基于hipO基因的环介导等温核酸扩增技术检测食源性空肠弯曲菌

空肠弯曲杆菌是人细菌性胃肠炎的常见食源性致病菌之一,严重危害人类的健康,建立快速精准检测食源性空肠弯曲杆菌的方法,对于保障人们的健康和食品安全具有重要意义。本研究建立了一种可视化、低成本基于hipO基因的环介导等温扩增(LAMP)技术快速检测空肠弯曲菌的方法。该LAMP方法检测空肠弯曲菌CJFX01基因组DNA为阳性,而对肠出血性大肠杆菌O157:H7、鼠伤寒沙门菌、单增李斯特菌、小肠结肠炎耶尔森菌、金黄色葡萄球菌、产气荚膜梭菌等食源性致病菌和胸膜肺炎放线杆菌Aha01、副猪嗜血杆菌Ahh01、多杀性巴氏杆菌Ahm03、猪链球菌Ahs02、猪丹毒丝菌Ahe01、支气管败血波氏杆菌Ahb01等猪源致病菌基因组DNA检测结果均为阴性,表明其具有良好的特异性。灵敏度的检测结果表明,LAMP检测空肠弯曲杆菌的检测限为5.4×10¹ CFU/mL,而基于F3/B3引物对常规PCR的检测限为5.4×10⁶ CFU/mL,即LAMP检测空肠弯曲杆菌的灵敏度比常规PCR高100 000倍。本研究建立的LAMP检测方法具有快速、可视化、低成本、特异性好和灵敏度...     

牛乳房炎金黄色葡萄球菌LAMP检测方法的建立及初步应用

为建立灵敏、快速、可视化的牛乳房炎金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)环介导等温扩增技术(LAMP),根据GenBank公布的金黄色葡萄球菌nuc基因核苷酸序列为靶序列,设计并合成一组特异性LAMP引物,分别优化反应条件和反应体系,进行特异性和灵敏度试验,并用优化后的方法对临床分离的金黄色葡萄球菌样品进行检测。结果表明,建立的方法可以在64℃反应60 min,得到清晰的梯状条带;反应产物经10×SYBR GreenⅠ染色后,肉眼直接观察或是紫外线照射之后均可判定结果;敏感性试验表明,与常规PCR相比,该方法检测到的金黄色葡萄球菌最低浓度为1×10~1 CFU/mL,灵敏度提高了100倍;该方法特异性良好,与大肠埃希菌、沙门菌、伪结核棒状杆菌均无交叉反应;31份临床分离的金黄色葡萄球菌样本检测的结果表明,该方法与传统的PCR检测结果一致。建立的LAMP检测方法特异性、灵敏度良好,可用于临床牛乳房炎金黄色葡萄球菌感染的检测。     

环介导等温扩增法检测牛奶中结核分枝杆菌条件的优化

为优化环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）法检测牛奶中结核分枝杆菌的条件,以结核分枝杆菌高度保守的16S rRNA基因为靶基因设计3对特异性引物（F3-B3、FIP-BIP、FLP-BLP）进行试验。比较改良后的CATB/NaCl法、细菌基因组DNA提取试剂盒及热裂解法提取其DNA的效率,确定最佳的提取方法。用灭菌处理过的牛奶对结核分枝杆菌悬液进行倍比稀释以确定该检测方法的敏感度。以牛奶中常见的布鲁氏菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、巴氏杆菌、沙门氏菌为对照,对该方法进行特异性测试。结果表明,改良后的CTAB/NaCl法对牛奶中结核分枝杆菌DNA的提取效果要优于其他两种方法。LAMP法检测结核分枝杆菌的灵敏度为3×10⁰ CFU/mL,对人工阳性乳中结核分枝杆菌检测的灵敏度为3×10¹ CFU/mL。     

蜡样芽孢杆菌、产色葡萄球菌和肺炎克雷伯氏菌三重PCR检测方法建立与应用

针对蜡样芽孢杆菌(B.cereus)的hblA基因、产色葡萄球菌(S.chromogenes)的sodA基因和肺炎克雷伯氏菌(K.pneumoniae)的khe基因,建立了三重PCR检测方法。结果显示,退火温度为54℃,BC-hblA、SC-sodA和KP-khe引物浓度分别为0.6、0.2、0.1μmol/L为最佳扩增条件;对B.cereus、S.chromogenes和K.pneumoniae的基因组DNA最低检测限分别为35.8、6.3、40.2 pg/μL,菌液最低检测限分别为9.9×10³、1.1×10³、1.0×10⁴ CFU/mL。特异性试验显示,除这3种菌以外,大肠埃希氏菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、产气荚膜梭菌和腐败梭菌检测结果均为阴性。14份临床乳房炎乳样的检测结果显示,三重PCR方法B.cereus、S.chromogenes和K.pneumoniae的阳性率分别为35.7%(5/14)、14.3%(2/14)和7.1%(1/14),其中蜡样芽孢杆菌的PCR检测阳性率高于细菌分离鉴定阳性率(...     

