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1.
为了解河北省塞内卡病毒A(SVA)VP2基因的变异及分子进化情况,试验设计了一对VP2基因扩增引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆测序,利用MEGA 7.0软件对测序获得的VP2基因序列和GenBank上的参考序列进行遗传进化分析,运用MegAlign 5.0软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果表明:成功扩增并测序得到VP2基因序列,将该序列上传至GenBank,获得基因登录号为MZ031967,命名为SVA HB-BD株。该毒株与中国毒株核苷酸序列相似性为95.9%~99.6%;与原型毒株SVV-001(DQ64125-7核苷酸)相似性较低,为94.6%;与其他美国毒株(MN812946、MN812947、KC667560、MH704432、MN812938、MN812937、KU954086、NC011349)核苷酸相似性为93.0%~94.6%。SVA HB-BD株与2015—2016年分离毒株亲缘关系较近,处于同一分支,而与2017—2018年分离毒株亲缘关系较远。SVA HB-BD株与广东省分离毒株氨基酸序列相似性较高,并且在VP2蛋白中和表位位点高度保守。说明HB-BD株...  相似文献   

2.
为了解牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)的S基因变异情况并建立ELISA检测方法,本研究对采自不同牛场的新生犊牛腹泻(CD)和成年牛冬痢(WD)腹泻样本提取总RNA,反转录合成cDNA,利用PCR扩增S全基因和S1基因。将S1基因目的片段连接表达载体pET-32a (+),并转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,经PCR、双酶切及测序验证正确后,进行IPTG诱导表达。结果显示,CD与WD分离株S基因核苷酸为98.4%,CD和WD分离株与参考毒株BCoV-ENT株核苷酸同源性最高,分别为98.4%和98.5%,CD分离株与参考毒株SUN5株的同源性最低,为97.5%,WD分离株与FRA/EPI/Caen/2003/13同源性最低,为97.3%。通过比对可知,分离株与已知毒株之间存在较大差异,为疫苗候选毒株筛选提供依据。本试验同时构建了pET-32a-S1表达载体,在0.2 mmol/L IPTG诱导5 h时,重组菌能在大肠杆菌BL21感受态细胞中产生大量的S1融合蛋白,获得约58 ku表达产物。本试验成功表达了S1蛋白,并对BCoV进行了核苷酸进化分析,为疫苗免疫效果评价方法的建立奠定了基础。  相似文献   

3.
为了解河南省引起仔猪腹泻的猪肠道冠状病毒的感染和流行情况,我们对2017年度发生仔猪腹泻的河南省25家养殖场送检的94份仔猪肠道或粪便样品开展了相关检测。结果显示猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhoea virus,PEDV)的样品检出率为68.1%(64/94),猪场阳性率为76.0%(19/25),但未检测到猪传染性胃肠炎病毒(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDcoV)和猪急性腹泻综合征冠状病毒(swine acute diarrhoea syndrome coronavirus,SADS-CoV)。为进一步分析PEDV的遗传变异情况,利用RT-PCR和基因克隆测序技术,我们成功获得了8株PEDV的S1基因片段的核苷酸序列。分子进化树分析显示,我国流行毒株可以分为G1a(疫苗及其衍生株)、G1b(经典毒株)、G2a(2011-2013年变异株)、G2b(2016-2017年变异株)和G2c(重组毒株)5个进化分支,本研究获得的S1基因序列均处于G2b进化分支,且与2016-2017年间的流行毒株遗传距离更近。同源性分析显示,8株分离株彼此之间S1基因片段的核苷酸同源性为97.3%~99.5%,与变异毒株AJ1102的同源性为97.2%~98.0%,而与经典毒株CV777、CH/S的同源性仅为91.0%~92.3%。氨基酸序列比对分析显示,与CV777和CH/S等经典毒株相比,分离株S1基因片段除了多个氨基酸位点发生变异外,在~(58)NQGV~(61)、~(140)N、~(157)H这3个位置有氨基酸的插入,在~(163)NI~(164 )有2个氨基酸的缺失,这与之前关于PEDV变异株的研究报道相一致。此外,与其他变异株相比,本研究发现分离株HeNPDS/2017在491位有1个新的丝氨酸(Ser)缺失位点,其生物学意义有待进一步研究。本研究丰富了PEDV的分子流行病学数据,有助于了解河南省PEDV流行和遗传变异的最新情况,为该地区猪流行性腹泻病的防控提供一定的参考。  相似文献   

