基于网络药理学和分子对接技术的新生化颗粒活血化瘀作用机制研究

采用网络药理学和分子对接技术,探究新生化颗粒活血化瘀关键作用机制。基于文献检索和中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选新生化颗粒的主要效应成分;通过PharmMapper、TTD和DrugBank等数据库挖掘活性成分作用靶点和活血化瘀相关靶点;借助STRING数据库构建蛋白质相互作用网络;采用Cytoscape软件进行网络可视化和拓扑学分析;通过DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;采用AutoDock软件将主要活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果表明：新生化颗粒含有阿魏酸、藁本内酯和水苏碱等55个活性成分,其调节活血化瘀的关键靶点包括TNF-α、IL1β和MAPK1等。核心通路主要为HIF-1α信号通路、TNF-α信号通路及雌激素信号通路等。分子对接结果显示,核心成分与关键靶点有较好的结合活性。综上,新生化颗粒中阿魏酸、藁本内酯、水苏碱等主要活性成分,通过作用于TNF-α、IL1β和MAPK1等靶点,激活或抑制HIF-1α、TNF-α和雌激素等相关信号通路而发挥活血化瘀作用。该研究阐释了新生化颗粒活血化瘀的潜在作用机制,为其深度研究和二次开发提供重要理论依据。     

基于网络药理学黄精抗炎活性成分及作用机制研究

黄精属百合科黄精属，性味甘甜，食用爽口，具有重要的药用和食用价值。为探讨黄精抗炎可能活性成分及作用机制，借助TCMSP数据库筛选黄精活性成分，利用Pharmmapper和Uniprot数据库查找黄精活性成分靶点基因，借助GeneCards和MalaCards数据库筛选人体炎症相关基因，取交集获取黄精抗炎潜在靶点；在Metascape数据库进行GO富集和KEGG通路注释；使用Cytoscape3.6.1软件构建黄精抗炎潜在靶点的“成分-靶点-通路”网络图，STRING数据库构建PPI网络图。共筛选出(+)-丁香树脂醇-O-β-D-葡萄糖苷、中华在线1、甲基原纤细薯蓣皂苷、西伯利亚蓼苷A、3’-甲氧基大豆苷元、β-谷甾醇等12个潜在活性成分和ALB、EGFR、MAPK1、CASP3、ESR1等65个黄精抗炎潜在靶标，生物信息学富集分析中筛选出46个GO条目和13条KEGG通路，主要涉及Pathways in cancer（癌症的途径）、Prostate cancer（前列腺癌）、IL-17 signaling pathway（IL-17信号通路）、Hepatitis B（乙型肝炎）通路。该研究揭示了黄精抗炎多成分、多靶点、多通路的作用机制，为黄精抗炎机制研究和后续试验研究提供依据。     

基于网络药理学探讨荔枝核抗炎作用机制

本文通过网络药理学探讨荔枝核抗炎作用机制.通过TCMSP及CTD数据库获取荔枝核与炎症相关的潜在基因靶点,采用String数据库构建蛋白相互作用网络图,运用Cytoscape 3.8.0软件构建荔枝核活性成分-靶点-通路网络图,利用WebGestalt对荔枝核潜在的关键靶点分别进行GO和KEGG的富集分析.结果 表明,...     

基于网络药理学探讨当归芍药散治疗慢性盆腔炎作用机制

目的 基于网络药理学探讨当归芍药散治疗慢性盆腔炎的作用机制。方法 利用TCMSP数据库筛选出当归芍药散活性成分及其相关靶标基因;使用Genecards数据库筛选慢性盆腔炎靶标基因;借助STRING在线数据库获取靶标基因相互作用关系;采用David数据库进行GO生物学过程分析和KEGG通路功能富集分析;利用cytoscape软件构建当归芍药散治疗慢性盆腔炎“活性成分-作用靶标-通路”网络。结果 当归芍药散的核心活性成分有山柰酚、β-谷甾醇等,核心作用靶标有PTGS2、TNF、JUN等;GO生物学过程分析结果表明当归芍药散活性成分的基因功能主要表现在药物反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、凋亡过程的负调节、信号转导等生物学过程; KEGG结果表明当归芍药散主要作用与TNF、Toll样受体等信号通路有关。结论 当归芍药散活性成分山柰酚、β-谷甾醇等可能通过TNF、Toll样受体等信号通路作用于PTGS2、TNF-α、JUN、IL-6等关键靶标基因进而发挥其临床功效,达到治疗慢性盆腔炎等疾病的目的。     

