16个枸杞品种(系)S-RNase基因型鉴定及序列分析

【目的】以16个枸杞品种(系)为试材,进行S-RNase基因型鉴定。【方法】利用茄科S基因高度保守区序列设计兼并引物,进行PCR扩增,片段回收、克隆及同源性检索和序列分析,同时,通过田间授粉测定自交亲和指数进行验证。【结果】11个品种(系)为自交不亲和材料,5个为自交亲和材料。共克隆9个S-RNase等位基因,分别为S-BARB2、S-BARB3、S-BARB6、S-BARB8、SBARB9、S-CHIN3、S-CHIN6,并发现2个新的S等位基因,分别命名为S-BARB6n,S-PUMI5un。所克隆获得的9个枸杞S-RNase等位基因均包含了C2、C3、C4保守区,和2个高变异区(Hva和HVb)。【结论】枸杞属植物存在S-RNase等位基因,其基因序列与茄科植物具有一定相似性,枸杞S-RNase基因是控制枸杞自交不亲和性的关键基因。     

雪花梨S16-RNase基因全长cDNA克隆及序列分析（英文）

    通过逆转录PCR(RT-PCR及快速扩增cDNA末端(RACE)技术从中国白梨品种'雪花'梨中克隆到S16-RNase基因的全长cDNA序列(GenBank接受号为DQ991388)该cDNA克隆总长1101 bp,包含1个完整的开放阅读框,编码228个氨基酸S16-RNase表现出梨S-RNase基因的基本结构特征,即其具有5个保守区(C1,C2,C3,RC4及C5)和1个高变区在推导氨基酸水平上,S16-RNase与梨其他S-RNase基因的相似性为63%至74%,但与苹果S9-RNase的相似性高达95%通过多序列比对构建进化树,分析梨S16-RNase与蔷薇科植物其他S-RNase基因的遗传进化关系结果表明,S16-RNase与苹果亚科S-RNase基因形成一个亚科特异而非种特异的S-RNase基因类群;且不同S-RNase基因间存在属内种间遗传距离远于属间种问遗传距离现象     

中国砂梨7个自交不亲和新基因的分离与测序

S-RNase是配子体自交不亲和植物雌蕊的基因产物，它降解具有相同基因型的花粉mRNA或rRNA．导致植物的自交不亲和．借鉴日本梨S—RNase基因的分析方法．对中国砂梨5个品种的基因组DNA进行PCR—RFLP系统检测和DNA序列分析，从中发现了7个新的S—RNase等位基因，分别命名为S11-RNase、S12-RNase、S13-RNase、S14-RNase、S-15RNase、S16-RNase和S25-RNase基因，其部分序列已登录到GenBank．     

新疆地方梨品种S基因型的鉴定

【目的】鉴定与研究9个新疆地方梨品种S基因型,为库尔勒香梨授粉品种的筛选及其遗传改良提供理论依据。【方法】设计特异性引物对9 个新疆地方梨品种的基因组DNA 进行PCR扩增,片段回收、克隆、测序,使用生物信息学软件对各序列进行分析。【结果】褐色句句梨、轮台句句梨、霍城冬黄梨、八月梨、库尔勒黄酸梨、句句梨、奎克阿木特1号等7个品种的S基因型分别是:S28S4、S28S4、S28S1、S28S4、S22S35、S28S4、S36S34S22;可特阿木特和棋盘梨各鉴定出一条基因,S基因型分别是 S8Sx和 S28Sx。【结论】确定了7个新疆地方梨品种S基因型,可特阿木特和棋盘梨中各有 1条 S 基因没有被鉴别出。丰富了我国梨资源的S基因型信息,为库尔勒香梨的丰产栽培和遗传改良提供了依据。     

