基于网络药理学和分子对接技术的新生化颗粒活血化瘀作用机制研究

采用网络药理学和分子对接技术,探究新生化颗粒活血化瘀关键作用机制。基于文献检索和中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选新生化颗粒的主要效应成分;通过PharmMapper、TTD和DrugBank等数据库挖掘活性成分作用靶点和活血化瘀相关靶点;借助STRING数据库构建蛋白质相互作用网络;采用Cytoscape软件进行网络可视化和拓扑学分析;通过DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;采用AutoDock软件将主要活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果表明：新生化颗粒含有阿魏酸、藁本内酯和水苏碱等55个活性成分,其调节活血化瘀的关键靶点包括TNF-α、IL1β和MAPK1等。核心通路主要为HIF-1α信号通路、TNF-α信号通路及雌激素信号通路等。分子对接结果显示,核心成分与关键靶点有较好的结合活性。综上,新生化颗粒中阿魏酸、藁本内酯、水苏碱等主要活性成分,通过作用于TNF-α、IL1β和MAPK1等靶点,激活或抑制HIF-1α、TNF-α和雌激素等相关信号通路而发挥活血化瘀作用。该研究阐释了新生化颗粒活血化瘀的潜在作用机制,为其深度研究和二次开发提供重要理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制

本研究利用网络药理学结合分子对接技术,研究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛作用机制。利用中药系统网络药理学数据库和分析平台(TCMSP)挖掘烧伤膏中金银花、紫草、甘草、当归、黄芩和白芷的成分及作用靶点。通过UniProt等数据库查询靶点对应的基因,进一步通过Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点(基因)网络。利用DrugBank数据库和GeneCards数据库检索疼痛的潜在靶点;采用蛋白质相互作用网络数据库(String)进行蛋白相互作用分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白相互作用网络;运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体GO富集分析和KEGG通路富集分析,探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制;采用AutoDock分子对接软件对活性成分与关键辅助缓解疼痛靶点进行验证。通过筛选得到珍珠烧伤膏复方中药的156种活性成分和245个潜在作用靶点;GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目238个、细胞组成(CC)条目36个和分子功能(MF)条目57个;KEGG通路富集分析筛选得到200条信号通路,主要涉及癌症相关通路、PI3K-Akt信号通路、Hepatitis C信号...     

基于网络药理学的平胃散治疗溃疡性结肠炎的潜在机制研究

通过网络药理学研究平胃散对于溃疡性结肠炎(UC)的治疗作用及其潜在机制.通过检索中药系统药理数据库(TCMSP)收集平胃散中苍术、厚朴、陈皮、甘草4味中药的主要活性成分及其相关药物作用靶点;基于UC相关疾病数据库GeneCards、 TTD以及OMIM综合筛选疾病靶点;比对药物与疾病靶点筛选共同潜在靶点,通过STRING数据库、 Cytoscape软件构建平胃散治疗UC靶点相互作用网络并筛出核心节点;同时将药物和疾病的共同潜在靶点与筛选后的平胃散中活性成分通过Cytoscape＿v3.2.1软件生成体现活性成分-靶点相互作用的网络图并筛选出核心节点;利用STRING在线分析药物与疾病共同潜在靶点的GO生物富集过程和KEGG通路富集情况,构建活性成分-靶点-通路网络,并通过AutoDock＿Vina软件对药物活性成分与核心靶点进行分子对接验证.在平胃散活性成分-靶点-通路网络中有40个活性成分、 35条KEGG通路以及16个核心靶点,分子对接结果显示,10个活性成分与蛋白靶点MMP9,CAT,PTGS2,MAPK3,MAPK8,AKT1,MAPK14的最低结合能小于-7 kJ/mol,说...     

基于网络药理学与分子对接探究黄芪-葛根-丹参治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

本文运用网络药理学研究方法探究黄芪葛根丹参中有效成分治疗糖尿病视网膜病（DR）的潜在机制。采用TCMSP平台筛选黄芪葛根丹参的活性成分及靶点，通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET和DrugBank数据库筛选DR相关靶点，以及在UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名。利用STRING数据库结合Cytoscape软件进行拓扑分析，筛选出核心靶标并绘制网络互作图，再利用Metascape平台对药物疾病共同靶点进行GO和KEGG通路富集分析并建立成分靶点通路网络模型，最后使用Discovery Studio和AutoDock Vina软件对其重要化合物与DR关键靶点进行分子对接验证。通过上述方法共筛选得到中药有效成分89个及靶点基因247个，DR相关基因共4 231个，其中药物疾病共同靶点145个，涉及有效成分76个；GO富集分析涉及生物过程1 864条（P <0.05）;KEGG富集分析通路共205条（P <0.05），主要有AGE-RAGE、P13K-Akt、TNF和HIF-1信号通路等；关键成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、异鼠李素、刺芒柄花素和...     

