FSHR基因第1外显子多态性及其与小梅山猪产仔数的关系

本研究旨在检测猪FSHR基因第1外显子多态性,并分析其与产仔数之间的关系.采用PCR- SSCP和直接测序方法检测基因多态性,利用最小二乘法分析其与母猪产仔数的关系,同时对多态位点的方差组分进行分析,并预测选择反应.研究结果表明:猪FSHR基因第1外显子区域内检测到3个SNPs(C70T、C74G、C81T),其中C74G导致氨基酸的改变,同时,筛选出3个单倍型和5种基因型;FSHR基因单倍型与基因型分布在小梅山猪、枫泾猪与大白猪群体间差异达到极显著水平(P＜0.01);关联分析结果显示,2胎以上的小梅山母猪中,AA和CC基因型个体的TNB比BC基因型分别低0.64(P＞0.05)和0.36头(P＞0.05),所有胎次中,AA基因型个体的TNB 和NBA比AC基因型分别低0.80(P＜0.01)和0.67头(P＜0.01).对于FSHR基因第1外显子而言,小梅山猪TNB和NBA的遗传主要受到显性效应的影响.     

猪WNT4基因多态性及其与产仔数的关联性分析

本实验旨在研究猪WNT4基因的多态性对猪产仔数的影响,以期寻找到与猪产仔数相关的分子遗传标记,为猪的早期选择提供依据。本实验利用PCR-PFLP技术分析WNT4基因外显子多态性,并与产仔数进行关联分析。结果表明:在第1外显子73 bp处发现1个突变,有3种基因型。对于第1胎,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出2.28头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出1.89头(P<0.01);对于第2胎,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出3.31头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出3.53头(P<0.01);对于所有胎次,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出1.94头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出1.78头(P<0.01);对于第3~6胎,3种基因型个体的TNB及NBA之间差异不显著(P>0.05)。综上,该多态位点CC基因型相对于AA型是优势基因型。     

猪ITGB1基因多态性与产仔数的关联性分析

本研究以643头母猪为实验材料,利用CRS-RFLP技术对猪ITGB1基因第14外显子C42241T位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析,旨在探讨该多态位点能否作为猪产仔数性状的分子遗传标记。结果表明:42241多态位点的基因型效应对长白猪的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)影响不显著;对于大白猪和杜洛克猪,不同基因型个体之间的TNB和NBA差异显著(P<0.05),其效应为TT>TC>CC,且TT型个体具有较高的产仔数主要是由基因的加性效应导致的。因此,42241位点TT基因型可作为大白猪和杜洛克猪TNB和NBA性状的标记基因型。     

GPR54基因多态性与小梅山猪产仔数的关联分析

本研究旨在检测猪GPR54基因多态性,分析其与产仔数之间的关系。采用PCR-SSCP、PCR-R FLP和直接测序方法,对小梅山猪、枫泾猪和大白猪3个群体218头繁殖母猪进行GPR54基因的多态分析,并采用最小二乘法分析其与616窝小梅山母猪繁殖记录的关系。结果表明:在3对引物(P1、P4、P8)中检测到3个多态位点,其中1个多态位点(P1)导致氨基酸的改变(Leu35Pro),P4与P8位点的基因遗传为连锁遗传;P1位点上,2胎以上小梅山母猪中,BB型个体的产活仔数(NBA)比AB型和AA型分别高0.69、1.65头(P0.01),所有胎次中,BB型个体的TNB和NBA均高于AA型(P0.01)和AB型(P0.01);P4/P8位点上,杂合型的总产仔数(TNB)和NBA均高于纯合型。结果提示,对于小梅山猪,P1位点的BB基因型可作为小梅山猪辅助选择的遗传标记。     

猪IL-8基因多态性与产仔数的关联性分析

以大白猪和长白猪共计429头母猪为试验材料,采用PCR-SSCP技术研究猪白细胞介素-8基因多态性,并进行其与产仔数的关联分析。结果表明:在2对引物(E2和E5)中各检测到一个多态位点,均出现3种基因型。E2位点对于大白猪在3~8胎中,BB型个体的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)均极显著高于AA型个体(P0.01),在所有胎次中,BB型个体的TNB和NBA均极显著高于AA型个体(P0.01);对于长白猪在所有胎次中,AA型个体的NBA显著高于BB型个体(P0.05)。E5位点对于大白猪在3～8胎中,AA型个体的NBA显著高于BB型个体(P0.05)。对于大白猪,E2位点BB基因型可作为TNB和NBA性状的标记基因型,E5位点AA基因型可以作为NBA性状的标记基因型。     

