一个木薯候选STK类抗病基因的分离及其生物信息学分析

根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类(STK)结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计了1对简并引物,以细菌性萎蔫病抗/感木薯种质E1340和GR911基因组DNA为模板,通过PCR扩增,均获得大小约0.5 kb的扩增片段。两个片段纯化、克隆、测序后获得完全一致的505 nt序列,比对发现,木薯种质AM560带有和该序列高度同源的核苷酸片段。对包括同源片段上下游各约2.0 kb的大片段序列进行基因预测,获得1个有4个外显子、ORF全长1866 nt的预测基因,命名SSK1。序列分析表明,该基因编码621 aa,有细胞壁受体激酶结合、偶联位点和8个跨膜结构域,具有典型的STK类抗病基因的保守结构,是一个候选的抗病基因,可能在木薯抗病反应中发挥重要作用。     

木薯一个假定的NBS类抗病基因的获得及其功能分析

根据已克隆植物NBS类抗病基因的保守结构域设计一对简并引物．以抗细菌性枯萎病木薯种质E1340基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得大小约0．5kb的产物。该产物克隆、测序后比对木薯基因组数据库,分别获取其上下游各1．7kb和2．0kb的序列,进行基因预测。预测结果表明,扩增到的序列位于一个预测基因内,该基因命名为SNBl。序列分析表明,该基因编码986aa,具有NBS类抗病基因的结构特征,是一个假定的抗病基因,可能在木薯抗细菌性枯萎病过程中发挥重要作用。     

UK114基因的克隆和表达载体的构建

本研究采用PCR法扩增得到重组UK114 cDNA序列,将其克隆于T-easy载体并进行了序列测定与分析。结果表明该序列全长1 017 bp,有一个开放的阅读框(40 nt~450 nt),可编码137个氨基酸(14.2 kDa),与UK114的序列比较,同源性为91%,突变的86个核苷酸中都为无义突变,开放阅读框中仅有一个核苷酸突变。此外,本实验构建了pBV114表达载体,选择阳性克隆提取质粒进行酶切,琼脂糖检测获得约1 kb和3.7 kb的两个片段。     

MDR1真核表达载体的构建及鉴定

采用PCR技术扩增MDR1基因全长序列及胞外区约1kb片段,并定向克隆到pcDNA3质粒载体CMV启动子序列下游的Bam HⅠ和XhoⅠ限制性内切酶酶切位点之间重组体经转化E．coli JM109后可大量扩增,提取该重组体进行限制性内切酶分析,得到预期的目的片段,并且以重组体为模板,用特异性引物可扩增出MDR1基因的1kb片段?     

Mi-1.2基因同源序列多态性与烟草抗根结线虫的关系

运用抗根结线虫基因Mi簇中Mi-1．2的核苷酸序列,设计引物,对28种烟草进行抗根结线虫基因同源序列的初步分析。在28个烟草中,扩增出101条DNA片段,大小0．1～4 kb,主要集中在0．5～1．5 kb之间,多态性片段78条,占77．2％。将烟草的抗性鉴定结果,与Mi-1．2同源序列的相似性对比分析,发现抗南方根结线虫1号小种、3号小种的烟草,被扩增的Mi-1．2同源序列片段,比感病烟草的多。表明Mi-1．2同源序列多态性,与烟草抗南方根结线虫1号小种、3号小种的特性相关。这一结果和理论上品种与抗病基因相关的DNA条带越多,该品种的抗病性越强符合。     

马铃薯抗逆基因Fe-SOD的克隆与序列分析

文章以马铃薯克新19号为材料,提取植株叶片总DNA,利用同源序列法,根据GenBank中已登陆番茄的Fe-SODmRNA序列,设计1对引物,经PCR扩增获得了大小为1413bp的片段。序列分析表明,预测其含有4个外显子和3个内含子,编码了145个氨基酸序列,分子质量为16.255ku,等电点为5.88。其编码的氨基酸序列包含了两个Fe-SOD蛋白的保守结构域,与NCBI数据库中其他植物的Fe-SOD蛋白同源性很高,与番茄中58～203相关片段同源性高达93.79%。该基因已在GenBank上注册,登录号为EU545469。     

木薯淀粉合成酶SSS Ⅱ基因片段的克隆与分析

[目的]建立木薯块根RNA的提取方法,并克隆和鉴定淀粉合成酶SSS Ⅱ基因核心片段。[方法]采用改良的CTAB法提取木薯块茎RNA,反转获得cDNA模板,同时基于已知植物的SSS Ⅱ基因同源性,设计简并引物,进行RT-PCR扩增,通过Blast在线检索比对对基因功能进行了初步鉴定。[结果]所获得片段即为木薯SSS Ⅱ基因的核心序列。[结论]该研究为木薯淀粉合成酶SSS Ⅱ基因全长cDNA序列的克隆及其反义载体的构建奠定了基础,同时为实现优质淀粉的代谢工程提供了理想的候选基因。     

木薯MeCWINV4启动子的克隆及其活性分析

根据木薯细胞壁转化酶基因MeCWINV4已知编码区序列与木薯基因组数据库中预测的MeCWINV4基因序列信息设计引物,从木薯基因组DNA中对该基因的潜在启动子区进行PCR扩增,经测序比对成功获得1 639 bp序列,其中包含74 bp编码区序列和1 565 bp潜在启动子区序列。用Plant CARE和PLACE软件分析该序列的顺式作用元件,发现该启动子包含CAAT box和TATA box保守元件、大量光反应相关元件与应对高低温胁迫和激素响应相关元件。将MeCWINV4启动子片段取代pVKH表达载体中的CaMV 35S启动子与GUS连接,构建成融合表达载体pVKH-CW4-GUS,通过农杆菌真空渗透法在烟草叶片中进行瞬时表达。结果表明,该启动子驱动了GUS基因在烟草叶片中的表达。说明MeCWINV4启动子具有启动子活性,可以启动目的基因的转录,为进一步研究该基因的调控机制奠定了基础。     

枇杷LEAFY同源基因的克隆及序列分析

为从分子水平研究枇杷成花的机理,通过分析植物花分生组织决定基因LEAFY(LFY)同源基因的保守区序列,设计了1对简并引物,用PCR方法从枇杷栽培品种‘早钟6号’基因组DNA中扩增出1个1317bp的片段,把该片段克隆到pUCm-T载体,测序和序列分析结果表明获得了枇杷LFY同源基因(ejLFY)3’端的1个片段,该片段有1个911bp的内含子,编码区共编码130个氨基酸,其序列已经在GenBank中登记(登录号为AY551183)．在GenBank中进行同源性搜索,发现该基因片段与其他作物中已经报道的LFY同源基因的同源性大都在94％以上,特别是与同属于蔷薇科的苹果的同源性最高,达到98％的同源性,推测它们具有相似的功能．     

柚cDNA中NBS-LRR类R基因同源序列的分离

 提取柚花柱的总RNA，通过逆转录合成其cDNA，根据已知植物抗病基因（R基因）的NBS保守区设计简并引物，对cDNA进行扩增，获得大小约为500 bp的PCR产物，对连接产物进行酶切归类，筛选得到不同类别的克隆12个，并进行了测序。通过序列同源比较分析发现，其中有10个片段属于NBS-LRR类抗病基因的同源序列（RGA），与已知植物R基因相应区段的氨基酸序列的同源性为11.5%～47.1%。