有效微生物菌群(EM)对加州鲈池塘养殖水质和水体菌群结构的影响

为探究定期添加有效微生物菌群(EM)对大口黑鲈(Micropterus salmoides)池塘养殖水质和菌群结构的影响。本研究在Ⅰ期(4月10号)、Ⅱ期(5月10号)、Ⅲ期(6月10号)和Ⅳ期(7月10号)对实验组(EL)和对照组(L)进行监测,并通过水质理化指标、16S rRNA基因高通量测序技术分析了每个时期的水质和菌群结构。结果显示：相比于对照组,实验组池塘中在Ⅲ期亚硝酸氮含量显著降低了0.18 mg/L;实验期水体主要优势菌门为拟杆菌、变形菌、放线菌、蓝细菌等,其中拟杆菌为实验组在Ⅲ期和Ⅳ期的丰度最高菌,丰度分别为42.07%、38.52%,而对照组在Ⅲ期和Ⅳ期丰度最高菌为放线菌,丰度分别为71.83%、31.37%;蓝细菌在实验组的养殖前期丰度较大,但在后期(Ⅲ期和Ⅳ期)丰度小于1%,而对照组在整个采样期,蓝细菌丰度都大于1%;在Ⅲ期和Ⅳ期,实验组水体中分支杆菌属相对丰度极显著低于对照组。pd指数显示,实验组在Ⅰ期(4月份)多样性pd指数显著低于对照组,而在Ⅲ期(7月份)的多样性pd指数及其显著高于对照组。PCoA和聚类结果显示,在养殖实验后期(Ⅲ期和Ⅳ期)实验组相比较于对...     

EM(有益微生物菌群)调节蟹池水质的试验研究

本文针对目前河蟹池塘养殖过程中存在的养殖环境恶化，严重影响着河蟹品质和食用安全性的问题，探讨在河蟹养殖过程中采用EM(有益微生物菌群)，调节池塘水质的途径和方法。通过对比试验，测定了池塘水化学因子的变化情况，分析了变化的原因，为河蟹养殖过程中有效调节池塘水环境提供了理论依据。     

复合益生菌对草鱼养殖水体水质和菌群结构的影响

为研究草鱼养殖水体中添加复合益生菌水质调节剂对水体水质和菌群的调节作用,实验采用氮磷等指标监测水质,采用454焦磷酸盐测序方法分析菌群结构,结果显示,处理组的氨氮、亚硝酸盐氮和总氮浓度一直低于对照组,但差异不显著;处理组硝酸盐氮浓度低于对照组,且在18d下降了56.59％;处理组的总无机氮含量低于对照组,且在15d下降了28.75％.处理组正磷酸盐和总磷浓度略低于对照组,无显著差异.15 d水样的454焦磷酸盐测序结果与对照组相比,处理组菌群多样性更高,厚壁菌门和变形菌门分别减少了91.21％和21.75％,拟杆菌、放线菌和蓝细菌分别增加了288％、435％和848％.在变形菌门中,α-变形杆菌和β-变形杆菌分别比对照组提高了318％和18％,γ-变形杆菌比对照组降低了78.82％.研究表明,该复合益生菌具有一定水质调控功能,且能显著改变菌群结构.     

养殖花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群的多样性分析

为探究养殖花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群的结构特征,采用Illumina Hiseq2500高通量测序技术,对福建宁德三都澳网箱养殖花鲈的肠道内容物及肠壁菌群16S rDNA V3-V4区进行测序.肠道内容物和肠壁样品分别获得456和293个OTUs(operational taxonomi...     