4.
将疑似感染牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)病死犊牛的粪便样品,滤菌处理后接种于HCT-8细胞,盲传数代,出现细胞病变后收获细胞液。提取病毒RNA,依据NCBI登录的牛冠状病毒高度保守N基因设计1对特异性引物,对N基因进行RT-PCR扩增、测序及序列分析。结果显示,BCV-Aks-01毒株与牛冠状病毒参考株N基因核苷酸同源性为97.5%~98.6%,同BCoV参考毒株Mebus同源性为97.8%,N基因遗传进化树表明,BCV-Aks-01毒株与BCoV参考株亲缘关系较近,处于遗传进化树中同一分支上,属于冠状病毒Betacoronavirus,证实该分离株为牛冠状病毒。  相似文献   

5.
为弄清2014年沈阳某猪场腹泻原因,应用RT-PCR方法对采自该场样品进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)S1基因扩增,并将产物纯化后测序、分析。结果得到长为2 376 bp的S1基因序列;本病毒与2013年美国暴发毒株以及我国2010年毒株核苷酸和氨基酸同源性较高,而与疫苗株同源性较低;同时存在氨基酸的插入、缺失及糖基化位点的改变;在进化树上,与2010-2011年在我国暴发的猪流行性腹泻病毒为与同一亚群,与2013年美国毒株也有较近的亲缘关系。表明分离到猪流行性腹泻病毒,此病毒已发生部分变异,需给予密切重视。  相似文献   

6.
为研究山东省鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异规律,本研究2006年~2010年从山东省发病的商品鸡中分离鉴定了17株IBV,并对其S1基因、N基因和M基因分别进行RT-PCR扩增、测序及遗传进化分析.序列分析结果表明:与疫苗株H120相比,17个分离株S1蛋白的变异程度较大,存在广泛的基因突变和氨基酸替代,多数病毒株还存在氨基酸的插入;N蛋白无碱基的缺失和插入,仅存在核苷酸的突变和氨基酸的替代;M蛋白除病毒株CK/CH/SD09/005插入3个碱基外,其它16个分离株仅存在少数的碱基突变和氨基酸替代.S1基因、N基因和M基因的系统进化分析结果表明多数分离株的3个基因在进化上相对平行,与国内分离株LX4同属一个进化分支,同源性较高;分离株SDYT0605的3个基因与疫苗株H120同源性较高,可能是免疫压力下变异的疫苗株;分离株SDTA06111、SDWF0608和CK/CH/SD09/005的S1基因、N基因和M基因分属于不同的进化分支,可能发生了基因重组.本研究结果显示基因突变、插入和不同基因之间的重组是免疫压力下IBV变异的主要方式.  相似文献   

7.
为深入了解云南省牛冠状病毒(bovine coranarirus,BCoV)在不同地区、不同年龄牛群中的流行情况,2021—2022年采集大理、陆良、石林、寻甸等4个地区5家牛场不同年龄牛的粪便样品357份(腹泻样品61份、非腹泻样品296份)进行BCoV RT-PCR检测,并对BCoV阳性样品进行N基因测序分析。结果显示:在357份粪便样品中,检出BCoV阳性51份,总样品检出率为14.29%,5家牛场均有阳性检出,场阳性率为100%;1周龄、1周龄—1月龄、1~6月龄、1岁以上牛粪便样品的BCoV检出率分别为10.00%、19.23%、10.81%、17.31%;腹泻样品BCoV检出率为36.07%,非腹泻样品为9.78%。通过扩增得到4条完整的BCoV N基因序列;经同源性与遗传进化分析,4条N基因序列高度保守,相互间核苷酸同源性为99.0%~99.8%,与国内参考毒株处于同一小分支,亲缘关系近,核苷酸同源性为97.7%~99.9%,与美国4-17-03、7-16-23、4-17-25和日本GF2020等毒株处于同一个大分支且遗传距离较近;与美国原始毒株Mebus处于不同的大分支,亲缘关系较远,核苷酸同源性为98.1%~98.2%。结果表明:云南省牛群中可能广泛存在BCoV流行,1周龄—1月龄犊牛感染发病风险最高,调运或引种导致BCoV在国内传播的可能性较大。因此,需加强BCoV流行的监测与控制,严格进行检疫,加快疫苗研发和应用。  相似文献   

