鹅bcl-2基因部分cDNA的克隆与序列分析

细胞凋亡是基因活动引起的级联反应的结果。现已发现大约有30多种分子专门参与细胞凋亡调控，其中bcl-2家族是一类主要的细胞内调控物质，由相应的bcl-2基因家族编码。自Tsujimoto等首先克隆人bcl-2基因以来，随后的一系列研究发现bcl-2蛋白的生理功能主要是阻遏细胞凋亡、延长细胞寿命，这些研究主要集中于人、     

鸭BLVRA基因部分cDNA的克隆与序列分析

为研究胆绿素还原酶A(Biliverdin reductase A,BLVRA)基因的遗传分化,探索其结构和功能,根据鸡、人、小鼠、牛等动物BLVRA基因编码区的保守序列设计一对引物,以缙云麻鸭输卵管子宫部的总RNA为模板,利用RT-PCR技术扩增出鸭BLVRA基因的一段cDNA编码序列,并对其进行测序及序列分析。结果表明:该cDNA序列由634个核苷酸组成,编码211个氨基酸,分子量为24.1ku。与鸡、小鼠、牛、蟾蜍和人的核苷酸相似性分别为92.6%、64.9%、62.8%、69.0%、63.6%;氨基酸的相似性分别为96.2%、59.7%、60.7%、68.4%、59.7%,说明BLVRA基因在进化过程中较为保守。进一步的系统进化分析表明,鸭BLVRA基因与鸡的进化关系最近,蟾蜍次之,小鼠、牛和人较远,与传统的分类地位基本吻合。该基因部分cDNA序列的克隆,为获得BLVRA基因全长及其在各组织中的表达研究奠定了基础。     

鹅副粘病毒F蛋白基因的克隆和序列分析

鹅副粘病毒分离株ＹＧ９７经１０日龄鸡胚增殖后纯化,提取病毒的基因组ＲＮＡ,采用ＲＴ－ＰＣＲ一次性扩增出与预期设计的１．７ｋｂ大小相符的特异性条带。将扩增产物提纯后克隆入ｐＣＥＭ＾Ｒ载体,经转化、筛选及酶切鉴定后,初步获得了含鹅副粘病毒Ｆ基因的阳性克隆。将所获得的阳性重组质粒进一步进行了序列鉴定。序列分析表明扩增的Ｆ基因片段的长度为１６９５ｂｐ,共编码５３３个氨基酸,Ｆ蛋白裂解位点的氨基酸顺序为＾１１２Ｒ－Ｒ－Ｑ－Ｋ－Ｐ－Ｆ＾１１７,与ＮＤＶ强毒株特征相符,同时也与鹅副粘病毒分离株致病性实验结果相符,同源性分析表明,与国内标准强毒株Ｆ４８Ｅ９的核苷酸同源性为８６％,与国内外其它毒株的核苷酸同源性在８２％～８９％之间,表明该毒株相对于经典的ＮＤＶ在Ｆ片段上发生了较大的变异。     

鹅ACSL6基因编码区克隆、序列分析及组织表达

为研究长链酯酰辅酶A合成酶6(ACSL6)在鹅中的功能,采用RT-PCR方法对其扩增,并采用荧光定量PCR方法检测其在四川白鹅不同组织中的差异表达。结果表明:实验成功获得了鹅ACSL6基因的编码区序列(GQ449255),序列全长2 097 bp,编码698个氨基酸;鹅ACSL6与鸡该基因在核苷酸和氨基酸水平上都有较高的同源性;鹅ACSL6氨基酸与哺乳动物一样,也存在2个保守功能区(跨膜区和luxE保守区),且在这些区域物种间变异较少;鹅ACSL6在脑组织中有较高表达,在肝脏中表达较少,仍与其在哺乳动物中的表达特性一致。以上研究结果表明,ACSL6基因在物种间比较保守,ACSL6与鹅大脑的发育关系密切,可能与鹅肥肝形成的关系较少。     

鹅副粘病毒HN基因的克隆与序列分析

以鹅副粘病毒GPV-SF02毒株的基因组RNA为模板，通过RT-PCR方法扩增出HN基因片段，然后将其克隆至T载体中。经PCR鉴定后，对阳性克隆进行测序；测序后拼接得出HN基因的全序列。经分析HN基因编码区核苷酸序列，所测GPV-SF02毒株与参考毒株NL-96核苷酸序列的同源性为86%。     

