我国部分地区鸡贫血病病毒全基因组核苷酸序列的比较与分析

本研究测定了3个鸡贫血病病毒（Chinken anemia virus,CAV）国内分离株及12个直接来源于临床样品的CAV毒株全基因组序列,结果表明15个CAV毒株的全基因组长度和结构与已报道的其它CAV毒株一致,长度均为2298nt,包含有3个重叠的ORFs。与GenBank发表的13个毒株序列进行序列比较发现,所有毒株核苷酸序列的相似性在95．2％～99．5％之间,CAV全基因组序列有2个高度变异区（HVR）,分别位于1033nt～1470nt和1858nt～2193nt。CAVORF3变异度最高,其5’端2／5处和3’端2／5～1／5处为2个高度变异区。ORF2变异度也较高,主要出现在5’端1／4处,ORFI最为保守。以CAV全基因组核苷酸序列和ORF3核苷酸序列为基础分别构建的CAV毒株分子进化树,均可以将全部CAV毒株划分为2个基因群。我国部分地区分离的大多数毒株,属基因Ⅰ群,与德国Cux-1等主要流行毒株有较为相近的亲缘关系;其它CAV国内毒株,属基因Ⅱ群,与日本G6株和TR20株有着更为相近的关系。     

鸡传染性贫血病毒广西株全基因组的克隆与序列分析

为了解鸡传染性贫血病毒(CIAV)广西分离株全基因变异情况,设计3对特异性引物,对CIAV广西分离株(GXC060821)的全基因进行PCR扩增、克隆和序列分析.结果显示,广西分离株的全基因为2 292个核苷酸,含有3个互相重叠的开放阅读框(ORF).序列分析表明,本CIAV分离株与国内外其他31个CIAV毒株比较核苷...     

3株鸡传染性贫血病毒的全基因组序列分析

通过对3株鸡传染性贫血病毒(CIAV)的全基因组序列比较分析,部分表明广西南宁鸡群CIAV毒株的遗传变异特征。将阳性CIAV的组织样品进行DNA抽提后,运用PCR方法分段扩增CIAV的全基因组,将获得的PCR产物进行基因克隆并进行阳性克隆菌鉴定后送测序。将所获得的基因序列进行拼接成CIAV基因组全长后,应用LaserGene7.1和MEGA4.1软件对CIAV全基因、Viral protein 3(VP3)、Viral protein 1(VP1)和Viral protein 2(VP2)基因序列进行核苷酸、氨基酸同源性分析和遗传进化分析;并对VP1、VP2和VP3蛋白上与毒力、蛋白磷酸酶活性和细胞凋亡相关的氨基酸位点进行分析。结果获得3株CIAV的全基因序列,分别命名为GX1801、GX1804和GX1810;CIAV全基因遗传进化分析表明GX1801、GX1804和GX1810均同属于Group A群,与国内强毒株GD-103和GD-104毒株的亲缘关系较近;基于VP1基因构建的遗传进化树与全基因构建的进化树最相似;GX1801、GX1804和GX1810 VP1蛋白上与毒力相关位点的第75、89、125、141、144、394位氨基酸位点与日本强毒株C368株、国内强毒株GD-103和GD-104株在同一位点保持一致;GX1801、GX1804和GX1810 VP2蛋白上与磷酸酶活性相关的基序(I^94CNCGQFRKH^103)均未发生变异;GX1801、GX1804和GX1810 VP3蛋白与诱导细胞凋亡相关的重要区域(VP3蛋白N端结构域的第1~69位氨基酸)均高度保守。本研究对3株CIAV全基因组进行测定并进行基因分析,获得了其基因组特征,为进一步研究广西CIAV的分子流行和致病性提供参考。     

鸡贫血病毒vp3基因克隆、序列分析和比较

克隆了从我国哈尔滨分离的一株鸡贫血病毒（CAV）的vp3基因，并对之进行了测序。该基因的开放读码枢由366bp组成，编码121个氨基酸，氨基酸组成具有已报道VP3的典型特点。本次克隆的基因与GenBank收录的CAV的vp3基因进行序列比较，同源性至少为98％。与国内报道的山东株SJ1的vp3基因有3个核苷酸的差异，表明国内的CAV毒株已经产生了一些分化。在EMBL中比较本次克隆的VP3蛋白一级结构，与之差异最大的是马来西亚分离株的VP3，有5个氨基酸残基不同，同源性为96％。同时收集EMBL中的CAV的VP3蛋白绘制进化树，我国哈尔滨分离的CAV毒株与CIA进化关系最近，而与Cux-1的2个衍生株QDWX1、QDWX3进化关系最远。这些结果进一步证明了CAV在遗传方面是较保守的病毒，来自哈尔滨的CAV不是CAV的一个独立分支。     