基于网络药理学的灵芝作用机制研究

通过TCMSP数据库,结合化合物含量信息,从灵芝中筛选出类药性好且含量较高的化合物;通过TCMSP、TCMIP、Swiss Target Prediction、SuperPred等数据库,预测化合物相应靶点;采用STRING数据库,构建靶点蛋白质互作(PPI)网络,并筛选出核心靶点;通过Enrichr数据库,预测核心靶点对应疾病;通过Cytoscape的ClueGo模块,对核心靶点进行基因本体分析(GO)及通路富集分析(KEGG),最终建立化合物-靶点、化合物-靶点-疾病-通路网络。根据试验结果,共筛选出60种化合物的22个核心靶点;核心靶点对应的疾病集中在肿瘤、自身免疫性疾病等;GO分析发现,核心靶点参与了88个生物过程,主要分为8个类别;KEGG分析发现,核心靶点参与了5个代谢通路,分为4个类别;化合物-靶点-疾病-通路网络显示了化合物、靶点、疾病、通路间的相互作用,如Lucialdehyde C、Ganoderic aldehyde A可通过DRD2靶点及22个相关生物功能通路,对30种疾病发挥作用。     

基于网络药理学探讨活血健骨方治疗骨质疏松的潜在作用机制

目的 基于网络药理学探讨活血健骨方治疗骨质疏松(OP)活性成分、作用靶点及分子机制.方法 通过文献查找活血健骨方有效成分,并借助有关数据库筛选活血健骨方与OP共同靶点,构建"药材-成分-靶点"网络,进行GO分析和KEGG通路富集分析,并用LEDOCK对关键成分与核心靶点进行分子对接.结果 获得活血健骨方有效成分61个,...     

网络药理学方法研究三七治疗关节炎的作用机制

运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库,以化合物口服利用度(OB)>30%、药物相似性(DL)>0.18为条件,检索得到三七(Panax notoginseng)的主要有效成分;通过Drugbank、UniProt数据库进行活性成分靶点提取并用GeneCards、OMIM数据库筛选出关节炎的相关靶点,制作三七治疗关节炎的相关靶点的Veen图,进而使用Cytoscape 3.6.0软件、String数据库分别绘制三七-有效活性成分-靶基因-关节炎的中药网络调控图和蛋白互作(PPI)网络图,最后以R语言为工具,筛选关键靶点并分析其生物过程和重要信号通路,利用网络药理学方法探究三七治疗关节炎的作用机制。结果表明,检索到三七的8个主要成分,得到β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等;预测三七治疗关节炎的相关靶点131个;三七关键靶点主要涉及蛋白质异二聚活性、DNA结合转录激活活性,RNA聚合酶II特异性、细胞因子受体结合等生物过程;主要通过糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、乙型肝炎等重要信号通路发挥治疗关节炎的作用。     

决明子抗氧化作用机制的网络药理学分析

中药决明子抗氧化作用显著但作用机制仍不清楚,本文旨在运用网络药理学研究方法,阐释决明子的抗氧化作用机制。通过文献和中药系统数据库TCMSP获取决明子的所有化学成分,再根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)筛选出其活性成分及其对应靶点。通过GeneCards数据库查找并预测决明子抗氧化作用靶点,将靶点导入STRING数据库构建靶点间蛋白互作关系,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。通过DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。利用AutoDock软件对预测结果进行分子对接验证。最终共筛选出决明子抗氧化作用活性成分11个,抗氧化作用靶点34个,这些靶点主要富集于氧化还原过程(oxidation-reduction process)、正调控活性氧代谢过程(positive regulation of reactive oxygen species metabolic process)等51个生物过程,参与了乙型肝炎相关通路(hepatitis B)、p53信号通路(p53 signaling...     

基于网络药理学的铁皮石斛免疫调节作用机制

研究表明,铁皮石斛在增强人体免疫力方面具有良好作用。为了明确铁皮石斛潜在的免疫活性成分及其作用机制,本研究从PubChem、SciFinder数据库中收集铁皮石斛小分子化合物及其化学结构相关的研究,然后通过Swiss ADME筛选优效目标化合物。通过Swiss Target Prediction预测优效化合物的靶点集,并通过Genecards数据库获取免疫调节相关靶点集,两者取交集得到铁皮石斛免疫调节相关靶点集,进一步通过Cytoscape软件建立化合物-靶点网络图,将交集靶点导入STRING构建蛋白互作网络(PPI),筛选出核心靶点。通过R的Cluster Profiler包对核心靶点进行功能富集分析,包括基因本体分析(GO)及通路富集分析(KEGG),最终建立化合物-靶点-生物功能网络。最终,共筛选出优效化合物124个,对应靶点421个;与免疫调节相关化合物58个,对应靶点60个;其中黄酮类化合物对应的免疫靶点较多,可能为主要的免疫活性成分。得到9个免疫调节相关核心靶点,GO分析发现这些核心靶点共参与了2 059个条目,KEGG分析获得153个代谢通路。本研究通过化合物-靶点-生物功能网络展示了铁皮石斛多成分、多靶点、多通路的作用特点,为后续作用机制的深入研究和验证提供了可行方向。     