基于16SrDNA比较研究混养三角帆蚌和鲢鳙对池塘养殖水体微生物群落结构的影响

为了研究混养三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)和鲢(Hypophthalmichthys molitrix)鳙(Aristichthys nobilis)对池塘养殖水体微生物群落结构的影响,分别在浙江海盐、江西九江、上海浦东开展了罗氏沼虾-三角帆蚌混养、草鱼—三角帆蚌混养、罗氏沼虾-三角帆蚌-鲢鳙鱼混养三组系列实验。利用DGGE技术对养殖水体的16S r DNA进行指纹图谱分析。三组实验共鉴定出57条不同条带,每组实验中混养三角帆蚌或鲢鳙实验组的平均条带数均高于单养水体水样平均条带数。Shannon多样性指数分析结果显示,各养殖水体混养三角帆蚌、鲢鳙后,多样性指数均有所增加。PCA分析和DGGE聚类结果显示,在无鲢鳙的情况下,蚌与主养物种(罗氏沼虾、草鱼)混养实验组的16S r DNA图谱聚为一类,显示出蚌对于微生物群落结构影响的贡献;在同时引入鲢鳙和蚌的情况下,16S r DNA指纹图谱则是按照有无鲢鳙聚为两类,提示在本实验中鲢鳙对于水体微生物的影响要大于蚌。对DGGE图谱其中20条显著条带进行回收、测序和系统发育分析,结果表明,所获序列主要分属于放线菌门(Actinobacteria,25%)、蓝藻门(Cyanobacteria,25%)、α-变形菌亚门(Alphaproteobacteria,15%)、β-变形菌亚门(Betaproteobacteria,15%)、γ-变形菌亚门(Gammaproteobacteria,10%)、ε-变形菌亚门(Epsilonproteobacteria,5%)、裸藻叶绿体(Euglenales,5%)。     

乳酸菌对牙鲆稚鱼养殖水体和肠道菌群的影响

在牙鲆稚鱼中投喂添加由单一鼠李糖乳杆菌P15制备的微生态制剂和黄霉素,在60d的投喂期内,采用平板计数法检测好氧性异养菌的总数、总弧菌数和乳酸菌的数量。结果表明,在投喂菌液和冻干菌粉后,养殖水体和牙鲆肠道的乳酸菌数均呈上升趋势,在30d后乳酸菌数量达到稳定并在肠道内定植。同时,由于乳酸菌的抑制作用,弧菌的数量下降,以肠道中的弧菌最明显。乳酸菌对养殖水体和牙鲆肠道的好氧性异养菌没任何影响。乳酸菌对养殖水体和肠道菌群的影响与抗生素具有相近的效果,表明乳酸菌作为饲料添加剂可以取代抗生素应用在牙鲆的养殖中。     

养殖模式对草鱼池塘底泥微生物群落结构影响的分析

为了解养殖模式对主养草鱼(Ctenopharyngodon idellus)池塘底泥微生物群落结构的影响,使用高通量测序方法分析了山塘、精养和鱼菜共生三种模式下草鱼池塘底泥微生物的结构特征.结果显示:(1)精养池塘水体CODMn、总氮(TN)和总磷(TP)[(35.67～108.34)mg/L、(3.40～7.93)m...     

糖蜜添加对凡纳滨对虾养殖水体菌群结构的影响

为探索糖蜜对凡纳滨对虾生长及其水体菌群的影响,实验利用16S rDNA扩增子高通量测序技术,比较了添加糖蜜调节水体碳氮比的处理组(C/N=16.0)与无添加的对照组(C/N=8.5)这2种模式下第4、13和34天时水体菌群结构差异,并通过PICRUSt2软件对菌群功能进行预测。结果显示,尽管糖蜜添加对凡纳滨对虾体长和体质量无显著影响,但可显著提高对虾存活率;第4天时水体菌群Shannon多样性与均匀度指数均显著上升,第13与34天时均显著下降。添加糖蜜后,处理组α-变形菌纲和放线菌门相对丰度均极显著高于对照组,蓝细菌门和γ-变形菌纲丰度则显著低于对照组,β-变形菌纲丰度在第4和34天时也显著低于对照组,拟杆菌门丰度在第4和13天时分别显著高于和低于对照组。科水平上,处理组第4、13和34天时微杆菌科相对丰度均显著高于对照组;第4天时红杆菌科和黄杆菌科丰度均极显著高于对照组,而德沃斯氏菌科、产碱菌科和列文氏菌科丰度均极显著低于对照组;第13天时海仙菌科和环杆菌科丰度均极显著低于对照组;脱醌菌科丰度在第34天时显著高于对照组。添加糖蜜后,处理组芽殖杆菌属和脱醌菌属等优势属的丰度显著高于对照...     

夏季仿刺参养殖池塘水体菌群地域性特征及其影响因素

2018年8月,在全年不投喂饲料及益生菌且面积约0.1 km2的泥质底质的辽宁长海、营口,河北乐亭和山东乳山典型岸基半开放仿刺参养殖池塘中,设置4个采样点,采集距水面和离池底各30 cm处水样,利用高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建4个地区典型仿刺参养殖池塘水体菌群16S rRNA基因测序文库,解析仿刺参养殖池塘...     

