.3个多态性位点,每个SSR位点的PIC值为0.37~0.72,平均值为0.51;马铃薯种质材料遗传相似性系数为0.60~0.97。根据系谱资料分析发现,SRAP标记更适用于遗传关系较近材料的遗传多样性分析。宁夏地区主要的马铃薯品种遗传相似度较低,亲缘关系较远。     

采用AFLP和SSR标记对扁蓿豆遗传多样性进行比较分析（英文）

为了筛选出优异的扁蓿豆育种新材料,本研究采用AFLP和SSR分子标记技术对来自于中国7个省市自治区的15份扁蓿豆种质资源进行遗传多样性的比较分析,结果表明:18对SSR引物扩增出109个多态位点,8个AFLP引物组合扩增出640条带,其中472条多态带。AFLP标记的平均Nei's遗传多样性指数、Shannon多样性指数和遗传分化系数均高于SSR标记。15份扁蓿豆种质的遗传距离和遗传相似系数与地理类群很接近。AFLP和SSR数据的聚类分析显示:15份扁蓿豆种质分为4大类,但是聚类结果与地理类群不完全相符,主成分结果与聚类结果相似,Mantel检测表明:AFLP和SSR数据有较高的显著相关性,AFLP和SSR标记能够有效地对扁蓿豆进行遗传多样性分析,其结果为扁蓿豆育种和资源保护具有指导意义。     

国内外陆地棉品种资源的亲缘关系和遗传多态性研究

 应用SSR分子标记对国内外74份棉花种质资源的遗传多样性进行分析,从2278条SSR引物中筛选出82条引物,这82条引物共扩增出个435条带,其中多态性带313个,多态率达83.70%,平均每条引物扩增出3.81个条带。UPGMA聚类分析结果表明,74份材料的相似性系数(GS)变化范围在0.371～0.958。其中国内品种遗传相似系数变化范围在0.684～0.916,平均遗传相似系数大小顺序为：长江流域棉区品种>特早熟棉区品种>短季棉品种>黄河流域棉区品种>新疆品种。国外品种遗传相似系数变化范围为0.661～0.958,平均遗传相似系数大小顺序为：乌兹别克斯坦品种>法国品种>墨西哥和前苏联品种>美国和巴基斯坦品种>乌干达品种>印度品种>澳大利亚品种。聚类图0.760阈值处可以把国内外品种聚为两类,26个国内品种和1个国外品种被聚为国内品种类,包括3个亚类。绝大多数国外品种为一类,包括4个亚类。本研究结果表明,SSR具有丰富遗传多样性和稳定性,是一种较好的遗传分子标记,适宜于棉花品种遗传多样性分析。     

薏苡种质资源的AFLP遗传多样性分析

薏苡是传统药食兼用经济作物,本研究基于AFLP分子标记技术对来自贵州、云南、广西3省24份优良材料的遗传多样性和亲缘关系进行分析,以期为薏苡杂交组合选配和种质创制提供遗传基础。结果表明:我们筛选出的8对引物组合共扩增条带996个,其中多态性为792条,多态性百分率的平均为79.52%,揭示薏苡种质中存在丰富遗传多样性;24份种质的遗传距离范围在0.189 6～0.485 4之间,相似系数变异范围为0.615 5～0.840 4,平均相似系数为0.730 9,薏苡种质资源的遗传相似系数较小;根据遗传相似性系数进行聚类分析,当遗传相似系数为0.718 5时,24份薏苡种质资源在遗传聚类上被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ大类,其中CK与S1种质资源分别为第Ⅰ、Ⅳ类群,由Y81、Y81F组成第Ⅲ类群,第Ⅱ类又可以分为3个亚类有20份种质;主成分分析发现材料间分布分散,说明24份薏苡种质资源之间存在较大遗传变异,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致。从而说明AFLP是研究薏苡种质资源遗传多态性及亲缘关系的有效手段之一,为薏苡亲本组合选配、种质创制和遗传育种提供遗传基础数据。     

黑稻资源遗传多样性的SSR分析

利用24对SSR引物比较了来自中国6个省市的29个黑稻品种的遗传多样性。结果表明,24对引物在上述品种中共检测到76个多态位点;多态位点的等位基因丰度、遗传多样性指数和平均香农指数分别为3.17、0.5287和0.9058,品种间遗传相似系数变异在0.0833-0.9583之间,说明黑稻中存在丰富的遗传多样性。利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析,可将29份材料分为3个类群,其SSR分子标记分析表现出一定的地域相关性。     

