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1.
采用RT-PCR技术对分离的H1N1亚型猪流感病毒的HA基因进行了扩增,将获得的PCR产物与pMD18-T载体连接,进行序列测定.同源性分析结果表明.分离毒株与其他H1N1亚型猪流感病毒的HA基因核苷酸同源性为70.7%~90.8%,与A/swine/Zhejiang/1/2007的同源性最高,与其他毒株的同源性相对较低.系统进化树分析结果表明.山东分离株的HA基因与欧洲谱系猪流感病毒进化关系最近,证明该分离株可能来源于北美谱系和欧亚谱系猪流感病毒的重组. 相似文献
2.
根据GenBank中流感病毒H9N2亚型HA基因与NA基因序列,分别设计扩增HA基因与NA基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒H9N2济南株(SW/SD/JT/07)HA基因和NA基因,分别将RT-PCR扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果表明,SW/SD/JT/07 HA基因长度为1701bp,编码566个氨基酸,HA0切割位点序列为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,与参考毒株糖基化位点数一致;HA蛋白有5个受体结合位点,其中在190位氨基酸与其余参考毒株存在差异。SW/SD/JT/07 NA基因长度为1413bp,编码470个氨基酸,NA蛋白基质结合部与参考毒株一致,高度保守;NA蛋白有5个抗原位点,在325位为D其余参考毒株均为N,SW/SD/JT/07与DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99在398位为E,其余参考毒株为D或N;SW/SD/JT/07 NA蛋白与CK/SH/F/98,DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99,SW/GD/WXL/04,SW/SD/W4/03,SW/YN/Simao2/07一样在茎区63,64,65位发生氨基酸缺失。SW/SD/JT/07 HA基因与参考毒株的同源性82.5%~98.6%,NA基因与参考毒株的同源性82.2%~99.1%。SW/SD/JT/07 HA基因与NA基因系统发生树分析表明,SW/SD/JT/07与AIV H9N2亚型亲缘关系密切。 相似文献
3.
采用RT-PCR技术对分离的H1N1亚型猪流感病毒的HA基因进行了扩增,将获得的PCR产物与pMD18-T载体连接,进行序列测定。同源性分析结果表明,分离毒株与其他H1N1亚型猪流感病毒的HA基因核苷酸同源性为70.7%~90.8%,与A/swine/Zhejiang/1/2007的同源性最高,与其他毒株的同源性相对较低。系统进化树分析结果表明,山东分离株的HA基因与欧洲谱系猪流感病毒进化关系最近,证明该分离株可能来源于北美谱系和欧亚谱系猪流感病毒的重组。 相似文献
4.
血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白是猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的一个重要蛋白,在疾病预防和治疗中具有重要作用。本试验旨在克隆和表达H3N2亚型猪流感病毒A/swine/Henan/1/2010(H3N2)的HA1和HA2基因。用含有H3N2亚型SIV的鸡胚尿囊液提取RNA,RT-PCR扩增后将目的基因定向克隆到pET-28a(+)原核表达载体上,并将其转入宿主菌BL21(DE3)pLyS进行表达,IPTG诱导后经SDS-PAGE检测并用该病毒重组HA蛋白制备的特异性单克隆抗体1C10作为一抗对两种蛋白进行Western blotting分析。SDS-PAGE结果显示,得到HA1和HA2大小分别为34.8、23.2 ku的重组蛋白,Western blotting结果表明,HA1蛋白与1C10单克隆抗体具有良好的反应原性,且1C10单克隆抗体表位在HA1蛋白上。本试验结果为进一步研究血凝素蛋白的结构和功能,以及建立快速诊断方法和基因工程疫苗提供材料。 相似文献
5.
参照已发表的H5N1亚型禽流感的HA基因序列,设计了1对引物,对禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/3(H5N1)、A/Duck/XJ/4(H5N1)、A/CH/XJ/5(H5N1)、A/Goose/XJ/10(H5N1)和A/Duck/XJ/11(H5N1)进行RT-PCR扩增和克隆,获得了5个毒株的HA全长核苷酸序列,分别为1 779 bp、1 774 bp、1 776 bp、1 758 bp和1 740 bp序列分析表明,在HA切割位点处均有多个连续的碱性氨基酸(-R-E-R-R-R-K-K-R-)插入,具有高致病性禽流感病毒的特征.同源性分析表明,新疆分离株之间的核甘酸同源性在96.9%~98.8%;与来自青海湖斑头雁、广西天鹅、香港白鹭和台湾鸽等不同野禽毒株同源性为95.7%~100%;与来自香港、越南、浙江的人源禽流感毒株的同源性为95.2%~98.2%. 相似文献
6.