斑点叉尾肠道及其养殖环境菌群结构分析

为探究健康斑点叉尾(鱼回)肠道及其与养殖池塘水体中菌群结构的关系,采用16S rDNA高通量测序方法和生物信息学分析手段考察其肠道和养殖水体中微生物群落组成和多样性。多样性指数分析结果表明,斑点叉尾(鱼回)肠道菌群丰度和菌群多样性均较养殖水体低。斑点叉尾(鱼回)肠道中有69.57%的运算分类单元与水体中一致,水体中优势菌群主要为变形菌门、放线菌门和蓝藻门,而肠道中的优势菌群为拟杆菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,说明肠道和养殖水体中的优势微生物种群的组成和丰度无明显的相关性,肠道中菌群组成有一定的独立性,其优势菌群结构几乎不受养殖环境菌群的影响。PICRUSt预测细菌表型发现,斑点叉尾(鱼回)肠道中以厌氧菌和革兰氏阳性菌为主;从生物膜形成和致病潜力表型可知,肠道和水环境中均存在大量条件致病菌。试验结果表明,池塘养殖健康斑点叉尾(鱼回)肠道微生物中的优势益生菌主要为鲸杆菌属和拟杆菌属,平均相对丰度高达36.60%和15.82%。本试验将为斑点叉尾(鱼回)的健康养殖和益生菌的筛选提供理论依据。     

大口黑鲈生长激素促分泌素cDNA结构和早期发育阶段表达谱分析

研究采用RT-PCR、RACE和PCR技术从大口黑鲈胃组织中克隆得到ghrelin基因的cDNA。该基因全长434bp,其中开放阅读框(open reading frame,ORF)321bp,编码107个氨基酸的前肽,20个氨基酸的成熟肽位于第27位到第46位氨基酸处。前肽和成熟肽的氨基酸与已报导的舌齿鲈进行同源性分析,相似性分别为85%和90%。为进一步了解ghrelin基因在鱼体早期发育阶段的表达,本实验采用实时定量PCR(real-time PCR)方法检测了ghrelin基因在大口黑鲈胚胎和仔鱼发育过程的表达谱。结果显示,ghrelin基因在受精卵时期就有少量表达,但直到体节出现之前表达量均较低。出膜第4天ghrelin基因出现大量表达,第12天ghrelin基因表达量更显著增加,出膜第4天和第12天的表达量分别是受精卵时期表达量的206.77倍和531.20倍。出膜第4天正是大口黑鲈仔鱼开口觅食期,仔鱼消化系统初步发育成型,由完全利用卵黄囊营养转为从外界觅食阶段,到出膜第12天,仔鱼消化系统已发育完善,完全依靠外界营养提供能量,由ghrelin基因的表达量变化可推测其可能参与了鱼类早期发育阶段的摄...     

大口黑鲈北方亚种, 佛罗里达亚种及“优鲈3号”杂交F1子代生长性能及遗传多样性分析

文章以大口黑鲈 (Micropterus salmoides) 佛山群体和台湾群体为亲本,建立了佛山自交、台湾自交、正交子代 (佛山♀×台湾♂)、反交子代 (台湾♀×佛山♂) 4个试验群体,通过6个月的养殖试验,对其生长和形态差异进行了比较。结果显示,正反交子代的生长性能和体质量变异系数均高于2个亲代自交群体。形态分析结果表明,4个试验群体的形态差异主要集中于躯干的中部和尾部。前三主成分累计贡献率达92.9%,第一主成分贡献率为71.3%,主要反映躯体前、中部形态特征;第二主成分贡献率为16.6%,主要反映躯体后部特征。前二主成分因子得分散点图中4个群体重叠区域较小,可以完全区分。将可量性状和框架性状结合在一起所构建的逐步判定模型推测准确率最高 (86.7%~96.0%)。研究结果可为大口黑鲈佛山群体、台湾群体及其杂交子代的生长与形态鉴定提供基础数据。     

