一株H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定与进化分析

为探究猪流感病毒（SIV）的流行情况,本实验室2020年11月从广州市某养殖场采集病猪鼻拭子30份,将鼻拭子接种9日龄SPF鸡胚,增殖后分离到1株具有凝血特性的病毒,经特异性PCR鉴定为流感病毒,通过进一步测序发现该病毒为H1N1亚型,命名为A/swine/Neimeng/03/2020 （H1N1）。通过NCBI进行各基因片段的同源性比对,发现该病毒的基因与2000年左右的人H1N1亚型病毒同源性较高。通过构建系统遗传进化树发现,确认病毒株是由人流感病毒A/Dunedin/2/2000 （H1N1）演化而来。通过HA基因推导发现该病毒HA1蛋白与2009年墨西哥流感的流行毒株以及经典的H1N1毒株具有较大的抗原性差异,该病毒呈现较低的致病性,与其HA裂解位点基序（PSIQSRGLF）表现一致,呈低致病性特征。     

1株H3N2亚型猪流感病毒的分离鉴定

为了解广东猪流感病毒(SIV)的流行变异情况,2010年11月从广东某规模猪场采集流感症状的猪鼻拭子60份,接种10日龄SPF鸡胚,分离到1株猪流感病毒,通过流感分型RT-PCR和HI试验鉴定为H3N2亚型SIV,命名为A/swine/Guangdong/L22/2010(H3N2),进行全基因序列测定及相似性分析发现,该分离株有低致病性流感分子特征,该毒株的8个基因片段连同最近广东猪群流行的流感毒株与2000年前后H3N2人流感病毒有较高的同源性.系统遗传演化显示,该病毒分离株可能是由1999年人源H3N2流感病毒A/Moscow/10/99(H3N2)进化而来.     

一株H9N2亚型猪流感病毒的遗传进化和致病性分析

本研究从有流感症状的病猪中分离到一株H9N2亚型猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Jiangsu/1/2015(SW/JS/1/15)。为探究其遗传特征和生物学特性,本研究采用RT-PCR技术扩增其全部基因节段后测序并进行遗传分析,并研究了其对鸡和豚鼠的致病特性。遗传进化分析显示,分离病毒SW/JS/1/15株是由BJ/94系、DK1系、G1系和F/98系4个分支病毒重组而成,8个基因节段均属于G57基因型。分离株HA蛋白裂解位点为PSRSSR*GL,符合低致病性流感病毒的特征。HA蛋白有9个潜在糖基化位点,其中218位糖基化位点缺失,145位与313位各新增一个糖基化位点。与疫苗株SH/F/98、SD/6/96、GD/SS/94相比,分离病毒HA抗原位点发生了G^90E、S^127R、S^145N、D^153G、N^167S、A^168N、A^198T、T^200R、N^201D、和Q^235M(H9numbering)突变;NA蛋白发生6个氨基酸突变:K^367R、K/E^368N、D^369N、D^401E、K^143N和T^434P。同时NA蛋白颈部缺失aa63~aa65。分离病毒的8个基因节段与2株禽源H9N2病毒的相应基因高度同源,其6个内部基因与两株人源H7N9病毒的内部基因高度同源。致病性试验结果显示分离病毒可以感染鸡和豚鼠,但不能在豚鼠群内水平传播,且可能作为H7N9等新型流感病毒内部基因供体,同时表明猪可以感染禽流感病毒(AIV),且可能是AIV获得感染哺乳动物能力的过渡宿主。本研究为H9N2亚型SIV的致病性以及遗传特征的研究提供科学依据。     

1株H1N1亚型猪流感病毒的全基因组特征及其对小鼠的致病性

旨在了解河南省猪流感病毒的流行情况及其遗传进化和基因组特征。2018年4月,从河南省某一出现疑似流感症状猪群中采集鼻拭子样品150份用于分离病毒,对分离病毒的全基因组进行序列测定和分析。同时感染6周龄BALB/c小鼠,研究其对小鼠的致病性。结果显示,获得1株H1N1亚型病毒[命名为A/swine/Henan/NY20/2018（H1N1）]。遗传进化表明,其HA和NA基因属于欧亚类禽H1N1分支,PB2、PB1、PA、NP和M基因属于2009甲型H1N1分支,NS基因属于经典H1N1分支。HA蛋白的裂解位点序列为PSIQSR↓GL,具有低致病性流感病毒的分子特征,在小鼠肺和鼻甲有效复制并能引起肺组织病理学变化。本研究分离到1株3源重排H1N1亚型病毒,对小鼠呈现一定致病力,提示应进一步加强对SIV的监测。     

