基于ISSR-PCR技术的浙贝母种质遗传分析

基于ISSR分子标记,以川贝母、安徽贝母等近缘药用种为对照,对主产地浙江磐安产浙贝、浙贝变种东贝和2个浙贝品种(多籽浙贝,大叶浙贝)的不同群体,以及其他栽培浙贝群体进行遗传多样性及遗传结构研究;分析东贝、大叶浙贝、多籽浙贝与浙贝原种间的关系.结果表明:1)磐安浙贝群体的遗传多样性水平(Ao=1.03～1.16,Ae=1.03～1.10,He=0.01～0.06,Ho=0.02～0.09,PPB=3.45%～15.86%)整体低于其他栽培浙贝群体,且在Neis遗传距离UPGMA聚类图上与非磐安产浙贝有分化,独立形成一支;2)从DNA分子水平证实了东贝的浙贝母变种地位,推测可能是由于其具有较高的商品价值而被人们从浙贝中选育获得;3)大叶浙贝与浙贝在遗传上相近,而多籽浙贝与浙贝在分子水平上有较大的不同,推测多籽浙贝可能是一个人工杂交产物.     

刺楸种质资源遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP标记对来自山东徂徕山、泰山、崂山、蒙山的71份刺楸种质进行遗传多样性分析.结果表明:12对引物共扩增出110条带,其中102条显示多态性,多态位点百分率(PPL)为92.73%;71份刺楸种质的遗传相似系数(GS)0.573~0.975,平均0.822,说明各种质间具有较高的遗传变异;种群间遗传分化系数(GST)为0.136 0,表明有13.6%的变异存在于种群间,86.4%的变异存在于种群内,种群内的遗传分化显著大于种群间的遗传分化.UPGMA聚类表明71份种质在相似系数为0.71时可以聚为3类,总体上来源相同的种质优先聚类,但也存在交叉聚类.     

云南地方稻核心种质利用研究Ⅰ.农艺性状的表现及遗传多样性

核心种质如何创新和有效利用是目前植物遗传资源研究的主要内容,为此,以云南地方稻(Oryza sativa L.)种资源核心种质519份和497个F1杂交组合为研究材料,研究了籼(Indica)、粳(Japonica)2个亚种间、5个稻作生态区和16个行政地区的遗传多样性和遗传分化分布趁势.研究结果表明,云南稻种资源遗传多样性大,稻区间遗传多样性差异不明显,地区间遗传多样性差异较明显,遗传多样性中心在滇西南(西双版纳、思茅、临沧、德宏),遗传多样性的形成与生态环境息息相关,粳稻表型遗传多样性大于籼稻.核心种质中籼稻与滇屯502的杂种一代总的遗传多样性和遗传分化均增加;粳稻与合系35的杂种一代总的遗传多样性降低,但亲本与F1的遗传多样性的差异不显著,遗传分化增加.应加强对遗传多样性中心的遗传资源进行深入研究,以便使这些宝贵资源在遗传改良中发挥其应有的作用.     

杭白芷种质资源遗传多样性的SSR分析

[目的]分析杭白芷种质资源的遗传多样性,为其可持续利用及品种选育研究提供理论依据.[方法]从已发表的18对白芷同属植物当归(Angelica sinensis)SSR引物中,筛选出6对具有较高多态性的引物,对3个杭白芷种群[KZ (昆明)、NZ(南京)和XY(咸阳)]的53份种质材料进行PCR扩增,根据其基因型数据,分别采用Genepop 4.0、GenALEx 6.4.1和Structure 2.2进行遗传多样性、遗传差异及聚类分析.[结果]6个SSR位点共扩增出37.0个等位基因,平均每个位点的等位基因数(Na)6.2个、有效等位基因数(Ne)1.798个,Shanon信息指数(I)1.802,观测杂合度(Ho)0.245,期望杂合度(He)0.304,基因流(Nm)为1.340.3个种群的遗传多样性存在一定差异,其中KZ种群遗传多样性最高(Na 3.8个,Ho 0.481,He 0.508).3个杭白芷种群可聚类分成两组,KZ种群独成一组,NZ种群和XY种群聚为一组,表明XY种群与NZ种群亲缘关系较近.XY种群与NZ种群间的遗传分化指数(FST)较低(0.208),表明二者遗传分化程度较低,遗传差异较小;KZ种群与NZ种群和XY种群间的FST均较高(0.510和0.506),表明KZ种群与NZ种群和XY种群遗传分化程度较高,遗传差异较大.[结论]同属不同种的SSR引物具有一定通用性.不同来源地的杭白芷种群间存在一定程度的遗传分化,但总体遗传多样性较低,应加大力度寻找其近缘野生资源,保障白芷种质资源的可持续利用.     