8.
本研究应用RT—PCR方法扩增到我国2005年-2006年8个省市12株IBV病毒核蛋白基因,并将其进行了克隆、序列测定及分析。以疫苗株H120作为参考毒株,对12株IBV分离株核蛋白基因序列进行分析。结果发现我国分离株的N基因及其局部功能区序列存在广泛的氨基酸替代现象。同时还发现毒株CK/CH/LSD/05I与疫苗株H120同源性最高(93.4%)。与GenBank中的11个IBV参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,发现本研究分离的大部分毒株(9株)分布于第1群中,可见我国主要的IBV分离株在N基因进化关系上形成了自己独立的进化群。通过与S1基因系统发育进化树比较发现,毒株CK/CH/LSD/05I存在基因重组现象。以上结果表明我国2005年-2006年IBV毒株存在基因突变和基因重组现象。  相似文献   

9.
为了解我国部分省份猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化情况,试验采用RT-PCR方法对2014—2017年采集的源自河南、河北、山西、山东、甘肃、湖北、江西等地区不同猪场的98份腹泻样品进行了PEDV检测,并对25份PEDV阳性样品进行M基因的克隆与测序和遗传进化分析。结果表明:25株M基因序列长度均为618 bp;25株M基因序列间核苷酸同源性为98.2%~100%,其编码的氨基酸序列同源性为97.8%~99.6%,与经典毒株CV777及国内外流行毒株核苷酸同源性为97.7%~98.6%,氨基酸序列的同源性分别为97.8%~98.7%;25株M基因序列与国内外早期分离株(如CV777、CH/S等代表毒株)不在一个进化分支上,与近年来分离株处在一个进化分支上。说明PEDV M基因一直处于变异进化过程中。  相似文献   

10.
为研究广东省猪流行性腹泻病毒S1基因的变异情况,于2012-2013年间从广东省不同地区猪场采集56份腹泻病仔猪样本。通过PCR方法扩增到12个样本的PEDV的S1基因序列,并进行序列比对及遗传分析。结果 12个样本PEDV的S1基因序列之间的核苷酸同源性为91.1%~99.6%,氨基酸的同源性为88.5%~99.1%。12个样本PEDV的S1基因序列与国内参考毒株核苷酸的同源性为91.0%~99.9%,氨基酸的同源性为88.5%~99.7%。与国外参考毒株核苷酸的同源性为89.0%~99.7%,氨基酸的同源性为86.5%~99.4%。与经典毒株CV777的核苷酸同源性为91.0%~100.0%,氨基酸的同源性为88.3%~99.9%。其中,仅GD-HY的S1基因与CV777的同源性达100.0%,其他同源性较低。表明近年广东省的PEDV流行毒株以变异株为主,与疫苗株(CV777)的亲缘关系较远。  相似文献   

11.
对鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)肾型毒株BJQ、BJS、BJY、SDW和HBN的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定,并将所分离毒株的S1基因序列与5个参考毒株进行了比较.结果表明,IBV分离株S1基因间核苷酸同源性在76.7%~92.1%之间,氨基酸同源性在73.9%~89.5%之间.氨基酸序列特征分析表明,S1基因多处存在突变、缺失和插入现象,其中在氨基酸69~81和142~150位点区出现较高的变异.系统进化树分析表明,除SDW株与Gray属于相同的进化分支外,其他国内肾型分离株属于同一个进化分支,而韩国、日本等亚洲分离株和美洲分离株分别属于其他不同的进化分支,说明IBV病毒的发生和流行与地域及所致病型有一定的相关性.  相似文献   

12.
为了对四川省彭州某免疫过猪流行性腹泻病毒(PEDV)疫苗猪场猪感染的PEDV毒株基因组特征和遗传变异规律进行研究,本试验采用RT-PCR法筛选PEDV阳性样本,命名为SCXM株,对全基因组序列克隆测序获取全基因组序列,并对主要结构基因进行遗传变异分析和系统进化分析。结果显示,SCXM株的遗传变异主要集中在S基因,与71个毒株相比同源性为90.4%~99.2%,与猪场免疫疫苗株CV777相比同源性仅为93.8%。与国内常用疫苗毒株相比,在5个线性抗原表位(P1、S1P2、S1P3、SS5和SS6)和1个中和抗原表位(SID)均存在氨基酸位点突变。遗传进化分析表明,SCXM株属于G2b亚型PEDV,与湖北HBXY3株和越南毒株同在一个分支,表明这些地区流行毒株的演化过程存在相关性。另外对ORF3、MN基因分析结果显示,SCXM与疫苗株相比均存在一定数量的氨基酸突变,但变异程度相对较小,且未引起抗原性预测值的变化。结果表明,PEDV SCXM株属新型变异毒株,其S基因发生较大程度的变异,S基因多个氨基酸突变和抗原性的变化可能是导致猪场疫苗免疫失败的原因之一。本研究丰富了PEDV基因学研究资料,探讨了SCXM株PEDV遗传变异和演化特征,为PEDV的分子演化研究奠定了基础。  相似文献   