一株H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定及生物学特性分析

为调查南京地区猪流感流行情况,本研究于2011年2月～5月期间从南京某屠宰场采集健康猪的鼻拭子和肺脏组织样品共690份,常规无菌处理后进行RT-PCR检测,将检测为阳性的样品接种9日龄～11日龄SPF鸡胚分离猪流感病毒(STV).对分离株进行血凝试验、EID50测定、HA及NA基因测序分析和感染小鼠及猪体试验.结果有18份样品RT-PCR显示为SIV阳性,但只有一株可在SPF鸡胚中稳定增殖.该病毒分离株具有凝集0.5％鸡红细胞的活性,EID50为10-6.32/0.1 mL,基因测序显示其HA、NA基因片段均与09年H1N1型流感流行株A/California/04/2009 (H1N1)高度同源,将其命名为A/Swine/Nanjing/50/2011 (H1N1).小鼠人工感染试验表明该分离株可引起小鼠死亡(3/10),猪体人工感染实验显示该分离株还能够引发猪体明显的流感症状及肺部病变.该病毒的分离鉴定及HA、NA基因序列分析为进一步调查SIV的流行规律提供了基础数据.     

H1N2亚型猪流感病毒A／Swine／Guangdong／1／06分离鉴定和对猪致病性研究

2006年5月从广东某大型猪场采集具有流感症状保育猪鼻拭子共98份,无菌常规处理猪鼻拭子后接种MDCK细胞,分离到4株流感病毒.用血凝抑制和PCR方法鉴定均为H1N2亚型.挑选其中一株A/Swine/Guangdong/1/06(H1N2),进行全基因组测序,并与GenBank中相关序列进行比较.核苷酸同源性分析表明:A/Swine/Guangdong/1/06(HIN2)与A/Swine/Guangxi/13/06不同基因之间同源性为96.6%～98.1%.以106EID50的剂量,将H1N2病毒鼻腔感染35日龄仔猪,结果表明H1N2亚型流感病毒可以感染猪上呼吸道.但不表现临床症状.本研究结果对于揭示H1N2亚型猪流感流行规律和病毒的致病机理具有一定的意义.     

H9N2亚型猪流感病毒对小鼠的致病性及其分子特性研究

本实验从河北地区疑似流感发病猪体内分离到一株病毒,经鉴定为H9N2亚型猪流感(SIV)病毒.将该分离株经滴鼻、点眼途径感染小鼠,观察临床症状和病理变化,同时对血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、核蛋白(NP)和基质蛋白基因(M)进行克隆和序列测定,与GenBank中登录的相关序列进行比对并绘制系统发育进化树.致病性结果显示:感染小鼠出现精神不振,体重下降,并引起以弥漫性肺泡损伤为主的临床症状和病理变化.序列分析结果显示:该分离株与禽流感病毒(AW) A/chicken/Hebei/4/2008 (H9N2)(简称CK/HB/4/08)参考株的HA、NA、NP和M基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性最高.HA蛋白的裂解位点序列为PARSSR↓GLF,属于低致病性流感病毒的裂解位点.HA、NP、NA和M基因的遗传进化分析均显示该分离株与AIV的CK/HB/4/08株位于同一分支,具有较近的亲缘关系;由此推测该分离株可能是由CK/HB/4/08演化而来,并在跨物种传播的过程中发生了部分变异.     

一株H1N1病毒的分离鉴定

研究样本来自黑龙江省绥化市的一个生猪养殖场,分别采集疑似发生猪流感的病猪鼻拭子样本和濒死猪的肺组织样本,处理后接种到10日龄的SPF鸡胚中,分离出一株具有血凝性的病毒。采用血清学、RT-PCR、电镜、生物学特性及理化特性测定等方法对病毒进行鉴定,结果显示分离株的鸡红细胞的凝集价为1:256,只能够中和H1亚型猪流感特异性阳性血清;RT-PCR结果为H1、N1亚型,电镜下的病毒粒子为球形,直径约80 nm,具有囊膜,同时表面有刺突和纤突,对鸡胚的半数感染量(EI D_(50))为10(-5.17)/0.1 mL;该病毒对热、胰蛋白酶、氯仿及乙醚均敏感;从以上病毒特性的研究,可以判定分离得到的病毒为H1N1亚型的猪流感病毒。     