中国白梨S基因研究——I 7个品种S基因型的确定和2个新S基因的鉴定

梨S基因型的确定对授粉品种的选择具有指导作用．采用PCR—RFLP检测、DNA序列分析和田间杂交试验，鉴定了两个新S-RNase基因．分别为S17-RNase和S21-RNase．同时确定了7个白梨品种的S基因型．S17-RNase和S22—RNase基因的内含子大小分别为142bp和139bp．HV区长度分别为16个和15个氨基酸．信号肽-P2的推导氨基酸长度分别为99个和98个氨基酸．信号肽大小均为27个氨基酸．C1大小均为11个氨基酸，C2大小均为12个氨基酸．白梨品种海棠酥、六瓣、恩梨、鸭梨、大核白、香椿、青梨等品种的S基因型分别为S1S12S19、S17S19、S1S19、S1S21、S16S19、S3S19、S19S19．该研究可为梨遗传改良和丰产栽培提供重要的理论依据．     

利用酶联免疫反应鉴定梨树S基因型

梨是蔷薇科植物,具有典型的配子体自交不亲和性。获取各品种S基因型是果树生产中一项重要内容。现有S基因型鉴定方法存在一些缺陷。利用通用引物扩增S-RNase高变区,结合单链核苷酸探针杂交、酶联免疫反应,成功鉴定8个品种的7个S基因型。PCR酶联免疫法结果显示爱宕(S2S5),爱甘水(S4S5),二十世纪(S2S4),丰水(S3S5),今村秋(S1S6),新高(S3S9)和幸水(S4S5)7个品种都能与各自对应的S基因型探针杂交结合,颜色反应明显,无明显假阳性反应。秋荣(S4smS5)S4sm-RNase基因在花柱中不表达,只在秋荣花柱中检测到S5-RNase基因信号。与目前已有的方法相比,PCR酶联免疫法操作简单,结果可靠,能够广泛用于梨树S基因型鉴定。     

基于序列分析的13个中国梨品种S基因型鉴定(英文)

    为鉴定中国梨S-RNase基因及其S基因型,根据日本梨S-RNase基因保守区设计引物,对13个中国梨品种进行基因组PCR特异扩增,并对PCR产物克隆、测序、序列分析.结果鉴定出13个S等位基因,其中11个S基因与GenBank中已知的S1, S7, S12, S15, S16, S18, S19, S22, S27, S29, S34-RNases相同,另外2个则为新的S-RNase基因,命名为S37-RNase和S38-RNase,GenBank接受号分别为DQ839238、DQ839239.13个S等位基因中,在推导氨基酸水平上,S18与S27相似性最低,为58%,S7与S27,S12与S19,S15与S37及S15与S38间相似性最高,为94%.经分析,S19为中国梨中出现频率最高的等位基因,对其DNA序列进行限制性酶切位点分析,建立了一种快速、经济鉴定S19的方法,该方法无需测序而仅使用特异的限制性内切酶AflⅡ对PCR产物进行酶切消化.根据分子鉴定结果,13个中国梨品种S基因型被确定为:'冰糖'(S16S19), '六棱' (S16S19), '锦香'(S34S37), '鹅酥' (S15S38), '蜜梨'(S19S29), '甜橙子'(S7S12), '大青皮'(S19S34), '秋白' (S19S34), '紫酥' (S19S34), '花长把'(S19S22), '灌阳雪梨'(S18S27), '早蜜'(S19S29),'青面'(S1S18).     