道地产区金银花的ISSR遗传多样性分析

【目的】对三大道地产区的金银花品种进行遗传多样性分析,为道地产区种质资源利用与开发提供理论依据。【方法】应用ISSR分子标记技术对27个金银花原植物种质资源进行遗传多态性、相似性和聚类分析。【结果】筛选出16个多态性引物,获得344条带,多态性比率为88.4%;遗传相似系数在0.50⁰.90之间;聚类分析表明,27个品种被分为2个类群。【结论】ISSR标记可以应用于金银花样品间遗传多样性分析;道地产区的金银花种内不同地域或不同植物来源的材料间存在较大遗传差异。     

贵州茶树地方品种的EST-SSR遗传多样性分析

利用29个EST-SSR标记对贵州有代表性的25份地方茶树群体种和3份育成品种遗传多样性、亲缘关系和遗传分化进行了分析。结果表明,29对引物共检测到等位位点104个,平均等位基因3.58个,平均有效等位基因为2.85个,平均观测杂合度为0.56,平均期望杂合度为0.66,平均多态性信息含量为0.58,黔南地区茶树资源遗传多样性的上述5个参数均大于黔北地区。F-统计量分析表明两个地区种群内近交系数、种群间近交系数、种群遗传分化和基因流分别为0.04,0.12,0.08,3.01。群体遗传结构显示,28份资源间的相似系数范围为0.39～0.89,可划分为4个类群,分别由4,5,8,11份资源组成。表明贵州地方茶树品种资源具有丰富的遗传多样性,资源间的遗传差异较大;聚类结果较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息;黔南地区茶树资源遗传多样性程度高于黔北地区,两地区遗传分化较高,基因交流频率较低。     

冬性白菜型油菜的遗传多样性分析

利用15对SSR引物,对51份冬性白菜型油菜种质资源进行了遗传多样性分析.共检测到96条多态性条带,多态性比率为100%;平均每对引物检测到6.4个等位变异,PIC变幅为0.5834~0.8740,平均为0.7794.51份种质资源间遗传相似系数0.500~0.969.聚类分析表明,在相似系数0.63处,51份种质资源被分为2个类群,第一类包含33个品种(系),第二类包含18个品种(系).每个类群又可以分为多个不同的亚簇.来源于甘肃省内的材料间表现出较大的遗传差异,说明甘肃省冬性白菜型油菜具有非常丰富的遗传多样性,这种来源于特殊地域的种质能够为白菜型油菜的育种提供优良基因资源.     

基于2b-RAD技术分析白化茶树品种（系）遗传多样性

为揭示白化茶树品种（系）的遗传多样性,利用简化基因组测序技术（2b-restriction site-associated DNA,2b-RAD）对23份茶树种质（20份白化,3份常绿对照）进行测序,分析其遗传多样性、亲缘关系和群体结构。结果表明,共获得576 193 750条高质量测序数据和56 498个高质量SNPs。系统发育树和主成分分析表明,23份种质可分为3个类群,类群Ⅰ为1份来自贵州的大叶种,类群Ⅱ包含来自贵州的地方种质6份,类群Ⅲ包含来自浙江的14份种质和来自安徽、福建的2份种质。基于系统发育树,3个类群的遗传多样性参数均表现为：类群Ⅰ>类群Ⅱ>类群Ⅲ,类群Ⅰ和类群Ⅱ、类群Ⅲ之间分别呈现中、高度的遗传分化水平。综上所述,白化茶树品种（系）存在中、高度的遗传分化,不同地理来源的种质间遗传分化更大,为白化茶树种质鉴定、资源利用和育种等提供了理论依据。     

