基于网络药理学和分子对接探究杜仲防治骨质疏松作用机制

本研究运用网络药理学和分子对接的分析方法,探究杜仲防治骨质疏松的分子作用机制。通过TCMSP、GeneCards、OMIM以及DrugBank数据库分别对杜仲的入血有效活性成分、作用靶点以及与骨质疏松有关的疾病靶点进行汇总与筛选。将杜仲的有效活性成分与作用靶点经Cytoscape处理建立起药物靶点的网络关系图,找到药物疾病的共同作用靶点;通过STRING平台建立这些靶点的蛋白质言进行关键靶点的基因本体（Gene Ontology, GO）功能和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）信号通路富集分析,并将分析数据可视化,最后利用AutoDock进行分子对接验证。结果显示筛选后共得到25个杜仲的有效活性成分和202个预测作用靶点,对应的主要化学成分为槲皮素、山柰酚和?-谷甾醇,与骨质疏松有关的疾病靶点共计4 603个,与杜仲有共计144个共同作用靶点,在这144个关键靶点的PPI网络中筛选后得到14个关键靶点。关键靶点的基因富集结果显示,PTGS2、HSP90AA1、PPARG、ESR1和JUN等核心靶点主要通过...     

基于网络药理学和分子对接研究山慈菇对肺癌的作用机制

本研究基于网络药理学和分子对接技术探索中药山慈菇的有效活性成分及其对肺癌疾病中的作用机制.通过检索TCMSP提取山慈菇的有效成分及其作用靶点,检索GeneCards数据库和Drugbank数据库提取肺癌疾病靶点信息,运用STRING数据库构建疾病和药物共同靶点蛋白-蛋白相互作用网络,使用Cytoscape3.7.1软件...     

基于网络药理学和分子对接技术的新生化颗粒活血化瘀作用机制研究

采用网络药理学和分子对接技术,探究新生化颗粒活血化瘀关键作用机制。基于文献检索和中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选新生化颗粒的主要效应成分;通过PharmMapper、TTD和DrugBank等数据库挖掘活性成分作用靶点和活血化瘀相关靶点;借助STRING数据库构建蛋白质相互作用网络;采用Cytoscape软件进行网络可视化和拓扑学分析;通过DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;采用AutoDock软件将主要活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果表明：新生化颗粒含有阿魏酸、藁本内酯和水苏碱等55个活性成分,其调节活血化瘀的关键靶点包括TNF-α、IL1β和MAPK1等。核心通路主要为HIF-1α信号通路、TNF-α信号通路及雌激素信号通路等。分子对接结果显示,核心成分与关键靶点有较好的结合活性。综上,新生化颗粒中阿魏酸、藁本内酯、水苏碱等主要活性成分,通过作用于TNF-α、IL1β和MAPK1等靶点,激活或抑制HIF-1α、TNF-α和雌激素等相关信号通路而发挥活血化瘀作用。该研究阐释了新生化颗粒活血化瘀的潜在作用机制,为其深度研究和二次开发提供重要理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝茯苓丸治疗肝硬化的作用机制

探究桂枝茯苓丸治疗肝硬化潜在的作用机制。利用TCMSP、ETCM和HERB数据库获得桂枝茯苓丸的化学成分及作用靶点,Genecards、OMIM和TTD数据库收集肝硬化相关靶点,并运用Venn图获取药物和疾病交集靶点。通过STRING在线数据库对交集靶点蛋白构建蛋白相互作用网络(PPI),采用Cytoscape 3.9.1软件对结果进行可视化分析。使用Metascape数据平台进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,AutoDock Tools 1.5.7和Discovery Studio 2021软件进行分子对接验证。共获得桂枝茯苓丸的有效成分56个,PPI包含靶点蛋白121个,关键蛋白包括TNF、AKT1和TP53等。GO功能分析,得到桂枝茯苓丸治疗肝硬化主要通过对活性氧的反应、对脂多糖的反应和对细菌来源的分子反应等发挥作用。KEGG通路富集分析结果显示,桂枝茯苓丸治疗肝硬化的机制可能与AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路和IL-17信号通路等有关。分子对接发现药物核心活性成分与靶点基因之间的结合活性良好。本文初步揭示了桂枝茯苓丸治疗肝硬化的多成分、多靶点和多通路的作用机制,为...     

