贵州地方猪NRAMP1基因多态性研究

NRAMP1（天然抗性相关的巨噬蛋白）基因是与人、鼠的一些病原寄生物,如分枝杆菌中的结核杆菌、沙门氏伤寒菌等的易感性和抗性有关的重要候选基因。可抵抗多种胞内病原微生物。本研究利用PCR—RFLP技术,分析了160头猪NRAMP1基因第6内含子的NdeⅠ酶切位点的多态性,结果发现宗地花猪、糯谷猪、贵州剑白香猪3个品种中基因频率和基因型频率分布趋于一致。其等位基因B明显高于等位基因A的频率。     

环江香猪黏附素13基因多态性及其与仔猪腹泻的相关性分析

试验旨在对环江香猪仔猪腹泻抗性/易感的黏附素13基因（MUC13）单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）/单倍型与仔猪腹泻的相关性进行分析。试验采用高分辨率熔解曲线（high resolution melting,HRM）技术对93头环江香猪腹泻仔猪和95头健康对照仔猪进行基因分型,结合DNA测序对HRM检测结果进行验证,并通过SHEsis在线平台确定其单倍型。结果显示,环江香猪MUC13基因的G224A位等位基因分布频率在腹泻组和对照组间差异显著（P < 0.05）,GG、GA和GG+GA基因型分别与AA基因型相比差异均显著（P < 0.05）。A112G、T170C和G164C位点各基因型频率和等位基因频率在腹泻组和对照组之间差异均不显著（P > 0.05）,腹泻组与对照组E位点均为野生纯合基因型。单倍型Ⅹ（GTAC）在腹泻组的分布极显著高于对照组（P < 0.01）。因此,MUC13基因G224A位点和单倍型Ⅹ（GTAC）与环江香猪仔猪断奶前腹泻相关。     

5个不同猪种PGC1基因PCR-RFLP多态性研究

通过PCR—RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏省地方品种梅山猪．二花脸猪．姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明PGC1基因序列经Aul I酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0．7,而江苏省地方品种猪中,TT占绝对优势,T等位基因频率平均为0．99,其中梅山猪和二花脸猪均为TT型。PGC1基因的PCR—RFLP基因型分布x2检验结果表明,大约克猪与苏钟猪．梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;苏钟猪与梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;梅山猪、二花脸猪,姜曲海猪三者之间无显著性差异。     

NRAMP1基因研究进展及其在抗病育种中的应用

抗病性能是当前畜禽育种的重要目标性状。NRAMP1蛋白可抵抗分枝杆菌、沙门氏菌等多种胞内寄生病原菌的侵染而发挥重要免疫功能，对畜禽机体抗病力影响较大。作者综述了NRAMP1基因的结构、功能、作用机制及其与抗病力的关系，并探讨了NRAMP1基因作为畜禽抗病候选基因及其应用于抗病力分子标记辅助选择的可行性。     

贵州白香猪BF基因多态性研究

贵州白香猪为贵州特有的地方品种猪,本研究采用直接测序法对贵州白香猪BF基因外显子15、16、17的733bp进行多态性分析。结果显示,在第16外显子41bp处存在A→C的碱基突变,导致编码的氨基酸由谷氨酸（Glu）突变为天冬氨酸（Asp）。在贵州白香猪群体内检测到AA、AC和CC3种基因型,等位基因A和C频率分别为0.88和0.12。     

贵州白香猪BF基因多态性研究

贵州白香猪为贵州特有的地方品种猪,本研究采用直接测序法对贵州白香猪BF基因外显子15、16、17的733 bp进行多态性分析。结果显示,在第16外显子41 bp处存在A→C的碱基突变,导致编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)突变为天冬氨酸(Asp)。在贵州白香猪群体内检测到AA、AC和CC 3种基因型,等位基因A和C 频率分别为0.88和0.12。     