一株H1N1亚型猪流感病毒全基因克隆及遗传特性分析

为快速获知流感病毒的全基因组序列,及时得知其遗传演化特性。设计11对通用条形码引物,采用RT-PCR法扩增A\swine\Shandong\01\2009(H1N1)株的8个基因节段,进行克隆测序和遗传进化分析。核酸序列测定结果显示,全基因组序列完整无缺失,但是基因组内2个位点突变导致PB1-F2、NS-1蛋白表达不完整,HA切割位点处氨基酸序列PSIQSR/GLF,无多个连续的碱性氨基酸,符合非致病性切割位点的特征。从绘制的各个片段进化树分析,此毒株与11株近5年在人和猪中流行的H1N1相似度高,HA的同源性达98.1%~99.7%,NA同源性98.6%~99.8%,与2009年暴发的A型H1N1流行株A/California/07/2009(H1N1)8个片段进行比对,核酸同源性高达99.1%~99.6%。     

一株人源H1N1亚型猪流感病毒的进化分析与生物学特性研究

为了解猪流感病毒(SIV)的变异情况,我们2009年11月从河北某养殖场采集呈流感症状的猪鼻拭子40份,接种10日龄SPF鸡胚,分离到一株猪流感病毒,通过RT-PCR和血凝抑制试验鉴定为H1N1亚型,命名为A/swine/Hebei/15/2009(H1N1),其全基因序列测定及同源性分析发现,8个基因片段均与2000年左右H1N1人流感病毒有较高的同源性。系统遗传演化显示,该病毒分离株是由2000年人源H1N1流感病毒A/Dunedin/2/2000(H1N1)进化而来。抗原性分析显示该株与甲型H1N1流感病毒和经典H1N1病毒株抗原性差异较大。对小鼠致病性试验表明该病毒株可以直接感染小鼠并导致小鼠轻微临床症状和组织病理学变化,但不致死小鼠,表现为低致病性。     

辽宁省H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定与遗传演化分析

本研究2012年底从辽宁省某屠宰场猪鼻咽拭子样品中分离到1株流感病毒,经HA—HI试验和RT—PCR鉴定为H1N1亚型猪流感病毒株,命名为A／swine/Liaoning／01／2012（H1N1）,通过对病毒的8个基因片段克隆并测序,并利用分子生物学软件进行遗传演化分析。结果表明,分离株HA基因裂解位点附近的氨基酸序列为IPSIQSRjG,符合低致病力流感病毒的分子特征。全基因组进化树结果表明,分离株的8个基因片段与A／swine／Jiangsu／40／2011（H1N1）株核苷酸同源性最高,分离株处在类禽型H1N1亚型遗传进化分支上;由于类禽型H1N1猪流感病毒具有潜在感染人的潜力,在国外和国内均有感染人的报道,因此,辽宁省首次分离到该型猪流感病毒对全省养猪业和公共卫生安全具有重要意义,值得深入研究。     

H1N1亚型猪流感病毒中国分离株血凝素基因分子演化的研究

对2001年中国华南及东北地区的15株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)分离株的血凝素(HA)基因进行了序列测定和分析,并绘制了进化树.研究结果表明,15株H1N1 SIV和HA基因核苷酸全长为1 778bp,共编码566个氨基酸;而且,15株H1N1亚型SIV的HAI蛋白在10、11、23、87、287位都存在高度保守的糖基化位点,此外,在276位多了一个"-NTT-"糖基化位点,与参考毒株SW/IW/93/01一致,这可能是近期H1N1亚型SIV的一个分子特征.本研究进一步发现,15株H1N1亚型SIV的HA基因切割位点氨基酸组成为IPSIQSR↓G,具有非高致病力毒株分子特征;而其受体结合位点在HA蛋白上第226位是Q,第228位是G,可能具有感染禽的潜力.经同源性比较,15株H1N1亚型SIV的HA基因与古典型H1N1猪谱系中的WIS/4754/94的同源性相对最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别达到95.7%～96.1%和96.5%～97.2%.由同源性比较结果和进化树分析可见,15株H1N1亚型SIV的HA基因皆属于古典型H1N1猪谱系.     

