一株鹅星状病毒变异毒株的基因组特征与致病性分析

旨在研究引起雏鹅痛风的新型鹅星状病毒流行株特征。本试验从安徽省鹅星状病毒阳性雏鹅组织中进行病毒分离,并对分离的毒株进行全基因组测序,随后进行遗传进化分析。结果表明,病毒液接种9~11日龄鹅胚可成功分离到病毒,将其命名为GASTV-ZM株。IFA （indirect immunofluorescence assay）鉴定为阳性。基因组序列分析表明,ZM株鹅星状病毒基因组全长7 175 nt,ORF2基因核苷酸和氨基酸与2014—2020年间分离毒株的同源性分别为96.7%~98.9%和96.9%~99.0%,ORF2基因编码的氨基酸序列结果显示,3个氨基酸突变位点与以往存在显著差异,ZM株与2016年以来在我国流行的新型鹅星状病毒处于同一进化分支,与2020分离株HNSQ-6株和XT1株同源性较高。本研究为进一步研究该病毒的致病性和致病机理奠定基础。     

鸡传染性法氏囊病病毒流行株VP1部分序列及VP2高变区序列分析

为了对鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的13个地方分离株与3个商品疫苗株的VP1-b基因(756 bp～1 522 bp)进行同源性和遗传进化分析,本研究对其进行RT-PCR扩增和序列测定.结果表明,获得的VP1-b基因长度均为767 bp; 13个分离株VP1-b节段核苷酸和氨基酸同源性分别为90.7 ％～100％和72.9％～100％,其中10株超强毒分离株与经典株、弱毒株、疫苗株的同源性较高,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7％～100％和94.5％～100％,所有12个超强毒分离株与超强毒参考病毒株的同源性均较低,核苷酸同源性仅为68.2％～79.2％;在遗传进化分析中,所有病毒株被分为3个分支,与相应病毒株的基于IBDV-VP2高变区(vVP2)序列的遗传进化树比较并结合同源性分析结果表明,除了弱毒株HUN0804之外,其它12个分离株可能均为重组病毒.据此推测,基因重组可能是目前IBDV流行的新趋势.     

2012年~2014年我国东南地区HP-PRRSV GP5基因的遗传进化与变异分析

为分析高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)的遗传变异情况,本研究对2012年~2014年东南地区8个省市21份HP-PRRSV阳性样品的GP5基因进行了RT-PCR扩增、克隆和测序,并将其进行序列比对和遗传进化分析。结果表明:本研究检测的21株HP-PRRSV GP5基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为81.1%~99.8%和75.1%~100%。其中有13个病毒株的GP5基因与JXA1株同属于2.2亚群,其余8个病毒株的GP5基因与台湾2007年、2013年分离株属于2.3亚群。遗传进化树分析表明,2.3亚群是2014年流行的一个新兴亚群,它的流行可能与两地猪群贸易交流频繁有关,其GP5基因在抗原表位和糖基化位点发生了一定的变异。本研究结果为HP-PRRSV遗传进化分析和疫病防制提供了新的参考。     

1株Ⅰ类新基因型新城疫病毒的基因组特性分析

为了研究我国新型新城疫病毒的分子流行病学特性,对2016年从主动监测中分离到的1株新出现的鸭源新城疫病毒(duck/China/NX2209/2016)进行了基因组测序和遗传进化分析。序列分析结果显示该分离株全长15 198nt,F基因ORF全长为1 662bp,共编码553个氨基酸,裂解位点处的氨基酸为:~(112) ERQERL~(117),符合低致病性新城疫病毒特征。同源性分析表明该新型毒株同北美分离株具有较高的同源性。F基因高变区进化分析结果显示,该病毒属于ClassⅠ,但不属于基因型1～10,为新型毒株。完整F基因进化树结果显示,该病毒属于基因1c亚型,与北美分离株高度同源。     