13.
本试验对2012年从北京地区约克夏犬体内分离得到的伪狂犬病病毒(PRV)BJ/YT株主要毒力基因gE和TK的分子特征和进化关系进行了分析。结果显示,BJ/YT株gE基因与参考序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9%~100.0%和98.3%~100.0%;TK基因核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%~99.9%和99.0%~100.0%。BJ/YT株与同期河北猪源分离株进化关系较近,各毒株之间同源性高,并且存在一致的核苷酸突变位点;与其他参考序列比对分析结果显示,BJ/YT株主要毒力基因存在变异位点,但这些位点均不在已知的主要功能区和抗原表位区内。因此,从分子流行病学角度来看,BJ/YT毒株是近年北京及其周边地区PRV流行毒株,但gE和TK基因的变异对流行毒株的毒力无明显影响。  相似文献   

14.
为了解牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)的S基因变异情况并建立ELISA检测方法,本研究对采自不同牛场的新生犊牛腹泻(CD)和成年牛冬痢(WD)腹泻样本提取总RNA,反转录合成cDNA,利用PCR扩增S全基因和S1基因。将S1基因目的片段连接表达载体pET-32a(+),并转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,经PCR、双酶切及测序验证正确后,进行IPTG诱导表达。结果显示,CD与WD分离株S基因核苷酸为98.4%,CD和WD分离株与参考毒株BCoV-ENT株核苷酸同源性最高,分别为98.4%和98.5%,CD分离株与参考毒株SUN5株的同源性最低,为97.5%,WD分离株与FRA/EPI/Caen/2003/13同源性最低,为97.3%。通过比对可知,分离株与已知毒株之间存在较大差异,为疫苗候选毒株筛选提供依据。本试验同时构建了pET-32a-S1表达载体,在0.2mmol/L IPTG诱导5h时,重组菌能在大肠杆菌BL21感受态细胞中产生大量的S1融合蛋白,获得约58ku表达产物。本试验成功表达了S1蛋白,并对BCoV进行了核苷酸进化分析,为疫苗免疫效果评价方法的建立奠定了基础。  相似文献   

15.
2006-2007年云南流行H9N2禽流感病毒血凝素全基因序列分析   总被引:2,自引:1,他引:1  
为调查云南省H9N2亚型禽流感病毒的分子流行病学情况,对2006年6月至2007年4月从云南省16地州随机采集了各种家禽、家猪的5 728份喉气管和口腔棉拭子样品进行RT-PCR检测,276份样品呈H9N2阳性.将具有代表性的17份阳性样品的HA全长基因序列测定和分析.结果表明:株间HA基因同源性为91%~100%,推导氨基酸同源性95%~100%,所测序列与云南1999年分离H9N2毒株ackynkenxie-1-99的同源性仅为93%.根据HA基因同源性,可将17个毒株可分为2个亚群,一个亚群的12株HA基因同源性高达97%以上,与Qa/ST3143/05和C/Bei1/94同源性是97%和93%,其中的11株毒株HA基因全长1 671,编码556aa,存在第6~9位4 aa缺失,只有AC/Yndq/06株HA基因1 683.编码560 aa.另外一个亚群的其余5株,同源性98%以上,HA基因全长1683 bp,编码560 aa.17个毒株中3个存在218~220 aa糖基化位点变异,1个毒株551~553 as糖基化位点发生变异.所有毒株在HA裂解位点处没有连续性碱性氨基酸插入,受体结合位点处的氨基酸没有变异.  相似文献   

16.
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。  相似文献   

17.
为了解猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)的基因组特征和遗传变异情况。本试验利用RT-PCR方法从患病猫组织中鉴定出1株Ⅰ型FIPV病毒,通过RT-PCR扩增18个片段的目的基因,连接到p CE-TA克隆载体后测序,对测序结果进行拼接获得FIPV NJ-20-a株的全基因序列,对获得的全基因序列和编码区序列以往毒株进行同源性分析,并构建S基因系统进化树。结果显示NJ-20-a株与以往毒株同源性较低,新分离毒株基因组变异较大,通过编码区序列同源性分析发现S基因和3a、3b、3c基因是变异的主要区域,S基因系统进化树发现NJ-20-a株处于Ⅰ型FIPV分支内的单独分支,与以往毒株进化差异较大,表明猫冠状病毒在不同地域遗传进化过程中差异较大。本研究通过对FIPV NJ-20-a毒株进行全基因测序和分析,为猫冠状病毒的分子生物学研究和流行性学的调查提供了一定基础。  相似文献   

