变性与非变性PAGE在检测家蚕微卫星PCR产物中差异

利用公布的家蚕基因组序列，设计特定的家蚕微卫星引物，对8个不同品种家蚕的微卫星位点进行PCR扩增，所得PCR产物经变性与非变性聚丙烯凝胶（PAGE）分离，银染后发现在非变性PAGE上，条带较粗且模糊，非特异带较多，导致读带误差增大；而在变陛PAGE上，所得条带较细且比较清晰，非特异带明显减少，有利于降低统计误差。     

玳瑁遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD技术分析了玳瑁的遗传多样性。用20个随机引物对中国南海海域玳瑁7个个体的基因组DNA进行了PCR扩增,共扩增出1 351条DNA片段,平均每个个体扩增出193条条带。在检测到的193条条带中,多态性条带为69条,多态性条带百分比为35.8%,条带大小在200 bp～3 000 bp之间,7个个体间遗传距离为0.082 9～0.1813,平均遗传距离为0.132 7±0.029 9,表明中国南海海域玳瑁的遗传多样性水平较低,应加强该区域玳瑁种质资源的保护。采用类平均聚类法（NJTREE）构建了7个个体相互关系的分子聚类图,表明该7个玳瑁个体没有形成种群的分化。     

多重PCR同时检测口蹄疫病毒、猪水疱病病毒和水疱性口炎病毒

根据基因库中的口蹄疫病毒（FM—DV）,猪水疱病病毒（SVDV）和水疱性口炎病毒（VSV）各基因序列,设计了与FMDV,SVDV和VSV互补的3对特异性引物,对样品中的cDNA模板进行了多重PCR扩增及反应条件的优化,结果同时得到与设计相符合的3条特异性条带,分别为189bp,125bp和300bp。用这3对引物对病毒样品cDNA模板进行多次扩增,均能稳定得到与设计相符合的3条特异性条带。本试验能特异、敏感、快速地鉴定FMDV,SVDV和VSV。     

中国林蛙Sox基因的PCR扩增

以特异扩增人SRY基因HMG -box保守区的一对引物 ,扩增了中国林蛙Sox基因(SRY -boxgene)。结果表明 ,雄性中国林蛙扩增出了两条带 ,分子长分别为 2 5 0bp和 60 0bp ,而雌性个体中未见扩增带 ,显示了中国林蛙Sox基因在雌雄性别间有差异。本研究为探讨中国林蛙的性别决定机制及性别控制的早期鉴定提供了分子依据     

应用Sry-PCR扩增鉴定狍(Capreolus capreolus)的性别

根据人的SRY基因核心序列设计合成1对引物C1、C2，应用PCR技术对野生狍(Capreolus capreolus)Sry基因(哺乳动物Y染色体DNA雄性特异区)进行扩增．结果在野生狍雄性样本扩增出1条带(221bp)．而在雌性样本未见扩增带．显示了Sry基因的性别特异性。应用这1对引物对42个未知性别狍肌肉组织样本进行了性别鉴定．结果雄性22个，雌性20个。对Sry-PCR产物克隆测序，得到185bp的Sry基因部分核苷酸序列。本试验为狍种群性别比率及其种群动态变化机制研究提供了资料。     

甘肃省小麦条锈病主要流行小种的RAPD分析及Su11-4小种SCAR标记建立

本研究应用RAPD标记技术对甘肃省小麦条锈菌主要流行的8个生理小种进行多态性标记分析,旨在寻找小麦条锈菌不同生理小种的特异性标记,共选用220条10碱基随机引物进行筛选,其中有147条可得到稳定清晰的扩增条带。研究结果显示,通过使用147条引物对甘肃省流行的8个条锈菌的生理小种进行RAPD分析,发现各致病小种间遗传变异丰富,其中引物S301在条中33号中扩增得到约507bp的特异条带;引物S39在条中32扩增得到长度约183bp的特异条带;引物S36在Hybrid46-8扩增得到约510bp的特异条带;引物S2140在Su11-4扩增得到约317bp的特异条带。另外,本研究还对扩增得到的特异片段进行回收并进行测序分析,其中依据小麦条锈菌生理小种Su11-4特异条带的测序结果设计特异引物,成功将其转化为对Su11-4小种特异的SCAR标记,这对不同条锈菌生理小种的快速准确检测具有重要意义。     

一种获取新基因的有效方法--cDNA末端快速扩增

cDNA末端快速扩增（rapid amplication of cDNA ends，RACE）又称为锚定PCR（anchored PCR），由Frohman等于1988年发明，是一种应用通用引物和特异引物从低丰度转录本中快速扩增已知表达序列标签（expressed sequencetags，ESTs）的5’和3’末端的简单而有效的方法。大多数ESTs分布于3’端，并且一般只有300～500bp，     