鹅细小病毒NS2基因的克隆和序列分析

本研究参考CerBank发表的GPV B株全基因序列，设计并合成一对引物，通过PCR技术扩增出GPV H1株NS2基因，目的片段长约1．4kb，将目的片段克隆到pMD18-T载体后进行序列测定和分析，结果表明：GPV H1株NS2基因全长1356bP，编码451个氨基酸，与国外已发表的GPV B株相比核苷酸序列同源性为98．75％，推导氨基酸序列同源性为98．67％。     

鹅副粘病毒F基因的克隆测序及核苷酸序列分析

以鹅副粘病毒 (GPV) SF0 2株的基因组 RNA为模板 ,通过 RT- PCR的方法扩增出 F基因片段 ,然后将其克隆至 T载体中。经 PCR鉴定后 ,对阳性克隆进行测序。测序后拼接得出 F基因的全序列。与 Gen Bank下载的 9株参考毒株比较 F基因编码区全核苷酸序列 ,发现所测 GPV- SF0 2毒株与参考毒株 L Z- NDV核苷酸序列同源性为 96 %,与F48E9同源性为 92 .5 %,与 L a Sota为 88%。     

鹅副粘病毒NA-1分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析

鹅副粘病毒分离株NA-1经11日龄鸡胚增殖后纯化.提取病毒的基因组RNA,采用RT-PCR扩增出与预期设计的1.7kb大小相符合的特异条带.将扩增产物提纯后克隆入pMD 18-T载体,经纯化、筛选及酶切鉴定后,初步获得了含鹅副粘病毒HN基因的阳性克隆,并对阳性克隆进行测序.测序后拼接得出HN基因的全序列长度为1 740bp,该基因的ORF总长为1 716 bp,编码571个氨基酸.与GenBank下载的15株参考毒株比较HN基因编码区全核苷酸序列,发现所测NA-1毒株与参考毒株YG97核苷酸序列同源性为97.3%,与F48E9同源性为84.5%,与La Sota为82.2%.同源性分析表明NA-1相对于NDV在HN基因上发生了较大的变异.     

鹅圆环病毒福建株全基因组的克隆及序列分析

为明确鹅圆环病毒(Go CV)福建株的基因组特点,设计反向引物,从一例生长不良鹅中PCR扩增获取Go CV福建株基因组序列。结果表明,Go CV福建株(命名为FJ2016株)基因组全长为1 821 bp,其编码的复制相关蛋白长度为882 bp,编码293个氨基酸;其编码的抗原相关蛋白长度为753 bp,编码250个氨基酸。从遗传进化关系可见,Go CV在遗传进化上可以分为2个大的分支(Go CV-1与Go CV-2),FJ2016株处于Go CV-1分支。从核苷酸同源性比较可见,FJ2016株和yk2株核苷酸同源性最高,达98.2%;但与2GK株核苷酸同源性仅为82.4%;与疣鼻天鹅源圆环病毒Sw株(EU056310)核苷酸同源性为73.7%,低于80%。FJ2016株和Go CV-1分支代表株核苷酸同源性在97.3%~98.2%之间,与Go CV-2分支代表株核苷酸同源性在93.1%~93.5%之间。该病例为福建地区首次报道存在鹅圆环病毒感染。     

鸭瘟病毒GD株TK、dUTPase和PK基因的克隆及序列分析

根据已发表的鸭瘟病毒(DPV)TK、dUTPase、PK基因序列,设计合成了3对特异性引物,对DPV GD株的3个基因进行PCR扩增,产物克隆至PTA2载体并进行测序。结果表明,TK基因ORF全长为1 077 bp,编码358个氨基酸;dUTPase基因ORF全长为1 344 bp,编码447个氨基酸;PK基因ORF全长为1 158 bp,编码385个氨基酸。与GenBank上其他DPV毒株的同源基因进行比较,TK基因核苷酸的同源性为99.5%～100%,氨基酸同源性为98.9%～100%;dUTPase基因核苷酸的同源性为99.9%,氨基酸同源性为99.8%;PK基因核苷酸的同源性为99.8%～100%,氨基酸同源性为99.7%～100%。这表明TK、dUTPase、PK基因在DPV基因组中高度保守,为构建DPV基因缺失转移载体奠定了基础。     

安徽三黄鸡β-防御素Gal-6cDNA基因片段的克隆与序列分析

根据基因库中鸡β-防御素Gal-6cDNA基因序列设计2对引物,应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,从安徽三黄鸡白细胞RNA中扩增了β-防御素Gal-6cDNA基因片段。得到了大小为250bp片段。将扩增产物纯化并克隆到PGEM-T-Easy载体上,转化感受态细胞DH-5α,经筛选获得重组质粒并测序,用P3/P4引物从重组质粒中扩增出成熟肽,大小约150个bp。测序后Blast分析表明,安徽三黄鸡序列与基因库上已发表的序列相差一个碱基,Gal-6多肽共有67个氨基酸组成,分别是20个氨基酸残基的信号肽、5个氨基酸的原片段、42个氨基酸的成熟肽。     