H1N1猪流感广东株血凝素基因的克隆与序列分析 总被引:6,自引:1,他引:6
用RT-PCR方法扩增H1N1亚型猪流感病毒广东分离株A/Swine/GuangDong/711/2001HA基因,对其进行了克隆和测序。结果显示,HA基因全长1771bp.共编码579个氨基酸。A/Swine/Guang Dong/711/2001HA基因编码的氨基酸序列中有8个糖基化位点,5个位于HAl基因的第27、28、40、104和287位点,3个位于HA2基因的21、153和213位点。与H1N1亚型猪流感经典毒株比较后发现,血凝素糖基化位点并不是高度保守的。将A/Swine/Guang Dong/711/2001与自Gen Bank读取的1918年人流感毒株A/South Carolina/1/18、1991年人流感毒株A/MD/12/91和1997年猪流感毒株A/Swine/Wisconsin/238/97等进行核苷酸同源性比较分析,A/Swine/Guang Dong/711/2001与A/SouthCarolina/1/18、A/MD/12/91和A/Swine/Wisconsin/238/97等毒株的核苷酸同源性分别为93.9%、94.7%和93.9%。从系统发生树来看,A/Swine/Guang Dong/711/2001与A/South Carolina/1/18和A/Swine/Wisconsin/238/97的亲缘关系相近。 相似文献
7.
为了从分子水平上掌握我国H9亚型禽流感的变异情况和流行规律,本研究汇集近年来从我国部分省市养殖场分离的10株禽流感H9N2亚型毒株,采用RT-PCR技术对其HA和NA基因进行扩增、克隆和测序,并对所得全序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,本试验分离到的10株病毒的HA和NA基因变异程度不大,变异概率大;在遗传进化树中均属于欧亚分支中的类CBJ194亚分支,与CBJ194的HA基因核苷酸同源性在88.8%~95.8%,NA基因核苷酸同源性在93.4%~97.6%,可能与CBJ194由同一毒株进化而来。由于基因突变使ACHB101毒株的HA基因出现了新的糖基化位点,ACHN102毒株的保守受体结合位点发生变异。NA基因推导氨基酸序列中第63、64、65位有T、EI、3个氨基酸的缺失,导致61位糖基化位点的丢失。唾液酸吸附位点上有明显的突变。HA和NA基因的变异可能与频繁的疫苗免疫选择压力有关。 相似文献
8.
H3N2亚型猪流感病毒HA基因序列测定及抗原性分析 总被引:2,自引:3,他引:2
采用RT-PCR技术对4株H3N2亚型猪流感病毒的HA基因进行了扩增,将获得的PCR产物分别与pMD18-T克隆载体连接,进行序列测定。测序结果显示,4个毒株均含有完整的开放阅读框,并且均未发现核苷酸插入或缺失现象;分离毒株间核苷酸同源性为99.4%~99.7%,氨基酸同源性为98.2%~99.3%。同源性分析表明,4个毒株与2003年的猪流感病毒广东分离株有很高同源性(均在99%以上),说明近段时间我国H3N2亚型的猪流感病毒变异不大,重组的频率不是很高,同时又与人流感病毒香港分离株有较高的同源性(均为99.4%)。交叉血凝抑制试验显示,S3株与其他3毒株抗原性差异明显。鉴于猪在流感病毒传播与复制间的特殊地位,应密切监测猪流感。 相似文献
9.
3株H9N2亚型禽流感病毒HA基因变异分析 总被引:2,自引:0,他引:2
对近10年来在同一地区分离到的3株H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因进行扩增和序列分析,探讨H9N2亚型流感病毒变异情况.3个毒株的HA基因全长1 683bp,编码560个氨基酸;其裂解位点均为R-S-S-R,属于低致病力毒株;推导的HA基因氨基酸序列均含7个相同的潜在糖基化位点,受体结合位点为禽源性流感病毒特异性序列,左侧臂氨基酸均为NGQQG,右侧臂均为GTSKA.3个分离株与参考株核苷酸与氨基酸同源率均较高,仅有一些非关键位点突变.它们均属欧亚种系,与A/Duck/Hong Kong/Y280/97代表株亲源关系较近.研究结果从分子水平上证明H9N2亚型禽流感病毒近年来未发生较大变异. 相似文献
10.
根据GenBank中流感病毒H1N1亚型HA、NA、NP基因序列,分别设计扩增HA、NA、NP基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒(SIV)H1N1济南株(SW/SD/JT/07)HA、NA、NP基因,分别将RT-PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果显示,SW/SD/JT/07(H1N1)HA基因长为1 701bp,编码566个氨基酸;HA蛋白切割位点为IPSIQSR↓G,属于非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,其中有6个在HA1蛋白上,有2个在HA2蛋白上,与个别参考毒株糖基化位点个数不同;HA蛋白上的受体结合位点与多数参考毒株一致。SW/SD/JT/07(H1N1)NA基因长为1 410bp,编码469个氨基酸;NA基因颈部未发现氨基酸缺失现象;NA蛋白的头部有5个可能的抗原位点Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ分别由5个区段组成,在340、346、366位分别为P、I、N,其余参考毒株在相应位置的氨基酸分别为S、V、S;NA蛋白共有8个糖基化位点,与个别参考毒株的糖基化个数不同。SW/SD/JT/07(H1N1)NP基因长为1 565bp,编码498个氨基酸,根据HA、NA、NP基... 相似文献
11.