一株麻鸡传染性法氏囊病毒新型变异株的分离鉴定

近几年,鸡传染性法氏囊病毒新型变异株在我国广泛流行,主要发生于肉鸡,其致病力弱、隐蔽性强但能造成法氏囊严重萎缩。本研究从山东济宁地区临床出现法氏囊萎缩的发病麻鸡中采集法氏囊病料,接种SPF鸡胚进行病毒分离,通过RT-PCR方法进行病毒鉴定,将分离毒株回归SPF鸡进行致病性试验,同时对其主要抗原基因VP2进行进化分析。结果发现,该毒株能致死鸡胚;对其VP2基因进行测序比对和进化树分析发现,其与近几年的新型变异株基因序列的进化关系较近,同源性为96.1%～99.2%;人工感染SPF鸡第7 d法氏囊即出现较为明显的萎缩,第14 d萎缩更为明显,囊体比显著小于对照组(P<0.01)。本研究分离到的麻鸡源传染性法氏囊病毒JN22株属于新型变异株,能导致SPF鸡法氏囊显著萎缩。     

犬细小病毒新2b型分离株的分离鉴定

为了更好的了解我国东北地区犬细小病毒的流行情况,采用F81细胞从来自长春某宠物医院疑似患有肠炎的犬粪便样品中分离出1株病毒,经形态学、血清学、动物回归试验和分子生物学鉴定,分离的病毒为犬细小病毒new CPV-2b型,命名为CPV JL13-1。对该病毒主要结构蛋白VP2基因进行克隆测序和基因进化分析表明,CPV JL13-1分离株VP2基因与GenBank上提交的其他41株犬细小病毒株核苷酸和氨基酸均有较高的同源性,分别为98.6%~99.5%和97.6%~99.5%,其中核苷酸和氨基酸同源性最高的均为B-2004株。本研究为犬细小病毒分子流行病学调查和疫苗的研究奠定基础。     

野鸟源H5N8禽流感病毒遗传变异分析与致病性评估

本试验在野鸟禽流感病毒紧急疫情检测过程中鉴定并分离到1株H5N8高致病性禽流感病毒,利用病毒全基因组测序、系统发育及关键氨基酸位点分析解析了该野鸟源H5N8禽流感病毒分离株遗传进化情况,通过体外复制动力学试验及小鼠感染试验,评价了该野鸟源H5N8禽流感病毒分离株对哺乳动物致病性。进化分析显示,该病毒株属于Clade 2.3.4.4,可以不经适应直接感染小鼠并在呼吸系统内复制,表现出有限的组织嗜性,对小鼠呈低致病性。其在体内外复制能力较低。结果表明,本试验加深了对野生鸟携带H5N8禽流感病毒的认识和理解、对野鸟源H5N8禽流感病毒生物学特性的评价,为预测野鸟源H5N8禽流感病毒遗传进化趋势及其生物安全风险评估提供借鉴和参考。     

猪瘟病毒E2基因部分核苷酸序列的遗传进化关系的研究

本研究利用RT-PCR及测序获得了16株猪瘟病毒E2基因部分核苷酸序列。利用DNAStar软件对其6株已发表的猪瘟病毒毒株序列进行了比较和分析，构建了猪瘟病毒遗传发生树。结果可以看出所绘制的遗传发生树分为2个组群，每个组群分为3个亚组群。13株猪瘟流行毒在2个组群中均有分布，猪瘟石门系强毒和C株属于同一组群、同一亚组群。70～80年代分离的4株猪瘟病毒755和Alfort株（法国）在同一组群，25%和Brescia株（意大利）是同一组群，90年代分离的9株猪瘟病毒33.3%和Alfort株（法国）在同一组群，66.7%和Brescia株（意大利）是同一组群。13株猪瘟流行毒株中7株和C株在同一组群，其中70～80年代的1株，90年代的6株。其余的6株猪瘟流行毒株均在另一组群。不同地区及不同材料C-株疫苗的E2基因的核苷酸序列有一定的差异，GPE株与中国的C株有较近的遗传进化关系，而法国的Thiverval株则与中国C株的遗传进化关系较远。本研究的结果对了解我国猪瘟分子流行病学的特点具有重要的意义。     