基于网络药理学探究滇黄精抗疲劳作用及其机制

【目的】基于网络药理学探究滇黄精(Polygonatum kingianum)潜在的抗疲劳机制。【方法】使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、CNKI和DrugBank数据库搜寻滇黄精的主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测各活性成分的作用靶点;通过Disgenet数据库获取与疲劳有关的靶点;借助Venny 2.1.0和Cytoscape v3.9.0构建滇黄精—活性成分—抗疲劳靶点网络,根据其节点度值筛选滇黄精的主要活性成分。通过String数据库构建蛋白质互作（protein-protein interaction,PPI）网络,通过节点度值筛选滇黄精抗疲劳的关键靶点。使用DAVID数据库对筛选的关键靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对滇黄精的主要活性成分与抗疲劳关键靶点进行分子对接。【结果】获得滇黄精活性成分38种;预测得到滇黄精抗疲劳靶点30个;...     

恩替卡韦治疗慢性乙型肝炎肝纤维化的临床观察

目的通过观察恩替卡韦治疗慢性乙型肝炎对肝脏组织病理和肝纤维化指标的影响,评估其抗肝纤维化的疗效.方法选取慢性乙型肝炎患者81例,随机分为两组,治疗组41例,恩替卡韦0.5 mg,1次/d,口服;对照组40例,给予常规护肝药物治疗,疗程均为48周.观察治疗后肝纤维化指标和肝活组织病理改变,并进行比较.结果治疗后两组患者肝纤维化指标均明显下降,治疗组比对照组下降更为显著,肝组织学评估结果有显著改善（P〈0.05）.结论恩替卡韦治疗慢性乙型肝炎肝纤维化临床疗效确切,无严重不良反应.     

基于网络药理学探究鱼腥草芩蓝口服液清热抗炎的作用机制

为探究鱼腥草芩蓝口服液潜在活性成分的清热抗炎机制,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集鱼腥草芩蓝口服液5味中药的有效成分和作用靶点,构建化合物-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图以及靶点通路图。结果共筛选出24种化合物,包括异热马酮、黄芩黄酮Ⅱ、依靛蓝酮、毛果芸香苷、连翘醇等,筛选到与24种化合物相关的作用靶点79个。PPI网络包含43个靶点蛋白,包括ESR1、NCOA1、HSP90AA1、PTGS2、NOS3、MAPK14等关键靶点。富集分析得到与生物过程相关的GO条目64个(FDR<0.05),与分子功能相关的GO条目17个(FDR<0.024),与细胞成分相关的GO条目4个(FDR<0.41)。以P<0.01为标准筛选出显著性富集的GO条目,得到参与清热抗炎的生物过程有:血液循环、雌激素调节、突触后膜调控等。KEGG分析得到5条信号调控通路,包括禽孕酮介导的卵母细胞...     

基于网络药理学及动物实验探讨欧李类黄酮成分抗骨质疏松作用

为了定性分析欧李果实中的类黄酮成分,通过动物实验研究欧李类黄酮抗骨质疏松作用,并基于网络药理学探讨其作用机制。采用液相色谱-质谱联用法,对欧李果实类黄酮粉末进行成分分析,建立维甲酸小鼠骨质疏松模型,检测小鼠血清中Ca、StrACP、AKP、MDA、T-SOD等含量及股骨长度等物理指标。利用Swiss和PubMed挖掘活性成分靶点信息,通过GeneCards、OMIM、TTD和PharmGKB数据库得到骨质疏松相关靶点信息,将成分靶点和骨质疏松靶点取交集。使用STRING建立蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。使用DAVID对欧李果实类黄酮治疗骨质疏松作用靶点进行KEGG通路分析,绘制KEGG富集分析高级气泡图。利用Cytoscape软件构建欧李果实类黄酮治疗骨质疏松“活性成分-靶点”网络图。结果表明：欧李果实类黄酮粉末正离子模式下共检测到50种活性成分;在小鼠骨质疏松模型中,欧李类黄酮显著提高血清钙和AKP水平,增强T-SOD活性,降低MDA含量及StrACP水平;基于网络药理学分析得到欧李果实类黄酮治疗骨质疏松作用前5位KEGG通路主要是催乳素信号通路、内分泌抵抗、C型凝集素受体信...     