定远猪CATSPER1基因多态性及与产仔数的相关分析

利用现代分子标记技术探索了影响猪产仔数的候选基因CATSPER1多态性,并分析了多态性与产仔数间的相关性,为建立产仔数分子标记辅助选择方法提供依据。试验采用PCR-RFLP(HhaI限制性内切酶)技术,分析了264头定远猪母猪的CATSPER1基因exon 1的c.A779G多态性,并采用最小二乘法分析了CATSPER1基因多态性对产仔数影响的遗传效应。结果显示,CATSPER1基因c.A779G位点在定远猪中存在多态性,AA、AG和GG型频率分别为0.030 3、0.272 7和0.697 0,野生型等位基因A的基因频率为0.166 7,经检验该位点在定远猪群中处于哈德-温伯格平衡状态(P>0.05);AA型个体的总产仔数和产活仔数最高,GG型个体最低,AA型总产仔数均极显著高于AG和GG型(P<0.01),AA型个体的产活仔数均显著高于AG和GG型(P<0.05),而AG和GG型个体间的总产仔数和产活仔数均差异不显著(P>0.05);遗传效应分析表明,等位基因A为定远猪优良等位基因,A等位基因替代G等位基因的效应均为正值,因此选择AA型个体留种有利于提高群体的产仔数。     

猪NR4A1基因的多态性与产仔数性状的关联分析

通过比较序列测定法,在NR4A1基因第5内含子发现A/G突变,建立了PCR-DdeI-RFLP分型技术,并在3个中外猪种中进行多态性分型,分析其基因型频率和等位基因频率,还在长白猪猪群中检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析.结果表明,在长白猪猪群中,所有胎次产仔数呈现GG>AG>AA的趋势.其中,GG型个体和A...     

猪VEGF基因5′调控区多态性与产仔数的关联分析

研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响。结果表明:在VEGF 5′调控区内有2个突变位点。P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因。长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P<0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P<0.05),NBA差异极显著(P<0.01)。P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因。TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P<0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P<0.05)。P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究。     

猪VEGF基因5'调控区多态性与产仔数的关联分析

研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响.结果表明:在VEGF 5'调控区内有2个突变位点.P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因.长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P＜0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P＜0.05),NBA差异极显著(P＜0.01).P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因.TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P＜0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P＜0.05).P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究.     

INHA基因多态性与猪产仔数的相关性分析

研究选取抑制素α(INHA)基因为候选基因,采用PCR-RFLP和不对称PCR-SSCP技术检测其在大白猪、长白猪中的多态性,并对大白猪、长白猪不同基因型、合并基因型与猪产仔数的关系进行了分析。结果表明:INHA基因在长白、大白猪中存在外显子ⅡG262A位点突变,该位点引起Hin6Ⅰ限制性内切酶酶切位点的改变,G等位基因为优势等位基因,GG型为优势基因型。利用不对称PCR-SSCP结合测序发现外显子ⅡA852G位点产生突变,研究表明,B为优势基因,BB为优势基因型。基因型合并分析表明,BBGG基因型为优势合并基因型,在大白猪中,总产仔数BBGG基因型要比BCGG基因型高0.7头,产活仔数BBGG基因型要比BCGG基因型高1.5头;而在长白猪中,总产仔数BBGG基因型比BCGG总产仔数高2.0头,产活仔数BBGG基因型要比BCGG基因型高1.73头。合并基因型的遗传效应并不是各基因效应的简单相加,但却要稍高于最好的单个基因型效应。     

猪Leptin基因多态性及其与产仔性状的相关性分析

试验旨在探究Leptin基因对猪产仔性状的影响,为其新品种持续选育提供遗传学依据。参考GenBank发布的猪Leptin基因DNA序列（登录号:U66254、AF026976）设计3对引物,采用PCR-SSCP技术分析Leptin基因在苏姜猪和姜曲海猪中的单核苷酸多态性（SNP）,并用统计学方法分析基因座多态性与产仔性状的相关性。结果发现,Leptin基因在苏姜猪、姜曲海猪群体中均具有多态性,检测到3种基因型:AA、AB和BB;测序结果发现,编码区第3 469位碱基处发生单碱基突变（T3469C）,为同义突变。χ²适合性检验显示,2个猪种Leptin基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。多态信息含量（PIC）分析显示,苏姜猪为中度多态,姜曲海猪为低度多态。Leptin基因型与产仔性状关联分析显示,不同基因型间产仔性状差异不显著（P>0.05）,但T3469C位点AB基因型平均产仔数较AA和BB基因型高,初步推断Leptin基因T3469C位点可能是影响猪产仔性状潜在的遗传标记,建议做进一步的研究。     

The Association Analysis Between the SNPs of Leptin Gene and Litter Size Trait in Pigs