基于网络药理学和分子对接探究绞股蓝抗高脂血症的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨绞股蓝防治高脂血症（Hyperlipidaemia, HLP）的可能机制。利用TCMSP数据库搜集绞股蓝的主要活性成分及作用靶点，选定DrugBank数据库、TTD数据库和GeneCards数据库筛选高脂血症有关基因，选取的交集靶点导入String构建蛋白互作，并对结果数据导入Cytoscape 3.8.2进行可视化。应用Metascape数据库，对交集基因进行GO富集和KEGG通路富集分析，最后对关键活性成分和关键蛋白进行分子对接验证。筛选绞股蓝中槲皮素、山柰酚、豆甾醇和绞股蓝皂苷等27个有效成分，预测治疗高脂血症的相关靶点109个，GO功能富集和KEGG通路富集结果显示，绞股蓝治疗高脂血症作用机制主要涉及细胞对激素、无机物和脂多糖应答等生物过程，并通过脂质与动脉硬化、AGE-RAGE信号通路和胰岛素抵抗等多条通路共同发挥作用；分子对接结果也进一步表明，潜在活性成分和RELA、TNF、AKT1、TP53等关键靶蛋白均具有较好的亲和作用。绞股蓝治疗高脂血症的特点符合多成分、多靶点和多通路的中药复方作用机理，可为绞股蓝治疗高脂血症的进一步研究提供理论基础。     

基于网络药理学探讨活血健骨方治疗骨质疏松的潜在作用机制

目的 基于网络药理学探讨活血健骨方治疗骨质疏松(OP)活性成分、作用靶点及分子机制.方法 通过文献查找活血健骨方有效成分,并借助有关数据库筛选活血健骨方与OP共同靶点,构建"药材-成分-靶点"网络,进行GO分析和KEGG通路富集分析,并用LEDOCK对关键成分与核心靶点进行分子对接.结果 获得活血健骨方有效成分61个,...     

基于网络药理学分子对接探讨山慈菇抗三阴性乳腺癌的分子机制

本研究基于网络药理学与分子对接的方法探讨山慈菇治疗三阴性乳腺癌的作用机制。利用TCMSP数据库和文献中获得山慈菇化学成分,在Swiss Target Prediction平台上搜索活性成分靶点;采用OMIM、GeneCards数据库检索三阴性乳腺癌靶点,并通过String构建蛋白质互作网络,使用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析;另外选取部分化合物和靶点使用Autodock软件进行分子对接验证;运用Western blot法检测相关调控靶点蛋白的表达。结果显示,共筛选出12个山慈菇活性成分,97个关键靶点,分子对接发现主要靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK1、JUN和PIK3CA均与活性成分对接较好。山慈菇的作用靶点富集于PI3K-AKT信号通路,山慈菇通过降低p-AKT和p-PI3K的表达水平进行调控乳腺癌细胞的增殖、凋亡和迁移。本研究初步预测了山慈菇的有效活性成分、关键靶点和作用机制,可为山慈菇治疗三阴性乳腺癌的临床应用提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨上中下通用痛风方治疗痛风性关节炎的分子机制

本文探讨上中下通用痛风方治疗痛风性关节炎(GA)的潜在分子机制。检索中药系统药理学分析平台,挖掘上中下通用痛风方的活性成分和对应靶点,检索DisGeNET、GeneCards和DrugBank等数据库,挖掘GA疾病靶点,采用R语言Venn包,获取药物与GA的交集靶点基因。采用Cytoscape 3.8.0构建药物-成分-靶点网络并筛选核心成分;采用String平台构建交集靶点的蛋白互作网络并筛选核心靶点基因。采用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,采用AutoDock Vina软件进行分子对接。共挖掘出上中下通用痛风方与GA交集靶点基因45个。筛选出槲皮素、黄芩素和汉黄芩素等7种核心成分,重组人趋化因子8(CXCL8)、白介素(IL)-1β等3种核心靶点基因。GO功能共富集1 561个条目,主要涉及对脂多糖的反应、细胞膜凹样内陷和氧化还原酶活性等;KEGG通路共富集120个条目,如AGE-RAGE、IL-17等。分子对接结果表明,核心成分与靶点蛋白结合活性良好。上中下通用痛风方核心成分槲皮素、黄芩素和汉黄芩素等可通过作用于CXCL8、IL-1β等核心靶点对AGE-RAGE和IL-...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝茯苓丸治疗肝硬化的作用机制