新型鹅星状病毒的分离鉴定与全基因序列分析

为了解近年鹅星状病毒的流行情况,通过鹅胚接种、鹅胚半数致死量测定(ELD_(50))、RT-PCR检测和基因组序列测定等方法,从2019年山东某养鹅场雏鹅疑似星状病毒引起鹅内脏痛风病的病料中分离出1株新型鹅星状病毒,命名为AstV/Goose/SD776/2019。该分离株能引起鹅胚典型的临床症状,病毒无血凝活性,ELD_(50)为10~(-4.0)/0.2 mL,动物回归试验中死亡的雏鹅可以复制出与临床自然感染相似的病变。用RT-PCR对分离株全基因组序列分析结果显示,分离株的3个ORF和与新型鹅星状病毒毒株(JSHA、SD01、SDPY、GD)的核苷酸和氨基酸同源性较高(99.2%以上);与能导致雏鹅肠炎的鹅星状病毒(FLX)及其他种属禽源星状病毒同源性相对较低,遗传进化分析结果显示,分离株在进化树上与4株新型鹅星状病毒的亲缘关系接近,表明分离毒株为新型鹅星状病毒。     

古典H1N1亚型猪流感病毒反向遗传操作平台的建立

利用RT-PCR技术扩增古典H1N1亚型猪流感病毒A/Swine/Guangdong/1/2011株的8个目的基因片段,分别克隆至双向转录表达载体p BD上。将8个重组质粒纯化后共转染293T细胞,48 h后收集上清,接种MDCK细胞。当细胞出现明显病变时,收集MDCK细胞上清,其血凝效价为1:64,与原始野生株血凝效价一致;提取拯救病毒的RNA并进行8个目的片段扩增及序列分析,测序结果显示与野生株病毒相同,表明病毒拯救成功。古典H1N1亚型猪流感病毒反向遗传操作平台的成功建立,不仅为探索流感病毒致病机理、感染机制及功能研究奠定了基础,同时也为H1N1亚型猪流感病毒新型疫苗的研制开辟了新的途径。     

猪流行性腹泻病毒山东SD20BZ01株的分离鉴定及遗传进化分析

为了解山东省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）基因组遗传演化特征,将山东省滨州市某猪场的PEDV阳性样品接种Vero E6细胞,结果成功分离到1株PEDV,将其命名为SD20BZ01株。通过RT-PCR分段扩增病毒基因组,经测序、拼接获得SD20BZ01株全基因组序列,并将其与GenBank收录的参考毒株序列进行同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,SD20BZ01株与我国2010年以来流行的GII-b亚群变异株序列同源性为97.8%~98.7%,明显高于CV777、DR13、SM98、SD-M等早期经典毒株,因此SD20BZ01属于GII-b亚群变异株。基于S基因的遗传进化关系与基于全基因组序列的遗传进化关系基本一致。与CV777株相比,SD20BZ01株S蛋白在中和抗原表位COE处有10个氨基酸突变,与近年来变异株S蛋白的氨基酸序列基本一致,说明GII-b亚群PEDV的变异规律逐渐趋于稳定。本研究为山东省PEDV流行病学研究及其流行控制策略的制定提供了理论依据。     

猪巨细胞病毒福建株DPOL基因的克隆及序列分析

为了明确猪巨细胞病毒（porcine cytomegalovirus,PCMV）福建株（PCMV-FJ01株）DPOL基因特征,本研究根据GenBank数据库中PCMV DPOL基因序列特征,利用引物设计软件Oligo 7.0设计针对DPOL基因的引物,以PCMV-FJ01株核酸DNA为模板,对其进行分段PCR扩增。将分段扩增的产物经胶回收试剂盒回收后进行克隆测序,对测序结果进行拼接后获得PCMV-FJ01株DPOL基因序列,并进行生物信息学分析。结果表明,PCMV-FJ01株DPOL基因全长为3 021 bp,编码1 006个氨基酸;其与GenBank中的PCMV分离株DPOL基因核苷酸和氨基酸同源性分别在98.7%和99.1%以上。遗传进化分析发现,相对于巨细胞病毒属其他种代表株,PCMV分离株DPOL基因在遗传进化上和玫瑰疱病毒属代表株更近。建议根据PCMV DPOL基因遗传进化特征,将其划归为玫瑰疱病毒属的一个病毒新种--猪玫瑰疹病毒（porcine roseolovirus）。     