中华绒螯蟹高血糖激素基因的克隆和分子结构解析

为深入研究中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）高血糖激素（Crustacean Hyperglycemic Hormone, CHH）基因的结构与功能,我们首次从中华绒螯蟹眼柄中克隆得到高血糖激素基因的全长cDNA序列（Ers-CHH, GenBank 注册号：JX485664）。序列及分子结构分析结果显示：Ers-CHH基因全长585bp,ORF区为 453bp,编码150 个氨基酸,N端30个氨基酸为预测的信号肽区域,其后为42个氨基酸的前体相关肽和78 个氨基酸的成熟肽。其成熟肽区具有典型的CHH家族结构域,包括3个二硫键C7-C43、C23-C39 、C26-C52和4个α螺旋（alpha-helix）,但不具有β折叠结构（beta-sheet）。Ers-CHH成熟肽氨基酸序列与溪蟹（Ptychognathus pusillus）相比有92%的相似性;其三维结构与其它物种CHH三维结构比较结果显示,4个α螺旋所处的位置及所含氨基酸的相似性较高。与中华绒螯蟹MIH相比,CHH序列前段缺少一个螺旋,但其4个α螺旋的位置及氨基酸数目与MIH的α2-α5螺旋高度一致,空间结构也基本相同,这可能是两种激素功能部分重叠的分子基础。上述结果为进一步研究CHH在中华绒螯蟹生长发育及能量代谢过程中的调节机制和人工控制甲壳动物生长代谢提供了重要信息。     

不同碳水化合物水平对大口黑鲈鳃组织结构、抗氧化能力和免疫能力的影响

为了探究高碳水化物对大口黑鲈鳃组织结构的完整性、抗氧化能力和免疫能力的影响,设计3种不同碳水化物水平的等氮等脂饲料：7%(L组),12%(M组),17%(H组)。选取初始体重为4.0±0.2g的大口黑鲈360尾,饲喂8周。通过组织切片,抗氧化和免疫酶活的测定及mRNA的表达研究,结果表明：H组能够导致鳃小片基部细胞增生、融合,上皮细胞脱落;H组和M组的丙二醛(MDA)含量显著高于L组(P<0.05);鳃组织的超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(CAT)在H组和M组显著低于L组(P<0.05);H组和M组抗氧化酶(CAT,GPX,SOD1,SOD2,SOD3a,SOD3b) mRNA水平也要显著低于L组(P<0.05);H组和M组酸性磷酸酶(AKP),碱性磷酸酶(ACP)和溶菌酶(LZM)也要显著低于L组(P<0.05);H组和M组免疫相关基因(IL-1β,IL-10,IL-15,TNF-α和TGF-1β)和抗菌肽(hepcidin-1和hepcidin-2)mRNA水平显著低于L组mRNA水平(P<0.05);H组凋亡相关的基因(caspase-3,caspase-8,caspase-9)的mRNA水平显著高于L组和M组(P<0.05);H组的ocluding和claudin-7 mRNA水平显著低于L组和M组(P<0.05)。研究表明：在本实验条件下,饲喂高碳水化物饲料会损伤大口黑鲈鳃组织结构,降低抗氧化能力和免疫能力。     

育肥饲料中虾青素含量对雄性中华绒螯蟹肠道和鳃部可培养优势细菌数量和组成的影响

在育肥饲料中添加虾青素会影响中华绒螫蟹肠道及鳃内的可培养优势菌群以及机体的免疫力,本实验旨在探讨饲料中虾青素含量及养殖水体对其肠道和鳃部菌群的影响。采用不同虾青素含量的饲料(0.00、26.60、41.62、81.37和75.35 mg/kg,分别对应饲料1#~5#)对雄性中华绒螫蟹进行育肥70 d后,利用基础培养基和选择性培养基对其肠道、鳃及养殖水体中的细菌进行传统分离和纯化,所得菌株进行16S rRNA测序,再进行同源性分析后做系统进化树。结果发现,在分离获得的106株细菌(登录号:KU570293~KU570368,KU570370,KU570372~KU570383,KU601302~KU6013 16,KU720553)中,92株为优势菌株,其中,肠道、鳃部和水体各29、32和31株。肠道中的可培养优势细菌属于柠檬酸杆菌属、假单胞菌属和气单胞菌属;而鳃中可培养优势细菌属于柠檬酸杆菌属、芽孢杆菌属、假单胞菌属和气单胞菌属;养殖水体中可培养优势细菌属于芽孢杆菌属、气单胞菌属、柠檬酸杆菌属、假单胞菌属和黄杆菌属。饲料2#组肠道中可培养细菌总数最高(1.06×10~8cfu/g);饲料5#肠道中的潜在致病菌数量最低,但其可培养细菌总数显著高于其他饲料组;饲料3#组肠道和鳃中潜在致病菌数量相对较高。研究表明,饲料中添加不同含量的虾青素能够显著影响雄性中华绒螫蟹肠道和鳃中的菌群构成,但对水体中可培养细菌数量无显著影响。本研究首次对投喂不同含量虾青素饲料的育肥期雄性中华绒螫蟹肠道、鳃及养殖水体可培养的优势细菌数量和组成进行分析,探究了饲料中虾青素含量以及养殖水体与蟹肠道内可培养细菌之间的联系,为中华绒螫蟹营养免疫和菌群调控提供了理论基础。     