基于分子标记的安徽省绿豆种质资源遗传多样性分析

为了解安徽地区绿豆种质资源的遗传背景和亲缘关系,本研究挑选了27对(15对InDel和12对SSR标记)条带清晰、多态性好的分子标记对安徽地区的66份绿豆地方品种进行遗传多样性分析。研究结果表明,单个标记检测到的等位基因数(Na)在2～4个,平均为2.57个;有效等位基因数(Ne)为1.38～3.45个,平均为2.03个;Shannon信息指数(I)的变幅介于0.45～1.31之间,平均值为0.76;Nei's基因多样性指数在0.28～0.71之间,平均为0.49;标记的多态性信息含量(PIC)值在0.24～0.66之间,平均PIC含量为0.40。66份资源间的遗传相似系数在0.33～1.00之间,平均为0.61,UPGMA聚类分析将66份材料在遗传相似系数为0.525处分为两大类群。但聚类结果没有严格按照地理来源进行划分,来源于不同地理区域的资源被划分在一起。上述研究结果表明安徽省绿豆地方品种遗传基础狭窄,遗传多样性水平较低。因此,为丰富安徽省绿豆资源遗传多样性水平,需加强资源引进和种质创新工作。本研究结果为分析安徽地区绿豆品种亲缘关系提供理论依据,同时也为资源收集和提高优良种质利用率提供依据。     

基于ISSR标记分析豌豆农家品种遗传多样性

为掌握内蒙古部分地区种植的农家豌豆品种的亲缘关系,本研究通过ISSR分子标记技术,对来自内蒙古自治区部分地区及甘肃省张掖市的29份豌豆农家品种的遗传多样性进行分析。结果显示,从19个ISSR引物中筛选出多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物共7个。29份DNA材料共扩增出118条条带,其中116条为多态性条带,平均每个引物扩增出的条带数为16.9条,多态性比率为98.31%。Shannon多样性指数平均为0.505 9,每个位点的有效等位基因数为1.569 6,品种间遗传相似系数变幅为0.370 4～0.928 6,表明本研究的29个豌豆农家品种具有丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.69为界限,将29份材料划分为5类,聚类结果与豌豆种群地域性分布规律关联性较高,表明ISSR分子标记技术的遗传多样性分析能够将地理来源相近的居群进行聚类划分,其研究结果可运用于豌豆种质资源保护及育种工作中。     

油莎豆种质资源遗传多样性的RAPD分析

本研究利用RAPD分子标记技术对19份油莎豆资源和1份香附子资源进行遗传多样性分析,从96个引物中筛选出24个条带清晰且重复性好的引物,扩增得到134个位点,其中94个位点具有多态性,多态性率为70.15%。NTSYS聚类分析显示,供试油莎豆与香附子遗传相似系数的变化幅度0.41～0.46,供试油莎豆材料间遗传相似系数的变化幅度为0.92～1.00,以遗传相似系数0.40为阈值,可将供试油莎豆与香附子聚成两大类。结果表明,供试油莎豆材料之间相似性较高,遗传基础相近,且油莎豆材料地域性不明显;莎草属种间遗传多样性丰富。RAPD分析结果为后续研究莎草族种质间的遗传多样性提供理论依据。     

葡萄种质资源亲缘关系的SSR分析

对供试材料进行亲缘关系分析,为葡萄分类、种质鉴定和育种提供重要依据。利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄品种（系）材料进行了遗传多样性分析。从52对SSR引物中筛选出8对用于葡萄的SSR扩增,共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.6868~0.9640,平均为0.9084。根据SSR扩增结果,Jaccard相似性系数分析表明44份葡萄材料的遗传相似系数的变异范围为0.63~0.92,平均遗传相似系数为0.775。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群：第1类包括‘奥迪亚无核’、‘赫什无核’等22份葡萄;第2类包括‘无核白鸡心’、‘葡萄园皇后’等7份葡萄;第3类包括‘美丽无核’、‘艾麦纳’等5份葡萄;第4类包括‘黎明无核’、‘红脸无核’等6份葡萄;第5类包括‘白香蕉’、‘波尔莱特’等4份葡萄。SSR标记能比较准确地检测基因型之间的遗传背景与遗传关系,其中亲缘关系较远的不同类群间及亚类间的种质资源可作为杂交育种的亲本。     

甘蔗常用亲本遗传多样性和磷效率研究

本研究利用18对SSR分子标记对20份常用甘蔗亲本进行遗传多样性分析,实验结果表明,共扩增出410条带,每对引物的扩增带数为9～52条,平均23条;遗传相似性为0.522～0.693,平均为0.606,相似系数较低,亲本间遗传差异较大。SSR聚类分析结果表明:以相似系数0.61为标准,可以将20份常用甘蔗亲本分为四类,分类结果与系谱来源基本吻合,磷效率在四类甘蔗亲本材料间存在显著的类型差异。在亲本选配过程中,综合考虑亲本的SSR分子标记及磷效率评价结果,有利于提高亲本选择准确性和培育磷高效基因型。