基于网络药理学方法研究两面针抗肿瘤的作用机制

【目的】基于网络药理学构建两面针抗肿瘤的“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”等网络关系,预测其抗肿瘤的作用靶点并对其作用机制进行研究分析。【方法】以口服利用度（OB）及类药性（DL）为限制条件在中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选出两面针主要活性化学成分,在Pharmmapper服务器上筛选和建立两面针靶点数据库。通过OMIM及其他数据库进行抗肿瘤相关基因及蛋白靶点筛选。使用R4.2.1软件做出两面针活性成分、靶点基因和肿瘤。靶点基因相交情况筛选两面针作用靶点。通过Cytoscape 3.6.1软件Merge及Union功能,建立了两面针“有效成分-肿瘤靶点”的可视化交互网络。利用STRING数据库构建抗肿瘤靶点之间的交互网络、PPI网络,利用DAVID数据库对靶蛋白进行KEGG通路注释分析,富集出生物通路,构建出“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”网络。选择其中一个关联度较高的活性化合物作为配体、KEGG富集结果中较为显著的信号通路所涉及靶点作为受体,对活性成分与核心靶蛋白进行分子对接验证。【结果】经筛选和分析获得两面针活性成分21个,抗肿瘤靶点14个,包括EGFR、ESR...     

基于网络药理学的山豆根抗癌机制研究

[目的]运用网络药理学反向分子对接的原理,对山豆根抑癌作用机制进行预测.[方法]筛选山豆根化学成分25个,通过PharmMapper数据库查找相关靶点,NCBI数据库进行靶点的校正,利用DAVID数据库筛选药物的KEGG通路,运用cytoscape建立山豆根的"药材-化学成分-靶点-作用通路-药理作用-临床应用"多层次作用网络图.[结果]山豆根的25个化学成分可调控CTBP2、CD-KN1B、ABL1等51个靶点,得到相关通路25条,涉及癌症、炎症、肝病、心血管病等疾病,其中10条通路与癌症相关.[结论]通过网络药理学的分析方法,预测了山豆根的抗癌作用机制,为深入研究山豆根的药理作用提供方向.     

基于网络药理学探讨柴胡龙骨牡蛎汤治疗癫痫的作用机制

目的 基于网络药理学、生物信息学等方法研究神经递质参与柴胡龙骨牡蛎汤（CLMD）抗癫痫潜在机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）预测、筛选CLMD可能的生物活性成分,并预测其靶点。利用药物靶点数据库挖掘癫痫相关靶点,构建CLMD药效分子-靶点网络及CLMD药效分子-癫痫靶点网络,采用ClueGo分析CLMD治疗癫痫可能的分子机制,使用锂-匹罗卡品癫痫大鼠模型进行相关机制验证。结果 从TCMSP中获得CLMD中活性成分42个及110个药效分子靶点基因。利用数据库获得213个癫痫靶点。CLMD生物活性成分-癫痫靶点网络构建分析,最终得到CLMD治疗癫痫的169个关键基因,包括共同靶点11个,分别为：CHRNA2、CYP1A2、CYP3A4等。通路富集分析显示,这些重要靶点能够富集到在癫痫发生发展中发挥重要作用的通路上,如GABA-A受体、多巴胺能、谷氨酸能、神经递质受体等信号通路。动物实验验证,CLMD能提高锂-匹罗卡品癫痫大鼠GABA水平,降低DA水平,保护海马CA1区神经元细胞。结论 CLMD治疗癫痫具有多系统、多成分、多靶点的特点,特别是调整神经递质代谢水平。     

肝泰乐颗粒对实验性肝损伤的保护作用

目的 观察肝泰乐颗粒对实验性肝损伤是否具有保护作用,为该临床经验方的应用提供理论基础.方法 采用对四氯化碳(CCl4)造成的小鼠急性、慢性肝损伤模型,以及巨噬细胞吞噬功能实验的方法 .结果 肝泰乐颗粒具有明显降低血清谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)含量的作用,具有明显降低肝组织内脂质过氧化物丙二醛(MDA)含量、提高肝组织内超氧化物岐化酶(SOD)含量等作用,对小鼠腹腔巨噬细胞吞噬功能有显著的提高作用.