鸡传染性支气管炎病毒SD060311株和GD080122(肾型)株的全基因组序列分析

通过对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)分离株SD060311和GD080122(肾型)的基因组进行RT-PCR扩增和基因序列测定,结果表明其基因组大小分别为27 788 nt和27 407 nt,与已报道的IBV全基因组序列大小不完全一致,但基因组编码基因的顺序与已报道的IBV一致,均为5′cap-Replicase-S-3a-3b-3c-M-5a-5b-N-poly (A)3 ′.与已报道的IBV毒株和火鸡冠状病毒进行比较,绘制系统进化树,结果显示,SD060311和GD080122(肾型)分离株自成一支,与中国分离株BJ株和A2株的亲缘关系最近.本研究不仅丰富了冠状病毒的生物信息数据库,且为进一步研究IBV致病机理和变异机制等奠定了基础.     

马传染性贫血野毒辽宁株前病毒全基因组核苷酸序列测定

采取马传染性贫血病毒（ＥＩＡＶ）辽宁野毒株（Ｌ株）感染马的血液,分离白细胞。提取白细胞中的ＤＮＡ,并以此为模板,利用ＰＣＲ技术分四个片段扩增 ＥＩＡＶ前病毒 ＤＮＡ。将其分别克隆到载体质粒 ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ中,经酶切鉴定后测序。对测序结果分析、拼接,得到 ＥＩＡＶ　 Ｌ株前病毒基因组全序列。     

禽脑脊髓炎病毒内蒙分离株(AEV-NH937)基因组全序列分析

禽脑脊髓炎病毒（ avian encephalomyelitis virus, AEV）的大小、形态和浮力密度显示其属于小RNA病毒家族，小RNA病毒是小的单链RNA病毒。AEV可引起鸡、火鸡、鸭及鹌鹑等禽类的脑脊髓炎。AEV野毒株通常在肠道生长，而且在酸性条件下具有相当的稳定性，这一特性使其被划分为肠道病毒属的成员。然而，根据基因序列，它与甲肝病毒属的亲缘关系最近。AEV在家禽中的传播方式是口一粪途径，     

犬瘟热病毒SH202003株全基因组序列分析

为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus,CDV）遗传变异情况,本研究采用首尾重叠的11对特异性引物,对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增,将扩增片段进行反复测序,序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列,应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析,并构建系统进化树。结果显示,SH202003株基因组全长为15 690 bp,编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L）,H和L基因间隔序列为CUA,L和5'端尾随序列为CAA,与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高,达到98.6%和96.6%,与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%,氨基酸相似性只有82.7%~87.0%;全基因进化树中,SH202003株与流行野毒株在同一分支,与疫苗株在不同的分支;H基因同样与Hebei株亲缘关系最近,核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%,与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远;SH202003株处于Asia-1型分支,属于Asia-1型强毒株;SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点,与强毒株Hebei株一致。研究表明,上海株SH202003属于CDV强毒株,为Asia-1型,其H基因序列相对保守,具有9个潜在N-糖基化位点,但是全基因序列存在较多突变,与疫苗株的匹配度较差,可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。     