一株野鸭源基因Ⅲ型新城疫病毒主要生物学特性及基因组序列测定分析

为研究分离自黑龙江三江自然保护区的野生绿头鸭粪拭子中的一株新城疫病毒(命名为Mallard/CH/HLJ383/06)主要生物学特性及基因组序列,本实验对病毒F基因序列进行测定,结果表明该病毒分离株属于NDV基因Ⅲ型,病毒的1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)为1.81,高于NDV中等毒力病毒株ICPI值,预示该病毒分离株毒力有增强趋势.15日龄SPF鸡致病性试验表明,该病毒分离株可导致雏鸡发病但不死亡,致病性仍低于与其ICPI值相近的基因Ⅶ型毒株.对该病毒分离株进行全基因组序列分析表明:该病毒分离株与Ⅰ系疫苗病毒Mukteswar、江苏2株基因Ⅲ型分离株(JS/7/05/Ch,JS/9/05/Go)结构蛋白氨基酸同源性高达99.0%～99.7%;与疫苗株Mukteswar相比,3株基因Ⅲ型病毒分离株在F蛋白中只有1个共同的氨基酸位点变异(A203T);HN蛋白中存在15个变异氨基酸,但位置各不相同;L蛋白中变异位点最多,为28个,其中有4个变异位点为3个分离株所共有.以上结果初步表明,Mallard/CH/HLJ383/06株可能是由疫苗株Mukteswar在野禽、家禽生态系统中传播进化而来,并由于宿主或免疫压力而发生毒力变异;分离株L蛋白氨基酸位点的变异,可能是导致病毒株毒力返强主要因素之一.     

新型鸭呼肠孤病毒的分离鉴定及板蓝根合剂的预防效果评价

本研究对采自山东不同地区的疑似鸭呼肠孤病毒感染病料样品进行了病原的分离与鉴定,成功分离出5株鸭呼肠孤病毒,根据鸭呼肠孤病毒σC蛋白的基因序列,利用RT-PCR技术对分离株进行了鉴定。结果表明,分离株σC基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.2%～99.6%和94.4%～99.7%,与新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）的σC基因的核苷酸同源性为96.9%～98.6%。基于σC基因的遗传进化分析表明5个分离株均符合NDRV的分布特点,且与禽呼肠孤病毒（ARV）和番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的亲缘关系相对较远,均属于新型鸭呼肠孤病毒。进一步对板蓝根合剂的预防效果进行了研究,结果显示,板蓝根合剂药物-攻毒组的发病率显著低于攻毒组。本研究成功分离鉴定出5株NDRV,并发现板蓝根合剂对鸭呼肠孤病毒病具有良好的预防效果,能够有效抵抗NDRV的感染,这为今后新型鸭呼肠孤病毒病的预防提供了新的思路。     

宁夏地区肉牛腹泻相关病毒感染状况的分析

本研究旨在了解宁夏地区肉牛病毒性腹泻病原感染现状及流行特点，为牛腹泻病的防控工作提供科学依据。本研究采用RT-PCR方法对宁夏地区293份肉牛拭子样本进行牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)、牛诺瓦病毒(BNoV)、牛星状病毒(BAstV)检测，并对其进行遗传进化分析。研究表明，该地区肉牛普遍存在腹泻病毒的感染及混合感染；散养模式下肉牛腹泻病毒的感染及混合感染情况较规模化养殖严重；病毒性腹泻在不同地区、不同病毒差异明显；遗传进化分析发现宁夏地区BVDV流行株为1e亚型，BRV流行株为G1亚型，BNoV流行株为GⅢ.2亚型，BCoV流行株与法国株遗传进化关系较近。结果显示，宁夏地区肉牛普遍存在腹泻相关病毒的感染，不同养殖模式、不同地区、不同病毒之间存在差异，且混合感染严重。     