基于AFLP的垂乳银杏种质遗传多样性分析

采用AFLP分子标记技术对14份垂乳银杏种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明,8对引物在14份垂乳银杏种质扩增后检测出935条谱带,有920条多态带,多态带比例为98.40％,表明所试垂乳银杏材料具有丰富的多样性;遗传相似系数为0.4404～0.7299,平均值为0.4752,说明各种质之间有一定的遗传分化;聚类分析和主坐标分析将垂乳银杏分成5类,来源相同的种质并没有严格的聚在一起,表明垂乳银杏的变异与地理来源无严格的相关性。     

不同小麦品种叶锈菌的遗传多样性分析

为了快速检测小麦叶锈菌遗传多样性与寄主品种的关系,利用叶锈菌17对EST-SSR引物对2015年从河南周口2块小麦苗圃不同品种叶片上直接收集的63份小麦叶锈菌材料(周口南地块27份,周口西地块36份)进行分子多态性及分子小种类型分析。聚类结果显示,63个小麦叶锈菌株间遗传相似系数为0. 70~1. 00。2块苗圃小麦叶锈菌群体间遗传距离为0. 021 5,遗传相似系数为0. 978 7,表明2个地块间小麦叶锈菌群体遗传相似性高。2个地块小麦叶锈菌遗传多样性(Ht)为0. 22,群体内遗传多样性(Hs)为0. 21,群体间遗传多样性(Dst)仅为0. 01,遗传分化系数(Gst)较低,为0. 05,表明2块苗圃间小麦叶锈菌群体遗传多样性较低,群体内多样性较群体间多样性更丰富。群体内遗传变异占总变异的94. 44%,群体间遗传变异占总变异的5. 56%,表明遗传分化在2块苗圃群体间和群体内都存在,但叶锈菌遗传变异主要来源于群体内变异。小麦叶锈菌遗传多样性与寄主品种有一定关系,小麦品种亲本来源相同,其上叶锈菌小种类型较为一致,遗传相似性高,亲缘关系近,遗传多样性低。     

砂梨种质资源花粉量及花粉萌发率的遗传多样性分析

为明确砂梨种质资源花粉的遗传多样性,离体条件下对455份砂梨种质资源的花粉量及花粉萌发率进行检测和分析。结果表明:砂梨不同种质资源的花粉量和花粉萌发率有较大差异,单个花药花粉量变幅为0~41 875粒,花粉萌发率变幅为0~96.11%。砂梨花粉特性的平均变异系数为66.37,平均遗传多样性指数为1.95。不同砂梨种质资源的平均变异系数为国内选育品种(67.12)地方品种(64.58)国外引进(61.08),平均遗传多样性指数为地方品种(1.95)国内选育品种(1.89)国外引进品种(1.81)。不同省(区)地方品种的平均变异系数变幅为53.51~95.90,以广西壮族自治区较高,福建省最低;平均遗传多样性指数在1.55~1.88之间,以湖北省较高,江西省最低。     

西双版纳地区糯玉米品种四路糯、小黄糯的遗传多样性分析

【目的】研究西双版纳地区四路糯、小黄糯的遗传多样性和遗传结构。【方法】利用SSR标记，对来自西双版纳地区不同来源的四路糯、小黄糯3个地方糯玉米品种7个亚居群及1个地方爆裂玉米和1个薏苡居群进行遗传多样性分析，并以黄早四和Mo17为对照，进行聚类分析。【结果】（1）用21对玉米核心SSR引物，在7个糯玉米亚居群中总共扩增出201个等位基因，平均多态信息量PIC值为0.82，标记索引系数MI值7.92，Shannon多样性指数I为0.4094。(2) 品种内的遗传分化系数在0.0968～0.2216之间，品种间的遗传分化系数为0.3409。 (3) 遗传相似度和聚类分析的结果表明：7个糯玉米亚居群被划分为3组；与地方爆裂玉米及2个自交系的亲缘关系较远。【结论】四路糯和小黄糯均具有丰富的遗传多样性；不同品种间具有较大的遗传分化；品种内居群间也存在一定程度的遗传分化。     