为原核表达H3N2亚型犬流感病毒(CIV)HA1蛋白,本研究利用特异性引物扩增CIV H3分离株的HA1基因,将其克隆到pMD18-T载体后进行序列测定。再将其亚克隆于pET-32a(+)中构建重组表达质粒pET-HA1。将该质粒转化于大肠杆菌BL21(DE3)中,经IPTG诱导,SDS-PAGE电泳分析,表达的重组蛋白约为58 ku。纯化的HA1蛋白经western blot和Dot-ELISA鉴定表明,表达的重组HA1蛋白可以与H3N2亚型CIV阳性血清发生特异性反应。 相似文献
12.
为进一步分析H7N2禽流感病毒(AIV)分离株血凝素(HA)基因的特性,参照已发表序列设计了1对引物,采用RT-PCR获得了1条约1.7 kb的DNA片段,测序后进行了同源性比较、HA基因系统发育进化树分析和氨基酸编码分析.结果表明,所测的2个分离株的HA基因全长1 664 bp,编码除信号肽以外的HA蛋白的全部544个氨基酸,其中包括HA1的323个氨基酸,HA2的221个氨基酸.2个分离株HA基因核苷酸序列的同源性为99.4%;与GenBank中AIV标准株A/Afri.Star./Eng-Q/983/79(H7N1)的同源性最高,分别为99.4%和99.0%;与美国A/Chicken/NewYork/13142-5/94(H7N2)株同源性很低(仅65.0%),而与以色列、意大利H7N2 AIV的同源性较高(为96%~97%);2个分离株在HA基因进化树中均处于H7亚型AIV的欧亚群系分支内.推导氨基酸的序列分析表明,其HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为-GR-GLF-,仅包含1个碱性氨基酸(R-)残基,符合低致病力AIV的基因特征. 相似文献
13.
从广东省不同猪场分离到4株H3N2亚型猪源流感病毒A/Swine/Guangdong/01/2004、A/Swine/Guang-dong/02/2004、A/Swine/Guangdong/03/2004、A/Swine/Guangdong/04/2004.根据GenBank公布的H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因序列,设计1对引物,运用RT-PCR方法扩增四株病毒的HA基因,并进行测序和分析.同源性分析和遗传进化分析表明本实验的4株H3N2亚型SIV HA基因核苷酸序列同源性为99.8%~99.9%,在遗传进化树中均位于同一分支上.与参考毒株的比较分析表明,4个毒株与WHO推荐的2001-2004年北半球H3N2亚型流感疫苗株A/Moscow/10/99 HA基因的核苷酸序列同源性最高为99.4%~99.5%,4个毒株与A/Moscow/10/99 HA基因在遗传进化树中位于同一个小分支上.氨基酸序列比较发现,4个毒株HA基因裂解位点处的氨基酸序列均为PEKQTR↓G,4个毒株推导的氨基酸序列中均有11个糖基化位点,4个毒株HA蛋白226位受体结合位点(RBS)处氨基酸均为异亮氨酸(Ⅰ).4个毒株HA基因的氨基酸序列、受体结合位点以及糖基化位点均与A/Moscow/10/99相应的氨基酸序列一致.本试验的4株H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因属于以A/Moscow/10/99为代表的近代类人H3N2亚型流感病毒,在一定程度上揭示了广东省H3N2亚型猪流感病毒HA基因进化与流行情况. 相似文献
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15.
从1株H3N2亚型猪流感病毒(SIV)中提取RNA,用RT-PCR方法扩增了其HA基因的全长cDNA片段,克隆后测定其核苷酸序列,并推导了相应的氨基酸序列.结果,扩增的H3N2亚型SIV HA基因长度为1 701个核苷酸,共编码566个氨基酸.核苷酸序列与已发表的中国香港、中国大陆、美国及欧洲分离的H3亚型毒株相近,核苷酸和氨基酸序列相似性均在97%以上,同属H3亚型.其HA1、HA2之间切割位点序列为PSIQSR↓G,从分子水平推论,属于非高致病力毒株.其推导的氨基酸序列中有8个糖基化位点,7个位于HAl基因的第8、22、38、63、126、165、285位点,1个位于HA2基因的154位点.研究数据已提交至GenBank,并申请到一个登录号EF569597.研究结果为我国流感病毒基因库的建立、流感疫情的监测和防制提供了理论依据和技术资料储备. 相似文献
16.