基于网络药理学分子对接探讨山慈菇抗三阴性乳腺癌的分子机制

本研究基于网络药理学与分子对接的方法探讨山慈菇治疗三阴性乳腺癌的作用机制。利用TCMSP数据库和文献中获得山慈菇化学成分,在Swiss Target Prediction平台上搜索活性成分靶点;采用OMIM、GeneCards数据库检索三阴性乳腺癌靶点,并通过String构建蛋白质互作网络,使用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析;另外选取部分化合物和靶点使用Autodock软件进行分子对接验证;运用Western blot法检测相关调控靶点蛋白的表达。结果显示,共筛选出12个山慈菇活性成分,97个关键靶点,分子对接发现主要靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK1、JUN和PIK3CA均与活性成分对接较好。山慈菇的作用靶点富集于PI3K-AKT信号通路,山慈菇通过降低p-AKT和p-PI3K的表达水平进行调控乳腺癌细胞的增殖、凋亡和迁移。本研究初步预测了山慈菇的有效活性成分、关键靶点和作用机制,可为山慈菇治疗三阴性乳腺癌的临床应用提供依据。     

基于网络药理学及分子对接研究蒙药文冠木治疗类风湿关节炎的作用机制

基于网络药理学及分子对接研究蒙药文冠木治疗类风湿关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)的作用机制,为其基础研究及临床应用提供依据。通过本草组鉴数据库及文献收集文冠木成分,通过Pubchem、Swiss ADME、PharmMapper、GeneCards、DisGeNet、DrugBank和UniProt等数据库获取文冠木治疗RA的靶点;通过STRING数据库获得蛋白互作关系;通过Metascape数据库进行基因富集分析,获得文冠木治疗RA的潜在作用通路,通过Cytoscape软件绘制成分-靶点-通路图,应用网络拓扑分析判断文冠木治疗RA的主要活性成分及核心靶点;采用SYBYL2.1.1软件对主要活性成分及核心靶点进行分子对接验证。共筛出文冠木15个活性成分;文冠木治疗RA靶点40个;文冠木治疗RA主要涉及通路有促丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白介素-17 (IL-17)信号通路、Ras信号通路、破骨细胞分化信号通路和血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等;网络拓扑分析预测文冠木治疗RA的重要活性成分有文冠酸、原花青素A-2、...     

基于网络药理学和分子对接的"当归-川芎"药对作用机制研究

研究"当归川芎"药对的网络药理学机制,并用分子对接进行验证.通过检索数据库和文献,筛选出当归和川芎的活性成分及靶点,构建"成分靶点"网络,得到关键靶点,分析其与FDA批准药物靶点的共同靶点,建立"共同靶点疾病"网络.将关键靶点进行基因功能和KEGG通路分析,药对活性成分与关键靶点进行分子对接,共筛选出"当归川芎"药对活...     

基于网络药理学及分子对接技术分析核桃治疗高尿酸血症的作用机制

基于网络药理学方法及分子对接技术分析核桃（Juglans regia L.）治疗高尿酸血症（Hyperuricemia,HUA）的作用机制,利用中药系统药理数据库和分析平台（Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）预测核桃活性成分的作用靶点,运用OMIM、GeneCards和DrugBank数据库检索HUA疾病靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件进行作用靶点-活性成分-疾病网络绘制,利用Metascape平台进行富集分析。使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接,对活性成分及重要靶点的结合度进行验证。结果表明,共筛选出核桃活性成分5种,与HUA有交集靶点16个;富集程度较高的信号通路包括癌症信号通路、化学致癌-受体激活信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路和卡波西肉瘤相关疱疹病毒信号通路;通过分子对接验证试验可知,核桃中主要活性成分与重要靶点结合紧密。     