猪SLA-DRA基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

为探索SLA-DRA基因作为猪抗病育种分子标记的可能性,本研究采用PCR-SSCP和克隆测序方法对大白、长白和杜洛克共216头猪的SLA-DRA基因外显子2进行了多态性研究,分析了该基因与仔猪腹泻的关联性。结果,在SLA-DRA外显子2上检出了3个等位基因和6种基因型;6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC)在大白猪和长白猪中都存在,而在杜洛克猪中只检出4种基因型(AA、BB、AB和BC)。杜洛克猪与大白猪和长白猪间基因型分布均差异极显著(P<0.01);3个品种的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘法分析表明,品种和性别对仔猪腹泻影响不显著(P>0.05),基因型与仔猪腹泻显著相关(P<0.05);AA和BB基因型个体腹泻评分的最小二乘均值均显著高于AC和CC基因型个体(P<0.05)。本研究表明,SLA-DRA基因不同基因型对仔猪腹泻有着重要的影响,可作为猪抗病育种应用中的一个潜在遗传标记。     

贵州香羊MSTN基因的多态性

肌肉生长抑制素（Myostatin,MSTN）是一种在骨骼肌中广泛存在的糖蛋白,是骨骼肌生长的负调控因子,其基因的缺失、插入或突变会引起肌细胞增生与肌纤维肥大从而提高产肉力。采用PCR-RFLP方法对67只贵州香羊MSTN基因进行了多态性分析。结果显示,5′UTR和外显子1没有出现变异,内含子1和外显子2中存在BspLⅠ、XmnⅠ、BmrⅠ、Hpy188Ⅰ4个酶切多态位点。纯合野生型（AA、CC、EE、MM）为优势基因型,杂合型（AB、CD、EF、MN）和纯合突变型（BB、DD、FF、NN）为非优势基因型,A、C、E、M等位基因为优势基因。     

生长激素基因多态性与猪部分生产性能的关系

采用PCR-RFLP对南昌白猪(117头)和大约克夏猪(361头)的GH1基因的-119bp～+486bp进行了扩增,并用HhaⅠ酶切,产生4个等位基因:C1(605bp)、C2(498bp+107bp)、C3(449bp+156bp)和C4(449bp+107bp+49bp)。分析了不同基因型对平均初生重、2月龄体重、6月龄体重、料重比、校正背膘厚、平均背膘厚和瘦肉率等生产性能的影响。结果表明,在南昌白猪中,C2C2基因型猪的2月龄体重比C1C1基因型猪的大,差异显著(P<0.05)。在大约克夏猪中,C3C3基因型猪的初生重最小,与C2C4基因型猪的相比,差异极显著(P<0.01);C2C4基因型猪的6月龄体重最大,与C2C3和C3C3基因型猪的相比,差异显著(P<0.05)。     

IGF-1和Pit-1基因多态性与淮猪新品系生长性状的相关性分析

以淮猪新品系Ⅱ系一世代（190头）、二世代（244头）为试验材料,采用PCR-RFLP方法分别检测IGF-1基因的HhaⅠ酶切位点、Pit-1基因的RsaⅠ酶切位点的多态性,并与生长性状进行相关性分析。结果表明：30~90kg平均日增重、达90kg校正日龄在一世代、二世代、两个世代合并中,IGF-1基因的AA型个体均有优于AB、BB型个体的趋势,但差异都不显著（P＆gt;0.05）;Pit-1基因的DD型个体均有优于CD、CC型个体的趋势,但差异都不显著（P＆gt;0.05）。虽然IGF-1基因、Pit-1基因的不同基因型个体在一世代、二世代的达90kg校正背膘厚的趋势不一致,但是在两个世代合并中以IGF-1基因的AA型个体、Pit-1基因的DD型个体最薄,但差异不显著（P＆gt;0.05）。若将IGF-1基因、Pit-1基因作为生长性状的遗传标记用于淮猪新品系的选育,需要在淮猪新品系Ⅱ系后续世代中扩大样本含量并进行进一步的验证。     

松辽黑猪OAS1基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。     

荷斯坦牛免疫抗病相关Nramp1基因生物信息学分析

为研究牛的抗病能力,探究荷斯坦牛Nramp1基因所编码蛋白的结构与功能,本研究采用生物信息学分析的方法对荷斯坦牛Nramp1基因编码蛋白质的理化性质、疏水性/亲水性、信号肽跨膜区、跨膜结构域、N-糖基化位点和磷酸化位点、蛋白质二级结构、三级结构及蛋白质互作进行分析和预测.结果表明,荷斯坦牛Nramp1基因所编码蛋白全长...     