来自香港和世界各地的10株宠物鸟H3N8流感病毒的HA基因进行了全基因序列测定,用DNASTAR和Tree-View软件进行序列编辑,序列翻译,进化树绘制和分子演化分析.结果表明来自不同国家和地区的H3N8流感病毒的HA基因都非常相似,都形成一个独立的分支,属于欧亚亚系,同源率为95.9%~100%;香港2001年宠物鸟的毒株之间的同源率最高,分别为99.2%~100%.HA基因与A/Equine/Jilin/89(H3N8)的同源性为最高,在92.9%~93.6%之间.氨基酸分析表明只有A/Parakeet/Netherland/33/01的HA基因在97~99受体结合位点处有一个额外潜在的糖基化位点NKT;因此可见宠物鸟H3N8流感病毒的HA基因高度保守,HA基因均来自共同的祖先. 相似文献
17.
2009年在我国南方活禽交易市场进行流行病学调查时,从鸭体内分离到2株H4N3亚型禽流感病毒(AIV),DK/FJ/S1419/09(H4N3)(FJ/419/2009)和DK/HUN/S1010/09(H4N3)(HuN/010/2009)。为了解这2株H4N3亚型AIV的生物学特性,本研究对其进行全基因组分析及对小鼠致病性研究。结果显示:其HA基因来源于近两年流行的H4亚型病毒株,NA基因来源于其它亚型病毒株。内部基因来源较复杂,与FJ/419/2009内部基因同源性最高的病毒株均来自国内H5、H6等亚型分离株,但与HuN/010/2009同源的内部基因则差异较大,与PA、M和NS同源性最高的病毒株分别为A/wild/duck/Korea/UP122/2007(H1N1),A/muscovy/duck/Thailand/CU-LM1983/2009(H4N6)and A/avian/Japan 8KI0068/2008(H3N6)。用106EID50病毒剂量感染6周龄BALB/c小鼠,结果显示试验组小鼠感染后第3 d采脏器样品,仅在鼻甲和肺部能检测到病毒存在。以上数据表明,尽管这2株H4N3特殊亚型组合病毒来源复杂,但对小鼠的致病性较低。 相似文献
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从pMD18-THA阳性质粒扩增了H9N2亚型禽流感病毒的HA2基因,将扩增到的HA2基因克隆至昆虫杆状病毒转移栽体pBlueBacHis2A中。将其与杆状病毒共转染于Sf9昆虫细胞,经蚀斑筛选纯化重组杆状病毒,用其感染Sf9昆虫细胞,并优化表达条件。SDS-PAGE和Western-blotting分析表明,表达产物的分子质量约为27ku。Dot-ELISA分析表明,表达的HA2融合蛋白可与鸡抗HgN2亚型血清发生特异性反应,而与H5和H7亚型抗血清间无交叉反应。 相似文献
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根据GenBank中流感病毒H3N2亚型HA、NA、NP基因序列,分别设计扩增HA、NA、NP基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒(SIV)H3N2济南株(SW/SD/JT/07(H3N2))HA、NA、NP基因,分别将RT-PCR产物克隆入pMD18-T栽体,进行测序分析.结果显示,SW/SD/JT/07(H3N2)HA基因长度约为1701 bp,编码566个氨基酸,与参考毒株的同源性为65.2%~81.8%;HA0切割位点序列为PENQTR↓G,属非高致病性毒株;SW/SD/JT/07(H3N2)HA蛋白有7个糖基化位点,由于碱基突变缺少了1个糖基化位点,表明其抗原性及其生物学特性发生变化.SW/SD/JT/07(H3N2)与所有参考毒株HA蛋白上的受体结合位点的氨基酸很保守,即98、134、136、138、226位分别为Tyr、Gly、Ser、Ala、Asn.SW/SD/JT/07(H3N2)NA基因长为1413 bp.编码470个氨基酸,与参考毒株的同源性为65.1%~91.8%,NA基因系统发生分析表明SW/SD/JT/07(H3N2)与禽流感病毒H3N2亚型亲缘关系最近.SW/SD/JT/07NA(H3N2)NA蛋白与参考毒株的颈区63、64、65位置均无氨基酸缺失现象,可推测其对病毒的复制能力不会有很大影响.SW/SD/JT/07(H3N2)NP基因长为1565 bp,编码498个氨基酸.与参考毒株的同源性为79.8%~87.8%,NP基因系统发生树分析结果表明,2002年、2004年暴发的西班牙流感同源性较高,亲缘关系较近,而与中国内地广东株同源性小,亲缘关系较远. 相似文献