绿头野鸭与我国主要地方鸭品种遗传多样性研究

利用17个微卫星标记,采用PCR扩增,8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染,对绿头野鸭种群和我国9个主要地方鸭品种的遗传多样性进行了检测,统计了各群体的平均有效等位基因(Ne)、平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、群体间的遗传距离(Ds)和相似系数(I)。采用UPGMA和NJ法构建系统发生树。结果表明:17个微卫星座位在绿头野鸭种群和我国9个主要地方鸭品种中的多态信息含量均为高度多态,所有鸭种的平均PIC、H、Ne分别为0.6506、0.6896、4.1±1.5,基因多态性和遗传多样性相对较高;家鸭各品种间的遗传距离在0.1631~0.6844范围内,绿头野鸭与家鸭品种间的遗传距离分别在0.3096~0.8219之间。根据系统发育树推断中国主要地方鸭品种不是单一起源于绿头野鸭。中国主要地方鸭品种大致可以分为5支。一支为北京鸭、荆江鸭,一支为中山鸭、建昌鸭及高邮鸭,一支为靖西大麻鸭和金定鸭,连城鸭为一支,绍兴鸭为另一支。     

我国部分地方鸭种的亲缘关系及起源分析

为揭示我国部分地方鸭种的亲缘关系及其起源,选取12对荧光标记微卫星引物,对12个地方鸭种及2个野鸭品种进行遗传多样性检测。利用Microsatellite-Toolkit软件将数据结果导入FSTAT和Dispan软件计算标准遗传距离DS、DA遗传距离,并对12个地方鸭群体与2个野鸭品种之间的遗传距离进行方差分析,最后基于标准遗传距离DS与DA遗传距离对14个鸭品种通过构建UPGMA系统发生树进行聚类分析。结果表明:该12个地方鸭种与绿头野鸭、斑嘴鸭之间的DA遗传距离(配对试验均数差异t检验)差异极显著(P<0.01),基于DS与DA遗传距离构建的UPGMA系统发生树都将14个品种聚为3类,并且斑嘴鸭单独聚为一类;可初步判定这12个地方鸭种起源于绿头野鸭,而与斑嘴鸭的遗传距离相对较远。     

利用8个微卫星标记分析7个鸭群体的遗传多样性

研究应用8个微卫星标记对7个鸭群体进行了遗传多样性检测。利用等位基因频率计算了各群体的基因杂合度、多态信息含量及群体间的遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明:8个微卫星标记中除SMO13(PIC=0.480)和APL83(PIC=0.372)为中度多态外,其余标记均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸭群体间遗传多样性分析和系统发生关系分析。7个鸭群体在微卫星座位的平均杂合度在0.514～0.646,最高的莆田黑鸭为0.646,最低的康贝尔鸭为0.514。从聚类分析结果来看,北京鸭与中型母本、小型母本聚为一类;康贝尔鸭和金定鸭聚为一类;莆田黑鸭与山麻鸭聚为一类。     

微卫星标记法分析9个鸭群体的遗传多样性

为了对巢湖麻鸭、枞阳媒鸭、大余麻鸭、荆江麻鸭、靖西大麻鸭、广西小麻鸭、高邮鸭、吉安红毛鸭和苏牧鸭等9个肉用型(兼用型)的鸭群体遗传多样性进行系统评价,试验选择12个成熟的微卫星位点对9个肉用型(兼用型)鸭群体的遗传多样性进行测定和聚类分析。结果共检测到142个等位基因位于12个成熟的微卫星位点上,多态信息含量(PIC)介于0.275 5～0.832 6之间,其中有8个座位为高度多态位点,剩余4个座位为中度多态位点;9个鸭群体在微卫星座位上的平均杂合度在0.408 6～0.559 0之间,大余麻鸭的PIC最高达到了0.6091,吉安红毛鸭的PIC最低达到了0.499 4;荆江麻鸭和巢湖麻鸭的遗传距离(DA)最近,为0.095;苏牧鸭和其它鸭群体的遗传距离都较远,并且苏牧鸭和高邮鸭的遗传距离最远,达到0.319;聚类分析将9个鸭群体分为三大类,其中巢湖麻鸭、荆江麻鸭、枞阳媒鸭、靖西大麻鸭以及大余麻鸭先后聚为一类;高邮鸭首先和吉安红毛鸭聚为一类,接着与广西小麻鸭聚为一类;而苏牧鸭被单独分为一类。结果表明9个鸭群体中遗传多样性较为丰富,遗传变异程度以中等水平为主,为今后我国肉用型地方鸭品种资源的合理开发和科学杂交利用提供更加准确的数据。     