11个中国杏品种S-RNase基因的检测与序列分析

以11个未知基因型的中国杏品种为试材,根据李属植物S-RNase基因保守区设计2对引物组合检测各品种S-RNase基因,共获得22条等位扩增片段,电泳检测表明所有品种的扩增条带集中在300~1100bp的范围内,且表现出一定的长度多态性。序列分析进一步确定22个S-RNase基因为10个不同的等位基因,其中6个为首次发现,根据Gen-Bank中已登陆的杏S-RNase基因的顺序,分别命名为S19、S20、S23、S24、S25、S26,序列登陆号为:EF185300、EF185301、EU037262、EU037263、EU037264、EU037265。推导氨基酸序列的同源分析表明,杏的S-RNase与李属植物的S-RNase表现较高的同源性,为59.3%~100%;与苹果和梨的S-RNase同源性较低,为19.6%~31.6%。试验确定11个中国杏品种资源的自交不亲和基因型分别为:‘大果杏’S19/S20,‘张公园’S24/S25,‘二红’S9/S11,‘黄口外’S11/S26,‘植丸子’S11/S17,‘宇宙红’、‘大丰’S17/S23,‘超仁’、‘虹桥’S8/S11,‘冀光’、‘中华大杏梅’S8/S9;部分品种的田间杂交授粉座果与花粉管荧光显微镜观察证实了所鉴定基因型的可靠性。     

新疆桃花柱S-RNase和花粉SFB基因的克隆与分析

为探索新疆桃自交亲和的原因及其与普通桃的分类关系,以4个新疆桃(Prunus ferganensis Kost.et Riab)品种为试材,分别在花柱S-RNase和花粉SFB基因保守区设计引物,在DNA中鉴定其S基因型,并通过全长引物分别克隆4个品种中的S-RNase和SFB全长基因。测序后经分析确定S基因型分别是:‘和田黄肉’S2S2m,‘喀什1号’S1S2,‘喀什4号’S2S2,‘黄李光’S1S2。DNAMAN软件比对结果表明:S2m-RNase的第602个碱基鸟嘌呤G变成了腺嘌呤A,导致半胱氨酸变成了酪氨酸;SFB1m在第978个碱基后插入155bp的片段,导致蛋白质翻译提前终止;SFB2m基因由于在第492个碱基处有5bp的片段插入,使翻译在525bp处终止。RT-PCR组织特异性分析发现新疆桃4个品种的S-RNase均具有花柱组织特异性表达,SFB均具有花粉组织特异性表达;酵母双杂交试验显示突变的SFB1m和SFB2m能分别与S1-RNase、S2-RNase和S2m-RNase相互作用。以上结果表明新疆桃的S基因与桃其他栽培品种一致,自交亲和性可能与S基因的突变相关,且S基因的突变类型与目前鉴定出的普通桃(Prunus persica L.)突变类型一致,该研究进一步说明新疆桃与普通桃的进化关系较近。     

奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌凝固酶基因型研究

 【目的】了解上海和贵州地区引起奶牛乳房炎的金黄色葡萄球菌凝固酶基因型情况,为奶牛乳房炎的防治提供理论依据。【方法】利用16S rRNA保守序列设计引物,PCR扩增鉴定金黄色葡萄球菌,并利用凝固酶基因及其酶切产物多态性对分离鉴定出的金黄色葡萄球菌进行了凝固酶基因分型。【结果】共鉴定出78株金黄色葡萄球菌,有74株金黄色葡萄球菌扩增凝固酶基因片段,分为5个基因型和两个亚型。PCR 1型为贵州地区优势基因型,PCR 3型为上海地区优势基因型。【结论】两地区各基因型菌株分布比例有显著的地域性差异,这与两地区地理环境和养殖水平差异对病原流行传播的影响有关。     

南疆扁桃品种自交不亲和S-Rnase基因型鉴定

[目的]鉴定南疆扁桃品种自交不亲和S-RNase基因型,可为科学合理地配置授粉品种提供依据,有效提高南疆扁桃的产量.[方法]以南疆10个扁桃品种的叶片为试材,利用蔷薇科通用引物PaConsⅡ-F+PaConsⅡ-R、EM - PC2consFD+ EM - PC3consRD对叶片基因组DNA进行S-RNase特异性扩增,将克隆测序结果在GenBank上进行同源性比对.[结果]显示10个扁桃品种均获得2条带,共20条带,包含16种不同的S基因核苷酸序列,其中4个为GenBank上登录的已知S -RNase基因序列,分别为S1(1 370 bp)、S12(2 479bp)、S14(740bp)、S52(1 626bp),12个为新的S-RNase基因序列,暂时分别命名为SA(780bp)、SB(530bp)、SC(1261 bp)、SD(432 bp)、SE(1266bp)、5F(270 bp)、SG(1263 bp)、SH(272 bp)、SI(690 bp)、SJ(1 523bp)、SK(755bp)、SL(1 486bp).[结论]鉴定出10个品种的S- RNase基因型.     