基于网络药理学探究滇黄精抗疲劳作用及其机制

【目的】基于网络药理学探究滇黄精(Polygonatum kingianum)潜在的抗疲劳机制。【方法】使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、CNKI和DrugBank数据库搜寻滇黄精的主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测各活性成分的作用靶点;通过Disgenet数据库获取与疲劳有关的靶点;借助Venny 2.1.0和Cytoscape v3.9.0构建滇黄精—活性成分—抗疲劳靶点网络,根据其节点度值筛选滇黄精的主要活性成分。通过String数据库构建蛋白质互作（protein-protein interaction,PPI）网络,通过节点度值筛选滇黄精抗疲劳的关键靶点。使用DAVID数据库对筛选的关键靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对滇黄精的主要活性成分与抗疲劳关键靶点进行分子对接。【结果】获得滇黄精活性成分38种;预测得到滇黄精抗疲劳靶点30个;...     

基于网络药理学和分子对接探讨高频调髓中药治疗股骨头坏死的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法,探讨熟地、牛膝、茯苓、肉苁蓉和菟丝子等高频调髓中药治疗股骨头坏死(Osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的作用机制。借助TCMSP平台,获取高频调髓中药的活性成分与潜在作用靶点,将上述药物作用靶点在Uniprot数据库中进行标准化处理。通过GeneCards和OMIM两大疾病数据库,获取得到ONFH疾病相关基因靶点,对所得到的已规范化的药物活性成分与疾病靶点进行整理合并,得到交集基因靶点。通过Cytoscape软件和String数据库,绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络和构建蛋白互作网络,分析网络中关键活性成分和蛋白靶点。利用R软件对交集基因进行基因本体(Geneontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopediaof Genesand Genomes,KEGG)通路富集分析,得到交集基因富集的功能与信号通路。为了验证药物活性成分与作用靶点结合的稳定性,使用AutoDockTools和AutoDock Vina软件进行分子对接验证,并在PyMOL软件中进行可视化分析,共得到5味...     

基于网络药理学与分子对接探究黄芪-葛根-丹参治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

本文运用网络药理学研究方法探究黄芪葛根丹参中有效成分治疗糖尿病视网膜病（DR）的潜在机制。采用TCMSP平台筛选黄芪葛根丹参的活性成分及靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET和DrugBank数据库筛选DR相关靶点,以及在UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名。利用STRING数据库结合Cytoscape软件进行拓扑分析,筛选出核心靶标并绘制网络互作图,再利用Metascape平台对药物疾病共同靶点进行GO和KEGG通路富集分析并建立成分靶点通路网络模型,最后使用Discovery Studio和AutoDock Vina软件对其重要化合物与DR关键靶点进行分子对接验证。通过上述方法共筛选得到中药有效成分89个及靶点基因247个,DR相关基因共4 231个,其中药物疾病共同靶点145个,涉及有效成分76个;GO富集分析涉及生物过程1 864条（P <0.05）;KEGG富集分析通路共205条（P <0.05）,主要有AGE-RAGE、P13K-Akt、TNF和HIF-1信号通路等;关键成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、异鼠李素、刺芒柄花素和...     

基于网络药理学和分子对接探讨上中下通用痛风方治疗痛风性关节炎的分子机制

本文探讨上中下通用痛风方治疗痛风性关节炎(GA)的潜在分子机制。检索中药系统药理学分析平台,挖掘上中下通用痛风方的活性成分和对应靶点,检索DisGeNET、GeneCards和DrugBank等数据库,挖掘GA疾病靶点,采用R语言Venn包,获取药物与GA的交集靶点基因。采用Cytoscape 3.8.0构建药物-成分-靶点网络并筛选核心成分;采用String平台构建交集靶点的蛋白互作网络并筛选核心靶点基因。采用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,采用AutoDock Vina软件进行分子对接。共挖掘出上中下通用痛风方与GA交集靶点基因45个。筛选出槲皮素、黄芩素和汉黄芩素等7种核心成分,重组人趋化因子8(CXCL8)、白介素(IL)-1β等3种核心靶点基因。GO功能共富集1 561个条目,主要涉及对脂多糖的反应、细胞膜凹样内陷和氧化还原酶活性等;KEGG通路共富集120个条目,如AGE-RAGE、IL-17等。分子对接结果表明,核心成分与靶点蛋白结合活性良好。上中下通用痛风方核心成分槲皮素、黄芩素和汉黄芩素等可通过作用于CXCL8、IL-1β等核心靶点对AGE-RAGE和IL-...     