北京鸭与樱桃谷鸭的分子遗传关系分析

为了分析北京鸭和樱桃谷鸭的遗传关系,采集包括北京鸭、在英国培育而成的肉鸭品种樱桃谷鸭及其它5个中国地方鸭品种共248个个体,利用11个微卫星标记对这7个鸭品种进行遗传关系分析.FST分析结果表明北京鸭与樱桃谷鸭的遗传分化程度最低,只有0.0795;遗传距离(Ds)分析发现北京鸭与樱桃谷鸭的遗传距离最近,为0.1079;群体分化时间分析表明二者的分化时间为98年,北京鸭与其它地方鸭品种的分化时间在282至694年之间;聚类结果显示北京鸭、樱桃谷鸭和建昌鸭聚为一类;巢湖鸭、高邮鸭、绍兴鸭和金定鸭聚为另一类.这些结果表明了北京鸭与引进品种樱桃谷鸭有非常密切的遗传关系,为樱桃谷鸭培育自北京鸭这一说法提供了分子遗传学的证据,同时本研究还发现北京鸭与樱桃谷鸭在遗传背景上已经发生了一定程度的分化.     

利用微卫星DNA多态性预测半番鸭的杂种优势

为探究微卫星DNA多态性与鸭肉用性能杂种优势的相关关系,选取10对微卫星标记对金定鸭、樱桃谷鸭、F1(樱桃谷鸭×金定鸭)和番鸭进行遗传多样性检测。利用ONEDscan、GENEPOP、Mstools软件对目的基因进行分型,计算遗传多样性参数以及群体间标准遗传距离,并测定半番鸭各杂交组合F1代体重杂种优势。结果表明:在4个鸭群体共检测到52个等位基因,金定鸭、F1(樱桃谷鸭×金定鸭)、樱桃谷鸭与番鸭群体间标准遗传距离分别为0.57678、0.52220、0.46356,樱桃谷鸭与金定鸭遗传距离为0.38949。并根据遗传距离,采用对数曲线模型对半番鸭体重杂种优势进行了预测,χ2检验结果显示,预测结果与实验测定结果无显著性差异,表明本研究建立的根据微卫星DNA多态性预测半番鸭部分生长阶段体重杂种优势是可行的。     

广东省四个家鹅群体的遗传变异研究

通过筛选31个多态性较好的微卫星标记检测了广东省狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马岗鹅4个家鹅的遗传变异。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数、群体间的Nei氏标准遗传距离DS和DA遗传距离,并采用邻近法(NJ)和类平均法(UMPGA)进行聚类。结果表明广东省4个家鹅群体的平均杂合度为0.652,遗传一致性较好,各品种间的遗传距离远近顺序在两种遗传距离DS和DA的结果中是完全一致的,以DA为基础得到的UPGMA和NJ的聚类结果都表明这4种鹅聚为两类,狮头鹅和乌棕鹅聚为一类,阳江鹅和马岗鹅聚为一类。同时表明以DA为基础得到的结果NJ的聚类结果更加准确。表明在应用微卫星标记分析品种的遗传多样性时,使用更多的微卫星位点,才可以获得更准确更具普遍性的结论。     

5个黑山羊品种(群体)微卫星标记的遗传多样性研究

利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种(群体)的平均多态信息含量(PIC)为0.6405~0.6856,平均杂合度(H)在0.6985~0.7371之间,说明遗传多样性丰富;群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.0296,说明群体间的变异仅为2.96%,群体间存在基因交流;攀枝花黑山羊和金堂黑山羊2个群体之间的Nei氏遗传距离最大(D=0.1286),金堂黑山羊和乐至黑山羊之间的遗传距离最小(D=0.0365);NJ聚类图中,攀枝花黑山羊、建昌黑山羊和云岭黑山羊聚为一类,金堂黑山羊和乐至黑山羊聚为一类,聚类结果与群体的地理分布较为一致。     