探究桂枝茯苓丸治疗肝硬化潜在的作用机制。利用TCMSP、ETCM和HERB数据库获得桂枝茯苓丸的化学成分及作用靶点,Genecards、OMIM和TTD数据库收集肝硬化相关靶点,并运用Venn图获取药物和疾病交集靶点。通过STRING在线数据库对交集靶点蛋白构建蛋白相互作用网络(PPI),采用Cytoscape 3.9.1软件对结果进行可视化分析。使用Metascape数据平台进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,AutoDock Tools 1.5.7和Discovery Studio 2021软件进行分子对接验证。共获得桂枝茯苓丸的有效成分56个,PPI包含靶点蛋白121个,关键蛋白包括TNF、AKT1和TP53等。GO功能分析,得到桂枝茯苓丸治疗肝硬化主要通过对活性氧的反应、对脂多糖的反应和对细菌来源的分子反应等发挥作用。KEGG通路富集分析结果显示,桂枝茯苓丸治疗肝硬化的机制可能与AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路和IL-17信号通路等有关。分子对接发现药物核心活性成分与靶点基因之间的结合活性良好。本文初步揭示了桂枝茯苓丸治疗肝硬化的多成分、多靶点和多通路的作用机制,为...     

基于网络药理学预测肝爽颗粒治疗肝癌的作用机制

利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选liver cancer疾病靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终筛选出肝爽颗粒的活性成分20个,靶点832个;肝癌相关的疾病靶点594个,与肝爽颗粒的交集靶点共有93个;构建化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出AKT1、PTGS2、TNF、STAT3、VEGFA和JUN等18个关键靶点,GO富集条目391个,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对脂多糖的反应、血管内皮生长因子受体信号通路、肝细胞凋亡过程的负调控、蛋白酪氨酸激酶活性、受体复合物和炎症反应等。KEGG通路显著富集157条,其中与肝癌肝脏相关通路有乙型肝炎、丙型肝...     

基于网络药理学探讨芒果叶干预肌肉减少症的活性成分和分子机制

采用网络药理学和分子对接方法预测芒果叶活性成分及干预肌肉减少症的分子机制。芒果叶活性成分靶点来自中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库，肌肉减少症靶点来自GeneCards、DisGeNET数据库。蛋白相互作用（PPI）网络由Cytoscape生成，通过拓扑分析确定核心靶点。将核心靶点导入DAVID平台，用于GO和KEGG分析，应用Mcule在线平台进行分子对接。最终筛选出25个主要成分，确定7个核心靶点。关键通路涉及乙型肝炎、白细胞介素17等信号通路。分子对接结果表明芒果叶活性成分中槲皮素与丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、基质金属蛋白酶9、肿瘤抑制基因P53及小窝蛋白-1均具有较好结合能力。应用网络药理学和分子对接方法分析预测可知芒果叶具有通过调节细胞凋亡和抗炎来抑制肌减少的潜力，为进一步药理试验和药物开发明确方向。     

基于网络药理学探讨艾草抗鸡马立克病毒的活性成分与作用机制

运用网络药理学方法探讨艾草抗鸡马立克病毒（Marek’s disease virus,MDV）的活性成分、作用靶点及可能的作用机制。利用TCMSP数据库检索艾草化学成分和作用靶点,查阅文献收集MDV相关宿主基因靶点,建立靶点数据库;利用STRING数据库结合Cytoscape 3.8.0软件构建靶点蛋白相互作用网络及活性成分-关键靶点网络,筛选核心靶点和主要活性成分;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析;最后利用分子对接技术验证主要活性成分与关键靶点的结合能力。结果显示,从艾草中筛选出8种活性成分,共有108个基因靶点与MDV宿主基因存在相互作用,艾草抗MDV作用的主要靶点有JUN、CCND1、CDK1、IL-6等;GO功能分析涉及细胞活性、炎症反应等过程,KEGG富集分析涉及C型凝集素受体信号通路、MAPK信号通路、细胞衰老、p53信号通路、细胞凋亡、Toll样受体信号通路等;异泽兰黄素与靶点蛋白CCND1的对接能力最强。结果表明,艾草主要活性成分异泽兰黄素可能是通过作用于CCND1,干预细胞周期影响细胞活性,进而发挥抗MDV效应。     