2018年伪狂犬病病毒的流行特征及其遗传变异分析

为了了解当前伪狂犬病病毒（PRV）在我国猪群中的流行现状及其遗传变异情况,本研究利用PCR的方法对2018年1-12月来源于我国28个省、市、自治区的1 328份疑似猪伪狂犬病发病猪的组织样品开展了PRV-gE的检测及病毒的分离鉴定,同时针对所分离的病毒的gB、gC和gE基因进行PCR扩增和DNA测序,并展开遗传变异分析。结果显示,共有92份样品为PRV-gE基因检测阳性,阳性检出率为6.93%。从92份PRV-gE阳性样品分离到13株PRV。分别基于gB基因部分片段、gC和gE基因进行遗传变异分析发现13株PRV与我国2012年以后流行的毒株（如HeN1等变异株）亲缘关系较近,而与2012年以前所分离的毒株（如Ea等经典毒株）的亲缘关系较远;此外,绝大多数中国分离株与国外分离毒株（如NIA-3、Bartha、Kaplan等）在遗传进化树中位于不同的进化分支;相对于国外分离株及国内早期流行的经典毒株而言,13株PRV分离株的gB、gC和gE蛋白中均存在许多特征性的氨基酸位点变异。本研究对于了解我国PRV流行现状及当前流行的PRV毒株的生物学特征具有十分重要的意义。     

水貂肠炎病毒LN-10分离株的分离鉴定

为了解我国水貂肠炎病毒(MEV)的流行情况,本研究采用F81细胞从疑似患有肠炎的水貂粪便样品中分离出一株病毒,经形态学、血清学、动物回归试验和分子生物学鉴定,分离的病毒为MEV,命名为LN-10。对该病毒主要结构蛋白VP2基因进行克隆测序和基因进化分析表明,LN-10分离株VP2基因与GenBank中的其他18株MEV株核苷酸和氨基酸均有较高的同源性,分别为99.3%～100%和99%～100%,其中核苷酸同源性与ZYL-1株为100%,而氨基酸同源性与ZYL-1株和Manzhouli株均为100%。本研究为MEV分子流行病学调查和疫苗的研究奠定了基础。     

狂犬病病毒全基因组进化研究进展

狂犬病病毒基因进化研究能够揭示病毒流行病学特点和规律,为有效防控狂犬病提供科学依据.狂犬病病毒基因组5个基因中,目前对N基因和G基因研究比较多,N基因序列分析可用于基因分型,G基因序列分析可用于病毒免疫原性、毒力、宿主转换等相关研究.多株狂犬病病毒已完成全基因组测序,但全基因组水平的进化研究还很不足,因为基因组中的各个基因之间的相互作用,各个基因面临的选择压力不同,单个基因的进化不一定能代表病毒的进化,所以需要不断探索合适的方法对狂犬病病毒全基因组进行进化研究.     

猪嵴病毒非结构蛋白2C的生物信息学分析

本研究运用RT-PCR方法从猪嵴病毒感染阳性样品中扩增出其非结构蛋白2C全基因,并将其克隆到T载体后进行序列测定。研究结果表明,猪嵴病毒非结构蛋白2C全长为1005 bp,编码335个氨基酸。所编的非结构蛋白2C大小为36.9297 ku,理论等电点为7.18;不稳定系数为39.41,属于稳定蛋白质类;脂肪族氨基酸指数为87.10,平均亲水性为-0.242。与其核苷酸同源性最高的是CH/HZ/2011株(GenBank登录号:JX827598),同源性为91.6%;同源性最低的是XX株(GenBank登录号:KC204684),同源性为88.8%。遗传进化分析结果显示,猪嵴病毒非结构蛋白2C在遗传进化树呈3个明显的结构分支,猪源嵴病毒匈牙利株和泰国株处于第Ⅲ遗传进化分支,猪嵴病毒中国分离株分处于第Ⅰ和第Ⅱ遗传进化分支,呈一定的区域流行性。     

羊口疮病毒黑龙江省分离株的分离鉴定

为确定黑龙江大庆地区某羊场发生的疑似羊口疮(Orf)的病原,本研究采用MDBK细胞培养途径从病羊的口唇部位的痂皮病料中分离出1株病毒.通过电镜观察和IFA鉴定证明该分离株为Orf病毒,命名为OV/HLJ/04.其F1L基因核苷酸序列测定和进化分析显示,OV/HLJ/04与国内报道的山西株(HQ221964)的遗传关系密切,同源性达到98.2％.将该病毒分离株进行回归本动物试验,接种羔羊发生严重的羊口疮.