利用15个微卫星标记分析淮河流域3个地方鸭种间的遗传关系

利用15个微卫星标记分析了淮河流域的巢湖鸭、高邮鸭、淮南麻鸭3个地方鸭品种的多态信息含量(PIC)、杂合度以及群体间的遗传关系。结果表明3个群体的平均多态信息含量为0.5747,其中最高的是淮南麻鸭,为0.6030,最低的是高邮鸭,为0.5270,巢湖鸭为0.5940;3个群体的平均观察杂合度为0.4716,其中最高的是淮南麻鸭,为0.4989,最低的是巢湖鸭,为0.4288,高邮鸭为0.4870。各群体间的遗传距离(DA和DS)计算结果显示,巢湖鸭和淮南麻鸭的遗传距离最近,聚类结果也完全相同。3个地方品种的聚类结果与其地域分布吻合。     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

国家水禽基因库七个家鸭群体遗传多样性检测

试验通过微卫星标记对国家水禽种质资源基因库保存的7个家鸭保种群体的保种效果进行了遗传检测。结果表明:28个微卫星位点中有25个高度多态位点,可作为有效遗传标记用于各群体的遗传检测。7个鸭群体中,平均杂和度范围是0.5137～0.6035,最高的是荆江麻鸭,最低的是山麻鸭,反映了各鸭群体保持了较丰富的遗传多样性。Ds遗传距离表明各品种间的遗传距离较远,巢湖鸭与金定鸭之间最远,为0.8835;金定鸭与山麻鸭最近,为0.2674。7个家鸭群体间的Ds值都比较大,说明各群体间的基因交流较少。上述结果反映了在国家水禽种质资源基因库所保存的7个地方鸭群体的保种方法良好,保种效果有效。     

4个微卫星标记分析6个鸭群体之间的遗传关系

利用4对微卫星引物（AJ272577、AJ272578、AJ272579和AJ272580）对6个鸭群体（绍鸭、番鸭、樱桃谷鸭、北京鸭（Z4、Z1）和奥白星鸭）300只鸭的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了检测。结果表明：4个微卫星基因座在6个鸭群体中均存在多态性，可以用于鸭的遗传多样性评估；且基因座AJ272578变异最大，基因座AJ272579变异最小，从不同群体来看，北京鸭Z1的遗传变异最大，奥白星鸭的遗传变异最小。基于Nei氏标准遗传距离，采用UPGMA方法构建了系统发生树，将绍鸭和樱桃谷鸭归为一类，北京鸭Z1、奥白星鸭和北京鸭Z4归为一类，番鸭归为一类。鸭的微卫星基因分型技术为检测品种（群体）之间的遗传关系提供了一个有用的工具。     

利用微卫星标记分析不同保种场的保种效果

分别采用23对微卫星引物分析了我国两个地方品种北京油鸡和北京鸭在不同保种场的保种效果。检测了北京油鸡和北京鸭共计240个个体的基因型,通过计算等位基因数量、遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、F统计量和Nei氏遗传距离分析了北京油鸡和北京鸭群体内与群体间的变异,比较了两个品种不同保种场的保种效果。在所检测的4个群体中,各群体均有较高的多态性,其杂合度均超过了0.5,除微卫星座位APL82(北京鸭Ⅱ)为纯合位点外,各位点等位基因数量为2~16个。结果表明,4个保种场均较好地保存了这些品种的遗传多样性,但同一品种保种场间保种群体已经发生了分化。     