SSR分子标记分析彩色马铃薯品种间的遗传关系

利用SSR分子标记对来源不同的30份彩色马铃薯种质材料进行遗传多样性研究.结果表明,41个SSR引物扩增30个供试品种得到152条带,其中128个为多态性带,平均每个引物扩增3.12个多态性条带,其中包括一些品种特异性的SSR位点.UPGMA法进行聚类分析,在简单遗传相似系数SM=0.65处可将供试材料分成两大类群:类群Ⅰ为来自北美和欧洲的彩色马铃薯品种,在SM=0.72处可分为紫色马铃薯亚群,红色马铃薯亚群和白色马铃薯亚群;类群Ⅱ主要是不同来源的彩色马铃薯种质资源,包括二倍体原始栽培种,二倍体野生种和四倍体栽培种安弟斯亚种资源.聚类遗传关系表明类群Ⅰ和类群Ⅱ遗传关系较远,性状差异较大,可以作为极好的遗传资源进行杂交育种,扩展和丰富彩色马铃薯种质遗传背景     

甘蓝型油菜一个代表性核心种质的遴选

【目的】分析甘蓝型油菜的遗传多样性,遴选核心种质。【方法】将来自欧洲、亚洲、加拿大、澳大利亚和中国几个不同地区的甘蓝型油菜500余份,按照其品质特点、地理位置、生长习性分组并按比例取样,建立由87个品种组成的预选核心种质。采用EST-STS标记和SSR标记对其进行分析,剔除遗传冗余,选出代表该500余份资源的核心种质并进行分子标记多样性评价和表型特征分析。【结果】在相同的选择背景下,EST-STS和SSR 标记的多态性检出率相仿（39%～40%）,每对EST引物与SSR引物产生的多态性条带相近。聚类分析在遗传相似系数0.65处把87个品种分成中国和国外油菜两个类群,进一步在约0.70处类群Ⅰ和类群Ⅱ又分别产生中国“双低”、中国“双高”以及欧洲冬油菜和欧洲春油菜各两个亚组。根据遗传多样性分析,剔除遗传相似系数大于或等于0.85的遗传冗余,获得78个品种的核心种质。【结论】EST-STS是一种经济、有效具有功能信息的分子标记,功效与普通SSR标记相仿;遗传多样性和聚类分析结果为甘蓝型油菜4个组的划分提供了依据;78个品种组成的核心种质保留了预选核心种质的遗传多样性和结构,可作为本研究中500余份品种资源的核心种质加以利用和保存。     

太湖流域水稻地方种的稻米品质RVA谱多样性

对494份太湖地区晚粳稻、糯稻、早籼稻地方种材料的稻米品质RVA谱特征进行测定与分析,结果表明:这些种质资源的稻米品质RVA谱曲线特征分化明显,种质问RVA特征值均有极显著差异,呈现出从籼性到糯性连续变化的特征,形成不同的特征类群.大多数种质(51.9%)的RVA谱的消减值在300～1 000 cp,属于典型的粳稻品种;少量种质(1.4%)具有糯性淀粉RVA谱特征;一些种质(9.8%)表现出为典型的籼稻淀粉RVA谱特征;部分种质(38.0%)具有优质的RVA谱特征,即消减值为负值,表明种质的淀粉性质存在明显的差异.各特征值的表型遗传多样性指数均大于1,其中崩解值的遗传多样性指数达2.04.RVA谱各特征值问显著相关,并可用崩解值、消减值2个指标来简化定量描述稻米RVA谱的特征.     

红掌种质资源表型性状的遗传多样性研究

[目的]研究红掌种质资源的遗传多样性,为红掌的种质创新和杂交育种提供依据。[方法]利用形态学标记对46个红掌种质资源的36个形态学性状进行研究。[结果]46个红掌品种的遗传多样性丰富,遗传变异系数为0.24~0.36,遗传多样性指数为0.343 8~2.111 9。其中,佛焰苞长的变异系数最大,为0.36;佛焰苞颜色遗传多样性指数最大,为2.111 9。UPGMA聚类分析表明,这46个红掌品种可划分为4大类,包括3个较小的类群和1个较大的类群。[结论]该研究中应用的一些形态学标记对于红掌品种鉴定、遗传多样性分析和杂交育种具有重要的应用价值。     