梭鲈、河鲈和加州鲈的肌肉营养成分分析

为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型,且与欧洲群体的HapA相同,在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型,而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型,中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异,属于Hap1/A的亚型,与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1~4种单倍型,斋桑湖(ZS)群体单倍型最多,而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1);塔什干(TS)群体的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(π)最高(H_d=0.514±0.069; π=0.000 79±0.000 11),其次是ZS群体,而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示,梭鲈群体间遗传变异占20.74%,群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_st=0.207 36<0.25),TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_st>0.25),中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大,而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示,来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支,而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。

     

中华绒螯蟹核糖体DNA全序列分析

核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS1(0.32%),18S(0.21%),5.8S(0%)。个体内差异分析结果表明,中华绒螯蟹个体内存在两类ITS2序列,其中一类在405nt处有一12bp(CGCAGGACCACC)插入序列。中华绒螯蟹rDNA的IGS部分长4240bp,AT含量为42.6%。IGS部分包含一个有约7个连续136～139bp单元组成的重复序列区,重复序列单元中存在XhoⅠ内切酶位点,为河蟹特有的重复序列;重复序列区后有一个由182个碱基对...     

中华绒螯蟹围食膜结构观察及其主要蛋白质种类的鉴定

为揭示中华绒螯蟹围食膜的分泌、形态和功能,实验采用组织切片技术和电镜技术观察了中华绒螯蟹消化道及围食膜的基本形态,采用几丁质酶溶解法和SDS-PAGE电泳法研究了围食膜的基本组成成分,采用液相色谱电离串联质谱(LC-ESI-MS/MS)分析了围食膜蛋白的种类。显微切片结果显示,中华绒螯蟹整个消化道表面都有围食膜存在,除中肠外围食膜区室化作用明显;围食膜与上皮细胞分离时,柱状细胞变成不规则圆形,核消失。电镜结果显示,围食膜形成时上皮细胞内含有大量线粒体和分泌泡;中肠上皮细胞表面密生微绒毛。围食膜能被几丁质酶溶解,围食膜蛋白质SDS-PAGE图谱显示有7条比较清晰的电泳条带,蛋白质分子量主要分布在40 ku以上。LC-ESI-MS/MS分析结果发现,中华绒螯蟹围食膜蛋白主要包括钠、钾-ATP酶、ATP合成酶、肌动蛋白、微管蛋白、硫氧还原蛋白、加氧酶等。研究表明,中华绒螯蟹的围食膜由上皮细胞分泌形成,可能参与免疫、渗透调节和营养物质转运等生理过程。     

池塘内循环流水养殖模式对大口黑鲈生长性能、抗氧化酶、消化酶及消化道组织结构和菌群的影响

为探究养殖过程中池塘内循环流水养殖模式(inner-pond raceway aquaculture,IPRA)对大口黑鲈生长性能、抗氧化酶、消化酶、消化道组织结构及菌落结构的影响.实验将池塘内循环流水养殖的4条水槽设置为流水组2条和对照组2条,进行为期153d的养殖实验,分别在养殖中期和末期测量大口黑鲈相关生长、生化...     

大口黑鲈ghrelin基因SNPs的筛选及与生长性状关联性分析

ghrelin是脊椎动物的一种脑肠肽,有促进摄食的功能,并能促进生长激素(GH)释放,参与能量平衡调控和糖类代谢。为探索ghrelin基因多态性与大口黑鲈生长性状的相关性,针对大口黑鲈ghrelin基因的启动子序列,实验采用直接测序法获得了2个SNPs位点:S1(A-642C)和S2(A-639C)。随机选取同批繁殖、同塘养殖的大口黑鲈采用Sna Pshot方法进行SNPs位点检测和分型。结果显示,实验群体在ghrelin基因2个SNPs位点上基本处于哈温平衡,S1和S2共组成5种双倍型(D1、D2、D3、D4和D5)。基因型与生长性状的相关性分析结果表明,S1位点AC型个体在体高与全长上显著高于CC型个体,S2位点AA型个体在头长上显著高于AC型个体。双倍型D1在体质量、全长和体高方面显著高于双倍型D3,在体质量、体宽和体高方面显著高于双倍型D4。本研究在大口黑鲈ghrelin基因启动子区域获得的与生长性状相关的SNPs标记,可为大口黑鲈分子标记辅助育种提供帮助。