阿塔峡鸡与湖北地方鸡遗传关系的微卫星标记分析

为分析阿塔峡鸡的遗传结构及其与7个湖北地方鸡的群体遗传关系,利用20个微卫星标记分析了上述8个群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)及群体间的遗传距离,并进行了聚类分析。结果显示:所检测的20个微卫星位点中LEI0192的等位基因最多(24个),位点MCW0078和ADL210等位基因数最少(10个);检测的8个群体中阿塔峡鸡的期望杂合度和多态信息含量最低(分别为0.6333和0.6178),江汉鸡的最高(分别为0.8475和0.8192);景阳鸡与江汉鸡的遗传距离最远,而阿塔峡鸡与景阳鸡的遗传距离最近;聚类结果显示江汉鸡和双莲鸡聚为一类,郧阳大鸡和洪山鸡聚为一类,然后这4个群体再聚为一大类,随后再与麻城绿壳蛋鸡、荆门黑羽绿壳蛋鸡、阿塔峡鸡依次聚为一类,最后与景阳鸡聚为一类,该结果与这8个群体的外貌特征及品种形成历史基本一致。综上,阿塔峡鸡与景阳鸡的亲缘关系最近,与江汉鸡的亲缘关系最远。     

固始鸡不同品系及部分外来鸡种遗传多样性的微卫星分析

利用10个微卫星标记,对固始鸡5个系和4个非固始鸡品系共9个群体的等位基因频率、遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明:星红褐鸡与绿壳蛋鸡被聚为一类,固始鸡慢羽系与快羽系被聚为一类,固始鸡被聚为一大类,罗曼鸡自成一类,艾维茵鸡也自成一类。     

利用微卫星标记分析三个绵羊品种及杂交后代遗传多样性

利用微卫星标记技术,分析了无角陶赛特羊、滩羊、小尾寒羊及其杂交后代滩寒F1、陶滩寒F15个绵羊群体的遗传多样性,结果表明:7个微卫星位点均为高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.7077~0.8396;5个群体平均位点杂合度达0.7454~0.8665。以Nei氏遗传距离的UPGMA和NJ聚类结果表明,滩羊与滩寒F1具有较近的亲缘关系,小尾寒羊与陶滩寒F1具有较近的亲缘关系,可聚为一类;滩羊、小尾寒羊与陶赛特羊具有较远的亲缘关系。     

新疆3个地方品种驴微卫星遗传分析

研究利用8个微卫星标记检测新疆3个地方驴品种的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和群体间遗传距离。结果表明:8个微卫星基因座在3个地方驴群体中均表现高度多态,3个地方驴群体的平均多态信息含量PIC(0.7568),遗传杂合度h(0.7841)都高于国内其他品种驴,说明新疆地方驴遗传多样性丰富,群体遗传变异程度较高,育种潜力大。聚类分析表明和田驴先与喀什驴聚为一类然后与吐鲁番驴聚类,与史料及地理分布一致。     

闽南黄牛的微卫星多态性研究

：用8个微卫星标记对闽南黄牛的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果：8个微卫星标记在所检测的闽南黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,在4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7．2个等位基因（3～11）;8个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0．6471,各群体的平均多态信息含量（PIC）差并不显著;全部群体平均杂合度为0．2930;各群体平均有效等位基因数为3．37。此表明闽南黄牛在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明4个群体间的遗传变异不大。     

西北肉用绵羊新品群陶滩寒组合的微卫星标记研究

利用微卫星标记技术,分析了无角陶赛特羊、滩羊、小尾寒羊及其杂交后代滩寒F1、陶滩寒F1 5个绵羊群体的遗传多样性,结果表明,7个微卫星位点均为高度多态位点,平均多态信息含量（PIC）达0.7077～0.8395;5个群体平均位点杂合度达0.7454～0.8665。以Nei氏遗传距离的UPGMA和NJ聚类结果表明,滩羊与滩寒F1具有较近的亲缘关系,小尾寒羊与陶滩寒F1具有较近的亲缘关系,可聚为一类;滩羊、小尾寒羊与陶赛特羊具有较远的亲缘关系。     

金定鸭小群保种效果的研究

以国家水禽种质资源基因库保存的金定鸭为素材,用10个微卫星标记对金定鸭3个世代小群保种群进行遗传检测,通过分析世代间遗传差异来检测小群保种效果。结果表明:10个微卫星标记在金定鸭3个世代保种群中共检测到56个等位基因,其中53个为3个世代保种群所共有,各座位平均等位基因数在5个以上;3个世代的平均杂合度在0.7315~0.7433之间,平均多态信息含量在0.6901~0.7049之间,反映了金定鸭群体遗传多样性丰富,2个指标随世代增加呈现下降趋势,但是无显著差异。结果表明金定鸭采用小群保种方法是可行的。