定远猪CATSPER1基因多态性及与产仔数的相关分析

利用现代分子标记技术探索了影响猪产仔数的候选基因CATSPER1多态性,并分析了多态性与产仔数间的相关性,为建立产仔数分子标记辅助选择方法提供依据。试验采用PCR-RFLP(HhaI限制性内切酶)技术,分析了264头定远猪母猪的CATSPER1基因exon 1的c.A779G多态性,并采用最小二乘法分析了CATSPER1基因多态性对产仔数影响的遗传效应。结果显示,CATSPER1基因c.A779G位点在定远猪中存在多态性,AA、AG和GG型频率分别为0.030 3、0.272 7和0.697 0,野生型等位基因A的基因频率为0.166 7,经检验该位点在定远猪群中处于哈德-温伯格平衡状态(P>0.05);AA型个体的总产仔数和产活仔数最高,GG型个体最低,AA型总产仔数均极显著高于AG和GG型(P<0.01),AA型个体的产活仔数均显著高于AG和GG型(P<0.05),而AG和GG型个体间的总产仔数和产活仔数均差异不显著(P>0.05);遗传效应分析表明,等位基因A为定远猪优良等位基因,A等位基因替代G等位基因的效应均为正值,因此选择AA型个体留种有利于提高群体的产仔数。     

猪IGFBP2基因遗传多态性及其与肉质性状的关联分析

试验旨在探究胰岛素样生长因子结合蛋白2（insulin-like growth factor binding protein 2,IGFBP2）基因遗传变异对猪肉质性状的影响,为猪品种选育提供遗传学依据。参考GenBank中猪IGFBP2基因序列（登录号：BV727778）设计1对引物,采用PCR-RFLP技术检测IGFBP2基因在苏姜猪、姜曲海猪、长白猪中的遗传多态性,并分析基因座多态性与猪肉质性状的相关性。结果发现,3个猪种IGFBP2基因内含子3均具有Msp Ⅰ酶切多态性,分别检测到3种基因型：AA、AB和BB;χ²适合性检验显示,3个猪种IGFBP2基因基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）;多态信息含量（PIC）分析显示,3个猪种均为中度多态。IGFBP2基因不同基因型与肉质性状关联分析显示,3个猪种不同基因型肉色、肌内脂肪含量、大理石纹差异显著,AA基因型肉色（姜曲海猪除外）、肌内脂肪含量均显著高于AB、BB基因型（P < 0.05）;AA、AB基因型大理石纹显著高于BB基因型（P < 0.05）,其余指标间差异不显著（P > 0.05）。综上,苏姜猪、姜曲海猪、长白猪IGFBP2基因内含子3多态性对肉质性状影响显著,可作为潜在影响猪肉质性状的候选基因。     

Polymorphism of IGFBP2 Gene and Its Association with Meat Quality Traits in Pigs

This study was aimed to analyze the genetic variation of insulin-like growth factor binding protein 2 (IGFBP2) gene effect on meat quality traits in pigs. A pair of primer was designed,which based on DNA sequence of IGFBP2 gene (GenBank accession No.:BV727778). The genetic polymorphism of IGFBP2 gene was detected by PCR-RFLP in Sujiang pig, Jiangquhai pig and Landrace pig, and the association between IGFBP2 gene polymorphism and meat quality traits in three pig breeds was analyzed. The results showed that three genotypes (AA, AB and BB) were detected. The Chi-square test results showed that the genotype distribution of three pig breeds was in Hardy-Weinberg equilibrium (P > 0.05). The polymorphism information content (PIC) were moderately polymorphic in three pig breeds. According to the association analysis of different genotypes, significant difference was found in color value, intramuscular fat content and marbling, the color value (except for Jianquhai pig) and intramuscular fat content of AA genotype were significantly higher than AB and BB genotypes (P < 0.05), the marbling of AA and AB genotypes was significantly higher than BB genotype (P < 0.05). In conclusion,the polymorphism of IGFBP2 gene intron 3 had significant effects on meat quality traits, and was candidate gene for the potential impact on meat quality traits of pigs.     