基于数据挖掘、网络药理学和分子对接探究中医药治疗房颤的核心中药及机制

本研究主要挖掘数据,分析中药治疗房颤的用药规律,并通过网络药理学、分子对接及分子动力学方法探究其核心药对机制。检索知网、维普等数据库的中医药治疗房颤的临床资料,运用SPSS Modeler 18.0进行关联规则分析房颤用药规律;通过TCMSP数据库、OMIM和DrugBank等数据库分析核心药对的活性成分及潜在靶点,构建房颤靶点-活性成分-药物网络;通过String数据库得到房颤核心靶点PPI网络,以及使用Metascape进行GO生物功能分析和KEGG通路分析;对关键成分与关键靶点进行分子对接验证,最后进行分子动力学模拟。结果显示:治疗房颤用药频率前五分别是丹参、炙甘草、麦冬、桂枝和当归,高频药对有“丹参-苦参”、“麦冬-五味子”等。对“丹参-苦参”核心药分析发现其通过槲皮素、木犀草素和丹参酮ⅡA等关键成分作用于房颤AKT1、TNF、IL-6、VEGFA、IL-1β和CASP3核心靶点,参与NF-κB信号通路、cGMP-PKG信号通路和AMPK等通路。分子对接显示,槲皮素、木犀草素、丹参酮ⅡA与AKT1、CASP3、IL-1β等靶点紧密结合,AKT1-丹参酮ⅡA为结合亲和力最高的复合...     

基于网络药理学和分子对接探究绞股蓝抗高脂血症的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨绞股蓝防治高脂血症（Hyperlipidaemia, HLP）的可能机制。利用TCMSP数据库搜集绞股蓝的主要活性成分及作用靶点,选定DrugBank数据库、TTD数据库和GeneCards数据库筛选高脂血症有关基因,选取的交集靶点导入String构建蛋白互作,并对结果数据导入Cytoscape 3.8.2进行可视化。应用Metascape数据库,对交集基因进行GO富集和KEGG通路富集分析,最后对关键活性成分和关键蛋白进行分子对接验证。筛选绞股蓝中槲皮素、山柰酚、豆甾醇和绞股蓝皂苷等27个有效成分,预测治疗高脂血症的相关靶点109个,GO功能富集和KEGG通路富集结果显示,绞股蓝治疗高脂血症作用机制主要涉及细胞对激素、无机物和脂多糖应答等生物过程,并通过脂质与动脉硬化、AGE-RAGE信号通路和胰岛素抵抗等多条通路共同发挥作用;分子对接结果也进一步表明,潜在活性成分和RELA、TNF、AKT1、TP53等关键靶蛋白均具有较好的亲和作用。绞股蓝治疗高脂血症的特点符合多成分、多靶点和多通路的中药复方作用机理,可为绞股蓝治疗高脂血症的进一步研究提供理论基础。     

基于网络药理学与分子对接探讨火把花根干预IgA肾病的作用机制研究

运用网络药理学及分子对接技术探讨火把花根治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)潜在分子机制。通过文献检索搜集中药火把花根的化合物成分信息,利用PubChem、SwissADME数据库筛选药物成分,通过Pharmmapper数据库预测药物作用靶点信息。利用DisGenet、DrugBank、GeneCards、OMIM数据库预测IgAN疾病靶点信息。利用R4.2.0 ggvenn包对预测的药物和疾病靶点交互映射、获得交集靶点;利用STRING11.5、Cytoscape 3.9.0对交集靶点进行蛋白互作分析;利用R4.2.0 clusterProfiler包对交集靶点进行GO、KEGG生物信息富集分析,获得火把花根干预IgAN的潜在通路;利用Cytoscape 3.9.0构建药物成分-靶点网络图;使用AutoDock Vina1.1.2对核心成分、受体蛋白结合模式进行分子对接验证。共筛选获得火把花根活性成分19个,预测到火把花根干预IgAN潜在靶点54个,利用cytohubba获得10个核心靶点;GO富集显示潜在靶点主要参与伤口愈合(wound healing)、激素...     