番鸭源鹅细小病毒ZQ株VP2基因的克隆和序列分析

根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。     

高邮鸭极低密度脂蛋白受体基因的克隆与序列分析

根据Gen Bank中的鸭极低密度脂蛋白受体(VLDLR)序列(登录号:XM_005011641.1)设计并合成引物,采用RT-PCR技术从高邮鸭肌肉组织中克隆出鸭VLDLR基因,并进行克隆和序列测定。结果表明,所获得的高邮鸭VLDLR基因长2 244 bp,编码747个氨基酸,含一个37个氨基酸信号肽。序列比较发现,VLDLR基因与Gen Bank登录的连城白鸭与白改鸭杂交二代VLDLR基因核苷酸同源性为90.9%,与斑马鱼、人、原鸡等其它动物的VLDLR氨基酸同源性为63.2%~84.5%,表明VLDLR基因存在种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高。鸭VLDLR蛋白质是一个亲水性跨膜蛋白,其二级结构由α-螺旋、β-转角和无规则卷曲构成,在其胞外区有3个N-糖基化位点和8个O-糖基化位点。信号肽分析表明,VLDLR蛋白为分泌性蛋白,最有可能的切割位点位于第36位和37位氨基酸之间。高邮鸭VLDLR基因的成功克隆为进一步研究鸭VLDLR基因表达、生物学活性等奠定基础。     

鹅黑素皮质素受体-4基因的克隆与序列分析

黑素皮质素受体-4（Melanocortin receptor-4,MC4R）是其黑素皮质素受体MCR（MC1-5R）家族成员之一,属G蛋白偶联受体。它可与瘦蛋白、神经肽、α-黑素细胞刺激素等一起调节动物体重和采食量。参考鸡MC4R基因序列设计引物,克隆并测序了鹅MC4R基因。结果表明,鹅MC4R基因编码区全长996 bp,其核苷酸序列与鸡的同源性为95.3%,与人、牛、猪等哺乳动物同源性在75%-79%;其氨基酸序列与鸡的同源性达到98.5%。构建哺乳类、鸟类和鱼类MC4R基因核苷酸进化树显示,鹅较早地与哺乳类动物分化开来。分析MC4R蛋白的氨基酸残基特性参数表明,MC4R的7次跨膜结构与MC4R的亲水性区域、电荷密度以及氨基酸残基位于表面概率的变化规律相一致。     

鸭腺病毒A型Hexon基因克隆与序列分析

为明确鸭腺病毒A型Hexon基因特征及其在腺病毒科病毒分类中的作用,本研究从前期分离鉴定的一株番鸭源鸭腺病毒A型分离株（JX2016株）中分段扩增获得其Hexon基因编码区。结果发现,鸭腺病毒A型JX2016株Hexon基因编码区为2 733 bp,编码910个氨基酸,与鸭腺病毒A型（FJ12025株）核苷酸同源性最高,达99.8%;与其他分离株Hexon基因核苷酸同源性均在99.4%以上;与鸭腺病毒2型（GR株,未明确分类地位）同源性仅为54.5%;与禽腺病毒A型Phelps株（鸡源）及P29株（鹅源）的核苷酸同源性分别为53.6%和55.2%。遗传进化树分析发现,所有鸭腺病毒A型分离株在遗传进化上均处于相同的亚分支,且与绵羊腺病毒D型（OAV287株）均处于富AT腺病毒属遗传进化分支。但鸭腺病毒2型（GR株）与禽腺病毒A型Phelps株（鸡源）、P29株（鹅源）却处于同一遗传进化分支,均属于禽腺病毒属遗传进化分支。基于Hexon蛋白的遗传进化分析,建议将鸭腺病毒A型重新命名为鸭源富AT腺病毒A型,将鸭腺病毒2型重新命名为鸭源禽腺病毒。     