利用ISSR标记分析烟草种质的遗传多样性

 【目的】分析烟草种质的遗传多样性水平，揭示不同烟草类型间的遗传关系，为充分发掘、利用种质提供依据。【方法】对包括不同烟草类型的119份种质进行了ISSR分析，估算其遗传相似系数，利用UPGMA法作聚类图。【结果】利用21个ISSR引物共扩增出672条带，全部为多态性带，其中116条为普通烟草特有带。普通烟草种质间的遗传相似系数变化范围为0.779～0.945，其中烤烟种质间遗传相似系数变化范围在0.812～0.933之间；不同烟草类型基本可聚为相应的亚类或小类，引进烤烟品种与国内品种并未聚为各自类别。普通烟草与其它烟草种间遗传相似系数较小；普通烟草与其假定祖先种N.sylvestris聚为一类，同为碧冬烟草亚属花烟草组的N.longiflora和N.plumbaginifolia聚为一类，聚类结果与种间遗传分化吻合。【结论】中国现有烤烟种质遗传多样性水平较低；为拓宽烤烟育成品种的遗传基础，应充分发掘野生烟草的遗传潜力。     

云南地方稻核心种质利用研究 Ⅰ．农艺性状的表现及遗传多样性

核心种质如何创新和有效利用是目前植物遗传资源研究的主要内容，为此，以云南地方稻（Oryzasativa L．）种资源核心种质519份和497个F1杂交组合为研究材料，研究了籼（Indica）、粳（Japonica）2个亚种间、5个稻作生态区和16个行政地区的遗传多样性和遗传分化分布趁势。研究结果表明，云南稻种资源遗传多样性大，稻区间遗传多样性差异不明显，地区间遗传多样性差异较明显，遗传多样性中心在滇西南（西双版纳、思茅、临沧、德宏），遗传多样性的形成与生态环境息息相关，粳稻表型遗传多样性大于籼稻。核心种质中籼稻与滇屯502的杂种一代总的遗传多样性和遗传分化均增加；粳稻与合系35的杂种一代总的遗传多样性降低，但亲本与F1的遗传多样性的差异不显著，遗传分化增加。应加强对遗传多样性中心的遗传资源进行深入研究，以便使这些宝贵资源在遗传改良中发挥其应有的作用。     

新疆大麦种质资源农艺性状和醇溶蛋白遗传多样性分析

为给新疆大麦种质资源的开发利用和今后新疆大麦高产优质新品种的选育提供依据,根据大麦的8个农艺性状表现,采用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE) 对国内外50份大麦种质资源的农艺性状和醇溶蛋白的遗传多样性进行了分析评价.结果表明,供试大麦品种农艺性状的变异系数(CV;)取值范围在9.15;～41.68;,平均23.96;.多样性指数(H)介于1.400～2.039,平均1.810.各农艺性状的遗传多样性指数都较大,具有丰富的遗传多样性;对供试材料的农艺性状进行聚类分析,50份大麦材料在遗传距离(GD)3.28时可被聚为5大类.利用A-PAGE对50个供试大麦品种进行检测,共分离出21种相对迁移率不同的醇溶蛋白谱带,即参试品种具有21个醇溶蛋白等位变异位点.平均每个品种分离出0.42条多态性谱带,表明这些品种具有丰富的遗传变异;对供试材料的醇溶蛋白电泳结果进行聚类分析,50份大麦材料在遗传距离(GD)0.44处聚为6个大类.     

中粳水稻品种资源遗传多样性Ⅲ. 不同时期育成品种SSR多样性的比较分析

利用 42个SSR标记对我国中粳水稻稻区不同时期育成的137份品种进行遗传多样性分析,33个标记具有多态性,在多态性位点共检测到107个等位基因,每个引物上的等位基因数为 2～7个,平均3.2个。供试品种Nei多样性指数平均值为0.290,变异范围为0.162～0.419。供试品种在籼粳分化程度上差异明显,TDj值平均为0.7787,变幅为0.3620～0.9445,多数品种的籼粳分化较为彻底,地方品种和早期育成品种存在粳型倾籼类型。利用SSR分子标记进行UPGMA聚类分析,可将130个典型粳型品种、3个籼稻对照品种和7个粳型倾籼型品种明显分开,与形态分类的结果相一致,130个粳稻品种可分为多个类群。Nei基因多样性指数He,TDj值、SSR多样性变化趋势表明,我国中粳水稻稻区不同时期育成的品种遗传多样性呈下降趋势,因此,水稻育种中应发掘新的种质资源,拓宽品种的遗传多样性。