EMA-PCR检测金黄色葡萄球菌活菌的方法

根据金黄色葡萄球菌(SA)耐热核酸酶编码基因(nuc基因)设计特异性引物,对试验菌株进行PCR检测,结果显示,金黄色葡萄球菌扩增出大小为480 bp的特异性条带,而其他对照菌株未扩增出条带.由于传统PCR技术无法区分样品中的死细菌与活细菌,从而使检测结果往往出现很高的假阳性.本试验利用EMA能穿过死细菌的细胞膜并在光激活的作用下能与基因组DNA共价结合,从而能抑制死菌DNA进行PCR扩增的特性,建立了一种快速、有效的检测金黄色葡萄球菌活菌的EMA-PCR方法,较传统PCR大大提高了检测的准确性和可靠性,该方法检测灵敏度可达15 CFU/mL.     

猴痘病毒实时荧光LAMP检测方法的建立

为建立一种特异性强、灵敏度高、操作简单的猴痘病毒(Monkeypox virus, MPXV)检测方法,试验针对MPXV保守区OPG002基因片段设计特异性引物,通过优化环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)反应体系中内引物、环引物体积及反应温度建立了一种MPXV实时荧光LAMP检测方法,对该方法的特异性和灵敏度进行了分析,并应用该方法检测了临床样品和模拟样品。结果表明：建立的MPXV实时荧光LAMP检测方法于64℃恒温反应60 min即可完成DNA检测;该方法能特异性地检出MPXV,最低检出限为25 copies/μL,灵敏度是普通PCR方法的20倍;该方法对12份临床样品的检测结果均为阴性,可检测出质粒浓度为0.5×10²～0.5×10⁶ copies/μL的模拟阳性样品。说明建立的MPXV荧光LAMP检测方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单的优点,可用于MPXV的快速鉴别诊断。     

环介导等温扩增联合横向流动试纸条快速检测单核细胞增生李斯特菌的研究

将环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)与横向流动试纸条检测技术(lateral flow dipstick,LFD)联合,建立了1种可应用于单核细胞增生李斯特菌快速检测的新方法。针对单核细胞增生李斯特菌的actA基因设计3对引物(其中,上游内引物由生物素标记)和1条异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记的探针,进行由生物素标记的LAMP扩增反应,并利用LFD对经FITC标记探针杂交的扩增产物完成检测。优化后的LAMP反应条件为65℃反应40min,从细菌基因组DNA提取到LFD结果判断只需90min左右,比常规PCR技术缩短近2h。LAMP-LFD可特异性地检出单核细胞增生李斯特菌,对哈维弧菌等常见弧菌及嗜水气单胞菌等的检测结果为阴性。灵敏性试验表明,LAMP-LFD针对病原纯培养物的检测灵敏度为3.2×101 CFU/mL或0.64CFU/反应,是LAMP检测的10倍,常规PCR检测的100倍;针对人工污染单核细胞增生李斯特菌的原料奶样品的检测灵敏度为1.6×102 CFU/mL或3.2CFU/反应。利用本方法可从采集样品中检测到单核细胞增生李斯特菌,检测结果与传统的细菌分离培养方法结果一致。试验表明,本研究建立的LAMP-LFD技术可特异、准确地应用于单核细胞增生李斯特菌检测,而且灵敏度高、操作简单、检测成本低,有望发展成为单核细胞增生李斯特菌快速检测的有效手段。     