猪流感病毒H1N1分离株HA基因的克隆与序列分析

无锡某猪场发生不同程度的猪呼吸系统疾病.对发病猪采集鼻拭子,经双抗处理后,接种鸡胚,收集24 h后死亡的鸡胚尿囊液.对一株具有血凝性的病毒分离株进行RT-PCR鉴别,结果为H1亚型流感病毒.利用RT-PCR扩增尿囊液中的流感病毒HA基因.经pGEM-T easy载体克隆、序列测定和进化树分析,结果表明,在该猪群中分离获得的该株SIV为古典型H1N1.     

一株重配型H1N2猪流感病毒的进化分析及对小鼠的致病性

为了进一步了解我国辽宁省猪流感(SI)的流行情况及病原的进化规律,对2016年年末在辽宁省某生猪屠宰场进行SI病原学监测时分离到的一株H1N2亚型猪流感病毒(SIV)A/swine/Liaoning/FX575/2016(简称FX575)进行全基因组序列测定,通过对其8个基因片段的基因来源进行分析,确定基因型;构建系统进化树;分析相关分子特征;进一步以6周龄雌性BALB/c小鼠为感染模型,通过测定感染后小鼠的体重变化和脏器病毒含量评估病毒的致病性。结果显示:FX575为一株三重重配型的H1N2病毒,遗传进化分析结果显示病毒的HA基因来自于欧亚类禽型H1N1(EA H1N1)分支的SIV,NA基因来自于北美三重配型H1N2分支的SIV,6个内部基因(PB2、PB1、PA、NP、M和NS)均来自于2009/H1N1分支的病毒。以10~6EID₅₀的剂量经鼻腔途径感染小鼠后,能够引起小鼠出现明显的体重下降,其中有1只小鼠在感染后第7天体重下降的比率超过25%,判为死亡;感染后第3天在小鼠肺及鼻甲骨中均检测到较高滴度的病毒,含量分别为4.82、4.20 log₁₀EID₅₀·mL^-1。结果表明SIV在不断流行的过程中,不同基因型病毒之间发生重组导致出现基因三重配的病毒,病毒对小鼠呈现中等致病力特征,提示应进一步加强对SI的主动监测,从而降低病毒对兽医及公共卫生学风险。     

两株鸭源H5N1亚型禽流感病毒的序列分析及致病性研究

本研究对2010年在湖北活禽市场监测分离到的两株鸭源H5N1亚型禽流感病毒(AIV) (HuB/495/10和HuB/513/10)进行了序列分析和致病性试验研究,以了解湖北地区H5N1亚型AIV的生物学特性差异.序列分析显示:2株病毒全基因组核苷酸同源性在97.3 ％～98.6％,2株病毒的8个节段基因均与青海和香港分离的野鸟源病毒A/great crested-grebe/Qinghai/1/2009 (H5N1)和A/black-crowned night heron/Hong Kong/659/2008 (H5N1)的核苷酸高度同源,HA蛋白裂解位点序列基序为341RRRKR345,呈现典型的高致病力分子特征.以105 EID50/100 μL病毒剂量感染4周龄SPF鸭发现:HuB/495/10和HuB/513/10对鸭的致死率分别为100％和20％,病毒在鸭体内呈全身性复制并可通过呼吸道和消化道向外排毒;不同滴度的病毒感染6周龄BALB/c小鼠,HuB/495/10和HuB/513/10的MLD50分别为1.38 log10 EID50和1.68 log10 EID50,对小鼠表现为高致病力,均在肺脏中高拷贝复制.     

宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒基因组遗传进化分析

对宁夏地区2011年分离到的5株H1N1亚型猪流感病毒进行了基因组测定和遗传进化分析。结果显示:宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒具有多样性,5株分离株可分为3类,其中1株为类人H1N1猪流感病毒,2株为经典猪流感病毒,另外2株为重组猪流感病毒,其PB2、PB1、PA、NP、NS基因来源于北美三元重组猪流感病毒,HA、NA、M基因来源于经典猪流感病毒;HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示5株H1N1亚型猪流感分离株均为低致病性毒株;序列分析结果显示5株病毒在HA蛋白受体结合位点、抗原位点,以及NA蛋白潜在糖基化位点处氨基酸存在差异,这些差异具有分支特异性。5株病毒在NA和M2蛋白上均未出现与神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺耐药性相关的氨基酸变异,但其中3株病毒的PB2蛋白基因具有哺乳动物适应性变异E627K。     