基于网络药理学及分子对接技术分析核桃治疗高尿酸血症的作用机制

基于网络药理学方法及分子对接技术分析核桃（Juglans regia L.）治疗高尿酸血症（Hyperuricemia,HUA）的作用机制，利用中药系统药理数据库和分析平台（Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）预测核桃活性成分的作用靶点，运用OMIM、GeneCards和DrugBank数据库检索HUA疾病靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件进行作用靶点-活性成分-疾病网络绘制，利用Metascape平台进行富集分析。使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接，对活性成分及重要靶点的结合度进行验证。结果表明，共筛选出核桃活性成分5种，与HUA有交集靶点16个；富集程度较高的信号通路包括癌症信号通路、化学致癌-受体激活信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路和卡波西肉瘤相关疱疹病毒信号通路；通过分子对接验证试验可知，核桃中主要活性成分与重要靶点结合紧密。     

基于网络药理学策略分析青蒿应用于新型冠状病毒感染肺炎的可行性

为分析青蒿应用于新型冠状病毒感染肺炎(以下简称新冠肺炎)的可行性,采用TCMSP,Pubchem数据库获取青蒿化学成分,并筛选出活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库筛选新冠肺炎相关的靶点;利用Cytoscape 3.6.1软件、 STRING 11.0数据库分析青蒿的关键靶点、 GO富集、 KEGG富集.结果表明:青蒿活性成分为19个,青蒿与新冠肺炎交集的靶点共13个,筛选出的核心靶点7个(IL6,TNF,CCL2,IL1B,NOS2,TP53,CASP3),其中12个活性成分均可作用于NOS2,认为NOS2为主要关注靶点,作用于NOS2的活性成分为主要关注成分. GO和KEGG富集分析显示:青蒿可作用于TNF/NOS2信号通路的多个靶点而减轻新冠肺炎的肺部炎性损伤,认为青蒿应用于新冠肺炎具有可行性.     

基于数据挖掘、网络药理学和分子对接探究中医药治疗房颤的核心中药及机制

本研究主要挖掘数据,分析中药治疗房颤的用药规律,并通过网络药理学、分子对接及分子动力学方法探究其核心药对机制。检索知网、维普等数据库的中医药治疗房颤的临床资料,运用SPSS Modeler 18.0进行关联规则分析房颤用药规律;通过TCMSP数据库、OMIM和DrugBank等数据库分析核心药对的活性成分及潜在靶点,构建房颤靶点-活性成分-药物网络;通过String数据库得到房颤核心靶点PPI网络,以及使用Metascape进行GO生物功能分析和KEGG通路分析;对关键成分与关键靶点进行分子对接验证,最后进行分子动力学模拟。结果显示:治疗房颤用药频率前五分别是丹参、炙甘草、麦冬、桂枝和当归,高频药对有“丹参-苦参”、“麦冬-五味子”等。对“丹参-苦参”核心药分析发现其通过槲皮素、木犀草素和丹参酮ⅡA等关键成分作用于房颤AKT1、TNF、IL-6、VEGFA、IL-1β和CASP3核心靶点,参与NF-κB信号通路、cGMP-PKG信号通路和AMPK等通路。分子对接显示,槲皮素、木犀草素、丹参酮ⅡA与AKT1、CASP3、IL-1β等靶点紧密结合,AKT1-丹参酮ⅡA为结合亲和力最高的复合...     

基于GC-MS和网络药理学研究南柴胡挥发油抗抑郁作用机制

本研究基于气相色谱制。运用GC-MS技术，结合文献，对南柴胡挥发油化学成分进行分析鉴定；查找SwissADME数据库筛选满足“类药五原则”的成分；通过Swiss TargetPrediction数据库预测成分靶点，利用GeneCards和DrugBank数据库富集抑郁相关靶点；进一步使用Venny 2.1.0在线工具获取成分和疾病的交集靶点；在Cytoscape软件中构建PPI蛋白相互作用网络，筛选核心靶点；将核心靶点导入DAVID数据库完成GO和KEGG分析，随后使用微生信平台进行可视化分析并利用Cytoscape软件构建成分靶点通路图。结果从南柴胡挥发油中共鉴定出28个主要成分，且均满足“类药五原则”，最终筛选出ESR1、GSK3B、JUN、CXCL8、MMP2、F2R、GNAI3和PRKCA等45个核心靶点，富集分析发现南柴胡挥发油抗抑郁作用主要涉及的通路包括雌激素信号通路、Rap1信号通路、Reaxin信号通路、PI3K-Akt信号通路和cAMP信号通路等。本研究证明南柴胡挥发油抗抑郁作用可能是通过多靶点、多成分起作用，可为南柴胡药材质量标准的制订和提升提供更加可靠的依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨高频调髓中药治疗股骨头坏死的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法,探讨熟地、牛膝、茯苓、肉苁蓉和菟丝子等高频调髓中药治疗股骨头坏死(Osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的作用机制。借助TCMSP平台,获取高频调髓中药的活性成分与潜在作用靶点,将上述药物作用靶点在Uniprot数据库中进行标准化处理。通过GeneCards和OMIM两大疾病数据库,获取得到ONFH疾病相关基因靶点,对所得到的已规范化的药物活性成分与疾病靶点进行整理合并,得到交集基因靶点。通过Cytoscape软件和String数据库,绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络和构建蛋白互作网络,分析网络中关键活性成分和蛋白靶点。利用R软件对交集基因进行基因本体(Geneontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopediaof Genesand Genomes,KEGG)通路富集分析,得到交集基因富集的功能与信号通路。为了验证药物活性成分与作用靶点结合的稳定性,使用AutoDockTools和AutoDock Vina软件进行分子对接验证,并在PyMOL软件中进行可视化分析,共得到5味...     