沙门菌LAMP可视化检测方法的建立与应用

建立沙门菌病原体的一种可目视化环介导等温扩增技术(LAMP),实现对沙门菌的高效快捷检测。针对沙门菌的invA基因的高度保守区域,设计一套特异性引物,优化LAMP扩增反应体系和条件,并对该方法的特异性、灵敏性和人工污染样品以及临床样品分别进行检测。与传统的细菌分离与鉴定、PCR和real-time PCR方法进行敏感性比较。该方法优化后的最佳反应体系为内外引物浓度比例为3∶1,dNTPs为2.5μL,MgSO_4为1.5μL,2.5μL甜菜碱(10mol/L),1μL Bst 2.0DNA聚合酶,在62℃恒温条件下反应50min,可以特异性检出沙门菌,而对其他非沙门菌病原的检测结果为阴性。该方法的最低检测线为1.0×10~2 CFU/mL,灵敏度是常规PCR检测方法的1 000倍,与real-time PCR方法的灵敏度基本接近;针对人工污染沙门菌的鱼粉其检测灵敏度为5.0×10~2 CFU/mL;对临床样品的检出率为65.4%,与传统检测方法的检出率一致。本研究建立的LAMP检测沙门菌的方法特异性强、灵敏度高、操作简便、效能高和可视化,为基层监管部门和畜牧兽医工作者对于沙门菌病原的监控和初步筛选提供了技术保障。     

Percoll分离法与多重PCR快速检测肉品中沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和志贺氏菌

为从食品中有效分离致病菌,去除PCR反应的抑制因子,提高多重PCR检测灵敏度,本研究利用Percoll密度梯度离心的前处理法从鲜肉样品中高效分离沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和志贺氏菌,以沙门氏菌invA基因、金黄色葡萄球菌nuc基因和志贺氏菌ipaH基因为靶基因,经过PCR分别扩增出255 bp、506 bp、620 bp的DNA片段,DNA测序证实这些片段为目的扩增产物。该体系检测猪肉匀浆液中3种致病菌的灵敏度为6.2×103 cfu/mL、1.2×103 cfu/mL和2.4×103 cfu/mL,检测时间约6 h。Percoll前处理法与多重PCR检测肉中沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和志贺氏菌为同时检测肉类样品中多种致病菌提供了有效的检测方法。     

巢式PCR检测乳中布氏杆菌

本研究建立了检测乳中布氏杆菌omp22基因的巢式PCR方法,经过反复操作验证该检测方法有较好的重复性和稳定性。对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、棒状杆菌、绿脓杆菌等羊常见菌及羊基因组检测阴性,表明此方法有很好的特异性。该方法有较强的敏感性,羊乳中布氏杆菌的检测灵敏度可达到40CFU/mL乳汁。     

快速检测大肠杆菌O157的LAMP方法的建立与评价

利用DNA环介导恒温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP),以rfbE基因为靶序列,设计LAMP引物,建立LAMP反应体系与条件,进行灵敏度和特异性试验.结果显示,整个检测过程仅需1h即可通过肉眼直接目测试验结果.在灵敏度试验中,rfbE-LAMP对O157菌液和模拟阳性样品的最低检测限分别为1CFU/mL和1 CFU/g.在特异性试验中,以其他血清型大肠杆菌以及沙门杆菌基因组DNA为模板对rfbE基因进行检测,均没有发生非特异性扩增反应.试验建立的LAMP检测方法具有操作简单安全、检测灵敏度高、特异性高的特点,能够满足基层实验室、应急检测或现场监测等方面的使用需求.     

3种鼠源致病菌多重PCR检测方法的建立

本研究以沙门菌组氨酸转运操纵子hut基因、肺炎克雷伯菌外膜蛋白Pho E基因以及金黄色葡萄球菌耐热核酸酶nuc基因作为靶基因,建立了同时检测这3种致病菌的多重PCR方法,并对混有3种致病菌的盲肠内容物分别采用传统细菌分离培养法和PCR方法进行检测,同时对混有3种致病菌的粪便样品进行PCR检测。该方法能扩增出目的片段分别为495 bp、333 bp、279 bp。在优化条件下,多重PCR同时检测沙门菌、肺炎克雷伯菌及金黄色葡萄球菌的敏感度分别为1.23 pg、1.9 pg、1.185 ng DNA。分离培养法对沙门菌、肺炎克雷伯菌及金黄色葡萄球菌的最低检出限分别为1×10~2CFU、1×10~0CFU和1×10~2CFU。混合有3种致病菌的盲肠内容物和粪便,经增菌培养后,PCR法的最低检出量均为1×10~0CFU。本研究建立的多重PCR检测方法具有特异性及灵敏度高、操作简单、周期短的优点,适用于实验小鼠多种致病菌的快速检测和监控。     