山羊生长分化因子9基因外显子2 的PCR-SSCP分析

【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记，为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Belclare绵羊和Cambridge绵羊高繁殖力的生长分化因子9（growth differentiation factor 9, GDF9）基因为候选基因，根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物，采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因外显子2在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)以及低繁殖力山羊品种(波尔山羊、文登奶山羊、辽宁绒山羊、北京本地山羊)中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。【结果】山羊与绵羊的GDF9基因外显子2核苷酸序列同源性为99%(955/965)。引物1和引物4存在多态性。对于引物1扩增片段，5个山羊品种均检测到AA、AB和BB 3种基因型，测序分析发现外显子2第26 bp处有1个G→A的单碱基突变，但没有引起氨基酸改变；济宁青山羊A等位基因频率为0.9128，B等位基因频率为0.0872；AA基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型的多0.54只(P<0.01)，比BB基因型的多0.63只(P<0.01)。对于引物4扩增片段，5个山羊品种均检测到CC、CD和DD 3种基因型，测序分析发现外显子2第792 bp处有1个G→A的单碱基突变并且导致缬氨酸改变为异亮氨酸；济宁青山羊C等位基因频率为0.9266，D等位基因频率为0.0734；CC基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比CD基因型的多0.57只(P<0.01)，比DD基因型的多0.62只(P<0.01)。【结论】初步表明GDF9基因可能是控制济宁青山羊多胎性能的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。     

大果黄花梨自交亲和性变异机制研究

梨品种大果黄花由黄花芽变而来.田间授粉试验表明,黄花梨自花授粉结实率仅为1.5%,属于梨自交不亲和性品种;而大果黄花自花授粉的结实率高达60.0%,属于自交亲和性品种;相互授粉时,黄花&#215;大果黄花组合的坐果率达70.0%,为杂交亲和,但反交时坐果率为1.0%,表现为杂交不亲和.荧光显微镜观察这些组合授粉后花柱内花粉管生长情况,也得到相同的结果.这些结果表明,两品种雌蕊的自交不亲和性性状正常.进一步鉴定出了黄花和大果黄花是基于S-RNase基因的S-基因型,发现两者均含有S1-RNase和S2-RNase基因;而且两品种的这1对雌蕊S-RNase基因均特异性地在花柱中表达,表达量没有明显差异,表明大果黄花和黄花的雌蕊S-RNase基因并无差异.由此推断:大果黄花的自交亲和性突变,是由于花粉自交不亲和性功能丧失,从而表现出自花授粉能够结实.     

大果黄花梨自交亲和性变异机制研究

梨品种大果黄花由黄花芽变而来.田间授粉试验表明,黄花梨自花授粉结实率仅为1.5%,属于梨自交不亲和性品种;而大果黄花自花授粉的结实率高达60.0%,属于自交亲和性品种;相互授粉时,黄花×大果黄花组合的坐果率达70.0%,为杂交亲和,但反交时坐果率为1.0%,表现为杂交不亲和.荧光显微镜观察这些组合授粉后花柱内花粉管生长情况,也得到相同的结果.这些结果表明,两品种雌蕊的自交不亲和性性状正常.进一步鉴定出了黄花和大果黄花是基于S-RNase基因的S-基因型,发现两者均含有S1-RNase和S2-RNase基因;而且两品种的这1对雌蕊S-RNase基因均特异性地在花柱中表达,表达量没有明显差异,表明大果黄花和黄花的雌蕊S-RNase基因并无差异.由此推断:大果黄花的自交亲和性突变,是由于花粉自交不亲和性功能丧失,从而表现出自花授粉能够结实.     