基于网络药理学的山豆根抗癌机制研究

[目的]运用网络药理学反向分子对接的原理,对山豆根抑癌作用机制进行预测.[方法]筛选山豆根化学成分25个,通过PharmMapper数据库查找相关靶点,NCBI数据库进行靶点的校正,利用DAVID数据库筛选药物的KEGG通路,运用cytoscape建立山豆根的"药材-化学成分-靶点-作用通路-药理作用-临床应用"多层次作用网络图.[结果]山豆根的25个化学成分可调控CTBP2、CD-KN1B、ABL1等51个靶点,得到相关通路25条,涉及癌症、炎症、肝病、心血管病等疾病,其中10条通路与癌症相关.[结论]通过网络药理学的分析方法,预测了山豆根的抗癌作用机制,为深入研究山豆根的药理作用提供方向.     

基于网络药理学方法研究两面针抗肿瘤的作用机制

【目的】基于网络药理学构建两面针抗肿瘤的“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”等网络关系,预测其抗肿瘤的作用靶点并对其作用机制进行研究分析。【方法】以口服利用度（OB）及类药性（DL）为限制条件在中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选出两面针主要活性化学成分,在Pharmmapper服务器上筛选和建立两面针靶点数据库。通过OMIM及其他数据库进行抗肿瘤相关基因及蛋白靶点筛选。使用R4.2.1软件做出两面针活性成分、靶点基因和肿瘤。靶点基因相交情况筛选两面针作用靶点。通过Cytoscape 3.6.1软件Merge及Union功能,建立了两面针“有效成分-肿瘤靶点”的可视化交互网络。利用STRING数据库构建抗肿瘤靶点之间的交互网络、PPI网络,利用DAVID数据库对靶蛋白进行KEGG通路注释分析,富集出生物通路,构建出“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”网络。选择其中一个关联度较高的活性化合物作为配体、KEGG富集结果中较为显著的信号通路所涉及靶点作为受体,对活性成分与核心靶蛋白进行分子对接验证。【结果】经筛选和分析获得两面针活性成分21个,抗肿瘤靶点14个,包括EGFR、ESR...     

基于UPLC-Q-TOF-MS与网络药理学的锦灯笼配方颗粒抗炎、抗肿瘤有效成分的研究

为探究锦灯笼配方颗粒抗炎、抗肿瘤有效成分及其作用机制,采用UPLC-Q-TOF-MS技术对锦灯笼配方颗粒进行成分分析;筛选锦灯笼配方颗粒抗炎、抗肿瘤作用对应的靶点,构建核心蛋白互作(PPI)网络和活性成分-靶点网络;对关键靶点进行GO和KEGG通路富集分析,采用AutoDock软件进行分子对接验证。结果表明：共鉴定出有机酸类、黄酮类、香豆素类和甾体类等化合物共36个。PPI分析发现TNF、AKT1、IL1β等为锦灯笼配方颗粒抗炎作用核心靶点,AKT1、EGFR、TNF等为抗肿瘤作用核心靶点,GO富集分析发现锦灯笼配方颗粒抗炎、抗肿瘤作用与急性病毒性心肌炎、癌症等信号通路相关。5个核心成分木犀草素、槲皮素、酸浆苦素G、阿魏酸、秦皮乙素与8个核心靶点具有较低的结合能。综上,基于超高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱技术、网络药理学、分子对接技术初步阐述锦灯笼配方颗粒抗炎、抗肿瘤有效成分及作用机制,为锦灯笼配方颗粒药效物质基础研究奠定了试验基础,为其质量控制与临床应用提供了参考依据。