Chelex-100法直接提取乳样中奶牛乳房炎主要致病菌DNA方法的建立

为建立一种直接从乳样中快速提取细菌DNA的方法,试验通过人工制备8个倍比稀释细菌的乳样,检测了Chelex-100法提取3种奶牛乳房炎主要致病菌(金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和无乳链球菌)DNA进行PCR扩增的敏感性,并与苯酚—氯仿法进行了比较分析。结果显示,以Chelex-100法提取乳样中细菌DNA进行PCR扩增具有较高的敏感性,所检测金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和无乳链球菌的最小浓度分别为10³、10²、10² CFU/mL;而使用苯酚—氯仿法提取乳样中各细菌DNA的PCR敏感性均为10⁴ CFU/mL。综上所述,Chelex-100法提取乳样细菌DNA的PCR敏感性可以满足临床检测奶牛乳房炎的需要,显现了简单快速、经济、无污染的优点,为从乳样中直接提取细菌DNA提供了新的思路,对PCR快速检测乳房炎致病菌具有重要意义。     

检测创伤弧菌两种毒力基因的环介导等温扩增检测方法的建立

为建立快速检测致病性创伤弧菌两种毒素的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法,分别以创伤弧菌溶血素A基因(hemolysin gene A,HA)和多重毒素(repeats in toxin,RTX)毒力基因的保守序列作为靶序列设计内、外引物。通过肉眼观察白色沉淀初步判断检测结果,通过琼脂糖电泳最终确定检测结果。LAMP检测创伤弧菌的两种基因的灵敏度都达到10 CFU/mL。特异性结果表明致病性创伤弧菌的结果为阳性,而其他几种常见弧菌和食源菌检测结果为阴性。在人工模拟样品检测中,LAMP结果显示,采用水煮法提取DNA,从样品处理到报告结果耗时1.5 h,鱼肉中创伤弧菌的检出限为1×10~2 CFU/g(RTX)和1×10~4 CFU/g(HA);采用同样方法提取DNA进行普通PCR,其检出限为1×10~3 CFU/g(RTX)和1×10~4 CFU/g(HA),耗时4 h。结果表明,本研究建立的LAMP方法检测创伤弧菌两种毒力基因时具有灵敏度高、特异性强、方法简便等优点,适用于食品和养殖业中的现场快速检测。     

水禽4种常见致病菌多重PCR方法的建立及应用

为建立一种能同时检测大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌的多重PCR方法,试验根据大肠杆菌phoA基因、鸭疫里默氏杆菌ompA基因、多杀性巴氏杆菌kmt 1基因、金黄色葡萄球菌FemB基因的保守区域设计4对特异性引物,通过优化退火温度和引物浓度建立多重PCR方法,检验该方法的特异性、敏感性性、重复性,应用该方法检测145份病死水禽临床样品,并与传统细菌分离鉴定方法进行比较。结果表明：优化后的最佳退火温度为52℃,引物浓度为10μmol/L。建立的多重PCR方法能特异性地扩增出靶基因,沙门氏菌、链球菌、产气荚膜梭菌等临床常见菌均未扩增出条带,对大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌4种细菌的检出下限是0.4 pg/mL,单一PCR扩增ompA、kmt 1、phoA和FemB基因的检出下限分别为4×10^-3,0.4,4×10^-3,4×10^-6 pg/mL。多重PCR方法对临床样品的检测结果与传统细菌分离鉴定方法的符合率均在90%以上。说明试验建立的多重PCR方法具有结果稳定、重复性高的特...     

多重PCR方法鉴定5类牛源致泻性大肠埃希菌

为建立鉴定5类牛源致泻性大肠埃希菌(DEC)多重PCR检测方法,对陕西关中奶牛场犊牛粪便中分离的大肠埃希菌进行检测。以EAEC(astA、aggR、pic)、EHEC(stx1、stx2)、EPEC(escV、bfpB)、EIEC(invE)和ETEC(lt、stp、sth)5类DEC中11种毒力基因为目标,uidA基因为阳性对照,建立两体系(体系Ⅰ和Ⅱ)多重PCR检测方法,通过改变引物浓度、退火温度等检测条件进行优化,并对其特异性和灵敏度进行检测。结果显示,体系Ⅰ检测EAEC、EHEC,体系Ⅱ检测EPEC、EIEC、ETEC,除astA引物浓度为0.5μmol/L,其余均为0.3～0.4μmol/L;退火温度以59℃最佳;ETEC的检测下限最低(1.09×10³ CFU/mL),其余依次为EHEC(1.27×10³ CFU/mL)、EIEC(2.43×10³ CFU/mL)、EPEC(5.71×10³ CFU/mL)、EAEC(7.98×10³ CFU/mL);经验证该方法只...     