18.
河北省沧州市某养鸡场饲养的510日龄蛋鸡发生急性上呼吸道疫病。为确定病因,采集发病鸡气管组织样品处理后接种鸡胚,利用特异性引物进行禽传染性喉气管炎病毒(ILTV)、禽传染性支气管炎病毒、新城疫病毒、J型禽白血病病毒等有关病原的PCR扩增,结果从接种病毒的鸡胚绒毛尿囊液中只扩增出ILTV gD基因片段(1 133 bp),将分离的毒株命名为Hebei2021株;将分离株扩增产物连接载体构建质粒,测序后进行核苷酸序列同源性分析、氨基酸序列比对,并对分离株及参考株gD基因序列进行遗传进化分析,利用在线预测服务器预测gD蛋白二级结构及糖基化位点。结果显示:分离株与国内外参考株及疫苗株gD基因的核苷酸同源性均在99.0%以上,与参考毒株相比仅极个别氨基酸序列位点发生突变;分离株与江苏省分离株之外的国内其他分离株均在同一进化分支上,与疫苗株相比其糖基化位点并未发生突变。结果表明,此次河北省分离株gD基因较为保守,变异程度较低,当前疫苗对ILTV依然有较好的免疫保护力。本研究为禽传染性喉气管炎的流行病学调查和疫苗选择提供了参考。  相似文献   

19.
广西猪瘟病毒E0和E2基因的克隆及序列分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
通过分析目前广西猪瘟病毒(CSFV)的E0和E2基因特征,为了解广西地区CSFV的分子流行病学、遗传变异及综合防控提供科学依据。试验采用RT-PCR方法,对阳性猪瘟样品进行CSFV的E0及E2基因的扩增,经克隆、测序后,利用DNAStar软件对序列进行比对分析,同时绘制系统遗传进化树。结果表明,从阳性猪瘟样品中成功扩增CSFV的E0及E2基因。序列比对分析发现,GX2毒株与参考毒株的E0基因核苷酸同源性在83.1%~94.1%,其推导氨基酸同源性在85.9%~99.6%;与参考毒株的E2基因核苷酸同源性为81.7%~93.7%,其推导氨基酸同源性为89.0%~97.0%;E0与E2基因均属于基因Ⅱ群。氨基酸变异位点分析表明,E0蛋白的RNase活性区域氨基酸基序位点没有发生变异;E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异,但单抗识别位点S734R发生变异。遗传进化分析显示测定的GX2毒株与近年来广西CSFV流行毒株的变异趋势相似,与中国传统疫苗株HCLV、经典强毒株Shimen的同源性较低,亲缘关系较远,与广西近年来的流行毒株GXWZ02株的同源性较高,亲缘关系较近。  相似文献   

20.
《畜牧与兽医》2017,(10):74-80
为了解广东地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行现状,对广东地区猪场进行了PEDV流行株的分离,分离得到1株猪流行性腹泻病毒,对分离毒株的S、N、M及ORF3基因进行遗传演化分析。结果表明:检测的PEDV毒株GD/JMEP与经典的CV777毒株亲缘关系较远,与近几年广东地区流行的PEDV毒株处于一个群,亲缘关系较近;通过ORF3序列分析发现,未有核苷酸的缺失;N、M基因核苷酸和氨基酸同源性分析发现,GD/JMEP与EAS1等经典毒株的同源性相对较低,与2013—2015年中国、美国、韩国等流行毒株的同源性较高;相比于经典传统毒株CV777,GD/JMEP的N基因存在9个氨基酸的差异,M基因存在11个核苷酸位点的变异和3个氨基酸的改变S基因存在几个位点核苷酸的缺失或者插入;与目前流行毒株比较,M、N基因存在核苷酸位点的改变,S基因在406位点存在新的突变;通过氨基酸比对分析,GD/JMEP发生了6个新的氨基酸位点突变,表明本试验所检测的PEDV为目前广东流行毒株。  相似文献   

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