猪流行性腹泻病毒山西分离株全基因组序列分析

用RT-PCR扩增分离的一株PEDV CH-SXCH11-2015的全基因组序列,测序拼接后,进行了序列分析。CH-SXCH11-2015全长28 038bp比CV777长5bp,与BJ-2011-1同源性最高,为98.9%;与LZC、SM98同源性最低,为96.6%。S基因全长均为4 161bp,突变主要发生在S1区,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015核苷酸同源性与BJ-2011-1和CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.9%,与SM98同源性最低为93.6%,与CV777、CV777vaccine同源性分别为94.2%和93.8%。CH-SXCH11-2015S基因氨基酸同源性与CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.3%,与CV777vaccine、SQ2012同源性最低为91.8%,与CV777的同源性为92.9%。ORF3基因全长均为675bp,无核苷酸插入和缺失,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CH/HBQX/10核苷酸同源性最高,为99.3%,与CV777truncated核苷酸同源性最低,为90.6%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因推导的氨基酸与(CH/HBQX/10、CH/S、CH/SHH/06、CH/TJ-2012、CH/ZKXH/11、CPF299、GZGY-10、PFF188、PFF285)同源性最高,为98.7%;与CV777truncated毒株最低,为88%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CV777、attenuated DR13的核苷酸同源性分别为96.6%和97.6%,氨基酸同源性分别为95.1%和97.1%。遗传进化分析表明,CH-SXCH11-2015全基因组、S基因、ORF3基因与2010年以后我国分离的毒株亲缘关系较近,与CV777、2个疫苗株(attenuated DR13、CV777vaccine)的亲缘关系较远。     

鸡贫血病毒广州株VP3和VP1基因的克隆与序列分析

采用PCR方法成功克隆了3株鸡贫血病病毒(CAV)广州株VP3和VP1的部分基因,并进行了核苷酸序列测定。序列分析表明,3株CAV广州株与国内外其他21株CAV毒株的核苷酸序列相似性在89.5%~100.0%之间;推导氨基酸序列的相似性在84.8%~98.2%之间。系统发育进化树分析显示,3株CAV广州株和中国TJBD40、SD22、SD24株都同处于一个分支上,而与马来西亚的SMSC-1株、日本的G6株以及澳大利亚的CAU269/7株的亲缘关系较远。     

口蹄疫病毒OT株的全基因组序列测定及比较分析

参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒(FMDV)全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RT-PCR方法对口蹄疫病毒OT株进行分段克隆及序列测定.结果表明不含poly(C)序列的OT株基因组全序列长8 142 nt,开放读码框(ORF)长6 969 nt、编码2 322 aa,5'UTR长1 004 nt,3'UTR长93 nt,3'UTR之后为23nt的poly(A)尾巴.应用分子生物学软件将OT株与FMDV其它参考毒株进行序列比对,并对其基因特征进行分析.结果显示,OT株的假结节(Pseudoknots)从第415-499位连续缺失85 nt,但是其3A基因却未发生碱基的缺失.其VP1基因的核苷酸同源性与O/Akesu58、OMⅢ两株最高,但OT株在进化时间上要比O/Akesu58、OMIII早很多,其毒株起源和遗传衍化关系还需要进一步的关注.     

鸡传染性法氏囊病病毒基因组A片段cDNA序列分析

用鸡胚成纤维细胞繁殖鸡传染性法氏囊病病毒（IBDV）天水毒株。用提纯的病毒颗粒提取基因组RNA。根据已报道的英国52／70株的序列设计引物，用反转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）进行cDNA扩增，获得1558bp和1590bp两个部分重叠的片段。结果表明，所克隆片段为3099的IBDV大开放读框。经与已报道的多个毒株相应序列比较后发现，核苷酸同源性介于97.4%-99.8%之间，推导的氨基酸同源性介于98.1%-99.5%。     

古典猪瘟病毒全基因组序列研究进展

近50年来,分子生物学迅猛发展,极大地提高和加深了人们对动物传染病本质的认识。动物流行病学吸收分子生物学的研究成果,不断利用分子生物学的新理论、新技术和新方法,从分子或基因水平上,     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GZZJ201711株全基因组序列分析

为了解贵州省毕节地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)基因变异情况,于2017年从贵州毕节地区某疑似感染PRRSV猪群分离到1株PRRSV,将其命名为GZZJ201711毒株。采用RT-PCR分段扩增出PRRSV GZZJ201711株13个基因片段,分别连接到pMD19-T载体上进行测序,拼接后得到PRRSV GZZJ201711株全基因组长15 322 bp (去除polyA尾),包括5’UTR、ORFla-ORF7、3’UTR。序列分析表明,GZZJ201711株与欧洲型Lelystad virus(LV)株核苷酸同源性为60.3%,与美洲型毒株代表株ATCC VR-2332核苷酸同源性为89.2%,与HP-PRRSV(HUN4、JXA1、TJ)等毒株同源性在98.8%~98.9%之间。GZZJ201711株与高致病性毒株JXA1、HUN4、TJ属于同一小分支,其中与XJu-1、GDHY毒株遗传关系最近。GZZJ201711毒株的NSP2基因有30个氨基酸缺失,与JXA1、HUN4、TJ等HP-PRRSV毒株缺失位置一致。     