一种金黄色葡萄球菌核酸检测方法的建立

通过对金黄色葡萄球菌的fem A基因设计两对特异性引物,运用环介导等温扩增技术(LAMP)扩增基因的特定区域,探索出一种金黄色葡萄球菌的快速检测方法。结果表明,该方法对金黄色葡萄球菌菌液检测的最低检出浓度为10~2～10~3CFU/Ml;使用不同浓度的金黄色葡萄球菌处理样品,不同样品LAMP方法检测结果与国标方法一致,两者符合率为100%。该方法中金黄色葡萄球菌的fem A基因特异性引物及建立的LAMP方法能有效检测食品中的金黄色葡萄球菌,操作简单、检测速度快、灵敏度高、特异性强,适用于不同层级的实验室及基层单位使用。     

肺炎克雷伯菌Ⅲ型菌毛PCR检测方法的建立

以肺炎克雷伯菌Ⅲ型菌毛主要结构亚单位基因为靶序列,设计合成了1对可扩增长609 bp目的片段的引物,建立检测肺炎克雷伯菌Ⅲ型菌毛结构基因的PcR方法.特异性试验表明,本室保存的表达Ⅲ型菌毛的鸡源肺炎克雷伯菌临床分离株Kpn7扩增出609 bp的特征性片段,而大肠埃希菌、副伤寒沙门菌、胸膜肺炎放线杆菌、猪链球菌和金黄色葡萄球菌扩增产物均未检出;敏感性试验表明,PER方法检测该菌基因组DNA的灵敏度为16.8 ng/L,检测该菌菌液的灵敏度为3.7× 102 CFU/mL.用此方法对10份临床疑似病例分离物进行检测,结果有5株阳性.表明此方法特异性和敏感性都很高,可用于临床Ⅲ型菌毛肺炎克雷伯菌病的辅助诊断和流行病学调查.     

基于胞内劳森菌16S rDNA基因的TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用

参考GenBank发表的胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis,L.intracellularis)基因组16SrDNA序列,设计1对特异性引物和1条TaqMan探针,以L.intracellularis疫苗核酸为模板,建立L.intracellularis TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。对该检测法制作了标准曲线,并进行了特异性、敏感性和重复性试验,并将其应用于猪增生性肠炎诊断。结果表明,所建立的TaqMan实时荧光定量方法特异性强,仅对含有L.intracellularis扩增出S型荧光曲线,而对大肠杆菌、沙门菌、金黄色葡萄球菌、副猪嗜血杆菌等均无扩增;该方法在1.2×102¹.2×108 copies/μL有良好的线性关系,相关系数为0.972;最低检测浓度为10copies/μL,重复性良好。对79份临床样品检测表明,该方法灵敏度高于普通PCR方法,可用于猪增生性肠炎的临床诊断。     

7种食源性致病菌GeXP多重PCR检测方法的建立及其应用

本研究旨在建立一种能够同时鉴别包括大肠杆菌O157：H7、沙门菌、空肠弯曲菌、单核细胞增生李斯特菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌和金黄色葡萄球菌7种常见食源性致病菌的GeXP多重PCR检测方法。根据这些致病菌在GenBank上公布的保守基因序列,设计合成了7对特异性GeXP引物。用单一或混合细菌样品的DNA模板优化反应条件,设置对照组,构建重组质粒,随机组合不同浓度的样品,验证所建立的GeXP方法的特异性、敏感性和准确性。最后用该方法检测120份临床样品,进一步验证所建立的GeXP检测方法的准确性和可靠性。结果显示,单一或混合模板的GeXP检测均能特异性出现相应清晰峰值,可在10³拷贝·μL^-1水平上同时特异地检测出7种细菌病原体,不同浓度模板混合时,本试验所建立的方法依然可检测出对应病原体。检测120份临床样品,GeXP多重PCR阳性率为2.50%（3/120）~15.83%（19/120）,普通PCR阳性率为2.50%（3/120）~15.00%（18/120）,GeXP多重PCR多检出8份阳性,表明GeXP方法更为敏感与准确。本研究建立的同时鉴别7种食源性致病菌的GeXP多重PCR检测方法,具有高通量、特异性强和敏感性高的特点,为食源性常见致病菌感染或混合感染提供了快速分子诊断方法。