鸡新城疫血凝、血凝抑制试验与一步法RT-PCR检测方法的对比

本实验应用一对鸡新城疫病毒(NDV)特异引物，对其进行一步法反转录酶链聚合(RT-PCR)检测试验，并同时应用血凝、血凝抑制试验对NDV进行检测。结果证明：用该引物对NDV强毒可以扩增出一条600bp的特异核酸性条带，且有很高的敏感度。而对NDV弱毒则不能扩增出特异条带。相对血凝、血凝抑制试验其灵敏度要高出100倍。     

禽流感病毒 H3N2亚型三重 RT-PCR 检测方法的建立

为建立检测禽流感病毒（AIV ）且同时区分 H3N2亚型AIV 的方法,本研究根据 H3、N2亚型AIV HA、NA基因及AIV最保守M 基因的保守区域,设计并筛选出3对特异性引物,通过优化反应条件,建立了AIV H3N2亚型和M 基因三重RT‐PCR的检测方法。对该法进行特异性及敏感性检测,并通过该三重RT‐PCR方法对96份临床样品进行检测。结果显示,H3N2亚型AIV可扩增出3条特异性条带,其中518 bp为AIV M 基因、418 bp为N2亚型AIV NA基因、271 bp为H3亚型AIV HA基因;H3亚型和N2亚型AIV均可扩增出2条特异性条带,大小分别为518 bp、271 bp和518 bp、418 bp;其他亚型AIV可扩增出一条特异性条带,大小为518 bp;常见禽病病原体均未扩增出任何条带。敏感性试验表明该法对 H3N2亚型AIV的检测下限为100 pg ;96份临床样品检测结果与病毒分离鉴定结果一致。本研究所建立的AIV H3N2亚型和M 基因三重RT‐PCR为一种简便、快速、有效的检测方法。     

以随机扩增多态性DNA(RAPD)技术筛选意大利蜜蜂重要农艺性状遗传标记

为了获得意大利蜜蜂重要农艺性状的分子遗传标记 ,本研究以 30种RAPD随机引物对平湖浆蜂、美意、澳意、苏意等 4个在产浆、采蜜和抗病性上存在较大差异的意蜂品系的基因组DNA进行RAPD_PCR扩增筛选。试验结果显示 ,随机引物W 1 8(5′_CGGACGGCGG_3′)和W2 3(5′_GTACCGCCCG_3′)的扩增图谱呈多态性。其中 ,在引物W 1 8所扩增出的 9条片断中 ,2 35 2bp和 36 4bp条带为美意所特有 ,表明可将之用于鉴别美意 ;2 0 92bp条带仅出现于蜂蜜高产的美意和澳意中 ,意味着该条带为一个蜂蜜高产性状的遗传标记 ;而 6 32bp条带在王浆高产品系平湖浆蜂中出现的频率 (0 91 )显著高于 (P <0 0 1 )美意(0 0 4 )、澳意 (0 0 2 )和苏意 (0 0 0 ) ,说明 6 32bp条带可能为王浆高产性状的一个遗传标记。在W2 3引物扩增条带中 ,6 5 1bp条带为澳意所特有 ,可用于澳意鉴别     

禽流感病毒H9N2亚型三重PCR检测方法的建立

为建立简便快速检测禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)并同时区分出H9、N2亚型的方法,本试验根据基因库中H9亚型AIV的HA基因、N2亚型AIV的NA基因及AIV的M基因序列,分别设计了3对针对这3种基因保守序列的引物,建立了AIV H9N2亚型的三重PCR检测方法。应用该方法对H9N2亚型AIV模板进行PCR扩增,可得到3条与试验设计相符的目的条带,分别为313 bp (HA基因)、451 bp (NA基因)和667 bp(M基因);对非H9亚型的N2亚型AIV模板进行扩增,出现2条特异性扩增条带,即451 bp (NA基因)和667 bp(M基因);对非H9、N2亚型AIV模板进行扩增则只出现一条目的条带,即667 bp(M基因);对其他禽呼吸道病原体进行PCR扩增,结果均为阴性。敏感性试验结果显示此三重PCR方法最低检出限为10^-2 ng/μL。应用所建立的三重PCR方法对120份临床病料进行检测的结果与病毒分离鉴定结果一致。各项试验结果均表明,该方法对于禽流感病毒尤其是H9、N2亚型禽流感病毒的检测具有快捷、特异、灵敏的特点。     