基于网络药理学黄精抗炎活性成分及作用机制研究

黄精属百合科黄精属，性味甘甜，食用爽口，具有重要的药用和食用价值。为探讨黄精抗炎可能活性成分及作用机制，借助TCMSP数据库筛选黄精活性成分，利用Pharmmapper和Uniprot数据库查找黄精活性成分靶点基因，借助GeneCards和MalaCards数据库筛选人体炎症相关基因，取交集获取黄精抗炎潜在靶点；在Metascape数据库进行GO富集和KEGG通路注释；使用Cytoscape3.6.1软件构建黄精抗炎潜在靶点的“成分-靶点-通路”网络图，STRING数据库构建PPI网络图。共筛选出(+)-丁香树脂醇-O-β-D-葡萄糖苷、中华在线1、甲基原纤细薯蓣皂苷、西伯利亚蓼苷A、3’-甲氧基大豆苷元、β-谷甾醇等12个潜在活性成分和ALB、EGFR、MAPK1、CASP3、ESR1等65个黄精抗炎潜在靶标，生物信息学富集分析中筛选出46个GO条目和13条KEGG通路，主要涉及Pathways in cancer（癌症的途径）、Prostate cancer（前列腺癌）、IL-17 signaling pathway（IL-17信号通路）、Hepatitis B（乙型肝炎）通路。该研究揭示了黄精抗炎多成分、多靶点、多通路的作用机制，为黄精抗炎机制研究和后续试验研究提供依据。     

基于网络药理学的平胃散治疗溃疡性结肠炎的潜在机制研究

通过网络药理学研究平胃散对于溃疡性结肠炎(UC)的治疗作用及其潜在机制.通过检索中药系统药理数据库(TCMSP)收集平胃散中苍术、厚朴、陈皮、甘草4味中药的主要活性成分及其相关药物作用靶点;基于UC相关疾病数据库GeneCards、 TTD以及OMIM综合筛选疾病靶点;比对药物与疾病靶点筛选共同潜在靶点,通过STRING数据库、 Cytoscape软件构建平胃散治疗UC靶点相互作用网络并筛出核心节点;同时将药物和疾病的共同潜在靶点与筛选后的平胃散中活性成分通过Cytoscape＿v3.2.1软件生成体现活性成分-靶点相互作用的网络图并筛选出核心节点;利用STRING在线分析药物与疾病共同潜在靶点的GO生物富集过程和KEGG通路富集情况,构建活性成分-靶点-通路网络,并通过AutoDock＿Vina软件对药物活性成分与核心靶点进行分子对接验证.在平胃散活性成分-靶点-通路网络中有40个活性成分、 35条KEGG通路以及16个核心靶点,分子对接结果显示,10个活性成分与蛋白靶点MMP9,CAT,PTGS2,MAPK3,MAPK8,AKT1,MAPK14的最低结合能小于-7 kJ/mol,说...     

基于数据挖掘探究苦荞对胰腺癌的作用机制

基于数据挖掘及分子对接探讨以苦荞麦黄酮类化学物质为主的抗癌作用机制,采用中药系统药理学分析平台及文献查找挖掘苦荞抗胰腺癌的核心靶标和作用通路,通过GO分析和KEGG富集分析探讨其作用机制。结果表明,苦荞化学成分的作用靶点与胰腺癌的交集靶点有156个,苦荞成分槲皮素、山奈酚、大黄素、表儿茶素、芦丁等通过调控AKT1、TNF、TP53、IL6、VEGFA、IL1B、CASP3、EGFR等关键靶点,参与脂质和动脉硬化、乙型肝炎、人类巨细胞病毒感染、PI3K-Akt信号通路等,起到对胰腺癌的拮抗作用,且苦荞成分与各关键靶点均能够进行对接,且对接效果好。本研究预测苦荞对胰腺癌的拮抗作用可能是通过参与DNA与RNA之间转录过程抑制免疫信号通路中炎症因子与病毒感染的表达,促进癌细胞的凋亡,通过这种有效的靶向作用发挥抗肿瘤生物活性功能。