美系獭兔和伊拉肉兔FABP4基因多态性及其与肌肉脂肪酸含量的相关性

【目的】探寻影响兔肉中脂肪酸性状的优势基因型。【方法】利用PCR-RFLP技术检测60只美系獭兔、51只伊拉肉兔FABP4基因的单核苷酸多态性,分析其与兔肉中脂肪酸含量的相关性。【结果】2个兔品种在intron1中存在C/T突变,该突变位点能被TaiⅠ限制性酶识别,且经酶切后发现,2个兔群体中存在CC、CT和TT 3种基因型。美系獭兔的3种基因型频率分别为0.083,0.467和0.450,等位基因C和T的基因频率分别为0.683和0.317;伊拉肉兔的3种基因型频率分别为0.137,0.549和0.314,等位基因C和T的基因频率分别为0.588和0.412。关联分析结果表明,在美系獭兔群体中,CC型个体肌肉组织中的脂肪酸C14:0含量和脂肪酸C18:1,n-9含量显著高于CT和TT型个体;TT型个体脂肪酸C18:3,n-3含量显著高于CC和CT型个体;TT型个体脂肪酸C20:4,n-6含量显著高于CC型个体。在伊拉肉兔群体中,CC基因型个体肌肉组织中的C18:1,n-9含量显著高于CT和TT基因型个体(P<0.05);CC型个体脂肪酸C18:2,n-6含量显著高于CT型个体;TT型个体脂肪酸C18:3,n-3含量显著高于CC和CT型个体;CT型个体脂肪酸C20:4,n-6含量显著高于CC型个体。【结论】FABP4基因可作为美系獭兔和伊拉肉兔脂肪酸性状选育的候选基因。     

超甜玉米bt2基因SNP位点的分析及分子标记辅助筛选

【目的】利用等位基因特异PCR技术对超甜玉米的基因型进行分子鉴定,建立根据单核苷酸多态性(SNP)进行分子标记辅助筛选的平台。【方法】根据超甜玉米基因bt2启动子区域序列设计引物,通过等位基因特异PCR扩增,对PCR产物进行测序,利用ClustalX软件,分析比较了32份超甜玉米自交系bt2基因启动子区域的核苷酸序列,并进行了分子鉴定。【结果】在扩增的888bp序列中有3个SNP位点,分别在bt2基因转录起始上游的-20,-103和-107bp处,通过对32份超甜玉米自交系的SNP位点分析,将其区分为AAA和GGG 2种单体型。【结论】利用3个SNP位点中的-103(A/G)位点进行等位基因特异PCR,成功地鉴定了超甜玉米自交系的基因型,建立了通过等位基因特异PCR辅助筛选bt2基因的平台。     

新疆杏品种自交不亲和S-RNase基因特异PCR扩增引物的筛选

[目的]筛选鉴定新疆杏自交不亲和相关S-RNase基因的有效引物.[方法]以新疆30个杏品种为试材,选用已报道的蔷薇科李属通用的5对引物组合进行S-RNase基因特异PCR扩增,并依据扩增系数和扩增成功率两个指标对扩增效果进行评价.[结果](1)5对引物组合对30个杏品种均扩出了条带,除了洛浦2号只扩出1条带之外,其余的29个品种都扩增出了两条带;(2)5对引物组合对新疆主栽杏的扩增效果差异较大,其中EM-PC2consFD+EM-PC3consRD的扩增成功率和扩增系数均为最高(86.67;, 95.00;),扩增出两条带的品种有25个;其次,引物组合PaConsⅡ-F+PaConsⅡ-R的扩增成功率达66.67;,扩增系数达83.33;,扩出两条带的品种有20个.[结论]5对引物中EM-PC2consFD+EM-PC3consRD对新疆杏品种S-RNase基因的鉴定效果最好.     