实时荧光定量PCR检测H1N1亚型猪流感病毒

根据GenBank中H1N1亚型猪流感病毒NP基因的序列（DQ889686）,利用Premier express设计并合成1对引物和相应的TaqMan探针,从猪流感病毒HN407株接种的鸡胚尿囊液中提取总RNA,经RT-PCR扩增NP基因。将鉴定正确的NP基因片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒。以该阳性重组质粒为荧光定量PCR标准品模板建立标准曲线。对探针浓度、引物浓度、镁离子浓度和退火温度进行优化,建立了最佳的荧光定量PCR反应体系和扩增程序。经临床应用表明荧光定量PCR的建立为早期诊断猪流感病毒、定量分析猪流感病毒感染程度奠定了基础。     

H1N1亚型猪流感病毒A/Swine/GD/2/12基因特征分析

2012年从广东省某猪场的疑似流感猪群采集鼻拭子样品,接种鸡胚并收集尿囊液,通过血凝、血凝抑制和RT-PCR,鉴定出1株H1N1亚型猪流感病毒,命名为A/Swine/GD/2/12。RT-PCR扩增得到全基因8个片段,与GenBank收录的参考毒株比对并构建进化树,发现本毒株可能是H1N1亚型重组株,其8个片段与我国猪源和北美地区1985—1992年间的猪源、禽源(A/turkey/IA/1992)和人源(A/Maryland/12/1991)流感毒株在同一个大分支上,其中与我国猪源参考株同源性在95.8%以上,与北美地区的H1N1参考株同源性在94%以上。HA受体位点分析表明,本毒株既具备结合Saα2,6Gal型人类流感病毒SA受体的特点,也有结合Saα2,3Gal型禽类流感病毒SA受体的可能。提示本毒株可能是由北美地区猪源、禽源和人源的H1N1亚型流感病毒重排形成的。HA蛋白裂解位点分析、NS和PB2蛋白位点分析表明,本毒株具备低致病性毒株的特点。小鼠致病性试验进一步证实本毒株能够引起小鼠运动减少、食欲欠佳、体重减轻等表现,但不会引起咳嗽和死亡等严重反应。     

基因重排H1N2亚型猪流感病毒的分离鉴定和生物学特性的研究

本研究对2005年～2006年广西和海南省疑似猪流感(SD)病猪的组织病料进行了病毒分离,并对分离毒株进行了亚型鉴定和生物学特性的研究.结果显示:分离的3株流感病毒均为H1N2亚型猪流感病毒(SIV).能凝集多种动物的红细胞,但凝集谱与以往报道略有不同;为热不稳定型病毒;在电镜下可观察到典型流感病毒粒子.动物试验显示:小白鼠、大白鼠和家兔对分离毒株不敏感,而豚鼠较敏感.能较好地复制出流感症状和病理变化;本体试验动物仅有轻微的临床症状,但能检测到抗体升高的变化,并能从鼻腔和上呼吸道检测和分离到SIV.核苷酸同源性分析显示:分离毒株Sw/GX/17/05、Sw/GX/13/06和Sw/HN/1/05的血凝素(HA)基因分别与基因重排H1N2 亚型SIV A/Swine/lndiana 9K035/99、A/SW/MN/23124-T/01和A/swine/Zhejiang/1/04的核苷酸同源性最高,分别达97.4%、97.0%和95.7%;神经氨酸酶(NA)基因均与基因重排H1N2 亚型流感病毒A/Trurkey/MO/24093/99 的核苷酸同源性最高,达97.2%～98.0%.核苷酸同源性分析进一步证实了分离毒株为基因重排H1N2亚型SIV.     

猪流感病毒H1N1广东分离株HA基因的克隆与进化分析

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR,从广东不同地区猪场分离鉴定出8株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)。用流感病毒血凝素(HA)基因通用引物扩增了8株病毒的血凝素(HA)基因,经克隆测序,HA基因全长1 757 bp,编码566个氨基酸。8个毒株的HA基因推导氨基酸序列分析表明,均含有8个潜在的N糖基化位点,且糖基化位点相同,其HA1、HA2之间切割位点序列为IPSIQSR↓G,从分子水平推论,此8株H1N1 SIV均属于非高致病性毒株。同源性分析表明,此8株病毒的氨基酸序列与经典SIV之间的同源性在92.3%~94.7%之间;与2009年甲型H1N1流感病毒同源性在80.4%~92.4%之间;与欧洲类禽SIV分离株同源性在80.4%~84.1%之间。进化关系表明,该8株SIV与A-swine-Shanghai-3-2005-H1N1同处一分支,与2009年甲型H1N1流感病毒和经典SIV分离株亲缘关系较近,与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远。