猪圆环病毒Ⅱ型全基因组的克隆和序列分析

根据Genbank已发表的猪圆环病毒Ⅱ型(PCV-2)全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了PCV-2全基因组的克隆和序列分析方法,并对甘肃省两个规模化养猪场采集的疑似PMWS病料进行了全基因克隆和序列分析,确定了PCV-2毒株基因序列的变异情况。结果表明,PCV-2核苷酸序列稳定,1株标准株与2株分离株全基因序列均由1 768 bp组成,彼此间序列的同源性达94.0%~99.8%,2个分离株之间同源性达94.2%~99.8%;分离株与标准株和Genbank已发表的23株PCV-2毒株参考毒株同源性达92.6%~100%。     

鸡传染性支气管炎病毒T株核衣壳蛋白基因(N)的克隆及序列测定

根据IBV病毒已报道基因序列设计了一对用于扩增鸡传染性支气管炎病毒T株核衣壳蛋白基因（N）的引物，经RT－PCR得到了预期大小的扩增产物；将目的的条带纯伦并回收以后，克隆到pMD18－T质粒载体中，对插入片段进行序列测定，并与已发表的IBVN基因序列进行了比较和分析，表明具有高度相似性。证明我们克隆了IBVT株的N基因。     

猪圆环病毒2型贵州株全基因组的克隆与序列分析

应用PCR方法对采自贵州长顺、清镇和仁怀地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征的病料进行了猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组扩增、克隆和测序分析。结果表明:所扩增克隆的3株PCV2中,GZ-QZ1(JQ809463)和GZ-RH1(JQ809464)2个PCV2毒株基因组全长为1 767 bp,GZ-CS1(JQ809462)株为1 768 bp;3株PCV2之间的核苷酸序列相似性介于94.5%⁹9.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%⁹9.9%;全基因组序列比对分析表明,GZ-QZ1和GZ-RH1两个毒株属于PCV2b,GZ-CS1株属于PCV2a。对3株病毒编码Cap蛋白的ORF2基因分析发现,GZ-QZ1和GZ-RH1毒株与GZ-CS1毒株相比在696位缺失了一个碱基A,导致移码突变,使得末端氨基酸序列变由L K P变为L N P R。     

猪圆环病毒2型山西株全基因组序列分析

为了解山西省猪圆环病毒2型（PCV2）的遗传变异情况,本试验采用PCR方法对山西省分离的4株猪圆环病毒流行株（SXXZ1株、SXXZ2株、SXTY株和SXJZ株）的全基因组进行了扩增、克隆和测序,并将其全基因组序列与国内外34株主要流行毒株进行核苷酸同源性与系统进化树分析。结果显示,4株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJZ株为1 768 bp,其余均为1 767 bp,分别占25%和75%。4株毒株核苷酸同源性为95.9%~100.0%,与国内外34株参考株同源性为94.5%~99.9%,与国产疫苗株同源性为95.6%~99.8%;PCV2全基因组序列进化分析表明,本研究分离的SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株属于PCV-2b基因型,SXJZ株属于PCV-2e基因型,其中SXXZ1株和SXXZ2株与广东QY株的进化关系最近,SXTY与奥地利AUT5株的进化关系最近,SXJZ与福建FJ株的进化关系最近;而SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株与山西PCV2疫苗DBN-SX07-2株的进化关系较近,SXJZ株与国内PCV2疫苗LG株的进化关系较近。从而证实在山西省流行的PCV2毒株以PCV-2b为主,同时还分离出了PCV-2e亚型,表明山西省存在PCV-2e亚型毒株。本试验结果为山西省PCV2的分子流行病学、遗传变异及防控奠定了基础。     

2020-2021年山东省部分地区鸭圆环病毒全基因组遗传进化及特征分析

为了解山东地区鸭圆环病毒(DuCV)流行状况及基因组特征,对山东济宁、潍坊等地区的病鸭病料进行DuCV检测及鉴定,DuCV阳性样品进行全基因组扩增,并进行遗传进化和基因组特征分析.结果 显示:成功获得了14株DuCV的全基因组序列,全长为1993～1995 bp,遗传进化显示这些毒株与德国株AY22855处同一进化分支...