H5亚型和N6亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法的建立

为了建立一种快速、简便的H5亚型、N6亚型禽流感病毒(AIV)的检测方法,根据GenBank中H5亚型、N6亚型AIV的HA和NA基因保守序列,分别设计了2对特异性引物,通过优化条件,建立了H5亚型和N6亚型AIV二重RT-PCR检测方法。特异性试验结果显示,该方法对H5N6亚型AIV特异性扩增出418bp和251bp目的片段,对H5Ny(y≠6)亚型AIV扩增出418bp目的片段,对HxN6(x≠5)亚型AIV扩增出251bp目的片段,对其他亚型和常见的禽病病原体均未扩增出目的片段;敏感性结果显示,该方法对H5亚型和N6亚型最低检测限为1.59×10-5ng/μL。本研究建立的H5亚型和N6亚型AIV检测方法,具有特异性强,灵敏度高的特点,为H5亚型和N6亚型AIV临床检测以及防控提供了有效方法。     

应用多重引物RT-PCR快速诊断禽流感亚型

将本实验室分离保存、已经过PCR扩增、核酸测序鉴定的三种不同亚型禽流感病毒(AIVH5N1、H6N2、H9N2)分别接种鸡胚,收集尿囊液,分离提取AIV总RNA。参考H1￣H15亚型禽流感病毒的核蛋白(NP)基因序列以及H5、H6、H9亚型AIV血凝素(HA)基因序列,设计四对引物:NP1,NP2;H5P1,H5P2;H6P1,H6P2;H9P1,H9P2,混合为PCR扩增多重引物MP1,下游引物NP2、H5P2、H6P2,、H9P2混合为逆转录反应多重引物MP2。AIV总RNA在相同反应条件下经MP2逆转录,用MP1进行PCR扩增,AIVH5亚型材料得到205bp,563bp两条扩增带,AIVH6亚型材料得到205bp,233bp两条扩增带,AIVH9亚型材料得到205bp,690bp两条扩增带,都与实验设计相符合,阴性材料没有扩增带。该方法成功实现四对引物进行RT-PCR反应同时检测出AIV,准确诊断H5、H6、H9三种禽流感亚型,检测时间短,特异性强,能及时检测出AIV亚型。     

西农萨能奶山羊CSN1S2基因多态与产奶量、体尺指标的相关分析

利用PCR2RFLP技术对69只西农萨能奶山羊的CSN1S2基因进行多态性分析。扩增产物为310bp的CSN1S2F基因片段,被Alw26I限制性内切酶消化后表现多态性。F等位基因为310bp,N等位基因为179和131bp,相应地,FF基因型为310bp,NF基因型为310,179和131bp,NN基因型为179和131bp。在该群体中,F等位基因频率为010870,N等位基因频率为019130,处于Hardy2Weinberg平衡状态。将西农萨能奶山羊CSN1S2F基因座不同基因型与平均产奶量进行相关分析,结果表明:CSN1S2的不同基因型对平均产奶量有显著影响,NN基因型个体产奶量最高,FF基因型个体产奶量最低,且FF基因型个体平均产奶量显著低于NN基因型个体(P<0105)。将西农萨能奶山羊CSN1S2F基因座不同基因型与体尺指标进行相关分析,结果表明:在初生重和体高指标上,NF基因型个体显著优于NN基因型个体(P<0105);在体斜长和管围指标上,NF基因型个体略优于NN基因型个体,但差异不显著(P>0105);在成年体重和胸围指标上,不同的基因型个体间无差异。     

H7N9亚型禽流感病毒三重PCR检测方法的建立

In order to develop a rapid and simultaneous assay for H7N9 subtype avian influenza virus （AIV）, three pairs of specific primers were designed according to the conserved sequences of the hemagglutinin (HA) gene of H7 subtype AIV, the neuramidinase (NA) gene of N9 subtype AIV, and the matix (M) gene of all subtypes AIV. The reaction conditions were optimized, and the specificity and sensitivity of this method were evaluated to develop a triplex PCR assay. It was shown that H7N9 subtype AIV could be amplified into three specific bands by this triplex PCR, the lengths of these bands were 330 (H7 AIV), 207 (N9 AIV) and 632 bp (all AIV), respectively. Samples containing H7 or N9 subtype AIV could be amplified into two specific bands, which were 330 and 632, 207 and 632 bp, respectively. Samples containing other subtypes AIV could be amplified into a 632 bp specific band. No specific band was amplified from other avian pathogenic virus. Sensitivity test results showed that as low as 10³ copies/μL H7N9 subtype AIV could be detected. This triplex PCR could simultaneously diagnose H7N9 subtype AIV, single H7 subtype AIV, single N9 subtype AIV and other subtype AIV in one tube. This assay was a rapid, specific and sensitive method for the detection of H7N9 subtype AIV. It could be applied in rapid diagnosis for clinical samples, and also provided a technical support to prevent and control H7N9 subtype AIV.     