鸭Toll样受体3基因克隆及序列分析

为研究鸭Toll样受体3(TLR3)的结构及功能,根据GenBank中已公布的番鸭TLR3(JQ910167.1)基因设计引物,采用RT-PCR从北京鸭外周血单个核细胞中克隆出北京鸭TLR3,命名为duTLR3。利用生物信息学技术预测其结构及功能,研究表明,duTLR3基因开放阅读框为2 688bp,编码895个氨基酸,富含17.0%亮氨酸;该分子属于Ⅰ型跨膜受体,由胞外区(1-695aa)、跨膜区(696-718aa)和胞内区(719-895aa)3部分组成,N端含有一个信号肽序列,胞外富含18个亮氨酸重复序列(LRR),胞内含有Toll/IL-1R同源区结构域。核苷酸序列同源性分析显示,duTLR3与金定鸭TLR3亲缘关系最接近达到99.6%;与番鸭、鹅、原鸡、斑胸草雀的亲缘关系次之,并同属于禽类分支上;与番鸭、鹅、原鸡、斑胸草雀、人、猕猴、狒狒、小鼠、大鼠、猪、牛、羊、猫亲缘关系渐远;与草鱼和鲤鱼亲缘关系最远。北京鸭体内组织分布结果显示,duTLR3为组成性表达。本研究成功克隆了北京鸭TLR3基因,预测分析并证实了duTLR3具有典型的TLR家族结构特征,为后期探究TLR3如何识别病毒的RNA及引起下游信号级联反应奠定了基础。     

三穗麻鸭SOCS1基因克隆及序列分析

为了分析三穗麻鸭细胞因子信号传导抑制蛋白（suppressors of cytokine signaling,SOCS）基因分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,本试验对三穗麻鸭SOCS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学方法对三穗麻鸭SOCS1基因进行序列分析,并对其编码蛋白的二级结构、保守结构域、跨膜结构域、信号肽和三级结构进行预测。结果显示,三穗麻鸭SOCS1基因全长为624 bp,可编码207个氨基酸;与大雁、原鸡、非洲爪蟾、猪、牛、人、大鼠和草鱼相应序列核苷酸序列同源性分别为97.6%、92.6%、68.3%、65.0%、64.8%、64.5%、63.5%和58.2%,氨基酸序列同源性分别为99.5%、96.6%、69.2%、64.0%、64.0%、67.9%、65.4%和50.8%;系统进化树显示,三穗麻鸭与大雁亲缘关系最近;编码蛋白的二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链组成,具有一个中央SH2区和SOCS盒,且无跨膜区和信号肽区域;三级结构呈弯曲螺旋结构。本试验结果为三穗麻鸭SOCS1基因编码蛋白的生物学功能研究奠定了理论基础。     

Cloning and Sequence Analysis of Hexon Gene of Duck Adenovirus A

In order to clarify the characteristics of the Hexon gene and the classification candidate of duck adenovirus A under the Adenoviridae family, the Hexon gene fragments of duck adenovirus A (designated as strain JX2016) were amplified. The results demonstrated that the cloned Hexon gene of duck adenovirus A (strain JX2016) was 2 733 bp in length, coding 910 amino acids. Nucleotide homology comparison showed that the strain JX2016 shared the highest nucleotide (99.8%) homology with reference strain FJ12025, also displayed higher than 99.4% nucleotide homology with other duck adenovirus A reference strains. However, the nucleotide homologies with strain GR (duck adenovirus 2, unclassified virus), Phelps (fowl adenovirus A) and P29 (goose adenovirus) were 54.5%, 53.6% and 55.2%, respectively. The genetic evolution analysis showed that all the duck adenovirus A strains were at the same subgroup, under the same Atadenovirus genus branch with ovine atadenovirus D (strain OAV287). Meanwhile, the duck adenovirus 2 (strain GR) at the same branch under Aviadenovirus genus branch with fowl adenovirus A (strain Phelps) and goose adenovirus (strain P29). Based on the Hexon protein genetic evolution analysis, we suggested renamed the duck adenovirus A as duck-origin atadenovirus and renamed the duck adenovirus 2 as duck-origin aviadenovirus.     

Cloning and Sequence Analysis of A6L Gene of Goatpox Virus

To explore the molecular characteristics of protein A6 from goatpox virus (GTPV), genomic DNA was extracted from goatpox virus Gulang isolate.The specific primers were designed and used to amplify the A6L gene from the genomic DNA by PCR.A PCR product was ligated into pGEM-T Easy vector.After transformation into E.coli DH5α, the positive clones were sequenced and the sequences were analyzed with the bioinformatics softwares.The result showed that A6L gene sequence contained an open reading frame (ORF) of 1128 nucleotides and deduced protein consisted of 375 amino acids with the theoretical molecular weight of 43.68 ku and isoelectric point of 7.50.Analysis of secondary structure of protein A6 revealed that α-helix, β-strand and random coil were 53.30%, 10.24% and 39.46%, respectively.Analysis of multiple sequence alignment indicated A6L gene from different capripoxvirus isolates were highly conserved with identity of more than 97%.The present results laid the foundation for further studies of biological functions of protein A6 and interaction among the early proteins of capripoxvirus.