洼地绵羊MHC-DRB1基因PCR-RFLP多态性分析

为了探讨洼地绵羊MHC-DRB1基因的多态性,采用套式PCR扩增82只洼地绵羊的MHC-DRB1基因第2外显子,其296 bp扩增产物经Sac Ⅰ、Hae Ⅲ限制性内切酶酶切后进行RFLP多态性分析.结果表明,洼地绵羊的MHC-DRB1基因外显子2在Sac Ⅰ、Hae Ⅲ的酶切位点存在多态性,测序发现,这些酶切位点分别...     

不同品种猪PBD-124基因多态性及差异表达研究

【目的】 克隆获得猪β-防御素-124（porcine beta-defensin-124,PBD-124）基因CDS区并探究其多态性,分析PBD-124基因在不同品种猪及同种猪不同组织内的表达情况。【方法】 采用RT-PCR方法扩增并克隆猪PBD-124基因CDS区,利用PCR-RFLP酶切法对大白猪、民猪和野杂猪PBD-124基因的Bln Ⅰ酶切位点进行多态性检测,利用实时荧光定量PCR方法检测该基因在不同品种猪肝脏、脾脏和血液内的表达差异。【结果】 试验成功克隆出猪PBD-124基因CDS区,长423 bp,共编码140个氨基酸,测序结果发现其存在c.257 G>A和c.263 T>G 2个突变位点,因2个突变位点间隔过近,可能存在连锁,仅对第1个突变位点进行酶切,大白猪中检测到GG、GA、AA 3种基因型,而民猪和野杂猪中仅检测到GA和AA 2种基因型,3个群体中AA基因型均为优势基因型,大白猪、民猪和野杂猪的AA基因型频率分别为0.5261、0.9412和0.6452,且3个群体均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。3个群体的多态性均不高,大白猪处于中度多态（0.25<PIC<0.5）,民猪和野杂猪则处于低度多态（PIC<0.25）。实时荧光定量PCR结果显示,PBD-124基因在大白猪、民猪、野杂猪的脾脏、肝脏及血液中均有表达,且存在表达差异。【结论】 猪PBD-124基因CDS区长423 bp,共编码140个氨基酸,与参考序列比对发现2个突变位点,均未引起氨基酸突变;3个群体多态性均不高;PBD-124基因在不同品种猪及同种猪不同组织间表达均存在差异。     

Polymorphism and Tissue Expression Patterns of CKMT2 Gene in Tibetan and Yorkshire Pigs

In order to explore the polymorphism site and difference of expression level of creatine kinase,mitochondrial 2 (CKMT2) gene in muscle segments of Tibetan and Yorkshire pigs,in this experiment,Sanger sequencing method was used to screen and genotype the single nucleotide polymorphism (SNPs) in the 1 000 bp region upstream of the initiation codon of CKMT2 gene in 50 Tibetan and 60 Yorkshire pigs.The expression of CKMT2 gene was detected by Real-time quantitative PCR in heart,back fat and longissimus dorsi muscle of 180-day-old of 10 Tibetan and 10 Yorkshire pigs.The results showed that 5 SNPs (G-357A,T-469C,G-649T,A-784G and A-953G) were found in the upstream 1 000 bp region of the initiation codon of CKMT2 gene,the allele frequency of Tibetan pigs at all sites were significantly different from those of Yorkshire pigs.These SNPs were related to skeletal muscle growth and development,muscle energy metabolism and anti-hypoxia.The mRNA expression of CKMT2 gene in longissimus dorsi muscle and heart of Tibetan pigs were extremely significantly higher than Yorkshire pigs (P<0.01),and the mRNA expression in back fat of Tibetan pigs was extremely significantly lower than Yorkshire pig (P<0.01),which indicated that CKMT2 gene could positively regulate anti-hypoxia and muscle tissue production,and negatively regulate fat production,the analysis results were consistent with the breed characteristics of Tibetan and Yorkshire pigs.This experiment results provided some new ideas for further exploration of pig growth and development,fat deposition and hypoxia adaptability.