The research was aimed to analyze the association of Leptingene and breed traits on pigs. Three pairs of primers were designed which based on DNA sequence of pig Leptin gene (GenBank accession No.U66254, AF026976),the single nucleotide polymorphisms (SNPs) of Leptin gene were detected by PCR-SSCP in Sujiang and Jiangquhai pigs. The results showed that three genotypes of AA,AB and BB were identified, and the mutation (T3469C) in CDS of Leptin gene was found,but amino acid change weren't happened. The Chi-square test results showed that the Leptin genotype distribution of Sujiang and Jiangquhai pigs was in Hardy-Weinberg equilibrium (P>0.05). The polymorphism information content (PIC) were moderate polymorphism in Sujiang pigs,and low polymorphism in Jiangquhai pigs. The statistic analysis results showed that there were no significant association between the SNP of Leptin genotype and litter size trait(P>0.05). But the average litter size of T3469C site AB genotype was higher than AA and BB genotypes, it was concluded that the T3469C polymorphism of Leptingene might be the genetic marker which potentially affected pig breed traits.     

催乳素受体基因对大白、长白猪产仔数的影响

采用PCR—RFLP法对大白、长白猪进行催乳素受体（PRLR）基因多态性检测，结果表明，两个品种的PRLR等位基因B频率略高于等位基因A频率，大白母猪PRLR基因型为AA的各胎平均产仔数比AB型高1．62头（P〈0．05），比BB型高2．41头（P〈0．05）；长白母猪AA型比AB型和BB型相应高1.32和3．33头（P〈0．05）。     

杜洛克FUT1基因多态性及其与产仔性能的关联分析

采用PCR-RFLP方法对杜洛克FUT1基因多态性进行分析。结果发现:杜洛克FUT1基因开放阅读框307位点经Hin6Ⅰ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,AA基因型的频率为0.157,A基因的频率为0.353。分析这3种基因型与杜洛克产仔性能间的关联性。结果表明:抗性纯合子AA基因型的个体1～5胎每个胎次的产仔数均值均高于AG和GG基因型,且第1胎和第4胎的产仔数均值显著高于AG和GG基因型(P<0.05),AA基因型对产仔性能而言是有益基因型。     

猪窝产活仔数与初生窝重、21日龄窝重的相关分析

测定84头新关系杜洛克母猪的窝产活仔数、分娩胎次、初生窝重、21日龄窝重,分别按照窝产活仔数分组进行方差分析和性状间的相关回归分析,探讨分娩胎次对猪繁殖性状的影响。结果表明：窝产活仔数、初生窝重、21日龄窝重组间差异均呈极显著（P〈0．01）,初生窝重在窝产活仔猪数为9头和10头,7、8、9头差异不显著,其余各组之间差异显著或极显著。21日龄窝重在窝产活仔数为7、8、9、10、13头之间差异均不显著。对窝产活仔数与分娩胎次、初生窝重、21日龄窝重进行相关分析,分娩胎次与21日龄窝重指标不相关,其余各组指标均达到极显著（P〈0．01）水平。综合分析表明猪窝产活仔数在10～12头可取得最佳经济效益．     

Genome-wide Association Study on Alive Litter Size Trait in Bama Xiang Pigs

In order to identify the molecular markers related to alive litter size of Bama Xiang pigs,the genome-wide association study (GWAS) was used to map and screen the candidate genes affecting the alive litter size trait.Ear tissue samples of 297 Bama Xiang pigs with multiple parity records were collected,and DNA was extracted and genotyped by porcine 50K SNP beadchip.After quality control and genotype imputation,the alive litter size of Bama Xiang pigs were GWAS by Tassel.The results showed that the average number born alive per litter of Bama Xiang pigs increased gradually with the increasing of parity in the range of 1-9 parities.A total of 32 816 SNPs were obtained after quality control and filtration.8 SNPs related to alive litter size of Bama Xiang pigs were screened by genome-wide association analysis,which were significant at genome or chromosome level.Based on the enrichment analysis of the coding genes in the region between 500 kb upstream and downstream of the associated significant SNP loci,and the QTL regions and gene functions related to porcine reproductive traits,4 genes (CAPZB,MSH3,CITED2 and HSD17B7) were finally identified to be candidate genes related to alive litter size of Bama Xiang pigs.     

巴马香猪产活仔数性状全基因组关联分析

为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析（GWAS）定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型填充后,使用Tassel软件对巴马香猪产活仔数性状进行全基因组关联分析。结果显示,巴马香猪平均窝产活仔数在1~9胎内随着胎次增加逐渐升高;经质控过滤后共获得32 816个SNPs位点,利用全基因组关联分析共筛选到8个与巴马香猪产活仔数相关的SNPs位点,分别在基因组或染色体水平达到显著;对关联显著SNP位点上下游500 kb内的编码基因进行富集分析,并依据猪繁殖性状相关QTL区域及基因功能,最终筛选到4个基因（CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7）作为影响巴马香猪产活仔数的候选基因。