新城疫病毒和鸭瘟病毒二重PCR检测方法的建立及初步应用

根据基因库中新城疫病毒(Newcastle diseases virus,NDV)和鸭瘟病毒(duck plague virus,DPV)的基因序列,分别设计了2对针对NDV和DPV保守基因序列的引物。用这2对引物对同一样品中的NDV和DPV模板进行二重PCR扩增,结果同时得到了2条特异性的、大小与试验设计相符的419(NDV)和602 bp(DPV)的扩增条带,而对其他禽病病原的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该二重PCR技术能同时检出0.4 pg的NDV模板和126 pg的DPV模板。     

应用PCR快速诊断番鸭细小病毒病和小鹅瘟

根据GenBank中已发表的番鸭细小病毒(MDPV)和鹅细小病毒(GPV)全序列,分别设计并合成特异性引物MDPVF/R和GPVF/R,对细小病毒属成员GPV、MDPV、犬细小病毒(CPV)及鸭常见病毒病病原如鸭瘟病毒(DPV)、鸭病毒性肝炎病毒(DHV)、鸭呼肠病毒(DRV)、流感病毒(AIV)的核酸进行PCR扩增.结果表明,引物特异性良好,引物MDPVF/R只能特异性扩增出MDPV的714 bp基因片段,引物GPVF/R只能特异性扩增出GPV的570 bp基因片段;敏感性试验结果表明,MDPV DNA最低检出量为17.5 pg,GPV DNA最低检出量为13.7 pg.该方法的建立对这两种疾病的鉴别诊断具有重要意义.     

采用微卫星(SSR)标记研究苜蓿品种鉴定初报

苜蓿(Medicago sativa L.)是异花授粉植物,自交则衰退,品种内个体间基因型杂合,因此品种鉴定的难度较大。本文以苜蓿地方品种、育成品种和引进品种为材料,采用微卫星分子标记研究和鉴定供试苜蓿品种。结果表明:采用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行PCR产物分离可以避免非特异带的出现,降低了实验误差;在品种鉴定方面,AFca1位点片段大小为148 bp的等位基因在龙牧系列品种中出现的频率明显高于其它品种,可作为品种区别的依据;在其它品种之间或与杂花苜蓿品种之间,多数的SSR位点有基本相同的基因型和等位基因,品种间的区别主要在于等位基因频率的差异,而大部分品种之间频率的差异很小,不能作为鉴定的依据,即仅靠有限的SSR位点很难区别供试苜蓿品种;通过某些品种特有性状相连锁的分子标记与其它品种之间的差异作为鉴定的依据进行探索研究,或许能真正将某些苜蓿品种与其它品种区别开。     

应用多重PCR检测鉴别对虾白斑综合征病毒和桃拉病毒

研究建立了一种可同时检测对虾白斑综合征病毒(WSSV)和桃拉病毒(TSV)的多重聚合酶链式反应(多重PCR)技术。根据WSSV和TSV基因序列，设计合成了2对分别与WSSV和TSV某段基因序列互补的引物，用这2对引物对同一样品中的WSSV DNA和TSV RNA模板进行多重PCR扩增。结果均同时得到了2条特异的与实验设计相符的306bp(WSSV)和231bp(TSV)多重PCR扩增带，而对其他对虾病病原的PCR扩增结果均为阴性；敏感性测定结果表明，该多重PCR技术能检出10pg的WSSV DNA和1pg的TSV RNA模板。     

应用多重反转录-聚合酶链反应检测鸡新城疫病毒和传染性支气管炎病毒的研究

本文建立了一种同时检测NDV和IBV二种病原体的多重PCR技术。根据NDV和IBV的基因文库 ,设计了两对分别与NDV和IBV某段基因序列互补的引物 ,用这两对引物对同一样品中NDV和IBVRNA模板进行多重RT_PCR扩增 ,结果均同时得到了两条特异性的大小与实验设计相符的 31 0bp(NDV)和 1 72 0bp(IBV)多重的RT_PCR扩增带 ,而对其他 6种禽病病原的PCR扩增结果均为阴性 ;敏感性测定结果表明 ,该多重RT_PCR技术能同时检出 1 0pg的NDV和 1 0 0pg的IBVRNA模板。