5个山羊品种GoLA-DQA 1基因的多态性分析

【目的】比较和揭示崂山奶山羊、西农萨能奶山羊、关中奶山羊、板角山羊和贵州白山羊5个地方山羊品种GoLA-DQA1基因的遗传多态性。【方法】采用PCR-RFLP技术对5个山羊品种231个样本的GoLA-DQA1基因部分内含子1、外显子2和部分内含子2的385 bp片段进行了多态性分析,运用Popgen32软件计算了相应的遗传参数。【结果】在TaqⅠ-RFLP位点上,5个山羊品种A、B等位基因频率的平均值分别为0.846和0.154,A为优势等位基因;除了关中奶山羊和崂山奶山羊外,其他品种在该位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在HaeⅢ-RFLP位点上,5个山羊品种M、N等位基因频率的平均值分别为0.819和0.181,M为优势等位基因,5个山羊品种在该位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。经双酶切分析,共发现9种组合基因型,其中AAMM、ABMM和AAMN 3种组合基因型存在于5个品种中。遗传参数分析表明,GoLA-DQA1基因外显子2的2个酶切位点在西农萨能奶山羊表现为中度多态,而在其他品种表现为低度多态。【结论】5个山羊品种GoLA-DQA1基因外显子2在TaqⅠ和HaeⅢ2个酶切位点具有较低的遗传多样性。     

四川小麦品种籽粒硬度和穗发芽抗性相关基因的分子标记鉴定

【目的】鉴定四川小麦品种籽粒硬度和穗发芽抗性相关基因的组成,可为四川小麦的品质改良提供理论依据。【方法】利用2个籽粒硬度和1个穗发芽抗性等位基因分子标记,对105份2000年后育成的四川小麦品种进行上述基因的检测。【结果】本研究表明:(1)针对籽粒硬度,含有Pinb-D1b基因(Pinb突变)的品种有11份,频率为10.5%,非Pinb-D1b等位基因类型则占到89.5%。(2)针对穗发芽抗性,含Vp-1Bc(抗穗发芽)的品种有88份,频率为83.8%;含Vp-1Ba(感穗发芽)的品种有17份,频率为16.2%;未能扩增出含Vp-1Bb(抗穗发芽)的品种。(3)聚合2项优质基因(Pinb-D1b和Vp-1Bc),品质优良的品种有11份,频率为10.5%。【结论】利用这些含有优异基因资源的品种,在四川小麦品质育种中逐步导入上述优质基因,是综合提高四川小麦品质的有效途径。     

紫糯特种稻紫两优737重要农艺性状遗传分析

【目的】解析紫糯特种稻紫两优737及其亲本的产量、品质相关性状的基因型构成，为该品种及其双亲在育种和生产上的进一步应用提供分子依据。【方法】应用10个重要基因的13个分子标记，分析紫两优737及其亲本紫392S、福恢737在产量、品质等相关基因座位上的等位基因变化。【结果】在7个基因座位上，紫两优737及其亲本均携带相同等位基因型。在穗实粒数主效基因Gn1a座位上均携带高产等位基因Ha-Gn1a；在粒重和粒长主效基因GS3座位上均携带长粒型等位基因MH-GS3；在种皮基因Pb座位上均携带紫色果皮等位基因型；在糯稻蜡质基因wx座位上均携带低直链淀粉含量等位基因型；此外在淀粉分支酶基因SBE1和SBE3以及极限糊精酶基因PUL基因座位上亦均携带相同等位基因型。在3个基因座位上，双亲携带不同等位基因型。在Hd3a座位上，紫392S、福恢737和紫两优737分别携带Hd3a^Nip、hd3a^Kasa和Hd3a^Nip/hd3a^Kasa；在Hd1座位上，分别携带Hd1^jap、Hd1^...